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Los halófitos han desarrollado estrategias moleculares únicas para superar la alta salinidad del
suelo, pero aún sabemos muy poco sobre los principales mecanismos que utilizan estas plantas
para completar su ciclo de vida bajo estrés de salinidad. Un enfoque útil para ampliar nuestra
comprensión en esta área es comparar directamente la respuesta a la salinidad de dos especies
estrechamente relacionadas que muestran diversos niveles de tolerancia a la sal. Aquí
presentamos un estudio proteómico comparativo utilizando DIGE de proteínas microsomales de
la hoja para identificar proteínas asociadas a la membrana sensibles a la sal en Arabidopsis
thaliana (un glucófito) y Thellungiella salsuginea (un halófito). Si bien se observó un pequeño
número de cambios distintos en la abundancia de proteínas con el estrés salino en ambas
especies, las diferencias más notables se observaron entre especies y específicamente, en
plantas no tratadas con un total de 36 proteínas que muestran cambios de abundancia
significativos. El análisis de enriquecimiento del término de ontología génica (GO) mostró que la
mayoría de estas proteínas se distribuyeron en dos categorías funcionales; transporte (31%) y
metabolismo de carbohidratos (17%). Los resultados identifican varias proteínas novedosas
sensibles a la sal en este sistema y apoyan la teoría de que T. salsuginea muestra un alto grado
de tolerancia a la sal porque los mecanismos moleculares están preparados para lidiar con el
estrés. Esta capacidad intrínseca para anticipar el estrés de salinidad lo distingue del glucófito A.
thaliana. Los resultados identifican varias proteínas novedosas sensibles a la sal en este sistema
y apoyan la teoría de que T. salsuginea muestra un alto grado de tolerancia a la sal porque los
mecanismos moleculares están preparados para lidiar con el estrés. Esta capacidad intrínseca
para anticipar el estrés de salinidad lo distingue del glucófito A. thaliana. Los resultados
identifican varias proteínas novedosas sensibles a la sal en este sistema y apoyan la teoría de
que T. salsuginea muestra un alto grado de tolerancia a la sal porque los mecanismos
moleculares están preparados para lidiar con el estrés. Esta capacidad intrínseca para anticipar
el estrés de salinidad lo distingue del glucófito A. thaliana.
SIGNIFICADO BIOLÓGICO
Existe un interés significativo en comprender los mecanismos moleculares que las plantas usan
para tolerar la salinidad, ya que la salinización del suelo se está convirtiendo en una
preocupación creciente para la agricultura con altos niveles de Na (+) en el suelo que conducen
a rendimientos reducidos y pérdidas económicas. Gran parte de nuestro conocimiento sobre los
mecanismos moleculares empleados por las plantas para combatir el estrés por salinidad
proviene del trabajo en plantas sensibles a la sal, pero los estudios sobre plantas, halófitos y
halófitas altamente resistentes a la sal que ocurren naturalmente podrían ayudarnos. Para
ampliar nuestra comprensión de los mecanismos de tolerancia a la salinidad. En este estudio,
empleando dos especies estrechamente relacionadas que difieren notablemente en su
tolerancia a la sal, Llevamos a cabo un enfoque proteómico cuantitativo utilizando 2D-DIGE para
identificar proteínas sensibles a la sal y comparar y contrastar las diferencias entre las dos
especies de plantas. Nuestro trabajo complementa un estudio anterior que utiliza la tecnología
iTRAQ (34) y destaca los beneficios de utilizar tecnologías y enfoques alternativos para obtener
una representación más amplia del proteoma sensible a la sal en estas especies.
