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1er Cuatrimestre de 2010 - Seminarios – Química Orgánica II Cibex – Facultad de Ciencias Exactas – UNLP

2 Aminoácidos, péptidos y proteínas

Las proteínas, junto a los hidratos de carbono y los ácidos nucleícos, conforman el grupo principal de polímeros que
prevalecen en la naturaleza. Estas cumplen una gran variedad de funciones vitales, actúan como enzimas; hormonas, por
ejemplo la insulina. También cumplen un rol importante en las estructuras biológicas, la queratina es el principal componente
del cabello y el colágeno de huesos, músculos y tendones. Las proteínas y péptidos son macromoléculas, polímeros, de
aminoácidos unidos entre sí por un enlace amida.

2.1 Aminoácidos clasificación y estructura


Estudie las características estructurales, la reactividad de los grupos funcionales amina y ácido carboxílico. Repase los
tópicos principales relacionados con la estereoquímica de las moléculas orgánicas, la asignación correcta de la configuración
absoluta de un centro quiral y las representaciones de Fischer y utilizando cuñas y líneas punteadas.

1. Elabore una definición, considerando las características estructurales, de un aminoácido. ¿Cómo se los clasifica?
2. Dibuje las estructuras de los siguientes aminoácidos: ácido 1-aminociclopropanocarboxílico, ácido 3-
aminopropanoico y ácido 4-aminobutanoico. Investigue la importancia biológica de los mismos. Identifíquelos como
α, β o γ.
3. ¿A que se denomina aminoácido esencial? Realice una tabla indicando sus estructuras, nombre y características de
sus cadenas laterales.
4. La β-metilamino-L-alanina es un aminoácido presente en las semillas Cycas circinallis. La ingesta de grandes
cantidades de esta semilla produce la enfermedad de Lou Gehring, síndrome similar al Parkinson. El aminoácido
mencionado se une a los receptores de glutamato y se lo considera causante de la enfermedad. Dibuje la estructura del
mismo utilizando proyecciones de Fischer, y cuñas y líneas punteadas, asigne la configuración absoluta del carbono
quiral.

2.2 Características ácido-base de los aminoácidos.


Repase las propiedades ácido-base de los grupos amino y ácido carboxílico. Estudie nuevamente que es una curva de
titulación ácido-base, como se efectúa experimentalmente. Busque en la bibliografía una tabla con los valores de pKa de
todos los grupos funcionales ácidos o básicos de los principales aminoácidos.

1. La glicina es un sólido cristalino que no se funde y se descompone a 233 °C, es una sustancia muy polar. Defina que
es un zwitterion. Escriba la estructura como ión bipolar de la glicina.
2. ¿Qué es el punto isoeléctrico de un aminoácido? Explique porque las siguientes sustancias difieren en los valores de
sus puntos isoeléctricos. ¿Cómo los puede calcular a partir de los valores de pKa? Fenilalanina (5,5) y ácido aspártico
(2,8); fenilalanina y lisina (9,7); lisina y triptofano (5,9).
3. Describa detalladamente la curva de titulación con NaOH de los siguientes aminoácidos: alanina, ácido glutámico y
lisina. Indique en la misma las estructuras presentes de acuerdo a la cantidad de equivalentes de base agregada y el
punto correspondiente al PI.
4. Busque y estudie como se separan los aminoácidos experimentalmente mediante electroforesis y cromatografía de
intercambio iónico. Relacione los fundamentos de estas técnicas con lo estudiado en los problemas precedentes.
5. Describa las estructuras iónicas predominantes de los siguientes aminoácidos en solución acuosa a pH 6. Ácido
aspártico; Lys-Ala y Ile-Glu-Phe.

2.3 Síntesis y reactividad de aminoácidos


Todos los aminoácidos comunes pueden adquirirse comercialmente en su forma ópticamente activa. Existen varios métodos
de síntesis para obtenerlos como mezclas racémicas. En la actualidad con el uso de reactivos y catalizadores quirales se
pueden obtener algunos de ellos en forma enantioselectiva. Repase los siguientes conceptos: mezcla racémica, quimio y
estereoselectividad.

