Los genes que codifican las proteínas asociadas con la competencia de los espermatozoides, la

fertilización y los conflictos de intereses sexuales a menudo se encuentran entre las partes de
genomas animales que evolucionan más rápidamente.

Una familia de genes expresados en esperma (Zp3r, C4bpa) en el grupo de genes de mamíferos
llamada regulador de activación del complemento (RCA) codifica proteínas que se unen a los
huevos y median el éxito reproductivo, y por lo tanto se espera que muestren altas tasas
relativas de sustitución de nucleótidos no anónima en respuesta a la selección sexual en
comparación con otros genes que no participan en la unión de gametos en la fertilización.
Probamos esa hipótesis de trabajo mediante el uso de modelos filogenéticos de evolución de
codones para identificar episodios de selección positiva diversificada. Utilizamos un enfoque
comparativo para cuantificar la evidencia de una selección diversificada episódica que actúa
sobre genes RCA con funciones conocidas en la fertilización (y sensibilidad a la selección sexual),
y los contrasta con otros genes RCA en la misma familia de genes que funcionan en la inmunidad
innata (y son no sensible a la selección sexual).

Esperábamos, pero no encontramos evidencia de más episodios de selección positiva en Zp3rin

Glires (los roedores y lagomorfos) o en C4BPA en primates, en comparación con otros genes RCA
paralogosus en el mismo taxón, o en comparación con el mismo gen RCA ortólogo en el otro
taxón. Ese resultado no fue exclusivo de los genes RCA: también encontramos poca evidencia de
más episodios de selección diversificada de genes que codifican moléculas selectivas de unión de
esperma en la capa de huevo o zona pelúcida (Zp2, Zp3) en comparación con los miembros de la
misma familia de genes. que codifican elementos estructurales de la capa de huevo (Zp1, Zp4). Del
mismo modo, encontramos poca evidencia de una selección diversificada episódica que actúe
sobre otros dos genes recientemente descubiertos (Juno, Izumo1) que codifican moléculas
esenciales para la fusión de espermatozoides y óvulos.

Estos resultados negativos ayudan a ilustrar la importancia de un contexto comparativo para este
tipo de análisis de modelo de codones. Los resultados también pueden apuntar a otros contextos
filogenéticos en los que los efectos de la selección que actúan sobre estas proteínas de
fertilización podrían descubrirse y documentarse más fácilmente en mamíferos y otros taxones.

Genes que codifican moléculas expresadas en las superficies de gametos son clave para el éxito
de varias interacciones entre hombres o entre hombres y mujeres, incluyendo quimioatracción
de los espermatozoides hacia el óvulo, activación fisiológica de los gametos (incluida la reacción
acrosómica de los espermatozoides), unión de los espermatozoides a la cubierta del huevo y
fusión de gametos [26, 52]. Dichos genes se encuentran entre los más rápidos partes evolutivas
de genomas animales [34, 80], en parte porque los productos genéticos están sujetos a ambos
selección asociada con el éxito de la fertilización y sexual selección asociada con la competencia
de esperma entre machos o conflictos de intereses reproductivos entre machos y hembras. Un
resultado frecuente de tal selección dentro de las especies es la rápida divergencia de la
codificación de proteínas secuencias entre especies estrechamente relacionadas, en parte a
través de altas tasas relativas de sustituciones de nucleótidos no anónimas que afectan la
especificidad de las interacciones proteicas durante la fertilización [19, 68, 69].

Los modelos de codones de evolución de nucleótidos se pueden utilizar para identificar

episodios de selección diversificada o positiva asociados con linajes específicos o codones
específicos en alineamientos de secuencias codificantes de proteínas [4, 5].

Entre los mamíferos, una considerable investigación se ha centrado en los genes que codifican las
glicoproteínas involucradas en la unión de esperma y óvulo. Las proteínas de la capa del huevo
de los mamíferos incluyen dos miembros de la familia de genes ZP (Zp2 y Zp3) que se unen a los
espermatozoides de manera selectiva o específica de la especie.Los pares de proteínas ZP2 y ZP3
forman heterodímeros en orientación antiparalela, con los heterodímeros unidos a los polímeros
ZP1 que parecen tener un papel estructural en la formación de la zona pelúcida [14,15, 23, 39, 43].
Varios estudios han documentado altas tasas de evolución molecular de Zp2 y Zp3 entre
especies de mamíferos estrechamente relacionadas, incluidos episodios de selección
diversificada o positiva en codones en los dominios conocidos de unión de esperma de genes de
roedores [66, 67, 69, 72, 73] y población los análisis genéticos indican la selección en ZP2 y ZP3 en
humanos .

