TRABAJO DE BIOINFORMATICA

DOCENTE: MONICA TORRES

ESTUDIANTE: YICETH PAOLA HIDALGO TORRES

BACTERIOLOGIA Y LABORATORIO CLINICO

UDES
VALLEDUPAR CESAR
2019
 INTRODUCCION
En el presente trabajo se mostrará la composición a fondo de cada de una de las
moléculas y cadenas que contiene el aminoácido asignado que fue la serina la cual
es un aminoácido no esencial que tiene la función de sintetizar otros aminoácidos
en el organismo. Su fórmula es importante para el funcionamiento del ADN y ARN
humano, siendo imprescindible para el crecimiento muscular y la formación de
nuevas células. La serina participa directamente en la creación y fabricación de
aminoácidos en el cuerpo humano. Estos son imprescindibles para la vida humana
y la de los animales y establecen los bloques de construcción que forman las
proteínas en los organismos vivos. Siendo, a su vez, las proteínas fundamentales
para formar y regenerar órganos, músculos y estructuras que componen un ser vivo.
 OBJETIVOS
 Conocer la estructura y composición de cada una de las moléculas del
aminoácido llamado serina.
 Caracterizar las diferentes funciones que cumple la serina en el cuerpo
humano
 Identificar cuán importante son los aminoácidos para llevar acabo procesos
procesos vitales del cuerpo humano.
 Diferenciar a que tipo de proteína pertenece la serina relacionándolo con las
distintas características que contiene.
 Imagen 1: Imagen 3D de la serina

¿QUÉ ES LA SERINA?
Es un aminoácido polar no esencial, pero no cargado a pH neutro. Su símbolo es S
en código de una letra y Ser en código de tres letras. Forma parte del centro activo
de muchas enzimas gracias a su grupo -OH. Es precursor de otros aminoácidos
como glicina y cisteína y, de esfingolípidos. Puede sufrir fosforilación y O-
glicosilación.

Imagen 2. La serina es un aminoácido polar no esencial, pero no

cargado a pH neutro. Tomado de: https://www.ecured.cu/Serina#/media/File:Seri.jpg
CARACTERISTICAS:
La serina se sintetiza a partir de 3-fosfoglicerato en varios pasos. Defectos en
algunas de las enzimas de esta síntesis conducen a bajos niveles de serina en
plasma y líquido encefalorraquídeo, produciendo manifestaciones físicas y
neurológicas tales como hipertonía, retraso psicomotor, microcefalia o epilepsia.

A pesar de ser clasificada como un aminoácido nutricional no esencial, hay

evidencias que indican que la L-serina posee un importante mecanismo para
mantener la homeostasis celular en el Sistema Nervioso Central. Por ejemplo, las
funciones de la L-serina como un factor neurotrófico derivado de la glia, son
esenciales para la supervivencia y el desarrollo de las neuronas en el Sistema
Nervioso Central.

FUNCIONALIDAD:
 Es un importante hidratante de la piel.
 Participa en la síntesis de la porfirina, creatina y purina.
 Es necesario para el correcto metabolismo de las grasas y ácidos grasos.
 Forma parte de las vainas de mielina protectora que cubre las fibras
nerviosas.
 Es importante para el funcionamiento del ARN y ADN y la formación de
células.
 Ayuda a la producción de inmunoglobulinas y anticuerpos.
 Es necesario para el crecimiento del músculo.
 Es esencial para el correcto mantenimiento de un sistema inmunológico
saludable

