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Ingeniería de biorreactores I
U1 Biotransformaciones
U1 Ingeniería de biorreactores I
Biotransformaciones
Índice
Presentación de la unidad…………………………………………………………………………2
Propósitos de la unidad……………………………………………………………………………3
Competencia específica…………………………………………………………………………...4
1.1. Concepto de biotransformación……………………………………………………………..4
1.1.1. Procesos biocatalizados……………………………………………………………………6
1.1.2. Fundamentos de la biocatálisis……………………………………………………………7
1.2. Teoría de la catálisis enzimática…………………………………………………………...10
1.2.1. Cinética enzimática………………………………………………………………………..11
1.2.2. Mecanismo de reacción enzimática……………………………………………………..15
1.3. Factores que afectan la cinética enzimática……………………………………………...17
1.3.1. Especificidad……………………………………………………………………………….19
1.3.2. Desnaturalización………………………………………………………………………….20
1.3.3. pH…………………………………………………………………………………………...21
1.3.4. Temperatura……………………………………………………………………………….22
1.3.5. Inhibición……………………………………………………………………………………22
1.3.6. Inmovilización de enzimas………………………………………………………………..25
Actividades………………………………………………………………………………………...27
Autorreflexiones…………………………………………………………………………………...28
Cierre de la unidad………………………………………………………………………………..28
Para saber más……………………………………………………………………………………29
Fuentes de consulta………………………………………………………………………………30
Presentación de la unidad
¿Sabías que hoy en día las transformaciones biológicas de la materia tienen gran auge
y que los bioprocesos son indispensables para la producción de antibióticos, probióticos,
biopolímeros, biocombustibles?
Para ser capaz de diseñarlos, es necesario, como punto de partida, que comprendas
cuáles son las sustancias y factores que pueden o no favorecer dichos bioprocesos; de
ahí la importancia del estudio de esta primera unidad.
Para comenzar, debes considerar que la velocidad de una reacción química se aumenta o
disminuye agregando una sustancia llamada catalizador.
Nuevos compuestos
Sustrato
Enzima
Figura 1. Representación del proceso de degradación de una sustancia (sustrato) por una
enzima. Fuente: personas.ya.com, s.f.
Por ejemplo, el detergente en polvo tiene unas enzimas llamadas lipasas que remueven
selectivamente las manchas de manteca, aceite o lápiz labial de la ropa, o bien, proteasas
que remueven las manchas de sangre y huevo.
Estas enzimas son amigables con el ambiente ya que permiten remplazar compuestos
químicos poco biodegradables, minimizar el uso del agua y por supuesto, el consumo de
energía.
Las enzimas que se usan actualmente son producidas por bacterias y hongos, las cuales
se reproducen en grandes equipos llamados biorreactores o fermentadores.
Así, a través del desarrollo de la presente unidad, conocerás con más detalles qué es y
para qué sirve una enzima, cuales son los factores que afectan su actividad y cómo
puedes medir la velocidad de una reacción catalizada por este grupo de sustancias.
Propósitos de la unidad
Competencia específica
Glucosa
Fructosa
Sacarosa
Enzima
Figura 2. Ejemplificación de un proceso de biotransformación de sacarosa para producción de
glucosa y fructosa. Fuente: genomasur.com, s.f.
¿Te imaginas todo lo que puedes llegar a crear a partir de las biotransformaciones? Hoy
día se acepta incluso, que estos procesos sustituirán en gran parte a la síntesis orgánica,
con lo que, se evitarán problemas de contaminación ambiental, ya que los
biocatalizadores son biodegradables, las condiciones suaves de trabajo implican poco
consumo energético y por tanto, poco costo y emisión de contaminantes.
En una reacción química una o más sustancias, dan lugar a la formación de productos,
por una serie de reacomodos en los enlaces químicos de los reactivos de partida. Para
que esto ocurra, se requiere de una cierta cantidad de energía, a la que se denomina
energía de activación.
Pues bien, las enzimas son complejos proteínicos, encargados de disminuir la energía
necesaria para que se realicen reacciones químicas al interior de los organismos
biológicos (figura 5).