La identificación de las proteínas de los espermatozoides responsables de la especificidad o

selectividad de la unión de los espermatozoides a la cubierta del huevo a través de interacciones
con ZP2 y ZP3 ha sido muy polémica (revisado por [51, 52]). Un gen candidato bien estudiado que
se identificó originalmente en ratones es el receptor de esperma para la zona pelúcida llamada
Zp3r (también llamada proteína de esperma 56 o Sp56; [76]). En el genoma del ratón, Zp3rocurre
en el cromosoma 1 en un grupo de genes que codifican proteínas llamados el regulador de la
activación del complemento (RCA; [28]). El grupo RCA de mamíferos incluye dos genes que
codifican las subunidades alfa y beta de la proteína de unión a C4b (C4bpa, C4bpb); ambas
proteínas se expresan en plasma y (como muchos otros genes en el grupo RCA) funcionan en el
sistema inmune innato [53]. En los roedores, estos tres genes (Zp3r, C4bpa, C4bpb) se presentan
en tándem, y cada uno codifica una serie de 3 a 8 dominios de sushi repetidos (también conocidos
como proteínas de control del complemento o dominios CCP).

Los dominios de sushi contribuyen a la formación de monómeros plegados que se asocian en

proteínas multiméricas funcionales a través de la oligomerización de sus secuencias C-terminales
[27, 53]. ZP3R funcional en el acrosoma espermático consiste en un oligómero de seis o más
monómeros [10], similar a la organización de la proteína de unión a C4b en plasma.

La coincidencia de los tres genes juntos en el grupo RCA, sus dominios codificadores de proteínas
similares y su organización similar en oligómeros de proteínas funcionales, sugieren que
descienden de un ancestro común dentro del grupo RCA por una serie de eventos de duplicación
de genes. (p. ej., [35]). A diferencia de la función inmune innata de sus paralogs C4bpa y C4bpb, los
estudios funcionales muestran que la proteína ZP3R de ratón se une a ZP3 en la cubierta de huevo
de una manera específica de especie [9, 10, 76].
Sin embargo, los estudios de eliminación de ratones que muestran que los machos homocigotos
Zp3rnull son fértiles [47, 52] sugieren que ZP3R no es esencial para la unión de gametos. Una
interpretación de esos resultados es que múltiples proteínas espermáticas (incluida la ZP3R)
contribuyen a (y tienen funciones redundantes en) la unión de los espermatozoides a la zona
pelúcida.

Dos estudios previos se centraron en la selección asociada con la unión a gametos dependiente de
ZP3R, pero ambos análisis identificaron erróneamente el gen [44, 45, 58]. El grupo RCA en
genomas humanos y de otros primates incluye solo dos copias de genes paralogos que codifican
dominios de sushi

(C4BPA y C4BPB), y no incluye un tercer gen que es ortólogo con el gen del roedor Zp3r. En
cambio, Zp3ris es exclusivo de Glires (los roedores y lagomorfos), y descendió de C4bpaby un
evento de duplicación de genes en el ancestro común que conduce a ratones, conejos y

sus parientes existentes [41]. En consecuencia, está claro que Rohlfs et al. [58] documentaron
evidencia fuerte pero inesperada de LD entre el gen humano C4BPA en el grupo RCA y el gen de la
cubierta de huevo ZP3. Esta evidencia es inesperada porque implica que el C4BPA humano

se expresa en esperma y media la unión de gametos, que no es una función conocida o modo de
expresión para humanC4BPA. Otra evidencia complementaria ha extendido que la hipótesis para
incluir la coevolución ZP2 humana con C4BPA, identificó un codón clave bajo

selección en los tres genes, y mostró que la covarianza de pares de alelos entre esos genes tiene
una influencia detectable en la fertilidad humana [24]. Cagliani y col. [11] encontraron muchos
codones seleccionados positivamente en su análisis de primateC4BPA, que atribuyeron a la
función inmunológica (en lugar de reproductiva) de ese gen. Por

por el contrario, la evidencia de la expresión y función de Zp3 en la vesícula acrosómica de los

espermatozoides de los roedores es clara y está bien documentada, pero un análisis de modelo de
codones de la evolución molecular de Zp3r solo podría haberse aplicado a una alineación de los
ortólogos de Zp3 de Glires (en los que este gen se produce junto a C4bpa dentro del grupo RCA), y
no fuera de ese clado. Tal análisis parece no haberse llevado a cabo

