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ADN: estructura molecular

I Estructura primaria de la molécula: esqueleto covalente y bases


laterales

I-1 Ácido fosfórico

I-2 Azucar

I-3 Bases nitrogenadas

II Estructuras secundaria y terciaria de la molécula –Conformación


tridimensional del ADN

II.1 Dinucleótidos

II.2 Molécula de ADN

II.2.1 Puentes de hidrógeno: emparejamiento entre las bases

II.2.2 Surco mayor y surco menor

II.3 ADN no-B

II.3.1 ADN-Z

II.3.2 ADN cruciforme y ADN horquilla

II.3.3 ADN-H o ADN tríplex

II.3.4 ADN-G4

III Estructura cuaternaria de la molécula - Cromatina

IV Otros

IV.1 ADN y mitocondria

IV.2 Desnaturalización del ADN


*

El ácido desoxirribonucleico (ADN) CONTIENE la información genética de la


mayor parte de los organismos vivos (una excepción son algunos virus,
denominados retrovirus, que utilizan el ARN o ácido ribonucleico para guardar
su información genética).
- El ADN puede ser copiado a través de las sucesivas generaciones de células:
- El ADN puede ser traducido a proteínas: , más lejos traducido en proteènas,
- El ADN puede ser reparado cuando sea necesario: .
Los ácidos ribonucléicos (ARNs) son descritos en otro capítulo ( , )

- El ADN es un polímero, compuesto de unidades denominadas nucleótidos (o


mononucleótidos).
- Los nucleótidos tienen también otras funciones: (transportadores de energía:
ATP, GTP; respiración celular: NAD, FAD; transducción de señales: AMP
cíclico; coenzimas: CoA, UDP; vitaminas: nicotinamida mononucleótido,
Vit B2).

Utilizando la nomenclatura de las proteínas, podemos hablar en terminus de


estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de la molécula:

I Estructura primaria de la molécula: esqueleto covalente y bases laterales

Un nucleósido está hecho de un azúcar + una base nitrogenada.


Un nucleótido está hecho de un grupo fosfato + un azúcar + una base
nitrogenada. En el ADN, el nucleotide es un desoxirribonucleótido (en el ARN,
el nucleótido es un ribonucleótido).

I-1 Ácido fosfórico

Suministra un grupo fosfato.

I-2 Azúcar:

Desoxirribosa, que es una pentosa cíclica (azúcar de 5 carbonos). Nota: el azúcar


en el ARN es una ribosa.

Los carbonos del azúcar se numeran de 1' a 5'. El a´tomo de nitrógeno de la base
nitrogenada se une a C1' (por un enlace glicosídico), y el grupo fosfato se une al
C5' (enlace éster) para formar el nucleótido. El nucleotide es, por lo tanto: fosfato
- C5' azúcar C1' – base nitrogenada.

I-3 Bases nitrogenadas:

Son heterociclos aromáticos; hay purinas y pirimidinas.


- Purinas: adenina (A) y guanina (G).
- Pirimidinas: citosina (C) y timina (T) (Nota: la timina es reemplazadas
por uracilo (U) en el ARN).

Nota: pueden existir otras bases nitrogenadas, en particular bases metiladas


derivadas de las anteriores; este tipo de bases tienen un papel funcional (ver
capítulo correspondiente).
Glosario:
- Nombres de nucleósidos: desoxirribonucleósidos en el ADN: desoxiadenosina,
desoxiguanosina, desoxicitidina, desoxitimidina (ribonucleótidos en el ARN:
adenosina, guanosina, citidina, uridina).
- Nombres de nucleótidos: desoxirribonucleótidos en el ADN: ácido
desoxiadenílico, ácido desoxiguanílico, ácido desoxicitidílico, ácido
desoxitimidílico (ribonucleótidos en el ARN: ácido adenílico, ácido guanílico,
ácido citidílico, ácido uridílico).

II Estructuras secundaria y terciaria de la molécula –Conformación


tridimensional del ADN

II.1 Dinucleótidos

Los dinucleótidos se forman a través de un enlace fosfodiéster entre dos


mononucléotidos. Este enlace se forma entre el grupo fosfato de un
mononucleótido (en C5' de su azúcar) y el C3' del azúcar del anterior
mononucleótido. Así, comenzando con un grupo fosfato, tenemos un azúcar en 5'
(+ su base) y cuyo extremo en 3', está unido a un segundo grupo fosfato en 5' de
otro azúcar, cuyo extremo 3' está libre para un siguiente enlace. La unión – y la
orientación de la molécula es, por tanto 5' -> 3'.