Estos biocatalizadores, actúan sobre una sustancia denominada sustrato. Al unirse a él,
a través del sitio activo (parte funcional de la enzima), se forma un complejo (complejo
enzima-sustrato) que posteriormente da lugar al producto de interés, tal como se
muestra en la siguiente figura 6:
El cofactor puede ser un ion metálico o bien una molécula orgánica, llamada coenzima,
aunque algunos enzimas necesitan de ambos. El cofactor puede estar fuertemente unido
a la proteína (suele ser el ión metálico, aunque puede igualmente ser un coenzima) y
recibe entonces el nombre de grupo prostético, o débilmente unido, por lo que en
realidad actúa como un sustrato específico de la enzima (co-sustrato; suele ser una
molécula orgánica, coenzima). El complejo enzima-cofactor catalíticamente activo recibe
el nombre de holoenzima. Cuando se separa el cofactor, la proteína restante, que por sí
misma es inactiva catalíticamente, se designa con el nombre de apoenzima (Figura 7).
Apoenzima
Holoenzima
Para concluir este tema, es importante enfatizar que los procesos de biotransformación
o biocatálisis son importantes ya que reducen riesgos de contaminación, esta es una de
las razones por las que se han convertido en una herramienta valiosa para la sociedad,
especialmente dentro del campo industrial.
Tal como estudiaste en el tema anterior, en todos los sistemas vivos se realizan
reacciones químicas que por sí mismas ocurren a velocidades muy bajas. Las enzimas
son herramientas moleculares que permiten que dichas reacciones ocurran a niveles
útiles para las células (figura 8).
Figura 8. La catálisis permite que las reacciones costosas transcurran por caminos mucho más
sencillos. Fuente: WILEY-VCH, 2008.
Pues bien, esta incógnita será respondida a través del desarrollo del presente tema, que
tiene como propósito que analices cómo la presencia de enzimas dentro de una reacción
química influencia la velocidad de la misma. Asimismo, identificarás las herramientas que
te permitirán calcular la afinidad que tiene un biocatalizador por un sustrato y la velocidad
máxima que puede llegar a adquirir.
Tal como se estudió en el tema anterior, las reacciones químicas que se efectúan en
presencia de biocatalizadores, ocurren en dos etapas (figura 9):
Etapa 2
Etapa 1
Donde:
k1, k2, k3=constantes microscópicas de velocidad
[E]=concentración de enzima libre
[S]=concentración de sustrato
[ES]=concentración del complejo enzima-sustrato
𝑣1 = 𝑘1 ([𝐸𝑇 ] − [𝐸𝑆])[𝑆]
Este modelo cinético adopta la hipótesis del estado estacionario, según la cual la
concentración del complejo enzima-sustrato es pequeña y constante a lo largo de la
reacción. Por tanto, la velocidad de formación del complejo enzima-sustrato (v1) es igual a
la de su disociación (v2 + v3):
𝑣1 = 𝑣2 + 𝑣3
1
(𝑘1 [𝐸𝑇 ][𝑆] − 𝑘1 [𝐸𝑆][𝑆] = 𝑘2 [𝐸𝑆] + 𝑘3 [𝐸𝑆]) ( )
𝑘1
𝑘2 𝑘3
[𝐸𝑇 ][𝑆] − [𝐸𝑆][𝑆] = [𝐸𝑆] + [𝐸𝑆]
𝑘1 𝑘1
Despejando la [ES]:
𝑘2 𝑘3
[𝐸𝑆][𝑆] + [𝐸𝑆] + [𝐸𝑆] = [𝐸𝑇 ][𝑆]
𝑘1 𝑘1
𝑘2 𝑘3
[𝐸𝑆] ([𝑆] + + ) = [𝐸𝑇 ][𝑆]
𝑘1 𝑘1
𝑘2 + 𝑘3
[𝐸𝑆] ([𝑆] + ) = [𝐸𝑇 ][𝑆]
𝑘1
[𝐸𝑇 ][𝑆]
[𝐸𝑆] = 𝑘2 +𝑘3
[𝑆] +
𝑘1
𝑘2 +𝑘3
Sustituyendo 𝑘1
= 𝑘𝑚 , se tiene:
[𝐸𝑇 ][𝑆]
[𝐸𝑆] =
𝑘𝑚 + [𝑆]
Donde:
km=constante de Michaelis-Menten
𝑘3 [𝐸𝑇 ][𝑆]
𝑣=
𝑘𝑚 + [𝑆]
𝑽𝒎𝒂𝒙 [𝑺]
𝒗=
𝒌𝒎 + [𝑺]
A partir del modelo previamente citado, se realiza el cálculo de las constantes cinéticas
Vmax y km.
El valor de Vmax se puede determinar a partir del valor máximo obtenido de la curva; mientras
que la km corresponde a la concentración de sustrato a la cual la velocidad de la reacción
es la mitad de la Vmax.
