Análisis Bioinformático Del Gen IntI1 DNA Integrasa Del Organismo Pseudomonas Aeruginosa.

1.
Introducción
Para la realización del siguiente proyecto de bioinformática, se seleccionó el gen intl1
(ADN integrasa) del microorganismo Pseudomonas aeruginosa.
Los integrones son parte fundamental en la captura, movilización y esparcimiento de
genes con resistencia antibiótica en bacterias. La plataforma de integrones consiste en un
gen de integrasa que puede recombinar unidades de DNA circular conocidas como
casetes de genes, sitio de recombinación attl y un promotor de PC que dirige la
transcripción de los genes. Además, los genes de resistencia integrasa clase 1 y
sulfonamida han sido propuestos como indicadores de contaminación con ARB, ARGs y
otros contaminantes.
Este gen puede ser ampliamente utilizado como marcador debido a distintas razones:
1. Como se mencionó previamente, está generalmente asociado a genes que
confieren resistencia a antibióticos, desinfectantes y metales pesados.
2. Se ha involucrado en diversas bacterias patógenas tanto de humanos como de
animales domésticos.
3. De acuerdo a las condiciones ambientales, la concentración de intI1 puede
cambiar rápidamente, debido a que el integrón clase 1 reside en diversas especies
bacterianas que tienen rápidos tiempos de generación y por lo general contienen
elementos que pueden ser transferidos rápidamente entre bacterias.
4. Las formas clínicas de intI1 son xenogenéticas, es decir, son modificadas gracias
a una selección impuesta por las actividades humanas.
Pseudomonas aeruginosa es una bacteria perteneciente a la familia Pseudomonaceae.
Se trata de un bacilo recto o ligeramente curvado Gram negativo, con un tamaño de 2–4 x
0,5-1 micras, y móvil gracias a la presencia de un flagelo polar. En relación con su
metabolismo, es aerobio (aunque puede desarrollarse en condiciones anaerobias
utilizando nitrato), catalasa positivo y oxidasa positivo. Su temperatura óptima de
crecimiento es de 37ºC, pero puede tolerar temperaturas de hasta 45ºC-50ºC. Puede
sobrevivir durante al menos 70 días en agua destilada (9). Se encuentra ampliamente
distribuida en la naturaleza(4,8) se puede aislar de muestras de suelo, aguas prístinas y
contaminadas, así como de plantas y animales. Todas las cepas son potencialmente
patógenas para el hombre y algunas pueden infectar también a plantas.
