Flores inició su participación en la selección peruana con la categoría sub-17, con la

cual disputó el torneo de fútbol de los Juegos Suramericanos de 2010 y

el Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2011 donde marcó tres goles en
los cuatro partidos de la primera fase. Fue convocado para el Campeonato
Sudamericano de Fútbol Sub-20 de 2013, el 10 de enero hizo su debut ante la
selección de Uruguay, encuentro que culminó 3-3.19 El 18 de enero marcó su primer
gol ante Brasil en el triunfo por 2-0 que significó la clasificación al hexagonal final
como primeros del grupo B.20 Marcó su segundo gol en la última fecha del hexagonal
final ante Chile, el partido terminó en empate a uno, resultado que no alcanzó para
que Perú logre la clasificación al Copa Mundial de Turquía.21
Con la selección absoluta ha sido internacional en 30 ocasiones y ha marcado 9 goles.
Su debut se produjo el 14 de agosto de 2013 en un encuentro amistoso ante la
selección de Corea del Sur que finalizó con marcador de 0-0.22 Gracias al recambio
generacional que hizo Ricardo Gareca, Edison tuvo más oportunidades con la
selección peruana debutando oficialmente en la clasificación de Conmebol para la
Copa Mundial de Fútbol de 2018 el 24 de marzo de 2016 ingresando por Jefferson
Farfán en el partido contra Venezuela dando un pase de gol a Raúl Ruidíaz para el
empate a dos en el Estadio Nacional del Perú.23
El 20 de mayo de 2016 el entrenador Ricardo Gareca, lo incluyó en la nómina de 23
jugadores convocados para disputar la Copa América Centenario.24 El estreno de la
blanquirroja en la competición se produjo el 4 de junio de 2016 derrotando por 1-0
a Haití. Cuatro días más tarde empató por marcador de 2-2 ante su similar de Ecuador.
Perú cerró su participación en la primera fase con una victoria por 1-0 ante Brasil. En
los cuartos de final enfrentó a la selección de Colombia con la que empató 0-0 en el
tiempo reglamentario, finalmente fueron derrotados por 4-2 en la tanda de penaltis.25
Edison fue titular en los cuatro partidos que disputó su selección. En la segunda
ronda de las eliminatorias para Rusia 2018 Flores anotó cinco goles, convirtiéndose
(junto a Paolo Guerrero) en el goleador de la selección durante dicho proceso, a cuyo
término Perú obtuvo la clasificación a la Copa Mundial de Fútbol de 2018.26
El 16 de mayo de 2018 el entrenador de la selección peruana, Ricardo Gareca, lo
incluyó en la nómina preliminar de 24 jugadores convocados para la Copa Mundial de
Fútbol de 2018.27 Fue confirmado en la lista definitiva de 23 jugadores el 4 de junio.28