Por su parte, el Libertador José de San Martin envió sus
mejores deseos al nuevo Presidente y ofreció sus servicios si alguna vez la independencia es amenazada. Fue elegido Vicepresidente de la República, Manuel Salazar y Baquijano, quien como La Mar había integrado la Junta Gubernativa de 1822, disuelta por el motín de Santa Cruz. Esta designación parlamentaria de corte enteramente democrático resultó, desde 1821 liberados del yugo español, la cuarta elección presidencial. Propiamente, la segunda hecha por el Congreso Nacional. Al escogerlo, Luna Pizarro fue leal a un viejo afecto. Leal a su doctrina liberal y leal a su temperamento. Con el alto oficial en el gobierno se alejaban por completo los peligros del caudillaje, del personalismo y del presidencialismo. Pero debe considerarse, según Basadre, como negativo que el boliviano no fuera elegido. Había en Santa Cruz aptitudes administrativas singulares y eran convenientes. Pero el hecho concreto es que quedó postergado. RIVALES No era su único rival. El Prefecto del Cusco, Agustín Gamarra, aliado al de Arequipa, Gutiérrez de La Fuente, no vio con agrado esta elección. Urubamba y Quispicanchis, provincias del Cusco, se negaron a prestar el juramento de obediencia al Congreso. La Mar ejercía el cargo de Jefe Político y Militar de Guayaquil. Cuando fue sorprendido con la noticia de que se le había conferido la Primera Magistratura del Perú. El designado se dirigió al Congreso por medio de una carta para agradecer esta distinción y subrayó que se embarcaba para viajar a Lima, con el fin de hacer ver las razones que le asistían para no aceptarla. El Congreso, en sesión del 7 de de Agosto de 1827, acordó, a pedido de Luna Pizarro, nombrar una comisión de su seno que debía dirigirse al Callao el día de su arribo, con la misión de manifestarle que no aceptaba la dimisión y que debía prestar el juramento respectivo. Vencidos ya sus escrúpulos, entró a Lima de incognito y se hizo cargo del Gobierno, después de desembarcar en el puerto de Chancay y así huir de los festejos que prepararon su llegada.