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Con la céluid; la biología descubrió su átomo...

A partir de entonces el
estudio de la célula y la caracterización de su estructura fueron ya
esenciales para identificar aquellas propiedades comunes y necesarias
para la vida de todas las células y, complementariamente, para identi­
ficar las diferencias asociadas con funciones específicas.
—Fran(;oís Jacob, La logique du vivant: une histoire de l'hérédité
(La lógica de la vida: una historia de la herencia), 1970

Fundamentos de bioquímica
1.1 Fundamentos celulares 2 A pesar de ello, los organismos poseen cualidades extra­
ordinarias, que los distinguen de otras agrupaciones de materia
1.2 Fundamentos químicos 11 ¿Cuáles son, pues, las características distintivas de los organis­
mos vivos?
1.3 Fundamentos físicos 19
1.4 Fundamentos genéticos 27 Un elevado ^ ad o de complejidad química y de orga­
nización microscópica. Las intrincadas estructuras in­
1.5 Fundamentos evolutivos 29 ternas celulares están formadas por miles de moléculas
diferentes (Fig. 1­la). Entre eUas se cuentan polímeros
muy largos, cada uno de ellos con su propia secuencia de

H
ace aproximadamente unos quince mil millones de años, suburüdades, su estructura tridimensional única y su capa­
el universo nadó de un cataclismo explosivo que esparció cidad para interaccionar de forma específica y selectiva
partículas subátomicas extremadamente calientes y ricas con otras moléculas celulares.
en energía. En cuestión de segundos se formaron los elementos La existencia de sistemas para la extracción, trans­
más simples (el hidrógeno y el helio). Al tiempo que el universo formación y uso de energía del entorno (Fig. I~lb), que
se expandía y enjfriaba, se condensaba la materia bajo la influen­ permite a los organismos construir y mantener sus comple­
cia de la gravedad y se formaban las estrellas. Algunas de eUas jas estructuras y llevar a cabo un trabayo mecánico, químico,
se hicieron enormes y, a continuación, explotaron en forma de osmótico y eléctrico. Ello se opone a la tendencia que toda
supemovas y liberaron la energía necesaria para producir ele­ materia tiene a degradarse hada un estado más desordena­
mentos más complejos a partir de la füsión de los núcleos atómi­ do y a quedar finalmente en equilibrio con su entorno.
cos más simples. De este modo aparecieron, a lo largo de miles
de millones de aflos, la Tierra y los elementos químicos que hoy La existencia de funciones definidas para cada
se encuentran en ella. La vida apareció hace unos cuatro mil mi­ uno de los componentes de un organismo y la regula­
llones de años en forma de microorganismos sencillos dotados ción de las interacciones entre ellos. Esto es derto no
úrücamente para estructuras macroscópicas tales como
de la capacidad de extraer energía de los compuestos químicos
y después de la luz solar. Esta energía sirvió para sintetizar una hojas y tallos o corazón y pulmones, sino también para es­
amplia variedad de biomolécolas más complejas a partir de los tructuras microscópicas intracelulares y para compuestos
químicos individuales. Existe una reladón dinámica entre
elementos y compuestos más simples presentes en la superficie
los componentes químicos de un organismo vivo; los cam­
de la Tierra.
bios en uno de los componentes producen cambios coordi­
La bioquímica se pregunta acerca del modo en que miles
nados o compensatorios en otro, de modo que el cor\junto
de diferentes moléculas inanimadas dieron lugar a las complejas
posee un carácter propio, más aUá del de cada una de sus
propiedades de ios organismos vivos. Cuando estas moléculas
partes individuales. El cor\junto de moléculas lleva a cabo
se aíslan y examinan individualmente cumplen todas las leyes fí­
un programa que tiene como resultado final la reproduc­
sicas y químicas que describen el comportamiento de la materia
ción del mismo y la autoperpetuadón de este coi\jimto de
inanimada, del mismo modo que ocurre con todos los procesos
moléculas; en definitiva, d resultado final es la vida
que tienen lugar en organismos vivos. El estudio de la bioquími­
ca muestra el modo en que las colecciones de moléculas inani­ Mecanismos para detectar y responder a las alteracio­
madas que constituyen los organismos vivos interaccionan para nes en su entorno, mediante un eúuste constante a estos
mantener y perpetuar la vida, rigiéndose únicamente por las cambios gracias a la adaptadón de sus procesos qu&nicos in­
mismas leyes físicas y químicas que gobiernan todo el universo. ternos a su posidón en el ambiente que los rodea.

C-]
Fundamentos de bioquímica

te amplia de adaptaciones bioquímicas específicas que tienen


lugar en un entomo químico compartido. Con el objeto de pri­
mar la claridad de exposición, en este libro nos arriesgaremos a
algunas generalizaciones que, aunque no perfectas, resultan úti­
les; con frecuencia también comentaremos algunas excepcio­
nes que pueden ayudar a aclarar las generalizaciones.
La bioquímica describe en términos moleculares aquellas
estructuras, mecanismos y procesos químicos compartidos por
todos los organismos y proporciona los principios de organiza­
ción que subyacen en todas las diversas formas de vida, princi­
pios a los que nos referiremos colectivamente como la lógica
molecular de la vida. Aunque la bioquímica proporciona cono­
cimientos y aplicaciones prácticas que son importantes en me­
dicina, agricultura, nutrición e industria, su preocupación
última es el prodigio de la vida misma.
Por lo tanto, en este capítulo introductorio describiremos
brevemente los fundamentos celulares, químicos, físicos y gené­
ticos de la bioquímica y el principio general de la evolución: el
desarrollo de las propiedades de las células vivas a lo largo de
las generaciones. Durante la lectura de este libro puede resultar
útil referirse a este capítulo de vez en cuando con el objeto de
refrescar la memoria sobre estos temas básicos.

1.1 Fundamentos celulares


(O
La unidad y diversidad de los organismos es evidente incluso a
FIGURA 1­1 Algunas características de la materia viva, (a) En esta sección fi­ nivel celular. Los organismos más pequeños son unicelulares y
na de tejido muscular de vertebrado, vista ai miaoscopio electrónico, se apre­ microscópicos. Los organismos mayores, multicelulares, contie­
cia su organización y complejidad microscópica, (b) Un halcón de las praderas nen muchos tipos de células de tamaño, forma y funciones dife­
se nutre mediante el consumo de un pequeño pájaro, (c) La reproducción bio­ rentes. A pesar de estas diferencias obvias, todas las células,
lógica tiene lugar con fidelidad casi perfecta.

La capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse


(Fig. 1­lc). Una única célula bacteriana colocada en un me­
dio nutriente estéril puede generar miles de millones de cé­
lulas “hijas” idénticas a ella en 24 horas. Cada célula contiene
miles de moléculas diferentes, algunas de ellas de una gran
complejidad; a pesar de ello, cada bacteria es una copia fiel
del original y toda la información para su construcción está
contenida en el material genético de la célula original.

La capacidad de cambiar a lo largo dei tiempo me­


diante evolución gradual. Los organismos varían sus es­
trategias vitales heredadas en pasos muy pequeños, para
sobrevivir en situaciones nuevas. El resultado de eones de
años de evolución es una enorme diversidad de formas de
vida, superficialmente muy diferentes (Fig. 1­2) pero re­
lacionadas en lo fundamental a través de sus ancestros co­
munes. Esta unidad fundamental de los organismos vivos
se refleja a nivel molecular en la similitud de secuencias gé­
nicas y de estructuras de proteínas.
FKíURA 1­2 Diferentes organismos vivos comparten características químicas
A pesar de la existencia de estas propiedades comunes de comunes. Pájaros, bestias, plantas y microorganisníws del suelo comparten las
las que se deduce que existe una unifomüdad fundamental en mismas unidades estructurales básicas (células) y los mismos tipos de níacromo-
todas las manifestaciones de la vida, resulta difícil hacer genera­ léculas (DNA, RNA, proteínas) compuestas por los mismos tipos de subunida­
lizaciones sobre los organismos. La diversidad de organismos en des monoméricas (nucleótidos, aminoácidos). Utilizan las mismas rutas de
la Tierra es enorme. La gama de hábitats, desde aguas termales síntesis de los componentes celulares, comparten el mismo código genético y
hasta la tundra ártica, desde el intestino animal hasta los dormi­ descienden de los mismos ancestros evolutivos. Detalle del "jardín del Edén",
torios de colegios mayores, tiene su reflejo en la gama igualmen­ obra de Jan van Kessel, el joven (1626-1679).
1.1 Fundamentos celulares [3 ]

desde las de ios más simples a las de los más complejos organis­ nes. Gracias a la interacción no covalente entre las subunidades
mos, comparten ciertas propiedades fundamentales, observa­ individuales de Kpidos y proteínas de la membrana plasmática, la
bles a nivel bioquímico. estructura global tiene un elevado grado de flexibilidad que per­
mite que se prcxiuzcan cambios en la forma y el tamaño de la cé­
Las células son las unidades estructurales y funcionales lula. Al crecer la célula se insertan en la membrana plasmática
de todos los organismos vivos nuevas moléculas de lípido y proteína recién sintetizadas; la divi­
sión celular produce dos células, cada una de las cuales posee su
Todas las células comparten ciertas características estructurales propia membrana. El crecimiento y la división (fisión) celulares
(Fig. 1 ^ ) . La membrana plasmática define la periferia de la se producen sin pérdida de la integridad de la membrana.
célula, separando su contenido del medio externo. Está com­ El volumen interno limitado por la membrana celular, el cito­
puesta por moléculas de lípidos y de proteínas que forman una plasma (Fig. 1­3), está compuesto por una disolución acuosa, el
barrera hidrofóbica fina, dura y ñexlble alrededor de la célula. La citosol, y una variedad de partículas en suspensión con funciones
membrana actúa como una barrera a la libre circulación de iones específicas. El citosol es una disolución muy concentrada que con­
inorgánicos y de la mayor parte de compuestos cargados o pola­ tiene enzimas y las moléculas de RNA c¡ue los codifican; los com­
res. Las proteínas de transporte de la membrana plasmática per­ ponentes (aminoácidos y nucleótidos) a partir de los cuales se
miten el paso de ciertos iones y moléculas; las proteínas forman estas macromoléculas; centenares de pequeñas moléculas
receptoras transmiten señales hacia el interior de la célula; por su orgánicas denominadas metabolitos, intermediarios de las rutas
parte, los enzimas de membrana participan en algunas reaccio­ biosintéticas y degradativas; coenzimas, compuestos esenciales
en muchas reacciones catalizadas enzimáticamente; iones inoi:gá­
Núcleo (eucariotas) nicos y estructuras macromoleculares tales como los ribosomas,
o nucleoide (bacterias) en los que tiene lugar la síntesis de proteínas, y los proteasomas,
Contiene material genético: que degradan proteínas que ya no son necesarias para la célula
DNA y proteínas asociadas.
El núcleo está rodeado por una membrana. Todas las células tienen, al menos durante una parte de su
ciclo vital, un núcleo o un nucleoide, en el que se almacena y
Membrana plasmática replica el genoma (el coryunto de genes, compuestos de DNA).
Bicapa lipídica resistente y flexible.
Selectivamente permeable para El nucleoide en bacterias y arqueas no se encuentra separado
sustancias polares. También incluye del citoplasma por una membrana, pero en los eucariotas el
proteínas de membrana que núcleo contiene el material nuclear que se halla englobado en el
actúan en el transporte, en
la recepción de señales interior de una membrana doble, la envoltura nuclear. Las célu­
como enzimas. las con envoltura nuclear constituyen el amplio grupo Eukarya
(del griego eu, "verdadero”, y karyon, “núcleo**). Entre los mi­
croorganismos sin envoltura nuclear, antes denominados pro­
cariotas (del griego pro, “antes”), se distinguen ahora dos
grupos, Bacteria y Archaea, que se describen más adelante.

Las dimensiones celulares están limitadas por la difusión


La mayor parte de células son de tamaño microscópico, invisibles al
Citoplasma ojo humano. El diámetro típico de las céhilas animales y vegetales
Contenido acuoso de la
es de unos 5 a 100 /nm, y muchos organismos unicelulares tienen
célula y partículas y
orgánulos suspendidos en él. una longitud de tan sólo 1 a 2 /itm (véase el envés de la cubierta
posterior para encontrar información sobre las unidades y sus
abreviaturas). ¿Qué es lo que limita las dimensiones de una célula?
centrifugación a 150.000
El l&rüte inferior viene probablemente marcado por el número mí­
nimo de cada una de las diferentes biomoléculas necesarias. Las
Sobrenadante: citosol. ^
células más pequeñas, ciertas bacterias conocidas como nüco­
Disolución concentrada ^
de enzimas, RNA, plasmas, tienen un diámetro de 300 nm y un volumen de apro­
subunidades monoméricas, ximadamente 10"'^ mL. Un solo ribosoma bacteriano tiene
metabolitos e iones aproximadamente unos 20 nm en su dimensión más alargada, de
inorgánicos.
modo que un pequeño número de riboscHuas ocupan ya una frac­
Pellet: partículas y orgánulos. ción sigrüficativa del volumen de una célula de nücoplasma.
Ribosomas, gránulos de almacensuniento, El límite superior del tamaño celular viene marcado proba­
mitocondrias, cloroplastos, lisosomas, blemente por la velocidad de difusión de las moléculas disueltas
retículo endoplasmático.
en sistemas acuosos. Así, una célula bacteriana que depende de
FIGURA 1­3 Caractertsticas universales de todas las células vivas. Todas las reacciones que consumen oxígeno para la producción de su
células tienen núcleo o nucleoide, una membrana plasmática y citoplasma. El energía debe obtener el oxígeno molecular del medio en el que
citosol es la parte del citoplasma que permanece en el sobrenadante después de se halla mediante difusión a través de su membrana plasmática.
la rotura suave de la membrana plasmática y la centrifugación del extracto celu­ La célula es tan pequeña y la relación entre el área de su super­
lar a 150.000 g durante 1 hora. ficie y su volumen tan grande, que el O2alcanza tcxias las partes
Fundamentos de bioquímica

Eucariotas
Hongos Animales
Bacterias Entamoebas mucila­
verdes no
del azufre Hongos

Plantas
Ciliados

. Cianobácterias Flagelados
f Flavobacterias
Tricomónadas

Thermotoga
/j­
Microsporidios
Diplomónadas

FIGURA 1-4 Filogenia de los tres dominios de la vida. Las relaciones fílogené- filogenéticos a partir de similitudes entre las secuencias de aminoácidos de la
ticas se ilustran a menudo mediante un "árbol genealógico" de este tipo. Este ár­ misma proteína en especies diferentes. Por ejemplo, la comparación de las se­
bol se basa en la similitud de las secuencias nucleotídicas de los RNA cuencias de la proteína GroEL (una proteína bacteriana que ayuda en el plega­
ribosómicos de cada uno de los grupos; a mayor similitud de secuencias, más miento de protanas) generó el árbol de la Figura 3-32. El árbol de la Figura 3-33
cercanas estarán las ramas, con lo que la distancia entre ramas representa el es un árbol ^consenso" que utiliza diversas comparaciones como las descritas
grado de diferencia entre dos secuencias. También se pueden construir árboles para realizar estimaciones sobre la reladón evolutiva de grupos de organismos.

de su citoplasma por difusión. Pero al aumentar el tamaño de la consideraciones bioquímicas y genéticas se pueden distinguir
célula disminuye la relación superñcie/volumen hasta llegar a dos grandes grupos: Bacteria y Archaea. Las bacterias habi­
un punto en el que su metabolismo consume O2a una velocidad tan en el suelo, en las aguas superñciales y en los tejidos de
superior a la del suministro mediante difusión. Entonces el me­ otros organismos vivos o en descomposición. Muchas especies
tabolismo que requiere O2 se hará imposible cuando el tamaño de Archaea, propuestas como un dominio distinto por Cari Woe­
celular crezca por encima de un detenninado valor, que repre­ se en la década de 1980, habitan en medios muy extremos: lagos
sentará el línüte teórico superior del tamaño de la célula. salinos, fuentes termales, ciénagas altamente acídicas y las pro­
fundidades de los océanos. Las pruebas de que se dispone su­
gieren que las arqueas y las bacterias divergieron pronto. Todos
Los seres vivos se pueden clasificar en tres dominios distintos
los organismos eucarióticos, que constituyen el tercer dominio,
Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres gran­ Eukarya, evolucionaron a partir de la misma rama que dio ori­
des grupos (dominios) que representan las tres ramas de la evo­ gen a las arqueas; los eucariotas están, por tanto, más estrecha­
lución a partir de un progenitor común (Fig. 1­4). En base a mente relacionados con las arqueas que con las bacterias.

iTo d o sio si^ iielim iti Combustible


reducido
Fotótrofos^ ^ Quiiniótrofos Combustible
Fuente (energía procedente de la luz) lón
(energía procedente de la oxidación oxidado
de energía de compuestos químicos)

U tó tro fo s Organótrofos
(combustibles (combustibles
Heterótrofos inorgánicos) orgánicos)
Puente Autótrofos
de carbono (carbono proce­ ­ ­ (cari)ono procedente
dente de CO2) de compuestos orgánicos)

Cianobacterias Bacterias púrpura Bacterias del azufre La mayoría de bacterias


Plantas vasculares Bacterias veñies Bacterias del hidrógeno Todos los eucariotas
no fototrófícos
Ejemplos
1 *

Jr V • ­ \ . V
y
FIGURA 1-5 Los organismos pueden clasificarse según su fuente principal de energía (luz solar o compuestos químicos oxidables)
y su fuente de caHbono para la síntesis de material celular.
1.1 Fundamentos celulares

Dentro de los dominios de Bacteria y Archaea existen sub­ ñas. Las membranas de las arqueas tienen una arquitecttira
grupos que se distinguen por sus hábitats. En los hábitats aeró­ similar, aunque sus Iípidos difieren de losl^resentes en bacte­
bicos, con un abundante suministro de oxígeno, muchos rias (véase la Fig. 10­12).
organismos residentes obtienen su energía mediante la transfe­
rencia de electrones desde las moléculas de combustible al oxí­
geno. Otros ambientes son anaeróbicos, prácticamente Ribosomas Los ribosomas bacterianos son más pequeños que
privados de oxígeno, lo que obUga a que los microorganismos los eucariótidos pero llevan a cabo la misma ñmción: síntesis de
proteínas a partir de mi RNA mensajero.
adaptados a ellos obtengan su energía mediante la transferencia
de electrones hacia el nitrato (generando Na), sulfato (generan­
do H2S) o CO2 (generando CH4). Muchos de los microorganis­ Nucleoide Contiene una única
molécula de DNA, larga y circular.
mos que han evolucionado en estos ambientes anaeróbicos son
anaerobios obligalorios que morirían por exposición al oxíge­
Pili Proporcionan
no. Otros son anaerobios/ocw¿/aítvos, capaces de vivir con y puntos de adhesión
sin oxígeno. a la superficie
Los organismos pueden clasificarse en base a su forma de de otras células.
obtener la energía y el carbono que necesitan para la síntesis de
material celular (resumido en la Fig. 1­6). Se pueden estable­
Flagelos
cer dos amplias categorías en base a las fuentes de energía: los Propulsan la
fotótrofos (del griego trophe, “nutrición”) recolectan y utili­ célula a través
zan la luz solar, mientras que los quimiótrofos obtienen su de su medio.
energía a partir de la oxidación de combustibles químicos. Algu­
nos quimiótrofos, los litótrofos, oxidan combustibles inorgá­
nicos: HS“ a S® (azufre elemental), S®a SO4, NO2 a NOJ, o Fe^'"
a Fe'^^, por ejemplo. Los organótrofos oxidan una amplia gama
de compuestos orgánicos que se hallan en su entorno. Los fotó­
trofos y los quimiótrofos pueden también dividirse entre aque­ Envoltura
llos que obtienen todo el carbono necesario a partir de CO2 celular
(autótrofos) y los que requieren nutrientes orgánicos (hete­ La estructura
varía seg^ el tipo
rótrofos).
de bacteria.

Escherichia colies la bacteria mejor estudiada


Las células bacterianas comparten ciertas características es­
tructurales comunes, pero también presentan especializacio­
nes específicas de grupo (Fig. 1­6). E. coli es un inquilino
habitualmente inofensivo del tracto intestinal humano. La cé­
lula de E. coli tiene aproximadamente 2 /im de longitud y un
poco menos de 1 ftm de diámetro. Posee una membrana ex­
terna protectora y una membrana plasmática interna que en­
globa el citoplasma y el nucleoide. Entre las membranas
interna y externa se sitúa una capa fina pero resistente de un
pohmero (peptidoglucano) que proporciona a la célula su for­
ma y rigidez características. La membrana plasmática y las ca­
pas que la rodean constituyen la envoltura celular. Cabe Bacterias gram­n^ativas Bacterias gram­positivas
observar que entre las arqueas la rigidez es conferida por Membrana extema; No hay membrana extema;
una clase distinta de polímero (pseudopeptidoglucano). Las capa de peptidoglucanos capa de peptidoglucanos más
gruesa
membranas plasmáticas de las bacterias consisten en una fi­
na bicapa de moléculas de lípido en la que se insertan proteí­

FIGURA1­6 Características estructurales comunes de células bacterianas.


