Proteínas de choque térmico de clase J de Arabidopsis thaliana : sensores de

estrés celular
Las plantas han desarrollado una variedad de mecanismos para mantener su
homeostasis celular en condiciones ambientales estresantes. La supervivencia de las
plantas en condiciones de estrés abiótico requiere un grupo especializado de
maquinaria de proteínas de choque térmico, perteneciente a la familia de proteínas
Hsp70: J. Estas proteínas de choque térmico son los tipos más comunes de
maquinarias chaperonas involucradas en diversos procesos celulares que incluyen el
plegamiento de proteínas, la translocación a través de las membranas celulares y la
degradación de proteínas. Las proteínas J son co-chaperones de la máquina Hsp70,
que juegan un papel crítico al estimular la actividad ATPasa de Hsp70s, estabilizando
así su interacción con las proteínas cliente. Usando el análisis del genoma de
Arabidopsis thaliana.
Abreviaturas
Hsps
Proteínas de choque térmico
Hsp70
Proteína de choque térmico de 70 kDa
Hsp40
Proteína de choque térmico de 40 kDa
DnaJ
Proteína J, Hsp40
Motivo HPD
Histidina, prolina, motivo aspartato.
JLPs
Proteínas tipo J
Región G / F
Región de glicina / fenilalanina
Caj1
Proteína de unión a la calmodulina
JAC1
Proteína J requerida para la respuesta de acumulación de cloroplastos
AUL1
1 proteína similar a la auxilina
mtHsp70
Mitocondrial Hsp70
Pam18
Presecuencia de proteínas asociadas a translocasa motor de importación 18
Pam16
Presecuencia secuencia translocasa asociada a la importación de motor 16
GFA2
 FActor gametofitico 2
ARG1
Respuesta alterada a la gravedad 1
ARL1
Respuesta alterada al gen de gravedad 1
ARL2
Respuesta alterada al gen 2 similar a la gravedad.
Kam2
Katamari 2
GRV2
Gravitropismo defectuoso 2
RME-8
Endocitosis mediada por receptores-8
PSVs
Vacuolas de almacenamiento de proteínas

Introducción

Las chaperonas moleculares, incluidas las proteínas de choque térmico de 70 kDa

(Hsp70s) altamente conservadas y sus proteínas J asociadas, también denominadas
Hsp40s / DnaJ.
Hsp70: la maquinaria de proteína J facilita el replegamiento de proteínas dañadas
después de la exposición de las células al estrés y controla la actividad de muchas
proteínas reguladoras (Mayer y Bukau 2005). La secuencia y las estructuras de dominio
de las proteínas Hsp70 y J están altamente conservadas y se expresan de forma ubicua
en todos los compartimentos celulares, incluida la matriz mitocondrial, el lumen del
retículo endoplásmico, el citosol y el núcleo.
En las plantas y otros organismos, existen seis familias principales de proteínas de
choque térmico inducidas por el estrés por calor. Son la familia Hsp70 (DnaK /
Ssa); Familia J-protein / Hsp40 (DnaJ / Ydj1); Familia Hsp60 (GroEL); Familia
Hsp90; Familia Hsp100 (Clp) y familia Hsp pequeña (sHsp; Georgopoulos y
Welch 1993 ; Lindquist y Craig 1988).
Las grandes pérdidas agrícolas en todo el mundo se atribuyen al estrés abiótico como la
sequía, la salinidad, las temperaturas extremas, la toxicidad química y el estrés
oxidativo.
El objetivo principal de esta revisión es redirigir el enfoque a publicaciones recientes que
descubren los detalles moleculares de la función de la proteína J en la planta de
floración modelo, A. thaliana.
 Al utilizar el análisis genómico comparativo, hemos anotado la familia de proteínas J en
función de la homología de secuencia y su posible coherencia funcional con los
ortólogos de levadura. También se discute una clasificación exhaustiva basada en la
estructura modular y la localización de proteínas de las proteínas J de A. thaliana.

