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Instituto Politécnico Nacional

Unidad Profesional Interdisciplinaria de


Ingeniería Campus Guanajuato

Análisis de modelos matemáticos de


genes.
Feed Forward Loop

Fuentes Ramírez Sharon Alessandra

Salas Carbajal Karla Stephanie

6BV1

Fuentes Ramírez, S. Salas Carbajal, K.| Ingeniería Celular | 2do departamental | 16 / 03/ 2019
Modelo Básico analizado
La red que nos compete es del tipo coherente 3 y su esquema es como el que se muestra
en la figura 1.

Figura 1. Comportamiento para la expresión de genes.

Se busca que tanto el gen X como el gen Y se expresen, pero que en conjunto repriman la
activación del gen Z a través de la función AND en un FFL.

Partimos del análisis lógico empleado para la ecuación de Hills, donde se pretende que las
expresiones de X y Y coincidan de tal forma que den paso a la represión de Z. Donde 1
significa que la existencia del gen es verdadera y 0, falso.

Tabla 1. Estados de activación de los tres genes de interés.


 
X​*​>K​XY (θ​
​ 1​) X​*​>K​XZ ​(θ​2​) Y​*​>K​YZ ​ (θ​3​) Estado de Z

0 1 1 ON

1 0 0 OFF

0 1 0 ON

0 0 1 ON

Las ecuaciones que modelan el comportamiento son

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dY
dt = β Y θ1 (X > K XY ) − αy Activación de Y por X
dZ
dt = β Z θ2 (X > K XZ )θ3 (Y > K Y Z ) − αz Activación de Z por función AND

Pudiéndose simplificar gracias a la tabla 1

dY
dt = β Y θ 1 − αy Ecuación 1

dZ
dt = − αz Ecuación 2

Estas ecuaciones diferenciales se integran para dar paso a las ecuaciones graficables de la
concentración de genes con respecto al tiempo. Para esto se empleó el siguiente
procedimiento:

➔ Ecuación 1

∫ β dY− αy = ∫ dt
Y

con​ u = β Y − αy
y​ du = − α · dy
1
−α · ∫ du
u = ∫ dt

1
−α · ln (u) = t
ln(β − αy) = − αt
(β − αy) = e−αt
β−e−αt
y (t) = α

➔ Ecuación 2

∫ dZz = − α dt  

I n (z) = − αt  
z (t) = e−αt  
 
Las ecuaciones obtenidas nos permiten analizar el comportamiento de la concentración del
gen Y y del gen Z con respecto al tiempo. Retomando las ecuaciones obtenidas

β
Ecuación de concentración de Y en el y (t) = α (1 − e−αt )  
tiempo t

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Ecuación de concentración de Z en el z (t) = (e−αt )
tiempo t
Con esto se puede construir las siguientes gráficas. Tomándose en cuenta que β y α son 1
en ambos casos.
 

Figura 2. Comportamiento de la concentración del gen X

En la figura 2, X solo tiee dos estadíos: 1) donde está OFF, o sea, no se expresa y por lo
tanto no existe concentración de este y por tanto su valor es 0, y 2) donde está ON, se
expresa y hay concentración de él, su valor entonces es 1.

Figura 3. Comportamiento de la concentración del gen Y.

El gen Y como se puede notar a partir de su ecuación, tiene un crecimiento exponencial


dado que está ligado a la activación de X, por lo que si X se expresa, Y también lo hará
siguiendo un crecimiento delineado por la 1.

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Figura 4. Comportamiento de la concentración del gen Z.

Como se puede observar, Z empieza con concentraciones constantes que estarían ligadas
a las concentraciones de X y de Y e funciones normales, sin embargo al aumentar éstas, la
concentración de Z disminuirá de manera exponencial.

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