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FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS QUÍMICAS

Código-Materia: Enzimología y Laboratorio


Requisito: Bioquímica y Laboratorio
Programa – Semestre: Séptimo semestre
Período académico: 2019 - 2
Intensidad semanal: 3 horas de teoría y 3 horas de laboratorio (semanas seleccionadas)
Créditos: 4

Objetivos

General:

Analizar una estrategia estructural u operacional para mejorar la actividad enzimática en una aplicación
específica

Terminales:

Al finalizar el semestre el estudiante estará en capacidad de:

 Relacionar el mecanismo de acción de una enzima con sus características estructurales


 Calcular los parámetros cinéticos que describen las actividad enzimática bajo diferentes
condiciones
 Reconocer los efectos de cambios estructurales en la estabilidad y en los parámetros cinéticos
enzimáticos
 Identificar alternativas operacionales que se emplean para la aplicación de las enzimas en la
síntesis de compuestos de acuerdo a su aplicación

Específicos

UNIDAD 1: Estructura-Función

Distinguir los diferentes niveles de organización estructural y los principales motivos enzimáticos o
patrones de secuencia
Analizar las características fisicoquímicas de enzimas puras a partir de datos experimentales

Definir el tipo de reacción y los sustratos/cofactores involucrados de acuerdo con la nomenclatura


estándar de las enzimas (ExPASy)

Describir los mecanismos de reacción enzimáticos (proximidad y orientación, donadores y aceptores de


protones, catálisis electrostática, catálisis covalente, catálisis con iones metálicos, bond strain, quantum
tunneling, enzima activa)

Evidenciar las interacciones enzima-sustrato a partir de herramientas computacionales (Chimera,


AutoDock Vina)

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UNIDAD 2: Cinética enzimática

Analizar el rol de las enzimas en las reacciones químicas

Calcular la constante de afinidad para cada sustrato y la constante catalítica de la reacción

Calcular el efecto de los diferentes tipos de inhibición reversible en los parámetros cinéticos de las
enzimas

Proponer estrategias experimentales para el cálculo de los parámetros cinéticos

UNIDAD 3: Aplicaciones y Mejoramiento enzimático

Identificar aplicaciones de las enzimas y los retos que se presentan en su aplicación

Describir las estrategias operacionales que se pueden emplear para superar los retos en la aplicación de
enzimas

Describir el efecto de la ingeniería de proteínas en la funcionalidad de la enzima empleando herramientas


computacionales vistas

De formación en valores y capacidades:

Al terminar el curso cada estudiante habrá tenido la oportunidad de reflexionar sobre los siguientes
valores, así como de desarrollar estas capacidades:

 La perseverancia y la autonomía, resolviendo los ejercicios propuestos en cada tema de estudio.


 La curiosidad intelectual y la capacidad de análisis, tratando de explicar los resultados teóricos y
experimentales y la relación entre estos, así como la aplicación o extensión de los conceptos en
otros campos científicos o tecnológicos.
 La responsabilidad, mediante el cumplimiento en las fechas de entrega de los trabajos e informes
de laboratorio, cumplimiento de las normas de higiene y seguridad en el laboratorio.
 La honestidad, al reportar los resultados de la practica sin ninguna alteración independiente de si
el experimento funcionó o no.
 El respeto por la naturaleza, evitando la contaminación ambiental al no verter en los desagües los
residuos de los experimentos.
 La capacidad de trabajo bajo presión, ya que la práctica de laboratorio debe terminarse en un
tiempo determinado para poder reportar la totalidad de sus resultados.

Temas por unidad:

Unidad 1: Estructura-Función

Estructura primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria - Motivos: Rossman fold, Zinc fingers, etc -
PDBViewer/ PyMol

Electroforesis 1-D, Electroforesis 2-D, Cromatografía iónica, aniónica, afinidad, ultrafiltración, DSC,
Espectrometría de masas, ZETASIZER

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Nomenclatura estándar, uso de ExPASy

Mecanismos de reacción enzimáticos (proximidad y orientación, donadores y aceptores de protones,


catálisis electrostática, catálisis covalente, catálisis con iones metálicos, bond strain, quantum tunneling,
enzima activa) - Ejemplos de los mecanismos de reacción enzimáticos (combinación de los tipos de
catálisis)

Uso de AutoDock Vina

UNIDAD 2: Cinética enzimática

Orden de reacción, velocidad de reacción, energía de transición

Modelo Michaelis-Menten y Lineweaver-Burk

Constante de inhibición

Diseño de experimentos en enzimología

Unidad 3: Aplicaciones y Mejoramiento enzimático

Inhibición por producto, inhibición por sustrato, solubilidad de sustrato y producto, equilibrio de la
reacción, velocidad de reacción, cofactores

In situ product removal, two-phase reactors, immobilization, continuos fed batch, coupled reactions,
cofactor recycling, etc

Error-prone PCR, evolución dirigida, gene shuffling, Uso de AutoDock Vina en ingeniería de proteínas

Metodología

Los temas se desarrollaran durante el semestre siguiendo la metodología del aprendizaje activo. Tal
como está planificado en el programa del curso, al final de la clase el profesor asigna las lecturas y tareas
que el estudiante debe preparar para la clase siguiente. Al comienzo de la clase el estudiante presentará
una comprobación de lectura corta o entregará la tarea que le haya sido asignada.