Mecanismo de acción de la proteína J

En todos los organismos, las Hsp70 no funcionan solas. Más bien, actúan con co-
chaperones, incluidas las proteínas-J. Las proteínas J son factores accesorios
necesarios para Hsp70 y regulan su función in vivo. Las proteínas J, aunque son menos
abundantes que las Hsp70, pueden funcionar catalíticamente, interactuando
transitoriamente y sirviendo a más de una molécula de Hsp70.
El estado unido a ATP de una Hsp70 interactúa con las proteínas cliente de forma
transitoria, mientras que en la conformación unida a ADP, la unión es muy estable
(Mayer y Bukau 2005 ). El ciclo funcional de interacción de una proteína cliente con
Hsp70 se inicia en estado unido a ATP (Fig. 1; paso 1). Pocas subclases de proteínas J
secuestran directamente las proteínas cliente en la hendidura de unión a péptido de una
Hsp70 acoplada a la estimulación de la hidrólisis de ATP por dominios J de proteínas J
que interactúan a través del dominio ATPasa de Hsp70 (Bukau y Horwich 1998 ; Fan et
al. 2003 ; Wittung-Stafshede et al. 2003 ). Esto da como resultado la estabilización de la
interacción de una proteína cliente con Hsp70 al convertir Hsp70 al estado unido a ADP
(Fig. 1 ; pasos 3 y 4). Los factores accesorios adicionales, como los factores de
liberación de nucleótidos, causan el intercambio de ADP a ATP, lo que da como
resultado la disociación del péptido unido y la Hsp70 prima para un segundo ciclo de
interacción (Bukau et al. 2006 ; Harrison et al. 1997).
Figura 1
Modelo de Hsp70: Ciclo chaperón de la proteína-J. (1) Hsp70 existe en dos estados
unidos a nucleótidos, ATP y ADP. Consiste en dos dominios funcionales importantes, el
dominio de unión ATPasa / nucleótido (NBD) y el dominio de unión al sustrato (SBD). En
el estado ATP, Hsp70 se une directamente a la proteína del sustrato desplegado /
cliente a través de SBD con una afinidad relativamente baja (forma de liberación
rápida). (2) De manera similar, las proteínas J también se unen a las proteínas cliente /
desplegadas a través de su dominio de dedo de zinc / terminal C-terminal. (3) La
proteína J se une al complejo de Hsp70-sustrato directamente, ya sea solo o a veces
secuestra las proteínas desplegadas / cliente a Hsp70 unida a ATP. (4)El dominio J
terminal N de la proteína J interactúa con el dominio ATPasa de Hsp70 estimulando la
hidrólisis de ATP, estabilizando así el complejo de sustrato Hsp70 con una alta afinidad
(forma de liberación lenta). (5) El factor de intercambio de nucleótidos (NEF) intercambia
el ADP de Hsp70 y los primos al estado ATP para el siguiente ciclo durante el proceso
de plegado.

Análisis genómico de la familia de proteínas J: clasificación y nomenclatura

Basados en la combinación de análisis de genoma completo y evidencias bioquímicas,

se identificó un gran número de homólogos de proteína J tanto en procariotas como en
eucariotas (Craig et al. 2006). Por lo tanto, el gran tamaño de la familia de proteínas J
requiere un sistema de clasificación inequívoco. Para calificar una proteína en la clase
de proteína J, debe poseer un dominio J con características estructurales secundarias
definitivas además del motivo distintivo de histidina, prolina y aspartato (HPD)
(Cheetham y Caplan 1998 ; Walsh et al.2004).
El análisis del genoma de A. thaliana ha revelado que aproximadamente más de 400
entradas de proteínas en la base de datos de NCBI se anotaron como homólogos de
proteína J.

Para determinar el número total de proteínas J codificadas por A. thaliana en el genoma,

se realizó un BLAST iterativo para proteínas que contienen el dominio J con el motivo de
firma HPD.

Las secuencias resultantes del análisis se recuperaron y se sometieron a predicción de

dominio utilizando la base de datos Pfam. Esta predicción mostró diferentes tipos de
dominios en las proteínas J, como el dominio J, el dominio de dedo de zinc y el dominio
C-terminal. Además de los dominios, los otros elementos estructurales secundarios,
como las repeticiones de tetratricopéptidos y la región de la bobina enrollada, se
identificaron utilizando la base de datos Pfam. La región glicina / fenilalanina se asignó
manualmente mediante alineación de secuencias múltiples. La región transmembrana
se predijo utilizando recursos en línea como el gráfico de hidropatía de Kyte-Doolittle y
el servidor TMHMM.

