Controlling Microorganisms

Physical and Chemical 
• The methods of 
Control of Microbes microbial control used 
outside of the body are 
designed to result in 
four possible outcomes
– sterilization
– disinfection
– decontamination (also 
called sanitization)
– antisepsis

Controlling Microorganisms Controlling Microorganisms
• Sterilization • Decontamination (sanitization) 
– The killing or removal of all  – Cleansing technique that mechanically 
microorganisms in a  removes microorganisms as well as other 
material or on an object  debris to reduce contamination to safe 
including endospores.  levels
– Ex: autoclave or chemical  – Ex. Soaps, detergents
sterilants
• Antisepsis
• Disinfection – Reduces the number of microbes on the 
– Removes vegetative bacteria  human skin. A form of decontamination 
but not endospores but on living tissues.
– Ex: Bleach, iodine, boiling  – Ex: Alcohol, surgical hand scrubs
water

Controlling Microorganisms Controlling Microorganisms
• Antiseptics:  chemical agents 
• Sepsis:  the growth of  applied directly to exposed 
microorganisms in the blood  body surfaces (skin and 
and other tissues
mucous membranes), 
• Asepsis: wounds, and surgical 
– any practice that prevents the  incisions to prevent 
entry of infectious agents into  vegetative pathogens
sterile tissues and thus prevents 
infection – preparing the skin before surgical incisions
– aseptic techniques:  practiced in 
healthcare; range from sterile  – swabbing an open sore
methods to antisepsis – ordinary hand washing with a germicidal soap

1
 More microbial control terminology 3 Major Principles of Microbial Control

• Chemicals can be used to kill (‐cide) or inhibit (‐ 1.  A definite proportion of the organisms die in a 
stat) microbial growth given time interval.
• Not all microbes die immediately.
2.  The fewer organisms present, the shorter the 
– Chemical agents are used on living tissues (as  time needed to achieve sterility.
antiseptics) and on inanimate objects (as  • Think about cleaning up a mess.  The bigger the mess, 
disinfectants). the more time it will take.
– Few chemicals achieve sterility. 3.  Microbes differ in their susceptibility to 
– Why can’t we always use disinfectants on our skin or  antimicrobial agents.
mucous membranes? • Need to match antimicrobial agents appropriately 

Relative Resistance of Different Microbial Types to 
Microbial Control Agents Effectiveness of Control Depends On:
More resistant

Prions
• Number of microorganisms
Bacterial endospores

Mycobacterium
• Target population (bacteria, fungi, spores, 
viruses)
Staphylococcus and Pseudomonas
Protozoan cysts
• Temperature
Protozoan trophozoites
• pH
Most gram-negative bacteria • Concentration of agent
Fungi and fungal spores • Mode of action
Nonenveloped viruses • Interfering agents (solvents, debris, saliva, 
Most gram-positive bacteria blood, feces)
Enveloped viruses
Less resistant

Microbial Death How do we control microbial growth?
• Death:  permanent termination of 
an organism’s vital processes

– microbes have no conspicuous vital 
processes, therefore death is difficult 
to determine

– permanent loss of reproductive 
capability, even under optimum 
growth conditions has become  the 
accepted microbiological definition 
of death

2
 Targets to Control Microbial Presence
Cell Wall
• Bacteria and fungi
– Injure cell wall – Block synthesis
– Injure cell membranes – Degrade cellular components
– Interfere with nucleic acid synthesis  – Destroy or reduce stability
– Interfere with protein synthesis • Agent
– Interfere with protein function – Chemical agent – Penicillin, detergents, alcohols
– Remove microbes – Physical agent –
• Heat, radiation
Which of the above would effect our cells too?