P. aeruginosa representa un problema importante de salud. Una vez que se establece la
infección, P. aeruginosa produce una serie de compuestos tóxicos que causan no sólo
daño tisular extenso, sino adicionalmente interfieren con el funcionamiento del sistema
inmune. Entre las proteínas que intervienen en la infección de P. aeruginosa encontramos
toxinas, como las exotoxinas A y S, así como enzimas hidrolíticas que degradan las
membranas y el tejido conjuntivo de diversos órganos (5,12) Esta situación se ve
agravada por la dificultad para tratar las infecciones por P. aeruginosa, ya que esta
bacteria presenta una muy alta resistencia natural a distintos antibióticos y a
desinfectantes (7,15).
Sin embargo, a la vez que P. aeruginosa causa al hombre distintos problemas, esta
bacteria tiene diversas aplicaciones biotecnológicas, sobre todo en el área ambiental. Así
se sabe que es uno de los pocos organismos capaces de degradar alcanos de cadena
ramificada (13); que produce biosurfactantes que son útiles para la limpieza de suelos
contaminados con hidrocarburos (10) o con metales pesados (11); y que produce
enzimas, como la lipasa, con distintas aplicaciones potenciales(14).
2. Secuencia a analizar.
ATGAAAACCGCCACTGCGCCGTTACCACCGCTGCGTTCGGTCAAGGTTCTG
GACCAGTTGCGTGAGCGCATACGCTACTTGCATTACAGCTTACGAACCGAAC
AGGCTTATGTCCACTGGGTTCGTGCCTTCATCCGTTTCCACGGTGTGCGTCA
CCCGGCAACCTTGGGCAGCAGCGAAGTCGAGGCATTTCTGTCCTGGCTGGC
GAACGAGCGCAAGGTTTCGGTCTCCACGCATCGTCAGGCATTGGCGGCCTT
GCTGTTCTTCTACGGCAAGGTGCTGTGCACGGATCTGCCCTGGCTTCAGGA
GATCGGAAGACCTCGGCCGTCGCGGCGCTTGCCGGTGGTGCTGACCCCGG
ATGAAGTGGTTCGCATCCTCGGTTTTCTGGAAGGCGAGCATCGTTTGTTCGC
CCAGCTTCTGTATGGAACGGGCATGCGGATCAGTGAGGGTTTGCAACTGCG
GGTCAAGGATCTGGATTTCGATCACGGCACGATCATCGTGCGGGAGGGCAA
GGGCTCCAAGGATCGGGCCTTGATGTTACCCGAGAGCTTGGCACCCAGCCT
GCGCGAGCAGCTGTCGCGTGCACGGGCATGGTGGCTGAAGGACCAGGCCG
AGGGCCGCAGCGGCGTTGCGCTTCCCGACGCCCTTGAGCGGAAGTATCCG
CGCGCCGGGCATTCCTGGCCGTGGTTCTGGGTTTTTGCGCAGCACACGCAT
TCGACCGATCCACGGAGCGGTGTCGTGCGTCGCCATCACATGTATGACCAG
ACCTTTCAGCGCGCCTTCAAACGTGCCGTAGAACAAGCAGGCATCACGAAG
CCCGCCACACCGCACACCCTCCGCCACTCGTTCGCGACGGCCTTGCTCCGC
AGCGGTTACGACATTCGAACCGTGCAGGATCTGCTCGGCCATTCCGACGTC
TCTACGACGATGATTTACACGCATGTGCTGAAAGTTGGCGGTGCCGGAGTG
CGCTCACCGCTTGATGCGCTGCCGCCCCTCACTAGTGAGAGGTAG
3. Tabla BLAST nucleotide.
Nombre del gen/Nombre Clave asignada Tamaño de la Porcentaje de

