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Juan Sebastián Molina 201615754

Nathalia Portilla 201515280

Denise Yamhure Ramirez 201530573

SEGUNDA ENTREGA PROYECTO BIOINFORMÁTICA

PROYECTO: Búsqueda de genes ortólogos entre el cnidario Cassiopea y otros organismos que cuentan con un
sistema nervioso centralizado y por ende la habilidad de dormir con el fin de buscar realmente que tan antiguo es el
carácter del sueño en la historia filogenética de los animales generando una aproximación al origen y el contexto
biológico en donde evolucionó.

JUSTIFICACIÓN: El origen del sueño ha resultado siempre una las grandes incógnitas en la filogenética y la
neurociencia. La evolución de este carácter que hoy en día desde pequeños insectos hasta grandes mamíferos cuentan
para su supervivencia aun no se sabe con certeza cómo ni cuándo se originó. Hasta hace poco se creía que el sueño
estaba fuertemente ligado a la evolución de un sistema nervioso centralizado controlado por un cerebro y una serie
específica de canales sinápticos dentro de una red de neuronas. Hasta hace poco se creía que “la regulación del ciclo
sueño-vigilia interviene todo el SNC, aunque existen áreas con mayor implicación. El sueño se produce por un proceso
inhibidor activo. (Kilduff, 2008). No obstante, recientemente se expuso la posibilidad de que este haya evolucionado
mucho antes de lo pensado, pues se encontraron señales que la medusa del género Cassiopea (Uno de los organismos
marinos más “simples” y sin cerebro) busca el sueño demostrando que este pudo haber originado mucho antes de la
evolución de un sistema neurológico complejo.
Cassiposea es un cnidario, grupo filogenético que surgió surgieron por primera vez hace unos 700 millones de años
lo cual hace de este un organismo ideal para el estudio de los orígenes evolutivos del sueño. Con el desarrollo de este
proyecto buscamos entonces saber si el sueño es realmente una propiedad de sistemas neurológicos o es más bien una
propiedad de circuitos complejos como lo es la red de canales nerviosos en los Cnidarios. A través de la búsqueda de
genes ortólogos que cuenten con un alto grado de conservación filogenética se pretende, entonces, por medio de
técnicas bioinformáticas evidenciar si el proceso de dormir es un fenómeno universal inherente a la presencia de un
SNC. Al comparar los genomas de organismos modelos tanto invertebrados como vertebrados podríamos evaluar
si estos presentan estados conductuales semejantes a de los mamíferos y poder generar además un enfoque
filogenético del sueño a nivel molecular.

Objetivos:
 Crear una aproximación evolutiva al origen del sueño dentro del árbol de los animales
 Adquirir una idea del contexto en el cual pudo haber evolucionado el sueño
 Generar conocimiento de los pilares básicos biológicamente hablando necesarios para conciliar el sueño
(¿Qué tipo de sistema basta para lograr eso?)
 Entender si la necesidad del sueño evolucionó como respuesta a la evolución de un SNC o en vez en un
organismo de sistema neurológico en red donde no hay cerebro.

Metodología: Por medio de revisión en literatura se realizará selección de genes asociados al sueño,
posteriormente se identificarán los genes seleccionados en los genomas de los organismos propuestos, se
realizará alineamiento teniendo en cuenta los genes positivos y se realizará análisis de motivos a estos con
el fin de evidenciar posibles inferencias en función.

Datos: Secuencias anotadas en NCBI


Juan Sebastián Molina 201615754

Nathalia Portilla 201515280

Denise Yamhure Ramirez 201530573

 Invertebrados
(Cnidaria)
Hydra vulgaris IDs: 529188 [UID] 5168 [GenBank] 529188 [RefSeq]
Exaiptasia pallida IDs: 562261 [UID] 2535758 [GenBank] 4457158 [RefSeq]
Drosophila elegans IDs: 555098 [UID] 555098 [GenBank] 3298238 [RefSeq]
C elegans WBcel235
Amphimedon queenslandica IDs: 293608 [UID] 111438 [GenBank] 293608 [RefSeq]

 Vertebrados
Danio rerio GRCz11
Mus musculus GRCm38.p6
Homo sapiens GRCh38.p11

Bibliografía

Nath, R. D., Bedbrook, C. N., Abrams, M. J., Basinger, T., Bois, J. S., Prober, D. A., … Goentoro, L. (2017). The
Jellyfish Cassiopea Exhibits a Sleep-like State. Current Biology, 1–7.
https://doi.org/10.1016/j.cub.2017.08.014
Ayala Guerrero, F., & Mexicano, G. (2008). Filogenia del sueño : de invertebrados a vertebrados. Revista
Médica de La Universidad Veracruzana, 8(1), 37–45.