Universidad Nacional de San Agustín

Escuela Profesional de Ingeniería Sanitaria

Laboratorio de Microbiología
Integrantes:
Cárdenas Castro, Diego Alonso
Mamani Márquez, Massiel

Docente:
Blgo. Wilmer Paredes Fernández

Curso:
Laboratorio de Microbiología

Arequipa – 2018
INTRODUCCION
Tras los avances en la secuenciación de ADN y proteínas, la aplicación de enfoques
computacionales, en el análisis de datos biológicos se ha convertido en un aspecto muy
importante de la biología. La evaluación de las similitudes entre los datos biológicos se
ha convertido en un aspecto muy importante de la biología. La evaluación de las
similitudes entre las secuencias biológicas es crucial para nuestra comprensión de la
biología evolutiva, y esto puede lograrse mediante la herramienta de búsqueda de
alineación local básica (BLAST) y la alineación rápida (FASTA). BLAST y FASTA se han
convertido en herramientas fundamentales de la biología y es esencial saber cómo
operan, la tarea que pueden realizar y cómo interpretar con precisión su resultado. este
documento proporciona un análisis de BLAST y FASTA en el análisis de secuencias. Ambos
algoritmos BLAST y FASTA son apropiados para determinar secuencias muy similares.
Sin embargo, BLAST parece ser más rápido y también secuencias más precisas
altamente divergentes en algunos casos.
OBJETIVOS
Conocer y aprender a manejar el programa BLAST
MATERIAL
Computadoras Secuencias de ADN
NITROBACTER VULGARIS
actgggcgta aagggtgcgt aggcgggtct ttaagtcaga ggtgaaatcc tggagctcaa
ctccagaact gcctttgata ctgaggatct tgagttcggg agaggtgagt ggaactgcga
gtgtagaggt gaaattcgta gatattcgca agaacaccag tggcgaaggc ggctcactgg
cccgatactg acgctgaggc acgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga gta
En la cepa Ab 1 de Nitrobacter vulgaris , se encontró que una nitrito reductasa unida a la membrana
se co-purificó con la nitrito oxidorreductasa, el sistema enzimático clave de las células oxidantes
de nitrito. Se supuso que el peso molecular relativo de la enzima, estimado por SDS-PAGE, era de
63 000. Se demostró que el pH óptimo era 6,1 y el valor de K m para el nitrito 263 μM. Se calculó
que el IEP estaba a pH 5.5–6.0. La enzima fue inhibida por N, N -dietilditiocarbaminato (DDC), o -
fenantrolina y etilmaliendiimida. Bencilo y metil viologen reducidos con ditionita, NADH / FMN y
citocromo c del corazón de caballo reducido con ditionitaFueron donantes de electrones adecuados
para la reducción de nitritos. La enzima enriquecida produjo NO como el único producto final y
mostró una débil actividad de la citocromo c oxidasa.
Los genes que codifican las enzimas del ciclo de Calvin de Nitrobacter vulgaris T3 se encuentran
como dos grupos separados en el cromosoma. Un grupo contiene los genes para las subunidades
grandes y pequeñas de la ribulosa-1,5-bifosfato carboxilasa / oxigenasa (RuBisCO), gliceraldehído-
3-fosfato deshidrogenasa, y uno codifica una proteína reguladora de la familia LysR. El otro grupo
contiene los genes para la fructosa-1,6- / sedoheptulosa-1,7-bifosfatasa, fosforibuloquinasa y la
fructosa-1,6- / sedoheptulosa-1,7-bifosfato aldolasa. Con la excepción del gen tipo LysR, los genes
en cada grupo aparentemente se transcriben en la misma dirección. La secuencia de aminoácidos
deducida de las subunidades grandes y pequeñas de RuBisCO es más similar (84–86%) a las
de Thiobacillus ferrooxidans yChromatium vinosum . Las secuencias deducidas de fosforibulocinasa
y fructosa / sedoheptulosa bisfosfatasa son 67–73 y 44–46% similares a las reportadas para
otras bacterias autótrofas, respectivamente.

