Biología Molecular

BT 111
23.03.2017

Profesora encargada: Dra. Margarita

K. Lay
margarita.lay@uantof.cl
Departamento de Biotecnología
FACIMAR
Universidad de Antofagasta
 Ácidos nucleicos
 Biomoléculas formadas por C, H, O, N, P
 Son el DNA y el RNA:
 DNA: ácido desoxirribonucleico. Formado por
monómeros de nucleótidos para originar
polímeros. Tiene doble cadena helicoidal.
Forma el código genético
 RNA: ácido ribonucleico. Tiene una sola
cadena lineal, y varios tipos:
ARN mensajero  Síntesis de proteínas
ARN ribosómico
ARN transferente
 ADN
 Doble cadena en forma de hélice (escalera
torcida).
 Se dice que las cadenas son antiparalelas ya
que en el esqueleto están el grupo fosfato y
el azúcar y, por dentro, están las bases
nitrogenadas unidas por puentes de
hidrógeno.
 Las cadenas son antiparalelas, ya que una
corre en el sentido 5’ a 3’ y la otra va de 3’ a
5’.
 Empaquetamiento del DNA
 La forma compacta del DNA se lleva a
cabo en varios niveles de organización:
a) Nucleosoma c) Fibras
cromatínicas
b) Collar de perlas d) Bucles radiales
 Diferencias entre DNA y RNA
DNA RNA
 Doble cadena  Un cadena sencilla y
helicoidal. lineal.
 Azúcar de 5 C,  Azúcar de 5 C,
llamada ribosa
llamada desoxirribosa
 Bases. A, U, G, C.
 Bases. A, T, G, C
 Se encuentra en el
 Se encuentra en el nucléolo de la célula.
núcleo de la célula.  Hay 3 tipos: RNAm,
 Un sólo tipo RNAt, RNAr.
 No sale del núcleo  Sale del nucléolo y del
núcleo
 Base

Phosphate
Sugar
X=H: DNA
X=OH: RNA
Nucleoside
Nucleotide
 Basic structure of
pyrimidine and purine
Pyrimidines
Purines
FORMAS TAUTOMERICAS DE
BASES
• DOS POSIBILIDADES:
– CETO (LACTAM)
– ENOL (LACTIM)
• CAMBIO DE PROTONES ENTRE LAS DOS
FORMAS
• LA FORMA CETO ES LA PREDOMINANTE
 Tautomeric forms of G & T can cause mutations
due to mispairing during DNA replication

O OH
C N C N
HN C N C
CH CH
H2N-C C H2N-C C
N N N N
The ring NH atoms of G
and T have pKa values
Guanine Guanine of about 9.
(keto form) (enol form) At physiological pH,
about 99% of the base
xx
is in the keto form and
O OH 1% in the enol form.
C CH3 C CH3
HN C N C

C CH C CH
O N O N

Thymine Thymine
(keto form) (enol form)
Cytosine deaminates non-enzymatically to form uracil. If this
happens in DNA, it constitutes a mutation. A proof-reading
system recognize the error, and replaces the U by C.

NH2 O
C C
N CH H2O HN CH
C CH C CH
O N O N
cytosine uracil
Nomenclature of Nucleic Acid Components
Base Nucleoside Nucleotide Nucleic
acid

Purines
Adenine Adenosine Adenylate RNA
Deoxyadenosine Deoxyadenylate DNA
Guanine Guanosine Guanylate RNA
Deoxyguanosine Deoxyguanylate DNA
Pyrimidines
Cytosine Cytodine Cytidylate RNA
Deoxycytidine Deoxycytidylate DNA
Thymine Thymidine Thymidylate DNA
(deoxythymidine) (deoxythymidylate)
Uracil Uridine Uridylate RNA
 Nucleósidos, 1
Unión de una base a una pentosa a través de un enlace de
tipo b-N-glicosídico:

H 2N
Enlace H 2N
N N b-N-glicosídico
N N

HOCH2 N N
O HOCH2 N N
O

OH OH
OH H

Adenosina Desoxiadenosina
(pentosa es ribosa) (pentosa es desoxirribosa)

Purinas: enlace entre carbono anomérico (1’) y N9 de la base

Nucleósidos, 2

NH2 NH2
N N
O O
HOCH2 N
O HOCH2 N
O

OH OH OH H

Citidina Desoxicitidina

Pirimidinas: enlace entre carbono anomérico (1’) y N1 de la base

 Numeración Nomenclatura

H2N
6 Base Nucleósido
7N N1
5 Adenina Adenosina
5' 8 4 2 Guanina Guanosina
HOCH2 N9 N
O 3 Citosina Citidina
4' 3' 2' 1' Uracilo Uridina
Timina Timidina

OH OH
Propiedades de los nucleótidos

1. Carácter ácido debido al fosfato

2. Solubilidad incrementada respecto al nucleósido

3. Misma reactividad que bases y nucleósidos

ATP como donador de energía
 5’-Adenosina
monofosfato, AMP

5’-Adenosina
difosfato, ADP

5’-Adenosina
trifosfato, ATP

Nucleósido polifosfatos
Nucleótidos cíclicos Ej: Segundos mensajeros
celulares

3’,5’ Adenosin monofosfato cíclico, cAMP

 Drogas nucleosídicas

NH2
Puromicina
N
N Antibiótico inhibidor
de la síntesis de
O N proteínas
N
NH2
N
N
HOCH2 OH
HOCH2 O N
N
Cordicepina
Medicamento contra el cáncer;
es un tipo de antibiótico antitumoral.