Cell Membrane Nucleic Acid Synthesis
• All microbes and enveloped 
viruses • Irreversibly bind to DNA
– Bind and penetrate lipids  – Stop transcription and 
– Lose selective permeability  translation
(leakage) – Cause mutations
• Agent • Agent
– Chemical agent – Surfactants – Chemical agent –
– Physical agent – formaldehyde
• Heat, radiation – Physical agent –
radiation, heat

Protein Synthesis Protein Function
• Block protein 
• Binds to ribosomes active sites
– Stops translation
• Prevent binding 
– Prevents peptide bonds
to substrate
• Agent • Denature protein
– Chemical agent – • Agent
• chloramphenicol – Chemical –
– Physical agent – alcohols, acids, 
• radiation, heat phenolics, 
metallic ions
– Physical – Heat

3
 Physical Control Methods Killing with Heat
• Temperature
• Moist heat
• The most common method of sterilization.
• Dry heat • Modes of action:
• Cold – Oxidizes proteins and nucleic acids
• Radiation – Denatures proteins/enzymes
• Ionizing • Effectiveness varies with: kinds of microbes, 
• Ultraviolet their number, intensity, length of exposure, 
pH, moisture, nature of product

Moist Heat Sterilization Boiling
• Effective on glassware and 
instruments
• Most common and  • Kills fungi, protozoans, bacteria, 
efficient method used viruses in 10‐30 minutes
• Requires 3, separate, boilings to 
• Two kinds:  kill endospores
– boiling  • Can use at home
– steam sterilization  • Messy, time consuming, 
(autoclave) materials may require drying; 
endospores may require longer 
time
• Can you boil plastics items?

Steam Sterilization (Autoclaving) Dry Heat
• Uses: liquids, glassware, 
instruments, bandages,  • Types:
contaminated material – Oven (hot air) sterilization
• Steam must reach all  – Flaming inoculating loops
surfaces to be effective – Incineration/burning
• Most efficient and  • Temperature and time of 
convenient. Kills all  exposure is greater than 
microbes in 15‐20  moist heat.  Why would 
minutes. Materials may  this be?
require drying

4
 Dry Heat ‐ Ovens Dry Heat ‐ Incineration
• Heat at 160‐170 oC for 2 hrs. • Destroys 
contaminated 
• Kills microbes and endospores  materials:
by oxidation or denaturation – Blood soaked swabs, 
• Used on glassware and  bandages
instruments  – Contaminated objects 
and materials
• Can’t be used on liquid media,  – Entire, diseased 
cloth, plastics, or articles  animal carcasses infrared incinerator

wrapped in paper • Safe and effective

Thermal Death Measurements Radiation
• Movement of energy in waves 
• Thermal death time (TDT):  shortest length of  through space and materials
time required to kill all test microbes at a  • High frequency waves have the 
specified temperature greatest penetrability
– Waves strike molecules and knock 
out electrons
• Thermal death point (TDP):  the lowest  – Releases ions and creates free 
radicals in cells
temperature required to kill all microbes in a  – Ions attach to proteins and nucleic 
sample in 10 minutes acids, damage cell structures, cause 
cell death
• Kills microbes on surfaces and 
within materials
• Good for heat‐sensitive items.

A UV treatment system for disinfection of water
Ultraviolet (UV) Radiation
• Moderate wavelengths, low 
penetrability. Won’t penetrate 
paper, glass or skin.
• Kills microbes on surfaces
• Cross‐links DNA, inhibits replication, 
not safe to use on skin, causes 
burns, cancer
• Uses: sterilize surfaces (floors ,walls 
etc) in labs and operating rooms. 
Also vaccines, serum, toxins, 
drinking water and waste water
– Germicidal lamp in hospitals, 
schools, food preparation areas 
(inanimate objects, air, water)

5
 High Energy 
Ionizing  Mechanical Control Methods
Radiation
• Filtration
• Gamma rays, X‐rays, 
Electron beams • Liquid
• Gamma rays used to  • Gas
sterilize glassware, 
surgical instruments, 
sterile drapes
• Electron beams used 
to sterilize 
pharmaceuticals, 
disposable plastic 
syringes, surgical 
gloves, etc.
The effects of ionizing and nonionizing radiation on DNA.

