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9 UN ESTUDIO COMPARATIVO DE LOS HALOTIPOS MITOCONDRIAL Y

10 CITOCROMO b EN Inia geoffrensis

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13 Castillo, Andrea Catalina 1; Ayala, Esteban Amir 2

14 1,2Estudiante Pregrado Biología

15 1Estudiante Pregrado Microbiología Industrial

16 1andrea_castillo@javeriana.edu.co

17 2e.ayala@javeriana.edu.co

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22 Pontificia Universidad Javeriana, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología,

23 Carrera 7 No. 40-62, Bogotá DC, Colombia.

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25 Resumen.

26 Inia geoffrensis es un mamífero acuático que se encuentra en peligro debido a lo

27 fácil fragmentarle que es su hábitat, es por esto por lo que los estudios genéticos

28 para esta especie son de vital importancia, razón por la cual Banguera et. al realizan

29 el articulo que se toma como base en el presente proyecto. Durante el presente

30 proyecto se espera generar una clara comparación entre estos datos y los que se

31 quieren obtener a través de la utilización de diferentes softwares computacionales,

32 además de poder llevar más allá de la finalización del articulo base. Con ayuda del

33 programa MEGA7 se realizarán mapas filogenéticos teniendo la primera

34 comparación visible entre los dos trabajos. Se evidencian claras diferencias entre

35 los mapas lo que se obtienen esto debido probablemente a las diferencias en las

36 distancias genéticas que se obtienen. Finalmente, se espera poder evidenciar los

37 haplotipos de forma visual.

38 Palabras clave. Inia geoffrensis, filogenia, mapas, comparación, genética.

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40 Abstract.

41 Inia geoffrensis is an aquatic mammal that is in danger because its habitat is easy

42 to fragment, reason why genetic studies for this species are of vital importance, and

43 that the mean reason why Banguera et.al made the article that we take as basis for

44 the current project. During the present project, it is expected to generate a clear

45 comparison between these data and those that are to be obtained through the use

46 of different computational software, in addition to being able to carry beyond the

47 finalization of the base article. With the help of the program MEGA7, phylogenetic

48 maps will be made, having the first visible comparison between the two works. There

49 are clear differences between the maps, which is probably due to the differences in

50 genetic distances that are obtained. Finally, it is expected to be able to visualize the

51 haplotypes.

52 Key words. Inia geoffrensis, phylogeny, maps, comparation, genetics.

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69 El delfín rosado (Inia geoffrensis), también conocido como el delfín boto, es una

70 especie de mamífero cetáceo de la familia Iniidae, el cual se distribuye por las

71 cuencas del amazonas, la cuenca alta del río Madeira en Bolivia y la cuenca del

72 Orinoco. Es el más grande de los delfines de río; este animal es de color gris

73 rosáceo, presenta dimorfismo sexual y además los dientes anteriores difieren de los

74 dientes posteriores a diferencia de los demás delfines del mismo suborden. Al igual

75 que otros cetáceos estos poseen un órgano de ecolocalización llamado “melón”,

76 otra diferencia es la diversidad en su dieta debido a que se alimenta principalmente

77 de peces, dentro de los que se encuentra un alrededor de 53 especies distintas

78 además de tortugas de río y cangrejos (Bebej, 2008; da Silva & Martin, 2018).

79

80 Para el 2008 la lista roja de la UICN clasifica a esta especie como especie con datos

81 insuficientes (Reeves, et al, 2013), esto se da debido a la insuficiencia de los datos

82 que se obtienen respecto a la cifra total de la población del mismo esto también por

83 la tendencia que se tiene a la tala de árboles generando así una pérdida en su

84 hábitat además a estos se les captura accidentalmente durante las faenas de pesca

85 que se dan por parte de las diferentes poblaciones; por otro lado, gracias al atractivo

86 de la especie es común encontrar especímenes de la misma en cautiverio en países

87 como Estados Unidos, Venezuela y Europa en exhibiciones de acuarios, aunque la

88 mortalidad de cautiverio es elevada (Martin & da Silva, 2004).

89

90 La genética de poblaciones tiene como objetivo principal describir la variación y la

91 frecuencia alélica de la distribución para así poder explicar los diferentes procesos

92 evolutivos, dentro de la cual se define una población como aquel grupo de individuos
 93 de una misma especie que se encuentran aislados reproductivamente de otros

94 grupos que sean afines, estos están sujetos a cambios evolutivos en los que

95 subyacen cambios genéticos lo que es influenciado por la selección natural, la

96 recombinación genética, entre otros (Hartwell et. al,2008).