científico del organismo del por la base de secuencia identidad con
que proviene la secuencia datos (pb) la secuencia
Pseudomonas aeruginosa strain CP030911.1 1014 100%
Y71 chromosome, complete
genome,
Citrobacter freundii strain CP037737.1 85575 100%
CAV1857 plasmid
pKPC_CAV1857-85, complete
sequence,
Klebsiella pneumoniae strain cr- CP024709.1 47126 100%
hvkp3 plasmid pPUTH2,
complete sequence.
Salmonella enterica subsp. CP029846.1 4801146 100%
enterica serovar Typhi strain
343078_273110 chromosome,
complete genome.
Escherichia coli plasmid MK181565.1 108344 100%
pESBL20140131, complete
sequence.
Enterobacter hormaechei strain CP021168.1 79064 100%
388 plasmid p388, complete
sequence.
4. Selección marco de lectura.
Se utilizará el Frame 1 5’ a 3’:

Frame 1 (337 a.a)
atgaaaaccgccactgcgccgttaccaccgctgcgttcggtcaaggttctggaccagttg
M K T A T A P L P P L R S V K V L D Q L
cgtgagcgcatacgctacttgcattacagcttacgaaccgaacaggcttatgtccactgg
R E R I R Y L H Y S L R T E Q A Y V H W
gttcgtgccttcatccgtttccacggtgtgcgtcacccggcaaccttgggcagcagcgaa
V R A F I R F H G V R H P A T L G S S E
gtcgaggcatttctgtcctggctggcgaacgagcgcaaggtttcggtctccacgcatcgt
V E A F L S W L A N E R K V S V S T H R
caggcattggcggccttgctgttcttctacggcaaggtgctgtgcacggatctgccctgg
Q A L A A L L F F Y G K V L C T D L P W
cttcaggagatcggaagacctcggccgtcgcggcgcttgccggtggtgctgaccccggat
L Q E I G R P R P S R R L P V V L T P D
gaagtggttcgcatcctcggttttctggaaggcgagcatcgtttgttcgcccagcttctg
E V V R I L G F L E G E H R L F A Q L L
tatggaacgggcatgcggatcagtgagggtttgcaactgcgggtcaaggatctggatttc
Y G T G M R I S E G L Q L R V K D L D F
gatcacggcacgatcatcgtgcgggagggcaagggctccaaggatcgggccttgatgtta
D H G T I I V R E G K G S K D R A L M L
cccgagagcttggcacccagcctgcgcgagcagctgtcgcgtgcacgggcatggtggctg
P E S L A P S L R E Q L S R A R A W W L
aaggaccaggccgagggccgcagcggcgttgcgcttcccgacgcccttgagcggaagtat
K D Q A E G R S G V A L P D A L E R K Y
ccgcgcgccgggcattcctggccgtggttctgggtttttgcgcagcacacgcattcgacc
P R A G H S W P W F W V F A Q H T H S T
gatccacggagcggtgtcgtgcgtcgccatcacatgtatgaccagacctttcagcgcgcc
D P R S G V V R R H H M Y D Q T F Q R A
ttcaaacgtgccgtagaacaagcaggcatcacgaagcccgccacaccgcacaccctccgc
F K R A V E Q A G I T K P A T P H T L R
cactcgttcgcgacggccttgctccgcagcggttacgacattcgaaccgtgcaggatctg
H S F A T A L L R S G Y D I R T V Q D L
ctcggccattccgacgtctctacgacgatgatttacacgcatgtgctgaaagttggcggt
L G H S D V S T T M I Y T H V L K V G G
gccggagtgcgctcaccgcttgatgcgctgccgcccctcactagtgagaggtag
A G V R S P L D A L P P L T S E R -
5. Secuencia de aminoácidos.
Frame 1 5’ - 3’
M K T A T A P L P P L R S V K V L D Q L R E R I R Y L H Y S L R T E Q
A Y V H W V R A F I R F H G V R H P A T L G S S E V E A F L S W L A N
E R K V S V S T H R Q A L A A L L F F Y G K V L C T D L P W L Q E I G
R P R P S R R L P V V L T P D E V V R I L G F L E G E H R L F A Q L L
Y G T G M R I S E G L Q L R V K D L D F D H G T I I V R E G K G S K D
R A L M L P E S L A P S L R E Q L S R A R A W W L K D Q A E G R S G V
A L P D A L E R K Y P R A G H S W P W F W V F A Q H T H S T D P R S G
V V R R H H M Y D Q T F Q R A F K R A V E Q A G I T K P A T P H T L R
H S F A T A L L R S G Y D I R T V Q D L L G H S D V S T T M I Y T H V
L K V G G A G V R S P L D A L P P L T S E R Stop.
6. Secuencia del fragmento a analizar
Tamaño: 337 a.a
MKTATAPLPPLRSVKVLDQLRERIRYLHYSLRTEQAYVHWVRAFIRFHGVRHPATLGSSE
VEAFLSWLANERKVSVSTHRQALAALLFFYGKVLCTDLPWLQEIGRPRPSRRLPVVLTPD
EVVRILGFLEGEHRLFAQLLYGTGMRISEGLQLRVKDLDFDHGTIIVREGKGSKDRALML
PESLAPSLREQLSRARAWWLKDQAEGRSGVALPDALERKYPRAGHSWPWFWVFAQHTHST
DPRSGVVRRHHMYDQTFQRAFKRAVEQAGITKPATPHTLRHSFATALLRSGYDIRTVQDL
LGHSDVSTTMIYTHVLKVGGAGVRSPLDALPPLTSER
7. Compute pI/Mw
10 20 30 40 50 60
MKTATAPLPP LRSVKVLDQL RERIRYLHYS LRTEQAYVHW VRAFIRFHGV RHPATLGSSE
70 80 90 100 110 120