Filtration Filtration and Filters
• The passage of liquids and 
gases through screen‐like  • Gases are forced through 
material with pore sizes small  under positive pressure.
enough to retain microbes. • Liquids are either forced 
• Removes microbes. Doesn’t  through under pressure or 
kill or inhibit. pulled through under 
vacuum.
• Used to sterilize air and heat 
sensitive material. • Fluids are collected in 
sterile vessels

Uses of Filtration Air Filtration
• Used in operating rooms, burn units, laminar 
• Heat sensitive material.   flow hoods in high security pathogen 
i.e., plasma, sugar  research.  Also in rooms housing TB patients
solutions, intravenous 
• Use High Efficiency Particulate Air (HEPA)
solutions, vaccines, 
antibiotic solutions
• Removes bacteria, but not 
viruses, from plasma. Slow 
because of plasma’s high 
viscosity

6
 Chemical Agents in Microbial Control Chemical Agents in Microbial Control:
• Range from disinfectants and antiseptics to  Principles of Effective Disinfection
sterilants and preservatives
• Careful attention should be paid to the 
properties and concentration of the 
• Aqueous solutions: chemicals dissolved in pure 
disinfectant to be used.
water as the solvent

• Tinctures:  chemicals dissolved in pure alcohol  • The presence of organic matter, degree of 
or water‐alcohol mixtures contact with microorganisms, and 
temperature should also be considered.

Chemical Agents in Microbial Control:
Chemical Agents in Microbial Control:
Selecting a Disinfectant How do you know if a disinfectant works?
• Weigh the risks and 
benefits for each  Test it!
situation
• An ideal disinfectant  – Serial‐dilution test
should have: – Calculates # of surviving microbes after 10 minutes in 
disinfectant solution
• Antimicrobial activity
• Solubility
• Stability
• Lack of toxicity for humans and animals
– Disk‐diffusion test
• Minimum activity by extraneous material – Filter paper disk is soaked with disinfectant/antibiotic and 
applied to inoculated plate.  Look for inhibited growth.
• Activity at ordinary temperatures
• Ability to penetrate
• Material safety
• Availability and low cost

Serial‐Dilution Test Disk‐Diffusion Test
• The minimum inhibitory concentration (MIC) is the 
concentration required to inhibit growth of a specific 
isolate in vitro under standardized conditions.  Which is the
• It is determined by finding the lowest dilution without  best control
visible growth during serial dilution testing. This will vary  agent?
for individual isolates. 

7
 Chemical Agents in Microbial Control: Phenolics
Types of Chemical Control Agents • Vary based on 
• You won’t need to know specifics about any of  functional groups 
the chemical control agents.  This is more for  attached to the 
your information aromatic ring
• Phenols  • Examples: 
• Dr. Lister used phenol to control surgical infections Hexachlorophene, 
• Rarely used today because it is a skin irritant Triclosan
– Microbicidal
• Phenolics – Ingredient in soaps 
• Often used because they are stable and persist for long  to kitty litter
periods • Disrupts cell walls 
• Example=Lysol and membranes, 

Types of Chemical Control Agents
Types of Chemical Control Agents • Alcohols
• Disinfect and then evaporate
• Halogens • Used to degerm (remove microbes by swab)
– Iodine • Tinctures = solutions of disinfectant in alcohol
– Betadine
• Alcohol based hand sanitizer rubs—effective alternative 
– Used for skin disinfection and wound treatment
to hand washing
– Also used for water treatment

• Heavy Metals
– Chlorine
• Silver nitrate‐‐used in many applications, 
– HOCl‐‐hypochlorous acid   bleach (calcium hypochlorite)
– Used to disinfect instruments and water for instance, in eye‐drops applied to 
– 10% bleach in water‐‐good disinfectant, but needs to be fresh infants to protect against gonococcal 
infections which may cause blindness
• Copper sulfate‐‐destroys algae in 
ponds/pools

Demonstration of the  Action of Heavy Metals
Types of Chemical Control Agents
• Quaternary Ammonium Compounds 
(Quats)
• Most widely used surface‐active 
agents (foamy)
• Bind and disrupt cell membrane

• Zephiran
– Disinfectant when concentrated, but can 
be used in dilute form as an antiseptic

