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La Corte ha admitido que tratándose de la reclamación de pago de incapacidades laborales, la acción

de tutela es procedente de manera excepcional, por las siguientes razones: En primer lugar, porque el
pago de las incapacidades sustituye el salario del trabajador durante el tiempo que por razones
médicas está impedido para desempeñar sus labores. En este orden, se presume que las incapacidades
son la única fuente de ingreso con la que el trabajador cuenta para garantizarse su mínimo vital y el
de su núcleo familiar, tal como el salario. En segundo término, por cuanto el pago de las incapacidades
médicas constituye también una garantía del derecho a la salud del trabajador, pues gracias a su pago,
aquél puede recuperarse satisfactoriamente sin tener que preocuparse por reincorporarse
anticipadamente a sus actividades habituales con el fin de obtener recursos para su sostenimiento y
el de su familia. Por último, dado que los principios de dignidad humana e igualdad exigen que se
brinde un tratamiento especial al trabajador que debido a su enfermedad se encuentra en estado de
debilidad manifiesta. En suma, la acción de tutela es procedente de manera excepcional para reclamar
el pago de incapacidades laborales por la importancia que estas prestaciones revisten para la garantía
de los derechos fundamentales del trabajador al mínimo vital, a la salud y a la dignidad humana.
INCAPACIDAD TEMPORAL GENERALIDADES El termino incapacidad, se refiere etimológicamente a la
falta de capacidad, es decir a la dificultad o imposibilidad de hacer algo. Su aplicación al mundo laboral,
se traduce en la dificultad o imposibilidad de trabajar o desempeñar el trabajo habitual. Generalmente,
durante la vida laboral, los empleados necesitan de algún tiempo para afrontar eventualidades o
recuperarse de enfermedades. En Colombia la incapacidad temporal desde el punto de vista legal, está
contemplada en el Código Sustantivo del Trabajo, bajo las figuras de licencia e incapacidad. En los
artículos 204 numeral 2ª, 230 numeral 1, 236, decreto 2351 del 1965 en artículo 16.
El objetivo de la incapacidad temporal es proporcionarle al trabajador el tiempo propicio para
recuperar su estado de salud, potencializar su capacidad laboral, adelantar parte de su proceso de
tratamiento y rehabilitación; recibiendo una prestación económica que le permita vivir en forma digna
y que será dada a los trabajadores cotizantes por las administradoras dependiendo del origen de la
incapacidad.
La incapacidad temporal se refleja un certificado expedido en forma autónoma por un profesional de
la salud (médico u odontólogo), en un acto que debe estar registrado en la historia clínica del paciente
DECRETO 0019 DE 2012
Artículo 121. TRÁMITE DE RECONOCIMIENTO DE INCAPACIDADES Y LICENCIAS DE MATERNIDAD Y
PATERNIDAD. El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general y licencias
de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, deberá ser
adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS. En
consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho
reconocimiento. Para efectos laborales, será obligación de los afiliados informar al empleador sobre
la expedición de una incapacidad o licencia.
DECRETO 780 DE 2016

Artículo 2.1.1.3 Definiciones. Para los efectos de la presente Parte, las expresiones afiliación, afiliado,
datos básicos, inscripción a la Entidad Promotora de Salud (EPS), movilidad, novedades, registro,
traslados, traslado de EPS dentro de un mismo régimen, traslado de EPS entre regímenes diferentes,
y validación tendrán los siguientes alcances:

2. Afiliado: Es la calidad que adquiere la persona una vez ha realizado la afiliación y que otorga el
derecho a los servicios de salud del plan de beneficios que brinda el Sistema General de Seguridad
Social en Salud y, cuando cotiza, a las prestaciones económicas.
Artículo 2.1.6.2Reporte de novedades para trabajadores dependientes. El trabajador será responsable,
al momento de la vinculación laboral, de afiliarse al Sistema General de Seguridad Social en Salud, si
aún no se encuentra afiliado, y de registrar en el Sistema de Afiliación Transaccional las novedades de
ingreso como trabajador dependiente y de movilidad si se encontraba afiliado en el régimen
subsidiado. También será responsable de registrar las novedades de traslado y de movilidad, inclusión
o exclusión de beneficiarios, actualización de datos y las demás que defina el Ministerio de Salud y
Protección Social y utilizará los medios que se dispondrán para tal fin.

El empleador será responsable de registrar en el Sistema de Afiliación Transaccional, las novedades de


la vinculación y desvinculación laboral de un trabajador y las novedades de la relación laboral que
puedan afectar su afiliación, sin perjuicio de su reporte a través de la Planilla Integrada de Liquidación
de Aportes. Lo previsto en el presente inciso aplica a las Entidades Administradoras del Programa
Hogares Comunitarios de Bienestar contratadas por el ICBF en calidad de empleadores.