Aquí analizamos la evolución de Zp3 y sus parálogos en el grupo de genes RCA en Glires y en
Primates. Utilizamos modelos de codones para identificar episodios de selección positiva en linajes
o codones en alineamientos de genes RCA que se sabe o se sospecha que están involucrados en
los espermatozoides.

unión al huevo (Zp3rin Glires, C4BPAin Primates) y alineaciones de genes que codifican los
receptores de esperma en la cubierta del huevo (Zp2, Zp3). Como control negativo de la
contribución de otros modos de selección a la evolución de esos genes, contrastamos los
resultados de los modelos de codones con la evidencia de una selección positiva en dos genes
paralogosus en el grupo RCA (C4bpbin ambos taxones; C4bpain Glires) que no se conocen para
expresarse en gametos o sensibles a la selección sexual en la fertilización, y dos genes que
codifican proteínas estructurales en la zona pelúcida (Zp1, Zp4).

Como control positivo, comparamos los resultados de Morgan y HartBMC Evolutionary Biology
(2019) 19: 154 Página 2 de 18 con modelos de selección diversificadora episódica que actúan
sobre dos genes (Izumo1, Juno) que se sabe que son necesarios para la fusión de espermatozoides
y óvulos. y se espera que sea

sensible a la selección sexual en la fertilización [22]. Utilizamos estas comparaciones entre genes y
taxones para probar la hipótesis de trabajo de que la selección sexual en estos productos
genéticos interactuantes causa altas tasas relativas de diferencias de sustitución no anónimas
entre especies.

Encontramos que algunos genes involucrados en la unión de espermatozoides y óvulos en Glires o

Primates mostraron episodios de selección positiva, pero hubo poca evidencia de más episodios
de selección positiva en dichos genes en comparación con el otro taxón (en el que no se conoce el
mismo gen ortólogo) para expresarse en gametos) o en comparación con otros genes (que no
están involucrados en la unión de gametos o fusión de gametos). Encontramos alguna evidencia
modesta de coevolución entre los genes expresados en esperma y óvulos que codifican productos
genéticos que interactúan, pero esta evidencia se limitó a un linaje específico de primates.
Ofrecemos una interpretación especulativa de esos resultados sorprendentes (y en su mayoría
negativos), y proponemos algunas pautas para futuros análisis de estos u otros genes que median
las interacciones de los gametos bajo la selección sexual.

Resultados

Selección diversificadora episódica en genes RCA Zp3r, C4bpa

y C4bpb Utilizamos el modelo de probabilidad de efectos aleatorios adaptativos de rama de sitio

(aBSREL) para identificar episodios de selección asociados con linajes específicos (o tiempos en la
historia evolutiva de los organismos; Fig. 1), y para probar la hipótesis de más episodios de
resultados positivos. selección en genes que codifican proteínas involucradas en la unión de
gametos

o fusión. Encontramos 11 episodios de selección que actúan sobre los dos genes RCA expresados
en los espermatozoides, incluidos tres episodios de selección positiva en Zp3rin, el ratón ciervo y
ambas especies de Castorimorpha (castor, rata canguro), y cuatro episodios de selección positiva
en C4BPA en el bebé arbusto, tarsero. y dos monos del Viejo Mundo (vervet, macaco que come
cangrejos) (Tabla 1; Fig. 2). Los episodios de selección positiva incluyeron aproximadamente el 8%
de la longitud total de la rama en la filogenia para cada uno de esos genes y taxones, y se incluyó
una media de aproximadamente el 8% de los codones en cada alineación en la clase de codones
bajo selección positiva en esas ramas ( Tabla 1; consulte el archivo adicional 1: Apéndice 1 para
obtener un resumen completo de los resultados del modelo de codón). Por el contrario, no
encontramos episodios de selección positiva que actúen sobre C4bpbin Glires o C4BPBin Primates
(Tabla 1)