VEAFLSWLAN ERKVSVSTHR QALAALLFFY GKVLCTDLPW LQEIGRPRPS RRLPVVLTPD
130 140 150 160 170 180

EVVRILGFLE GEHRLFAQLL YGTGMRISEG LQLRVKDLDF DHGTIIVREG KGSKDRALML
190 200 210 220 230 240

PESLAPSLRE QLSRARAWWL KDQAEGRSGV ALPDALERKY PRAGHSWPWF WVFAQHTHST
250 260 270 280 290 300

DPRSGVVRRH HMYDQTFQRA FKRAVEQAGI TKPATPHTLR HSFATALLRS GYDIRTVQDL
310 320 330

LGHSDVSTTM IYTHVLKVGG AGVRSPLDAL PPLTSER
Peso molecular: 38381.19 Da
Punto isoeléctrico teórico: 10.25
8. Tabla de proteínas
Nombre de la Clave asignada por Tamaño de la Porcentaje de

proteínas / Nombre la base de datos proteína con la identidad con la
científico del que dio proteína con la que
organismo del que parecido (a.a) dio parecido
proviene la proteína
Class 1 integron A0A3L4X8F1_ECOLX 337 99%
integrase Intl1 /
Escherichia coli
Uncharacterized A0A0F9SEX0_9ZZZZ 337 100%
protein/marine sediment
metagenome
DNA integrase/Plasmid Q7BU68_9ZZZZ 337 100%
NR79
Integrase/Pseudomonas A0A136QC17 337 100%
monteilii
Integron integrase A0A136QC17_9PSED 337 100%
Class 1 integron G0FGB0_ECOLX 337 100%
integrase protein IntI1
Integron integrase family A0A070UPM8_ECOLX 337 100%
protein/Escherichia coli
2-177-06_S3_C2
Integrase/recombinase/E T9CWQ0_ECOLX 337 100%
scherichia coli UMEA
3212-1
Integron integrase A0A2L0T6Y7_9PSED 337 100%
IntIPac/Pseudomonas
sp. XWY-1
Recombinase/Cellvibrio I3I9R2_9GAMM 337 100%
sp. BR
Integron integrase M7CAA1_MORMO 337 100%
IntI1/Morganella
morganii SC01
Tn21 integrase protein A0A0G3KE34_ECOLX 337 100%
IntI1/Escherichia coli
PCN033
Contig_53, whole A0A0D0P064_9GAMM 337 100%
genome shotgun
sequence/Aeromonas
sp. L_1B5_3
Integrase-Recombinase / V6ALV1_PSEAI 337 100%
Pseudomonas
aeruginosa
Integron integrase / A0A2T9HN22_SALET 337 100%
Salmonella enterica
Diseño de oligonucleótidos
Se seleccionaron los primers directo y reverso del par 3, debido a que este arrojaba el
producto de mayor tamaño (188 pb).
Primer directo:
(Sac I) GAGCTCCGGCCTTGCTGTTCTTCTAC
Primer reverso:
(EcoRI)GAATTCATGCCCGTTCCATACAGAAG
9. Tabla de primers
Primers Secuencia del primer (5’ – 3’) Tamaño del producto