A causa de diferencias en ia estructura de la envoltura celular, algunas bacte­
rias (bacterias gram-positivas) retienen la tinción de Cram (introducida por
Hans Christian Cram en 1882) y otras no (bacterias gram-negativas). f . cdi es
gram-negativa. Las cianobacterias se distinguen por su voluminoso sistema de Cianobacterias Arqueas
membranas internas, en el que se localizan los pigmentos fotosintéticos. Pese Bacterias gram­negativas; No hay membrana externa;
a que las envolturas celulares de las arqueas y las bacterias gram-positivas pa­ capa de peptidoglucanos capa de pseudopeptidoglucanos
recen similares al microscopio electrónico, ia estructura de los Iípidos de
más resistente; voluminoso en la cara extema de la
sistema de membranas membrana plasmática
n^embrana y de los polisacáridos son muy diferentes en estos organismos (vé­ internas que contiene
ase la Fig. 10-12). pigmentos fotosintéticos
Fundamentos de bioquímica

El citoplasma de E. coli contiene aproximadamente 16.000 El nucleoide contiene una única molécula circular de DNA y el
ribosomas, cantidades variables (de decenas a miles) de copias citoplasma (al igual que cx:urre en la mayoría de bacterias) con­
de cada uno de los 1.000 o más enzimas diferentes, quizás unos tiene uno o más segmentos circulares de DNA de tamaño menor
1.000 compuestos orgánicos de masa molecular inferior a 1.000 que reciben el nombre de plásmidos. En la naturaleza, algunos
(metabolitos y cofactores) y una variedad de iones inorgánicos. plásmidos confieren resistencia a toxinas y antibióticos presen­

(a) Célula animal


Ribosomas: máquinas
. sintetizadoras de proteínas
Peroxisoma: oxida ácidos grasos

Citoesqueleto: soporte estructural de las células,


facilita el movimiento de orgánulos

Lisasoma: degrada los restos Íntracelulares

Vesícula de transporte; transporta lípidos


y proteínas entre el RE, aparato de Golgi
y membrana plasmática
Complejo de Golgi: procesa, empaqueta
y distribuye proteínas a otros orgánulos
para su exportación

Retículo endoplasmático liso


(RED: lu |^ de síntesis de lípidos
y metabolismo de fármacos

Envoltura nuclear: segrega


la cromatina (DNA + proteína)
del citoplasma

Membrana plasmática: separa la


célula de su entorno, regula el
movimiento de materiales hacia Citoesqueleto
dentro y fuera de la célula

Complejo de
Golgi
Cloroplasto: almacena la energía solar,
produce ATP y glúcidos

Gránulos de almidón: almacén


temporal de glúcidos,
producto de la fotosíntesis

Tilacoides: sintetizan el ATP con


aprovechamiento de la energía lumínica
Pared celular, confiere forma
y rigidez; protege a la célula del
hinchamiento osmótico

Vacuola: degrada y recicla


macromoléculas y almacena
metaboUtos Piasmodesmos: penniten el paso entre \ Pared celular de una célula
dos células vegetales \ adyacente
Glioxisoma: contiene los enzimas
del ciclo del glioxilato
(b) Célula vegretal

FIGURA 1­7 Estnjctura de la célula eucariótica. Ilustración esquemática de maño de 5 a 30 /¿m. Las estructuras rotuladas en rojo son exclusivas de células
los dos principales tipos de célula eucariótica: (a) una célula animal representa­ animales o vegetales. Los microorganismos eucarióticos (tales como protistas y
tiva y (b) una célula vegqtal representativa. Las células vegetales tienen entre 1 0 hongos) tienen estructuras similares a las de las células animales y vegetales pe­
y 1 0 0 /Ltmde diámetro, mayores que las células animales, que presentan un ta- ro pueden contener también orgánulos especializados no ¡lustrados aquí.
1.1 Fundamentos celulares

tes en el medio. En el laboratx)rio, estos segmentos de DNA son ces superior al de las bacterias. Las características distintivas
especialmente adecuados para la manipulación experimental y de los eucariotas son el núcleo y los orgánulos rodeados de
constituyen herramientas poderosas en ingeniería genética (vé­ membrana que llevan a cabo funciones específicas: mitocon­
ase el Capítulo 9). drias, retículo endoplasmático, complejos de Golgi, peroxiso­
La mayor parte de bacterias (incluida E. coli) existen co­ mas y lisosomas. Las células vegetales contienen, además,
mo células individuales, aunque en algunos grupos bacterianos, vacuolas y cloroplastos (Fig. 1­7). En el citoplasma de muchas
como por ejemplo en las mixobacterias, sus células muestran células también se observan gránulos o gotículas que contienen
un comportamiento social primitivo y forman agregados com­ nutrientes de reserva como almidón o grasas.
puestos por un gran número de células. En lo que constituyó im importante avance bioquímico, Al­
bert Claude, Christian de Duve y George Palade desarrollaron
Las células eucarióticas poseen diversos orgánulos métodos para la separación individualizada de orgánulos cito­
sólicos, un paso esencial para la investigación de su estructura y
membranosos que pueden aislarse para su estudio
función. En un procedimiento de fraccionamiento celular típico
Las células eucarióticas típicas (Fig. 1­7) son mucho mayores (Fig. 1­8) se procede a disgregar células o tejidos en disolu­
que las bacterias: tienen normalmente un diámetro de 5 a ción mediante una homogeneización suave. Este tratamiento
100 /itmy un volumen celular que es entre mil y un millón de ve­ rompe la membrana plasmática pero respeta la integridad de la

FIGURA 1­8 Fraccionamiento subcelular de un tejido. En primer lugar se ho-


mogeneiza mecánicamente un tejido, conno por ejemplo el hígado, para romper
las células y dispersar su contenido en un medio acuoso. El medio de sacarosa
tiene una presión osmótica similar a la de los orgánutos, equilibrando la difu­
sión de agua hacia fuera y hacia el interior de los orgánulos, que se hincharían
y romperían en una disolución de menor osmolaridad (véase la Fig, 2-12).
(a) Las partículas en suspensión de diferente tamaño se pueden separar por cen­
trifugación a diferentes velocidades, o bien (b) partículas con diferente densidad
se pueden separar mediante centrifugación isopícnica. En la centrifugación iso-
pícnica se llena un tubo de centri'fuga con una disolución, la densidad de la
cual aumenta desde la superficie hasta el fondo; para producir este gradiente de
(a) Centrifugación densidad se disuelve un soluto como sacarosa a diferentes concentraciones.
diferencial
Cuando se deposita una mezcla de orgánulos sobre este gradiente de densidad
eizadón y se centrifuga el tubo a alta velocidad, los orgánulos individuales sedimentan
delt^ido hasta que su densidad de flotación corresponde exactamente con la del gra­
diente. Entonces puede recogerse cada capa por separado.
Centrifugación a b^ya velocidad
(1.000^, 10 min)
(b) Centrifugación isopícnica
(en gradiente de sacarosa)
El sobrenadante se somete
a centríñigación a velocidad media
(20.000^, 20 min)
Centrifugación

El sobrenadante se somete
Homogenado a centrifugación a alta velocidad
tisular (80.000^. Ih )

El sobrenadante se
somete a centrifugación
El pellet a muy alta velocidad
contiene (150.000^, 3 h)
células enteras,
núcleos,
citoesqueleto y Muestra
membranas
plasmáticas El pellet Gradiente
contiene de sacarosa
mitocondrias,
lisosomas y E l sobrenadante
peroxisomas contiene proteínas Componente —
solubles menos denso
El pellet contiene
microsomas Fraccionamiento
(fragmentos de Componente
más denso
retículo
endoplasmático) y
vesículas pequeñas
El peUet
contiene ribosomas y
macromoléculas grandes
Fundamentos de bioquímica

mayoría de los orgánulos. A continuación se centrifuga el ho­ eucariótica y forman una trama tridimensional e interconec­
mogeneizado, proceso en el que los orgánulos tales como el nú­ tada, el citoesqueleto. Existen tres clases principales de
cleo, las mitocondrias y los lisosomas sedimentan a velocidades filamentos citoplasmáticos ­los filamentos de actina, los micro­
diferentes a causa de su diferente tamaño. túbulos y los filamentos intermedios (Fig. 1­9)­ que difieren
La centrifugación diferencial permite obtener un fraccio­ en anchura (entre 6 y 22 nm), composición y función específica.
nanüento inicial grosero del contenido citoplasmático, que pue­ Todos ellos proporcionan estructura y organización al citoplas­
de purificarse con más precisión mediante una centrifugación ma y mantienen la forma de la célula. Los filamentos de actina y
isopícnica ( “nüsma densidad”). Mediante esta metodología, los los microtúbulos colaboran también en el movimiento de los or­
orgánulos de densidad de flotación diferente (resultado de las gánulos o en el movimiento celular global.
diferentes relaciones entre cantidad de lípidos y proteínas en Cada tipo de componente citoesquelético está compuesto
cada clase de orgánulo) se sepai'an por centrifugación a través por subimidades simples de proteína que se asocian de manera
de una columna de disolvente que contiene un gradiente de no covalente para dar filamentos de grosor uniforme. Estos fila­
densidad. Recogiendo cuidadosamente el material de cada re­ mentos no son estructuras permanentes, sino que se encuen­
gión del gradiente y observándolo al microscopio, el bioquímico tran en constante fluctuación entre su forma monomérica y su
puede establecer la posición de sedimentación de cada orgánu­ forma estructurada en filamentos. Su localización celular no es­
lo y purificarlo para su estudio posterior. De esta manera se tá fijada rígidamente, sino que varía en gran medida durante la
supo, por ejemplo, que los lisosomas contienen enzimas degra­ mitosis, la citoquinesis, el desplazamiento ameboide o a causa
dativos, que las mitocondrias contienen enzimas oxidativos y de los cambios en la forma de la célula. La regulación de la for­
que los cloroplastos contienen pigmentos fotosintéticos. El ais­ mación, disgregación y localización de los diversos tipos de fila­
lamiento de un orgánulo enriquecido en un cierto enzima suele mentos corre a cargo de otras proteínas enc^gadas de unir o
ser el primer paso en la purificación de dicho enzima. entrelazar los íWamentos o de desplazar orgánulos citoplasmáti­
cos a lo largo de los mismos.
El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto De este breve repaso de la estructura celular podemos
extraer la idea general de que la célula eucariótica está forma­
y es altamente dinámico
da por una trama de fibras estructurales y un complejo siste­
La microscopía de fluorescencia permite observar distintos ti­ ma de compartinüentos limitados por membranas (Fig. 1­7).
pos de filamentos de proteína que se entrecruzan en la célula Ij OS filamentos se desagregan para reestructurarse en otro

FIGURA1- 9 Los tres tipos de fitamentos citoplasmáticos: filamentos de acti­ irradian desde el centro de la célula, en verde, y los cromosomas del núcleo en
na, microfúfoulos y filamentos intermedios. Se pueden marcar estructuras celu> azul, (b) Una célula pulmonar de tritón durante ía mitosis. Los microtúbulos
lares con un anticuerpo (molécula capaz de reconocer una proteína específica) (verde), unidos a estructuras llarriadas cinetocoros (amarillo) sobre los cronx)so-
unido covalentemente a un compuesto fluorescente. Las estructuras teñidas son mas condensados (azul), arrastran a los cromosomas hacia los polos opuestos, o
visibles cuando se observa la célula con un microscopio de fluorescencia, centrosomas (magenta), de la célula. Los filamentos intermedios, formados por
(a) Células endoteliales de arteria pulmonar bovina. Los haces de filamentos de queratina (rojo), mantienen la estructura de la célula.
aaina, llamados "fibras de estrés", están teñidos en rojo; los microtúbulos, que
1.1 Funddmentos celuidres C’ ]

lugar distinto. Las vesículas membranosas brotan de un orgá­ temo mediante la secreción de sustancias producidas en la cé­
nulo y se fusionan con otro. Los orgánulos se mueven por el ci­ lula y la captación de material extracelular.
toplasma a lo largo de filamentos de proteína gracias a la A pesar de su complejidad, la organización del citoplasma
energía de motores proteicos. El sistema endomembrano­ está lejos de ser el producto del azar. El movimiento y la posi­
80 segrega procesos metabólicos específicos, y aporta las su­ ción de los orgánulos y de los elementos del citoesqueleto están
perficies en las que tienen lugar ciertas reacciones sometidos a una estrecha regulación y en el transcurso de la vi­
enzimáticas. La exocitosis y la endocitosis, mecanismos de da de la célula se producen importantes reorganizaciones fina­
transporte (hacia el exterior y el interior de las células, res­ mente orquestadas, tales como la mitosis. Las interacciones
pectivamente) que implican fusión y fisión de membranas, entre citoesqueleto y orgánulos son reversibles, de tipo no cova­
permiten la comunicación entre el citoplasma y su medio ex­ lente y están sujetas a regulación en respuesta a diversas seña­
les intra y extracelulares.
(a) Algunos de los aminoácidos de las proteínas
Las células construyen estructuras supramoleculares
Las macromoléculas y sus subunidades monoméricas son de ta­
maño muy diferente (Fig. 1­10). Una molécula de alanina mi­
de menos de 0,5 nm. Una molécula de hemoglobina, la proteína
transportadora de oxígeno en los eritrocitos (células rojas de la
sangre), contiene cerca de 600 subunidades de aminoácido for­
mando cuatro largas cadenas que se pliegan de forma globular y
se asocian en estmcturas de 5,5 nm de diámetro. Las proteínas

FIGURA1­10 Los compuestos orgánicos a partir de ios cuales se forman la


mayoría de los componentes celulares: el ABC de la bioquímica, (a) Seis de los
veinte aminoácidos a partir de los cuales se construyen todas las proteínas (las
cadenas laterales se destacan en rosa); (b) las cinco bases nitrogenadas, dos
azúcares de cinco carbonos y el ión fosfato a partir de los cuales se construyen
todos los ácidos nucleicos; (c) cinco componentes de Iípidos de membrana, y
(d) o-glucosa, el azúcar a partir del cual se derivan la mayor parte de los glúci-
dos. Nótese que el fosfato es un componente tanto de los ácidos nucleicos co­
mo de las membranas lipídicas.

(b) Los componentes de los ácidos nucleicos (c) Algunos de los componentes de los Iípidos

O O NH2 CHjOH
II n
.C . .C H s CHOH
HN" ^ C H N ­^ C H I
CHgOH
/C H ^C. XH ^ /C H Glicerol
or IT QT ^ (T
H H H
Uracilo Timina Citosina CHa
CHj— N— CHjCHjOH
NHa (Íh ,
O' Colina
I
H O ­P ­O H
II
H«N O
H
Fosfato
Adenina Guanina (d) El azúcar principal
Bases nitrogenadas

HOCH^O H H 0 CH 2/0 ^ h CHüOH


.H H H
KH H
H/1 H
OH VH
.OH Hy
OH OH HO OH
OH H
H OH
a­D­Ribosa 2­De80xi­a­D­rib0sa
Azúcares de cinco carbonos or-D-Glucosa
1o Fundamentos de bioquímica

Nivel 4: Nivel 3: Nivel 2: Nivel 1:


La célula Complejos Macromoléculas Unidades
y sus orgánulos supramoleculares monoméricas

Pared celular I

FIGURA 1­11 Jerarquía estructural en ta organización molecular de las célu­ le en dos tipos de macromoléculas, DNA y muchas proteínas diferentes, cada
las. En esla célula vegetal, el núcleo es un orgánulo que contiene diversos tipos una formada a partir de subunidades simples.
de complejos supramoleculares, entre ellos la cromatina. La cromatina consis-

son, a su vez, mucho menores que los ribosomas (cuyo diámetro lación de la actividad de la molécula purificada. Por ejemplo, los
es de aproximadamente 20 nm), orgánulos, a su vez, de tamaño estudios in vitro de enzimas purificados se llevan a cabo normal­
muy inferior al de las mitocondrias que miden aproximadamen­ mente a concentraciones muy bajas y en disoluciones acuosas
te 1.000 nm de diámetro. Existe, pues, una gran diferencia en­ en agitación constante. En la célula, el enzima se encuentra di­
tre las biomoléculas simples y las estructuras que pueden suelto o suspendido en un citosol de textura parecida a xmgel y
observarse al microscopio óptico. La Figura 1­11 ilustra la je­ acompañado de miles de proteínas diferentes, algunas de las
rarquía estructural en la organización celular. cuales se unen al enzima y varían su actividad. Algunos enzimas
Las subunidades monoméricas de proteínas, ácidos nuclei­ forman parte de complejos multienzimáticos en los que los reac­
cos y polisacáridos se unen mediante enlaces covalentes. Sin em­ tivos se canalizan de un enzima a otro sin que lleguen a tener
bargo, en complejos supramoleculares, las macromoléculas se contacto con el disolvente. La difusión está limitada por la den­
mantienen unidas mediante intei'acciones no covalentes, indivi­ sidad del citosol tipo gel, cuya composición varía en sus distin­
dualmente, mucho más débiles que los enlaces covalentes. Entre tas regiones. Resumiendo, una molécula determinada puede
las interacciones no covalentes se cuentan los enlaces de hidró­ actuar de modo muy diferente en la célula que in vitro. Uno de
geno (entre grupos polares), las interacciones iónicas (entre gru­ los retos de la bioquímica consiste en comprender la influencia
pos cargados), las interacciones hidrofóbicas (entre grupos de la organización celular y las asociaciones moleculares en la
apolares en disolución acuosa) y las interacciones de van der función de enzimas y otras biomoléculas: comprender la fun­
Waals (fuerzas de London), todas ellas de energía considerable­ ción tanto in vivo como in vitro.
mente menor que la de los enlaces covalentes. Las interacciones
no covalentes se describen en el Capítulo 2. Los complejos supra­ RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares
moleculares se estabilizan gracias al gran número de interaccio­
nes débiles que se establecen en ellos y que son las responsables ■ Todas las células están rodeadas por una membrana plas­
mática; poseen im citosol que contiene metabolitos, coen­
de sus estructuras únicas.
zimas, iones inorgánicos y enzimas, y poseen un conjunto
de genes contenidos en un nucleoide (bacterias y arqueas)
Los estudios in vitro podrían no detectar interacdones o un núcleo (eucariotas).
importantes entre moléculas ■ Los fotótrofos utilizan la luz del sol para realizar trab^o;
los quimiótrofos oxidan combustibles mediante la trans­
Uno de los métodos para entender un proceso biológico consis­
ferencia de electrones a buenos aceptores electrónicos:
te en el estudio de las moléculas purificadas in vitro (en el inte­
compuestos inorgánicos, compuestos orgánicos u oxígeno
rior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras
molecular.
moléculas presentes en la célula intacta, es decir, in vivo. A pe­
sar de que esta metodología ha resultado muy útil, debemos re­ ■ Las células bacterianas o las arqueas contienen un citosol,
cordar que el interior de una célula es muy diferente del un nucleoide y plásmidos. Las células eucarióticas tienen
entomo que pueda haber en un tubo de ensayo. Los componen­ núcleo y están multicompartimentadas, con ciertos proce­
tes que ‘Interfieren” y que se eliminan mediante purificación sos confinados en orgánulos específicos; estos orgánulos
pueden resultar críticos para la función biológica o para la regu­ se pueden separar para su estudio de modo aislado.
1.2 Fundamentos químicos 11J

I
H
2 FIGURA 1­12 Los elementos esenciales para la vida y
He
la salud de ios anímales. Los elementos mayoritarios
3 4 L ­j üiiementos mayontanos 5 6 7
U Be a Oligoelementos B C N
8
O
9
F
10
Ne (sobre fondo naranja) son cx>mponenle$ estructurales de
11 12
células y tejidos y deben estar presentes en la dieta dia­
13 14 15 16 17 18
Na M* Al Si P 8 ! Cl Ar ria en cantidad de gramos. Las necesidades de oligo­
19 20 21 22 23 24 25 26 *7 2S 29 30 31 32 33 34 35 36
elementos (sobre fondo amarillo) son mucho menores:
K Ca 8c Ti V Cr Mn Fé Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr en el caso del ser humano son suficientes unos pocos
37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 61 62 63 54 miligranrx» al día de Pe, Cu, y Zn, e incluso menos de
Rb Sr Y Zr Nb Mo Te Ru Rh Pd Ag Cd In 8n Sb Te I Xe los demás elementos. Las necesidades elementales de
55 56 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 8S 86 las plantas y los microorganismos son muy similares a
Cs Ba Hf TVi w R« Os Ir Pt Au Hg TI Pb Bi Po At Rn
N las aquí presentadas. Son, en cambio, variadas, las for­
87 88
N '^Lantánidos
mas en que adquieren estos elementos.
Pr Ra
Actínidos

Las proteínas del citoesqueleto se ensamblan formando que es cierto paraE. coli es cierto para el elefante”. La noción ac­
largos filamentos que confieren forma y rigidez a las célu­ tual de que todos los organismos comparten im origen evolutivo
las y son el soporte para el movinúento de los orgánulos a común se basa en parte en esta universalidad de intermediarios y
través de la célula. transfonnaciones químicas, frecuentemente denominada “uni­
Los complejos supramoleculares se mantienen estables dad bioquímica”.
mediante interacciones no covalentes y dan lugar a una Menos de 30 de los más de 90 elementos químicos presen­
jerai quía de estructuras, algunas de las cuales son visibles tes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos. La ma­
al microscopio óptico. Interacciones importantes en el yoría de los elementos de la materia viva tienen un núme­
medio celular pueden perderse debido a la eliminación de ro atómico relativamente bíyo, y sólo dos de ellos tienen un nú­
moléculas individuales para su estudio in vitro. mero atómico superior al del selenio, 34 (Fig. 1­12). Los cua­
tro elementos más abundantes en los organismos vivos, en
términos de porcentaje sobre el número total de átomos, son el
hidrógeno, el oxígeno, el nitrógeno y el carbono que, en conjun­
1.2 Fundamentos químicos to, representan más del 99% de la masa de la mayoría de las cé­
La bioquímica tiene como objetivo explicar en términos quínü­ lulas. Son los elementos más ligeros capaces de formar uno, dos,
cos las estructuras y las funciones biológicas. A finales del tres y cuatro enlaces covalentes, respectivamente; en general,
siglo xviii los químicos llegaron a la conclusión de que la compo­ ios elementos más ligeros forman los enlaces más fuertes. Los
sición de la materia viva era sorprendentemente diferente de la oligoelementos (Fig. 1­12) representan una ñacción minúscula
del mundo inanimado. Antoine Lavoisier (1743­1794) observó del peso del cuerpo humano, pero todos eüos son esenciales pa­
la relativa simplicidad química del “mundo mineral** en contras­ ra la vida, generalmente a causa de que resultan imprescindi­
te con la complejidad de los “mundos animal y vegetal”; se sabía bles para la función de proteínas específicas, incluidos los
que estos últimos estaban formados por compuestos ricos en enzimas. La capacidad transportadora de oxígeno de la molécu­
carbono, oxígeno, nitrógeno y fósforo. la de hemoglobina, por ejemplo, depende totalmente de cuatro
Durante la primera mitad del siglo xx, investigaciones bio­ iones hierro que constituyen sólo el 0,3% de su masa.
químicas paralelas acerca de la degradación de la glucosa en leva­
duras y en células musculares de animales permitieron observar Las biomoléculas son compuestos de carbono
grandes similitudes químicas en estos dos tipos de células, apa­
con una diversidad de grupos fúncionales
rentemente muy diferentes; la degradación de la glucosa en la le­
vadui­ay en células musculares tiene lugar a través de los mismos La química de los organismos vivos se organiza alrededor del car­
10 intermediarios químicos y los mismos 10 enzimas. Estudios bono, que representa más de la mitad del peso seco de las células.
posteriores sobre muclios otros procesos bioquímicos en un gran El carbono puede formar enlaces simples con átomos de hidróge­
número de organismos diferentes confirmó la universalidad de no y tanto enlaces simples como dobles con los átomos de oxí­
esta observación, claramente resumida por Jacques Monod: “Lo geno y de nitrógeno (Fig. 1­13). La capacidad de los átomos de

FIGURA 1­13 Versatilidad de enlace


del carbono. El carbono puede formar
enlaces covalentes simples, dobles y tri­
ples (todos los enlaces en rojo), en parti­
cular con otros átomos de carbono. Los
enlaces triples son muy poco frecuentes
en bionx)lécubs.
12 Fundamentos de bioquímica

FIGURA 1­14 Geometría de los enlaces del carbono, (a) Los átomos de car- ción, que aquí se muestra para el etano (CHj— CHj). (c) Los enlaces dobles
bono presentan la distribución tetraédrica característica de sus cuatro enlaces son más cortos y no permiten la libre rotación. Los dos carbonos unidos por el
simples, (b) Los enlaces simples carbono<arbono presentan libertad de rota- enlace doble y los átomos A, B, X e Y están situados en el mismo plano rígido.

