UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE GUERRERO

FACULTAD DE CIENCIAS QUÍMICO

BIOLÓGICAS
MAESTRÍA EN CIENCIAS BIOMEDICAS

Biotecnología Medica

Bases de datos, algoritmos y programas on line

utilizadas durante el curso de Biotecnología
Medica 2019

Alumno:
Grecia Gallardo Rivera

Profesor:
Dr. Marco Antonio Leyva Vázquez

Chilpancingo de los Bravo, Gro, marzo del 2019

Durante este curso aprendimos a utilizar diferentes bases de datos tanto para
eucariontes como procariontes. Aprendimos a descargar secuencias en formato
FASTA de DNA, mRNA y proteína y por ultimo aprendimos a utilizar softwares para
el diseño de primers, algoritmos para realizar alineamientos uno a uno y múltiples y
por ultimo programas en línea para el diseño de fármacos.

BASES DE DATOS
NCBI

El Centro Nacional para la Información Biotecnológica o National Center for

Biotechnology Information (NCBI) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina
de Estados Unidos (National Library of Medicine. Todas las bases de datos del
NCBI están disponibles en línea de manera gratuita, y son accesibles usando el
buscador Entrez. NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para
el análisis de secuencias de ADN, ARN y proteínas, siendo BLAST una de las más
usadas. NCBI alberga genoma secuenciado en GenBank, y un índice de los
artículos biomédicos de investigación en PubMed Central y PubMed, así como otra
información relevante a la biotecnología.

Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 DDBJ

El Banco de datos de ADN de Japón ( DDBJ ) es una base de datos biológica que recopila
secuencias de ADN. [1] [2] Está ubicado en el Instituto Nacional de Genética (NIG) en
la prefectura de Shizuoka de Japón. También es miembro de la Colaboración internacional de
bases de datos de secuencias de nucleótidos o INSDC . Intercambia sus datos con el
Laboratorio Europeo de Biología Molecular en el Instituto Europeo de Bioinformática y
con GenBank en el Biotecnológica. Diariamente. Por lo tanto, estos tres bancos de datos
contienen los mismos datos en un momento dado.

Link: https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
 EMBL-EBI

European Bioinformatics Institute o EBI o Instituto Europeo de Bioinformática es un centro de

investigación en bioinformáticasin ánimo de lucro situado en Hinxton, Cambridge, Reino Unido.
Pertenece al European Molecular Biology Laboratory o EMBL (Laboratorio Europeo de Biología
Molecular). Es pionero en investigación bioinformática, proporcionando herramientas para la
comprensión de los datos genómicos y proteómicos, así como administrando bases de datos
relacionadas con ácidos nucleicos, proteínas y estructuras macromoleculares.

Link: https://www.ebi.ac.uk/
 UniProt

UniProt (de universalt protein) es el recurso de proteínas universal un repositorio central de

datos sobre proteínas creado por la combinación de Swiss-Prot, TrEMBL y PIRt. Esto lo ha
convertido en el recurso líder mundial almacenando información sobre proteínas.

Link: https://www.uniprot.org/
 ExPASy

ExPASy es el acrónimo del inglés Expert Protein Analysis System, Sistema Experto de Análisis
de Proteínas, un servidor de proteómica del Instituto Suizo de Bioinformática (Swiss Institute of
Bioinformatics, SIB) que analiza secuencias y estructuras de proteínas y 2D-PAGE. El servidor
funciona en colaboración con el Instituto Europeo de Bioinformática(European Bioinformatics
Institute, EBI) desde el 1 de agosto de 1993.

Link: https://www.expasy.org/
 Ensembl genoma

Ensembl es un proyecto de investigación bioinformática que trata de "desarrollar un sistema

de software que produzca y mantenga anotaciones automáticas en los genomas eucariotas
seleccionados". Funciona como una colaboración entre el Wellcome Trust Sanger Institute y
el Instituto Europeo de Bioinformática, una división del Laboratorio Europeo de Biología
Molecular. Toda la información y software generados en el proyecto es de libre uso y acceso.

Link: https://www.ensembl.org/index.html
 EnsemblBacteria

Ensembl Bacteria contiene genomas de registros de INSDC anotados que se cargan

en las bases de datos de especies múltiples de Ensembl, utilizando el canal de
importación de anotaciones de INSDC . Este documento describe cómo se usa esta
tubería para la carga masiva de bacterias y proporciona consejos para manejar los
datos

Link: https://bacteria.ensembl.org/index.html
 reactome

Reactome es una base de datos en línea gratuita de vías biológicas . El sitio web
se puede utilizar para explorar rutas y enviar datos a un conjunto de herramientas
de análisis de datos. La unidad central del modelo de datos Reactome es la
reacción. Las entidades (ácidos nucleicos, proteínas, complejos y moléculas
pequeñas) que participan en las reacciones forman una red de interacciones
biológicas y se agrupan en vías. Los ejemplos de vías biológicas en Reactome
incluyen señalización, función inmune innata y adquirida, regulación transcripcional,
traducción, apoptosis y metabolismo intermediario clásico

Link: https://reactome.org/
 IntAct

IntAct proporciona una base de datos de fuente abierta y un kit de herramientas

para el almacenamiento, la presentación y el análisis de las interacciones de
proteínas. La interfaz web proporciona representaciones textuales y gráficas de las
interacciones de proteínas, y permite explorar redes de interacción en el contexto
de las anotaciones GO de las proteínas que interactúan.