A partir de este gráfico, que corresponde con una línea recta, se toman las siguientes
consideraciones:
En conclusión, existen métodos gráficos que facilitan el cálculo preciso de km y Vmax. Los
cuales se hacen a partir de la manipulación matemática de los datos empleados para la
representación de Michaelis-Menten y de Lineweaver-Burk (figura 12).
¿Has notado que cuando dejas un alimento a temperatura ambiente, por un determinado
lapso de tiempo, este tiende a descomponerse a mayor velocidad que uno que se
encuentra en el congelador; o que si agregas unas gotas de limón sobre la pulpa, de una
manzana partida por la mitad, disminuye su oxidación; o que cuando hierves la leche
tiende a descomponerse más lentamente; o bien, que la fruta se conserva por más tiempo
cuando la preparas en mermelada? (figura 12).
Todos los fenómenos descritos indican que existen factores que son capaces de modificar
la velocidad de una reacción enzimática.
Ahora bien, existen sustancias que son capaces de modificar la velocidad de reacción
enzimática pero haciéndola más lenta, es decir, la retrasan. A estas sustancias se les
llama inhibidores. El uso de inhibidores es muy importante en la industria farmacéutica y
en la industria alimenticia ya que al hacer más lentas las reacciones evitamos la
formación, durante un tiempo determinado, de sustancias o productos indeseables que
hacen que tanto los medicamentos como los alimentos se descompongan rápidamente.
En la industria alimenticia a estos inhibidores se les llama conservadores. Estos
pertenecen a un grupo de sustancias llamadas aditivos que suelen agregarse a los
alimentos procesados para mejorarlos.
Como ves, existen múltiples factores que aceleran o retardan la velocidad de reacción,
por lo que, a través del desarrollo del tema “Factores que afectan la cinética enzimática”
podrás analizar el empleo de enzimas en las biotransformaciones y describir la influencia
de dichos factores fisicoquímicos.
1.3.1. Especificidad
Tal como se mencionó en la introducción del tema, la velocidad de una biotransformación,
catalizada por enzimas, se ve modificada por diversos factores fisicoquímicos, entre los
que se encuentra la especificidad.
Cuando la enzima sólo puede actuar sobre un tipo de sustrato, se dice que muestra
especificidad absoluta. Si puede actuar sobre sustratos con estructuras muy similares, se
dice que muestra especificidad relativa.
Las enzimas aceleran las reacciones alterando la conformación de sus sustratos para que
logren llegar al estado de transición. El modelo más simple para entender esta interacción
enzima–sustrato es el modelo de llave-cerradura, en el cual el sustrato encaja
perfectamente en el sitio activo de la enzima.
En muchos casos, las conformaciones tanto de la enzima como del sustrato son
modificadas cuando logran unirse: es el llamado modelo de encaje inducido. Esta
alteración de las conformaciones hace que logren llegar más rápido al estado de
transición.
1.3.2. Desnaturalización
Otros de los factores que afectan la actividad enzimática es la temperatura. Los aumentos
de temperatura aceleran las reacciones enzimáticas, por cada 10°C de incremento, la
velocidad de reacción se duplica. Sin embargo, cuando la temperatura es muy elevada,
dichos biocatalizadores se desnaturalizan, es decir, sufren un cambio en su estructura,
por lo que se observa pérdida de actividad catalítica hasta la anulación.
Otros factores que intervienen en esta modificación son: el pH, los cambios de
concentración, la velocidad de agitación o la presencia de agentes desnaturalizantes
(figura 14).
1.3.3. pH
Los aminoácidos que forman a las enzimas están ionizados, es decir, se encuentran
cargados positiva o negativamente, dependiendo el pH del medio. Los biocatalizadores al
contener ambas cargas a lo largo de su cadena, experimentan fuerzas de atracción y
repulsión que permiten el mantenimiento de la estructura tridimensional de la proteína.
Cualquier modificación del pH, por encima o debajo del óptimo, afecta drásticamente la
actividad enzimática.
1.3.4. Temperatura
La velocidad de una reacción enzimática varía al aumentar la temperatura. Esto es, la
velocidad de una reacción enzimática se incrementa al aumentar la temperatura dentro de
un determinado rango, alcanzando un valor máximo a la denominada temperatura
óptima. A valores superiores la actividad disminuye debido a que el enzima, como
cualquier otra proteína, sufre procesos de desnaturalización y, por lo tanto, de inactivación
(Tena, A. M. y Jorrín, N. J. V, s.f.) (figura 16).