obtenido
Directo (Par 1) CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC 184 pb
Reverso (Par 1) ATGCCCGTTCCATACAGAAG
Directo (Par 2) GGCCTTGCTGTTCTTCTACG 183 pb
Directo (Par 3) CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC 188 pb
Directo (Par 4) CGAACCGAACAGGCTTATGT 180 pb
Reverso (Par 4) GCCGTAGAAGAACAGCAAGG
Directo (Par 5) ACGAACCGAACAGGCTTATG 181 pb
Reverso (Par 5) GCCGTAGAAGAACAGCAAGG
10. Identificación de primers en la secuencia obtenida en Expasy:
El primer rotulado de color amarillo es el directo 3 del par 3, por otra parte, el de color
celeste, será el reverso 3 del par 3.
atgaaaaccgccactgcgccgttaccaccgctgcgttcggtcaaggttctggaccagttg
M K T A T A P L P P L R S V K V L D Q L
cgtgagcgcatacgctacttgcattacagcttacgaaccgaacaggcttatgtccactgg
R E R I R Y L H Y S L R T E Q A Y V H W
gttcgtgccttcatccgtttccacggtgtgcgtcacccggcaaccttgggcagcagcgaa
V R A F I R F H G V R H P A T L G S S E
gtcgaggcatttctgtcctggctggcgaacgagcgcaaggtttcggtctccacgcatcgt
V E A F L S W L A N E R K V S V S T H R
caggcattggcggccttgctgttcttctacggcaaggtgctgtgcacggatctgccctgg
Q A L A A L L F F Y G K V L C T D L P W
cttcaggagatcggaagacctcggccgtcgcggcgcttgccggtggtgctgaccccggat
L Q E I G R P R P S R R L P V V L T P D
gaagtggttcgcatcctcggttttctggaaggcgagcatcgtttgttcgcccagcttctg
E V V R I L G F L E G E H R L F A Q L L
tatggaacgggcatgcggatcagtgagggtttgcaactgcgggtcaaggatctggatttc
Y G T G M R I S E G L Q L R V K D L D F
gatcacggcacgatcatcgtgcgggagggcaagggctccaaggatcgggccttgatgtta
D H G T I I V R E G K G S K D R A L M L
cccgagagcttggcacccagcctgcgcgagcagctgtcgcgtgcacgggcatggtggctg
P E S L A P S L R E Q L S R A R A W W L
aaggaccaggccgagggccgcagcggcgttgcgcttcccgacgcccttgagcggaagtat
K D Q A E G R S G V A L P D A L E R K Y
ccgcgcgccgggcattcctggccgtggttctgggtttttgcgcagcacacgcattcgacc
P R A G H S W P W F W V F A Q H T H S T
gatccacggagcggtgtcgtgcgtcgccatcacatgtatgaccagacctttcagcgcgcc
D P R S G V V R R H H M Y D Q T F Q R A
ttcaaacgtgccgtagaacaagcaggcatcacgaagcccgccacaccgcacaccctccgc
F K R A V E Q A G I T K P A T P H T L R
cactcgttcgcgacggccttgctccgcagcggttacgacattcgaaccgtgcaggatctg
H S F A T A L L R S G Y D I R T V Q D L
ctcggccattccgacgtctctacgacgatgatttacacgcatgtgctgaaagttggcggt
L G H S D V S T T M I Y T H V L K V G G
gccggagtgcgctcaccgcttgatgcgctgccgcccctcactagtgagaggtag
A G V R S P L D A L P P L T S E R -
Análisis de primers
11. Tabla 1: Horquillas
Clave Horquilla (Estructura) Secuencia ΔG ΔH ΔS

del 5’ – 3’ (kca (kca (cal/K
oligo l/mo l/mo *mol)
l) l)
D1 CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC 0.1 -18.9 -63.72
par 1
(a)
D1 CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC 0.45 -21.1 -72.27

par 1
(b)
R1 ATGCCCGTTCCATACAGAAG 0.24 -20.6 -69.91

par 1
(a)
par 1
(b)

par 1
(c)
D2 GGCCTTGCTGTTCTTCTACG 0.1 -18.9 -63.72

par 2
par 2
(a)

par 2
(b)

par 2
(c)
D3 CGAACCGAACAGGCTTATGT -0.8 -19.6 -63.04
par 3
R3 AGCACCTTGCCGTAGAAGAA -1 -22.1 -70.78

par 3
(a)
R3 AGCACCTTGCCGTAGAAGAA -0.87 -22.4 -72.21

par 3
(b)
D4 CGAACCGAACAGGCTTATGT -0.8 -19.6 -63.04
par 4
R4 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.41 -18.1 -62.07

par 4
(a)
R4 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.61 -21 -72.49

par 4
(b)
par 4
(c)
D5 ACGAACCGAACAGGCTTATG -0.8 -19.6 -63.04

par 5
(a)
D5 ACGAACCGAACAGGCTTATG -0.61 -19 -61.69

par 5
(b)
D5 ACGAACCGAACAGGCTTATG 0.16 -36.5 -
par 5 122.96
(c)

par 5
(a)
R5 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.61 -21 -72.49

par 5
(b)
par 5
(c)
12. Tabla 2. Dímeros
Clave Dímero (Estructura) Secuencia 5’ – 3’ ΔG Bases

del (kcal/ que
oligo mol) aparea
n
D1 par CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC -9.28 4
1 (a)