H
Metilo R ­¿­H Éter R‘­ 0 ­ R * Guanidino
I
H
' i
H H
I I
Etilo R~C~C~H Éster Imidazol R— C=

H H
0=0 H
Fenilo .CH Acetilo R—O—C—ó —H Sulfhidrílo
C ­C O

■r
H H

Carboniio R —' Anhídrido R^—C—O—C—R^ Disulfuro


(aldehido) (dos ácidos 1 k
carboxílicos)

Carboniio R^—C—R^ Amino R ­N ± ­ H Tioéster


(cetona) (protonado)
H ^

O’
Carboxilo R —C—O” Amido Fosforilo R ­ O —P ­ O H
I)

Hidroxilo R —O—H Imino


m
r 1_ ¿ 1 r 2 Fosfoanhídrido R^—O ­ 0 ­R ^
(alcohol)

R*
Enol Imina JV Anhídrido mixto
sustituida fN (ácido carboxíiico
(base de Schiff) y ácido fosfórico;
también llamado
acilfosfato)

FIGURA 1­15 Algunos grupos funcionales comunes de las biomoléculas. En de hidrógeno, pero normalmente es un grupo que contiene carbono. Cuando se
esta figura, así como en otras a lo largo de todo el libro, se utiliza la R para re- representan dos o más sustituyentes en una molécula, se emplea el superíndice
presentar un ‘'sustituyeme cualquiera*. Puede ser tan sencillo como un átonx) R\ etc.
1.2 Fundamentos químicos 13 J

carbono para formar enlaces simples carbono­carbono cié gran que tienen unidos grupos carboxilo (Fig. 1­15). Muchas biomo­
estabilidad resulta de gran trascendencia en la biología. Cada áto­ léculas son polifuncionales y contienen dos o más tipos de grupos
mo de carbono puede formar enlaces simples muy estables con funcionales (Fig. 1­16), cada uno de ellos con propiedades quí­
unmáximo de hasta otros cuatro átomos de carbono. Dos átomos micas y reacthddad propias. La *^ersonalidad" química de cada
de carbono pueden compartir también dos (o tres) pares de elec­ compuesto viene deternünada por la química de sus grupos fun­
trones, dando lugar a enlaces carbono­carbono dobles (o triples). cionales y su disposición en el espacio tridimensional.
Los cuatro enlaces simples que puede formar un átomo de car­
bono se proyectan desde el núcleo a los cuatro vértices de un te­
Las células contienen un conjunto universal
traedro (Fig. 1-14), con un ángulo de 109,5® entre dos de ellos y
una longitud media de enlace de 0,154 nm. Existe libertad de rota­
de moléculas pequeñas
ciónalrededor de cada enlace simple a no ser que ambos átomos de En la fase acuosa de una célula (citosol) se encuentra disuelta una
carbono estén unidos a grupos muy voluminosos o cargados, en cu­ colección de quizá un millar de pequeñas moléculas orgánicas dife­
yo caso la rotación puede estar restringida. Un enlace doble carbo­ rentes (Afr -100 a -500), que son los metabolitos centrales de las
no­carbono es más corto (mide aproximadamente 0,134 nm) y rutas principales presentes en la práctica totalidad de las células:
rígido, y sólo permite una rotación limitada alrededor de su eje. los metabolitos y rutas que se han conservado a lo largo de la evo­
Los átomos de carbono enlazados covalentemente en las lución. (En el Recuadro 1­1 se encuentra una explicación de las di­
biomoléculas pueden formar cadenas lineares, ramificadas y es­ versas maneras de referirse al peso molecular de una sustancia.)
tructuras dclicas. Es probable que la versatilidad de enlace del En este cor\junto de moléculas se incluyen los aminoácidos,
carbono consigo mismo y con otros elementos fuera una de las nucleótidos, azúcares y sus derivados fosforilados y ciertos ácidos
causas principales de la selección de los compuestos de carbono mono­, di­ y tricarboxílicos. Las moléculas son polares o cargadas,
para formar parte de la maquinaria molecular de las células du­ solubles en agua y se encuentran en concentraciones que van des­
rante el origen y la evolución de los seres vivos. Ningún otro ele­ de micromolar a milimolar. Están atrapadas dentro de la célula por­
mento químico puede formar moléculas con formas y tamaños que la membrana plasmática es impermeable a ellas, aunque
tan diferentes o con tanta variedad de grupos funcionales. algunos transportadores específicos de membrana pueden catali­
Puede considerarse que la mayor parte de las biomoléculas zar el movimiento de ciertas moléculas hacia el interior o el exterior
son derivados de los hidrocarburos, con átomos de hidrógeno de la célula o entre compartimientos de las células eucarióticas. La
reemplazados por una amplia gama de grupos funcionales que presencia universal del nüsmo coi\junto de compuestos en las célu­
cotifieren propiedades químicas específicas para dar lugar a las las vivas es una manifestación de la conservación evolutiva de las
diferentes familias de compuestos orgánicos. Las familias más co­ rutas metabólicas que se desarrollaron en las células primitivas.
munes de compuestos orgánicos son los alcoholes, con uno o más Existen otras biomoléculas pequeñas que son específicas
grupos hidroxilo; las aminas, que tienen grupos amino; los aldehi­ para ciertos tipos de células u organismos. Por ejemplo, las
dos y las cetonas, con grupos carbonilo, y los ácidos carboxílicos, plantas vasculares contienen, además de los metabolitos ya

amino
imidazol NHa
(derivado de)
fosfoanhidhdo ¿
tioéster amido amido ^ ^^3
C K s - í - e - S - C H a - C H a - N H - C - C H a - C H a - N H - C - C ------C - C I CH 2 Í' Ah
**0 O ¿OH CHo

fosforilo

Acetil­coenzima A

FIGURA 1­16 Algunos grupos funcionales comunes en una única biomo- de estos grupos funcionales pueden existir en su forma protonada o desprotona-
lécula. El acetil-coenzima A (comúnmente abreviado acetil-CoA) es portador da, dependiendo del pH. En el modelo espacial, N es azul, C es negro, P es na-
de grupos acetilo en algunas reacciones enzimáticas. Los grupos funcionales se ranja, O es rojo y H es blanco. El átomo amarillo de la izquierda es el azufre del
Identifican en la fórmula estructural. Como veremos en el Capítulo 2, algunos importante enlace tioéster que se forma entre el acetilo y el coenzima A.
14 Fundamentos de bioquímica

RECUADRO 1­1 I Peso molecular, masa molecular y las unidades que deben utilizarse

Existen dos maneras comunes y equivalentes para definir la ma­ Considérese, por ejemplo, una molécula de masa 1.000 ve­
sa molecular y ambas se utilizan en este texto. La primera es el ces la del agua. De esta molécula podemos decir lo siguiente:
peso molecular, o la masa múlecuiar relativa, representados Mr = 18.000 o w = 18.000 daltons. También la podemos descri­
por el símbolo A/r­ El peso molecular de una sustancia se define bir como “una molécula de 18 kDa". Sin embargo, la expresión
como la relación entre la masa de una molécula de esta sustan­ Mr = 18.000 daltons es incorrecta.
cia y la duodécima parte de la masa del carbono­12 (^^C). Al ser Otra unidad para describir la masa de un único átomo o una
una relación, Mr no üene dimensiones, no tiene unidades aso­ única molécula es la unidad de masa atómica (antes denominada
ciadas. La segunda es la rmisa molecular, representada por m. uma, abreviatura que ha sido cambiada por u). Una unidad de
Ésta es simplemente la masa de una molécula, o la masa mole­ masa atómica (1 u) se define como la duodécima parte de la ma­
cular dividida por el número de Avogadro. La masa molecular, sa de un átomo de carbono­12. Puesto que la masa de un átomo
m, se expresa en daltons (abreviado Da). Un dalton equivale a de carbono­12 medida experimentalmente es de 1,9926 X 10“^ g,
una duodécima parte de la masa del carbono­12; un kilodalton 1 u = 1,6606 X 10"^ g. La unidad de masa atómica resulta ade­
(kDa) equivale a 1.000 daltons, y un megadalton (MDa) a un cuada para describir, por ejemplo, la masa de un pico observado
millón de daltons. por espectrometría de masas (véase el Recuadro 3­2).

comentados de carácter universal, otras moléculas pequeñas igual o inferior a 500. La síntesis de macromoléculas es una de
denominadas metabolitos secimdarios, que juegan un papel las actividades celulares que más energía consume. Las macro­
específico en la vida de la planta. Entre estos metabolitos se in­ moléculas pueden formar posteriormente estructuras supramo­
cluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma ca­ leculares complejas, ciando lugar a unidades funcionales tales
racterístico y otros, como la morfina, la quinina, la nicotina y la como los ribosomas. En la Tabla 1­1 se muestran las principales
cafeína, apreciados por sus efectos fisiológicos en humanos pe­ clases de biomoléculas en una célula áeE. coli.
ro que desempeñan otras funciones en las plantas. Las proteínas, largos polímeros de aminoácidos, constitu­
El conjunto de moléculas pequeñas de una célula determina­ yen, excluyendo el agua, la fi­acción celular más importante. Al­
da ha recibido el nombre de metaboloma de la célula, sugiriendo gunas proteínas tienen propiedades catalíticas y actúan como
un paralelismo con el término “genoma” (definido anteriormente enzimas, y otras sirven como elementos estructurales, recepto­
y que se comentará más ampliamente en la sección 1.5). res de señales o transportadores que acarrean sustancias espe­
cíficas hacia o desde el interior de las células. Las proteínas son
Las macromoléculas son los principales constituyentes quizá las biomoléculas más versátiles y el catálogo de sus mu­
de las células chas funciones resultaría muy largo. La suma de todas las pro­
Gran parte de las moléculas biológicas son macromoléculas, teínas que funcionan en una célula se denomina su proteoma.
polímeros de masa molecular superior a ­5.000 construidos a Los ácidos nucleicos, DNA y RNA, son polímeros de nucleóti­
partir de precursores relativamente simples. Los polímeros más dos. Almacenan y transmiten la información genética, y algunas
cortos se denominan oligómeros (del griego oligos, “pocos”)­ moléculas de RNA desempeñan papeles estructurales y catalíti­
Las proteínas, los ácidos nucleicos y los p)olisacáridos son ma­ cos en complejos supramoleculares. Los polisacáridos, polí­
cromoléculas compuestas de monómeros de masa molecular meros de azúcares simples tales como la glucosa, tienen tres
funciones principales: sirven como almacén de combustibles
energéticos, como componentes estructurales rígidos de las pa­
Componentestnoieciitar» dé^£co/r redes celulares (en plantas y bacterias) y como elementos de
Número reconocimiento extracelular que se unen a proteínas de otras
aproximado células. Los polímeros más cortos de azúcares (oligosacáridos)
Porcentiye de deespedes actúan como señales específicas cuando se presentan unidos a
peso total moleculares proteínas o lípidos de la superficie celular. Los lípidos, deriva­
de la célula diferentes dos de hidrocarburos insolubles en agua, sirven como compo­
nentes estructurales de las membranas, reserva de combustible
Agua 70 1
rico en energía, pigmentos y señales Íntracelulares.
Proteínas 15 3.000
Proteínas, polinucleótidos y poMsacáridos tienen un gran
Ácidos nucleicos número de subunidades monoméricas y por tanto grandes ma­
DNA 1 1­4 sas moleculares: entre 5.000 y más de 1 millón en proteínas,
RNA 6 >3.000
hasta varios miles de millones en ácidos nucleicos y del orden
Polisacáridos 3 10 de millones en polisacáridos tales como el almidón. Las molécu­
Lípidos 2 20 las individuales de lípido son mucho más pequeñas (Mr 750 a
Subunidades monoméricas 1.500) y no se consideran macromoléculas. Sin embargo, pue­
e intermediarios 2 500 den formar estructuras muy grandes por asociación no covalen­
Iones inorgánicos 1 20 te. Las membranas celulares se construyen a partir de enormes
agregados no covalentes de moléculas de lípidos y de proteínas.
1.2 Fundamentos químicos 15

Dadas sus secuencias a base de subunidades y ricas en in­


formación, se suele definir a las proteínas y a los ácidos nuclei­
cos como macromoléculas informativas. Como se ha dicho v ° ­
antes, algunos oligosacáridos actúan también como moléculas + I
H3N ­ C ­ H
informativas.
H ­C ­H
Laestructura tridimensional se describe en términos I
H
deconfiguración y conformación
Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomolé­
(a) (b) (c)
culas son de importancia central para su función, del mismo
modo que resulta de crucial importancia la distribución de los FIGURA 1­17 Representación de moléculas. Tres maneras de representar la
átomos de una biomolécula en el espacio tridimensional (su estructura del aminoácido alanina (nxKtrado aquí en forma iónica, que es la
estereoquínüca). Los compuestos de carbono existen normal­ que se encuentra a pH neutro), (a) Fórmula estructural en perspectiva: una cuña
mente como estereoisómeros, moléculas que contienen los sólida (—) representa un enlace en el que el átomo del extremo más ancho se
mismos enlaces químicos pero con diferente configuración o proyecta hacía el exterior del plano del papel y hacia el lector; la cuña a trazos
distribución espacial de sus átomos constituyentes. Las interac­ (-^) representa enlaces que están dirigidos hacia la parte posterior al plano del
ciones entre las biomoléculas son invariablemente estereoes­ papel, (b) Modelo de bolas y varillas, donde se observan ias longitudes relativas
pecíficas, lo que implica que las moléculas que interactúan de los enlaces y ios ángulos de enlace, (c) Modelo espacial, en ei que cada áto­
tengan una coníigiu­ación específica. mo se presenta con su correspondiente radio de van der Waals.
La Figura 1­17 muestra tres formas de ilustrar la estruc­
tura estereoquímica o configuración de moléculas sencillas. El La configuración es el resultado de la presencia de ( 1) en­
diagrama en perspectiva especifica la estereoquímica sin ambi­ laces dobles, alrededor de los cuales no existe libertad de rota­
güedad, pero los ángulos y las distancias de enlace se represen­ ción, o (2) centros quirales, alrededor de los cuales los grupos
tan mejor con modelos de bolas y varillas. En los modelos sustituyentes se disponen según una orientación específica. La
espacialmente llenos el radio de cada átomo es proporcional a característica que identifica a los estereoisómeros es que no
su radio de van der Waals y los contornos del modelo definen el pueden ser interconvertidos sin romper temporalmente uno o
espacio ocupado por la molécula (el volumen del que quedan más enlaces covalentes. La Figura l­18a muestra las configu­
excluidos los átomos de otras moléculas). raciones del ácido maleico y de su isómero, el ácido fumárico.
Estos compuestos son isómeros geométricos o isómeros cis­
trans; difieren en la disposición de sus grupos sustituyentes
con respecto al doble enlace que no posee capacidad de rota­

FIGURA1­18 Configuraciones de isómeros geométricos, (a) Los isómeros ta­


les como el ácido maleico (maleato a pH 7) y el áddo fumárico (fumarato) no
pueden interconvertirse sin la rotura de enlaces covalentes, proceso que consu­
me mucha más energía que ia energía cinética media de moléculas a tempera­

HOOC
V o (" COOH
tura fisiológica, (b) En la retina de los vertebrados, el paso inicial del proceso de
detección de la luz es la aijsorción de la luz visible por parte del 1 1 -c/s-retinal.
Ácido maleico (cis) Ácido fumárico (trans) La energía de la iuz absorbida (aproximadamente 250 Icj/nwl) convierte el
(a) 11 -c/5-retinai en todo-trans-retinai, lo que produce variaciones eléctricas en las
células de la retina que dan lugar al impulso nervioso. (Obsérvese que en los
modelos de bolas y varillas de los retínales se omiten los átonnos de hidrógeno.)

luz

Todo­¿ma$­Retinal
(b)
16 Fundamentos de bioquímica

Molécula Molécula
Imagen quiral: Imagen aquiral:
especular de Después de hacer especular de Después de hacer
la molécula rotar la molécula la molécula rotar la molécula,
original no es posible original ésta puede
sobreponerla superponerse
a la imagen a la imagen
especular del original especular del original
Molécula
original

(a)

FIGURA1­19 Asimetría molecular: moléculas quirales yaquirales. (a) Cuan­ se disponen únicamente tres sustituyentes diferentes (es decir, hay dos sustitu­
do un átomo de carbono tiene cuatro sustituyentes diferentes (A, B, X, Y), éstos yentes iguales), solamente es posible una configuración espacial y ia molécula
pueden disponerse de dos maneras diferentes, que dan lugar a dos nfwléculas es simétrica o aquiral. En este caso la molécula puede supeqx)nerse a su imagen
no superimponibles, siendo cada una de ellas la imagen especular de la otra especular: la molécula de la izquierda, rotando en sentido contrario a las agujas
(enantiómeros). Estos átonx» de carbono asimétricos se denominan átonrws qui­ del reloj (cuando se mira hacia abajo por el eje vertical que une A y Q, da lugar
rales o centros quirales. (b) Cuando alrededor del átomo de carbono tetraédrico a la molécula del espejo.

ción (del latín cis, “a este lado”, los grupos se encuentran en el decir, tener dos configuraciones, Fig. 1­19), dando lugar a dos
mismo lado del enlace doble; trans, “al otro lado”, los grupos se estereoisómeros con propiedades químicas similares o idénti­
hallan en lados opuestos). El ácido maleico (maleato en el pH cas, pero que difieren en algunas propiedades físicas y biológi­
neutro del citoplasma) es el isómero cis y el ácido fumárico (fu­ cas. Se dice que un átomo de carbono con cuatro sustituyentes
marato) es el isómero trans; cada uno de ellos es un compuesto diferentes es asimétrico, y los carbonos asimétricos se denomi­
bien definido que puede ser aislado y purificado, teniendo cada nan centros quirales (del griego chiros^ “mano”; algunos este­
uno de ellos sus propias características químicas. Un sitio reoisómeros se relacionan entre sí como la mano izquierda con
de unión (por ejemplo, en un enzima) que sea complementario la derecha). Una molécula con un solo carbono quiral puede te­
con una de estas moléculas no lo será para la otra, lo cual expli­ ner dos estereoisómeros, mientras que puede haber 2” estereoi­
ca por qué estos compuestos tienen papeles biológicos diferen­ sómeros cuando los carbonos quirales son dos o más (n). Los
tes a pesar de ser químicamente muy parecidos. estereoisómeros que son imágenes especulares uno del otro se
En el segundo tipo de estereoisomería, los cuatro sustitu­ denominan enantiómeros (Fig. 1­19). Las parejas de estereoi­
yentes diferentes unidos a un átomo de carbono tetraédrico sómeros que no son imágenes especulares entre sí se denomi­
pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (es nan diastereómeros (Fig. 1­20).

Enantiómeros (imágenes especulares) Enantiómeros (imágenes especulares)

i ­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­1 f­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­ 1

Diastereómeros (imágenes no especulares)

FIGURA 1­20 Dos tipos de estereoisómeros. Hay cuatro butanos diferentes que el lector vea todos los grupos. Dos pares de estereoisómeros son imágenes
2,3-bisustituidos (n = 2 carbonos asimétricos, por b tanto 2” = 4 estereoisóme­ especulares uno del otro, siendo por tanto enantiómeros. Los otros pares no son
ros). Cada uno de ellos se muestra en un recuadro como una fórmula en pers­ imágenes especulares y reciben el nombre de diastereómeros.
pectiva y como un modelo de bolas y varillas, el cual se ha rotado para permitir
1.2 Fundamentos químicos j^17

RECUADRO 1­2 I louis Pasteur y la actividad óptica: in vino, veritas

Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en encon­ Ahora podemos dar una respuesta. Los estu­
trar el fenómeno de la actividad óptica. In­ dios cristalográficos con rayos X confirmaron en
vestigando sobre el material cristalino que se 1951 que las formas levorrotatoria y dextrorrotato­
acumulaba en los barriles de vino (una forma del ria del ácido tartárico son entre ellas imágenes es­
ácido tartárico denominada ácido paratartárico, peculares, y permitieron establecer la configuración
también conocido como ácido racémico, del latín absoluta de cada una de ellas (Fig. 1). Se ha utiliza­
racemus, “racimo de uva”). Utilizó unas pinzas do la misma metodología paia demostrar que, aun­
muy finas para separai* dos tipos de cristales cuya que el aminoácido alanina existe en dos formas
forma era idéntica pero de los que cada uno de estereoisoméricas (denominadas d y l ), en las pro­
ellos era la imagen especular del otro. Ambos teínas la alanina se presenta sólo en una de las for­
poseían todas las propiedades químicas del ácido mas (el isómero l; véase el capítulo 3).
tartárico pero, al disolverlos, uno de ellos hacía ro­ Louis Rasteur
tar el plano de la luz polarizada hacia la izquierda 1822­1895 HOOC ;cooH HOOC* ■'COOH
(levorrotatorio) y el otro hacia la derecha (dextro­ ''i - i '’
rrotatorio). Pasteur describió e interpretó el expe­ V>H ^ ÍH
OH
ilmento de este modo:
Ácido (2fí,3/2)­tartárico Ácido (2S,35)­tartárico
En los cuerpos isoméricos, los elementos y las proporcio­ (dextrorrotatorio) (levorrotatorio)
nes en las que se encuentran combinados son los mismos,
FIGURA 1 ftisleur separó cristales de dos estereoisómeros del ácido tartárico y
tan sólo la disposición de los átomos es diferente... Sabe­ demostró que ias disoluciones de ios dos compuestos por separado daban lugar
mos, por un lado, que las disposiciones moleculares de los al mismo grado de rotación del plano de la luz polarizada pero en direcciones
dos ácidos tartáricos son asimétricas y, por el otro, que es­ opuestas. Más tarde se demostró que las formas dextrorrotatoria y levon-otatoria
tas disposiciones son absolutamente idénticas, a excepción de Rasteur correspondían a las formas isoméricas (R,R) y (S,5) aquí mostradas.
de que exhiben asimetría en direcciones opuestas. ¿Se en­ En el texto se describe el sistema de nomenclatura RS.
cuentran los átomos del ácido dextro agrupados en forma
de una espiral dextrógira, situados en el vértice de un te­ ♦Extraído de la conferencia de Rasteur en la Société Chimique de Raris en
traedro irregular, o bien ordenados según ésta o aquella 1883, citada en DuBos, R. (1976) Louis Pasteur: Free Lance ofSc^r)ce, p. 95,
disposición asimétrica? No lo sabemos.* Charles Scribner's Sons, New York.

Tal como observó Louis Pasteui* en 1848 (Recuadro 1­2), los recha”) y si va en contra del sentido de las agujas del reloj, la
enantiómeros tienen propiedades químicas casi idénticas pero se configuración será (S ) (del latín sinister, “izquierda*’). De esta
diferencian en una propiedad física característica: su interacción manera cada carbono quiral es llamado (R ) o (5), y la presencia
con el plano de la luz polarizada. En disoluciones separadas, los de esas designaciones en el nombre del compuesto da una des­
dos enantiómeros rotan el plano de la luz polarizada en direccio­ cripción inequívoca de la estereoquínúca de cada centro quiral.
nes opuestas, pero una disolución equimolar de los dos enantió­
meros (mezcla racémica) no provoca rotación óptica. Los
compuestos sin centros quirales no rotan la luz polarizada.

CONVENCIÓN CLAVE: Dada la importancia de la estereoquímica


en las reacciones entre biomoléculas el bioquímico debe poder
denominar y representar la estructura de las biomoléculas de
modo que su estereoquímica quede definida sin ambigüedad. El
sistema de nomenclatura RS es el más útil para compuestos con
más de un centro quiral. En este sistema se asigna una p rio ri­ (R) (S)
dad a cada uno de los grupos unidos a un carbono quiral. La En el Capítulo 3 se describe otro sistema de nomenclatura, el
prioridad para algunos sustituyentes comunes es la siguiente: sistema d y l . Una molécula con un solo centro quiral Qos dos
isómeros del gliceraldehído, por ejemplo) puede nombrai*se sin
—OCH3 > —OH > —NH 2 > —COOH > ambigüedad con cualquiera de los dos sistemas. ■
­C H O > ­ C H 2 OH > —CH3 > — H

CHO
CHO,*,
Según el sistema RS, el átomo quiral ha de mirarse de modo que
ei grupo de prioridad más baja (4 en el diagrama siguiente) que­ HO-C-H (1)
de situado en dirección opuesta al observador. Si la prioridad de ?
CHjOH CH20H^3,
los otros ties grupos (1 a 3) disminuye segiín el sentido de las
agujas del reloj, la configuración será (i?) (del latín rectas, “de­ L­Gliceraldehído (S)­Gliceraldehído
18 Funddmentos de bioquímica

El concepto de conformaGión molecular, distintx) del de Las moléculas quirales de los organismos vivos se encuen­
configuración, describe la disposición espacial de los grupos sus­ tran generalmente presentes en sólo una de sus formas quirales.
tituyentes que tienen libertad para adoptar posiciones diferentes Por ejemplo, los aminoácidos están presentes en las proteínas
en el espacio sin necesidad de romper enlaces, gracias a la liber­ sólo como isómeros l ; la glucosa se encuentra presente tan sólo
tad de rotación de los mismos. Por ejemplo, en el etano, un hidro­ en forma de su isómero d . (En el Capítulo 3 se describen las
carburo sencillo, existe libertad casi total de rotación abrededor convenciones para denonüiw los estereoisómeros de los ami­
del enlace simple G—C. Por lo tanto, dependiendo del grado de noácidos; las correspondientes a los glúcidos se describen en el
rotación del enlace, son posibles muchas conformaciones dife­ Capítulo 7; el sistema RS, descrito anteriormente, es el más útil
rentes e interconvertibles de la molécula de etano (Fig. 1­21). para biomoléculas.) En cambio, cuando un compuesto que po­
Dos de las conformaciones son de especial interés: la conforma­ see un átomo de carbono asimétrico se sintetiza químicamente
ción extendida, que es más estable que las demás y es por tanto la en el laboratorio, la reacción suele producir todas las formas
conformación predominante, y la forma eclipsada, que es la me­ quirales posibles, dando lugar, por ejemplo, a una mezcla de for­
nos estable. No es posible aislar ninguna de estas dos formas con­ mas D y L. En las células vivas se produce una sola forma quiral
formacionales puesto que son libremente interconvertibles. Sin de una biomolécula gracias a que los enzimas que sintetizan esa
embargo, cuando se reemplazan uno o más átomos de hidrógeno molécula son también, a su vez, moléculas quirales.
de cada uno de los carbonos con grupos funcionales voluminosos La estereoespecificidad, o capacidad de distinguir entre
o cargados eléctricamente, la libertad de rotación alrededor del estereoisómeros, es una propiedad de los enzimas y otras pro­
enlace G—C queda restringida, lo que limita el número de confor­ teínas y un rasgo característico de la lógica molecular de las
maciones estables de los derivados del etano. células vivas. Si el sitio de unión en una proteína es complemen­
tario para un isómero de un compuesto quiral, no será comple­
Las interacciones entre las biomoléculas mentario para el otro, por la misma razón por la que un guante
izquierdo no sirve para la mano derecha. En la Figura 1­23 se
sonestereoespecíficas muestran dos notables ejemplos de la capacidad de los sistemas
En las interacciones entre biomoléculas, el “encaje” debe ser es­ biológicos para distinguir entre estereoisómeros.
tereoquímicamente correcto. La estructura tridimensional de las Las clases comunes de reacciones químicas que se encuen­
biomoléculas grandes y pequeñas, la combinación de su configu­ tran en la bioquímica se describen en el Capítulo 13, como intro­
ración y su conformación, es de primordial importancia en sus ducción a las reacciones del metabolismo.
intei*acciones biológicas: un reactivo con su enzima, una hormo­
na con su receptor de membrana celular, un antígeno con su an­ RESUMEN 1.2 Fundamentos químicos
ticuerpo específico son buenos ejemplos de ello (Fig. 1­22). Ei
estudio de la estereoquímica biomolecular mediante métodos fí­ ■ Gracias a su versatilidad de enlace, el átomo de carbono
sicos precisos constituye una parte importante de la investiga­ puede producir una amplia variedad de esqueletos carbo­
ción moderna sobre estructura celular y función bioquímica. no­carbono con diversidad de grupos funcionales; estos

09

a
Q}

Ángulo de torsión (grados)


