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A gran escala, la capacidad para tratar a las instrucciones de la misma forma que
si fueran datos es lo que hacen los ensambladores, compiladores, enlazadores,
cargadores, y otras posibles herramientas autom�ticas de programaci�n. Se puede
"escribir programas que escriban programas". En una escala menor, las intensivas
operaciones repetitivas de E/S �como los primeros manipuladores de im�genes BitBLT
o los sombreadores de p�xeles y v�rtices en los gr�ficos 3D modernos�, se
consideraron ineficaces al funcionar sin necesidad de hardware personalizado. Estas
operaciones podr�an acelerarse en los procesadores de prop�sito general con
tecnolog�a de "compilaci�n mosca" ("compilaci�n en tiempo de ejecuci�n"), por
ejemplo, programas de c�digo generado, una forma de c�digo automodificable que ha
mantenido popularidad.
Hay algunas desventajas para el dise�o de von Neumann. Aparte del cuello de botella
de von Neumann descrito a continuaci�n, las modificaciones del programa pueden ser
muy perjudiciales, ya sea por accidente o por dise�o. En algunos dise�os simples de
computadora con programa almacenado, un programa que no funcione correctamente
puede da�arse, da�ar a otros programas, o inclusive al sistema operativo, lo que
puede dar lugar a un desplome o crash de la computadora. Normalmente, la protecci�n
de memoria y otras formas de control de acceso pueden proteger tanto de
modificaciones accidentales como de programas maliciosos.