INTRODUCCIÓN
La acumulación de sal en el suelo de la tierra utilizada para la producción de cultivos se ha
convertido en un problema importante en la agricultura; Limitando el crecimiento y la
productividad de muchos cultivos importantes. La mayoría de las plantas de cultivo son sensibles
a la sal y no pueden adaptarse a los factores de estrés abiótico asociados con los niveles cada
vez más elevados de sales en el suelo; incluyendo estrés iónico, osmótico y oxidativo. Esto
significa que grandes extensiones de tierra agrícola están siendo abandonadas, lo que resulta en
pérdidas económicas y destrucción ecológica. Como consecuencia, existe un gran interés en
estudiar los mecanismos de tolerancia a la salinidad en las plantas. En los últimos años, se ha
logrado un progreso significativo en la comprensión de las respuestas a nivel de toda la planta y
celular cuando las plantas están sujetas a una alta salinidad. Sin embargo, la mayoría de estos
estudios se han realizado utilizando Arabidopsis thaliana, una planta que es muy sensible a la
salinidad [1] pero que es atractiva como modelo, ya que fue la primera planta con un genoma
anotado completamente secuenciado [2]. Por otra parte, numerosas herramientas moleculares
que incluyen ADNc y mutantes inducidos químicamente, y una gran cantidad de bibliotecas de
expresión obtenidas en diferentes condiciones de salinidad, están disponibles para facilitar los
estudios funcionales [3]. En A. thaliana se ha demostrado que los transportadores de Na +,
incluidos los miembros de la familia de intercambiadores de Na + / H +, NHX / SOS [4,5] y el
transportador HKT [6–8], así como los componentes de la vía de transducción de señales,
incluidos Los CBL y CIPK que regulan la actividad de diversas proteínas [9] están involucrados en
la respuesta de las plantas al estrés salino. Sin embargo, cada vez es más claro que los
mecanismos que están presentes y son inducibles por la sal en A. thaliana no explican la
adaptabilidad de los halófitos a las condiciones extremas de sal, ya que los procesos
identificados parecen ser comunes a ambos glucófitos.
y halófitas [10]. Por lo tanto, los halófitos podrían haber desarrollado mecanismos únicos o vías
reguladoras que presumiblemente no se encuentran en los glucófitos, y el estudio de plantas
halófitas como Mesembryanthemum crystallinum, Salicornia brachiata, Salicornia europaea y
Atriplex gmelini, entre otros [11-16], ha ayudado a avanzar Nuestro conocimiento en esta área.
Desafortunadamente, ninguna de estas plantas tiene buenos sistemas de modelos genéticos
debido a la falta de herramientas moleculares. Recientemente, nosotros y otros hemos
informado del uso de la planta extremófila Thellungiella salsuginea como modelo para estudiar
los mecanismos de tolerancia a la sal de la planta [17–28]. T. salsuginea comparte una homología
de secuencia del 92% con el genoma de A. thaliana [17, 29] y presenta muchos de los atributos
que hicieron de A. thaliana un modelo tan exitoso [27], pero a diferencia de A. thaliana, T.
salsuginea es extremadamente salado tolerante.
Para ampliar nuestro conocimiento en este campo, informamos aquí un enfoque proteómico
cuantitativo, empleando fracciones de membrana microsómica aisladas de hojas de plantas
adultas de A. thaliana y T. salsuginea cultivadas en ausencia o presencia de NaCl 150 mM, y 2D-
DIGE para comparar y contrastar las respuestas del proteoma de la membrana foliar de estas
dos especies a la salinidad.