FIGURA1­22 Encaje complementariode una macromolécula y una molécu­
FIGURA 1­21 Conformaciones. El etano tiene muchas conformaciones posi­ la pequeña. La figura muestra un segmento de RNA de una región reguladora
bles al existir libertad de rotación alrededor del enlace sencillo carbono-carbo­ conocida como TAR del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana
no. En el modelo de bolas y varillas, cuando el átomo de carbono anterior (en gris) unido a una molécula de argininamida (en color), que representan un
(desde d punto de vista del lector) y sus tres átonrx» de hidrógeno rotan con re­ residuo de una proteína que se une a esta región. La argininamida se ajusta a
lación ai átomo de carbono posterior, ia energía potencial de la nrK)lécula au­ una cavidad de la superficie del RNA y se mantiene en esta orientación me­
menta hasta un niáximo en la conformación completamente eclipsada (con diante varias interacciones no covalentes con él. Esta representación de la mo­
ángulos de torsión de 1 2 (f, etc.), y disminuye hasta el mínimo en la confor­ lécula de RNA está generada con programas informáticos que calculan la
mación completamente extendida (ángulo de torsión de 60®, 180°, etc.). Las di­ forma de la superficie externa de una macromolécula, ya sea en base a los ra­
ferencias de energía son lo suficientemente pequeñas como para permitir la dios de van der Waals de todos los átomos de la molécula o mediante el "volu-
rápida interconversión de las dos formas (millones de veces por segundo), por lo nr^ende exclusión del solvente"', aquel más allá del cual no puede penetrar una
que resulta imposible aislar separadaniente las fonnas eclipsada y extendida. molécula de agua.
1.3 Fundamentos físicos '191

CH, CH, FKURA 1­23 Los estereoisómeros tienen efec­


tos diferentes sobre cl ser humano, (a) Dos este­

V
H a C ^
>
/C H a
reoisómeros de la carvona: la (f^carvona (aislada
del aceite de menta) posee la fragancia caractens-
tica de la menta; la (5)-carvona (de aceite de se­
c
C H a ­C ^ H H*^ ’" c =CH 2 millas de alcaravea) huele a alcaravea, (b) El
aspartame, el edulcorante comercializado con el
C H z CH3 nombre de NutraSweet, se distingue fácilmente
CR)­Carvona (5)­Carvona de su estereoisómero amargo, a pesar de que anv
(menta) (alcaravea)
(a) bos difieren tan sólo en la configuración de uno
de los dos átomos de carixMK) quirales. (c) El me­
dicamento antídepresivo citalopram (comerciali­
*^3 jj zado como Celexa), un inhibidor seleaivo de la
­OOC^ / C ­ HH H ­OOC^ reabsorción de serotonina, es una nfiezcla racémi-
CHj OCHj CH 2
I
;c ' OCH, ca de los dos estereoisómeros pero tan sólo el
CH , H H (5)-citalopram tiene efecto terapéutico. El prepa­
rado esteroquímicamente puro de (S)-citalopram
H C '' "^CH HC"^ "*^CH (oxalato de escitalopram) se comercializa bajo el
nombre de Lexapro. Como es predecible, ia dosis
h Í^ ^ Íh h Í Ah
efectiva de Lexapro es la mitad de la dosis efecti­
C
H H va de Cdexa.
L­Aspartil­i>fenilalanina metil éster L­Aspartil­Ehfenilalanina metil éster
(aspartame) (dulce) (amargo)
(b )

(O

grupos son los que confieren a las biomoléculas su perso­ encabe complementario específico entre las moléculas que
nalidad biológica y química. interactüan.
■ Lsis células vivas contienen un coi\junto casi universal de
unos centenares de moléculas de bs^a masa molecular; las
1.3 Fundamentos físicos
interconversiones de estas moléculas en las rutas metabóli­
cas centrales se han conservado a lo largo de la evdudón. Las células y organismos vivos deben producir trabajo para
mantenerse vivas y reproducirse. Las reacciones sintéticas celu­
■ Las proteínas y los ácidos nucleicos son polímeros lineales
lares requieren aporte de energía del mismo modo que los pro­
de subunidades monoméricas simples; sus secuencias
cesos sintéticos industriales. También se consume energía en el
contienen la infonnación necesaria para definir su estruc­
movimiento de una bacteria o en el de un esprínter olímpico, en
tura tridimensional y sus funciones biológicas.
el destello de una luciérnaga o en la descarga eléctrica de una
■ La única manera de cambiar la configuración molecular es anguila. Además, el almacei\aúe y la expresión de la información
mecüante la rotura de enlaces covalentes. Si un átomo de car­ tienen un coste energético, sin el cual las estructuras ricas en
bono tiene cuatro sustituyentes diferentes (un carbono qui­ información perderían inevitablemente su orden y, por ende, su
ral), éstos pueden ordenarse de dos modos diferentes, significado.
generando estereoisómeros con propiedades diferentes. Sólo Las células han desarrollado, a lo largo de la evolución, meca­
uno de los estereoisómeros es biológicamente activo. La con­ nismos muy eficientes para el acoplamiento de la eneigía obtenida
formación molecular es la posición de los átomos en el espa­ de la luz solar o de los combustibles con muchos procesos celula­
cio que puede cambiar por rotación alrededor de enlaces res que consumen energía. Uno de los objetivos de la bioquímica
simples, sin que implique la rotura de enlaces covalentes. es la comprei\sión, en términos químicos y cuantitativos, de los
■ De modo prácticamente invariable, las interacciones entre mecanismos de extracción, canalización y consumo de la enei^gía
moléculas biológicas son estereoespecíficas: requieren el en las células vivas. Al igual que con otras conversiones energéti­
20 Fundamentos de bioquímica

cas, podemos considerar las conversiones de la energía celular en La primera ley de la termodinámica describe el principio
el contexto de las leyes de la termodinámica. de conservación de la energía: en cualquier proceso físico o
químico la cantidad de energía total del universo permane­
Los organismos vivos existen en un estado estacionario ce constante, aunque suforma puede variar. Las células son
transductores consimiados de energía, capaces de interconver­
dinámico y no se liailan nunca en equilibrio con su entorno
tir energía química, electromagnética, mecánica y osmótica con
Las moléculas e iones contenidos en im organismo vivo difieren en gran eficiencia (Fig. 1­24).
cuanto a tipo y concentración de los que se encuentran en su en­
torno. Un paramecio en una charca, un pez en el océano, una bac­ El flujo de electrones da energía para los organismos
teria del suelo o im peral en unjardín son ejemplos de organismos
con una composición diferente a la de su entorno y que una vez Prácticamente todos los organismos vivos derivan su energía,
han llegado a su madurez mantienen una composición más o me­ directa o indirectamente, de la energía radiante de la luz solai'.
nos constante a pesar de que su entorno cambie constantemente.
A pesar de que la composición química característica de un » Nutrientes del entorno
organismo varía poco a lo lai^o del tiempo, la población de molé­ Energía potencial (moléculas complejas tales como
azúcares y grasas)
culas de una célula u organismo se encuentra bien lejos de ser es­
►Luz solar
tática. CJontinuamente se sintetizan y se degradan pequeñas
moléculas, nmcromoléculas y complejos supramoleculares me­ (a)
diante reacciones químicas que necesitan del constante fliyo de
masa y energía a través del sistema. Las moléculas de hemoglobi­ Transformaciones químicas
en las células
na que están transportando en este momento oxígeno desde sus
pulmones a su cerebro se sintetizaron el mes pasado; dentro de un
Transducciones Trabajo celular:
mes se habrán degradado y habrán sido reemplazadas completa­ de energía • síntesis química
mente por nuevas moléculas de hemoglobina. La glucosa que ingi­ para realizar • trabajo mecánico
trabajo • gradientes osmótico y eléctrico
rió en la última conüda se encuentra ahora circulando por su
• producción de luz
torrente sanguíneo; antes de que termine el día estas mismas mo­ • transferencia de información
léculas de glucosa se habrán convertido en otra cosa, quizá dióxi­ ^ genética
do de carbono o grasa, y habrán sido reemplazadas por un aporte
(b)
fresco de glucosa, de modo que su concentración de glucosa en
sangre se mantenga más o menos constante a lo largo del día. La Calor
cantidad de hemoglobina y glucosa en sangi e permanece prácti­
camente constante porque la velocidad de síntesis o ingestión de (c)
cada una de ellas compensa con exactitud la velocidad de su de­
Aumento en el desorden
gradación, consumo o conversión en algún otro producto. La (entropía) del entorno
constancia en la concentración es el resultado de un estado esta­
cionario dinámico, un estado estacionario que se encuentra le­ El metabolismo produce com­
puestos más sencillos que las
jos del equilibrio. El n\antenimiento de este estado estacionario moléculas de combustible ini­
requiere del aporte constante de energía; cuando la célula ya no es ciales: CO2, NH 3 , H 2O, HPO4”
capaz de generar energía, muere e inicia su degradación hacia el
(d)
equilibrio con su entorno. A continuación veremos qué es lo que
se conoce exactamente como “estado estacionario” y “equilibrio”. Descenso en el desorden
(entropía) del sistema

Los organismos transforman energía y materia de su entorno Compuestos simples polime*


rizan para dar lugar a macro­
Para las reacciones químicas que tienen lugar en solución, pode­ moléculas ricas en información:
DNA, RNA, proteínas
mos definir un sistema como el conjunto de los reactivos y pro­
ductos presentes, el disolvente que los contiene y la atmósfera (e)
circundante o, dicho de otro modo, todo aquello que está incluido
FIGURA 1­24 Algunas interconversiones de energía en los organismos
en una región definida del espacio. El conjunto del sistema y sus
vivos. Durante las transducciones energéticas metabólicas, el desorden del
entornos configuran el universo. Si el sistema no intercambia ma­ sistema y de su entorno (expresado cuantitativamente conK) entropía) aumen­
teria ni energía con su entorno, se denomina aislado. Si intercam­ ta a ia vez que la energía potencial de las moléculas nutrientes complejas
bia energía pero no materia con su entorno es un sistema disminuye, (a) Los organismos vivos extraen energía de su entorno, (b) con­
cerrado; si intercambia materia y energía, es un sistema abierto. vierten parte de ella en formas útiles para producir trabajo, (c) devuelven par­
Un organismo vivo es un sistema abierto que intercambia te de la energía al entorno en forma de calor y (d) liberan moléculas como
materia y energía con su entorno. Los organismos vivos extraen productos finales menos organizadas que el combustible original, aumentan­
energía de su entorno de dos maneras: ( 1) captan combustibles do la entropía del universo. Como consecuencia de todas estas transformacio­
químicos (como por ejemplo glucosa) del entorno y extraen nes (e) aumenta el orden (disminuye el desorden) en el sistema niediante la
energía de su oxidación (véase el Recuadro 1­3, Caso 2); o (2) formación de macromoléculas complejas. En el Capítulo 13 se presenta un
absorben energía de la radiación solar. tratamiento cuantitativo de la entropía.
1.3 Fundamentos físicos 21

RECUADRO 1 ­ 3 Entropía: las ventajas de estar desorganizado


El término “entropía”, que literalmente significa “cambio en el Los átomos contenidos en una molécula de glucosa más 6 molé­
interior”, fue utilizado por primera vez en 1851 por Rudolf culas de oxígeno, un total de 7 moléculas, ahora se dispersan
Clausius, uno de los autores que formularon la segunda ley de más al azar a causa de la reacción de oxidación y están ahora
la termodinámica. La defirüción cuantitativa rigurosa de la en­ presentes en un total de 12 moléculas ( 6CO2 + 6H2O).
tropía implica consideraciones estadísticas y probabilísticas. Siempre que una reacción química produce un aumento en
No obstante, se puede ilustrar su naturaleza de forma cualita­ el número de moléculas, o cuando una sustancia sólida se con­
tiva con tres ejemplos sencillos, cada uno de los cuales mues­ vierte en productos gaseosos o líquidos, que permiten más li­
tra un aspecto de la entropía. Los rasgos clave que describen bertad para el movinúento molecular que un sólido, hay un
la entropía son azar y desorden, que se manifiestan en for­ incremento en el desorden molecular y, por tanto, de la entropía.
mas diversas.
Caso 3: Información y entropía
Caso 1 : La tetera y la distribución aleatoria del calor El siguiente fragmento de JtUio César, Acto IV, Escena 3, es
Sabemas que el vapor que se genera a partir del agua hirviente declamado por Bruto. Es un ordenamiento no al azar y rico en
puede realizar trabajo útil. Pero supongamos que apagamos el información de 125 letras del alfabeto inglés:
fogón debajo de una tetera llena de agua a 100 ®C (el “sistema”)
There is a tide in the affairs of men,
en la cocina (el “entorno”) y la dejamos enfriar. A medida que se
Which, taken at the flood, leads on to fortune;
enfría, no se produce trabajo, pero el calor pasará de la tetera al
Omitted, aU the voyage of their life
entorno, elevando la temperatura del entorno (la cocina) en
Is bound in sliallows and in miseries.*
una cantidad infinitesimalmente pequeña hasta alcalizar el
equilibrio completo. En este momento todas las partes de la te­ Esta cita, además de reflejar una compleja serie de hechos en la
tera y de la cocina estarán exactamente a la misma temperatu­ obra, tanü)ién se hace eco de las ideas desarrolladas en el drama
ra. La energía libre que en un momento estaba concentrada en sobre el conflicto, la ambición y las exigencias del liderazgo.
la tetera de agua caliente a 100 ®C, potencialmente capaz de Asentada en los conocimientos de Shakespeare sobre la naturale­
realizar trabajo, ha desaparecido. Su equivalente en energía ca­ za humaiui, es muy rica en información.
lórica está aún presente en la tetera + cocina, es decir, el “uni­ No obstante, si se permitiera que las 125 letras que forman
verso”, pero se ha distribuido por completo aleatoriamente en esta cita se distribuyeran totalmente al azar, de modo caótico,
todo el mismo. Esta energía ya no sirve para realizar trabajo como se muestra en el cuadro, no tendrían ningún significado.
porque no hay diferencial de temperatura dentro de la cocina.
Además, el aumento de entropía de la cocina (el entorno) es
irreversible. Sabemos de la experiencia diaria que el calor nun­
ca vuelve atrás espontáneamente desde la cocina a la tetera pa­
ra volver a elevar la temperatura del agua a 100 ®C.
Caso 2: Oxidación de la glucosa
La entropía es un estado no sólo de la energía sino también de la
materia. Los organismos aeróbicos (heterótrofos) extraen ener­
gía libre de la glucosa obtenida de su entorno a través de la oxi­
dación de la glucosa con O2, también obtenido del entorno. Los
productos finales de este metabolismo oxidativo, CO2 y H2O,
son devueltos al entorno. En este proceso el entorno experi­
menta un incremento de entropía, mientras que el propio orga­
nismo permanece en estado estacionario y no experimenta
Puestas así, las 125 letras no contendrían ningurm información,
ningún cambio en su orden interno. Aunque parte de la entropía
pero serían muy ricas en entropía. Tales consideraciones han
surge de la disipación de calor, la entropía también proviene de
llevado a la conclusión de que la información es una forma de
otro tipo de desorden, ilustrado por la ecuación de la oxidación
energía y se la ha denominado “entropía negativa”. De hecho, la
de la glucosa:
rama de las matemáticas denomiioada teoría de la información,
CoHigOo + 602­^6C 02 + 6H2O que es básica para la lógica de programación de los ordenado­
res, está relacionada con la teoría termodinámica. Los orgarüs­
que podemos representar de manera esquemática como
mos vivos son estructuras muy ordenadas, no al azar, que son
7 moléculas 12 moléculas inmensamente ríeos en información y pobres en entropía.
• ^ A CO2 ♦ En los negocios humanos hay una marea que,
O2­ • • (gas)
(gas) . ▲ aprovechada en la pleamar, conduce a la fortuna;
• ^ A ^ pero si no se aprovecha, todo el viaje de la vida
Glucosa • ^HoO
va en medio de bajíos y naufragios.
(sólido) _ ■ ....... .......
S h a k e s p e a r e , Dramas, Editorial Iberia, S.A., Barcelona
22 Fundamentos de bioquímica

La descomposición del agua a cargo de la energía de la luz que refleja el número y el tipo de enlaces; entropía, S\ y la tempe­
se produce durante la fotosíntesis libera electrones para la re­ ratura absoluta, T (en grados Kelvin). La definición de energía
ducción del CO2y la liberación de O2 a la atmósfera: libre es: G ­ H ­ TS. Si una reac­
luz ción química tiene lugar a tempe­
ratura constante, la variación de
6CO2 + 6H2O CeHigOg + 6O2 energía libre, A6?, viene determi­
(reducción del CO2 por acción de la energía de la luz) nada por la variación de entalpia
La células y los organismos no fotosintéticos obtienen energía A//, que refleja el tipo y la cantidad
para sus necesidades mediante la oxidación de los productos de enlaces químicos e interaccio­
ricos en energía de la fotosíntesis, transportando los electro­ nes no covalentes que se rompen y
nes así adquiridos hacia el O2 atmosférico para formar agua, se forman, y la variación de entro­
CO2 y otros productos finales, que son reciclados en el medio pía, AS, que describe el cambio en
ambiente: el grado de desorden del sistema:
j. Willard Gibbs,
C6H12O6 + 6O2 ­­­­ ^ 6CO2 + 6H2O + energía 1839­1903 AG = A if ­ TAS
(reacción de oxidación de la glucosa que produce energía)

De este modo, los autótrofos y los heterótrofos participan en donde, por definición. A// es negativa para una reacción que
los ciclos globales del O2 y del CO2 gobernados en última ins­ libera calor y AS es positiva para una reacción que incrementa
el desorden del sistema. ■
tancia por la luz solar, lo que convierte a estos dos grandes
grupos de organismos en interdependientes. Prácticamente
todas las transducciones energéticas de las células pueden en­ Un proceso tiende a ocurrir espontáneamente sólo si AG
es negativa (si se libera energía libre durante el proceso). Sin
tenderse como un fliyo de electrones desde una molécula a
embargo, la función celular depende principalmente en molé­
otra, en un proceso “cuesta abajo” desde potenciales electro­
culas tales como proteínas y ácidos nucleicos, para las que la
químicos superiores a inferiores; siendo así, esto es formal­
mente análogo al fliyo de electrones en un circuito eléctrico energía libre de formación es positiva: son moléculas menos es­
alimentado por una batería eléctrica. Todas las reacciones que tables y más ordenadas que una mezcla de sus componentes
monoméricos. Para llevar a cabo estas reacciones termodinámi­
implican un flujo de electrones son reacciones de oxida­
ción­reducción: un reactivo se oxida (pierde electrones) y camente desfavorables que requieren energía (reacciones en­
dergónicas), la célula las acopla a otras que desprenden
otro se reduce (gana electrones).
energía libre (reacciones exergónicas), de modo que el proce­
so sea globalmente exergónico: la suma de las variaciones de
Crear y mantener el orden requiere trabajo y energía energía libre es negativa.
Como ya hemos visto, el DNA, el RNA y las proteínas son ma­ La fuente habitual de energía libre en las reacciones bio­
cromoléculas informativas; la secuencia precisa de sus subuni­ lógicas acopladas es la energía liberada por la rotura de enla­
dades monoméricas contiene información de la misma manera ces fosfoanhídrido tales como los que se encuentran en la
que la contienen las letras de esta frase. Además de usar energía adenosina trifosfato (ATP; Fig. 1­25) y la guanosina trifosfa­
química para formar los enlaces covalentes entre estas sub­ to (GTP). En la figura siguiente cada ® representa un grupo
unidades, las células deben invertir energía para ordenar las fosforilo:
subunidades en su secuencia correcta. Es extremadamente im­
probable que los aminoácidos de una mezcla se condensen es­ Aminoácidos proteína AGi es positiva (endergónica)
pontáneamente para formar un solo tipo de proteína de ATP­>AMP 4^ (g M g ) AG2 es negativa (exergónica)
secuencia única. Ello implicaría un aumento del orden en una [oATP­^AD P ­f­® ]
población de moléculas, lo que contrastaría con la segunda ley
Cuando estas reacciones están acopladas, la suma de AGi y AG2
de la termodinámica según la cual la tendencia de cualquier
es negativa (el proceso global es exergónico). Mediante esta es­
proceso natural es la de incrementar el desorden del universo:
trategia, la célula puede sintetizar y mantener los polímeros ri­
la entropía total del universo está en crecírmento constante.
cos en información esenciales para la vida.
Para dar lugar a la síntesis de macromoléculas a partir de sus
subunidades monoméricas debe suministrarse energía libre al
sistema Oa célula en este caso). El acoplamiento energético conecta
CONVENCIÓN CLAVE: El desorden de los componentes de un sis­
las reacciones biológicas
tema químico se expresa como entropía, S (Recuadro 1­3). La cuestión central de la bioenergética (el estudio de las trans­
Cualquier variación en el grado de desorden de un sistema fomwLciones energéticas en los seres vivos) es el modo por el
equivale a una variación de entropía, A5, que, convencional­ cual la energía obtenida de la luz o del metabolismo de los com­
mente, adopta valores positivos cuando aumenta el desorden. bustibles se acopla a las reacciones celulares que requieren
J. ^^^lllard Gibbs, que desarrolló la teoría de las variaciones energía. Para comprender el acoplamiento de la energía es ins­
energéticas durante las reacciones químicas, demostró que el tructivo considerar un ejemplo mecánico simple tal como el
contenido en energía libre, G, de cualquier sistema cerrado mostrado en la Figura l­26a. Un objeto situado en la parte su­
puede definirse en base a tres magnitudes: entalpia, fí, que perior de un plano inclinado posee una cierta cantidad de ener­
1.3 Fundamentos físicos |^23

NH a FIGURA 1­25 El trífosfoto de adenosina (ATP) proporciona


energía. Aquí, cada® representa ün grupo fosforilo. La eli­
p- o- minación del grupo fosforilo terminal del ATP (sombreado
HC II I
V. ^C H en rosa) mediante rotura de un enlace fosfoanhídrido, que
i_ 0 ­ P _ 0 ­ C H 2 q N­ "N genera adenosina difosfato (ADP) y el ión fosfato inorgánico
l\H H yi (H PO il, es altamente exergónica y se acopla a muchas
H\ [ i/ h reacciones endergónicas en la célula (como en el ejemplo
de la Figura l-26b). El ATP también proporciona energía pa­
OH OH
ra muchos procesos celulares mediante ia rotura que libera
^ ) ­ ( p ) ­ { p ) —Adenosina (Adenosina trifosfato, ATP)
dos grupos fosfato terminales en forma de pirofosfato inorgá­
nico (H2 P2 0 ^), a menudo abreviado como PP».