Esos resultados, especialmente la diferencia entre genes

involucrado en la fertilización (Zp3r, C4BPA) en comparación con un gen involucrado solo en la

inmunidad innata (C4bpb), podría interpretarse como evidencia que apunta a primates, roedores
o lagomorfos específicos que han experimentado una selección sexual asociada con la
especificidad de los espermatozoides.

unión al huevo en la fertilización. Sin embargo, otras comparaciones entre genes y taxones no
respaldaron esa interpretación. Específicamente, encontramos cuatro episodios de selección
positiva en C4bpa en Glires, incluidos los chinos

hámster, la rama interna que conduce al ancestro común más reciente de ardilla y marmota, la
rama interna que conduce al ancestro común más reciente de dos especies de Mus, y el linaje que
incluye el ancestro común más reciente de hámsters, topillos y venados ratones (Fig.2). Al igual
que los resultados de Zp3rin Glires y C4BPAin Primates, la tasa relativa de sustitución no anónima
fue alta (ω = 15–693, media = 293) en codones seleccionados positivamente a lo largo de esas
cuatro ramas de C4bpain Glires, y una proporción sustancial (1-9%,

media = 5%) de codones en la alineación de C4b se incluyó en esa clase seleccionada

positivamente (Tabla 1).

Debido a que no se sabe que C4bpain Glires esté involucrado en la fertilización, esos episodios de
selección positiva no pueden atribuirse a la selección sexual. El contraste entre la evolución de
Zp3r (incluidos tres episodios de selección positiva) y la evolución de C4bpa (cuatro episodios)

no sugiere un efecto especialmente fuerte de la selección sexual en Zp3rin Glires. De manera

similar, debido a que C4BPA está involucrado en la inmunidad innata en los primates y se sospecha
que está involucrado en la fertilización en humanos y quizás en otros primates, la contribución

de la selección sexual a C4BPA Se espera que la evolución sea evidente a medida que más
episodios de selección positiva en C4BPA en primates en comparación con C4bpain Glires. Sin
embargo, encontramos el mismo número de episodios de selección positiva en Primates C4BPAin
y Glires C4bpain. Así

nuestras comparaciones planificadas entre genes (en Glires) o entre taxones (para C4bpa) no
respaldan el papel hipotético de la selección sexual en la evolución de los genes RCA

Utilizamos el modelo de evolución de efectos mixtos (MEME) para identificar la selección positiva
asociada con codones específicos como una forma complementaria de probar la hipótesis de más
episodios de selección positiva en genes que codifican proteínas involucradas en la unión o fusión
de gametos. Encontramos poca evidencia de una fuerte contribución de la selección sexual hacia
el número de episodios (codones) de selección en genes RCA. Encontramos cinco codones bajo
selección en Zp3rcodons en Glires y nueve codones bajo selección en C4BPAin Primates (Fig. 2),
que representaban 0.9-1.5% de codones en cada alineación génica (Tabla 1). Similar a los análisis
de aBSREL, no encontramos codones bajo selección en Glires C4bpbin o Primates C4BPBin (Tabla
1). Al igual que los resultados de aBSREL, co

Al igual que los resultados de aBSREL, las comparaciones de modelos MEME entre genes para un
solo taxón (Zp3rversusC4bpain Glires) y entre taxones para un solo gen ortólogo (C4BPAin
Primates versus C4bpain Glires) no respaldaron la hipótesis de más episodios de selección positiva
en genes que codifican proteínas involucradas en la unión de gametos. Encontramos seis codones
bajo selección en la alineación de C4bpain Glires en comparación con cinco codones bajo selección
en Zp3r (cinco) (Fig. 2). Esa comparación entre los resultados de MEME no sugiere un efecto
especialmente fuerte de la selección sexual en la evolución de Zp3r (en la fertilización) en
comparación con el efecto de la selección natural en C4bpa (en la inmunidad innata) entre Glires.
Solo una de nuestras comparaciones del modelo MEME apoyó el efecto hipotético de la selección
sexual en los episodios de selección positiva: encontramos un poco más de codones (nueve) bajo
selección en Primates C4BPAin (involucrados tanto en la fecundación como en la inmunidad
innata) en comparación con el número de codones (seis) bajo selección en C4bpain Glires
(implicado solo en la inmunidad innata) (Fig. 2; Tabla 1).

