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Otra de las repercusiones del deslinde de tierras y el fraccionamiento de las tierras comunales
indígenas fue que algunos de ellos se rebelaron contra el gobierno. Los conflictos, que tuvieron
lugar a finales del siglo XIX y principios del XX, fueron protagonizados por mayas, tzotziles, coras,
huicholes y rarámuris, entre otros. Los conflictos más duraderos fueron los ocurridos en Yucatán,
Quintana Roo y Sonora. Ante dichos grupos se tomó una política de deportación, Yucatán y
Quintana Roo fueron los principales destinos.[13] En el norte, el gobierno de Díaz tomó contra
los yaquis una política de violenta represión y deportación hacia el sur del país. El momento
cumbre contra este grupo tuvo lugar en 1908, momento para el cual entre un cuarto y la mitad
de su población había sido enviada a las plantaciones de henequén en Yucatán. A la postre, estos
grupos étnicos habrían de colaborar con las fuerzas revolucionarias.