“ Ó­Pf­OH + (p )­­(p )—Adenosina (Adenosina ¿¿fosfato, ADP)

Fbsfato inorgánico (P¡)

^ ^ ^ ­ 7 O—P—OH + (p)~Adenosina (Adenosina monofosfato, AMP)

Pirofosfato inorgánico (PPj)

gía potencial como resultado de su elevación. Tiende a deslizar­ que el producto se convierte en reactivo. Así no hay un cam­
se por el plano, perdiendo progresivamente su energía potencial bio neto en la concentración de reactivos y productos. La va­
al acercarse al suelo. Si al objeto deslizante se le acopla, median­ riación de energía que se produce cuando el sistema
te un mecanismo de cuerda y polea, un objeto mas pequeño, el evoluciona desde su estado inicial al de equilibrio, sin varia­
movimiento espontáneo hacia abajo del más grande puede ha­ ciones en la presión y la temperatura, viene dada por la varia­
cer elevar al más pequeño, realizándose una cierta cantidad de ción de energía libre, AG. La magnitud de AG depende de la
trabajo. La cantidad de energía transformable en trabajo es va­ reacción química en particular y délo lejos (fue el sistema se
riación de energía libre, AG; este valor será siempre ligera­ encuentre inicicUmerUe del equüibrio. Cada imo de los
mente inferior a la cantidad teórica de energía liberada, habida compuestos implicados en una reacción química contiene una
cuenta de que ima parte de la energía se disipa en forma de ca­
lor de fricción. Cuanto mayor sea la elevación del objeto más
grande, mayor será el cambio energético al deslizarse hacia aba­ (a) Eljemplo mecánico
jo (AG) y mayor será la cantidad de trabajo que pueda realizar.
El objeto más grande puede elevar al más pequeño sólo porque,
en el inicio, el objeto mayor se hallaba lejos de su posición de
equüibrio: en algún momento anterior había sido elevado por
encima del suelo mediante un proceso que también consumió
eneigía.
¿Cuál es ei equivalente de este proceso en reacciones
químicas? En sistemas cerrados, las reacciones químicas se
producen espontáneamente hasta que se alcanza el equili­
brio. Cuando el sistema está en equilibrio, la velocidad de
formación de producto es exactamente igual a la velocidad en

(b) Ejemplo químico

FIGURA 1­26 Acoplamiento energético en procesos químicos y mecánicos,


(a) El movimiento descendente de un objeto libera energía potencial capaz de
producir trabajo. La energía potencial liberada por el nnovimiento descendente
espontáneo, un proceso exergónico (rosa), puede acoplarse al movimiento en-
dergónico ascendente de otro objeto (azul), (b) En la reacción 1 la formación de
glucosa 6 -fosfato a partir de glucosa y fosfato inorgánico (P{), da lugar a un pro­
ducto con una energía superior a la de los dos reactivos. La AC es positiva para
esta reacción endergónica. En la reacción 2, la rotura exergónica de la adenosi­
na trifosfato (ATP) tiene una variación de energía libre grande y negativa (AC2).
La tercera reacción representa la suma de las reacciones 1 y 2, y la variación en
su energía libre AC3 es la suma arltnnética de AC^ y AC2 . Puesto que el valor de
AC3 es negativo, la reacción global es exergónica y se da espontáneanríente.
24 Fundamentos de bioquímica

cierta cantidad de energía potencial, que guarda relación con /íeqy AG ° miden la tendencia de una reacción
el número y el tipo de enlaces.
a transcurrir espontáneamente
En las reacciones que ocurren espontáneamente, los pro­
ductos tienen menos energía libre que los reactivos, de mane­ La tendencia de una reacción química a llegar a su final puede
ra que la reacción libera una cantidad de energía libre que expresarse en forma de una constante de equilibrio. Para la
está disponible para realizar trabajo. Estas reacciones se de­ reacción en la que a moles de A reaccionan con b moles de B pa­
nominan exergónicas y la disminución de energía libre de re­ ra dar c moles de C y ci moles de D,
activos a productos se expresa con un valor negativo. Las
reacciones endergónicas, en cambio, requieren un aporte de aA + b B ­­­­ > cC + dD
energía, y sus valores de AG son positivos. Al igual que en los
procesos mecánicos, solamente una parte de la energía libera­ la constante de equilibrio, üCeq, viene dada por
da en las reacciones químicas exergónicas se puede utilizar [cr^ m u
para producir trabajo. En los sistemas vivos parte de la ener­
gía se disipa en forma de calor o se pierde incrementando la
[A]“ mí,
entropía. donde [Aleq es la concentración de A, [B]eq es la concentración
En los organismos vivos, del mismo modo que ocurre en el de B y así sucesivamente, cuando el sistema ha llegado al
ejemplo mecánico de la figura l­26a, una reacción exergónica equilibrio. Un valor elevado de K^q indica que la reacción tiene
se puede acoplar a una reacción endergónica para hacer posi­ lugar hasta que los reactivos se han convertido casi completa­
bles ciertas reacciones que de otro modo serían desfavorables. mente en productos.
La figura l­26b (un tipo de gráfico denominado diagrama de co­ Gibbs demostró que la AG (el cambio de energía libre real)
ordenada de reacción) ilustra este principio para el caso de la de una reacción química cualquiera es función de la varia­
conversión de glucosa en glucosa 6­fosfato, el primer paso en la ción de energía libre estándar, AG"* (una constante caracte­
ruta de la oxidación de glucosa. El camino más simple para pro­ rística de cada reacción específica) y de un término que expresa
ducir glucosa 6­fosfato sería: la concentración inicial de reactivos y productos:
Reacción 1: Glucosa + P i­­­­►glucosa 6­fosfato
[Clf [Dlf
(endergónica; AGi es positiva) AG = AG** + RTln ( 1­ 1)
(A]f [B1!>
(Aquí, Pj es la abreviatura para el fosfato inorgánico HPO4". No
describiremos ahora en detalle, sino más adelante, la estructura donde [A]i es la concentración inicial de A y así sucesivamente,
de estos compuestos.) Esta reacción no ocurre espontánea­ es la constante de los gases y T es la temperatura absoluta.
mente porque AGi es positiva. Una segunda reacción muy exer­ AG es una medida de la distancia de un sistema a su posi­
gónica puede tener lugar en todas las células: ción de equilibrio. Cuando una reacción ha alcanzado el equili­
brio no persiste ninguna fuerza que la induzca a ir en una
Reacción 2: ATP ­ ->ADP + Pi dirección u otra y no puede realizar trabajo: AG = 0. En esta si­
(exergónica; AG2 es negativa) tuación concreta, [A]i = [AJeq, y así sucesivamente para todos los
Estas dos reacciones comparten im intermediario común, Pi, reactivos y productos, de modo que:
que se consume en la reacción 1 y se produce en la reacción 2.
[C]f [Dlf tcis, [Dlt,
Las dos reacciones pueden, por tanto, acoplarse en la forma de
una tercera reacción que se puede escribir como la suma de las (A]f [B]|> ° [A]* IBlí,
reacciones 1 y 2, omitiendo el intermediario común, Pi, de los
Sustituyendo AG por O y [C ]f [D ]f/ [A ]f [B]i* por en la
dos lados de la ecuación:
Ecuación 1­1, obtenemos la relación
Reacción 3: Glucosa + A T P­­­­ >glucosa 6­fosfato + ADP
AG^ = - R T l n K ^
Puesto que se übera más energía en la reacción 2 que la consu­
mida en la reacción 1, la variación de energía libre en la reacción de la que deducimos que AG® es tan sólo una manera alternativa
3, AG3, es negativa, lo que hace posible que la síntesis de gluco­ a Ked para expresar la dirección de una reacción. Gracias a que
sa 6­fosfato transcurra a través de la reacción 3. ^eq se puede medir experimentalmente, disponemos de un mo­
Bl acoplamiento de reacciones exergónicas y endergó­ do de determinar AG®, la constante termodinámica característi­
nicas a través de un intermediario compartido es absoluta­ ca de cada reacción.
mente básico para los intercambios energéticos en los AG® y AG se expresan en joules por mol (o calorías por
sistemas vivos. Tal como veremos, las reacciones de hidróli­ mol). Si i^eq » 1, AG® es grande y negativa; si üTeq« 1, AG® es
sis del ATP (como la reacción 2 en la Fig. l­26b) liberan grande y positiva. Es posible deducir con un simple vistazo a
energía que hace posible muchos procesos endergónicos en una tabla de valores de o de AG® cuáles son las reacciones
las células. La hidrólisis del ATP en las células es exergónica que tenderán a producirse y cuáles no.
porque todas las células vivas mantienen la concentra­ Hay que tomar una precaución en cuanto a la interpreta­
ción de ATP muy lejos de su concentración en el equili­ ción de AG®: las constantes termodinámicas tales como ésta
brio. Es precisamente este desequilibrio el que permite que muestran dónde se halla el punto de equilibrio final de la reac­
el ATP sirva como el principal portador de energía química ción, í>ero nada nos dicen acerca de la velocidad con que se al­
en las células. canza. La velocidad de las reacciones viene gobernada por los
1.3 Fundamentos físicos [» ]

parámetros cinéticos, un tema que consideraremos en el Capí­


tulo 6,

Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones químicas


Tocias las macromoléculas biológicas son mucho más inestables
termodinámicamente que sus subunidades monoméricas, aun­
que sean, no obstante, estables cinéticamente: su degradación
no catalizada ocurre tan lentamente (en un margen de años y
no de segundos) que, en la escala de tiempo aplicable a los orga­
nismos, estas moléculas son estables. Si prácticamente todas las
reacciones químicas celulares tienen lugar a una velocidad sig­
nificativa es gracias a la presencia de enzimas: biocatalizadores
que, al igual que el resto de catalizadores, provocan un gran in­ FIGURA 1-27 dambios energéticos durante una reacción química. En el pro­
cremento en la velocidad de reacciones químicas específicas sin ceso de conversión de los reactivos (A) en productos (B) debe salvarse una
consumirse en el proceso. barrera de activación que representa el estado de transición (véase el Capítulo 6 ),
La trayectoria desde reactivo(s) a producto(s) transcurre a pesar de que los productos sean tnás estables que los reactivos, tal como indi­
de manera prácticamente invariable a través de una barrera ca la gran variación negativa de energía libre (AC^. 1.a energía necesaria para su­
energética, denominada barrera de activación (Fig. 1­27), que perar la barrera de activación es ia energía de activación (AC^). Los enzimas
debe ser superada para que tenga lugar la reacción. La rotura y catalizan ias reacciones disminuyendo la barera de activación. Se unen fuerte­
formación de enlaces implica generalmente y de manera previa mente a los intermedios del estado de transición, y ia energía de enlace de esta
la distorsión de los enlaces existentes, lo que genera un estado interacción hace que la energía de activación se reduzca de OKxk) efectivo des­
de transición de mayor energía libre que reactivos o productos. de AC*nocat (curva azul) hasta AC*cai (curva roja). (Obsérvese que ia energía de
El punto más alto en un diagrama de coordermdas de reacción activación no está relacionada con la variación de la energía libre de ia reac­
representa el estado de transición y la diferencia de energía en­ ción, AC.)
tre un reactivo en su estado fundamental y en su estado de tran­
sición se denomina energía de activación, AC?. Los enzimas Los miles de reacciones quínücas catalizadas por enzimas
catalizan reacciones proporcionando un entomo más conforta­ en el interior de las células se encuentran funcionalmente orga­
ble para el estado de transición: una superficie complementaria nizadas en muchas secuencias diferentes de reacciones conse­
en su estereoquímica, polaridad o carga. La unión de un enzima cutivas denominadas mtas, en las que el producto de una
al estado de transición es exergónica, y la energía liberada por reacción pasa a ser el reactivo de la siguiente. Algunas de estas
esa unión reduce la energía de activación de la reacción, incre­ rutas degradan nutrientes orgánicos transformándolos en pro­
mentando de modo muy importante su velocidad. ductos finales simples, con el fin de extraer de ellos energía quí­
Una contribución adicional a la catálisis ocurre cuando dos mica y convertirla en una forma útil para la célula; en conjunto,
o más reactivos se unen a la superficie del enzima en lugares estas reacciones degradativas productoras de energía libre reci­
cercanos y en una orientación estereoespecífica que favorece la ben el nombre de catabolismo. La energía liberada por las
reacción. Gracias a esta disposición se incrementa en varios ór­ reacciones catabólicas es usada en la síntesis del ATP. Como re­
denes de magnitud la probabilidad de que se produzcan colisio­ sultado de ello, la concentración celular de ATP se halla lejos de
nes productivas entre los reactivos. Como resultado de estos y su concentración en el equilibrio, de modo que la AG de la hi­
otros factores que se discuten en el Capítulo 6, las reacciones drólisis del ATP es grande y negativa. De modo sinülar, el me­
catalizadas por enzimas tienen lugar generalmente a velocida­ tabolismo tiene como resultado la producción de los trans­
des superiores a 10^^veces las de las reacciones no catalizadas. portadores de electrones reducidos NADH y NADPH, que pue­
(Esto equivale a ¡un millón de millones de veces más rápi­ den dormr electrones en procesos que generan ATP o alimentar
das!) pasos reductores en vías biosintéticas.
Salvo algunas excepciones, los catalizadores celulares son Otras rutas parten de pequeñas moléculas precursoras
proteínas. (Como se discutirá en los Capítulos 26 y 27, las molé­ convirtiéndolas en moléculas progresivamente mayores y más
culas de RNA desempeñan en ocasiones papeles catalíticos.) complejas, entre las que se incluyen las proteínas y los ácidos
También de modo casi universal, cada enzima cataliza una reac­ nucleicos. Estas rutas sintéticas requieren invariablemente un
ción específica, y cada reacción en la célula está catalizada por aporte de energía, y en cor\junto se denominan anabolismo.
un enzima diferente. Es por tanto evidente que en cada célula La compleja red de reacciones catalizadas por enzimas consti­
son necesarios miles de enzimas diferentes. La multiplicidad de tuye ei metabolismo celular. El ATP— y los nucleósidos tri­
los enzimas, su especificidad (la capacidad de discriminar entre fosfatos energéticamente equivalentes citidina trifosfato
diferentes reactivos) y su susceptibilidad a la regulación confie­ (CTP), uridina trifosfato (UTP) y guanosina trifosfato (GTP)—
ren a las células la capacidad de disminuir selectivamente las es el principal nexo de unión entre los componentes anabólicos
barreras de activación. Esta selectividad resulta crucial para la y catabólicos de esta red (Fig. 1­28). Las rutas de reacciones
regulación efectiva de los procesos celulares. Haciendo que las catalizadas enzimáticamente que actúan sobre los principales
reacciones específicas procedan a velocidades significativas, los constituyentes de las células —^proteínas, grasas, azúcares y
enzimas determinan de qué modo se canalizan la materia y la ácidos nucleicos— son virtualmente idénticas en todos los or­
energía en las actividades celulares. ganismos vivos.
26 Fundamentos de bioquímica

la precursora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesi­


Nutrientes
almacenados trabajo celular dades reales de la célula.
S,>.. ­T
, ,
.¿afc Considérese la ruta áeE. coli que conduce a la síntesis del
Comida Biomoléculas aminoácido isoleucina, uno de los constituyentes de las proteí­
ingerida complejas
nas. La ruta consta de cinco reacciones, catalizadas cada una
Fotones por un enzima diferente (las letras A a F representan los inter­
solares mediarios de la ruta):

(8>
enzima 1
E
Treonina Isoleucina

Si una célula empieza a producir más isoleucina de la necesa­


ria para la síntesis proteica, la isoleucina no utilizada se acu­
mula y este incremento en la concentración inhibe la actividad
catalítica del primer enzima de la ruta, con lo que se frena in­
mediatamente la producción de isoleucina. Esta inlübición
por retroalimentación mantiene el equilibrio entre produc­
ción y utilización de cada intermediario metabólico. (A lo largo
del libro usaremos el símbolo ® para indicar inhibición de una
reacción enzimática)
A pesar de que sea útil para la organización y la compren­
sión del metabolismo, el concepto de ruta discreta constituye
una simplificación. En la célula existen miles de intermedia­
rios metabólicos, muchos de los cuales forman parte de más
de una ruta. El metabolismo se representa mejor como una
red de rutas interconectadas e interdependientes donde la va­
riación en la concentración de cualquier metabolito da inicio a
un efecto en cadena que influye en el flujo de materiales a tra­
FIGURA 1-28 Papel central del ATP y el NAD(P)H en el metabolismo. El ATP vés de otras rutas. La comprensión de estas complejas interac­
es el intemiediaric químico común que conecta los procesos que liberan ener­ ciones entre intermediarios y rutas en términos cuantitativos
gía con aquellos que requieren aporte de energía. Su papel en la célula es es una tarea enorme que puede parecer desalentadora, pero el
análogo al del dinero en las relaciones comerciales: se "gana/produce" en reac­ impulso actual en la biología de sistemas, que se discute en
ciones exergónicas y se '^gasta/consume'' en las endergónicas. El NAD(P)H (di­ el Capítulo 15, ha empezado a ofrecer nuevos puntos de vista
nucleótido de nicotinamida y adenina (fosfato)) es un cofactor transportador de sobre la regulación global del metabolismo.
electrones que capta electrones en reacciones oxidativas y a continuación los Las células también regulan la síntesis de sus propios cata­
dona en una gran variedad de reacciones biosintéticas de reducdón. Presentes lizadores, los enzimas, en respuesta a la variación en las necesi­
en concentraciones relativamente pequeñas, estos cofactores esenciales para dades de un producto metabólico; este tema es tratado en el
las reacciones anabólicas deben ser constantemente regenerados por reaccio­ Capítulo 28. La expresión de los genes Oa traducción de la in­
nes catabólicas. formación del DNA en proteínas celulares activas en la célula) y
la síntesis de los enzimas son otros niveles de control metabóli­
co. Todos ellos deben ser tenidos en cuenta al describir el con­
El metabolismo está regulado para conseguir trol global del metabolismo.
equilibrio y economía
Las células vivas no son sólo capaces de sintetizar simultánea­ RESUMEN 1.3 Fundamentos físicos
mente miles de clases diferentes de moléculas de glúcidos, gra­
sas, proteínas y ácidos nucleicos y sus subimidades más ■ Las células vivas son sistemas abiertos que intercambian
materia y energía con su entorno, extrayendo y canalizan­
sencillas sino que además son capaces de hacerlo en las propor­
ciones precisas que son necesarias para la célula en cualquier do energía para mantenerse en un estado estacionario di­
námico distante del equilibrio. La energía se obtiene de la
situación. Cuando, por ejemplo, se produce un crecimiento ce­
luz solar o de los combustibles, convirtiendo la energía de
lular rápido, deben sintetizarse grandes cantidades de precur­
un flujo electrónico en energía de los enlaces químicos
sores de proteínas y ácidos nucleicos, mientras que en
del ATP.
condiciones de no crecimiento la necesidad de estos precurso­
res se encuentra muy reducida. Los enzimas clave de cada ruta ■ La tendencia de una reacción química a llegar al equilibrio
metabólica están regulados de manera que cada tipo de molécu­ puede expresarse como la variación en su energía libre,
1.4 Fundamentos genéticos 27

AG, que tiene dos componentes: variación de entalpia,


AH, y variación de entropía, A^'. Estas variables se rela­
cionan entre ellas por la ecuación AG = AH­TAS.
Cuando la AG de una reacción es negativa, la reacción es
exergónica y tiende a llegar a su fin; cuando AG es positi­
va, la reacción es endergónica y tiende a avanzar en la di­
rección opuesta. Cuando dos reacciones se suman para
dar lugar a una tercera reacción, la AG de la reacción glo­
bal es la suma de las AG de ias reacciones individuales.
Las reacciones de conversión de ATP en Pi y ADP o en
AMP y PPj son altamente exergónicas (AG negativa y de
valor elevado). Muchas reacciones celulares endergóni­
cas son posibles gracias al acoplamiento, a través de inter­
mediarios comunes, con estas reacciones altamente
exergónicas. (a) (b)

La variación de energía Ubre estándar de una reacción, FIGURA 1­29 Dos escrituras antiguas, (a) El Prisma de Senaquerib, inscrito
AG®, es una constante física relacionada con la constante aproximadamente en el 700 a. C , describe algutws hechos históricos acaecidos
de equilibrio mediante la ecuación AG° = ­RT In /feq. durante el reinado del rey Senaquerib en caracteres de la lengua asirla. El Prisma
contiene aproximadamente 20.000 caraaeres, pesa 50 kg y ha sobrevivido prác­
La mayor parte de las reacciones celulares tienen lugar
ticamente intacto durante 2.700 años, (b) La molécula única de DNA de la bac­
a velocidades útiles gracias a que existen enzimas que las
teria E. coli, observada durante el proceso de filtrado hacia el exterior de la célula
catalizan. Los enzimas actúan en parte estabilizando el lisada, es centenares de veces más larga que ia célula misma y contiene codifica­
estado de transición, reduciendo la energía de activación, da toda la información necesaria para especificar la estructura y las funciones de
AG^, e incrementando la velocidad de reacción en muchos la célula. El DNA bacteriano contiene aproximadamente 4,6 millones de caracte­
órdenes de magnitud. La actividad catalítica de los enzi­ res (nucleótidos), pesa menos de 10"^®g y sób ha sufrido cambios menores du­
mas en las células está regulada. rante los últimos millones de años. (Los puntos amarillos y tas manchas oscuras de
El metabolismo es la suma de muchas secuencias de la micrografía electrónica coloreada son artefactos de la preparación.)
reacciones interconectadas en las que se interconvierten
metaboütos celulares. Cada secuencia está regulada de lineal lleva codificadas las instrucciones para formar todos los
manera que produzca lo que la célula necesita en cada demás componentes celulares y actúa además de molde para la
momento y consuma sólo la energía necesaria para ello. producción de moléculas idénticas de DNA que serán distribui­
das a la progenie al dividirse la célula. La perpetuación de una
especie biológica exige que su información genética se manten­
1.4 Fundamentos genéticos ga estable, se exprese de manera precisa en forma de prcxiuctos
génicos y se reproduzca con un mínimo de errores. La correc­
Posiblemente, la propiedad más remarcable de las células y or­ ción y efectividad en el almacenaje, la expresión y la reproduc­
ganismos vivos es su capacidad para reproducirse con fidelidad ción del mensaje genético define a las especies individuales, las
casi perfecta a lo largo de incontables generaciones. Esta conti­ distingue de las demás y asegura su continuidad a lo largo de ge­
nuidad de rasgos heredados significa que, a lo largo de millones neraciones sucesivas.
de años, la estructura de las moléculas que contienen la infor­
mación genética ha debido permanecer constante. Muy pocas
La continuidad genética reside en las moléculas de DNA
huellas históricas de la civilización, incluidas las grabadas sobre
cobre o talladas sobre piedra (Fig. 1­29), han logrado sobrevi­ El DNA es un polímero orgánico largo y delgado, una molécula
vir más de un milenio. Pero existen pruebas convincentes de peculiar que está construida en una dimensión a escala atómica
que las instrucciones genéticas de los organismos vivos han per­ (anchura) y en otra dimensión a escala humana Qongitud: una
manecido prácticamente inalteradas durante períodos mucho molécula de DNA puede medir varios centímetros). Un esper­
más largos; muchas bacterias tienen aproximadamente el mis­ matozoide o un óvulo humanos, que transportan la información
mo tamaño, forma y estructura interna, y contienen el mismo ti­ hereditaria acimiulada a lo largo de miles de millones de años de
po de moléculas precursoras y enzimas que las que vivie­ evolución, transmiten esta herencia en forma de moléculas
ron hace aproximadamente cuatro mil millones de años. Es­ de DNA en las que el mensaje genético está codificado en la se­
ta continuidad en estructura y composición es el resultado de la cuencia lineal de las subunidades de nucleótido unidas covalen­
continuidad en la estructura del material genético. temente.
El descubrimiento de la naturaleza química y la estructura Cuando hablamos de las propiedades de una especie quí­
tridimensional del material genético, el ácido desoxirribonu­ mica solemos describir el comportamiento medio de un número
cleico o DNA, se cuenta entre los hitos fundamentales de la muy grande de moléculas idénticas. La predicción del compor­
biología del siglo xx. La secuencia de sus subunidades monomé­ tamiento de una molécula individual en una cantidad de, por
ricas, los nucleótidos (o más exactamente, los desoxirribonu­ ejemplo, un picomol de un compuesto (unas 6 x 10^^ molécu­
cleótidos, tal como se verá más adelante) de este polímero las) resulta difícil, pero es más sencillo predecir el comporta­
28 Fundamentos de bioquímica

miento medio de las moléculas gracias al gran número de ellas producirse la división celular, las dos cadenas de DNA se sepa­
que es posible incluir en este promedio. En este aspecto, el ran y actúan de molde para la síntesis de otra cadena comple­
DNA celular es una excepción. El DNA de una célula de E. coli mentaria nueva, con lo que se generan dos moléculas de doble
es una única molécula que contiene 4,64 millones de pares de hélice idénticas, ima para cada célula hija. Si una cadena resul­
nucleótidos y constituye todo su material genético. Esta molé­ tase dañada, la continuidad de la información queda asegurada
cula única debe replicarse perfectamente en todos sus detalles por la información presente en la cadena complementaria, que
para que E. coli genere una progenie idéntica mediante la divi­ actuará de molde para la reparación de la lesión.
sión celular; en este caso no es, por tanto, posible pensar en un
comportamiento medio, o estadístico. Lo mismo ocurre en to­
das las demás células. Un espermatozoide humano aporta al
óvulo que fecunda una sola molécula de DNA en cada uno de los
23 cromosomas diferentes, que se combinan con una sola molé­
cula de DNA en cada uno de los correspondientes cromosomas
del óvulo. El resultado de esta unión es fácilmente predecible:
un embrión que contiene la totalidad de sus ­25.000 genes, for­
mado por 3 mil millones de pares de nucleótidos, e intacto: juna
asombrosa proeza química!

H EJEMPLO PRÁaiC01-1 Fidelidad de la replicadón


del DNA
Calcule el número de veces que se ha copiado el DNA de una cé­
lula de E. coli desde el momento de la aparición de su precursor
bacteriano más ancestral hace aproximadamente 3.500 millo­
nes de años. Considere que, en promedio, se ha producido
una división celular cada 12 horas (esto constituye una sobre­
estimación para las bacterias modernas y probablemente una
infraestimación para las más antiguas).

Soludón:
(1 generación/12 h)(24 h/día)(365 días/año)(3,5 x 10® años)
= 2,6 X 10^^ generaciones.