Link: https://www.ebi.ac.uk/intact/
 ENCODE

La Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) es un proyecto de investigación pública lanzado

por el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano de Estados Unidos (NHGRI) en
septiembre de 2003. Destinado como un seguimiento del Proyecto Genoma Humano (Genomic
Research), el proyecto ENCODE pretende identificar todos los elementos funcionales en el
genoma humano.

Link: https://www.encodeproject.org/
 GENE ONTOLOGY

El proyecto Ontología Génica (en inglés Gene Ontology cuya sigla es GO) provee
un vocabulario controlado que describe el gen y los atributos del producto génico en
cualquier organismo. Puede ser, en general, dividido en dos partes. La primera es
la ontología por sí misma; en realidad son tres ontologías, cada cual representando
un concepto clave en biología molecular: la función molecular de los productos
génicos; su rol en los procesos biológicos de múltiples direcciones; y su localización
en componentes celulares. Las ontologías son continuamente actualizadas, y se
dispone de nuevas versiones mensualmente. La segunda parte es la anotación, la
caracterización de los productos génicos usando términos de la ontología. Los
miembros del Consorcio GO (GO Consortium en inglés) entregan su información y
se hace disponible públicamente a través del sitio web GO.

Link: http://geneontology.org/
 GENCODE

GENCODE es un proyecto científico en investigación del genoma y parte

del proyecto a escala ENCODE(ENCyclopedia Of DNA Elements).El consorcio
GENCODE se formó inicialmente como parte de la fase piloto del proyecto ENCODE
para identificar y mapear todos los genes codificantes de proteínas dentro de las
regiones ENCODE (aproximadamente el 1% del genoma humano). Dado el éxito
inicial del proyecto, GENCODE ahora tiene como objetivo construir una
"Enciclopedia de genes y variantes de genes" mediante la identificación de todas
las características de los genes en el genoma humano y del ratón mediante una
combinación de análisis computacional, anotación manual y validación
experimental. y anotar todas las características genéticas basadas en la evidencia
en todo el genoma humano con una alta precisión.

Link: https://www.gencodegenes.org/
 TANRIC

TANRIC es un recurso de acceso abierto para la exploración interactiva de lncRNAs

en el cáncer. Caracteriza los perfiles de expresión de lncRNAs en grandes cohortes
de pacientes de 20 tipos de cáncer, incluidos TCGA, CCLE y otros conjuntos de
datos independientes.

Link:https://bioinformatics.mdanderson.org/p
ublic-software/tanric/
 ICGC

El ICGC, establecido en 2007, tuvo como objetivo definir los genomas de 25,000
cánceres primarios no tratados (la Iniciativa 25K). El ICGC resolvió numerosos
problemas de gobernabilidad de datos, éticos y logísticos para hacer posible el
intercambio de datos genómicos globales para el cáncer, proporcionando a la
comunidad internacional datos genómicos completos para muchos tipos de cáncer.

Link: https://icgc.org/
 PROGRAMAS ON LINE PARA EL DISEÑO DE
PRIMERS
Primer 3

Es un programa ampliamente utilizado para diseñar cebadores de PCR.

Link: http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/
 Primer-BLAST

En este programa podemos validar nuestros primers, checando que solo

amplifiquen para la región que se quiere, además de corroborar la temperatura y el
porcentaje de Guanina y Citosina.

Link:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/prim
er-blast/
 ALGORITMOS PARA HACER
ALINEAMIENTOS UNO A UNO Y
ALINEAMIENTOS MULTIPLES
Clustal Omega

Clustal Omega es un programa de computadora ampliamente utilizado para

realizar alineamientos múltiples de secuencias.

Link:https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustal
o/
 BLAST de NCBI

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de

secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de
comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query)
contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos.
El algoritmo encuentra las secuencias de la base de datos que tienen mayor parecido a la
secuencia problema.

Link: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
PROGRAMAS ON LINE PARA EL DISEÑO DE
FARMACOS
molsoft

Link: https://www.molsoft.com/
 SwissTargetPrediction

Este sitio web le permite predecir los objetivos de una molécula pequeña. Utilizando
una combinación de medidas de similitud 2D y 3D, compara la molécula de consulta
con una biblioteca de 280,000 compuestos activos en más de 2000 objetivos de 5
organismos diferentes.

Link: http://www.swisstargetprediction.ch/
 PROGRAMA PARA REALIZAR MAPAS DE
CALOR
RStudio

RStudio es un entorno de desarrollo integrado para el lenguaje de programación R,

dedicado a la computación estadística y gráficos. Incluye una consola, editor de
sintaxis que apoya la ejecución de código, así como herramientas para el trazado,
la depuración y la gestión del espacio de trabajo.