Selección diversificadora episódica en cuatro genes de capa de huevo

En los modelos aBSREL, encontramos 1–3 episodios de selección positiva en Zp2orZp3in Glires y
ZP2in Primates (Fig. 3), pero no encontramos episodios de selección positiva en ZP3in Primates
(Tabla 1). Encontramos comparables

números de episodios (1-3) de selección positiva para todas las alineaciones de Zp1 (Fig. 4) y Zp4
(Fig. 5) en Glires o ZP1 y ZP4 en Primates. El número total de episodios de selección positiva (ocho)
para estos dos ortólogos que no codifican moléculas de unión a esperma selectivas o específicas
(Zp1, Zp4) fue mayor que el número total de episodios de selección positiva (cinco) para los dos
ortólogos ( Zp2, Zp3) que se sabe que juegan un papel en la unión selectiva o específica de los
espermatozoides. En los modelos MEME, encontramos 1–4 episodios de selección positiva en
algunos Zp2orZp3codons en Glires (Fig. 3), pero no encontramos episodios de selección positiva en
ningún ZP2orZP3codons en Primates. Al igual que los análisis de aBSREL, encontramos números
comparables de episodios (codones) de selección positiva (2-3) para las cuatro alineaciones de Zp1
(Fig. 4) y Zp4 (Fig. 5) en Glires o ZP1 y ZP4in Primates, y el número total de episodios de selección
positiva (11 codones) fue mayor para aquellos dos ortólogos que no codifican moléculas de unión
a esperma (Zp1, Zp4) en comparación con el número total de episodios de selección positiva (cinco
codones) para dos ortólogos que codifican moléculas de unión espermática selectiva ( Zp2, Zp3)
(Tabla 1). El descubrimiento de muchos codones seleccionados positivamente (en algunos linajes)
en Zp1 es una evidencia particularmente fuerte en contra de la hipótesis de la selección sexual
porque estas fueron las alineaciones más pequeñas que analizamos (solo 17 especies en Glires y
solo 22 especies en Primates), con menos linajes en cada uno de esos árboles genéticos sobre los
cuales modelar la variación de tasa entre codones. A pesar de esa restricción, encontramos más
codones (y más linajes) bajo selección positiva para esos dos genes estructurales que para dos
genes que se sabe que codifican proteínas de unión a los espermatozoides.

Selección diversificadora episódica en dos espermatozoides-fusión de óvulos genes

En contraste con la evidencia mencionada anteriormente para los episodios de selección

diversificada de linajes o codones en dos conjuntos de genes que codifican moléculas de unión de
espermatozoides y óvulos (incluidas algunas moléculas que también se expresan en inmunidad
innata), encontramos muy poca evidencia de episodios de selección actuando sobre dos genes de
fusión de gametos. En aBSREL

En los modelos, encontramos uno o dos episodios de selección positiva en Izumo1 expresado en
esperma de Glires o IZUMO1 expresado en esperma de primates (Fig.6), pero no hay linajes en
selección en ninguno de los taxones para el gen (Juno) que codifica la molécula relacionada que se
expresa en óvulos y se une a IZUMO1 en los espermatozoides. En los modelos MEME,
encontramos solo un episodio de selección positiva en Izumo1 y un episodio de selección positiva
en Juno (en Glires) (Fig. 6), pero no hubo episodios de selección positiva en ninguno de los genes
en Primates (Tabla 1). La ausencia de evidencia consistente para los episodios de selección en las
comparaciones entre los dos pares de genes (en los resultados de aBSREL) y la ausencia de
evidencia consistente para los episodios de selección en las comparaciones entre los dos taxones
(en los resultados de MEME) no respaldaron el efecto predicho de la sexualidad. selección sobre la
evolución de genes que codifican moléculas de fusión de gametos. Esos resultados son
ampliamente similares a los análisis realizados por Grayson [22] usando muchas de las mismas
secuencias pero con un modelo diferente de evolución de codones, en el cual la evidencia de
codones seleccionados positivamente en Juno e Izumo1 estaba limitada a otros linajes de
mamíferos y era débil o ausente en Glires y Primates.