Una sola página de este libro contiene unos 5.000 caracte­


res, por lo que el libro completo contiene unos 5 millones de ca­
racteres. El cromosoma de E. coli también contiene unos
5 millones de caracteres (pares de bases). Si hiciera una copia a
mano de este libro y la pasase a un compañero de clase para que
la copiara a mano y esta copia ftiese, a su vez, copiada por un
tercer compañero de clase, y así sucesivamente, ¿en qué grado
se parecería cada copia sucesiva al original? Ahora imagine el li­
bro de texto que resultaría después de copiar a mano este ejem­
Cadena 1 Cadena 2 Cadena 1 Cadena 2
plar íunos cuantos billones de veces! vieja nueva nueva vieja

La estructura del DNAhace posible su reparación FIGURA 1­30 Complementariedad entre las dos cadenas del DNA. Ei DNA es un
y replicación con fidelidad casi perfecta polímero lineal de cuatro desoxirribonucleótidos desoxiadenilato (A), desoxiguanl-
lato (G), desoxicitidilato (C) y desoxitimidilato (Ti, unidos covalentemente. Cada
La capacidad de las células vivas de preservar su material gené­
uno de ios nucleótidos, gracias a su precisa estructura tridimensional, posee la ca­
tico y duplicarlo para su transmisión a la generación siguiente es pacidad de asociarse muy específicamente, pero no de modo covalenle, con otro
el resultado de la complementariedad estructural entre las dos de los nucleótidos en ia cadena complementaria: A se asocia siempre con su com­
mitades de la molécula de DNA (Fig. 1­30). La unidad básica plementario! y G siempre con C. En ia molécula de DNA de doble cadena, la se­
del DNA es un polímero lineal formado por cuatro subunidades cuencia de nucleótidos de una hebra o cadena es complementaria con la
monoméricas diferentes, los desoxirribonucleótidos, orde­ secuencia de la otra. Las dos cadenas del DNA, unidas por muchos puentes de hi­
nados en una secuencia lineal precisa. En esta secuencia lineal drógeno (representadas aquí por líneas verticales azules) entre los pares de nucle­
se encuentra codificada la información genética. Dos de estas ótidos complementarios, se enrollan una sobre la otra para fomiar la doble hélice
caderwis poliméricas se enrollan una sobre la otra para formar la del DNA. En la replicación del DNA, las dos cadenas (en azul) se separan y se sin­
doble hélice de DNA, en la que cada suburüdad monomérica de tetizan dos cadenas nuevas (en rosa), cada una con una secuencia complementa­
una cadena queda específicamente aparejada con un desoxirri­ ria a la de una de las cadenas originales. El resultado es dos moléculas de DNA en
bonucleótido complementario de la cadena opuesta. Antes de doble hélice, cada una de ellas idéntica ai DNA original.
1.5 Fundamentos evolutivos 29

La secuencia lineal del DNAcodifica proteínas piejos poseen sitios de unión específicos y de alta afinidad para
conestructuras tridimensionales las demás y son capaces de formar espontáneamente complejos
funcionales en el medio celular.
La información está codificada en el DNA en su secuencia lineal A pesar de que las secuencias de las proteínas contienen to­
(monodimensional) de subunidades desoximbonucleotídicas, da la información necesaria para alcanzar su estado nativo, tam­
pero la expresión de esta información da como resultado una cé­ bién es necesario un entorno adecuado (de pH, fuerza iónica,
lula tridimensional. La transición entre una y tres dimensiones concentración de iones metálicos, etc.) para que el plegamiento y
ocurre en dos fases. Una secuencia lineal de desoxirribonucleóti­ el autoensamblaje sean correctos. Por tanto, la secuencia del
dos del DNA codiñca (a través de un intermediario, el RNA) la DNA no es capaz por sí sola de dictar la formación de una célula.
producción de una proteína con la secuencia lineal correspon­
diente, en este caso de aminoácidos (Fig. 1­31). La proteína se
pliega adoptando una estructura tridimensional particular, deter­ RESUMEN 1.4 Fundamentos genéticos
minada por su secuencia de anünoácidos y estabilizada principal­ ■ La información genética está codificada en la secuencia li­
mente por interacciones no covalentes. Aunque la forma final de neal de cuatro tipos de desoxirribonucleótidos en el DNA.
la proteína plegada viene dictada por su secuencia de aminoáci­
dos, el proceso de plegamiento recibe la asistencia de proteínas ■ La molécula de DNA en doble hélice contiene un molde in­
que actúan como “chaperonas moleculares” (véase la Fig. 4­29). terno que permite su propia replicación y reparación.
La adopción de una estructura tridimensional precisa, o confor­ ■ La secuencia lineal de aminoácidos de una proteína, codifi­
mación nativa, es crucial para la función de la proteína. cada en el DNA del gen de esa proteína, da lugar a una es­
Una vez que la proteína ha adoptado su conformación nati­ tructura tridimensional proteica que es exclusiva para esa
va, puede asociarse de modo no covalente con otras macromolé­ proteína en un proceso que depende de las condiciones
culas (otras proteínas, o bien con ácidos nucleicos o Iípidos), para ambientales.
formar complejos supramoleculares tales como cromosomas, ri­ ■ Ciertas macromoléculas individuales con afinidad específi­
bosomas y membranas. Las moléculas individuales de estos com­ ca para con otras macromoléculas se autoensamblan for­
mando complejos supramoleculares.
Gen de la hexoquinasa
DNA
transcripción del DNA 1.5 Fundamentos evolutivos
en una secuencia de RNA
complementario Nada tiene sentido en biología si no es a la luz
de la evolución.
RNA mensigero \A /\/V — Theodosius Dobzhansky, The American Biology Teacher,
traducción de la secuenda marzo de 1973
de RNA en secuencia polipeptidic
en el ribosoma
Los grandes progresos que se han producido en bioquímica y
Hexoquinasa en biología molecular durante las décadas transcurridas desde
desplegada que Dobzhansky hizo esta contimdente generalización han con­
firmado su validez. El alto grado de similitud entre las vías meta­
plegamiento de la cadena bólicas y las secuencias génicas de organismos de todos los phyla
polipeptídica para adoptar es un robusto ai:gumento a favor de la hipótesis de que todos
la estructura nativa
de la hexoquinasa los organismos modernos descienden de un progenitor evoluti­
vo común a través de una larga serie de pequeños cambios (mu­
taciones), que conferían, en cada caso, una ventsya selectiva a
ATP + glucosa un organismo dado en un nicho ecológico concreto.
ADP + glucosa
Hexoquinasa
catalíticamente activa
6 >fosfato Los cambios en las instrucciones hereditarias
hacen posible la evolución
A pesar de la fidelidad casi perfecta de la replicación genética,
ciertos errores muy poco fi^uentes que no han sido reparados
durante la replicación del DNA producen variaciones en la se­
FIGURA1­31 Del ONA al RNA a iaproteína ai enzima (hexoquinasa). La se­
cuencia lineal de desoxirribonucleótidos del DNA (el gen) que codifica la pro­ cuencia nucleotídica del DNA, dando lugar a una mutación
teína hexoquinasa se transcribe primero en una molécula de ácido ribonucleico (Fig. 1­32) que cambia las instrucciones para alguno de los
(RNA) con secuencia de ribonucleótidos complementaria. La secuencia de RNA componentes celulares. Una reparación incorrecta de una lesión
(RNA mensajero) se traduce posteriormente en la cadena lineal de la proteína en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto. Las muta­
hexoquinasa, que se pliega para adoptar su confornwción tridimensional nativa, ciones en el DNA que se transmite a los descendientes ­es dedr,
a menudo con la ayuda de las chaperonas moleculares. Una vez adoptada su mutaciones en las células reproductoras­ pueden ser dañinas o
forma nath^a, la hexoquinasa adquiere su capacidad catalítica: cataliza la fosfo­ incluso letales para el nuevo organismo o célula; pueden, por
rilación de la glucosa usando ATP conoo donador del grupo fosforilo. ejemplo, provocar la síntesis de un enzima defectuoso incapaz de
30 Fundamentos de bioquímica

Gen de la hexoquinasa FIGURA1­32 Dupticacíóngénica ymutación: una forma de ge­


DNA nerar actividades enzimáticas nuevas. En este ejemplo^ el gen úni­
Un error infrecuente durante co de ia hexoquinasa de un organismo hipotético podría ser
la replicación del DNA duplica copiado accidentalmente dos veces durante la replicación del
el gen de la hexoquinasa ONA, de modo que el organismo acabara teniendo dos copias del
Gen original Gen duplicado gpn, una de ellas superflua. A lo largo de muchas g^eraciones, y
a causa de la repetida duplicación del DNA con dos genes de he­
xoquinasa, se producen errores que, a pesar de su baja frecuencia,
Un segundo error infrecuente
da lugar a una mutación en el dan lugar a cambios en el gen superfluo y en la proteína que codi­
segundo gen de la hexoquinasa fica. En unos pocos casos raros, la proteína producida por este gen
mutante se altera de forma que puede unirse a un nuevo sustrato,
Mutación
galactosa en nuestro caso hipotético. La célula que contiene el gen
mutante ha adquirido una capacidad nueva (metabolismo de la
galactosa), que le puede permitir sobrevivir en un nicho ecológico
'expresión del gen
expresión del ^duplicado y en el que exista suministro de galactosa pero no de glucosa. Si no
gen original ' mutado se produce duplicación génica previamente a la mutación se pier­
de la función original del gen.

ATP ­I­ glucosa ATP + galactosa

ADP + glucosa ADP + galactosa


6­fosfato 6­fosfato

Hexoquinasa original Hexoquinasa mutante con


(la galactosa no es sustrato) nueva especiñcidad de
sustrato por la galactosa

catalizar una reacción metabólica esencial. Sin embargo, una mu­ convertirían en no viables a las células hija, y demasiado pcxjos,
tación puede dar lugar ocasionalmente a un organismo m ^or que harían imposible la variación genética que permite la supervi­
preparado para sobrevivir en su entomo. El enzima mutante po­ vencia de las células mutantes en nuevos nichos ecológicos.
dría, en este caso, haber adquirido una especificidad ligeramente Varios miles de millones de años de selección adaptativa
diferente que lo convierte en capaz de utilizar cierto compuesto han conducido al refinamiento de los sistemas celulares, hacién­
que la célula era incapaz de metabolizar antes de producirse la dolos capaces de obtener el máximo provecho de las propieda­
mutación. Si una población de células se encontrase en un entor­ des físicas y químicas de los materiales crudos del entomo. Las
no en el que este compuesto fuera el único o el más abundante de variaciones genéticas producidas al azar entre individuos de
los nutrientes disponibles, la célula mutante tendría ventilas se­ una población, combinadas con la selección riatural, han gene­
lectivas sobre las otras células no mutantes (de típo silvestre, rado la evolución de la enorme variedad actual de organismos,
wild type) de la población. La célula mutante y su progenie so­ cada uno de ellos adaptado a su nicho ecológico particular.
brevivirían y prosperarían en el nuevo entomo mientras que las
células del tipo silvestre no dispondrían de nutrientes y perece­
Lasprimeras bíomoiéaiias aparecieronporevoludón química
rían. Esto es lo que Darwin quiso decir con la expresión “supervi­
vencia del más adaptado en condiciones de presión selectiva”, la En nuestros comentarios anteriores hemos pasado por alto el pri­
base del proceso de la selección natural. mer capítulo de la historia de la evolución: la aparición de la prime­
En ocasiones se produce la introducción de una segunda co­ ra célula viva. Aparte de su presencia en los organismos vivos, los
pia de un gen entero en el cromosoma resultado de una replica­ compuestos orgánicos, entre los que se incluyen las biomoléculas
ción defectuosa del mismo. La segunda copia es superfina, con lo básicas tales como los aminoácidos y los glúcidos, se encuentran
que las mutaciones que se produzcan en este segundo gen no se­ presentes úiücamente en muy pequeñas cantidades en la corteza
rán nocivas; ésta constituye otra forma de evolución celular pues­ terrestre, el mar y la atmósfera. ¿Cómo adquirieron los primeros
to que impUca la prcxiucción de un nuevo gen con una nueva organismos vivos sus sillares estmcturales orgánicos característi­
ftmción al tiempo que se retienen el gen y la función originales. cos? Existe una hipótesis que sostiene que estos compuestos se
Desde este punto de vista, las moléculas de DNA de los organis­ crearon como consecuencia de la acción de poderosas fuerzas at­
mos modernos son como documentos históricos llenos de datos mosféricas ­radiación ultravioleta, relámpagos o empciones volcá­
que hablan del largo viaje entre las primeras células y los organis­ nicas­ sobre los gases existentes en la atmósfera prebiótica de la
mos actuales. Sin embargo, los datos históricos contenidos en el Tierra y sobre los compuestos inorgánicos cüsueltos en los respira­
DNA no son completos; a lo largo de la evolución se han borrado deros hidrotérmicos de los foiKlos oceánicos.
muchas de las mutaciones, o se ha escrito sobre ellas. A pesar de Esta hipótesis ftie puestaa pmeba en un experimento clásico
ello, las moléculas de DNA son la mejor fuente de historia biológi­ sobre el origen abiótico (no biológico) de las biomoléculas orgáni­
ca disponible. La frecuencia de errores en la replicación del DNA cas realizado en 1953 por Starúey Miller en el laboratorio de Ha­
es finto del equilibrio entre un número excesivo de errores, que rold Urey. Miller sometió mezclas gaseosas similares a las que se
1.5 Fundamentos evolutivos 31

Electrodos los procesos de replicación y reparación de los ácidos nucleicos.


La mutua dependencia de estas dos clases^de biomoléculas ha­
ce que surja una duda desconcertante: ¿Quién apareció primero,
el DNA o las proteínas?
La respuesta podría bien ser que aparecieron al mismo
tiempo y que el RNA les precedió a los dos. El descubrimiento
de que las moléculas de RNA pueden actuar como catalizadores
de su propio proceso de formación sugiere que el RNA o una
molécula similar pudo haber sido a la vez el primer gen y el pri­
mer catalizador. De acuerdo con este concepto (Fig. 1­34),
una de las primeras etapas de la evolución biológica habría sido
la formación al azar, en la sopa primordial, de una molécula de
RNA capacitada para catalizar la formación de otras moléculas
de RNA con la misma secuencia: urui molécula de RNA autorre­
plicante y autoperpetuante. La concentración de moléculas de
RNA autorreplicantes se incrementaría exponencialmente al
formarse dos moléculas a partir de una, cuatro a partir de dos y
así sucesivamente. Es presumible que la fidelidad de la repro­
ducción fuese mucho menos que perfecta, de modo que el pro­
ceso permitiría la generación de variantes de la molécula de
RNA, algunas de las cuales podrían ser más eficaces en su auto­
rreplicación. En la competencia por la utilización de los nucleó­
tidos, las secuencias autorreplicantes más eficientes saldrían
más beneficiadas, mientras que las menos eficientes desapare­
cerían del medio.
FIGURA 1­33 Producción abiótíca de biomoléculas. Aparato de descargas
eléctricas del tipo utilizado por Miller y Urey en los experimentos en que de­
mostraron la fonnación abiótica de compuestos orgánicos en condiciones at­ Formación de la sopa prebiótica, nucleótidos incluidos,
mosféricas primitivas. Después de someter el contenido gaseoso del sistema a a partir de componentes de la atmósfera primitiva
descargas eléctricas se recogieron los productos por condensación. Entre esos
productos se encontraron biomoléculas tales como los aminoácidos.
Producción de moléculas cortas de RNA
con secuencias al azar
presumía que existían en la Tierra prebiótica y que incluían NH3,
CH4, H2O y H2 a descargas eléctricas producidas entre un par de
electrodos (con el fin de simular las descargas de un relámpago)
1
durante periodos iguales o superiores a una semana y a continua­ Replicación selectiva de segmentos catalíticos
de RNA autorreplicantes
ción analizó el contenido del recipiente de reacción que se había
mantenido cerrado (Fig. 1­33). La fase gaseosa de la mezcla re­
sultante conteiüa CO y CO2además de los gases inicíales. La fase
acuosa contenía una mezcla de compuestos orgánicos entre los Síntesis de péptidos específicos,
catalizada por el RNA
que se incluían algunos aminoácidos, hidroxiácidos, aldehidos y
cianuro de hidrógeno (HCN). Este experimento demostró que la
producción abiótica de biomoléculas era posible en tiempos relati­
vamente cortos y en condiciones relativamente suaves.
Experimentos más refinados han demostrado que muchos
de los componentes químicos de las células vivas, entre los que se
incluyen polipéptidos y moléculas parecidas al RNA, se pueden
formar en estas condiciones. Los polímeros de RNA pueden ac­
tuar como catalizadores en ciertas reacciones biológicas (véanse
los Capítulos 26 y 27), por lo que es posible que el RNA jugara un
papel crucial en la evolución prebiótica gracias a su doble capaci­
dad como catalizador y como depositario de la información.

Los primeros genes y catalizadores podrían haber sido


moléculas de RNA o precursores relacionados
En los organismos modernos, los ácidos nucleicos codifican la
infonnación genética que especifica la estructura de los enzi­
mas, mientras que los enzimas poseen la capacidad de catalizar FIGURA 1­34 Pósible situación en un ^mundo de RNA\
32 Fundamentos de bioquímica

De acuerdo con la hipótesis del “mundo del RNA”, la divi­ combustibles inorgánicos tales como el sulfuro ferroso y el car­
sión de funciones entre el DNA (almacenamiento de la informa­ bonato ferroso, ambos muy abundantes en la Tierra primitiva.
ción genética) y las proteínas (catálisis) se produjo en una Por ejemplo, la reacción
etapa más tardía. Se desarrollaron nuevas variantes de molécu­
las de RNA autorreplicantes que poseían la capacidad adicional FeS + HaS­í^FeSa + Hz
de catalizar la condensación de aminoácidos en forma de pépti»
dos. Ocasionalmente los péptidos así formados habrían sido ca­ proporciona energía suficiente para promover la síntesis de ATP
paces de potenciar la capacidad autorreplicativa del RNA, y el y compuestos similares. Los compuestos orgánicos que estas
conjunto RNA­péptido podría haber sufrido variaciones secuen­ células requerían podrían haber aparecido como consecuencia
ciales que generarían moléculas aun más eficientes. El impor­ de la acción no biológica de las tormentas eléctricas o del calor
tante descubrimiento de que en la maquinaria encargada de la debido a la actividad volcánica o a los respiraderos hidrotérmi­
síntesis de proteínas (ribosomas) son moléculas de RNA, y no cos de los océanos sobre componentes de la atmósfera primiti­
de proteína, las que catalizan la formación del enlace peptídico, va tales como el CO, el CO2, el N2, el NH3*y el CH4 Se ha
está de acuerdo con la hipótesis del mundo del RNA. propuesto una fuente alternativa de compuestos orgánicos: el
Cierto tiempo después de la evolución de este sistema primi­ espacio extraterrestre. En 2006, la núsión espacial Stardust tra­
tivo de síntesis de proteínas se prodigo otro avance: aparecieron jo pequeñas partículas de polvo de la cola de un cometa que
moléculas de DNA con secuencias complementarias a las de RNA contenían diversos compuestos orgánicos.
autorreplicante, que reemplazaron a estas últimas en la función Los primeros organismos unicelulares fueron adquiriendo
de conservar la información “genética”, mientras que las molécu­ gradualmente la capacidad de obtener energía a partir de com­
las de RNA evolucionaron para actuar en la síntesis de proteínas. puestos de su entorno y de utilizar esa energía para sintetizar
(En el Capítulo 8 se explica la razón de que el DNA sea una molé­ una cantidad creciente de sus propias moléculas precursoras
cula más estable que el RNA y, por tanto, un mejor depositario de para ser gradualmente menos dependientes de fuentes exter­
la información hereditaria.) Las proteínas demostraron poder nas. Un acontecimiento evolutivo muy significativo fue el desa­
comportarse como catalizadores versátiles y asumieron con el rrollo de pigmentos capaces de capturar la energía de la luz
tiempo esta función. Los compuestos lipídicos de esta sopa pri­ visible del sol y usar su energía en la reducción o “fijación” del
mordial pudieron formar capas relativamente impermeables ca­ CO2 para producir compuestos orgánicos más complejos. Es
paces de envolver a grupos de moléculas autorreplicantes. La probable que el donador de electrones original para estos pro­
concentración de proteínas y ácidos nucleicos en el interior de cesos fotosintéticos fuera el H2S, que genera azufre elemental
estos compartimientos lipídicos favoreció las interacciones mole­ o sulfato (SOt") como productos secundarios; posteriormente,
culares necesarias para los procesos de autorreplicación. otras células desarrollaron la capacidad enzimática de utilizar
H2O como donador de electrones en las reacciones fotosintéti­
cas, lo que implicaba la eliminación de O2como producto de de­
La evolución biológica empezó hace más de tres mil
secho. Las cianobacterias son los descendientes modernos de
quinientos millones de años estos primitivos productores fotosintéticos de oxígeno.
La Tierra se formó hace aproximadamente 4.600 millones de Dado que la atmósfera de la Tierra prácticamente no contenía
años, y la primera prueba concluyente de la existencia de vida es oxígeno en los primeros estadios de la evolución biológica, las célu­
de más de unos 3.500 millones de años. En 1996, científicos que las primitivas eran anaeróbicas. En estas condiciones, los quimió­
trabajaban en Groenlandia encontraron pruebas químicas de vida trofos podían oxidar compuestos orgánicos a CO2 sin transferir
C‘moléculas fósiles”) de ima antigüedad de unos 3.850 millones electrones al O2sino a aceptores tales como el SOf", dando H2S co­
de años consistentes en formas de carbono incrustadas en roca mo producto. Con la aparición de las bacterias fotosintéticas pro­
que parecían tener im origen claramente biológico. En algún lu­ ductoras de O2, la atmósfera fue enriqueciéndose progresivamente
gar de la Tierra y durante los primeros mil millones de años, apa­ en oxígeno, un poderoso oxidante y un veneno mortal para los or­
reció el primer organismo simple, capaz de replicar su propia ganismos anaeróbicos. Respondiendo a la presión evolutiva de lo
estructura a partir de un molde (¿RNA?) que fue el primer mate­ que Lynn Margulis y Dorion Sagan han llamado el “holocausto del
rial genético. Dado que en los tiempos del amanecer de la vida la oxígeno”, algunos linajes de microorganismos dieron lugar a los
atmósfera terrestre era prácticamente carente de oxígeno, y ade­ aerobios que obtenían su energía mediante el transporte de elec­
más existían pocos microorganismos que pudieran consumir los trones desde moléculas de combustible hacia el oxígeno. Gracias a
compuestos orgánicos formados mediante procesos naturales, que las transferencias de electrones desde moléculas orgánicas al
éstos eran relativamente estables. Sumada esta estabilidad y O2desprenden mucha energía, los organismos aeróbicos disñiata­
eones de tiempo, lo improbable acabó volviéndose inevitable: ron de ventajas energéticas sobre los anaeróbicos cuando ambos
los compuestos orgánicos se incorporaron a células en evolución competían en un ambiente que contenía oxígeno. Esta ventaja dio
para producir catalizadores autorreplicativos cada vez más efec­ como resultado el predominio de los organismos aeróbicos en am­
tivos. El proceso de evolución biológica había empezado. bientes ricos en O2.
Las bacterias y arqueas actuales habitan en la práctica to­
talidad de nichos ecológicos de la biosfera habiendo organismos
La primera célula utilizó probablemente
capaces de usar casi todos los tipos de compuestos orgárücos
combustibles inorgánicos como fuente de carbono y energía. Los microbios fotosintéticos
Las primeras células aparecieron en una atmósfera reductora de aguas dulces y saladas captan la energía solar y la utilizan en
(no había oxígeno) y, probablemente, obtuvieron la energía de la formación de glúcidos y demás compuestos celulares, los
1.5 Fundamentos evolutivos [ 33“