1. Cuando se añade amoníaco acuoso al ácido α-bromopropiónico y se deja reaccionar durante cuatro días se obtiene
como producto principal un aminoácido. ¿Cuál? Repase la reacción de Hell-Volhard-Zelinsky para la obtención de α-
haloácidos.
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2. La valina se puede preparar con un rendimiento del 31% mediante una reacción que es una modificación de la síntesis
del éster malónico. Describa detalladamente la misma.
3. Otro método de síntesis importante es la denominada síntesis de Strecker. 1 El aminoácido 3,4-dihidroxifenilalanina
(L-DOPA) es un fármaco útil contra el mal de Parkinson. Indique como podría prepararlo a partir de 3,4-
dihidroxifenilacetaldehido.
4. ¿Cuál es el fundamento de la resolución química de una mezcla racémica de aminoácidos? Descríbala brevemente y
de un ejemplo. ¿Cuál es la ventaja de la resolución enzimática frente a la química?
5. Indique como puede preparar el éster bencílico de la alanina y la N-acetilfenilalanina.
6. ¿Qué importancia analítica presenta la reacción de un aminoácido con NaN02/H+?

2.4 Péptidos
Los péptidos son polímeros de aminoácidos que contienen de 2 a 50 unidades individuales. Repase la estructura del enlace
amida, su síntesis y su reactividad. Los mismos pueden sintetizarse en el laboratorio mediante metodologías complejas. Estas
utilizan comúnmente grupos protectores. Estudie las generalidades de los grupos protectores en síntesis orgánica. 2

1. ¿Qué función química se identifica con la unión peptídica? ¿Por qué no existe libre rotación en el enlace C-N? ¿Qué
distribución espacial presenta?
2. Indique mediante ecuaciones como puede preparar los siguientes compuestos: N-benciloxicarbonilalanina y
tercbutiloxicarbonilalanina.
3. La diciclohexilcabodiimida (DCC) se utiliza en síntesis orgánica para activar el grupo –COOH en reacciones de
esterificación. Indique la reacción de la misma con fenilalanina. Describa detalladamente el mecanismo de esta
reacción.
4. Indique mediante ecuaciones cómo podría preparar los dipéptidos Ser-Ala y Lys-Gly utilizando grupos protectores
adecuados y también grupos activadores del grupo –COOH.
5. Represente todas las etapas de reacción para preparar el tripéptido Gly-Ala-Leu, empleando el método de Merrifield.

2.5 Determinación de la estructura primaria de un péptido


La estructura primaria de un péptido comprende la secuencia de aminoácidos más todos los enlaces disulfuro. Existen varios
métodos experimentales que nos permiten determinar esa secuencia, la hidrólisis de todos los enlaces amida, la hidrólisis
parcial de los péptidos, el análisis de grupos terminales y la degradación de Edman.

1. La bradicina es una hormona peptídica que inhibe la inflamación de los tejidos, su estructura primaria es: Arg-Pro-
Pro-Gli-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Indique los fragmentos que se obtendrán luego de hidrolizar el péptido con las
siguientes peptidasas: carboxipeptidasa A, tripsina y quimiotripsina.
2. Se realizó la hidrólisis total de un oligopéptido y se sometió a cromatografía, aplicando la muestra hidrolizada, y 3
aminoácidos testigos, en un papel circular. Se utilizó acetonitrilo: acetato de amonio 0,1 M (60:40) como solvente de
desarrollo. Se obtuvieron los siguientes resultados:
• Los Rf encontrados fueron: testigo 1 = 0,41; testigo 2 = 0,62; testigo 3 = 0,84.
• En el desarrollo de la muestra se encontraron 3 manchas cuyos Rf fueron: 0,40; 0,61 y 0,82.
• El frente del solvente fue de 4 cm.
Luego se realizaron más ensayos para lograr determinar la estructura primaria del mismo, a saber:
• Al practicar la reacción de Sanger 3 se obtuvo N-(2,4-dinitrofenil)glicina, y luego de la hidrólisis con la
enzima carboxipetidasa se encontró alanina. Al realizar una hidrólisis parcial se obtuvieron un tripéptido y un
dipéptido, cuyas composiciones fueron: Val2, Gly y Ala, Gly respectivamente. Ambos, por el método de
Edman, dieron Gly marcada.
En base a los resultados obtenidos indique:
• Qué información aporta c/u de los ensayos realizados. Justifique con ecuaciones.