Los polinucleótidos están formados por la sucesiva adición de monómeros en una


configuración general 5' -> 3'. El esqueleto de la molécula está hecho por una
sucesión de grupo fosfato-azúcar (n nucleótidos) – fosfato - azúcar (nucleótido
n+1), y así sucesivamente, unidos covalentemente, con las bases nitrogenadas
situadas lateralmente.

II.2 Molécula de ADN

El ADN está formado de dos ("ADN dúplex") cadenas o hebras dextrógiras


(como un tornillo; con giro hacia la derecha) enrolladas alrededor de un eje
formando una hélice doble de 20A° de diámetro ("la doble hélice").
Las dos cadenas son antiparalelas (esto es: sus orientaciones 5'->3' están en
direcciones opuestas). La apariencia general del polímero muestra una
periodicidad de 3,4 A°, correspondiente a la distancia entre dos bases, y otra de
34 A°, correspondiente a una vuelta completa de la hélice (y también a 10 pares
de bases).
II.2.1 Puentes de hidrógeno: emparejamiento entre las bases

Las bases nitrogenadas (hidrofóbicas) se encuentran apiladas en el interior de la


doble hélice, en planos perpendiculares a su eje. La parte exterior (grupos fosfato
y azúcares) es hidrofílica.
Las bases de una de las cadenas o hebras están unidas mediante puentes de
hidrógeno con las bases nitrogenadas de la otra cadena o hebra, uniendo ambas
cadenas (líneas discontinuas en la figura).
De esta manera, una purina de una de las cadenas se encuentra enfrentada y unida
a una pirimidina en la otra cadena. Por ello, el número de purinas es igual al
número de pirimidinas.

A se une a T (con dos puentes de hidrógeno).


G se une a C (con tres puentes de hidrógeno: enlace más estable: 5,5 kcal vs 3,5
kcal).

Nota: el contenido de A en el ADN es por lo tanto igual al contenido en T, y el


contenido en G es igual al contenido en C.
Esta correspondencia estricta (A<->T y G<->C) hace a las dos cadenas o hebras
complementarias. Una es el molde para la otra, y recíprocamente también: esta
propiedad permitirá una replicación exacta (replicación semi-conservativa: una
cadena -la molde- se conserva, mientras que la otra se sintetiza de nuevo por
completo, y lo mismo ocurre con la otra cadena complementaria, se conserva,
que hace de molde también para la síntesis de otra nueva; ver capítulo
correspondiente).

Notas:
Los puentes de hidrógeno existentes en el emparejamiento entre las bases
nitrogenadas son a veces distintos de los descritos arriba para el modelo de
Watson y Crick, utilizando el átomo N7 de la purina en lugar del N1 (modelo de
Hoogsteen).
II.2.2 Surco mayor y surco menor

La doble hélice es una molécula bastante rígida y viscosa de una longitud


inmensa y un diámetro pequeño. En esta molécula se puede observar un surco
mayor y un surco menor.
El surco mayor es profundo y amplio, el surco menor es poco profundo y
estrecho.

Las interacciones
ADN-proteína son
procesos esenciales en
la vida de la célula
(activación o
represión de la
transcripción,
replicación del ADN
y reparación).
Las proteínas se unen
a la parte interior de
los surcos del ADN,
mediante uniones
específicas: puentes
de hidrógeno, y
uniones no
específicas:
interacciones de van
der Waals, y otras
interacciones
electrostáticas
generales.
Las proteínas
reconocen donantes y
aceptores de puentes
de hidrógeno, grupos
metilo (hidrofóbicos),
éstos últimos
exclusivos del surco
mayor; hay cuatro
patrones posibles de
reconocimiento en del
surco mayor , y sólo
dos en el surco menor
(ver figuras).

Algunas proteínas se unen al ADN por el surco mayor, algunas otras por el surco
menor, y algunas necesitan unirse a ambos.
Notas:
- Las dos cadenas se denominan "positiva" y "negativa", o "directa" y "reversa".
En una posición determinada una de las cadenas (cualquiera de las dos) contiene
información codificante para un producto, es improbable (aunque no imposible)
que la cadena complementaria también contenga en esa posición información
codificante.
- El ADN se ioniza in vivo y se comporta como un polianión.

La doble hélice descrita arriba es la forma "B" del ADN; ésta es la forma más
frecuente in vivo, aunque pueden existir in vivo o in vitro otras formas (ver
abajo). La forma "A" se parece a la forma ADN-B aunque está menos hidratada,
la forma "A" no se encuentra in vivo.