cuales por su parte son utilizados como alimento por otras for­ yor cantidad de DNA, se perfeccionaron ios mecanismos necesa­
mas de vida. El proceso evolutivo continúa, y en el caso de las rios para su plegamiento en complejos discretos con proteínas es­
bacterias de reproducción rápida en una escala de tiempo que pecíficas y para su división equitativa entre células hijas durante
nos permite observarlo en el laboratorio. La producción de “pro­ la división celular. Fueron necesarias proteínas especializadas pa­
tocélulas” en el laboratorio implica la determinación del núme­ ra la estabilización del DNA plegado y para la segregación de los
ro mínimo de genes necesario para la vida a partir de la complejos proteína­DNA resultantes (cromosomas) durante la
observación de los genomas de bacterias sencillas. El genoma división celular. En segundo lugar, al aumentar el tamaño de las
más pequeño conocido de una bacteria viva es el de Mycobacte­ células, se desarrolló un sistema de membranas Íntracelulares
rium genitaíium, que comprende 580.000 pares de bases que que incluye una membrana doble que rodea el DNA. Esta mem­
codifican 483 genes. brana segregó el proceso nuclear de síntesis de RNA a partir de
un molde de DNA del proceso citoplasmático de la síntesis de
proteínas en los ribosomas. Finalmente, las células eucarióticas
La$células eucarióticas evolucionaron a partir de primitivas, incapaces de llevar a cabo la fotosíntesis o de usar me­
precursores más sencillos a través de diversas fases tabolismo aeróbico, conjugaron sus ventajas con las de las bac­
terias aeróbicas o fotosintéticas para formar asociaciones endo­
A partir de hace aproximadamente L500 millones de años, el
simbióticas que se convirtieron en permanentes (Fig. 1­36).
registro fósil empieza a mostrar pruebas de la existencia de or­
Algunas bacterias aeróbicas evolucionaron para dar lugar a las
ganismos mayores y más complejos, probablemente las prime­
mitocondrias de los eucariotas modernos y algimas cianobacte­
ras células eucarióticas (Fig. 1­35). No es posible deducir
rias fotosintéticas se convirtieron en plastos, tales como los cloro­
detalles acerca de los pasos evolutivos entre procariotas y
plastos de las algas verdes, probables ancestros de las modernas
eucariotas únicamente a partir del registro fósil, pero de la
células vegetales.
comparación morfológica y bioquímica de los organismos mo­
En alguna fase posterior de la evolución, los organismos
dernos se deduce la probable existencia de una secuencia de
unicelulares descubrieron las ventajas de la asociación, que les
acontecimientos consistente con los datos aportados por los
permitió adquirir mayor movilidad, eficiencia y éxito reproduc­
fósiles.
tivo que sus competidores unicelulares. El proceso de evolución
A lo largo del proceso deben haberse producido tres cam­
posterior de estos organismos organizados en grupos dio lugar a
bios principales. En primer lugar, al ir adquiriendo las células ma­
asociaciones permanentes entre células individuales y, final­
0 r mente, a la especialización en el seno de la colonia, es decir, a la
diferenciación celular.
Las ventajas de la especialización celular impulsaron la
Diversifícación de los eucariotas pluri­ evolución de organismos cada vez más complejos y altamente
500 celulares (plantas, hongos, animales)
diferenciados, en los que ciertas células llevaban a cabo las fun­
ciones sensoriales, otras las funciones digestivas, fotosintéticas
Aparición de las algas rojas y verdes o reproductivas y así sucesivamente. Muchos de los organismos
1.000
Aparición de los endosimbiontes multicelulares modernos contienen centenares de tipos celula­
(mitocondrias, plastes) res distintos, estando cada uno de ellos especializado en alguna
función necesaria para el organismo en su conjimto. Los meca­
1.500 ­ Aparición de los protistas, los primeros nismos fundamentales que aparecieron inicialmente han segui­
eucariotas
do un proceso de refinamiento y mejora a lo largo de la
evolución. En el movimiento de los cilios de Paramecium y de
2.000 los flagelos de Chlmnydorrbonas subyacen las mismas estructu­
ras y mecanismos empleados en, por ejemplo, las altamente di­
ferenciadas células espermáticas de los vertebrados.
I 2.500 _ Aparición de las bacterias aeróbicas
Desarrollo de una atmósfera rica en O2
La anatomía molecular revela relaciones evolutivas
3.000 Los bioquímicos disponen actualmente de un creciente y enor­
Aparición de las cianobacterias fotosintéticas
memente rico repertorio de datos sobre la anatomía molecular
productoras de O2
de las células con el que analizar las relaciones evolutivas y re­
Aparición de las bacterias fotosintéticas finar la teoría de la evolución. Se ha determinado la secuencia
3.500 del azufre
Aparición de los metanógenos del genoma, la información genética completa de un organis­
mo, de centenares de bacterias, más de 40 arqueas y un núme­
ro creciente de microorganismos eucarióticos tales como
4.000 ^ Fórmadón de océanos y continentes
Saccharomyces cerevisiae y especies de Plasmodium; de
plantas como Arabidopsis thaliana y arroz, y también de ani­
males multicelulares como por ejemplo Caenorhabdüis ele­
4.500 ­ Formación de la Tierra gans (un gusano), Drosophila melanogaster (la mosca del
vinagre), el ratón, la rata y Homo sapiens (Tabla 1­2). La dis­
FICURA1­35 Hitos principales en la evolución de la vida en la Tierra. ponibilidad de estas secuencias y la posibilidad de llevar a
34 Fundamentos de bioquímica

El sistema simbiótico ahora


puede llevar a cabo tm
catabolismo aeróbico.
El metabolismo Al^^os genes bacterianos
anaeróbico es La bacteria queda migran hacia el núcleo y lo6
ineficiente porque los atrapada en un endosimbiontes bacterianos
combustibles no se eucariota ancestral y se se convierten en
oxidan completamente multiplica en su interior mitocondrias

Eucariota anaeróbico
ancestral

Genoma ^ Cloroplasto
danobactcriano

Cianobacteria Eucariota
Bacteria aeróbica fotosintética fotoñntético
La cianobacteria
atrapada se convierte en
El metabolismo La energía de la luz se utiliza un end08imbi<mte y se Ck>nel tiempo, algunos
aeróbico es eficiente para sintetizar biomoléculas multiplica; la nueva célula genes cianobacterianos
porque el combustible a partir de CO2 produce ATP utilizando la migran hacia el núcleo
es oxidado hasta CO2 energía de la luz solar y los endosimbiontes se
convierten en plastos
(cloroplastos)

FIGURA 1­36 Evolución de los eucariotas mediante endosimbiosis. La cé­ condrias. Cuando las cianobacterias fotosintéticas (verde) se convirtieron
lula eucariótica original, un organismo anaerobio, asimiló bacterias púrpura también en endosimbióticas de algunos eucariotas aeróbicos, estas células se
endosimbióticas (de color amarillo) que poseían la capacidad de llevar a ca­ convirtieron en los precursores fotosintéticos de las algas verdes y plantas
bo catabolismo aeróbico y se convirtieron, con el paso del tiempo, en mito- modernas.

cabo comparaciones detalladas y cuantitativas entre especies cuando se encuentra que una secuencia gérüca recién secuen­
permitirá profundizar en el proceso evolutivo. Hasta ahora, la ciada es altamente ortóloga con un gen de otra especie se supo­
filogenia molecular derivada de las secuencias génicas es con­ ne que el gen codiñca una proteína con la misma fimción en las
sistente con la filogenia clásica basada en estructuras macros­ dos especies. De este modo resulta posible deducir la función
cópicas, y en muchos casos es más precisa. La unidad de la de los productos génicos a partir de la secuencia genómica, sin
vida a nivel molecular es evidente a pesar de la continua di­ necesidad de caracterización bioquímica alguna del producto
vergencia de los organismos a rúvel anatómico; las estructuras génico. Un genoma anotado contiene, además de la secuencia
y los mecanismos moleculares son marcadamente similares del DNA, una descripción de la función probable de cada pro­
entre los orgaiüsmos más simples y los más complejos. Es a ni­ ducto génico deducida a partir de las comparaciones con otras
vel de las secuencias dónde estas similitudes se aprecian me­ secuencias genómicas con funciones proteicas establecidas. En
jor, ya sea en las del DNA que codifica las proteínas o en las de ocasiones, la identificación de las rutas (conjuntos de enzimas)
las proteínas mismas. codificadas en un genoma, penrúte deducir directamente las ca­
Cuando dos genes comparten secuencias muy similares fá­ pacidades metabólicas de un organismo.
cilmente detectables (en la secuencia de nucleótidos de su DNA Las diferencias secuenciales entre genes homólogos pue­
o en la secuencia de aminoácidos de las proteínas codificadas), den utilizarse como una primera aproximación para medir el
se dice que sus secuencias son homólogas y que las proteínas grado de divergencia evolutiva que presentan dos especies,
que codifican son liomólogos. Si una misma especie contiene es decir, el tiempo transcurrido desde que su precursor evolu­
dos genes homólogos, estos dos genes y sus productos protei­ tivo común dio lugar a dos líneas con diferente camino evolu­
cos se denominan parálogos. Se piensa que los genes parálo­ tivo. A mayor número de diferencias secuenciales, mayor será
gos han aparecido por duplicación génica seguida de cambios el tiempo transcurrido desde la divergencia. Es posible cons­
graduales en las secuencias de cada una de las dos copias. Ge­ truir una filogenia (o árbol evolutivo) en el cual la distancia
neralmente, las proteínas parálogas son similares no úiücamen­ evolutiva entre dos especies cualesquiera se represente por
te en secuencia sino también en estructiu^ tridimensional, su proximidad en el árbol correspondiente (se muestra un
aunque es habitual que hayan adquirido funciones cüferentes a ejemplo en la Fig. 1­4).
lo largo de su evolución. A lo largo de la evolución van apareciendo nuevas estructu­
Dos genes (o proteínas) homólogos de especies diferentes ras, procesos o mecanismos reguladores que reflejan los cam­
se denominan ortólogos. Es frecuente observar que los ortólo­ bios en los genomas de los organismos en evolución. Ei genoma
gos tienen la misma función en ambos organismos, por lo que de un eucariota simple tal como la levadura debería poseer
1.5 Funddmentos evolutivos 35

TABLA 1­ 2
Tamaño del genoma Numero de
Organismo (pares de nucleótidos) Interés biológico

Mycoplasmagenitalium 5,8 X 10® 4,8 X El organismo más pequeño


Treponemapallidum 1,1 X 10® 1,0 X 10® í^oduce la sífilis
Borrelia burgdorferi 9,1 X 10® 8,5 X 10^ Produce la enfermedad de Lyme
Helicobacterpylori 1,7 X 10* 1,6 X 10® Produce úlceras gástricas
Methanococcusjannaschii 1,7 X 10® 1,7 X 10® Arquea; ¡crece a 85 ®C!
Haemophüus ivfiuenzae 1,8 X 10® 1,6 X 10® Produce la gripe bacteriana
ArchaeoglobiisfulgidiLS 2,2 X 10* 2,4 X 10® Metanógeno a alta temperatura
Synechocystis sp. 3,6 X 10® 3,2 X 10® Cianobacteria
Bacülus subtüis 4,2 X 10® 4,1 X 10® Bacteria común del suelo
Escherichia coli 4,6 X 10® 4,4 X 10® Algunas cepas son patógenas
Saccharomyces cerevisiae 1,2 X 10^ 5,9 X 10® Eucariota uiúcelular
Plasmodiumfolciparum 2,3 X 10'^ 5,3 X 10® Produce la malaria humana
Caenorhabdüis elegans 1,0 X 10» 2.3 X 10“ Gusano multicelular
Anophelesgambiae 2,3 X 10® 1,3 X IO"* Vector de la malaria
Arabidopsis thaliana 1,2 X 10® 3,2 X 10“ Planta modelo
Oryzasativa 3,9 X 10® 3,8 X 10“ Arroz
Drosophila meUxnogaster 1,2 X 10® 2,0 X 10“ Mosca de laboratorio
Mus muscuíus domesticas 2,6 X 10* 2,7 X 10“ Ratón de laboratorio
Pan troglodytes 3,1 X 10® 4,9 X 10“ Chimpancé
Homo sapiens 3,1 X 10® 2,9 X 10“ Ser humano

Fuente: Página en RefSeq de cada organismo en www.ncbi.nim.nih.gov/genomes.

genes relacionados con la fonnación de la membraita nuclear, culas a través de las membranas plasmáticas suponen una
no presentes en los procariotas. El de un insecto contendrá ge­ importante proporción de genes en las tres especies, mayor
nes que codifiquen proteínas involucradas en la especificación en la bacteria y la planta que en el mamífero (el 10% de los
de los segmentos corporales característicos de los insectos, ­4.400 genes de E. coli, ­ 8% de los ­32.000 genes deA. thor
unos genes que no se esperan en el genoma de la levadura. El liana y ­4% de los ­29.000 genes de H. sapiens). Los genes
genoma de todos los vertebrados debe contener genes que es­ que codifican las proteínas y el RNA necesarios para la síntesis
pecifiquen el desarrollo de una columna vertebral, y los mamífe­ proteica representan entre el 3% y el 4% del genoma de E. co­
ros deben poseer en exclusiva aquellos genes necesarios para el li, pero en las células más complejas de A. thaliana son nece­
desarrollo de la placenta, una característica de los mamíferos y sarios más genes para dirigir las proteínas a su localización
así sucesivamente. La comparación de genomas completos de celular final que para la propia síntesis proteica (aproximada­
diferentes especies de cada phylum está permitiendo la identi­ mente el 6% y el 2% del genoma, respectivamente). En gene­
ficación de genes críticos para los cambios evolutivos en el plan ral, cuanto más complejo es el organismo, mayor es la
corporal y el desarrollo. proporción de su genoma que codifica genes implicados en la
regulación de procesos celulares y menor la proporción de
La genómica funcional permite deducir ia correspondencia los dedicados a los procesos básicos, tales como la generación
de ATP y la síntesis de proteínas.
entre genes y procesos celulares específicos
Cuando la tarea de la secuenciación del genoma y de la asigna­ La comparación de genomas tiene una importancia cada
ción de funciones a cada uno de los genes ha concluido, los in­
vez mayor en la biología y medidna humanas
vestigadores en genética molecular pueden agrupar genes de
acuerdo con los procesos en los que intervienen (síntesis del Los genomas del chimpancé y del ser humano son idén­
DNA, síntesis proteica, generación de ATP, etc.) y deducir qué ticos en un 99,9% y, a pesar de ello, las diferencias entre
fracción del genoma está dedicada a cada una de las activida­ las dos especies son muchas. Las relativamente pocas diferen­
des celulares. El conjunto más numeroso de genes de E. coli, cias en dotación genética deben explicar la posesión del lengua­
A. thalianayH. sapiens es el de los genes de función (de mo­ je por parte de los humanos, las extraordinarias cualidades
mento) desconocida y representa más del 40% en cada una de atléticas de los chimpancés y muchísimas diferencias más. La
esas especies. Los transportadores de iones y pequeñas molé­ comparación de los genomas permitirá a los investigadores la
36 Fundamentos de bioquímica

icientificación de genes que pudieran estar relacionados con las


Palabrasclave
divergencias en los programas de desarrollo de los seres huma­
nos y de otros primates y con la aparición de funciones comple­ Todos los términos están definidos en el glosario.
jas tales como el lenguaje. La imagen resultante será tanto más
clara cuanto mayor sea el número de genomas de primates se­ metabolito 3 variación de energía Ubre,
cuenciados y disponibles para su comparación con el genoma núcleo 3 AG 22
humano. genoma 3 reacción endergónica 2 2
De manera parecida, las diferencias en la dotación genética eucariota 3 reacción exergónica 2 2
entre humanos son ínfimas en comparación con las diferen­ procariota 3 equilibrio 23
cias entre humanos y chimpancés pero, a pesar de eUo, estas Bacteria 4 variación de energía libre
diferencias dan cuenta de la variedad entre individuos, como Archaea 4 estándar, 24
por ejemplo, en la salud y en la susceptibilidad a las enfermeda­ citoesqueleto 8 enei^a de activación,
des crónicas. Todavía debemos aprender mucho acerca de la va­ estereoisómeros 15 AG*2 b
riabilidad secuencial entre humanos y la información genómica configuración 15 catabolismo 25
disponible transformará los conceptos en el diagnóstico y trata­ centro quiral 16 anabolismo 25
miento médicos. Podemos esperar que los tratamientos paliati­ conformación 18 metabolismo 25
vos den paso a remedios curativos en los casos de algunas entropía, S 22 biología de sistemas 26
enfermedades genéticas y que se propongan medidas preventi­ entalpia, H 22 mutación 29
vas cada vez más efectivas relacionadas con la susceptibilidad a
enfermedades asociada con ciertos marcadores genéticos con­
cretos. La “historia clínica” de hoy podría ser pronto reemplaza­ Bibliografía
da por un “pronóstico clínico”. ■
General
Fríedman, H.C. (2004) From **BulyriJbacteHum” to co/t”: an
essay on unity in biochemistry. Perspect. Biol Med. 47,47­66.
RESUMEN 1.5 Fundamentos evolutivos Fruten, J.S. (1999) Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay
oJChemistry and Biochemistry, Yale University Press, New Haven.
■ Ciertas mutaciones en la herencia genética dan lugar a Un distinguido historiador de la bioquímica describe el desarrollo
organismos mejor adaptados a la supervivencia en un ni­ de esta ciencia y discute acerca de su impacto en la medicina, la far­
cho ecológico determinado y a la selección preferente de macia y la agricultura.
su progenie. Este proceso de mutación y de selección Harold, F.M. (2001) The Way of the CelL Molecules, Org(misms,
constituye la base de la evolución darwiniana que ha dado and the Order ofLífe, Oxford University Press, Oxford.
como resultado los organismos existentes en la actualidad Jndson, H.F. (1996) The Eighth Day of Creation: The Makers qf
a partir de la primera célula y explica la similitud funda­ the RevohUion in Biology, edición ampliada, Coid Spring Harbor
Laboratory Press, Coid Spring Harbor, NY
mental entre todos los organismos vivos.
Un relato autorizado y muy interesante sobre la aparición de la
■ La vida apareció hace aproximadamente 3.500 millones de bioquímica y la biología molecular en el siglo xx.
años, probablemente gracias a la formación de comparti­ Komberg, A. (1987) The two cultures: chemistry and biology.
mientos rodeados de membrana que contenían moléculas Biochemistry 26,6888­6891.
La importancia de aplicar técrücas químicas a problemas biológi­
de RNA capaces de autorreplicarse. Los componentes de
cos descrita por un eminente investigador.
la primera célula surgieron probablemente como producto
Monod, J. (1971) Chance and Necessity, Alfred A. Knopf, Inc., New
de la acción de chimeneas térmicas en los fondos marinos
York. (Edición en rústica Vintage Books, 1972.JEdición original en
o por acción de las descargas eléctricas y las elevadas tem­ francés (1970) Le hasarú et la nécessité, Editions du Seuil, Paris.
peraturas sobre moléculas atmosféricas sencillas tales Una exploración de las implicaciones filosóficas del conocimiento
como CO2y NH3. biológico.
Morowitz, HJí. (2002) The Emergence of Everything (How the
■ Las proteínas y el DNA, respectivamente, fueron reempla­
World Became Complex), Oxford University Press, Oxford.
zando a lo largo del tiempo las funciones catalítica y gené­ Una discusión corta y bellamente escrita sobre la aparición de
tica del genoma de RNA primigenio. organismos complejos a partir de principios simples.
■ Las células eucarióticas adquirieron la capacidad de lle­ Face, N.R. (2001) The universal nature of biochemistry. Proc. NatL
var a cabo la fotosíntesis y la fosforilación oxidativa de Acad. Sci. USA 98,805­808.
Una breve discusión sobre la definición mínima de vida.
bacterias endosimbióticas. En los organismos multicelu­
lares, líneas celulares diferenciadas se especializan en Fundamentos celulares
una o más fimciones esenciales para la supervivencia Becker, W.M., Kleinsmith, L.J., & Hardin, J. (2005) The World qf
del organismo. the Ceü, 6th edn, The Beryamin/Cummings Publishing Company, Red­
wood City, CA.
■ El conocimiento de las secuencias nucleotídicas genó­
Un excelente libro de texto introductorio a la biología celular.
micas completas de organismos de diferentes ramas
Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, CA., Krieger, M.,
del árbol filogenético proporciona datos sobre la evo­ Scott, M.R., Ziporsky, S.L., & Damell, J. (2004) Molecular Ceü
lución y ofrece enormes oportunidades a la medicina Biology, 5th edn, W. H. Freeman and Company, New York.
humana. Un texto soberbio, útil para éste y posteriores capítulos.
Problemas 37

Purves, W.K., Sadava, D., HeUer, H.C., & Oríans, G.H. (2003) Li­ Una colección de casi 100 artículos sobre todos los aspectos de la
fe: The Science ofBiology, 7th edn, W. H. Freeman and Company, evolución prebiótica y de la evolución biológica primaria; probable­
New York. mente la m^or referencia sobre evolución molecular.
Gesteland, R.F., Atkins, JJ*., & Cech, T.R. (eds). (2006) The
Fundamentos químicos
RNA Wortd, CoWSpring Harbor Laboratory Press, Cdd Spring
Barta, N.S. & Stille, J.R. (1994) Grasping tíie concepts of stereo­ Harbor, NY.
chemistiy. J. Chem Educ. 71,20­23. Una colección de interesantes revisiones sobre un amplio número
Una clara descripción del sistema RS de nomenclatura de los este­ de temas relacionados con el mundo de RNA.
reoisómeros, con consejos prácticos para determinar y recordar la qui­ Lazcano, A. & Miller, S.L. (1996) The origin and eariy evolution
ralidad de los isómeros. of life: prebiotic chemistry, the pre­RNA worid, and time. CeU 85,
Vollhardt, K.P.C. & Shore, N.E. (2007) Quirmca orgánica: Estruc­ 793­798.
tura yfundón^ 5* ed.. Ediciones Omega, S.A., Barcelona. Breve revisión de los progresos recientes en los estudios sobre el
Discusiones actualizadas sobre estereoquímica, grupos funciona­ origen de la vida: atmósferas primitivas, surgendas submarinas, origen
les, reactividad y la química de las principales clases de biomoléculas. autotrófico frente a origen heterotrófico, los mundos de RNA y pre­
RNA y el tiempo requerido para que se originase la vida.
Fundamentos físicos Margulis, L. (1996) Archaeal­eubacterial mergers in the origin of
Atltíns, P.W. & Jones, L. (2005) Chemical Principies: The Quest Eukarya: phylogenetic classification of life. Proc. NaJtL Acad Sci.
forinsight, 3rd edn, W. H. Freeman and Company, New York. USA 93,1071­1076.
Atkins, P.W. & de Paula, J. (2006) Physical Chemistryfor the Life Describe los argumentos que justifican la división de los seres
Sderices, W. H. Freeman and Company, New York. vivos en cinco reinos: Monera, Protoctista, Fungi, Animalia, Plantae.
(Compárese con el artículo de Woese et al., atado más adelante.)
Blum, H.F. (1968) T^me'sArrau) and Evotulion, 3rd edn, Princeton
University Press, Princeton. Margulis, L., Gould, S.J., Schwartz, K.V., & Margulis, A.R.
Excelente discusión sobre la influencia de la segunda ley de la ter­ (1998) Five Kingdoms: An lUustrcUed Gmde to the Phyla qfLife
modinámica en la evolución biológica. on Earth, 3rd edn, W. H. Freeman and Company, New York.
Descripción de los principales grupos de organismos, bellamente
Fundamentos genéticos ilustrada con micrografías electrónicas y dibujos.
Mayr, E. (1997) This Is Biology: The Science of the Living World,
Grilñths, A.J.F., Wessler, S.R., Lewinton, R.C., Gelbart, W.M.,
Belknap Press, Cambridge, MA.
Sozuld, D.T., & Miller, JJH. (2004) An Introduction to Genetic
Una historia del desarrollo de la denda, con énfasis especial en la
Analysis, W. H. Freeman and Company, New York. evolución darwiniana y a cargo de un eminente darwirústa.
HartweU, L., Hood, L., Goldberg, M.L., Silver, L.M., Veres, R.C.,
Miller, SX. (1987) Which organic compounds could have occurred on
& Reynolds, A. (2003) Genetics: From Genes to Genomes, McGraw­ the prebiotk: earth? Coid Spring Harb. Symp. QumiL Biol 52,17­27.
HiU, New York.
Resumen de los experimentos de laboratorio sobre evoludón quí­
International Human Genome Sequencing Consortium (2001) mica, a cargo de la persona que Uevó a cabo el experimento original de
Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409, MiUer­Urey
860­921. Woese, C.R. (2002) On the evolution of cells, Proc. Nati Acad Sci
Jacob, F. (1973) The Logic of Life: A History ofHeredüy, Pantheon USA 99,8742­8747.
Books, Inc., New York. IVaducción del original (1970) La logique du Una revisión corta y precisa.
mvant: une historie de Vhérédité, Editions Gallimard, París. Woese, C.R. (2004) A new biology for a new century. MicrobioL MoL
Fascinante descripción histórica y filosófica del camino gracias al
Biol Rev. 68.173­186.
cual hemos llegado al actual grado de comprensión de la vida a rüvel Desarrollo del pensamiento moderno acerca de la evolución celu­
molecular. lar por uno de los pensadores centrales en el campo.
Klug, W.S. & Cummings, M.R. (2002) Concepts of Genetics, 7th Woese, C.R., Kandler, O., & Wheelis, MX. (1990) Towards a
edn, Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ. natural system of organisms: proposal for the domains Archaea,
Pierce, B. (2005) Genetics: A Conceptual Approach, 2nd edn, Bacteria, and Eucarya. Proc. Nati Acad. Sci USA 87,4576­4579.
W. H. Freeman and Company, New York. Describe los argumentos que justifican la división de los seres
vivos en tres reinos. (Compárese con el artículo de Margulis (1996)
Fundamentos evolutivos citado antes.)
Brow, J.R, & DooUttle, W.F. (1997) Archaea and the prokaryote­to­
eukaryote transition. Microbiol. Mol. Biol Rev. 61,456­502.
Una completa discusión sobre los argumentos que permiten situar Problemas­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­­
los Arquea en el árbol filogenético que conduce a los organismos multi­ A continuación se proponen algunos problemas relacionados
celulares. con el contenido del capítulo. (Al resolver los problemas del fi­
Carrol!, S.B. (2005) Endless Forms Most BeautifuL The New nal de los capítulos puede ser conveniente referirse a las tablas
Science ofEvo Devo aivA the Making of theAnimal Kingdom, que se encuentran en la contracubierta posterior.) Cada proble­
W.W. Norton & Company, Inc., New York. ma redbe un título para facilitar su referencia y discusión. Re­
CarroU, S3. (2006) The Making qfthe Fittesl: DNA and the Ultímate cuerde que en los problemas numéricos las respuestas deben
Forensic Record ofEhx)lutio7 i, W.W. Norton & Company, Inc., NewYork. expresarse con el número adecuado de cifras significativas. En
el Apéndice B se encuentran las soludones abreviadas; las solu­
de Duve, 0. (1995) The beginnings of life on earth. Am. Sci 83,
428­437. ciones completas se publican en la AbsoíiUe UUimate Study
Explicación de la sucesión de pasos químicos que condiyo a los Guide to Accompany Principies of Biochemistry.
primeros organismas vivos. 1. El tamaño de las células y sus componentes
de Duve, 0. (1996) The birth of complex ceDs. Sci Am 274 (April), (a) Si se pudiera hacer crecer una célula 10.000 veces (que
50­57. es el típico aumento que se consigue con un nücroscopio), ¿qué
Evolution of Catalytic Function. (1987) Coid Spring Harb. Symp. tamaño tendría? Se supone que se observa una “típica” célula
QuanL BioL 52. eucariótica con un diámetro celular de 50 fim.
3« Fundamentos de bioquímica