• Cepacol
– Disinfectant and antiseptic
– Mouthwash

8
 Types of Chemical Control Agents Types of Chemical Control Agents
• Chemical Food Preservatives • Aldehydes
• sulfur dioxide‐‐wine‐making • Very effective
• sodium benzoate‐‐prevent molds in acidic foods • Formaldehyde & glutaraldehyde‐‐used to disinfect 
• sodium nitrate‐‐meat product additive  hospital instruments, however carcinogenic
– link between increased levels of nitrates and increased deaths  • Used by morticians for embalming
from certain diseases including Alzheimer's, diabetes mellitus, 
and Parkinson's; possibly through the damaging effect of 
nitrosamines on DNA  (De La Monte, SM; Neusner, A; Chu, J; Lawton, M (2009). "Epidemilogical trends strongly suggest 
exposures as etiologic agents in the pathogenesis of sporadic Alzheimer's disease, diabetes mellitus, and non‐alcoholic steatohepatitis". Journal of 
Alzheimer's disease : JAD 17 (3): 519–29)

Controlling Microbes in Food and the 
Types of Chemical Control Agents
Lab: Refrigeration and Freezing
• Gaseous Chemosterilizers (good for 
heat‐sensitive items) • Bacteriostatic: Inhibits growth and toxin 
• Chemicals that sterilize in a closed chamber production
• Ethylene oxide‐‐used on hospital equipment • Slow freezing kills many microbes, but not all.
• Reacts with functional groups of DNA and 
proteins • Survivors multiply when returned to growth 
• Sterilizes and disinfects plastic materials temperatures.  Toxins produced previously are 
not affected.
• Peroxygens • Not a Sterilant
• Hydrogen peroxide‐‐better used on inanimate  • In the lab it is used 
objects vs. open wounds
• Benzoyl peroxide‐‐treat acne by killing  to store microbes
anaerobic bacteria in hair follicles
• Peracetic acid‐‐effective, considered a sterilant
– used in food processing and medical equipment

Controlling Microbes in Food and the  Controlling Microbes in Food and the Lab: 
Lab: Desiccation Freeze Drying ‐ Lyophilization
• At ambient temperatures • Slow freezing under vacuum 
• Essentially bacteriostatic removes water without ice 
– Kills many microbes (species  crystal formation in cells.
sensitive)
– Used to preserve foods,  • Avoids cell damage.
meats
– Not a reliable sterilant!! Does  • Used to store bacteria and 
not kill endospores and  viruses as powders.  Lyophilized 
protozoan cysts. microbes can be rehydrated and 
• In the lab it is used to store  grown in culture.
microbes

9
 Controlling Microbes in Food: Microwave  Controlling Microbes in Food: 
Radiation Osmotic Pressure
• Kills bacteria by heating.  • Adding large amounts of salt or 
• Unreliable sterilant!! sugar to foods creates a 
– Ovens have “cold spots” hypertonic environment for 
– Materials must be rotated to  bacteria, causing plasmolysis
achieve even temperature 
distribution.  
– Won’t kill Trichinella cysts. • Pickling, smoking, and drying 
foods have been used for 
• A new version for lab use  centuries to preserve foods
sterilizes media in 10 min.
• Osmotic pressure is never a 
sterilizing technique

Controlling Microbes in Food: 
Controlling Microbes in Food: 
Pasteurization
Pasteurization
• Disinfection of beverages • Need to maintain taste and 
appearance
• Exposes beverages to 71.6 
• Mild heat is used to kill 
˚C for 15 seconds pathogens and reduce microbe 
– Stops fermentation populations in liquid food and 
beverages.
• Prevents the transmission 
• Standard method: Heat 
of milk‐borne diseases  beverages to 60‐66oC for 30 
– Salmonella,  minutes. Cool rapidly and store in 
Campylobacter,  sterile containers in cold.
Listeria, Mycobacteria • Flash pasteurization: Heat milk to 
71.7oC for 15sec
• Examples: Milk industry, 
• Ultra High Temperature 
wineries, breweries Sterilization: Heat milk to 140oC 
for 3 sec. Store in sterile 
containers. Long shelf life 
without refrigeration.

Controlling Microbes in Food:
Gamma Rays
• Used on poultry, pork, fresh 
fruits, white potatoes, spices. 
• Kills bacteria in food
• Eliminates insects
• Prevents premature sprouting 
of seeds
• Extends shelf life of foods
• May discolor food and/or alter 
taste
• Animals fed irradiated feed 
loss weight
• No demonstrated risk from 
residual radiation

10