1
Adolf Strecker, un químico orgánico alemán describió la síntesis de la alanina en una publicación científica del año 1850.
2
Un libro interesante de consultar es “T. W. Greene, P. G. M. Wuts: Protective Groups in Organic Synthesis. Ed. John Wiley & Sons.”
3
Frederick Sanger recibió el premio Nobel de Química en 1958 por su trabajo en el estudio de la estructura primaria de los péptidos. En
1980 ganó un segundo premio Nobel de Química por el desarrollo de un método para secuenciar ácidos nucleícos.
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• La composición del péptido (fórmula mínima en acrónimos), su estructura primaria y la fórmula desarrollada
del mismo.
• Realice un esquema del cromatograma obtenido, indicando a qué aminoácido corresponde cada mancha,
justificando su elección.
• Si utilizó como revelador ninhidrina, escriba la ecuación correspondiente a la reacción con alguno de los
aminoácidos.
3. ¿Cuál es la estructura de un nonapéptido que produce los siguientes fragmentos al ser hidrolizado?
• Hidrólisis con tripsina: Val-Val-Pro-Tyr-Leu-Arg y Ser-Ile-Arg.
• Hidrólisis con quimotripsina: Leu-Arg y Ser-Ile-Arg-Val-Val-Pro-Tyr.
4. Mediante el análisis de aminoácidos se encuentra que un octapéptido está formado por: Asp, Gly2, Leu, Phe, Pro2,
Val. El análisis de Edman revela un grupo N-terminal glicina, y la hidrólisis con carboxipeptidasa indica que la
leucina es el primer aminoácido en aparecer. La hidrólisis ácida produce los siguientes fragmentos: Val-Pro-Leu /
Gly / Gly-Asp-Phe-Pro / Phe-Pro-Val. Proponga una estructura para el octapéptido analizado.
5. Los ensayos tendientes a establecer la estructura de Gramicidina S, un antibiótico polipeptídico, dieron la siguiente
información:
• El análisis de los productos de su hidrólisis indicó una fórmula empírica de Leu, Orn, Phe, Pro, Val
(Orn=ornitina. Es un aminoácido escaso y de estructura +H3NCH2CH2 CH2CH(NH2)COO-).
• Su peso molecular aproximado es de 1300.
¿Cuál es la fórmula molecular de la gramicidina S?

• El análisis para determinar el grupo C-terminal resultó negativo.


• El análisis de residuo N-terminal (Sanger) dio únicamente DNP- HNCH2 CH2 CH2CH(+NH3)COO-.
• La hidrólisis parcial dio los siguientes péptidos: Leu-Phe, Phe-Pro-Val, Orn-Leu, Pro-Val-Orn, Val-Orn,
Val-Orn-Leu, Phe-Pro
¿Cuál es la estructura completa de la gramicidina S?

2.6 Estructura de las proteínas


Las proteínas se describen por medio de varios niveles de estructuras, la primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria. En
problemas anteriores analizamos la estructura primaria de las proteínas en este apartado estudiaremos las estructuras
superiores. Estas serán estudiadas con mayor detalle en cursos posteriores de bioquímica. 4

1. ¿En qué consisten las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de una proteína? ¿Qué tipos de unión o
interacciones intervienen en cada una de ellas?
2. ¿Qué agentes desnaturalizan las proteínas?¿Qué niveles de organización estructural se ven afectados?

