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Métodos
Ratones
Ts65Dn colonia de ratones hembras B6EiC3Sn a / A-Ts (1716) 65Dn (Ts65Dn) y
machos B6C3F1 / J se compraron en el Jackson Laboratory (Bar Harbor, ME). La
colonia de ratones se alojó y se crió en las Instalaciones de Animales del Parque de
Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB, Barcelona, España, UE). Todos los
procedimientos con animales cumplieron con las directrices de la Directiva 86/609 /
CEE de la Comunidad Europea y fueron aprobados por el Comité de Ética Local. Los
ratones se alojaron en un horario claro-oscuro de 12:12 h (luces encendidas a las 8:00
am) en condiciones ambientales controladas de humedad (60%) y temperatura (22 ± 2
° C) con comida y agua ad libitum . Tanto los ratones Ts65Dn como los euploides
fueron genotipados por qPCR, siguiendo el protocolo de los laboratorios Jackson
( https://www.jax.org/research-and-faculty/tools/cytogenetic-and-down-syndrome-models-
resource/protocols/cytogenic- qpcr-protocolo ).
Anticuerpos
Los anticuerpos se obtuvieron de proveedores comerciales como sigue: anti-PSD95
(Neuromab, # P78352), anti-sinaptofisina (Sigma-Aldrich, S5768), anti-β-actina
(Sigma-Aldrich, A5316), anti-GluN2A (Sigma- Aldrich, M264), anti-GluN1 (Millipore, #
AB9864R), anti-CaMKIIα (CST, # 50049), anti-Fyn (CST, # 4023), anti-pS890 GluN1
(CST, # 3381), anti-pS1284 GluN2B (CST, # 5355), peroxidasa de rábano picante IgG
de conejo (HRP; Dako, # P0448), y IgG-HRP anti-ratón (Dako, # P0447).
Fraccionamiento Subsináptico y Western Blot
El protocolo de fraccionamiento subsináptico se adaptó del protocolo desarrollado por
Philips y colaboradores ( Phillips et al., 2001 ). Este protocolo permite la obtención de las
fracciones extrasinápticas enriquecidas (Extra), postsinápticas (Post) y presinápticas
(Pre) de las regiones del cerebro. En resumen, el tejido congelado se descongeó en
tampón A frío (Tris-HCl 50 mM, pH 7,4, sacarosa 0,32 M, EDTA 5 mM, EGTA 1 mM,
aprotinina 1 μg / ml, leupeptina 1 μg / ml, 1/2500 PMSF, ZnCl 2 20 μM, NaF 50 mM,
ortovanadato de sodio 1 mM, pirofosfato de sodio 2,5 mM y un cóctel de inhibidores de
la proteasa [Complete, Roche] y homogeneizados mecánicamente con un alfarero. El
homogeneizado se centrifugó durante 10 minutos a 1.400 g, y se recogió el
sobrenadante. Para aumentar el rendimiento de la recuperación de proteínas, este paso
se repitió tres veces. Los sobrenadantes recogidos se agruparon y se centrifugaron
durante 10 minutos a 700 g. El sobrenadante resultante se centrifugó de nuevo durante
15 minutos a 21.000 g. El sedimento resultante que contenía la fracción de membrana
bruta se mantuvo para un subfraccionamiento adicional, como sigue. La fracción bruta
de membrana se solubilizó en tampón B (sacarosa 0,32 M, Tris-HCl 50 mM, pH 7,4) y
se cargó en un gradiente de etapa de sacarosa discontinua (0,85 M / 1,0 M / 1,2
M). Además, después de la centrifugación a 82.500 g durante 2 h, los sinaptosomas
(Syns) se recogieron de la interfaz 1.0 M / 1.2 M y se diluyeron en Tris-HCl 50 mM, pH
7.4, y se centrifugaron una vez más durante 30 minutos adicionales a 21.000 g. Luego,
se recogió este sedimento y se resuspendió en tampón de resuspensión sinaptosomal,
que consiste en sacarosa 36 mM 0,1 mM CaCl 2+ 10 mM NaF + ortohidrato de sodio 1
mM, EDTA 2 mM, proteasa y cóctel inhibidor de fosfatasa (Halt TM, ThermoFisher), lo
que lleva a la fracción sinaptosomal purificada (P2) para un fraccionamiento
subsináptico adicional, como sigue. En resumen, los sinaptosomas se solubilizaron
resuspendiendo en Tris-HCl 40 mM, pH 6.0 que contenía Triton X-100 al 1% y se
incubaron a 4 ° C durante 30 minutos bajo agitación. Después de la centrifugación a
40.000 g durante 30 minutos, la fracción de sobrenadante (correspondiente a la
fracción extrasináptica) se precipitó con acetona. El sedimento, que contenía la unión
sinaptosomal, se resuspendió en tampón Tris-HCl 20 mM, pH 8,0, suplementado con
Triton X-100 al 1%. Después de 30 minutos de incubación a 4 ° C, las fracciones se
separaron por centrifugación a 40,000 g durante 30 minutos. El sobrenadante
resultante, correspondiente a la fracción presináptica enriquecida, se precipitó con
acetona. El sedimento, que contenía la fracción postsináptica enriquecida, se
resuspendió en tampón Tris 50 mM - SDS al 2%, así como las fracciones subsinápticas
precipitadas con acetona resultantes.
