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TALLER 1 BIOPROCESOS

CARLOS DE LA PEÑA
KEVIN RODRÍGUEZ CUETO
ISMAEL ROMERO BELTRÁN

UNIVERSIDAD DEL ATLÁNTICO


FACULTAD DE INGENIERÍA QUÍMICA
PROGRAMA DE INGENIERÍA QUÍMICA
BARRANQUILLA
12 MARZO 2018
GRUPO 2
1). Suponga que la siguiente secuencia describe las reacciones de dos sustratos
diferentes catalizados por una sola enzima:

Las concentraciones iniciales de los sustratos, productos y enzimas son: CS1 =0.l
mol/L, CS2 =0.3 mol/L, CP1 = CP2 =0, CES1 = CES2 =0, y CE= 0.05 mol/L. Muestre
los cambios de todas las especies con respecto al tiempo, resolviendo las
ecuaciones diferenciales simultáneas.
Al conocer las reacciones que se llevan a cabo se desarrollan las ecuaciones
diferenciales que describen el cambio de la concentración con el tiempo en función
de las concentraciones de productos, sustratos, enzima, y el complejo enzima-
sustrato.
 Para la enzima:
𝒅𝑪𝑬
− 𝑲𝟏 𝑪𝑬 𝑪𝑺𝟏 + 𝑲𝟐 𝑪𝑬𝑺𝟏 − 𝑲𝟑 𝑪𝑬 𝑪𝑺𝟐 + 𝑲𝟒 𝑪𝑬𝑺𝟐 + 𝑲𝟓 𝑪𝑬𝑺𝟏 + 𝑲𝟔 𝑪𝑬𝑺𝟐
𝒅𝒕
 Para el sustrato S1:
𝒅𝑪𝑺𝟏
= −𝑲𝟏 𝑪𝑬 𝑪𝑺𝟏 + 𝑲𝟐 𝑪𝑬𝑺𝟏
𝒅𝒕
 Para el sustrato S2:
𝒅𝑪𝑺𝟐
= −𝑲𝟑 𝑪𝑬 𝑪𝑺𝟐 + 𝑲𝟒 𝑪𝑬𝑺𝟐
𝒅𝒕
 Para el producto P1:
𝒅𝑪𝑷𝟏
= 𝑲𝟓 𝑪𝑬𝑺𝟏
𝒅𝒕
 Para el producto P2:
𝒅𝑪𝑷𝟐
= 𝑲𝟔 𝑪𝑬𝑺𝟐
𝒅𝒕
 Para el complejo enzima-sustrato:
𝒅𝑪𝑬𝑺𝟏
= 𝑲𝟏 𝑪𝑬 𝑪𝑺𝟏 − 𝑲𝟐 𝑪𝑬𝑺𝟏 − 𝑲𝟓 𝑪𝑬𝑺𝟏
𝒅𝒕
𝒅𝑪𝑬𝑺𝟐
= 𝑲𝟑 𝑪𝑬 𝑪𝑺𝟐 − 𝑲𝟒 𝑪𝑬𝑺𝟐 − 𝑲𝟔 𝑪𝑬𝑺𝟐
𝒅𝒕
Para resolver las distintas ecuaciones diferenciales se utilizó el programa de
Matlab, empleando la función ode45, característica para resolver diversos
tipos de ecuaciones diferenciales, a continuación se muestra el comando
utilizado para estudiar el comportamiento de las especies con respecto al
tiempo:

%% Desarrollo Taller No1 Bioprocesos %%


%% Cambios de las especies con respecto al tiempo %%
%% Constantes cineticas %%
k1=70;
k2=5;
k3=43.5;
k4=9.6;
k5=3.5;
k6=2.8;
%% Condiciones iniciales %%
%Cs1=A(1)
%Cs2=A(2)
%Cp1=A(3)
%Cp2=A(4)
%Ces1=A(5)
%Ces2=A(6)
%Ce=A(7)
A0=zeros(1,7);
A0(1)=0.1;
A0(2)=0.3;
A0(3)=0;
A0(4)=0;
A0(5)=0;
A0(6)=0;
A0(7)=0.05;
tspan=[0 50];
%% Ecuaciones diferenciales %%
fg=@(t,A) [-k1*A(7)*A(1)+k2*A(5);-
k3*A(7)*A(2)+k4*A(6);k5*A(5);k6*A(6);k1*A(7)*A(1)-k5*A(5)-
k2*A(5);k3*A(7)*A(2)-k6*A(6)-k4*A(6);-k1*A(7)*A(1)+k2*A(5)-
k3*A(7)*A(2)+k4*A(6)+k5*A(5)+k6*A(6)];
[t,A]=ode45(fg,tspan,A0);
figure (1);
plot(t,A(:,1),'y',t,A(:,2),'b',t,A(:,3),'r',t,A(:,4),'k',t,A(:,5),'m',t,A
(:,6),'c',t,A(:,7),'g')
legend('Cs1','Cs2','Cp1','Cp2','Ces1','Ces2','Ce');
title('Concentracion vs tiempo','fontsize',15);
xlabel('t (s)');
ylabel('C (mol/L)');
axis([0 50 -0.1 0.50]);
El anterior comando nos arroja la siguiente gráfica en la que se muestra el
comportamiento de las especies en el tiempo:
2). Se estudió el efecto de un inhibidor sobre una reacción enzimática midiendo las
velocidades iniciales a diferentes concentraciones iniciales del inhibidor. Los
parámetros cinéticos de la ecuación de Michelis-Menten se muestran en la tabla:

a) Escriba el modelo cinético para esta reacción enzimática.


La presencia de inhibidores en las reacciones enzimáticas tiene como función
principal disminuir la actividad de las enzimas. Ésta reducción también implica la
disminución de las velocidades de reacción, y se puede llevar a cabo de manera
competitiva, no competitiva y parcialmente competitiva. En el caso de la inhibición
competitiva, el inhibidor posee una estructura sumamente parecida a la del sustrato,
por lo que ambos compiten por el sitio activo de la enzima, y la formación del
complejo enzima-inhibidor reduce la concentración de la enzima para reaccionar
con el sustrato, mientras que la velocidad máxima de reacción (grandes
concentraciones de sustrato) sigue siendo la misma. Con respecto a la inhibición no
competitiva, el inhibidor siempre se une a la enzima en un sitio activo diferente en
el que lo hace el sustrato, por lo que la velocidad de reacción máxima irá
disminuyendo a través del tiempo, mientras que la afinidad enzima-sustrato (Km) se
mantendrá constante, es decir, que la velocidad de reacción máxima disminuirá con
la presencia de un inhibidor no competitivo, mientras que el parámetro cinético Ks
derivado de la ecuación de Michaelis Menten no se verá afectado por la presencia
de un inhibidor no competitivo.
Por lo tanto, en el estudio realizado, el modelo cinético que puede expresar la
reacción enzimática es el del inhibidor no competitivo, como se muestra a
continuación:
𝑟𝐼,𝑚á𝑥 𝐶𝑠 𝑟𝑚𝑎𝑧
𝑟𝑝 = , 𝑑ó𝑛𝑑𝑒 𝑟𝐼,𝑚á𝑥 =
𝐶𝑠 + 𝐾𝑠 𝐶
1 + 𝐾𝐼
𝐼

