Tarea

• Índice de Tversky

• En base al artículo Platform for Unified Molecular

Analysis: PUMA (J. Chem. Inf. Model., 2017, 57, 1735–
1740):

• Generar la lista de núcleos base (scaffolds) y matrices

de similitud para las bases de datos:
– De referencia en el artículo (ver material suplementario).

– 20 productos naturales del artículo Newman J. Nat. Prod.,2012,

75: 311
And the virtual issue

… in Mexico?
3
 Combinación de Medidas de Similitud
Data fusion

Willett, P Combination of similarity rankings using data fusion J Chem Inf Model (2013) 53:1-10
Fusión (combinación) de datos de similitud
Reglas de fusión: promedio y máximo
Objetivo: establecer orden relativo de compuestos más similares

Caso 1: 1 fingerprint (MACCS keys) y 3 referencias (queries)

Molécula Q1 Q2 Q3
1 0.4 0.5 0.3
2 0.8 0.9 0.85
3 0.75 0.6 0.8
4 0.3 0.4 0.5
5 0.45 0.3 0.4
6 0.5 0.6 0.55
7 0.9 0.85 0.9
8 0.75 0.7 0.8
9 0.35 0.3 0.4
10 0.4 0.45 0.5

Caso 2: 2 fingerprints (MACCS keys + ECFP4) y 3 referencias (queries)

MACCS keys ECFP4
Molécula Q1 Q2 Q3 Q1 Q2 Q3
1 0.4 0.5 0.3 0.1 0.15 0.05
2 0.8 0.9 0.85 0.4 0.5 0.48
3 0.75 0.6 0.8 0.35 0.3 0.4
4 0.3 0.4 0.5 0.2 0.25 0.2
5 0.45 0.3 0.4 0.15 0.15 0.15
6 0.5 0.6 0.55 0.3 0.25 0.2
7 0.9 0.85 0.9 0.45 0.4 0.6
8 0.75 0.7 0.8 0.35 0.35 0.4
9 0.35 0.3 0.4 0.05 0.1 0.15
10 0.4 0.45 0.5 0.2 0.15 0.2
Caso 3: Valores de similitud y puntajes de acomplamiento molecular (docking scores)

Similitud Docking scores

Molécula Q1 Q2 Q3 PDB1 PDB2 PDB3
1 0.4 0.5 0.3 -12.2 -8 -15
2 0.8 0.9 0.85 -13 -7 -14
3 0.75 0.6 0.8 -6 -4.5 -8
4 0.3 0.4 0.5 -6.5 -3.5 -6.5
5 0.45 0.3 0.4 -10 -8 -12
6 0.5 0.6 0.55 -8 -4 -7
7 0.9 0.85 0.9 -13 -8.5 -14.5
8 0.75 0.7 0.8 -11 -7.5 -13
9 0.35 0.3 0.4 -7.5 -3 -6
10 0.4 0.45 0.5 -8 -4 -7
Próxima sesión:
6 noviembre, 2018
• Revisión de tarea
• Exposición del tema: Panorama de actividad (activity
landscapes).
• Lectura base:
– Recent Progress in Understanding Activity Cliffs and Their
Utility in Medicinal Chemistry. Journal of Medicinal
Chemistry, 2014, 57, 18-28
– Expone: Angélica Pilón
• Lectura complementaria:
– Activity Cliffs in Drug Discovery: Dr. Jekyll or Mr. Hyde? Drug
Discovery Today, 2014 19,1069
• Asignación de examen para entregar resuelto en la clase
del 13 de noviembre.