Resultados
Firma Proteómica Subsináptica De Los Ratones Ts65Dn
Hippocampi
La comunicación neuronal reside principalmente en la sinapsis, un compartimento
subcelular altamente especializado que yuxtapone a las neuronas de diafonía. Dentro de
las sinapsis, existe una compartimentación morfológica adicional que permite el
posicionamiento preciso de neurotransmisores y maquinaria estructural, la función
neuronal subyacente. En consecuencia, los posibles cambios específicos en la
composición de proteínas de los compartimentos subsinápticos pueden afectar la
función sináptica y, en última instancia, alterar las neuronas glutamatérgicas
Ts65Dn. Para abordar este problema, realizamos un protocolo de fraccionamiento
subsináptico hacia la obtención de fracciones de hipocampo enriquecidas
extrasinápticas, presinápticas y postsinápticas, tanto de ratones adultos euploides como
de ratones trisómicos adultos (Figura 1A ).
FIGURA 1
Figura 2 . Análisis de ontología génica del proteoma postsináptico del hipocampo del
ratón Ts65Dn.(A) Diagrama de Venn que representa la composición proteica
comparativa entre las fracciones postsinápticas de hipocampos euploides adultos (UE)
y Ts65Dn (TS). El diagrama representa proteínas detectadas en réplicas euploides
(círculo azul), en réplicas trisómicas (círculo amarillo), y comúnmente detectadas en
réplicas de muestras euploides y trisómicas (círculo blanco). (B – E)Análisis de
anotación funcional de proteínas enriquecidas en fracciones postsinápticas del
hipocampo de hipocampos euploides (B, D) y trisómicos (C, E) (B, C) . Los gráficos
de barras representan los cinco primeros términos GO enriquecidos significativamente,
según los criterios de "compartimento celular" (D, E) . En la tabla se enumeran las
cinco principales proteínas enriquecidas significativamente relacionadas con los
términos del "proceso biológico" y la "función molecular", en la fracción postsináptica
de hipocampos euploides (D) y trisómicos (E) .
FIGURA 3
Además, nuestro objetivo fue predecir las consecuencias potenciales del kinoma
sináptico trisómico desregulado. Nos enfocamos en el análisis de silico en la familia
ionotrópica de receptores de glutamato similares a las alteraciones glutamatérgicas
reportadas en el modelo de ratón Ts65Dn. Las redes potenciales de interacción
proteína-proteína entre iGluRs y proteína quinasas reguladas al alza en las fracciones
trisómicas (ya sea postsináptica o extrasináptica) se analizaron utilizando el software
STRING. El análisis interactivo de la fracción postsináptica trisómica desentrañó la
interacción significativa de quinasa-iGluR, como lo demuestra el elevado número de
bordes (número predicho de bordes: 123 frente al número esperado de bordes: 18) y el
enriquecimiento PPI ( p-valor = 0), que indica las interacciones significativas dentro de
la red PPI. En particular, el análisis STRING identificó proteínas quinasas de la familia
CaMKII, Dlgap1, Agap2, MRCKβ que interactúan de manera distintiva con las
subunidades iGluR detectadas (GluN1, GluN2A, GluN2B, GluN2D, GluA1 y GluA2;
Figura 4 ). El análisis interactivo de la fracción extraináptica trisómica desentrañó la
interacción significativa de quinasa-iGluR, como lo demuestra el aumento significativo
de los bordes de la red (número predicho de bordes: 51 vs. número esperado de bordes:
21) y el enriquecimiento PPI ( valor p = 2.49 .10 −8), indicando las interacciones
significativas de la red PPI. Además, varias cinasas (miembros de la familia de quinasas
CaMKII, proteína quinasa dependiente de AMPc, familia de PKC y Agap2) que
interactúan de manera distintiva con las subunidades GriA1 y GriA2 de los AMPAR
también se detectaron significativamente (Figura 5 ).