II.3 ADN no-B

El ADN es una molécula que se mueve continuamente, se pliega como haciendo


gimnasia y baila. Las estructuras que se citan más abajo se ha comprobado que
tienen ciertos papeles funcionales; y por otra parte, pueden favorecer las roturas y
posteriors pérdidas de segmentos de ADN, y fenómenos de amplificación,
recombinación y mutaciones.

Glosario:
Palíndromos: palabras o frases que se leen igual en ambas direcciones (por
ejemplo. "DNA LAND"). El ADN suele jugar con palíndromos: ver más abajo).

II.3.1 ADN-Z

- La forma Z es una forma de doble hélice levógira (con giro hacia la izquierda)
con una conformación del esqueleto en zig-zag (menos lisa que la forma ADN-
B). Sólo se observa un surco, semejante al surco menor, el emparejamiento entre
las bases (que forman el surco mayor -cercano al eje- en la forma ADN-B) está
hacia un lateral, en la superficie exterior, lejos del eje. Los grupos fosfato se
encuentran más cerca entre ellos que en la forma ADN-B. El ADN-Z no puede
formar nucleosomas.
- La conformación Z está favorecida por un elevado contenido en G-C. La
metilación de citosinas, y moléculas que pueden encontrase presentes in vivo
como la espermina y espermidina pueden estabilizar la conformación Z.
- Las secuencias de ADN pueden pasar de la forma B hacia la forma Z y
viceversa: el ADN-Z es una forma transitoria in vivo.
- La formación de ADN-Z se produce durante la transcripción de genes, en los
puntos de inicio de la transcripción cerca de los promotores de genes que se
transcriben de manera activa. Durante la transcripción, el movimiento de la ARN
polimerasa induce una superhelicoidización negativa en la parte anterior o
corriente arriba y una superhelicoidización en la parte posterior o corriente
debajo de la transcripción. La superhelicoidización negativa corriente arriba
favorece la formación de ADN-Z; una función posible del ADN-Z podría ser
absorber esta superhelicoidización negativa. Al final de la transcripción, la
topoisomerasa relaja la estructura del ADN volviendo a la conformación B.
- Ciertas proteínas se unen al ADN-Z, particularmente la adenosina desaminasa
de ARN de doble cadena (ADAR1), una enzima de edición de ARN; esta enzima
transforma de adenina en inopina en el pre-ARNm. Posteriormente, los
ribosomas interpretarán la inosina como guanina, por lo que la proteína
codificada por esta modificación epigenética será distinta (ver capítulo
correspondiente ).

Notas:
- Se han encontrado anticuerpos frente al ADN-Z en el lupus eritematoso y en
otras enfermedades autoinmunes.
- El ARN de doble cadena (ARNdc) puede adoptar una conformación Z.

II.3.2 ADN cruciforme y ADN horquilla

- Las estructuras de Holliday (formadas durante la recombinación) son


estructuras cruciformes. Las repeticiones (palíndromos) invertidas (o
especulares) de segmentos de polipurinas/polipirimidinas también pueden formas
estructuras cruciformes o en horquilla mediante la formación de emparejamientos
intracatenarios.
- Se han encontrado repeticiones palindrómicas ricas en AT en los puntos de
rotura de la t(11;22)(q23;q11), la única translocación recíproca constitucional
conocida.
- Las nucleadas se unen y rompen las estructuras de Holliday tras la
recombinación. Otras proteínas conocidas capaces de unirse a ADN cruciforme
son HMG y MLL (para más detalles ver: MLL).
II.3.3 ADN-H o ADN tríplex

- Las repeticiones invertidas (palíndromos) de fragmentos de ADN de


polipurinas/polipirimidinas pueden formar estructuras tríplex (hélices triples). De
esta manera se forma una hélice triple junto a una cadena monocatenaria de
ADN.
- El ADN-H puede tener un papel funcional en la regulación de la expresión
génica y sobre los ARNs (por ejemplo, en la represión de la transcripción).
II.3.4 ADN-G4

- El ADN-G4 o ADN cuádruplex: se forma una estructura altamente estable por


el plegamiento de una secuencia bicatenaria rica en GC consigo mismo a través
de emparejamientos de Hoogsteen entre 4 guaninas ("G4"). Este tipo de ADN se
encuentra a menudo cerca de promotores de genes y en los telómeros.
- Tiene un papel en la meiosis y en la recombinación, pueden ser elementos
reguladores.
- La familia de helicasas RecQ son capaces de deshacer la estructura G4 (por
ejemplo, BLM, el gen mutado en el síndrome de Bloom (para más información
ver: Bloom syndrome).
III Estructura cuaternaria de la molécula - Cromatina

El ADN se asocia a proteínas: histonas y no histonas, para formar la cromatina.