Típicamente, el dominio J revela cuatro hélices α que comprenden dos hélices cortas I y
IV y dos hélices antiparalelas apretadas (II y III) unidas por una región de bucle que
contiene HPD como un motivo distintivo (Fig. 4a ). Las proteínas tipo J se clasifican
principalmente en función de la asignación de estructura secundaria dentro del dominio
tipo J predicho. Después de una selección manual cuidadosa, se ha informado un total
de 116 J y cuatro proteínas similares a J en el genoma de A. thaliana (Tabla 1y Material
complementario Tabla S 1 )
Las proteínas J de A. thaliana tienen un orden secuencial de organización del dominio,
como se ilustra en la Fig. 2a (Cheetham y Caplan 1998 ; Mayer y Bukau 2005 ; Walsh
et al. 2004 ). Consisten en un " dominio J " N-terminal altamente conservado que tiene
similitud con los 70 aminoácidos iniciales de las otras proteínas DnaJ. El dominio J está
separado del resto de la molécula por una región enlazadora flexible que consta de 50 a
100 aminoácidos ricos en glicina / fenilalanina denominada " región G / F. "Distal a la
región G / F es la secuencia rica en cisteína que se une al cinc denominada" dominio de
dedo de cinc”. El" dominio C-terminal "está relativamente menos conservado (Shi et
al. 2005 ; Wu et al. 2005 ).
Históricamente, las proteínas J se han clasificado en tres tipos (I, II y III; Fig. 2a ;
Cheetham y Caplan 1998 ). Las proteínas J tipo I comparten todos los motivos /
dominios que se encuentran en DnaJ. Las proteínas tipo II carecen de dominio de dedos
de zinc. Las proteínas de tipo III solo contienen el dominio J.

Como resultado del análisis, de las 120 proteínas J identificadas, ocho pertenecen a tipo
I, 16 tipo II (Fig. 2 y Tabla 1 ), y las 92 restantes de ellas se clasificaron en tipo III
(Material complementario Fig. S 1 ). De acuerdo con la clasificación de proteínas J de S.
cerevisiae , las JLP se clasifican en tres tipos; JLP1, JLP2 y JLP3 (Walsh et
al. 2004 ). El ortólogo de la levadura JLP1 no se encuentra en la familia de proteínas A.
thaliana . Sin embargo, un JLP2 y tres JLP3 (un total de cuatro JLP) ortólogos se
conservan en plantas que incluyen A. thaliana (Material complementario Fig. S 1 ).
Se propuso una nomenclatura sistemática completa para las proteínas J de A. thaliana ,
basada en la clasificación de las proteínas J de los mamíferos (Ohtsuka y
Hata 2000 ). Cada proteína fue nombrada representando el organismo de origen con
dos letras minúsculas (at), el homólogo DnaJ por Dj, y los tipos I, II, III y IV por A, B, C y
D, respectivamente (Fig. 3 ). La cronología de las proteínas J se ha indicado con
números arábigos, y las variantes se representaron con alfabetos en minúsculas. Las
proteínas similares a J se clasificaron bajo el tipo IV, que contiene el dominio similar a J
(Djl) en lugar del dominio J (Dj; Fig. 3b ).

Fig. 3 Representación esquemática de la nomenclatura proteica. a Se propuso una

nomenclatura estándar para las proteínas J de Arabidopsis representando a A.
thalianacomo en ; Proteína J (DnaJ) como Dj ; los tipos I, II y III por A , B y C ,
respectivamente, y la cronología utilizando números arábigos . Las variantes se
representaron en alfabetos en minúsculas después del número árabe. b Las proteínas
similares a J fueron representadas por Djl en lugar de "Dj" en las proteínas J. Se
encontraron tres tipos diferentes de proteínas similares a J (JLP1, JLP2 y JLP3) en
levaduras, mientras que en Arabidopsis, JLP1 (atDjlD1) no se encontró. La cronología
de las proteínas JLP3 (atDjlD3) se indicó mediante alfabetos en mayúsculas.

Tabla 1 Resumen de las proteínas J de tipo I y tipo II A. thaliana