MATERIALES Y METODOS
2.1. Materiales vegetales y condiciones de crecimiento.
Las hojas de las plantas de T. salsuginea y A. thaliana fueron cosechadas y cortadas en trozos
pequeños. El material de la hoja (30 g de peso fresco) se colocó directamente en 300 ml de
medio de homogeneización helado (manitol 400 mM, 10% [p / v] glicerol, 5% [p / v] PVP-10,
0.5% [p / v ] BSA, PMSF 1 mM, Tris 30 mM, DTT 2 mM, EGTA 5 mM, MgSO4 5 mM, hidroxitolueno
butilado 0,5 mM, dibucaína 0.25 mM, benzamidina 1 mM y K + - metabisulfito 26 mM, ajustado
a pH 8.0 con H2SO4), y todas las operaciones posteriores se llevaron a cabo a 4 ° C. El tejido
foliar se homogeneizó en una licuadora comercial, se filtró a través de cuatro capas de gasa y se
centrifugó a 10,000 × g (20 min a 4 ° C) usando un rotor JA25.2 (Beckman, México) en una
centrífuga de supervelocidad (Avanti J301, Beckman , México). Se descartaron los gránulos y los
sobrenadantes se centrifugaron a 80,000 × g (50 min a 4 ° C) usando un rotor de ángulo fijo 45
Ti (Beckman, México) en una ultracentrífuga L8-M (Beckman, México). El sobrenadante se aspiró
y el sedimento microsomal se resuspendió en medio de suspensión (que consta de manitol 400
mM, glicerol al 10% [p / v], Tris / Mes 6 mM, pH 8.0 y DTT 2 mM) y se almacenó a -80 ° C. Hemos
informado que este método da como resultado una fracción microsómica que es una mezcla de
todas las membranas celulares, como lo demuestra el análisis de anticuerpos marcadores de
membranas microsomales aisladas de M. crystallinum y posteriormente separadas por
electroforesis de flujo libre [37].
El contenido proteico de los microsomas se midió mediante una modificación del método de
unión al colorante [38] en el que la proteína de membrana se solubilizó parcialmente con Triton
X-100 al 0,5% (v / v) durante 5 minutos antes de la adición del concentrado de reactivo colorante
(Bio -Rad, México). BSA se empleó como el estándar de proteína.
Los espectros de masas en tándem se extrajeron utilizando el programa Mascot Daemon versión
2.3.02. Todas las muestras de MS / MS se analizaron usando Mascot (Matrix Science, Londres,
Reino Unido) y X! Tandem (The GPM, thegpm.org; versión 2007.01.01.1). Mascot se configuró
para buscar en la base de datos nr_20101214 (Viridiplantae, 20101214, 848702 entradas),
suponiendo la enzima de digestión tripsina. ¡X! Tandem se configuró para buscar un subconjunto
de la base de datos nr_20101214 también suponiendo tripsina. Mascota y X! Se realizaron
búsquedas en tándem con un fragmento de tolerancia de masa de iones de 0,60 Da y una
tolerancia de iones parental de 12 ppm. La oxidación de la metionina y el derivado de
yodoacetamida de la cisteína se especificaron en Mascot y X! Tándem como modificaciones
variables.
Se usó Scaffold (Scaffold_4.0.5, Proteome Software Inc., Portland, OR) para validar las
identificaciones de péptidos y proteínas basadas en MS / MS. Las identificaciones de péptidos
se aceptaron si podían establecerse con una probabilidad superior al 95% mediante el algoritmo
de péptido profeta [41] con corrección de masa delta de andamio. Las identificaciones de
mascotas requieren que las puntuaciones de iones sean mayores que las puntuaciones de
identidad asociadas y 20, 15 y 15 para péptidos con carga doble, triple y cuádruple,
respectivamente. ¡X! Las identificaciones en tándem requirieron al menos −log (Esperar)
puntajes superiores a 25. Las identificaciones de proteínas se aceptaron si podían establecerse
con una probabilidad superior al 99% y contenían al menos dos péptidos identificados únicos.
La ubicación prevista de la proteína se obtuvo a partir de la anotación de ontología general de
la ubicación subcelular en la base de conocimiento de UniProt [42]. Si bien estas asignaciones
proporcionan información sobre las proteínas identificadas, se basan principalmente en la
homología y predicción de secuencias y, con menos frecuencia, en evidencia experimental.