TRASTORNOS QUE OCASIONA SU CARENCIA

 Alteraciones en la textura de la piel.
 Trastornos del colesterol y/o los triglicéridos.
 Trastornos en las vainas nerviosas.
 Mayor propensión a padecer infecciones.
 Trastornos en el desarrollo de los músculos.
Para primero entender la composición de la serina(aminoacido), se hará una
descripción en general de la composición de las proteínas:
Todas las proteínas contienen carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno, mientras
que casi todas contienen además azufre (Cabe resaltar que en azúcares y lípidos
el nitrógeno sólo aparece en algunos de ellos). Hay otros elementos que aparecen
solamente en algunas proteínas (fósforo, cobre, zinc, hierro, etc.).
Las proteínas son biomoléculas de elevado peso molecular (macromoléculas) y
presentan una estructura química compleja. Sin embargo, cuando se someten a
hidrólisis ácida, se descomponen en una serie de compuestos orgánicos sencillos
de bajo peso molecular: los α-aminoácidos. Este rasgo lo comparten las proteínas
con otros tipos de macromoléculas: todas son polímeros complejos formados por la
unión de unos pocos monómeros o sillares estructurales de bajo peso molecular.
Existen 20 α-aminoácidos diferentes que forman parte de las proteínas.
En las moléculas proteicas los sucesivos restos aminoácidos se hallan unidos
covalentemente entre sí formando largos polímeros no ramificados. El tipo de enlace
que los une recibe el nombre de enlace peptídico. Las cadenas de aminoácidos de
las proteínas no son polímeros al azar, de longitud indefinida, cada una de ellas
posee una determinada composición química, un peso molecular y una secuencia
ordenada de aminoácidos.
¿QUÉ SON LOS RESIDUOS?
Son las cadenas laterales de los aminoácidos
COMPOSICIÓN DE LA SERINA:
Hay 12 tipos únicos de moléculas en esta entrada. La entrada contiene 28731
átomos, de los cuales 0 son hidrógenos y 0 son deuterios.
En las tablas de abajo, la columna:
 ZeroOcc contiene el número de átomos modelados con ocupación cero
 AltConf contiene el número de residuos con al menos un átomo en
conformación alterna
 Trace contiene el número de residuos modelados con un máximo de 2
átomos.
Entonces:
La Molécula 1 es una proteína llamada alfa de la subunidad de la RNA polimerasa
dirigida por el ADN contiene dos cadena; la cadena A contiene un total de 1782
átomos, con un numero de carbonos de 1138, de nitrógeno 310, de oxigeno 332, y
de azufre 2; La segunda cadena (cadena B) contiene un total de 1750 átomos, con
un numero de carbonos de 1118, de nitrógeno 304, de oxigeno 326 y de azufre 2.
El numero de cadenas laterales llamados residuos son: En la cadena A (226) y en
la cadena B (222)

Imagen 3. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La Molécula 2 es una proteína llamada subunidad beta de la RNA polimerasa

dirigida por el ADN. La cadena C contiene un total de 8770 átomos, con un numero
de Carbonos de 5548, de nitrógeno 1564, de oxigeno 1634 y de azufre 24.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 1111

Imagen 4. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La Molécula 3 es una proteína llamada subunidad beta de la RNA polimerasa

dirigida por el ADN'. La cadena D contiene un total de 1496 átomos, con un numero
de Carbonos de 7479, de nitrógeno 2078, de oxigeno 2207 y de azufre 36.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 1496

Imagen 5. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La Molécula 4 es una proteína llamada ARN polimerasa dirigida por el ADN

subunidad omega. La cadena E, contiene un total de 758 átomos, con un numero
de Carbonos de 483, de nitrógeno 132, de oxigeno 139 y de azufre 4.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 94.
Imagen 5. Tomado de:
http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La molécula 5 es una proteína llamada ARN polimerasa factor sigma SigA. La

cadena F, contiene un total de 2807 átomos, con un numero de Carbonos de 1770,
de nitrógeno 509, de oxigeno 524 y de azufre 4.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 346.

Imagen 6. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La Molécula 6 es una cadena de ADN llamada cadena promotora de plantillas de

ADN. La cadena G, contiene un total de 385 átomos, con un numero de Carbonos
de 184, de nitrógeno 71, de oxígeno 112 y de fosforo 18.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 19.

Imagen 7. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La Molécula 7 es una cadena de ADN llamada cadena promotora de ADN no

templado. La cadena H, contiene un total de 560 átomos, con un numero de
Carbonos de 266, de nitrógeno 109, de oxígeno 159 y de fosforo 26.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 27.
Imagen 8. Tomado de:
http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La molécula 8 es una cadena de ARN llamada ARN (5'-R(*GP*A)-3'). La cadena I,

contiene un total de 42 átomos, con un numero de Carbonos de 20, de nitrógeno
10, de oxígeno 11 y de fosforo 1.
El número de cadenas laterales llamados residuos de 2.