1.3.5. Inhibición
La actividad enzimática disminuye por acción de sustancias que se unen fuertemente al
sitio activo y bloquea la entrada del sustrato. Dichas sustancias reciben el nombre de
inhibidores, (figura 17) los cuales pueden ser:
Figura 17. Efecto del inhibidor en la actividad enzimática. Fuente: Luengo, L., s.f.
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣=
[𝑆] + 𝑘𝑚 (1 + [𝐼]/𝑘𝑖 )
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑣=
([𝑆] + 𝑘𝑚 )(1 + [𝐼]/𝑘𝑖 )
En la inhibición acompetitiva (figura 20) el inhibidor se enlaza al centro activo pero solo
después de que el sustrato lo haya hecho y, por tanto, el inhibidor y el sustrato no
compiten.
Impedimento del paso de sustrato al centro activo por bloqueo durante la unión
al soporte.
Los grupos reactivos del soporte reaccionan con algún grupo del centro activo
de la enzima esencial para la actividad catalítica.
Durante la unión al soporte se puede originar cambio en la estructura
tridimensional de la enzima.
Las condiciones del proceso pueden causar desnaturalización.
Figura 21. Simulación del efecto de la inmovilización en la actividad enzimática. Fuente: Tripod,
s.f.
La desactivación enzimática puede causarse por un grupo reactivo en el sitio activo que
participa en la reacción de enlace (Esquema 3).
Actividades
La elaboración de las actividades estará guiada por tu docente en línea, mismo
que te indicará, a través de la Planeación didáctica del docente en línea, la dinámica
que tú y tus compañeros (as) llevarán a cabo, así como los envíos que tendrán que
realizar.
Autorreflexiones
Para la parte de autorreflexiones debes responder las Preguntas de Autorreflexión
indicadas por tu docente en línea y enviar tu archivo. Cabe recordar que esta actividad
tiene una ponderación del 10% de tu evaluación.
Cierre de la unidad
A lo largo de la unidad abordaste aspectos relacionados con las biotransformaciones y el
modo en que son catalizadas para incrementar o disminuir la velocidad de la reacción.
Puedes consultar el video realizado por González et al. (2010), de Investigadores del 4to.
Grado de PEDECIBA Química. El propósito de este documental es profundizar en el
concepto de biocatálisis, sus aplicaciones, usos y fuentes de diversas enzimas con fines
tecnológicos
(http://www.youtube.com/watch?feature=player_detailpage&v=VgqJ88vBc2E).
Fuentes de consulta
Básicas:
Ehu. (s.f.). Motivos que hacen de km un parámetro cinético importante. Recuperado de:
http://www.ehu.es/biomoleculas/enzimas/enz3.htm#km
UPCT. (2008). Anexo II. Modelo de Michaelis-Menten. Pág. 56-58. Recuperado de:
http://repositorio.bib.upct.es/dspace/bitstream/10317/282/5/ANEXO%20II.%20MODELO%
20DE%20MICHAELIS-%20MENTEN.pdf
Complementarias:
Franco, V. L. (2007). Enzimas: qué son y para qué sirven. Rev. R. Acad. Cienc. Exact.
Fís. Nat. VIII Programa de Promoción de la Cultura Científica y Tecnológica.
Koolman y Rohm. (2004). Enzimas: fundamentos. Bioquímica. En: Texto y Atlas. 3era.
Edición. Editorial: Panamericana. Pág. 88-97.
Tejero F. (2008). Las enzimas en los nuevos procesos de panificación. La técnica. Molinería
y Panadería. 1:16-23.
Voet, D., Voet, J. G., Pratt, C. (2009). Capítulo 12. Cinética, inhibición y regulación de las
enzimas. En: Fundamentos de Bioquímica. Editorial: Medica Panamericana. Buenos
Aires. Pág. 357-377.
Luengo, L. (s.f.). Efecto del inhibidor en la actividad enzimática. [Imagen]. Recuperado de:
http://www.lourdes-luengo.es/unidadesbio/proteinas/transparencias_sm/p0601.gif
Luengo, L. (s.f.). Gráfica de pH óptimo para dos enzimas. [Imagen]. Recuperado de:
http://www.lourdes-luengo.es/unidadesbio/proteinas/transparencias_sm/p0602.gif
The oil crash. (2013). Reacción química catalizada. [Imagen]. Recuperado de:
http://crashoil.blogspot.mx/2013_02_01_archive.html
WILEY-VCH. (2008). La catálisis permite que las reacciones costosas transcurran por
caminos mucho más sencillos. [Imagen]. Recuperado de: http://ebookee.org/Catalysis-
Concepts-and-Green-Applications_166415.html