Bioinformática.

Grau Biologia
Examen Recuperación
25 Enero 2013

Preguntas del segundo bloque del curso

Apellidos: Nombre:

Pregunta 1: Genera una secuencia de 250 nucléotidos, en los que los

150 primeros nucleótidos sigue una distribución multinomial con el
vector de probabilidad (pA=0,6; pT=0,2; pG=0,1; pC=0,1) y el resto de la
secuencia está formada por el dinucléotido AT.
Pregunta 2: ORF y CDS
(a) son términos sinónimos.
(b) Un CDS es una predicción y un ORF tiene evidencia de
transcripción.
(c) Un ORF es una predicción y un CDS tiene evidencia de
transcripción.
(d) Un ORF es una secuencia nucleotídica y un CDS una
secuencia aminoacídica

Pregunta 3. Define que es el reloj molecular y su utilidad en los

anàlisis filogenéticos.
Pregunta 4. Se han comprado las secuencias de DNA ortólogas de 6
especies y se ha creado esta matriz. (Estimada a partir del número de
cambios nucleotídicos):

A B C D
B 31
C 26 29
D 32 10 31
E 8 29 22 28

Haz una reconstrucción filogenètica manual por UPGMA e indica la

topologia del árbol obtenida (con el formato Newick que incluya
también las distancias).
Pregunta 5. A continuación se muestra de forma esquemática una
secuencia de Mycoplasma genitalium. Suponemos que los codones se
encuentran en la misma pauta de lectura (entre parèntesis se muestra
la posición del codón)

(30) (47) (56) (97)

------ TAA --------- ATG ------ TAA ------------ ATG

(112) (345) (377)
--------- ATG --- // ------ TAG --------- TGA ---

Indica que ORFs se encuentran en la secuencia.

(a) del 97 al 345

(b) del 112 al 345
(c) del 97 al 377
(d) del 112 al 377

Pregunta 6. A continuación se muestran 2 URLs diferentes,

http://eutils.ncbi.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?rettype=gb&db=nucle
otide&id=NC_000908
http://eutils.ncbi.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?rettype=fasta&db=nuc
leotide&id=NC_000908

Crea un script que permita descargar el contenido de las páginas Web

y lo muestre en pantalla.
Explica la diferencia quehay entre los dos enlaces