XII y comienzos del XIII se produce un desarrollo notable de la polifonía
asociado a la Escuela de Notre Dame (1180-1225). El organum de este periodo combina secciones de nota tenida con secciones en discanto desarrollado, propiciado por el nuevo sistema de notación (notación modal). Las secciones intermedias compuestas en estilo de discanto, denominadas clausulae, son intercambiables. Con el tiempo, se componen nuevos textos para algunas de esas clausulae, dando lugar a una nueva forma musical independiente del organum, el motete. Estos motetes son politextuales y en el s.XIII se van a combinar idiomas y temáticas distintas. Es en esta época cuando el motete es un género difícil de clasificar, pues se sitúa a medio camino entre la música religiosa y la profana.
El desarrollo de la isorritmia convertirá al motete en el género dominante del s.XIV, que
termina por desplazar definitivamente el organum y el conductus. El Ars Nova continuará con la elaboración isorritmica iniciada en las décadas anteriores. Comienzan en el s.XIV las composiciones polifónicas sobre textos de la misa, que alcanzan un hito importante en la Misa de Nostre Dame, de Guillaume de Machaut, primera misa completa conocida, con seis movimientos: Kyrie, Gloria, Credo, Santus, Agnus Dei y Ite missa est (este último es infrecuente en otras misas). En lo que respecta a la música profana, nos encontramos con las formas fijas de la polifonía francesa: ballade, rondeau, vierlai. que tienen su paralelo en algunas formas polifónicas italianas como la ballata, la caccia y el madrigal, o el lied en alemania.