Imagen 9. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La molécula 9 es ION MAGNESIO (código de tres letras: MG) (fórmula: Mg). La

cadena H, contiene un total de 1 átomo, con un numero de magnesio de 1. Su
número de residuos es de 1; La cadena A, contiene un total de 1 átomo, con un
numero de magnesio de 1. Su número de residuos es de 1; La cadena D, contiene
un total de 2 átomo, con un numero de magnesio de 2. Su número de residuos es
de 2; La cadena C, contiene un total de 1 átomo, con un numero de magnesio de 1.
Su número de residuos es de 1; La cadena F, contiene un total de 1 átomo, con un
numero de magnesio de 1. Su número de residuos es de 1.

Imagen 10. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf
La molécula 10 es ZINC ION (código de tres letras: ZN) (fórmula: Zn). La cadena
D, contiene un total de 2átomos, con un numero de zinc 2. Su número de residuos
es de 2

Imagen 11. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La molécula 11 es (1S)-1,4-anhidro-5-[(N-carbamimidoylglycyl-N 2 -hydroxy-L-

glutaminyl)amino]-5-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahidropirimidin-5-il)-D-ribitol
(código de tres letras:PUM) (fórmula: C17H26N8O9). La cadena I, contiene un total
de 34 átomos, con un numero de Carbonos de 17, de nitrógeno 8, de oxígeno 9, su
número de residuos es de 1.

Imagen 12. Tomado de:

http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

La molécula 12 es agua. La cadena A, contiene un total de 4 átomos, con un

numero de oxígeno de 4. Su número de residuos es de 4; La cadena B, contiene un
total de 3 átomo, con un numero de oxígeno de 3. Su número de residuos es de 3;
La cadena C, contiene un total de 10 átomo, con un numero de oxígeno de 10. Su
número de residuos es de 10; La cadena D, contiene un total de 11 átomo, con un
numero de oxígeno de 11. Su número de residuos es de 11; La cadena E, contiene
un total de 3 átomo, con un número de oxígeno de 3. Su número de residuos es de
3. La cadena F, contiene un total de 2 átomo, con un numero de oxígeno de 2. Su
número de residuos es de 2; La cadena H, contiene un total de 2 átomo, con un
numero de magnesio de 2. Su número de residuos es de 2.
 Imagen 13. Tomado de:
http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.pdf

SECUENCIACION DE LA SERINA

Imagen 14. Tomado de: http://www.rcsb.org/structure/5X21

DESCRIPCIÓN: La hidropatía se ha calculado utilizando una ventana deslizante de
15 residuos y sumando las puntuaciones de las tablas de hidrofobicidad estándar.
Rojo: hidrofóbico
Azul: hidrofílico.
Los datos en color lila representan la estructura del exón genómico proyectada en
la secuencia UniProt. los que permiten en biología molecular meter un primers
Los datos en azul se originan de PDB
Estructura: estructura secundaria proyectada desde entradas representativas de
PDB en la secuencia UniProt.
Desajustes de secuencia Ahora es posible ver información sobre etiquetas de
expresión, artefactos de clonación y muchos otros detalles relacionados con
desajustes de secuencia.
Los iconos representan una serie de modificaciones de secuencia diferentes que se
pueden observar en archivos PDB. Por ejemplo, el icono 'T' representa etiquetas de
expresión que se han agregado a la secuencia. El icono 'E' representa una mutación
diseñada. Sin embargo, además de estos dos, hay muchos otros iconos.
 DISCUSIÓN
De acuerdo con lo visto en la imagen 14 anteriormente en cuanto a la estructura y
secuencia del aminoácido no tiene una secuencia diferenciada como la doble hélice
de ADN, ni moléculas llamadas nucleótidos, así que como consecuencia tampoco
tendrá un grupo fosfato, un grupo azúcar y una base de nitrógeno porque el
aminoácido como tal es un “ladrillo” que sirve para formar una proteína. La
información genética es traducida por la maquinaria celular para producir las
proteínas usando el código genético, el cual determina la secuencia de aminoácidos
codificada en el ADN y luego en el ARN. Durante la traducción la maquinaria celular
utiliza la molécula de ARN como molde para sintetizar una cadena de aminoácidos
codificada en la misma. Para ello interpreta el código leyendo de a 3 nucleótidos,
esta unidad se denomina codón, cada codón codifica para un aminoácido. Ejemplo:
Si dividimos la secuencia de ARN anterior de a 3 nucleótidos obtenemos los
siguientes 5 codones, los cuales se traducen en 5 aminoácidos:
ACA-GAC-AGA-UAC-AAU se traduce a T D R Y N