El ADN en su conjunto es ácido (cargado negativamente) y se une a proteínas
básicas (cargadas positivamente) denominadas histonas: ver capítulo Cromatina .
Hay 3 x 10 9 pares de nucleótidos en el genoma humano haploide que contiene
unos 30 000 genes dispersos sobre los 23 cromosomas que conforman un juego
haploide.

IV Otros
IV.1 ADN y mitocondria

Ver también Herencia mitocondrial

- El ADN se encuentra en el núcleo de la célula, aunque en las mitocondrias


también hay una pequeña cantidad.
- Las mitocondrias se originaron a partir de arqueobacterias endosimbiontes en
células eucariotas.
- Su código genético es distinto del llamado código “universal” (UGA, AUA,
AGA, AGG: respectivamente STOP, Ile, Arg, Arg en el código universal, y Trp,
Met, STOP, STOP en el mitocondrial de mamíferos, y otros significados en el
mitocondrial de otras especies).
- El número de copias de ADN en una mitocondria determinada es variable.
- El ADN mitocondrial es circular, con una cadena pesada y otra ligera, no tiene
intrones, ni secuencias no codificantes.
- Los genes del genoma mitocondrial codifican para proteínas que intervienen en
la cadema transportadora de electrones, ARN ribosomales (ARNr) y ARN de
transferencia (ARNt).
- Cada una de las cadenas de ADN se transcribe y posteriormente es cortada en
los distintos ARNm, ARNr y ARNt.

Nota: la mitocondria también utiliza proteínas importadas del citoplasma de la


célula (y codificadas por el genoma nuclear); sin embargo, las proteínas de la
mitocondria no son exportadas al citoplasma salvo excepciones como las
relacionadas con la apoptósis.

IV.2 Desnaturalización del ADN:

La doble hélice puede desespiralizarse in vitro mediante calor, pH extremos y


otras condiciones (urea, …) en un proceso denominado fusión. Se puede calcular
su punto de fusion, que es característico y dependiente de la proporción A/T
versus G/C, debido al hecho que hay sólo dos puentes de hidrógeno en la unión
A/T, y tres en la G/C, unión más estable. Con la desnaturalización, las
propiedades físicas del ADN cambian; por ejemplo, hay un efecto hipercrómico
ya que la absorción de la luz a 260 nm es mayor en el ADN desnaturalizado que
en el ADN bicatenario. La abosrción de la luz también varía con la proporción
A/T vs G/C y es mayor en secuencias ricas en A/T que en secuencias ricas en
G/C.
La desnaturalización del ADN es importante porque:
1- permite medir el contenido A/T vs G/C;
2- es la base de las técnicas de hibridación (hibridación in situ, blots,
ver Métodos en Genética).
MUNDO ARN

La teoría de que las primeras células surgen a partir de procesos físico-


químicos, hoy plenamente aceptada, surgió casi necesariamente. C. Darwin
propuso en el Origen de las especies que los organismos proceden de otros
organismos y que las diferencias entre ellos, que potencialmente pueden dar
lugar a especies nuevas, se consiguen con la selección natural actuando
sobre la variabilidad fenotípica de tales organismos. La teoría celular dice en
uno de sus postulados que toda célula proviene de otra célula, pero L. Pasteur
eliminó la posibilidad de que hubiera generación espontánea, incluso para los
organismos más simples. Todo ello conduce a que la primera célula surgió de
sustancias inanimadas, una especie de generación espontánea, pero no la
que refutó L. Pasteur sino una generación progresiva y compleja a partir de
moléculas simples que irían ganando complejidad en sus estructuras, en su
composición y sobre todo en las interacciones de unas con otras.

En la sucesión de etapas que llevaron desde las moléculas más simples


hasta las primeras células hubo un momento en el que aparecieron moléculas
o conjuntos de moléculas que tuvieron la capacidad de autorreplicarse y de
sufrir selección natural. Una vez esto, el resto se podría explicar por selección
darwiniana !a nivel molecular!

Los candidatos para ser los primeros protagonistas de la evolución


podrían ser dos de las principales moléculas que componen hoy en día las
células: ADN y proteínas. Pero se les ha dejado de lado por las dificultades
que presentan. El ADN es un buen soporte para almacenar información, es
muy estable y permite variabilidad, pero prácticamente es inerte y no tiene
capacidad de autorreplicarse. Las proteínas tienen una alta capacidad
catalítica, es decir, "hacen cosas", pero autorreplicar su secuencia de
aminoácidos parece hoy en día inabordable. Entonces, ¿quién podría ser el
candidato?