2.7 Trabajo práctico de laboratorio


Recuerde que antes de concurrir al trabajo práctico de laboratorio debe estudiar con detalle las medidas de seguridad
correspondientes y el procedimiento experimental que llevara a cabo en el laboratorio, solicitar a los docentes de la cátedra el
material y la bibliografía con anticipación. El mismo consiste en aislar y caracterizar mediante reacciones las proteínas de la
leche y la clara de huevo. 5

2.8 Bibliografía recomendada para el seminario


Allinger, N.L.; Cava, M.P.; DeJongh, D.C.; Johnson, C.R., Lebel, N.A.; Stevens, C.L. “Química Orgánica”. Editorial
Reverté.
Ege, S “Química Orgánica: Estructura y Reactividad”. Editorial Reverté – Tomo II.
Morrison; RT. y Boyd, RN. “Química Orgánica”. Editorial Addison-Wesley Iberoamericana.
Streitweiser, A. y Heathcock. C.H. “Química Orgánica”. Editorial Sudamericana.

4
El sitio de internet “Protein Data Bank (www.rcsb.org)” es un banco de datos de estructuras de proteínas obtenidas por RMN y Rayos X
principalmente, en el puede observar la complejidad de los distintos niveles estructurales que adoptan las proteínas.
5
¡Importante!: se evaluarán los conocimientos mínimos para que pueda desarrollar el trabajo práctico antes de llevar a cabo el mismo.
También los docentes de la cátedra evaluarán su desempeño durante el trabajo experimental.
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Wade, LG. “Química Orgánica”. Editorial Prentice-Hall Hispanoamericana.


Carey, F. A. “Química Orgánica”. Editorial. Mc Graw Hill.
Lehninger, A. L. “Principios de Bioquímica”. Editorial Omega. 6

2.10 Problemas adicionales


A continuación se presentan una serie de problemas adicionales, se sugiere, en especial a los alumnos que deseen llevar a
cabo la promoción del examen final de la asignatura, practiquen, estudien y reflexionen sobre los mismos.

1. La treonina es un aminoácido que posee dos centros quirales. Dibuje, utilizando proyecciones de Fsicher los
cuatro estereoisómeros de la treonina, asigne la configuración absoluta de todos los carbonos quirales e indique
cual de las cuatro estructuras propuestas corresponde a la L-treonina.
2. Describa las cuatro estructuras en las que se puede encontrar el ácido aspártico de acuerdo al pH de la solución.
¿Cuál de ellas corresponde al punto isoeléctrico?¿Porqué el ácido aspártico tienen un PI menor que la lisina?
3. Describa detalladamente las reacciones de esterificación y acilación del grupo carboxilo y amino en los
aminoácidos. ¿Cuáles son los productos de reacción de la prolina con metanol en presencia de un catalizador
ácido?¿Y de la isoleucina con cloruro de acetilo en medio básico?
4. ¿Cómo puede utilizar una solución de ninhidrina para diferenciar la prolina de la isoleucina?
5. El glutatión es un tripeptido que destruye los agentes oxidantes nocivos del organismo. Busque la estructura
primaria del mismo, ¿Qué peculiaridad estructural presenta? Dibuje las formas oxidada y reducida del tripéptido.
6. Deduzca la estructura de un péptido de 11 aminoácidos a partir de los siguientes datos experimentales:
• aa: Ala, Arg, His, 2 Lys, Leu, 2 Met, Ser, Thr, y Val.
• D-Edman: Leu.
• Carboxipeptidasa: Val.
• H-Tripsina: Ser, Leu, Arg / Thr, Met, Val / Lys / Ala, His, Lis, Met.
• T-BrCn: His, Lys, Met / Thr, Val / Ala, Arg, Leu, Lys, Met, Ser.
7. Explique por qué el agregado de urea produce la desnaturalización de una proteína.
8. Describa brevemente los distintos tipos de interacciones que existen, covalentes y no covalentes, entre las
cadenas laterales de los aminoácidos que influyen principalmente sobre la estructura terciaria de las proteínas.
9. Busque el artículo “J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12684.”. Realice un resumen del mismo y analice con detalle
los distintos niveles estructurales de la Gramicidina S y los derivados sintetizados. ¿Qué técnicas
espectroscópicas se utilizan para determinar su estructura?¿Cuál es la estructura secundaria que adopta este
péptido?¿Qué grupos protectores se utilizaron para modificar la estructura del antibiótico?

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Se recomienda su lectura para una correcta vinculación de los contenidos de esta asignatura con materias específicas de bioquímica,
farmacia y química de los alimentos.