Si el trabajador no aparece inscrito en alguna EPS y no manifiesta el nombre de la entidad a la cual


desea inscribirse, corresponderá al empleador, al efectuar la inscripción, registrar tal circunstancia y
el Sistema de Afiliación Transaccional asignará la EPS en la cual quedará inscrito como mínimo por el
término de tres (3) meses, de lo cual informará al trabajador.

Serán de cargo del empleador las prestaciones económicas y los servicios de salud a que tenga derecho
el trabajador dependiente y su núcleo familiar durante el tiempo que transcurra entre la vinculación
laboral y el registro de la novedad.

Parágrafo. Hasta tanto entre en operación el Sistema de Afiliación Transaccional, las novedades
previstas en el presente artículo serán reportadas por los empleadores y los trabajadores, en el
formulario físico que adopte el Ministerio de Salud y Protección Social directamente a las EPS y estas
las reportarán a la Base de Datos de Afiliados del Sistema conforme a la normativa vigente. Cuando
hubiere lugar a la selección de EPS por la ausencia de información del empleado, la hará el empleador.

(Artículo 44 del Decreto 2353 de 2015)

El reconocimiento de las incapacidades de origen común corre a cargo del Sistema de Seguridad Social
en Salud, pues así lo disponen los artículos 153 numeral 3 y 206 de la Ley 100 de 1993. El pago de las
incapacidades generadas por causa laboral, es asumido por el Sistema de Riesgos Laborales, tal y como
lo establece el artículo 206 de la Ley 100 de 1993.
El inciso primero del artículo 2.1.13.4 del decreto 780 de 2016:
«Para el reconocimiento y pago de la prestación económica de la incapacidad por enfermedad general,
conforme a las disposiciones laborales vigentes, se requerirá que los afiliados cotizantes hubieren
efectuado aportes por un mínimo de cuatro (4) semanas.»

¿Entonces quién paga la incapacidad?


Si la EPS no reconoce la incapacidad, le corresponde pagarla al empleador, pues el hecho de estar
incapacitado no es una circunstancia prevista por la ley para que el empleador pueda sustraerse de la
obligación de pagar salarios y prestaciones a sus trabajadores, toda vez que una incapacidad no
suspende el contrato de trabajo, único evento en que el empleador podría no pagar.

CODIGO SUSTANTIVO DE TRABAJO


ARTICULO 51. SUSPENSION. El contrato de trabajo se suspende: 1. Por fuerza mayor o caso fortuito
que temporalmente impida su ejecución. 2. Por la muerte o la inhabilitación del patrono, cuando éste
sea una persona natural y cuando ella traiga como consecuencia necesaria y directa la suspensión
temporal del trabajo. 3. Por suspensión de actividades o clausura temporal de la empresa,
establecimiento o negocio, en todo o en parte, hasta por ciento veinte (120) días y por razones
técnicas o económicas, independientes de la voluntad del patrono, siempre que se notifique a los
trabajadores la fecha precisa de la suspensión o clausura temporal, con anticipación no inferior a un
(1) mes, o pagándoles los salarios correspondientes a este período. 4. Por licencia o permiso temporal
concedido por el patrono al trabajador o por suspensión disciplinaria. 5. Por ser llamado el trabajador
a prestar el servicio militar. En este caso el patrono está obligado a conservar el puesto al trabajador
hasta por treinta (30) días después de terminado el servicio. Dentro de esos treinta (30) días el
trabajador puede reincorporarse a sus tareas, cuando lo considere conveniente, y el patrono está
obligado a admitirlo tan pronto como éste gestione su reincorporación. 6. Por detención preventiva
del trabajador o por arrestos correccionales que no excedan de ocho (8) días y cuya causa no justifique
la extinción del contrato. 7. Por huelga declarada en la forma prevenida por la Ley.
ARTICULO 140. SALARIO SIN PRESTACION DEL SERVICIO. Durante la vigencia del contrato el trabajador
tiene derecho a percibir el salario aun cuando no haya prestación del servicio por disposición o culpa
del empleador.

Conclusión: Si la EPS no reconoce la incapacidad, le corresponde pagarla al empleador, pues el hecho


de estar incapacitado no es una circunstancia prevista por la ley para que el empleador pueda
sustraerse de la obligación de pagar salarios y prestaciones a sus trabajadores, toda vez que una
incapacidad no suspende el contrato de trabajo, único evento en que el empleador podría no pagar.

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