Rhizobium sophorae
aacgctggcg gcaggcttaa cacatgcaag tcgagcgccc cgcaagggga gcggcagacg
ggtgagtaac gcgtgggaat ctacccttga ctacggaata acgcagggaa acttgtgcta
ataccgtatg tgtccttcgg gagaaagatt tatcggtcaa ggatgagccc gcgttggatt
agctagttgg tggggtaaag gcctaccaag gcgacgatcc atagctggtc tgagaggatg
atcagccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc
Cinco cepas bacterianas que representan 45 aislamientos se originaron a partir de nódulos
radiculares de la leguminosa medicinal Sophora flavescens se definieron como dos nuevos grupos
en el género Rhizobium en función de sus relaciones filogenéticas estimadas a partir de los genes
16S rRNA y los genes de mantenimiento recA, glnII y atpD. Estos grupos se relacionaron de forma
distante con R. leguminosarum USDA 2370T (95.6% de similitud para el grupo I) y R. phaseoli ATCC
14482T (93.4% de similitud para el grupo II) en el análisis de secuencia multilocus (MLSA). En la
hibridación de ADN-ADN, las cepas de referencia CCBAU 03386T (grupo I) y CCBAU 03470T (grupo
II) mostraron una relación de 17.9% -57.8% y 11.0% -42.9%, respectivamente, con el tipo de cepas
de especies relacionadas. Ambas cepas CCBAU 03386T y CCBAU 03470T contenían Q-10 como
quinona respiratoria principal y poseían 16: 0, 18: 0, 19: 0 ciclo ω8c, característica resumida 8, y
sumó la característica 2 como ácidos grasos principales, pero no contenía 20: 3 ω6,8,12c. Se
encontraron características fenotípicas que distinguen a ambos grupos de todas las especies de
Rhizobium estrechamente relacionadas. Por lo tanto, dos nuevas especies, Rhizobium sophorae sp.
nov. para el grupo I (tipo cepa CCBAU 03386T = E5T = LMG 27901T = HAMBI 3615T), y Rhizobium
sophoriradicis sp. nov., para el grupo II (tipo cepa CCBAU 03470T = C-5-1T = LMG 27898T = HAMBI
3510T), se propusieron. Ambos grupos pudieron nodular Phaseolus vulgaris y sus hospedantes de
origen (Sophora flavescens) de manera efectiva y su gen de nodulación nodC se localizó
filogenéticamente en los symbiovar phaseoli. nov. para el grupo I (tipo cepa CCBAU 03386T = E5T =
LMG 27901T = HAMBI 3615T), y Rhizobium sophoriradicis sp. nov., para el grupo II (tipo cepa CCBAU
03470T = C-5-1T = LMG 27898T = HAMBI 3510T), se propusieron. Ambos grupos pudieron nodular
Phaseolus vulgaris y sus hospedantes de origen (Sophora flavescens) de manera efectiva y su gen
de nodulación nodC se localizó filogenéticamente en los symbiovar phaseoli. nov. para el grupo I
(tipo cepa CCBAU 03386T = E5T = LMG 27901T = HAMBI 3615T), y Rhizobium sophoriradicis sp. nov.,
para el grupo II (tipo cepa CCBAU 03470T = C-5-1T = LMG 27898T = HAMBI 3510T), se propusieron.
Ambos grupos pudieron nodular Phaseolus vulgaris y sus hospedantes de origen (Sophora
flavescens) de manera efectiva y su gen de nodulación nodC se localizó filogenéticamente en los
symbiovar phaseoli.

Bradyrhizobiaceae
tacgaagggg gctagcgttg ctcggaatca ctgggcgtaa agcgcacgta ggcggctttc
taagtcagag gtgaaatcct ggagctcaac tccagaactg cctttgatac tggagagctt
gagttcggga gaggtgagtg gaactgcgag tgtagaggtg aaattcgtag atattcgcaa
gaacaccagt ggcgaaggcg gctcactggc ccgatactga cgctgaggtg
La capacidad de cultivo de los microorganismos en un núcleo de 10 cm de un suelo de pasto
australiano se investigó utilizando un medio de agar mínimo con xilano como sustrato de
crecimiento. La capacidad de cultivo disminuyó al aumentar la profundidad, desde un máximo del 19%
del total de células contables microscópicas en la sección de 0–2 cm hasta el 2.4% en la sección de
8–10 cm. Se identificaron setenta y un aislados del núcleo mediante un análisis comparativo de la
secuencia del gen 16S rRNA. Muchos de estos aislamientos pertenecen a grupos de bacterias del
suelo distribuidas globalmente, incluidas familias bien caracterizadas de las
clases Alphaproteobacteria y Betaproteobacteria , y de la subclase Actinobacteridae . Otros
aislamientos pertenecen a grupos con pocos o ningún representante cultivado: 10 aislamientos en
dos subdivisiones del filoAcidobacterias , cinco aislamientos en un nuevo orden y nueve aislamientos
en una nueva familia de la clase Alphaproteobacteria , dos aislamientos en un nuevo orden de la
clase Gammaproteobacteria , tres aislamientos en dos nuevas familias de la
subclase Actinobacteridae y dos aislamientos en la subclase Rubrobacteridae. Estos nuevos
aislamientos representan los primeros cultivos de laboratorio que pueden asignarse a algunos de
estos grupos y aumentan considerablemente el número de cepas cultivadas conocidas por
otros. Esto demuestra que un cambio mínimo en la estrategia de cultivo (utilizando un sustrato de
crecimiento polimérico y tiempos de incubación más prolongados) puede resultar en el aislamiento
de bacterias filogenéticamente novedosas de suelo distribuidas globalmente pero sin cultivar
previamente.
Xanthomonas campestris