97

98 Para el presente estudio se espera generar una filogenia clara de las diferentes

99 poblaciones de Delfines Rosados encontradas en el estudio de Banguera et al para

100 así, poder identificar diferencias en los haplotipos encontrados dentro de este

101 estudio y realizar una clara comparación gracias al programa MEGA7.

102

103 Para esto se empieza una búsqueda en la NCBI de los diferentes haplotipos de las

104 dos regiones a estudiar, para esto se tiene en cuenta los códigos que se encuentran

105 en el artículo base, lo cual facilita la búsqueda de las secuencias; estas secuencias

106 se guardan por separado las de región mitocondrial como las de región del

107 citocromo b en formato FASTA, seguido de esto con ayuda del programa se alinean

108 las diferentes secuencias donde las diferencias entre estos no son fácilmente

109 perceptibles, gracias a esto se realizan los diferentes mapa.

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111 Discusión

112 A partir del artículo en el que nos basamos, del cual también tomamos las

113 secuencias para analizarlas, se buscará obtener resultados con nuevos programas

114 y al analizar los datos poder contrastar los resultados con dicho estudio. Los

115 resultados obtenidos permiten una comparación superflua por el momento, los
116 grupos se separan de manera congruente con la base, sin embargo, se presentan

117 varias diferencias en la agrupación de las especias.

118

119 La ubicación de los individuos y el flujo génico sustentan su relación con los datos

120 obtenidos. Los parecidos genéticos entre las poblaciones se sustentan con el cruce

121 de estas a lo largo de los afluentes. Así mismo, la variabilidad de los nucleótidos

122 que muestran las poblaciones es la respuesta al fenómeno de cruces tan específico

123 entre las poblaciones, sus divisiones y las características precisas de los afluentes

124 de América del Sur.

125

126 Según los autores que afirman que el área central de la distribución de varias

127 poblaciones, puede ser el origen de estas –por ejemplo, (Dobzhansky, 1971), el Río

128 Amazonas puede ser referenciado como dicho origen de la especie Inia. Por lo que

129 la teoría consiguientemente apoyada es la que afirma que la entrada de este grupo

130 de organismos se dio por el Océano Atlántico, colonizando en centro con los años.

131

132 La introgresión en las frecuencias alélicas es el otro punto de vista que se desea

133 tomar en cuenta. la capacidad de los genes para preservar lo estrictamente

134 necesario y empezar a evaluar nuevas posibilidades de adaptación es lo que hace

135 interesante el estudio de este caso en particular. El poco bagaje en el medio, la falta

136 de práctica y la iniciación en este proceso es la razón por la que los promedios de

137 los programas usados (0,023 Citocromo B y 0,033 Región Control Mitocondrial) son

138 tan diferentes con respecto al artículo base. Lo anterior no es definitivo para

139 expresar que están mal realizados los análisis o que los datos no se tratan
140 correctamente. Pero si es una muestra de la capacidad de acoplar los datos o el

141 uso de matemáticas para el manejo de estos.

142

143 Como se evidencia en la figura 1, la cual se obtiene por medio del programa ya

144 mencionada anteriormente al ser compara con el mismo mapa filogenético, el cual

145 corresponde al haplotipo mitocondrial de todos los especímenes en las diferentes

146 regiones de estudio, se evidencian claras diferencias, esto debido a que se

147 evidencian diferentes distribuciones para aquellos que se encuentran en el Orinoco

148 y en la amazonia Colombiana; por otro lado, gracias a MEGA7 se obtiene un mapa

149 filogenético de manera circular (Figura 2) el cual, muestra una importante

150 agrupación entre dos de los haplotipos de la amazonia colombiana con uno del

151 Orinoco, cuando lo que se espera antes de los estudios es que todos los haplotipos

152 de una misma región se encuentren agrupados juntos, lo que de igual forma se

153 evidencia al observar un haplotipo del Orinoco, mientras que todos aquellos que se

154 encuentran en la región de Bolivia si se encuentran completamente agrupados entre

155 sí, para finalizar con la región mitocondrial se evidencia en la tabla 1 las distancias

156 de Pairwise evidenciando que no hay diferencias significativas en todas las regiones

157 analizadas durante el estudio de Banguera et. al por lo cual, se espera que más

158 adelante se pueda evidenciar un Heat map y así poder observar con mayor claridad

159 las similitudes y diferencias con base en las diferentes regiones geográficas

160 muestreadas.

161

162 En cuanto a los haplotipos de la región del citocromo b se evidencia una gran

163 diferencia en los mapas filogenéticos obtenidos con ayuda del programa, la
164 distribución de las especies es completamente diferente generando de igual forma

165 unas distancias de pairwise a pesar de ser similares entre ellas al ser comparadas

166 con el artículo estas tienen a ser diferentes, razón por la que se podría explicar la

167 diferencia en la distribución y organización del mapa filogenético, por otro lado, al

168 observar el mapa de forma circular de puede ver como las distribuciones son

169 realmente importantes teniendo una región en Bolivia se encuentra sola, es decir,

170 no se agrupa con ningún otro espécimen, cosa que no se encuentra en el artículo

171 base.