(b) Si esta célula fuera una célula muscular (miocito), relación superficie­volumen de una ameba globular, una célula
¿cuántas moléculas de actina podría albergar? (Suponga que la eucariótica de gran tamaño (150 /xm de diámetro). El área de
célula muscular es esférica y que no hay otros componentes una esfera es 47rr^.
presentes; las moléculas de actina son esféricas con un diáme­
5. IVansporte axonal rápido Las neuronas poseen extensio­
tro de 3,6 nm. El volumen de una esfera es de 4/37tt^.)
nes largas y finas denominadas axones, que son estructuras es­
(c) Si la célula fuera una célula hepática (hepatocito) de las
mismas dimensiones, ¿cuántas mitocondrias podría contener? pecializadas que conducen señales a través del sistema nervioso
de un organismo. Algunas extensiones axonales pueden tener
(Suponga que la célula es esférica, que no hay otros componen­
hasta 2 m, como por ejemplo, los axones que se originan en la
tes presentes y que la mitocondria es esférica con un diámetro
de 1,6 ftm.) médula espinal y terminan en los músculos de los dedos de los
pies. Pequeñas vesículas membranosas que transportan mate­
(d) La glucosa es el principal nutriente energético para la
riales esenciales para la función axonal se mueven a lo largo de
mayoría de células. Suponiendo que está presente en concen­
microtúbulos del citoesqueleto, desde el cuerpo de la célula
traciones de 1 mM, calcule cuántas moléculas de glucosa esta­
hasta la punta de los axones. Si la velocidad media de una vesí­
rían presentes en la hipotética (y esférica) célula eucariótica.
cula es de 1 /xm/s, ¿cuánto tiempo tarda una vesícula en mover­
(El número de Avogadro, el número de moléculas en un mol de
una sustancia no ionizada, es de 6,02 X 10^ .) se desde el cuerpo celular en la médula espinal hasta la punta
del axón en los dedos de los pies?
(e) La hexoquinasa es un enzima importante en el metabo­
lismo de la glucosa. Si la concentración de hexoquinasa en nues­ 6. ¿Es tan buena la vitamina C sintética como ia natu­
tra célula eucariota es de 20 /lim, ¿cuántas moléculas de glucosa ral? Los productores de alimentos “sanos” insisten en que las
estarán disponibles para ser metabolizadas por cada molécula vitaminas obtenidas de fuentes naturales son más saludables
de hexoquinasa? que las obtenidas por métodos sintéticos. Se dice, por ejemplo,
que el ácido L­ascórbico puro (vitamina C) obtenido del escara­
2. Componentes de E. coli Las células de E. coli tienen for­
miuo es mejor que el ácido L­ascórbico puro obtenido en una
ma de varilla, con aproximadamente 2 ¡xm de longitud y 0,8 fim
planta química. ¿Son diferentes las dos vitaminas? ¿Puede el or­
de diámetro. El volumen de un cilindro es de t t t d o n d e h es
ganismo distinguir la fuente de una vitamina?
la altura del cilindro.
(a) Si la densidad media de E. coli (principalmente formada 7. Identificación de grupos funcionales En las figuras 1­15
por agua) es de 1,1 X itf^ g/L, ¿cuál es el peso de una sola célula? y 1­16 se muestran algunos de los grupos funcionales más co­
(b) La pared celular protectora de E. coli tiene un grosor munes de las biomoléculas. Es importante saberlos identificar,
de 10 nm. ¿Cuál es el porcentaje del volumen total de la bacte­ puesto que las actividades y las propiedades biológicas de las
ria ocupado por la pared? biomoléculas están determinadas en gran parte por sus grupos
(c) E. coli es capaz de crecer y multiplicarse rápidamente funcionales. Identifique, rodee con un círculo y nombre cada
gracias a la presencia de unos 15.000 ribosomas esféricos (diáme­ uno de los grupos funcionales que forman parte de las siguien­
tro 18 nm), que llevan a cabo la síntesis de proteínas. ¿Cuál es el tes moléculas.
porcentaje del volumen celular total ocupado por los ribosomas?
O
3. Información genética en el DNA de E. coli La informa­ II ­ 0 ­
ción genética contenida en el DNA consiste en una secuencia li­ H H O ­P
neal de palabras sucesivas codificadas, denominadas codones. H­<j)­OH „ ¿
Cada codón es una secuencia específica de tres desoxirribonu­
H ­C ­O H ^C=C­COO­
cleótidos (tres pares de desoxirribonucleótidos en el DNA de do­
ble cadena), y cada codón codifica un único aminoácido en una H3N ­ C ­ C ­ 0H H-C-OH H
proteína. La masa molecular de una molécula de DNA de ¿ Fosfoenolpiruvato,
H H un intermedio del
E. coli es de aproximadamente 3,1 X g/mol. La masa mole­ Etanolamina Glicerol metabolismo de la glucosa
cular media de un par de nucleótidos es de 660 g/mol, y cada par (a) (b) (c)
de nucleótidos contribuye con 0,34 nm a la longitud del DNA.
(a) Calcule la longitud de una molécula de DNA de E. coli.
Compare la longitud de la molécula de DNA con las dimensiones
reales de la célula (véase problema 2). ¿Cómo puede caber la
molécula de DNA en el interior de la célula?
(b) Considere que la proteína promedio de E. coli tiene una v °
cadena de 400 aminoácidos. ¿Cuál es el número máximo de pro­
teínas que pueden ser codificadas por una molécula de DNA de H-(|í-ÑH3
E. coli? . r ­ HO-C-H
HjN-C-H
4. El elevado régimen del metabolismo bacteriano Las cé­ H-C-OH
H-C-OH
lulas bacterianas tienen un metabolismo mucho más rápido que H-(|:-OH
las células animales. En condiciones ideales, algunas bacterias CH3
Treonina, Pantotenato, CH2OH
multiplican su tamaño por dos y se dividen en 20 min, mientras
un aminoácido una vitamina D­Olucosamina
que la mayoríá de células animales requieren 24 h en condiciones
(d) (e) (f)
de crecimiento rápido. El elevado régimen dél metabolismo bac­
teriano exige que la relación entre la superficie celular y su volu­

0
men sea grande. 8. Actividad de fármacos y estereoquímica En oca­
(a) ¿Cuál es la razón de que la relación superficie­volumen siones, las diferencias cuantitativas en la actividad bioló­
tenga efecto sobre la velocidad del metabolismo? gica de dos enantiómeros de un compuesto son bastante
(b) Calcule la relación superficie­volumen para la bacteria grandes. Por ejemplo, el isómero D del fármaco isoprotenerol,
esfética Neisseria gonorrhoeae (diámetro 0,6 /itm), responsa­ utilizado en el tratamiento del asma suave, es entre 50 y 80 ve­
ble de la enfermedad denominada gonorrea. Compárela con la ces más efectivo como broncodilatador que el isómero l. Identi­
Problemas 39

fique ei centro quiral del isoprotenerol. ¿Cuál puede ser la cau­ (b) Metionina­encefalina, el opiáceo endógeno del cerebro:
sa de que dos enantiómeros posean actividades biológicas tan
radicalmente diferentes?

OH H H
I I I /=V HO H H H O <|H*HH
C ­ C H j­N ­C ­ C H a
HO \ ^ C H í ­ (¡ :­ C ­ N ­ (j: ­ ^ ­ N ­ y ­ C ­ N ­ < j ;­ ^ ­ N ­ C ­ C O O ­
CH3
NH2HHO H H H O CHj

9. Separación de biomoléculas Al estudiar una biomolécula


particular (una proteína, ácido nucleico, glúcido o lípido) en el f
CHa
laboratorio, el bioquímico necesita en primer lugar separarla del
resto de biomoléculas de la muestra, es decir, purificarla. Más (c) Fosfatidilcolina, un componente habitual de las mem­
adelante se considerarán las técnicas específicas de purifica­ branas celulares:
ción. Sin embargo, considerando simplemente las unidades mo­
noméricas que constituyen las biomoléculas, deberíamos tener CHa O'
algunas ideas sobre qué características de esas biomoléculas 4 ­
N­CH2­C H2­0~P­0­C H2
nos permitirían separar unas de otras. Por ejemplo, ¿cómo se I
podrían separar (a) aminoácidos de ácidos grasos y (b) nucleó­ CH3 H C ­0 ­C ­(C H j)7 ­ I I (CH2)7’~CH3
tidos de glucosa? o
10. ¿Una vida basada en el sUicio? El silicio pertenece al mis­ CH2- 0 -C-(CH2),4--CH3
mo grupo de la tabla periódica que el carbono y, como éste, pue­ O
de formar hasta cuatro enlaces simples. Se han escrito muchas
13. Determinación de la estructura de una biomolécula
historias de ciencia ficción sobre la posibilidad de una vida basa­
Se aisló una sustancia desconocida, X, a partir del músculo de
da en el silicio. ¿Sería esto posible? ¿Qué características del silicio
conejo. La estructura de X se determinó a partir de los siguien­
k) hacen menos apto que el carbono para actuar como el elemen­
tes experimentos y observaciones. Análisis cuantitativos demos­
to central organizador de la vida? Para responder a esta pregunta
traron que X se componía exclusivamente de C, H y O. Se oxidó
se puede utilizar lo aprendido acerca de la versatilidad de enlace
completamente una muestra de X de peso conocido, y se nüdie­
del carbono, además de referirse a un libro de química inorgánica
ron las cantidades de H2O y CX>2 producidas. A partir de este
para averiguai’ las propiedades de enlace del silicio.
análisis cuantitativo, se llegó a la conclusión de que contema un
11. Acción farmacológica y estructura molecular 40,00% de C, un 6,71% de H y un 53,29% de O en peso. Se de­
Hace algunos años dos compañías farmacéuticas co­ terminó la masa molecular de X con un espectrómetro de ma­
mercializaron un fármaco bajo los nombres comerciales de De­ sas, y resultó ser de 90,00 u (unidades de masa atómica; véase
xedrina y Benzedrina. La estructura del compuesto es la el Recuadro 1­1). Un espectro infrarrojo de X demostró que
siguiente: contenía un enlace doble. X se disolvía rápidamente en agua pa­
ra dar una disolución ácida. Se ensayó una disolución de X en
H un polarímetro, observándose que poseía actividad óptica.
CH2­ C ­ C H 3 (a) Determine la fórmula empírica y molecular de X.
NHj (b) Dibiye las posibles estructuras de X que sean congruen­
tes con la fórmula molecular y contengan un doble enlace. Con­
Las propiedades físicas (análisis elemental de C, H y N, sidérense tan sólo estructuras lineales o ramificadas y no
punto de fusión, solubilidad, etc.) de la Dexedrina y de la Ben­ estructuras cíclicas. Recuerde que los enlaces del oxígeno con­
zedrina eran idénticas. La dosis oral recomendada de Dexedrina sigo mismo son poco estables.
(que todavía se encuentra a la venta) era de 5 mg/día, pero la (c) ¿Cuál es el significado estructural de la actividad óptica
dosis recomendada de Benzedrina (retirada del mercado) era el observada? ¿Qué estructuras de (b) son consistentes con esta
doble. Aparentemente hacía falta mucha más Benzedrina que observación?
Dexedrina para conseguir la misma respuesta fisiológica. Expli­ (d) ¿Cuál es el significado estructural de la observación
que esta contradicción aparente. acerca del carácter acídico de una disolución de X? ¿Qué es­
tructuras de (b) son consistentes con esta observación?
12. Componentes de biomoléculas complejas En la fi­ (e) ¿Cuál es la estructura de X? ¿Existe más de una estruc­
gura 1­10 se muestran las estructuras de los principales compo­ tura consistente con todos los datos aportados?
nentes de biomoléculas complejas. Identifique los constituyen­
tes de cada una de las tres importantes biomoléculas que se
muestran a continuación (presentadas en sus formas ionizadas
a pH fisiológico). Problema de análísís de datos
(a) Guanosina trifosfato (GTP), un nucleótido rico en ener­
14. Moléculas de sabor dulce Muchos compuestos nos sa­
gía que sirve de precursor del RNA:
ben a dulce. El sabor dulce se percibe cuando una molécula se
une a un receptor dulce, un tipo de receptor gustativo, presen­
te en la superficie de ciertas células linguales. Cuanto más ftier­
0 0 0 te sea la unión, menor será la concentración necesaria para
O il li saturar el receptor y más dulce será el sabor percibido a partir
'O-P—O— P-O-P-O-CH.
I I I de una concentración determinada de esa sustancia. La varia­
O^ O" o ción de la energía libre estándar, AG®, de la reacción de fijación
de la molécula dulce a su receptor se puede medir en kilojoules
o kilocalorías por mol
40 Fundamentos de bioquímica

El sabor dulce se puede cuantificar en unidades de “dulzor


BrOH
molar relativo” (MRS, según sus siglas en inglés), que compara
el dulzor de una sustancia con i*especto al de la sacarosa. La sa­
carina, por ejemplo, tiene una MI^ de 161, lo que signiñca que
Br
la sacarina es 161 veces más dulce que la sacarosa. En términos
prácticos, esto se mide en base a la percepción del grado de dul­
zor que tienen personas voluntarias cuando prueban disolucio­ 'Tetrabromosacarosa Ácido sucrónico
nes de cada compuesto a diversas concentraciones. La sacarosa MRS = 13.012 MRS » 200.000
AG" « -12,2 kcal/mol A G "= -13,8 kcal/mol
y la sacarina saben igualmente dulces cuando la primera está a
una concentración 161 veces mayor que la segunda.
(a) ¿Cuál es la relación entre MRS y la AG® de la reacción Morini, Bassoli y Temussi (2005) usaron métodos compu­
de unión? De modo más concreto, ¿correspondería una AG® tacionales (descritos a menudo como métodos “in silico”) para
más negativa a un valor mayor o menor de MRS? Razónelo. modelar la unión de moléculas dulces al receptor dulce.
Se muestran a continuación las estructuras de 10 compues­ (b) ¿Por qué son útiles los modelos de ordenador para pre­
tos que tienen sabor dulce. En cada caso se expresan los valores decir el dulzor de las moléculas en lugar de los ensayos de sabor
de MRS y de AG® de unión al receptor dulce respectivo. en humanos o en animales?
En un trabajo previo, Schallenberger y Aeree (1967)
H OH sugirieron que todas las moléculas dulces poseían un
grupo estructural “AH­B” en el que “A y B son átomos electro­
negativos separados por una distancia superior a 2,5 Á [0,25
nm] e inferior a 4 Á (0,4 nm]. H es un átomo de hidrógeno unido
a uno de los átomos electronegativos por un enlace covalente”
Desoxisacarosa
(p.481).
MRS » 0,95 (c) Puesto que la longitud de un enlace simple “típico” es
AG" « -6,67 kcal/mol de aproximadamente 0,15 nm, identifique el o los grupos AH­B
en cada una de las moléculas anteriores.
H OH (d) En base a sus conclusiones en el ejercicio (c), enuncie
dos objeciones a la frase “las moléculas que contienen un grupo
AH­B tienen sabor dulce”.
(e) El modelo AH­B se puede usar con dos de las moléculas
mostradas para explicar las diferencias de MRS y AG®. ¿Cuáles
son esas dos moléculas y cómo las emplearía para justificar el
Sacarosa
MRS » 1 modelo AH­B?
A G "* -6,71 kcal/mol (f) Algunas de las moléculas tienen estructuras muy pareci­
NHj O das pero valores muy diferentes de MRS y AG®. Dé dos ejemplos
y utilícelos para demostrar que el modelo AH­B no es capaz de
explicar las diferencias observadas en dulzor.
En su estudio por ordenador, Morini y colaboradores usa­
ron la estructura tridimensional del receptor dulce y un progra­
CHs ma de dinámica molecular llamado GRAMM para predecir la
D­Tríptófano Aspartame AG® de la uiüón de las moléculas al receptor. En primer lugar
MRS - 21 MRS = 172 “entrenaron” su modelo, es decir, refinaron los parámetros con
AG" * -8,5 kcalAnol AG" - -9,7 kcal/mol AG" « -9,7 kcal/mol el fin de que los valores de AG® predichos por el modelo coinci­
dieran con los valores conocidos de AG® para un grupo de
moléculas (el “grupo de entrenamiento’*). A continuación “en­
sayaron” el modelo haciendo que predijera los valores de AG®
para un nuevo grupo de moléculas (el “grupo prueba”).
(g) ¿Por qué necesitaron Morini y colaboradores ensayar su
modelo frente a un grupo de moléculas diferente del grupo con
el que fue entrenado?
6-Cloro-D-triptófano Alitame
MRS = 906 MRS = 1.937 (h) Los investigadores hallaron que los valores predichos
AG’ » -10,7 kcal/mol AG" = -11,1 kcal/mol de AG® para el grupo de prueba diferían de los valores reales
una media de 1,3 kcal/mol. Usando los valores dados con las es­
tructuras anteriores, estime el error resultante en los valores de
MRS.

Referencias
Mormi, G., Bassoli, A., SeTemussi, P.A. (2005) From small sweete­
ners to sweet proteins: anatomy of the binding sites of the human
T1R2_T1R3 receptor. J. Afed Chern. 48.5520­^529.
Neotame
MRS = 11.057 Schallenberger, R.S. & Aeree, T.E. (1967) Molecular theory of
AG" = -12,1 kcal/mol sweet taste. Nature 216,480>482.
PARTE I

ESTRUaURAY 2
3
El agua 43
Aminoácidos, péptidos y proteínas 71

CATÁLISIS 4

5
Estructura tridimensional
de las proteínas 113
Fundón de ias proteínas 153
6 Enzimas 183
7 Glúcidos y glucobiología 235
8 Nucleótidos y ácidos nucleicos 271
9 Tecnologías de la información
basadas en el DNA 303
10 Lipidos 343
11 Membranas biológicas y transporte 371
12 Bioseñalización 419

L
a bioquímica no es otra cosa que la química de la vida: de molécula orgánica estudiaremos en prim er lugar la es­
sí, es posible investigar, analizar y comprender la vi­ tructura covalente de sus unidades monoméricas (am i­
da. Para empezar, todo estudiante de bioquímica ne­ noácidos, monosacáridos, nucleótidos y ácidos grasos)
cesita un lenguaje y algunos fundamentos básicos; son los para pasar luego a describir las estructuras de las macro­
que se ven en la Parte I. moléculas y complejos supramoleculares derivados de
Los capítulos de la Parte I se dedican a la estructura y ellas. Un aspecto constantemente presente es que las ma­
función de las principales clases de componentes celula­ cromoléculas poliméricas de los sistemas vivos, aunque
res: el agua (Capítulo 2 ), los anünoácidos y las proteínas de gran tamaño, son entidades químicas muy ordenadas
(Capítulos 3 a 6), los azúcares y los polisacáridos (Capítu­ con secuencias especíñcas de las subunidades monomé­
lo 7), los nucleótidos y los ácidos nucleicos (C ^ ítu lo 8), ricas, lo que da lugar a estructuras y funciones discretas.
los ácidos grasos y los Iípidos (Capítulo 10) y, finalmente, Este aspecto fundamental se puede descomponer en tres
las membranas y las proteínas señalizadoras de membrana principios interrelacionados: (1 ) la estructura única de
(Capítulos 11 y 12). Estos temas dedicados a las moléculas cada macromolécula determina su función; (2 ) las inte­
contienen información suplementaria acerca de las tecno­ racciones no covalentes juegan un papel crítico en la es­
logías usadas para estudiarlas. A lo largo del texto se han tructura y por tanto en la función de las macromoléculas,
integrado secciones técnicas, y uno de los capítulos (Capí­ y (3 ) las subunidades monoméricas en las macromolécu­
tulo 9 ) se dedica enteramente a las tecnologías asociadas las poliméricas están dispuestas según secuencias espe­
con el clonaje, la genómica y la proteómica. cíñcas, lo que representa una fonna de información de la
Empezaremos, en el Capítulo 2, con el agua, porque que depende el estado vivo ordenado.
sus propiedades afectan la estructura y la función de to­ La relación entre estructura y función es especialmen­
dos los demás constituyentes celulares. Para cada clase te evidente en las proteínas, que muestran una extraordi­

41
[^42 Estructura y catálisis

nana diversidad de funcioites. Una secuencia polimérica nes no covalentes las que dictan la conformación nativa
concreta de aminoácidos produce una estructura fibrosa estable de las moléculas grandes a la vez que permiten la
resistente como la que se encuentra en el cabello y en la la­ flexibilidad necesaria para su función biológica. Como ve­
na; otra secuencia da lugar a una proteína que transporta remos, las interacciones no covalentes son esenciales pa­
oxígeno en la sangre; una tercera se une a otras proteínas y ra que los enzimas manifiesten su poder catalítico, para la
cataliza la rotura de los enlaces entre sus aminoácidos. De interacción específica de los pares de bases complemen­
modo parecido se pueden entender las funciones especia­ tarios en los ácidos nucleicos, el ordenamiento y propie­
les de los polisacáridos, ácidos nucleicos y Kpidos como la dades de los Iípidos en las menü>ranas. El principio de
consecuencia directa de su estructura química, con sus que las secuencias de unidades monoméricas son ricas en
subunidades monoméricas características unidas en polí­ inform ación aparece de manera dara en la discusión de
meros fundoruiles precisos. Los azúcares enlazados entre los ácidos nucleicos (Capítulo 8 ). No obstante, las proteí­
sí se transforman en almacenes de energía, en fibras es­ nas y algunos polím eros cortos de azúcares (oligosacári­
tructurales y en puntos de reconocimiento molecular dos) también son moléculas ricas en inform adón. La
específico; los nucleótidos encadenados en el DNA o RNA secuencia de aminoácidos es una form a de información
contienen las instrucciones para la construcción de un or­ que dirige el plegamiento de la proteína hacia su estruc­
ganismo completo; y los Iípidos agregados forman las tura tridimensional única y, en último término, determina
membranas. En el Geqjítulo 12 se unifica la discusión sobre la función de la misma. Algunos oligosacáridos también
las funciones de las biomoléculas, describiendo la manera tienen secuencias y estructuras tridimensionales únicas
en que los sistemas de seí\alización específicos regulan las que pueden ser reconocidas por otras macromoléculas.
actividades de las biomoléculas dentro de una célula, den­ Para cada clase de moléculas encontramos una jerar­
tro de un órgano y entre órganos para mantener un orga­ quía estructxoral similar: suburüdades de estructura de­
nismo en homeostasis. termiruida se conectan mediante enlaces de flexibilidad
A medida que pasamos de unidades monoméricas a limitada formando macromoléculas de estructura tridi­
polímeros cada vez mayores, el énfasis en los aspectos mensional detenninada por interacciones no covalentes.
químicos se desplaza desde los enlaces covalentes a las Estas macromoléculas interaccionan a su vez para formar
interacciones no covalentes. Los enlaces covalentes, tan­ las estructuras supramoleculares y los orgánulos que per­
to a nivel monomérico como macromolecular, imponen miten a una célula llevar a cabo sus numerosas funciones
restricciones sobre la forma adoptada por las biomolécu­ metabólicas. En su coryunto las moléculas descritas en la
las grandes. Son, sin embargo, las numerosas interaccio­ Parte I son el material de la vida.