Las formas de aislamiento más antiguas efectivas conocidas son las mencionadas en

el Pentateuco (Biblia) hace más de 3400 años, de la que se siguieron los consejos,

especialmente en el caso de la lepra. A partir de los siglos XIII y XIV toma auge.
Su uso durante cuarenta días con la aparición de la peste negra en embarcaciones
determinó su nombre, aunque no se basa en una razón científica, sino en el número de
días que de acuerdo con la Biblia, Cristo pasó en el desierto. [cita  requerida]
Las personas infectadas fueron separadas para evitar la propagación de la enfermedad
entre los antiguos israelitas bajo la ley mosaica, como grabados en el antiguo testamento. 1
Venecia tomó el liderazgo en medidas sanitarias para controlar la propagación de plagas,
habiendo nombrado a tres guardianes de la salud pública en los primeros años de la peste
negra (1348). La palabra "cuarentena" se origina de la frase italiana quaranta giorni, lo que
significa "cuarenta días".
Para fines médicos actualmente existen las cuarentenas de periodos de ochenta y
cuarenta días, dependiendo de la gravedad de la enfermedad y el país donde ocurra el
evento.
En la época actual, el temor a la contaminación al regresar de la Luna (una contaminación
interplanetaria) fue el principal motivo de los procedimientos de cuarentena adoptadas
para el programa de la primera misión Apollo. Los astronautas y las muestras lunares
fueron puestos en cuarentena en el Laboratorio de Recepción Lunar. Igualmente para las
muestras de una futura misión de retorno de Marte, existe el protocolo de cuarentena para
cualquier muestra proveniente de Marte; el cual se llevaría a cabo en un laboratorio de
bioseguridad de nivel 4, conocido como el Mars Sample Return Receiving Facility
(MSRRF).2