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Microbiología Ambiental

Objeto de estudio y aplicaciones


La microbiología ambiental es la ciencia que estudia la diversidad y función de
los microorganismos en sus ambientes naturales y las aplicaciones de sus
capacidades metabólicas en procesos de biorremediación de suelos y aguas
contaminadas. Suele dividirse en las disciplinas de: ecología microbiana,
geomicrobiología y biorremediación.
La microbiología (mikros: pequeño, bios: vida, logos: estudio), estudia de
manera interdisciplinar un grupo amplio y diverso de organismos unicelulares
microscópicos (de 1 a 30 µm), visibles únicamente a través del microscopio
óptico (invisibles para el ojo humano).

Figura 1. A la izquierda: microscopio óptico, instrumento que permite ver con aumento a los
microorganismos (Fuente: https://pxhere.com/es/photo/1192464). A la derecha: micrografía
electrónica de bacteria de amplia distribución en la naturaleza del género Pseudomonas (By:
CDC, Courtesy: Public Health Image Library).

Los organismos agrupados en el campo de la microbiología son disímiles en


muchos aspectos importantes y pertenecen a categorías taxonómicas muy
diferentes. Existen como células aisladas o asociadas y pueden ser:

 Procariontes principales (organismos unicelulares sin núcleo definido),


como eubacterias y arqueobacterias.
 Eucariontes simples (organismos unicelulares con núcleo definido),
como levaduras, hongos filamentosos, microalgas y protozoos.
 Virus (que no son celulares, pero si microscópicos).

Los microorganismos son capaces de realizar todos sus procesos vitales


(crecimiento, metabolismo, generación de energía y reproducción),
independientemente de otras células de su misma clase o diferentes.
Características microbianas relevantes

Interacción con el medio externo

Los organismos unicelulares de vida libre se encuentran particularmente


expuestos al medio externo. Además, presentan tanto un tamaño celular muy
pequeño (que incide en su morfología y flexibilidad metabólica), como una alta
relación superficie/volumen, que genera amplias interacciones con su entorno.

Debido a esto, tanto la sobrevivencia como la distribución ecológica microbiana,


dependen de su capacidad de adaptación fisiológica a las frecuentes variaciones
ambientales.

Metabolismo

La alta relación superficie/volumen genera altas tasas metabólicas microbianas.


Esto se relaciona a su rápido ritmo de crecimiento y de división celular. Además,
en la naturaleza existe una amplia diversidad metabólica microbiana.

Los microorganismos pueden ser considerados máquinas químicas, que


transforman diversas sustancias tanto en su interior como en el exterior. Esto se
debe a su actividad enzimática, que acelera velocidades de reacciones químicas
específicas.

Adaptación a ambientes muy diversos

En general el microhábitat microbiano es dinámico y heterogéneo respecto al


tipo y cantidad de nutrientes presentes, así como a sus condiciones
fisicoquímicas.

Existen ecosistemas microbianos:

 Terrestres (en rocas y suelo).


 Acuáticos (en océanos, estanques, lagos, ríos, fuentes termales,
acuíferos).
 Asociados a organismos superiores (plantas y animales).

Ambientes extremos

Los microorganismos se encuentran prácticamente en todos los ambientes del


planeta Tierra, familiares o no para las formas de vida superiores.

Los ambientes con condiciones extremas respecto a temperatura, salinidad, pH


y disponibilidad de agua (entre otros recursos), presentan microorganismos
“extremófilos”. Estos suelen ser en su mayoría arqueas (o arqueobacterias), las
cuales forman un dominio biológico primario diferenciado al de Bacteria y
Eukarya, llamado Archaea.
Figura 2. Hábitats de los microorganismos extremófilos. A la izquierda: Agua termal en el Parque
Nacional de Yellowstone, lugar donde se han estudiado microorganismos termófilos (Fuente: Jim
Peaco, National Park Service [Public domain], via Wikimedia Commons). A la derecha: Antártica
lugar donde se han estudiado microorganismos psicrófilos (Fuente: pxhere.com).