Coevolución entre genes que codifican genes que interactúan productos

Utilizamos la prueba estadística no restringida del sitio de la sucursal para la diversificación

episódica (BUSTED) para predecir la selección positiva en un gen de capa de huevo basada en
episodios observados de selección positiva en un gen expresado de esperma. Encontramos solo un
caso de coevolución aparente: entre ZP2 y C4BPA en primates. La evolución de los primates C4BPA
incluyó cuatro episodios de selección positiva (en el linaje arbustivo, tarsero, macaco cangrejero y
linajes de vervet; Fig. 2); cuando ajustamos modelos de codones anidados de evolución de ZP2 con
esos cuatro linajes en la clase de primer plano y dos o tres clases de codones con diferentes tasas
de sustitución, obtuvimos un ajuste de modelo significativamente mejor mediante la prueba de
razón de probabilidad [2δln (L) = 13.2, p = 0.00028] para el modelo sin restricciones que incluía
una tercera clase de ZP2codons seleccionados positivamente. Ese mejor modelo incluyó alrededor
del 7% de los codones en la alineación ZP2 con una alta tasa relativa de sustitución no anónima (ω
= 6.2) a lo largo de esas cuatro ramas en primer plano.
La fuente específica de esa señal de coevolución entre C4BPA y ZP2 fue evidente al comparar los
resultados del modelo aBSREL para esos dos genes: ambos resultados aBSREL incluyeron un
episodio de selección positiva en algunos codones a lo largo de la rama terminal que conduce a la

tarsero (Figs. 2, 3). Cuando eliminamos el linaje tarsero de la clase de primer plano en el análisis
del modelo BUSTED de ZP2, obtuvimos una mejora no significativa en el ajuste del modelo [2δln
(L) = 1.0, p = 0.59] para el modelo no restringido, lo que sugiere que no hay coevolución entre ZP2
y C4BPA entre esos otras tres ramas de la especie

árbol.

Ningún otro análisis BUSTED sugirió evidencia de coevolución entre pares de genes expresados en
espermatozoides y óvulos que codifican productos de genes que interactúan. Los modelos
anidados de evolución de ZP3 en primates no indicaron coevolución con C4BPA a lo largo de las
ramas del árbol de genes C4BPA

que mostraron episodios de diversificación de selección positiva en Primates (Fig. 2). Ningún
modelo de evolución de Zp2orZp3 en Glires indicó que ninguno de esos genes coevoluciona con
Zp3r. Y ninguno de los análisis BUSTED indicó coevolución entre Izumo1 y Juno en Glires o entre
IZUMO1 y JUNO en primates

Análisis exploratorio de asociaciones funcionales o fenotípicas con episodios de selección.

No registramos previamente las pruebas de hipótesis sobre qué codones específicos en estas
alineaciones de genes, o qué linajes específicos en las filogenias para Glires y para Primates, se
espera que estén asociados con episodios de selección positiva diversificada. Aquí exploramos
varias posibles asociaciones que fueron sugeridas por nuestros resultados pero no

analizado en pruebas de hipótesis.

El tarsero filipino (Carlito syrichta) fue el único linaje de primates asociado con múltiples episodios
de selección positiva diversificada en dos genes que codifican productos genéticos interactuantes
involucrados en la fertilización (C4BPA y ZP2) (Figs. 2, 3). Tales episodios de selección podrían ser
causados por rasgos de la historia de vida que están asociados con una competencia
especialmente fuerte entre los hombres o entre los espermatozoides, o por conflictos de intereses
entre parejas, y podrían conducir a la coevolución de los genes expresados en hombres y mujeres
durante los episodios coincidentes de selección.

Sin embargo, los sistemas de apareamiento de los tarseros no incluyen rasgos que generalmente
están asociados con la competencia espermática o conflictos sexuales de interés en los primates.
Los machos son ligeramente (aproximadamente 14%) más grandes que las hembras en C. syrichta
[32], los rangos de hogares individuales se superponen ligeramente, y los grupos sociales
generalmente consisten en un macho adulto y una o dos hembras adultas más descendencia [50].
En comparación con otros sistemas de apareamiento de primates que presentan un pronunciado
dimorfismo de tamaño sexual sesgado por los machos (p. Ej., Gorila; [36]), o apareamiento
coercitivo con conflicto entre los sexos (p. Ej., Chimpancés; [46]), los tarseros parecen ser puntos
críticos poco probables. para selección diversificada episódica en genes de fertilización.

Una interpretación de nuestro descubrimiento de coevolución entre C4BPA y ZP2 en C. syrichta es

que esto puntos de descubrimiento hacia fuertes previamente insospechados

selección sexual en este linaje, pero una interpretación alternativa es que nuestro descubrimiento
es un falso positivo (o al menos no relacionado con el sistema de apareamiento de los tarseros). Se
necesita un estudio de seguimiento específicamente dirigido a probar esas interpretaciones.