Para confirmar algunos de los resultados obtenidos de los experimentos DIGE, utilizamos el
análisis de transferencia Western. La proteína se precipitó por dilución de las muestras 50 veces
en etanol: acetona 1: 1 (v / v) y se incubó durante la noche a -30 ° C según el método de Parry
et al. [43] Luego, las muestras se centrifugaron a 13,000 × g durante 20 minutos a 4 ° C usando
un rotor F2402 en una centrífuga de mesa GS-15R (Beckman, México). Los pellets se secaron al
aire, se volvieron a suspender con tampón de muestra Laemmli [44] (concentración final de SDS
al 2,5% [p / v]) y se calentaron a 60 ° C durante 2 minutos antes de cargarlos en una mini
acrilamida lineal al 12,5% (p / v) -gels. Después de la electroforesis, los geles se prepararon para
inmunotransferencia. Las proteínas separadas por SDS-PAGE se transfirieron
electroforéticamente a membranas de nitrocelulosa (ECL, Amersham, Reino Unido) como se
describió anteriormente [13]. Después de la transferencia, las membranas se bloquearon con
TBS (Tris 100 mM, NaCl 150 mM) que contenía 0,02% [p / v] de Na-azida y 5% [p / v] de leche en
polvo sin grasa (Svelty, Nestlé, México) para 2 ha temperatura ambiente. Las membranas
bloqueadas se incubaron durante un mínimo de 3 ha temperatura ambiente con los anticuerpos
primarios apropiados, seguido de la adición de una dilución 1: 5000 de anticuerpos secundarios
(anti-conejo de cabra) conjugados con peroxidasa de rábano picante. La inmunodetección se
llevó a cabo utilizando los sustratos Luminata Western HRP (Millipore, MA). La intensidad media
de las bandas de proteínas inmunodetectadas se calculó utilizando marcadores de peso
molecular de Fermentas como patrones de control de carga (Fermentas, México). Las imágenes
se capturaron utilizando un escáner de C-Digit Blot y el software de análisis Image Studio Lite
Western Blot (Li-Cor, Lincoln, NE).
Las hojas fueron recolectadas y lavadas dos veces con agua desionizada. El tejido (2 g), cortado
en trozos pequeños, se cargó en una jeringa de 5 ml que contenía un disco de filtro Whatman
No. 1. El material se congeló a -30 ° C y la savia celular se obtuvo en muestras descongeladas por
centrifugación a 1200 × g durante 15 minutos usando un rotor S4180 en una centrífuga de mesa
GS-15R (Beckman, México). La osmolaridad de la savia celular se midió en muestras de 50 μl con
un osmómetro crioscópico (Osmomat 030, Gonotec, Alemania)
La clorofila se midió de acuerdo con Porra et al. [45] Se recogieron, lavaron, cortaron en trozos
pequeños y molieron en un mortero hojas de plantas de A. thaliana o T. salsuginea tratadas con
sal y control con 1 ml de acetona al 80% (v / v). Las muestras se centrifugaron a 12,000 × g
durante 10 min y se recogió el sobrenadante. La clorofila se midió utilizando un
espectrofotómetro de matriz de diodos (Hewlett Packard, CA). Se detectó la absorbancia de la
clorofila a extracto a 648 nm, clorofila b a 664 nm. Los valores se calcularon utilizando los
coeficientes de extinción molar 20.2 y 8.02 para las clorofilas ayb, respectivamente.
Los anticuerpos se compraron de Agrisera (Agrisera, Suecia) contra: las subunidades V-ATPasa
de A. thaliana, VHA-A (69 kD; Cat. # AS09467), VHA-B (55 kD; Cat. # AS09503) y VHA-E (29 kD;
Cat. # AS07213), fructosa-1,6-bisfosfato aldolasa (ALD, 38 kD; Cat. # AS08294); y la proteína de
membrana de envoltura externa de cloroplasto Pisum sativum (PsTOC75; 75 kD; Cat. #
AS08351). La proteína de andamio tipo A. thaliana WD-40, RACK1A (35 kD; Cat. # AS111810) fue
un regalo de Agrisera.