Microorganismos extremófilos

Entre la amplia variedad de microorganismos extremófilos, se encuentran:

 Termófilos: que presentan óptimo crecimiento a temperaturas


superiores a 40 °C (habitantes de manantiales termales).
 Psicrófilos: de crecimiento óptimo a temperaturas menores a 20 °C
(habitantes de lugares con hielo).
 Acidófilos: de crecimiento óptimo en condiciones de pH bajo, cercano
a 2 (ácido). Presentes en aguas termales ácidas y grietas volcánicas
submarinas.
 Halófilos: que requieren altas concentraciones de sal (NaCl) para
crecer (como en las salmueras).
 Xerófilos: capaces de soportar la sequía, es decir, la baja actividad de
agua (habitantes de desiertos como el de Atacama en Chile).

Biología molecular aplicada a microbiología ambiental

Aislamiento y cultivo microbiano

Para estudiar las características generales y capacidades metabólicas de un


microorganismo, este debe ser: aislado de su ambiente natural y mantenido en
cultivo puro (libre de otros microorganismos) en el laboratorio.

Solamente un 1% de los microorganismos existentes en la naturaleza ha sido


aislado y cultivado en laboratorio. Esto debido al desconocimiento de sus
requerimientos nutricionales específicos y a la dificultad de simular la vasta
variedad de condiciones ambientales existentes.
Figura 3. Aislamiento microbiano en el laboratorio. A la izquierda: hongos filamentosos
creciendo en medio de cultivo sólido (Fuente: https://www.maxpixel.net/Strains-Growing-
Cultures-Mold-Petri-Dishes-2035457). A la derecha: aislamiento de una cepa bacteriana por la
técnica de siembra por agotamiento (Fuente: Drhx [CC BY-SA 4.0
(https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0)], from Wikimedia Commons).

Herramientas de biología molecular

La aplicación de técnicas de biología molecular al campo de la ecología


microbiana, ha permitido explorar la biodiversidad microbiana existente, sin
necesidad de su aislamiento y cultivo en laboratorio. Incluso ha permitido
identificar microorganismos en sus microhábitats naturales, es decir, in situ.

Esto resulta particularmente importante en el estudio de microorganismos


extremófilos, cuyas condiciones óptimas de crecimiento son complejas de
simular en el laboratorio.

Por otra parte, la tecnología del ADN recombinante con el uso de


microorganismos modificados genéticamente, ha permitido la eliminación de
sustancias contaminantes del ambiente en procesos de biorremediación.

Áreas de estudio de la microbiología ambiental

Como se indicó inicialmente, las diferentes áreas de estudio de la microbiología


ambiental incluyen las disciplinas de la ecología microbiana, geomicrobiología y
biorremediación.

-Ecología microbiana

La ecología microbiana fusiona la microbiología con la teoría ecológica, a través


del estudio de la diversidad de los roles funcionales microbianos en su ambiente
natural.
Los microorganismos representan la mayor biomasa en el planeta Tierra, por ello
no es de extrañar que sus funciones o roles ecológicos afecten la historia
ecológica de los ecosistemas.

Un ejemplo de esta influencia es la aparición de formas de vida aeróbicas gracias


a la acumulación de oxígeno (O2) en la atmósfera primitiva, generado por la
actividad fotosintética de las cianobacterias.

Campos de investigación de la ecología microbiana

La ecología microbiana es transversal a todas las demás disciplinas de la


microbiología, y estudia:

 La diversidad microbiana y su historia evolutiva.


 Las interacciones entre microorganismos de una población y entre
poblaciones en una comunidad.
 Las interacciones entre microorganismos y plantas.
 Los fitopatógenos (bacterianos, fúngicos y virales).
 Las interacciones entre microorganismos y animales.
 Las comunidades microbianas, su composición y los procesos de
sucesión.
 Las adaptaciones microbianas a las condiciones ambientales.
 Los tipos de hábitats microbianos (atmo-ecosfera, hidro-ecosfera, lito-
ecosfera y hábitats extremos).

-Geomicrobiología

La geomicrobiología estudia las actividades microbianas que afectan los


procesos geológicos y geoquímicos (ciclos biogeoquímicos) terrestres.

Estos ocurren en la atmósfera, hidrósfera y geósfera, específicamente en


ambientes como sedimentos recientes, cuerpos de agua subterránea en
contacto con rocas sedimentarias e ígneas y en la corteza terrestre meteorizada.

Se especializa en microorganismos que interactúan con minerales en su


ambiente, disolviéndolos, transformándolos, precipitándolos, entre otros.