Otros ejemplos de episodios múltiples de selección positiva diversificada en un linaje parecen

argumentar más en contra de la hipótesis de que estos genes expresados en espermatozoides y
óvulos coevolucionan bajo la selección impulsada por la interacción de los productos génicos en la
fertilización. Encontramos múltiples episodios de diversificación de selección positiva en la rata
canguro

(Dipodomys ordii) incluyendo el gen acrosómico de esperma Zp3 y el gen de la cubierta de huevo
Zp1, pero no se sabe que esos dos productos genéticos interactúen en la fertilización; en cambio,
se cree que ZP1 forma el componente estructural de la red de proteínas fibrilares en la capa de
huevo de roedor. De manera similar, encontramos múltiples episodios de selección positiva
diversificada en el gen de unión al inthespermo del hámster chino (Cricetulus griseus) Zp2 y en
C4bpa, pero no se sabe que el gen RCA se exprese en el esperma (o esté involucrado en la
fertilización) en roedores; en cambio, se pensó que C4bpais funcionaba solo en el sistema inmune
innato de los hámsters y otros Glires. Finalmente, encontramos múltiples episodios de selección
positiva diversificada en el jerbo mongol (Meriones unguiculatus), incluyendo

los tres genes de la zona pelúcida Zp1, Zp2 y Zp3, pero sin incluir Zp3ror otros genes expresados en
esperma; esos episodios de selección en los tres genes de la cubierta del huevo podrían apuntar a
una coevolución interesante entre esos genes (y las interacciones entre sus productos genéticos
para formar la cubierta del huevo del jerbo), pero no parecen señalar los efectos de la sexualidad

selección sobre evolución molecular.

El descubrimiento de algunos codones bajo selección en los genes de la cubierta del huevo podría
estar relacionado con la función conocida de dominios específicos en esos genes.

El único codón seleccionado positivamente que encontramos en GliresZp3 (codón 339 en nuestra
alineación Zp3 recortada; Fig.3; Archivo adicional 2: Apéndice 2) ocurrió en la porción del gen que
codifica el conocido

sitio de unión de esperma (a veces llamado el sitio de combinación de esperma), entre el dominio
ZP y la región transmembrana cerca del extremo carboxilo de la proteína madura. Ese
descubrimiento por sí solo sería consistente con los efectos pronosticados de la selección sexual
sobre la evolución de la unión selectiva de espermatozoides por el huevo, y es consistente con la
documentación previa de altas tasas de sustitución no sinónima en el sitio de unión de esperma
ZP3 en otros análisis de Zp3

evolución en roedores (p. ej., [72, 73]). Sin embargo, otros resultados no fueron consistentes con
los efectos pronosticados. Primero, encontramos un mayor número de codones seleccionados
positivamente (cuatro) en Glires Zp2 (codones 116, 118,

121, 161 en nuestra alineación Zp2; Archivo adicional2: Apéndice 2), pero todos esos codones se
produjeron fuera de la región N-terminal de ZP2 que confiere especificidad de unión de esperma
en ratones [7] y covarios con

fertilidad en humanos [24]. En segundo lugar, no encontramos codones seleccionados

positivamente en ZP2 o ZP3 de Primates dentro o fuera de los sitios de unión de espermatozoides
conocidos en esos genes, y no encontramos codones seleccionados positivamente en Juno de
ninguno de los taxones, incluidos los sitios dentro o fuera de las partes de cada gen que codifican
Las regiones conocidas por mediar las interacciones proteína-proteína involucradas en la
fertilización. Esos resultados adicionales parecen debilitar considerablemente la fuerza general de
la evidencia para diversificar la selección positiva específicamente en los dominios de unión de
esperma de estos genes.

Es menos sencillo asignar una posible significación funcional a los codones bajo selección positiva
en alineamientos de genes RCA porque la unión del sustrato por esas proteínas multiméricas
depende del número y la organización de los monómeros (y su posible interacción con una
proteína de subunidad beta en el oligómero), y en particular porque no se ha estudiado la función
de unión al huevo de esos productos genéticos (ZP3R en esperma de roedor, C4BPA en esperma
humano). La percepción indirecta de posibles asociaciones funcionales podría basarse en
comparaciones entre genes paralogos con diferentes funciones en el mismo taxón
(Zp3rversusC4bpa) o entre taxones en los que se cree que el mismo ortólogo difiere en función
(C4bpaversusC4BPA).