gcggcgaaaa caggctggca tcggcttgcc gcagccgttc gcggtcgaac agaatgcgcc

ataccgcgac cttcggtacg cgccagcgct tcggtggcat cgaaagaaac catctatcga
gtctaacaac accatggctg taacgcccgc atcgctgtgt ttcgtgcgct tgtccgccct
gggcgatgtc acgcacgtgg tgccgctggt acggacgttg caggccgggt ttcctgaaac
ccaactgcat tgggtcatcg acaaggccgg gctgaaattg ctcgagggtc tgccctggtc
gtgcaattcc acgcctacga caaacgcagc ggggtggccg gcatgcgcgc actacgccgg
tcgctggcac cgctgggccg cttcgatgcc ttgctgcaga tgcaggtggc ctttcgggcc
aatgtgctgt cggccttcgt gccggcgcgg cgacgcatcg gctacgaccg cagccgctcc
aaggacctgc acggcctgtt cgtcaacgag cgcatcgccg atcgccccgg catccacgtg
ctcgacgtca tcggcagctt tgccgagccg ctgggcctgc gccagaccca ggtgcgctgg
gacctgccgg tgcccgacca ggcgcatgcc tgggcacgcg cgcaatggga cgacgatggc
cgccctgtac tgatgatctc gccctgctcc agccacccgc gtcgcaactg gtatcccgat
cgcctcgccg cgctggccga tcatgccgcc gcgcagggct ggcggatcgt
HD-GYP es un dominio proteico de función bioquímica desconocida implicada en la señalización y
regulación bacteriana. En la planta del patógeno Xanthomonas campestris pv. campestris, la síntesis
de los factores de virulencia y la dispersión de las biopelículas se controlan positivamente mediante
un sistema de transducción de señales de dos componentes que comprende la proteína reguladora
del dominio HD-GYP RpfG y el sensor relacionado RpfC y mediante señalización célula-célula mediada
por la molécula de señal difusible DSF (difusible factor de señal). El sistema de dos componentes RpfG
/ RpfC se ha implicado en la percepción de DSF y la transducción de señales. Aquí mostramos que la
función de RpfG es degradar el inusual nucleótido cíclico di-GMP, una actividad asociada con el
dominio HD-GYP. La mutación de los residuos H y D conservados del dominio HD-GYP aislado dio como
resultado la pérdida tanto de la actividad enzimática frente a di-GMP cíclicas como de la actividad
reguladora en la síntesis del factor de virulencia. Otros dos dominios de proteínas, GGDEF y EAL, ya
están implicados en la síntesis y degradación respectivamente de di-GMP cíclico. Al igual que con los
dominios GGDEF y EAL, el dominio HD-GYP está ampliamente distribuido en bacterias de vida libre y
ocurre en patógenos de plantas y animales, así como en simbiontes beneficiosos y organismos
asociados con una variedad de nichos ambientales. La identificación del papel del dominio HD-GYP
por lo tanto aumenta nuestra comprensión de una red de señalización cuya importancia para el estilo
de vida de diversas bacterias está emergiendo ahora.