1 (b)

1 (c)

1 (d)

1 (e)

1 (f)
R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.61 2

1 (a)
1 (b)

1 (c)

1 (d)

1 (e)

1 (f)

1 (g)

1 (h)
D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -9.28 4

2 (a)

2 (b)

2 (c)

2 (d)

2 (e)

2 (f)
2 (a)

2 (b)

2 (c)

2 (d)

2 (e)

2 (f)

2 (g)

2 (h)
D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -3.61 2

3 (a)

3 (b)

3 (c)

3 (d)

3 (e)
3 (f)

3 (g)

3 (h)

3 (i)

3 (j)

3 (k)
R3 par AGCACCTTGCCGTAGAAGAA -5.09 3

3 (a)

3 (b)

3 (c)

3 (d)

3 (e)

3 (f)

3 (g)
3 (h)

3 (i)

4 (a)

4 (b)

4 (c)

4 (d)

4 (e)

4 (f)

4 (g)

4 (h)

4 (i)

4 (j)

4 (k)
R4 par GCCGTAGAAGAACAGCAAGG -3.61 2

4 (a)

4 (b)
4 (c)

4 (d)

4 (e)

4 (f)
D5 par ACGAACCGAACAGGCTTATG -3.61 2

5 (a)

5 (b)

5 (c)

5 (d)

5 (e)

5 (f)

5 (g)

5 (h)

5 (i)

5 (j)
5 (k)

5 (a)

5 (b)

5 (c)

5 (d)

5 (e)

5 (f)
13. Tabla 3. Heterodímeros
Clave del Secuencia 5’ – 3’ Heterodímero (Estructura)

oligo
D1-R1 par 1 ATGCCCGTTCCATACAGAAG
(a)

(b)

(c)

(d)

(e)
(f)
(g)

(h)

(i)

(j)

(k)

(l)

(m)

(n)

(ñ)

(a)

(b)

(c)

(d)
(e)

(f)

(g)

(h)

(i)

(j)

(k)

(l)

(m)

(n)

(ñ)
D3-R3 par 3 AGCACCTTGCCGTAGAAGAA

(a)

(b)
(c)

(d)

(e)

(f)

(g)

(h)

(i)

(j)

(k)

(l)

(m)
D4-R4 par 4 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG

(a)

(b)
(c)

(d)

(e)

(f)

(g)

(h)

(i)

(j)

(k)

(l)

(m)

(n)

(a)
(b)

(c)

(d)

(e)

(f)

(g)

(h)

(i)

(j)

(k)

(l)

(m)

(n)
14. PCR virtual.