Fosfatruro subináptico iGluR alterado en el hipocampo del
ratón Ts65Dn
Las fracciones subsinápticas del hipocampo se analizaron mediante espectrometría de
masas acoplada con fosfito para evaluar el modelo predictivo de interactoma kinome-
iGluR. Se analizó el fosfoproteoma de las diferentes fracciones, y se identificaron un
total de 59 iGluR fosfositas en las diferentes réplicas biológicas (Tabla complementaria
3). De estos, solo los fosfatos iGluR encontrados en ambas réplicas se conservaron para
un análisis adicional del efecto de genotipo (Figura 6y cuadro complementario 3). Esta
técnica permitió la identificación de varias fosfósis iGluR, en su mayoría
correspondientes a fosforídidos reportados previamente (15 fosfósis individuales); Se
identificaron dos nuevas fosfositas. Es importante destacar que el subopatín iGluR
phosphopattern se caracterizó en el hipocampo de ratones Ts65Dn. Usando este
método imparcial, las fosfosis reguladas al alza identificadas (que muestran picos de
EM más altos en muestras trisómicas) mostraron una representación elevada de
subunidades NMDAR (ocho fosfosis para GluN2A, siete para GluN2B y una para
GluN1), mientras que solo se detectó un fosfosito en la subunidad GluA1 (Subunidad
AMPAR) y no se identificaron fosfositos en las subunidades KAR. Realizamos un
análisis de transferencia Western en fosfositos expresados diferencialmente
identificados por MS seleccionados para validar aún más nuestros resultados.Este
análisis mostró un aumento de los niveles tanto de GluN1 (pS890) como de GluN2B
(pS1284) en la fracción postsináptica de ratones trisómicos, aunque no fue significativo,
de acuerdo con los cambios observados a lo largo del análisis fosfoproteómico imparcial
(Figura 2B complementaria). Finalmente, las quinasas putativamente fosforilaron el
consenso iGluR phosphoresidues fueronin silico predijo usar el software "Phosphomotif
Finder". Este análisis predijo una actividad enzimática potencial de CaMKII, PKC, CK1
en los fosforídidos iGluR identificados, que estaría de acuerdo con su expresión
regulada al alza mencionada anteriormente.
FIGURA 6
Discusión
En el presente estudio, hemos realizado un análisis de espectrometría de masas
acoplado con fosfito que mostró cambios funcionales alterados en las fracciones
extrasinápticas y postsinápticas del hipocampo de los ratones Ts65Dn, un modelo de
ratón trisómico que recapitula las alteraciones fenotípicas de DS. La mayoría de las
quinasas que interactúan con iGluRs muestran notablemente un aumento general en
las muestras trisómicas, mientras que la mayoría de las fosfatasas relacionadas con
iGluR muestran reducción, con algunas excepciones en ambas categorías de proteínas.
Estos resultados son concomitantes con el mayor número de fosfopéptidos iGluR
identificados por el análisis fosfoproteómico de las fracciones postsinápticas del
hipocampo de ratones Ts65Dn. Es importante destacar que en silico.El análisis de
kinoma-iGluR phosphopattern apoyó el papel de las quinasas específicas y sus posibles
iGluR fosfosis en la fisiopatología neuronal del ratón Ts65Dn.