Discusión

Solo encontramos evidencia limitada para diversificar la selección positiva asociada con la función
de unión a gametos de los genes de fertilización tanto en Glires como en Primates. Esperábamos
encontrar más episodios de selección positiva en un gen con múltiples funciones, incluida la
inmunidad innata y la unión de los espermatozoides a la cubierta del huevo (primates C4BPAin) en
comparación con el mismo gen ortólogo sin un papel en la fertilización en el otro taxón (C4bpain
Glires), y esperábamos encontrar más episodios de selección positiva en un segundo gen con un
papel conocido en la unión de gametos (Zp3rin Glires) en comparación con un gen paralogo sin

una función de fertilización en el mismo taxón (C4bpa). Ninguna de esas predicciones fue apoyada
por los resultados del modelo. Los patrones comparables para genes expresados en la zona
pelúcida, y para dos genes que median la fusión espermatozoide-óvulo, reforzaron esta aparente
falta de evidencia de muchos episodios de selección positiva diversificada asociada con dos modos
diferentes de interacción esperma-óvulo.

Llegamos a la conclusión de que estos datos ofrecen poco apoyo para la hipótesis de que la
selección sexual da forma a la evolución molecular de esos productos genéticos en estos dos
taxones en este nivel taxonómico de comparación (dentro de los taxones del grupo corona que
tienen aproximadamente 70 Ma de edad) Enfoques comparativos similares que contrastaban
genes con y sin

funcionan en la fertilización en el mismo taxón (por ejemplo, [71]), y los enfoques que contrastan
genes homólogos con diferentes patrones de función o expresión en diferentes taxones (por
ejemplo, [74]), han proporcionado información importante sobre las causas de la selección a nivel
molecular nivel y los procesos que median la respuesta a dicha selección.

Nuestro estudio y descubrimientos se beneficiaron de muchas de las ventajas que se han

propuesto para la preinscripción como un enfoque para evitar falsos positivos en la ecología
evolutiva [17] y otras disciplinas [62], como la notificación selectiva de algunos resultados del
modelo a expensas de otros (a veces llamado selección de cereza) o el desarrollo de hipótesis post
hoc abiertas después de que se conocen los resultados (a veces llamado HARKing). Los análisis del
modelo de codones de selección positiva parecen particularmente susceptibles al atractivo de
estas investigaciones cuestionables prácticas porque los modelos pueden ajustarse a los datos sin
especificar especies particulares o codificar dominios de secuencia que se espera sean los
objetivos de selección.

Restringir nuestro análisis e informes para incluir todos los resultados (y no solo aquellos
resultados que podrían haberse conformado con nuestras expectativas generales) puede ayudar a
evitar informes selectivos de algunos resultados, y parece más probable que conduzca a una visión
imparcial de la magnitud y objetivos de selección.

Conclusiones

Los análisis del modelo de codones de secuencias de codificación de proteínas proporcionan un

método poderoso para probar hipótesis de selección que actúan sobre codones o linajes asociados
con características funcionales específicas de genes y organismos. Un enfoque comparativo que
contrasta los taxones con diferentes

Los rasgos fenotípicos o los genes de contraste con diferentes patrones de expresión funcional
pueden proporcionar un contexto importante para interpretar los resultados del modelo de
codón. Encontramos codones y linajes bajo una selección diversificada episódica entre especies de
mamíferos en dos clados en los que diferentes genes RCA se han implicado en las interacciones
esperma-huevo, y esos resultados por sí solos podrían interpretarse como evidencia de selección
sexual asociada con la variación en el éxito de la fertilización. Sin embargo, las comparaciones de
los resultados del modelo de codón entre genes paralogos (con y sin función en la fertilización) y
entre genes ortólogos (en taxones con diferentes patrones de expresión) no respaldaron esa
interpretación. Llegamos a la conclusión de que la precaución es

garantizado en atribuir cualquiera de esos resultados particulares a los efectos de la selección

sexual. Abogamos por la preinscripción de análisis e interpretaciones en futuros estudios, incluidos
los análisis comparativos de la evolución molecular entre genes y entre taxones que pueden
usarse para probar una hipótesis específica sobre las causas de la actuación selectiva.

en moléculas y organismos.