Está en la página 1de 26
Departamento de Ingeniería Bioquímica Biocatálisis Unidad 5: Información especializada de Biocatalizadores. Carlos
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Biocatálisis
Unidad 5: Información especializada de Biocatalizadores.
Carlos Alvarez-Vasco, Ph.D.
Universidad Icesi, Cali-CO.
Abril 29, 2019
Importancia Ejemplos Terminos Propiedades Cronograma  Lectura 3: Lunes 6 de Mayo, Debate.  Examen
Importancia
Ejemplos
Terminos
Propiedades
Cronograma
 Lectura 3: Lunes 6 de Mayo, Debate.
 Examen corto 4: Miércoles 8 de Mayo, sala de computo.
 Taller 3 : Lunes 13 de Mayo; presentaciones estudios de caso.
 Evaluación formativa :Miércoles 15 de Mayo, sala de computo.
 Evaluación final : 22 Mayo 4-6pm.
2
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Obtención de información representativa de las enzimas en
bases de datos
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
Protein Data Bank
En números
42,227 Secuencias de proteínas
37,410 Estructuras de secuencias humanas
9,852 Estructuras que contienen acidos nucleicos
3
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Obtención de información representativa de las enzimas en
bases de datos
Fundada en 1971: Brookhaven National Laboratories (BNL)
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)
Protein Data Bank archive (PDB) has served as the single
repository of information about the 3D structures of
proteins, nucleic acids, and complex assemblies.
https://en.wikipedia.org/wiki/Lysozyme
4
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do
• Ir al “pathway view”
• Seleccione E. coli y “core metabolism”.
• Seleccione la enzima¨Glucose-6-phosphate isomerase (PGI)
• Buscar la estructura cristalina de la enzima.
• Cuando se deposito la estructura.
• Que técnica se empleo.
5
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do
• Glucose-6-phospahte isomerase (PGI)
• Buscar: Catalytic activity.
• Buscar: Gene name.
6
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do
• Ir al “pathway view”
• Seleccione Homo sapiens y “Carbohydrate metabolism”.
• Seleccione la enzima¨Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
(GAPD)”
• Buscar la estructura cristalina de la enzima (wild-type)
• Cuando se deposito la estructura.
• Que técnica se empleo.
Departamento de Ingeniería Bioquímica
7
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do
• Buscar: Catalytic activity.
• Buscar: Longitud de la cadena
• Ligandos.
• Grafique la reacción que ocurre.
• Buscar: Gene name.
Departamento de Ingeniería Bioquímica
8
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Actividad Lysozyme (253L)
• Visualización de estructuras de proteínas en 3D.
• Dibuje la estructura secundaria y terciaria de una proteína.
• Visualice los cofactores.
• Visualice los aminoácidos que interactúan con el sustrato.
Departamento de Ingeniería Bioquímica
9
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Actividad:
• Buscar: Molecular Weight.
Donde puedo encontrar:
• Buscar: Catalytic activity?
• Buscar: Parámetros catalíticos: Vmax, Km, etc ?
• Buscar: Condiciones optimas?
Departamento de Ingeniería Bioquímica
10
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Obtención de información representativa de las enzimas en bases de datos
http://enzyme.expasy.org/
Enzyme nomenclature database
En números
International Union of Biochemistry and Molecular
Biology (IUBMB)
Release of 27-Sep-17 (6028 active entries)
Departamento de Ingeniería Bioquímica
11
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Obtención de información representativa de las enzimas en bases de datos
http://enzyme.expasy.org/
Enzyme nomenclature database
Permite encontrar información catalítica relevante,
pero hay que buscar mucho y ser paciente!
Busquemos la EC=5.3.1.9
Departamento de Ingeniería Bioquímica
12
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de
Biocatalizadores.
Obtención de información representativa de las enzimas en bases de datos
Busquemos la EC=5.3.1.9
• Buscar: Catalytic activity?
http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=5.3.1.9
• Efecto de iones metálicos
• Posibles inhibidores
• Parámetros catalíticos: Vmax, Km, etc ?
• Condiciones optimas?
Departamento de Ingeniería Bioquímica
13
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de Biocatalizadores.
Actividad en enzyme.expasy.org/ y
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
(60min, max 3 decimas parcial 3):
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
• Buscar: EC #
• Catalytic activity?
• Efecto de iones metálicos?
• Posibles inhibidores?
• Parámetros catalíticos: Kcat, Km, Ki, actividad especifica, etc?
• Condiciones optimas?
• Otros datos biocatalítico relevantes, y porque?
• Estructura de la proteína: # aminoácidos, 2D y 3D.
• Datos adicionales relevantes desde PDB, y porque cree que
Departamento de Ingeniería Bioquímica
son relevantes?
14
Subir reporte a Moodle
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. Retro_alimentación de el ultimo bono Para la
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Retro_alimentación de el ultimo bono
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
• Buscar: EC # 3.4.16.4, from PSEUDOMONAS AERUGINOSA
• Catalytic activity:
• Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase.
• Hidrolisis de enlaces peptídicos: Preferential cleavage: (Ac)2-L-Lys-
D-Ala-/-D-Ala.
15
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
• Efecto de iones metálicos?
• No hay información en Brenda para este organismo específicamente, sin embargo
sabemos que este organismo es una bactertoia Gram negativa como E. coli. Por lo
tanto como aproximación podemos usar los datos de esta ultima.