PCR par 1.
PCR par 2.
PCR par 3.
PCR par 4.
PCR par 5.
Modelaje de proteínas
15. Obtención de modelo a partir de software
16.
Conclusiones.
Como se pudo observar el análisis del gen para especies similares, arroja diversos
organismos entre ellos, el Pseudomonas aeruginosa. El genoma de la Pseudomonas
aeruginosa es el origen de nuestro código a analizar, por lo que es lógico que
aparezca en el análisis con un porcentaje de identidad del 100%. Muchos otros
organismos aparecen con un porcentaje de 100% de identidad. Esta secuencia
dentro de organismos sin capacidad retro vírica se analizaría en otro momento debido
a que la integrasa es producida por un retrovirus.
Posteriormente, una vez traducido el gen a proteína se compara el resultado con la
base de datos obteniendo así solo proteínas recombinantes como resultado, lo
esperado, entre ellas diversos tipos de integrasa, integrones y recombinasas. El
organismo que corresponde a nuestro análisis aparece un gran número de veces
relacionado a proteínas integrasas e integrón con un porcentaje de identidad del
100%.
Para el diseño de oligonucleótidos de acuerdo al polilinker del plásmido pBlue Script
SK II+, se seleccionó el sitio de restricción para Sac I, el cual corresponde al sitio de
corte 5´ de nuestro gen y de acuerdo a la dirección de replicación del polilinker
prediseñado, este sitio corresponde al primer directo. Para el primer reverso se llevó
a cabo la misma metodología y se seleccionó Eco RI como sitio de restricción en el
extremo 3´. La selección de estos sitios de restricción se hizo en base a qué tan
conocidos son estos mismos.
Como último punto la información arrojada por la PCR virtual indica que los primers
pueden no ser 100% específicos y muestra un dato atípico; indica que nuestro
genoma posee la variante de transcripción 1 de RNAm de Homo sapiens forkhead
box N3 (FOXN3) como gen posiblemente no deseado.
Las pruebas previas confirman el origen del gen y la PCR muestra un fragmento
potencialmente indeseado en el mismo; para proceder se requeriría abordar el origen
y estructura de dicho gen y decidir si es indeseado o no.
Bibliografía
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web: https://www.addgene.org/vector-database/1946/
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Análisis Bioinformático Del Gen IntI1 DNA Integrasa Del Organismo Pseudomonas Aeruginosa.

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1.

3. Tabla BLAST nucleotide.

Nombre del gen/Nombre Clave asignada Tamaño de la Porcentaje de

Se utilizará el Frame 1 5’ a 3’:

6. Secuencia del fragmento a analizar

Tamaño: 337 a.a

70 80 90 100 110 120

130 140 150 160 170 180

190 200 210 220 230 240

250 260 270 280 290 300

310 320 330

Nombre de la Clave asignada por Tamaño de la Porcentaje de

Primers Secuencia del primer (5’ – 3’) Tamaño del producto

10. Identificación de primers en la secuencia obtenida en Expasy:

Clave Horquilla (Estructura) Secuencia ΔG ΔH ΔS

D1 CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC 0.45 -21.1 -72.27

R1 ATGCCCGTTCCATACAGAAG 0.24 -20.6 -69.91

R1 ATGCCCGTTCCATACAGAAG 1.08 -16.7 -59.63

D2 GGCCTTGCTGTTCTTCTACG 0.1 -18.9 -63.72

R2 ATGCCCGTTCCATACAGAAG 0.94 -20.4 -71.56

R2 ATGCCCGTTCCATACAGAAG 1.08 -16.7 -59.63

R3 AGCACCTTGCCGTAGAAGAA -1 -22.1 -70.78

R3 AGCACCTTGCCGTAGAAGAA -0.87 -22.4 -72.21

R4 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.41 -18.1 -62.07

R4 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.61 -21 -72.49

D5 ACGAACCGAACAGGCTTATG -0.8 -19.6 -63.04

D5 ACGAACCGAACAGGCTTATG -0.61 -19 -61.69

R5 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.41 -18.1 -62.07

R5 GCCGTAGAAGAACAGCAAGG 0.61 -21 -72.49

12. Tabla 2. Dímeros

Clave Dímero (Estructura) Secuencia 5’ – 3’ ΔG Bases

D1 par CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC -3.61 2

D1 par CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC -3.14 2

D1 par CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC -3.14 2

D1 par CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC -1.34 2

D1 par CGGCCTTGCTGTTCTTCTAC -0.96 2

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.61 2

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.43 3

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.14 2

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.95 2

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.47 2

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.47 2

R1 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.34 2

D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -9.28 4

D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -3.61 2

D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -3.14 2

D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -3.14 2

D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -1.34 2

D2 par GGCCTTGCTGTTCTTCTACG -0.96 2

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.52 3

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.43 3

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -3.14 2

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.95 2

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.47 2

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.47 2

R2 par ATGCCCGTTCCATACAGAAG -1.34 2

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -3.61 2

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -3.61 2

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -3.61 2

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -3.3 3

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -3.14 2

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -1.94 2

D3 par CGAACCGAACAGGCTTATGT -1.94 2