Actividades del estudiante

Antes de la clase:

El estudiante deberá preparar los temas asignados por el profesor, lo que incluye:
 Estudiar el material asignado en la programación del curso, tanto para la clase teórica como para
el laboratorio.
 Buscar información sobre los cuidados que se deban tener con los reactivos, equipos,
instrumentos y procedimientos involucrados en las prácticas de laboratorio.
 Resolver las tareas, preguntas y ejercicios contenidos en el material del curso (teoría y
laboratorio) y lo asignado adicionalmente por el profesor durante el semestre.
De ninguna manera se considera que se ha preparado la clase solamente leyendo el material a la
carrera, poco antes de entrar al salón o al laboratorio.

Durante la clase:

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El estudiante deberá:
 Plantear las dudas que le quedaron durante su proceso de estudio del tema a tratar.
 Participar activamente en las actividades de la clase de acuerdo con los temas desarrollados
durante la misma.
 Trabajar en la solución de los problemas y ejercicios propuestos.
 Cumplir a cabalidad con las normas de seguridad en el laboratorio.
 Realizar la práctica de laboratorio correspondiente siguiendo las instrucciones de la Guía de
Laboratorio de Química que se encuentra colgada en Moodle.
 Elaborar un pre-informe al final de la práctica de laboratorio, según lo requiera el profesor.

Después de la clase:

El estudiante deberá:
 Establecer las relaciones entre los temas tratados en la clase y el conocimiento previamente
adquirido.
 Analizar los resultados obtenidos en la práctica de laboratorio e integrarlos con los conceptos
adquiridos en la clase teórica.
 Realizar las tareas definidas en la clase, incluyendo el desarrollo de ejercicios, consultas y otras
actividades asignadas.
 Realizar el informe de laboratorio, después de la práctica realizada, según los lineamientos y
requerimientos dados por el profesor.

Evaluación

EVALUACION PORCENTAJE
Parcial I : Estructura-Función 15%
Informe de purificación y caracterización 10%
Parcial II: Cinética enzimática 15%
Informe de trabajo computacional 10%
Seminario 15%
Trabajo en Clase 15%
Trabajo Final en mejoramiento operacional 20%

Bibliografía

 Brändén, C., & Tooze, J. (1999). Introduction to protein structure. New York: Garland.

 Lesk, A. M. (2004). Introduction to protein science: Architecture, function, and genomics. Oxford:
Oxford University Press.

 Nelson, D. L., Nelson, D. L., Lehninger, A. L., & Cox, M. M. (2008). Lehninger principles of
biochemistry. New York: W.H. Freeman.

 Stryer, L., Berg, J. M., & Tymoczko, J. L. (2015). Bioquímica con aplicaciones clínicas: Séptima
edición. Barcelona: Reverté.

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PROGRAMADOR

Horario
Semana Sesión Inicio Fin Temas (Contenido) Fecha
Introducción al curso de
Enzimologia

Estructura 3D de enzimas
1 1 16 19 Monday, 29 July 19
Conceptos básicos
Estructura: primaria, secundaria,
cuaternaria
Principales Motivos
Uso de PDViewer y PyMol -
1 2 16 19 Tuesday, 30 July 19
Alineamiento de patrones
Caracterización de enzimas y
métodos de separacion y
2 3 16 19 purificación (Electroforesis 1D- Monday, 5 August 19
2D, Cromatografía, ZETASIZER -
Espectrometria)
Caracterización de enzimas y
métodos de separacion y
2 4 16 19 purificación (Electroforesis 1D- Tuesday, 6 August 19
2D, Cromatografía, ZETASIZER -
Espectrometria)
3 LAB 16 19 Electroforesis 1D Monday, 12 August 19

3 LAB 16 19 Purificacion de enzimas - IMAC Tuesday, 13 August 19

4 FESTIVO Monday, 19 August 19


Caracterizacion de enzimas puras
4 LAB 16 19 Tuesday, 20 August 19
ZETASIZER - Cuantificacion
Nomenclatura de las enzimas -
5 8 16 19 ExPASy - Mecanismos de Monday, 26 August 19
reacción
Seminarios: Mecanismos de
5 9 16 19 Tuesday, 27 August 19
reaccion especificos

6 10 16 19 Uso de AutoDock Vina Monday, 2 September 19


Parcial I: Estructura-Funcion -
6 11 16 19 Orden de reaccion, velocidad y Tuesday, 3 September 19
energia de transicion -
7 12 16 19 Modelo Michealis - Menten Monday, 9 September 19
7 13 16 19 Modelos de inhibicion Tuesday, 10 September 19
8 14 16 19 Taller - Cinetica enzimática Monday, 16 September 19
Diseño de experimentos en
8 15 16 19 Tuesday, 17 September 19
enzimología

9 LAB 16 19 Medición de actividad enzimatica Monday, 23 September 19

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Parcial II: Cinetica enimatica -
9 17 16 19 Aplicaciones de las enzimas y sus Tuesday, 24 September 19
limitantes
Aplicaciones de las enzimas y sus
10 18 16 19 Monday, 30 September 19
limitantes
10 19 16 19 Estrategias operacionales Tuesday, 1 October 19
11 20 16 19 Estrategias operacionales Monday, 7 October 19
11 21 16 19 Ingenieria de proteinas Tuesday, 8 October 19
12 FESTIVO Monday, 14 October 19
12 22 16 19 Ingenieria de proteinas Tuesday, 15 October 19
Mutaciones y sus efectos en
13 23 16 19 Monday, 21 October 19
cinetica
13
14 24 16 19 Exposiciones Finales Monday, 28 October 19
JORNADA DE SOCIALIZACION
14
DE LA INVESTIGACION
15 FESTIVO
15
16 FESTIVO
16

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