El análisis inicial del proteoma mostró una conservación relativa del número de
proteínas (aproximadamente 1.000 proteínas identificadas), independientemente de la
fracción subsináptica y el genotipo. El estudio comparativo del efecto del genotipo en la
composición de la fracción subsináptica mostró una coincidencia de proteínas de 60.7 y
57.8% para las fracciones postsinápticas y extrasinápticas, respectivamente. Este
análisis cuantitativo indica una composición molecular diferente de las sinapsis del
hipocampo Ts65Dn, que podría resultar de la sobreexpresión de genes triplicados. Por
lo tanto, varias proteínas se expresan diferencialmente en los compartimientos
subsinápticos de las neuronas del hipocampo Ts65Dn, lo que refleja potencialmente los
sustratos moleculares asociados con las anomalías sinápticas Ts65Dn.
Curiosamente,Además, el análisis de enriquecimiento de proteínas basado en el
término GO apoyó los resultados funcionales de los cambios proteómicos detectados en
las fracciones postsinápticas y extrasinápticas de ratones trisómicos. En particular, la
fracción postsináptica de ratones trisómicos mostró una disminución relativa de las
proteínas relacionadas con el término GO de "función dendrítica". Este hallazgo está de
acuerdo con estudios previos que muestran una reducción de la ramificación dendrítica
y la densidad de la columna vertebral en ratones Ts65Dn (Belichenko et al., 2007 ) que, en
el contexto de individuos con SD, podría recapitular el deterioro dendrítico informado
en cerebros fetales DS ( Weitzdoerfer et al., 2001 ). Además, el análisis GO reveló un
enriquecimiento diferencial de proteínas sinápticas estructurales dentro del
compartimiento extrasináptico. En particular, el compartimiento trisómico
extrasináptico mostró un enriquecimiento significativo de la "sinapsis" del término GO.
Un análisis más detallado mostró la presencia de Homer3, una de las proteínas de
andamiaje más abundantes de la densidad postsináptica en ratones euploides ( Hayashi
et al., 2009 ), En fracciones extrasinápticas de ratones trisómicos. Estos datos, junto con
estudios previos de microscopía electrónica que muestran la presencia de
espinas dilatadas en las neuronas Ts65Dn ( Belichenko, 2004; Benavides-Piccione et al.,
2004 ), sugieren que las alteraciones morfológicas de las espinas Ts65Dn podrían estar
asociadas con una composición proteica alterada de la fracción extrasináptica.
Curiosamente, el análisis enriquecido con el término GO también mostró una reducción
significativa de las proteínas mitocondriales en la fracción extrasináptica de ratones
trisómicos. Este hallazgo está en línea con estudios previos que informaron una
reducción de los complejos mitocondriales y la actividad redox en cultivos neuronales y
fetos con SD, lo que lleva a disfunciones mitocondriales graves que pueden afectar el
metabolismo, la energía y la función sináptica ( Izzo et al., 2014 ).
Contribuciones de autor
XA y MG contribuyeron a la concepción y diseño del estudio. MG realizó los análisis
experimentales y bioinformáticos, con la ayuda técnica de CG. MG, FC y XA escribieron
el manuscrito. Todos los autores contribuyeron a la revisión de la revisión del
manuscrito y también leyeron y aprobaron la versión presentada.
Fondos
Este trabajo fue apoyado por Grants La Marató (Proyecto N. 20140210), PI16 / 00851
(ISCIII), PCIN-2014-105 (MINECO) y el Programa Miguel Servet (CPII16 / 00021,
ISCIII) a XA. Los contratos MG y CG fueron financiados por la Fundació La Marató
(Proyecto N. 20140210).
Expresiones de gratitud
Los autores desean agradecer a G. Gou (Hospital de la Santa Creu i Sant Santu-UAB,
Barcelona, España) y X. Morató y M. López (Unitat Neurofarmacologia, Universitat
Barcelona, España) por su apoyo técnico en los sinaptosomas. preparación. También
reconocemos al Dr. M. López Heredia (Unitat Genètica, IDIBELL), G. Gou y al Dr.
À. Bayés (Hospital de la Santa Creu i de Sant Pau-UAB, Barcelona, España) para
orientación en análisis bioinformático. Agradecemos al Dr. Eduard Sabidó y Cristina
Chiva (Unidad de Proteómica, Centro de Regulación Genómica, Barcelona, España) por
la ayuda técnica en estudios de EM y manejo de datos.
Material suplementario
El Material complementario para este artículo se puede encontrar en línea
en: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fnmol.2018.00226/full#supplementary-
material
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