La goma de xantano, el polisacárido extracelular de Xanthomonas campestris, se ha reinvestigado

por análisis de metilación y por degradación del ácido urónico seguida de oxidación y eliminación del
residuo oxidado. El polisacárido se compone de unidades de repetición de pentasacárido con la
siguiente estructura:
Pseudomonas fluorescens
cctacgggag aaagtggggg atcttcggac ctcacgctat tagatgagcc taggtcggat
tagctagttg gtgaggtaat ggctcaccaa ggcgacgatg taactggtct gagaggatgc
atcacactgg aactgagaca cggtccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg
gacaatgggc gaaagcctga tccagccatg ccgcgtgtgt gaagaaggtc ttcggattgt
aaagcacttt aagggaggaa gggcagttac ctaatacgtg
 Pseudomonas fluorescens

Pseudomonas

Taxonomía

Dominio: Bacteria

Filo: Proteobacteria

Clase: Gammaproteobacteria

Orden: Pseudomonadales

Familia: Pseudomonadaceae

Género: Pseudomonas

Especie: P. fluorescens
Migula, 1895

fluorescens es un bacilo Gram-negativo, recto o ligeramente curvado pero no vibrioide, es saprófito,

(todo lo que ingiere pasa a través de la pared de su citoplasma). Se puede encontrar en suelo y agua.
Es incapaz de formar esporas y crece aeróbicamente. La temperatura óptima para su
funcionamiento es de 25 a 30 °C, aunque puede crecer desde los 5 hasta los 42 °C aproximadamente.
No crece bajo condiciones ácidas (pH ≤ 4.5) y necesita preferentemente pH neutro. Tiene movimiento
activo en líquido por sus flagelos polares (más de 1). Su pigmento fluorescente (fluoresceína) la hace
reaccionar frente a la luz ultravioleta, aunque recién cultivada o después de varios cultivos de
laboratorio, puede ser que no reaccione.
Las Pseudomonas pueden crecer en un medio mineral con iones de amonio o nitrato y un solo
compuesto orgánico que funciona como única fuente de carbono y energía. La ganancia energética
es obtenida por respiración aeróbica, no por fermentación y su crecimiento es rápido.
Abundan en la superficie de las raíces, ya que son versátiles en su metabolismo y pueden utilizar
varios sustratos producidos por las mismas, pero no establecen una relación simbiótica con la
planta.
Una de las características de la Pseudomonas fluorescens es su alta capacidad de solubilización del
fósforo y la realizan por dos vías: la primera es la producción de ácidos orgánicos (ácido
cítrico, ácido oxálico, ácido glucónico) que actúan sobre el pH del suelo favoreciendo la solubilización
del fósforo inorgánico y liberando el fosfato a la solución del suelo. La otra vía de acción es a través
de las fosfatasas que son enzimas hidrolasas (Monoesterasas y Diesterasas Fosfóricas) que actúan
sobre las uniones ésteres liberando los grupos fosfatos de la materia orgánica a la solución del suelo.
Ambas vías generan una mayor cantidad de fosfato para ser absorbido por las raíces de las plantas.
Otro aspecto destacable es la posibilidad de que las Pseudomonas fluorescens posean la virtud de
producir sustancias estimuladoras del crecimiento, ya que las Pseudomonas en general pertenecen
a un grupo llamado “estimuladores del crecimiento vegetal (MECV)” que poseen la propiedad de
producir estas sustancias, cuyas principales ventajas son las de estimular la germinación de las
semillas, acelerar el crecimiento de las plantas especialmente en sus primeros estadios, inducir la
iniciación radicular e incrementar la formación de raíces y pelos radiculares. Las principales
sustancias estimuladoras producidas son de tipo hormonal como auxinas, giberelinas y citoquininas,
pero también producen sustancias de otro tipo como aminoácidos y promotores específicos del
crecimiento. Estos efectos se dan siempre que sea adecuada la concentración de organismos en el
sistema radicular y en el suelo haya suficiente cantidad de materia orgánica.
Por último, una propiedad complementaria de la Pseudomonas fluorescens es la de producir ciertas
sustancias -antibióticos y sideróforos- que actúan limitando el crecimiento y desarrollo de los
patógenos fúngicos que pueden afectar al cultivo.
BIBLIOGRAFIA
 https://www.researchgate.net/publication/268228653_Rhizobium_sophorae_sp_nov_an
d_Rhizobium_sophoriradicis_sp_nov_nitrogen-
fixing_rhizobial_symbionts_of_the_medicinal_legume_Sophora_flavescens
 www.pnas.org/content/103/17/6712.short
 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1046/j.1462-2920.2002.00352.x