b) Derive la ecuación de velocidad. Escriba sus aproximaciones para cualquier


simplificación de la ecuación de velocidad.
El mecanismo que rige las reacciones enzimáticas con inhibidores no competitivos
es el siguiente:
𝑲𝟏/𝑲𝟐
𝑬+𝑺 ↔ 𝑬𝑺 𝑬𝒄 (𝟏)
𝑲𝟑/𝑲𝟒
𝑬+𝑰 ↔ 𝑬𝑰 𝑬𝒄 (𝟐)
𝑲𝟓/𝑲𝟔
𝑬𝑰 + 𝑺 ↔ 𝑬𝑰𝑺 𝑬𝒄 (𝟑)
𝑲𝟕/𝑲𝟖
𝑬𝑺 + 𝑰 ↔ 𝑬𝑺𝑰 𝑬𝒄 (𝟒)
𝑲𝟗
𝑬𝑺 → 𝑬 + 𝑷 𝑬𝒄 (𝟓)
Debido a que el sustrato y el inhibidor no compiten por un mismo sitio para la
formación de los complejos enzima-sustrato y enzima-inhibidor, podemos
establecer que las constantes de disociación de las ecuaciones 1 y 3, son iguales:
𝐾2 𝐶𝐸 𝐶𝑆 𝐾6 𝐶𝐸𝑆 𝐶𝐼
= = 𝐾𝑆 𝑬𝒄 (𝟔) = = = 𝐾𝐼𝑆 = 𝐾𝐼 𝑬𝒄 (𝟕)
𝐾1 𝐶𝐸𝑆 𝐾5 𝐶𝐸𝑆𝐼
Análogamente:
𝐾4 𝐶𝐸 𝐶𝐼 𝐾𝟖 𝐶𝐸𝐼 𝐶𝑆
= = 𝐾𝐼 𝑬𝒄 (𝟖) = = = 𝐾𝑆𝐼 𝑬𝒄 (𝟗)
𝐾3 𝐶𝐸𝐼 𝐾7 𝐶𝐸𝑆𝐼
Donde el paso determinante para la reacción, es el de la reacción irreversible
(ecuación 5) y la velocidad de reacción se expresa de la siguiente forma:
𝑟𝑝 = 𝐾9 𝐶𝐸𝑆 𝑬𝒄 (𝟏𝟎)

Estableciendo un balance para la enzima:


𝐶𝐸0 = 𝐶𝐸 + 𝐶𝐸𝑆 + 𝐶𝐸𝐼 + 𝐶𝐸𝑆𝐼 𝑬𝒄 (𝟏𝟏)
De la ecuación 6:
𝐶𝐸 𝐶𝑆
𝐶𝐸𝑆 = 𝑬𝒄 (𝟏𝟐)
𝐾𝑆
De la ecuación 7:
𝐶𝐸𝑆 𝐶𝐼
𝐶𝐸𝑆𝐼 = 𝑬𝒄 (𝟏𝟑)
𝐾𝐼
De la ecuación 8:
𝐶𝐸 𝐶𝐼
𝐶𝐸𝐼 = 𝑬𝒄 (𝟏𝟒)
𝐾𝐼
Reemplazando las ecuaciones 12, 13 y 14 en la ecuación 11 se tiene:
𝐶𝐸 𝐶𝑆 𝐶𝐸 𝐶𝐼 𝐶𝐸𝑆 𝐶𝐼
𝐶𝐸0 = 𝐶𝐸 + + + 𝑬𝒄 (𝟏𝟓)
𝐾𝑆 𝐾𝐼 𝐾𝐼
Reordenando:
𝐶𝑆 𝐶𝐼 𝐶𝑆 𝐶𝐼
𝐶𝐸0 = 𝐶𝐸 (1 + + + ) 𝑬𝒄 (𝟏𝟔)
𝐾𝑆 𝐾𝐼 𝐾𝐼
Despejando 𝐶𝐸 :
𝐶𝐸0
𝐶𝐸 = 𝑬𝒄 (𝟏𝟕)
𝐶 𝐶 𝐶𝑆 𝐶𝐼
1 + 𝐾𝑆 + 𝐾𝐼 + 𝐾
𝑆 𝐼 𝐼

Reemplazando la ecuación 12 en la ecuación 10:


𝐶𝐸 𝐶𝑆
𝑟𝑝 = 𝐾9 𝑬𝒄 (𝟏𝟖)
𝐾𝑆
Reemplazando la ecuación 17 en la ecuación 18:
𝐾9 𝐶𝐸0 𝐶𝑆
𝑟𝑝 = 𝑬𝒄 (𝟏𝟗)
𝐶 𝐶 𝐶𝑆 𝐶𝐼
𝐾𝑆 (1 + 𝐾𝑆 + 𝐾𝐼 + 𝐾 )
𝑆 𝐼 𝐼

𝐾9 𝐶𝐸0 𝐶𝑆
𝑟𝑝 = 𝑬𝒄 (𝟐𝟎)
𝐾𝑆 𝐶𝐼 𝐾𝑆 𝐶𝑆 𝐶𝐼
𝐾𝑆 + 𝐶𝑆 + 𝐾 + 𝐾
𝐼 𝐼

𝐾9 𝐶𝐸0 𝐶𝑆
𝑟𝑝 = 𝑬𝒄 (𝟐𝟏)
𝐶
𝐾𝑆 + 𝐶𝑆 + 𝐾𝐼 (𝐾𝑆 + 𝐶𝑆 )
𝐼

𝐾9 𝐶𝐸0 𝐶𝑆
𝑟𝑝 = 𝑬𝒄 (𝟐𝟐)
𝐶𝐼
(𝐾𝑆 + 𝐶𝑆 ) (1 +
𝐾𝐼 )
Dónde: 𝐾9 𝐶𝐸0 = 𝑟𝑚á𝑥.
Finalmente:
𝒓𝒎á𝒙 𝑪𝑺
𝒓𝒑 =
𝑪𝑰
(𝑲𝑺 + 𝑪𝑺 ) (𝟏 +
𝑲𝑰 )
c) Estime el valor del parámetro cinético de inhibición.
Para determinar el parámetro cinético de inhibición (Ki), linealizamos la siguiente
ecuación:
𝑟𝑚𝑎𝑥
𝑟𝐼,𝑚á𝑥 =
𝐶
1 + 𝐾𝐼
𝐼
𝑟𝑚𝑎𝑥
𝑟𝐼,𝑚á𝑥 =
𝐾𝑖 + 𝐶𝑖
𝐾𝑖
𝑟𝑚𝑎𝑥 𝐾𝐼
𝑟𝐼,𝑚á𝑥 =
𝐾𝐼 + 𝐶𝐼
1 𝐾𝐼 + 𝐶𝐼
=
𝑟𝐼,𝑚á𝑥 𝑟𝑚𝑎𝑥 𝐾𝐼
1 1 𝐶𝐼
= +
𝑟𝐼,𝑚á𝑥 𝑟𝑚𝑎𝑥 𝑟𝑚𝑎𝑥 𝐾𝐼
1 1
Dónde: 𝑟 es el intercepto y 𝑟 es la pendiente.
𝑚𝑎𝑥 𝑚𝑎𝑥 𝐾𝐼

1
Graficamos 𝑟 vs 𝐶𝐼 .
𝐼,𝑚á𝑥

𝟏 𝑪𝑰
𝒓𝑰,𝒎á𝒙
5 2
9,09090909 4
12,5 6

La gráfica resultante es la siguiente:

14
y = 1.875x + 1.3636
12 R² = 0.9973
10
1/rmax

0
0 1 2 3 4 5 6 7
Ci (umol/L)
1 𝜇𝑚𝑜𝑙
Ahora bien, 𝑟 = 1,3636 → 𝑟𝑚𝑎𝑥 = 0,7333 𝐿𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑎𝑥

1 1 µ𝑚𝑜𝑙
= 1,875 → = 1,875 → 𝐾𝐼 = 0,727
𝑟𝑚𝑎𝑥 𝐾𝐼 (0,7333)𝐾𝐼 𝐿