Asimismo, tener secuenciado estos aminoácidos cumple un rol genético importante

debido a que el mal plegamiento está asociado con enfermedades
neurodegenerativas, devastadoras e irreversibles, tales como la enfermedad de
Alzheimer, el mal de Parkinson, la enfermedad de Creutzfeldt-Jacob en humanos
comúnmente conocida como el mal de las vacas locas en los animales-; e incluso
aún, el virus que causa el SIDA. Analizar las posibles causas que provocan
alteraciones en el plegamiento de las proteínas es de suma importancia desde el
punto de vista médico, social y familiar, ya que las enfermedades
neurodegenerativas reducen la calidad y tiempo de vida de los pacientes.
En cuanto a la composición presentada en la imagen 1: Imagen 3D de la serina que
presenta un número total de átomos 28731; para entender cuán importante es
pondré un ejemplo de la Molécula 1 que es una proteína llamada alfa de la
subunidad de la RNA polimerasa dirigida por el ADN contiene dos cadena; la cadena
A contiene un total de 1782 átomos, con un numero de carbonos de 1138, de
nitrógeno 310, de oxígeno 332, y de azufre 2; La segunda cadena (cadena B)
contiene un total de 1750 átomos, con un numero de carbonos de 1118, de
nitrógeno 304, de oxígeno 326 y de azufre 2. El número de cadenas laterales
llamados residuos son: En la cadena A (226) y en la cadena B (222). Entonces es
importante saber cada uno de los componentes y átomos para comparar con
diferentes estructuras de aminoácidos y así poder saber cuándo hay algo extraño
como una mutación o desajustes en el aminoácido. También permite saber la
funcionalidad ya que esta depende de su estructura 3D; permite saber los tipos de
enlaces y fuerzas no covalentes.
 CONCLUSIÓN
La estructura y composición de los aminoácidos son de suma importancia porque
estas son las que le dan las distintas propiedades y funcionalidades a cualquier
aminoácido; Los aminoácidos son la base de todo proceso vital ya que son
absolutamente necesarios en todos los procesos metabólicos. Sus funciones más
importantes son el transporte óptimo de nutrientes y la optimización del
almacenamiento de todos los nutrientes (es decir, agua, grasas, carbohidratos,
proteínas, minerales y vitaminas).
La cadena de dichos aminoácidos dará lugar a las distintas proteínas; Las proteínas
pertenecen al tipo de moléculas denominadas polímeros, es decir, están
compuestas de una sucesión de fragmentos menores. Más específicamente, son
polímeros lineales, compuestos de una secuencia no ramificada de fragmentos que
son, en el caso de las proteínas, los aminoácidos. Todo este conocimiento sirve
para la formación de bacteriólogos íntegros y para que un futuro con ayuda de los
diferentes softwares se pueda hacer un uso adecuado en cuanto a la investigación
molecular que es la base todo lo vivo.
 REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS
 Josep Boatella Riera. Edicions Universitat Química y Bioquímica de los
alimentos II Barcelona (2004). [Consultado 18 de abril del 2019]. Disponible
en Internet: https://www.uv.es/tunon/pdf_doc/proteinas_09.pdf
 PASCUAL, Tomas. Vida sana. Las proteínas. [en línea]. Edición 2. España:
Pearson Educación. 2015. [Consultado 21 de abril del 2019]. Disponible en
Internet:
http://www.institutotomaspascualsanz.com/descargas/publicaciones/vivesan
o/vivesano_13mayo10.pdf?pdf=vivesano-130510
 Zhang, Y.; Ebright, R. Full wwPDB X-ray Structure Validation Report. Crystal
structure of Thermus thermophilus transcription initiation complex with GpA
and pseudouridimycin (PUM) [en línea] Mar 14, 2018. [Consultado 18 de abril
del 2019]. Disponible en Internet:
http://files.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x21/5x21_full_validation.
pdf