A finales de los años 60 del siglo pasado, F. Crick (propuso el modelo de


la doble hélice para el ADN, junto con J. Watson), R. Woese y L.E. Orgel
proponen que esa molécula insólita debió ser el ARN. ¿Por qué? La biología
molecular ha ido colocando al ARN en una posición protagonista en el
funcionamiento de la célula. Pero fue W. Gilbert en 1986 quien al formuló en
su forma actual (Gilbert fue premio Nobel por una técnica de secuenciación
del ADN, también acuñó los términos de exones e intrones). Los siguientes
datos apoyan su propuesta:

1.- Tiene capacidad catalítica. Las ribonucleoproteínas son capaces de


procesar los transcritos primarios en el núcleo y el ARN ribosómico participa
de manera crítica en la síntesis de proteínas en los ribosomas.

2.- Transporta información. El ARN mensajero recoge la información del


ADN y lo lleva hasta los ribosomas donde es leído para la síntesis de las
proteínas.

3.- Ribonucleótidos como el ATP (trifosfato de adenosina) son las


moléculas energéticas por excelencia de los seres vivos. Cofactores como el
NAD+ o el FAD son cruciales en muchas reacciones bioquímicas.

4.- Moléculas de RNA sometidas a condiciones controladas son capaces


de evolucionar.

5.- Los ARN de transferencia son los encargados de reconocer a los


aminoácidos y colocarlos en una secuencia determinada cuando leen una
cadena de ARNm

6.- La replicación del ADN requiere la presencia de pequeños segmentos


de ARN denominados cebadores.

7.- La mayor parte del ADN que codifica para ARN no lo hace para ARNm
sino para ARN que no se traducirá a proteínas y que realiza numerosas
funciones celulares. Parece que la proporción de ADN que se transcribe a
ARN mensajero es mínima comparada con la que se transcribe en ARN no
codificante. Estos ARN pueden regular la expresión génica, la compactación
del ADN, la metilación del ADN, la diferenciación celular, etcétera.
Todas estas observaciones hacen que el ARN pueda ser esa molécula
versátil necesaria en el origen de la vida, pero no concluyen que lo haya sido.
Algunos autores ven la gran cantidad de funciones que desempeñan los
distintos tipos de ARN en la célula como una consecuencia del papel
preponderante del ARN en la química prebiótica.

Hay sin embargo puntos débiles en esta propuesta y argumentos


alternativos. Es difícil reconstruir todos los pasos simulando condiciones
primigenias. Los ribonucleótidos son difíciles de sintetizar y sus componentes
se degradan con facilidad, aunque se ha demostrado que en presencia de
minerales con boro y bajo ciertas condiciones posibles en la Tierra de aquella
época se pueden formar ribonucleótidos y con cierta estabilidad, pero se
producirían en muy pocas cantidades y las condiciones serían muy
improbables. Pero aún quedaría el enorme problema de ensamblarlos de
manera útil. Aparte del enorme obstáculo de la polimerización, nos quedaría
otro mayor: la probabilidad de que por azar se forme un polímero con
capacidad de autorreplicación es tan baja que algunos científicos desechan
esta posibilidad. Algunos científicos no aceptan estas teorías por lo alta
improbabilidad de que se den todos estos pasos de forma consecutiva. Por
ello se ha retomado la propuesta de Oparin de los coacervados o complejos
metabólicos. La base de esta teoría radica en que las primeras entidades que
fueron capaces de replicarse o dividirse fueron unos conjuntos de moléculas
que sufrían una serie de reacciones de manera que se establecía un ciclo de
reacciones químicas. Probablemente el mejor lugar fueron las fumarolas, pero
las fumarolas blancas, menos extremas que las fumarolas negras. De esta
manera los compuestos se regeneraban y aumentaban en número con la
toma de sustratos y energía externa. Un importante punto de esta idea es la
necesidad del aislamiento respecto al medio externo, que podría darse por
películas químicas o por aislamiento en oquedades de las rocas (ver figura).
En la serie de puntos que hemos colocado en la página principal habría que
cambiar algunas cosas de orden, como por ejemplo la envuelta antes que la
autorreplicación. Estos agregados irían ganando en complejidad hasta
producir el ARN, que en el fondo no se discute que fuese antes que el ADN y
las proteínas. Esto implica que antes de la aparición del mundo ARN habría
un mundo pre-ARN.