172

173 Finalmente, se espera que para un futuro se pueda evidenciar las diferencias entre

174 los haplotipos en forma de una imagen lo que facilitar al lector, a diferencia del

175 artículo base donde se evidencia que esto se hace únicamente de forma numérica,

176 lo que dificulta un poco el entendimiento, de igual forma se quiere poder comprobar

177 esta parte matemática con ayuda del software implementando la prueba AMOVA y

178 probablemente alguna otra prueba y poder hacer un poco más robusto la

179 investigación

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188 Bibliografía

189 da Silva, V. M., & Martin, A. R. (2018). Amazon river dolphin: Inia geoffrensis.

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195 https://doi.org/10.1093/jhered/93.5.312

196 Hartwell, L., Goldberg, M. L., Fischer, J. A., Hood, L., & Aquadro, C. F. (2008).

197 Genetics: from genes to genomes (pp. 978-0073227382). New York:

198 McGraw-Hill.

199 Martin, A., V. da Silva (2004). «River dolphins and flooded forest: seasonal habitat

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201 environment». Journal of the Zoological Society of London 263: 295-305.

202 Reeves, R.R., Jefferson, T.A., Karczmarski, L., Laidre, K., O’Corry-Crowe, G.,

203 Rojas-Bracho, L., Secchi, E.R., Slooten, E., Smith, B.D., Wang, J.Y. & Zhou,

204 K. (2013). «Inia geoffrensis». Lista Roja de especies amenazadas de la UICN

205 2015.3

206 Ryan Bebej (2008). «Inia geoffrensis - Amazon river dolphin». ADW-University of

207 Michigan Museum of Zoology.

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212 Figuras Obtenidas.

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214 Figura 1. Mapa filogenético obtenido para los 14 haplotipos de la región Mitocondrial

215 para las 3 regiones estudiadas. Mapa Obtenido con el programa MEGA7.

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217 Tabla 1. Distancias de Pairwise obtenidas para los 14 haplotipos de la región

218 Mitocondrial para las 3 regiones estudiadas. Obtenido con el programa MEGA7.

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222 Figura 3. Mapa filogenético obtenido para los 8 haplotipos de la región del

223 Citocromo b para las 3 diferentes regiones estudiadas. Mapa Obtenido con el

224 programa MEGA 7.

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226 Tabla 2. Distancias de Pairwise obtenidas para los 8 haplotipos de la región

227 Citocromo b para las 3 regiones estudiadas. Obtenido con el programa MEGA7.

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234 Material Suplementario

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236 Fig. 1. Búsqueda realizada en la base de datos Nucleoide de la NCBI para los cinco

237 haplotipos de la región mitocondrial en el Orinoco.

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239 Fig. 2. Búsqueda realizada en la base de datos Nucleoide de la NCBI para los siete

240 haplotipos de la Amazonia Boliviana.

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243 Fig. 3. Búsqueda realizada en la base de datos Nucleoide de la NCBI para los dos

244 haplotipos de la región mitocondrial de la Amazonia Colombiana.

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246 Fig. 4. Alineación realizada con el programa MEGA7 para los haplotipos de la región

247 mitocondrial del Orinoco.

248

249 Fig. 5. Alineación realizada con el programa MEGA7 para los haplotipos de la región

250 mitocondrial de Bolivia.

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253 Fig. 6. Alineación realizada con el programa MEGA7 para los haplotipos de la región

254 mitocondrial del Colombia.

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257 Fig. 7. Búsqueda realizada en la base de datos Nucleoide de la NCBI para los dos

258 haplotipos de la región del Citocromo b en Bolivia.

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261 Fig. 8. Búsqueda realizada en la base de datos Nucleoide de la NCBI para los dos

262 haplotipos de la región del Citocromo b en el Orinoco.

263

264 Fig. 9. Búsqueda realizada en la base de datos Nucleoide de la NCBI para los dos

265 haplotipos de la región del Citocromo b en Colombia.

266

267 Fig. 10. Alineación realizada con el programa MEGA7 para los haplotipos de la

268 región del Citocromo b de Colombia.

269

270

271 Fig. 11. Alineación realizada con el programa MEGA7 para los haplotipos de la

272 región del Citocromo b de Bolivia.

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274

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276

277 Fig. 10. Alineación realizada con el programa MEGA7 para los haplotipos de la

278 región del Citocromo b de en el Orinoco.