• Zn2+: Hace parte del sitio activio, ayuda a estabilizar el estado de transición del
sustrato:
Departamento de Ingeniería Bioquímica
16
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy Unidad 5.Información especializada de
Introducción
Células completas
Protein Data Bank
Enzyme Expasy
Unidad 5.Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
• Posibles inhibidores?
• Para P. aeruginosa el único inhibidor reportado en Brenda es piperacillin.
Inhibidor
% inhibition
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 16
100
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 17
100
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 18
96
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones
99
arylalkylidene rhodanine derivative 4
95
• En la tabla se reportan los 5 principales inhibidores.
Departamento de Ingeniería Bioquímica
17
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ) • Parámetros
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
Parámetros catalíticos: Kcat, Km, Ki, actividad especifica, etc?
Retro_alimentación de el ultimo bono
Debemos presentar los datos para el mismo sustrato y a las mismas condiciones:
A un pH de 7,5 y 25°C para el sustrato: N-(N-acetyl-1-O-methyl-beta-muramoyl)-
L-alanyl-D-gamma-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine:
Km [mM]
Kcat [1/s]
Kcat/Km [S -1 M -1 ]
3,5
0,9
257,1
Ki [mM]
Inhibidor
0,013
Boc-gamma-D-Glu-L-Lys-(Cbz)-D-
boroAla-(-)-pinanediol
• Condiciones optimas?
18
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Depende de la cepa, pero esta entre 7,6-10.
• Temperature: 37°C
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ) • Otros datos
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
• Otros datos biocatalítico relevantes, y porque?
Retro_alimentación de el ultimo bono
• Esta es una enzima que produce la bacteria tanto de forma extracelular como
anclada a la membrana celular (atada en la membrana exterior).
• Estructura de la proteína: # aminoácidos, 2D y 3D.
• La proteína tiene 564 aminoácido, que forman dos cadenas, de los cuales el 31%
participa en la conformación de hélices y el 24% en laminas beta.
19
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. • A continuación se presenta la secuencia: 20 Departamento
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
• A continuación se presenta la secuencia:
20
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. • Estructura 3D: Sitio de union para el inhibidor
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
• Estructura 3D:
Sitio de union para el
inhibidor VPP
21
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. • Estructura 3D: Sitio de union para el Cloro
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
• Estructura 3D:
Sitio de union para el
Cloro
Sitio de union para el
Cloro
22
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ) • Datos
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)
• Datos adicionales relevantes desde PDB, y porque cree que
Retro_alimentación de el ultimo bono
son relevantes?
• La proteína original es porducida por Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692),
pero fue expresada en Escherichia coli BL21(DE3).
• El estudio se hizo para estudiar la forma en que los antibióticos beta-lactamicos se
unen a las proteínas de union a la penicilina (PBPs) formando complejos estables
que generan resistencia en estas cepas a los antibióticos. Por eso se evalúa el uso de
el inhibidor VPP para evitar la unión dela BPPs y por tanto la resistencia a
antibióticos.
VPP
23
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Se empleo cristalografía de rayos x para determinar la estructura de la proteína.
Importancia Ejemplos Terminos Propiedades Mecanismo de comprobación lectura 3. Debate. Desarrollo de las enzimas
Importancia
Ejemplos
Terminos
Propiedades
Mecanismo de comprobación lectura 3.
Debate.
Desarrollo de las enzimas industriales en Colombia (60min)
Temática del Debate
¿Cuál debería ser el enfoque más apropiado para el desarrollo de las enzimas
industriales (producción, comercialización, aplicación) en Colombia?
Grupo A
Transferencia tecnológica de los procesos productivos, purificación y aplicación de
enzimas industriales.
Grupo B
Desarrollar nuestra propia tecnología para la producción, purificación y aplicación de
enzimas industriales.
24
Departamento de Ingeniería Bioquímica
Importancia Ejemplos Terminos Propiedades Mecanismo de comprobación lectura 3. Debate. Grupo A- Transferencia
Importancia
Ejemplos
Terminos
Propiedades
Mecanismo de comprobación lectura 3.
Debate.
Grupo A- Transferencia
Grupo B- Desarrollar
DIANA SOFIA RODRIGUEZ
LAURA NATALIA GONZALEZ
JESUS ERNESTO CUETIA
KAREN DELGADO
ISABEL FERNANDA ENRIQUEZ
MARIA CAMILA CANDAMIL
LISETH BLANCO
DANIELA ROSERO
VALENTINA ROMAN
ISABELLA AVILA
MARCELO PARRA
JOSE RODRIGO HERNANDEZ
CRISTIAN CAMILO VARGAS
MARIA CAMILA RODRIGUEZ
Departamento de Ingeniería Bioquímica
MARIA JULIANA MUÑOZ
VALENTINA MUÑOZ
JUAN DAVID CAICEDO
ANDRES VALENCIA
LAURA RENDON
JUAN CAMILO COLORADO
CLARA INES CASTELLANOS
JORDY CUERO
MARIA ALEJANDRA BASTIDAS
SAMUEL DIAZ
GABRIELA SARRIA
JEFFERSON DAVID DIAZ
GELEN BELALCAZAR
JHOAN SEBASTIAN VELASQUEZ
MANUELA LONDOÑO
ISABELLA VALENCIA
25
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores. Revisión de Objetivos 1. Obtener información representativa
Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Revisión de Objetivos
1. Obtener información representativa de enzimas y células usando bases de datos
disponibles en la web.
2. Seleccionar potenciales biocatalizadores para llevar a cabo transformaciones
biológicas específicas.
26
Departamento de Ingeniería Bioquímica