Campos de investigación de la Geomicrobiología

La geomicrobiología estudia:

 Las interacciones microbianas con los procesos geológicos (formación


de suelos, ruptura de rocas, síntesis y degradación de minerales y de
combustibles fósiles).
 La formación de minerales de origen microbiano, sea por precipitación
o por disolución en el ecosistema (por ejemplo, en acuíferos).
 Intervención microbiana en ciclos biogeoquímicos de la geósfera.
 Interacciones microbianas que forman cúmulos indeseados de
microorganismos sobre una superficie (bioincrustaciones). Estas
bioincrustaciones pueden generar deterioro de las superficies que
habitan. Por ejemplo, pueden corroer superficies metálicas
(biocorrosión).
 Evidencias fósiles de interacciones entre microorganismos y minerales
de su ambiente primitivo.

Por ejemplo, los estromatolitos son estructuras minerales fósiles estratificadas


de aguas someras. Están constituidas por carbonatos, provenientes de las
paredes de cianobacterias primitivas.

Figura 4. A la izquierda: estromatolitos fósiles en aguas someras (Fuente foto izquierda:


https://es.wikipedia.org/wiki/Archivo:StromatolitheAustralie2.jpeg). A la derecha: detalle de los
estromatolitos (Fuente foto derecha:
https://es.m.wikipedia.org/wiki/Archivo:StromatoliteUL02.JPG).

-Biorremediación

La biorremediación estudia la aplicación de agentes biológicos (microorganismos


y/o sus enzimas y plantas), en procesos de recuperación de suelos y aguas
contaminadas con sustancias peligrosas para la salud humana y el ambiente.
Figura 5. Contaminación con petróleo en la selva amazónica ecuatoriana. Fuente: Cancillería
Ecuador [CC BY-SA 2.0 (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0)], via Wikimedia
Commons Muchos de los problemas ambientales existentes actualmente, pueden solventarse
con el uso del componente microbiano del ecosistema global.

Campos de investigación de la biorremediación

La Biorremediación estudia:

 Las capacidades metabólicas microbianas aplicables en procesos de


saneamiento ambiental.
 Interacciones microbianas con contaminantes inorgánicos y
xenobióticos (productos sintéticos tóxicos, no generados por procesos
biosintéticos naturales). Entre los compuestos xenobióticos más
estudiados, se encuentran los halocarburos, nitroaromáticos, bifenilos
policlorados, dioxinas, sulfonatos alquilbencílicos, hidrocarburos del
petróleo y plaguicidas. Entre los elementos inorgánicos más
estudiados, se encuentran los metales pesados.
 La biodegradabilidad de contaminantes ambientales in situ y en
laboratorio.

Aplicaciones de la microbiología ambiental

Entre las múltiples aplicaciones de esta vasta ciencia, podemos citar:

 El descubrimiento de nuevas rutas metabólicas microbianas con


potenciales aplicaciones en procesos de valor comercial.
 La reconstrucción de las relaciones filogenéticas microbianas.
 El análisis de acuíferos y suministros de agua potable púbicos.
 Disolución o lixiviación (biolixiviación) de metales en el medio, para su
recuperación.
 Biohidrometalurgia o biominería de metales pesados, en procesos de
biorremediación de zonas contaminadas.
 Biocontrol de microorganismos implicados en la biocorrosión de
contenedores de desechos radioactivos disueltos en acuíferos
subterráneos.
 Reconstrucción de la historia primitiva terrestre, el paleoambiente y las
formas primigenias de vida.
 Construcción de modelos útiles en la búsqueda de vida fosilizada en
otros planetas, como Marte.
 Saneamiento de áreas contaminadas con sustancias xenobióticas o
inorgánicas, como metales pesados.

Referencias

1. Ehrlich, H. L. and Newman, D. K. (2009). Geomicrobiology. Fifth


edition, CRC Press. pp 630.
2. Malik, A. (2004). Metal bioremediation through growing cells.
Environment International, 30(2), 261–278.
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3. McKinney, R. E. (2004). Environmental Pollution Control Microbiology.
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4. Prescott, L. M. (2002). Microbiology. Fifth edition, McGraw-Hill
Science/Engineering/Math. pp 1147.
5. Van den Burg, B. (2003). Extremophiles as a source for novel enzymes.
Current Opinion in Microbiology, 6(3), 213–218. doi:10.1016/s1369-
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6. Wilson, S. C., and Jones, K. C. (1993). Bioremediation of soil
contaminated with polynuclear aromatic hydrocarbons (PAHs): A
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