NH OH
H3C O CH2 CH C O
NH2
 Nucleoside and base analogs can be
used as anti-cancer and anti-virus drugs

Anticancer agents

5-Fluorouracil 6-Mercaptopurine

Antiretrovirus agents

Azidothymidine Dideoxyinosine
 Cristalografía de rayos X del DNA

Estudiada por: L.Pauling (Caltech),

M.Wilkins y R.E.Franklin (Londres)
J.D.Watson y F.H.C.Crick (Cambridge)

Formas cristalinas:

DNA-A: baja hidratación, peso molecular

relativamente bajo, reflexiones claras

DNA-B: alta hidratación, peso molecular

alto, reflexiones difusas
 This x-ray diffraction by
El DNA-B calf thymus DNA was
measured by Rosalind
Franklin & Gosling in
1952. The X pattern is
indicative of a helix with
a pitch of 34 Å per turn.
The strong spots at the
top and bottom reveal
internal steps of 3.4 Å.

1. Estructura helicoidal
2. Periodicidad a 3.4 nm
3. Periodicidad a 0.34 nm
4. R.E.Franklin sugiere que el eje
ribosa-fosfato está hacia fuera y
las bases hacia dentro. Igualmente
sugiere que se trata de una doble
hélice, y no triple

Con estos datos, Watson y Crick elaboraron su modelo en doble hélice

 Tipos de ADN

ADN-A ADN-B ADN-Z

los surcos
son más
parecidos
en anchura:
Más surco Más
mayor
corta estrecho y larga
profundo
el surco mayor
no existe, es muy
surco poco profundo
menor
19º ancho y
superficial
bases algo surco menor,
inclinadas: profundo y
9º estrecho

dextrógira levógira
 Modelo de Watson - Crick, A

1. El DNA es una doble

hélice
3.4 nm plectonémica y
dextrógira,
con un giro de 3.4 nm

Plectonemico: una hebra da vueltas en la otra

 Modelo de Watson-Crick, B

5’
3’

3’ 5’

2. Cada una de las dos hélices es un polinucleótido entrelazado con

el otro de manera que su polaridad es opuesta (es decir, corren en
sentido antiparalelo)
3. El eje ribosa-fosfato se sitúa
hacia el exterior de la doble hélice,
en contacto con el solvente
Modelo de Watson-Crick, C

4. Mientras que las bases

nitrogenadas (anillos planares) se
sitúan, apiladas, hacia el interior
de la estructura, en un entorno
hidrofóbico
 Modelo de Watson-Crick, D

0.34 nm

5. Las bases están situadas en planos aproximadamente

perpendiculares al eje mayor de la doble hélice. La distancia
entre planos es de 0.34 nm
Modelo de Watson-Crick, E

6. Cada base interacciona

con su opuesta a través de
enlaces de hidrógeno, y de
manera que:

(a) Adenina (A) sólo puede

interaccionar con timina (T)
(y viceversa), a través de dos
puentes de hidrógeno, y
(b) Guanina (G) sólo
puede interaccionar con
citosina (C) (y viceversa),
a través de tres puentes
de hidrógeno
Modelo de Watson-Crick, F
7. La base está situada
8. La desoxirribosa en posición anti-
en forma furanósica

5’
1’

4’

2’
3’ 9. El anillo furanósico está
en conformación endo-2’
B-form DNA consists of a right-handed double helix with antiparallel strands
5’ 3’
3.4 Å
per bp

minor
major groove

34 Å (10 bp)
per turn

major
minor groove groove

3’ 5’
These dimensions are for DNA fibers. In solution, there are ~10.5 base-pairs per turn.
 Surco
estrecho
10. El eje de la doble hélice
no pasa por el centro geométrico
del par de bases. Esto determina
que la hélice presente un surco
ancho y un surco estrecho
Surco
ancho

Modelo de Watson-Crick, G
 The B-form DNA helix has a diameter of about 20 Å

~20 Å
Base pairs fill the center of the helix; the phosphates ( ) are on the outside.

A base pair is more exposed to the solvent on one side (the “major groove”,
at the top in these views) than the other (the “minor groove”, bottom).
 DNA-A

1.Doble hélice plectonémica y dextró-

gira

2. Planos de bases oblicuos respecto

al eje de la doble hélica

3. Propio de RNAs en doble hélice, o

de híbridos DNA-RNA

4. Más ancha y corta que DNA-B

 DNA-Z

1. Doble hélice plectonémica y levógira

2. Zonas de secuencia alternante -GCGC-

3. Conformación de G es syn- en lugar de

anti-

4. Más estrecha y larga que DNA-B

 Distintas formas del DNA

A B Z

Grosor 2.6 2.4 1.8

Giro Dextro Dextro Levo
Bases/vuelta 11 10.4 12
P.de rosca 2.5 3.4 4.5
Inclinación 19º 1º 9º
plano bases