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05 Biología Celular

y Molecular
Cellular &
Molecular Biology

[100] Rafael Giraldo Suárez [110] Patricia Boya
Ensamblajes Macromoleculares Microbianos Funciones de la autofagia en la fisiopatología
Sintéticos de los organismos
Synthetic Microbial Macromolecular Assemblies Roles of autophagy in health and disease

[102] Miguel Ángel Peñalva Soto · [112] Jesús del Mazo Martínez
Eduardo Antonio Espeso Fernández Biología Molecular de la Gametogénesis
Genética Molecular de Aspergillus Molecular Biology of Gametogenesis
Aspergillus Molecular Genetics
[114] Rosa María Lozano Puerto · Blanca Teresa
[104] Germán Rivas Caballero Pérez-Maceda
Bioquímica de sistemas de la división Reconocimiento Célula-Biomaterial
bacteriana Cell-Biomaterial Recognition
Systems Biochemistry of Bacterial Division
[116] José Luis Barbero Esteban · Lucas Sánchez
[106] Jorge Bernardo Schvartzman Blinder Rodríguez
Biología molecular de los cromosomas Dinámica Cromosómica en Meiosis
Molecular Biology of the Chromosomes Chromosomal Dynamics in Meiosis

[108] Miguel Ángel Vidal Caballero [118] Rodrigo Bermejo Moreno
El Sistema Polycomb de Regulación Epigenética Replicación del ADN e Integridad del Genoma
Epigenetic control by the Polycomb Group of Genes DNA Replication & Genome Integrity

05
overview
The Department of Cellular and Molecular Biology focuses on
understanding the cell, the basic unit of Life. This Department
gathers laboratories whose research interests span fundamental
processes at the core of cell organization and function: the
arrangement, replication and stability of genomes, epigenetics in
gene expression, intracellular traffic, cell division, differentiation
and evolution, and cellular recycling through programmed
death. These studies converge with bottom-up endeavours, such

Biología Celular y Molecular as exploring the interactions between cells and biomaterials

Cellular & Molecular Biology or the reconstruction and engineering of macromolecular
assemblies. The model systems used to study these processes
range from unicellular microorganisms, both bacteria and fungi,
to mammalian cells and animal models. Our approaches are
interdisciplinary, a watermark of CIB, and bridge methodologies
ranging from advanced optical and electron microscopies to
functional genomics, with strong inputs from molecular biology,
biophysics and synthetic biology.

Rafael Giraldo
Department Head

centro de inve s t i g a c i o n e s biológ icas

por lo que Macromoleculares se considera un “prionoide”. Postdoctoral. en vesículas lipídicas modelo. CIB- CSIC. al igual que sucede con el DNA en el nucleoide bacteriano donde se ensamblan los pre- lares y encontrar rutas de toxicidad en común con las cursores amiloidogénicos. Además.es/es/departamentos/biologia-celular-y-molecular/ensamblajes-macromoleculares-microbianos-sinteticos Ensamblajes cadora fluorescente. 1995-1999 • CIB-CSIC gimenezjf@cib. en la proteína RepA amiloidosis neurodegenerativas humanas. para la detección de proteí. durante su propagación acoplada a la división bacteriana se transmite epigenéticamente en forma de dos “estirpes” amiloides alternativas: partículas globulares de Microbianos toxicidad aguda o agregados fusiformes de menor toxicidad.csic.es PhD. un prion híbrido de levadura que incorpora secuencias de RepA-WH1. he- mos descubierto que. También estudiamos las similitudes entre RepA y el complejo iniciador en levaduras (ORC). UK Científico Titular Investigador Contratado MEC. nas amiloidogénicas y la identificación de inhibidores hemos desarrollado diversos sensores de amiloidosis inspirados en de amiloidosis.csic. de- completa. Laboratorio de Biología Molecular del MRC. · CSD2009-00088 minio que es activado en RepA para iniciar la replicación (WH1) · BIO2012-30852 puede ensamblarse in vitro en forma de fibras amiloides. Sintéticos Durante el periodo que cubre esta memoria (2015-2016).csic. el dominio WH1 nuclea el ensamblaje de un oligómero sarrollamos dispositivos sintéticos susceptibles de ser que inhibe la replicación del DNA. nanopartículas de oro funcionalizadas que promueven secuencias específicas de DNA. en colaboración con Entre 1998 y 2008.csic. La terias un modelo bioseguro de proteinopatía amiloide.cib. replicación del DNA de plásmidos en bacterias Gram-negativas. RepA-WH1: un anticuerpo monoclonal específico de la conforma- ción amiloidogénica de la proteína. causa una proteinopatía amiloide sintéti- ca. A este respecto. Financiación | Funding Con posterioridad (2007-2014). encontramos que el mismo do. in vitro e in vivo. centro de [100] investigaciones biológ icas Rafael Giraldo Suárez Susana Moreno Díaz de la Espina Profesor de Investigación Investigadora Científica rgiraldo@cib. 2010 Otros miembros | Other members Cristina Fernández Fernández Paloma Lozano Picazo María Moreno del Álamo Aída Alonso del Valle Laura Molina-García Lucía Sainz Escudero Aída Revilla García Javier Jiménez Holguín M. la amiloidogénesis y permiten monitorizarla mediante espectros- selecciona en la proteína RepA una conformación que inicia la copía Raman (SERS). 2000-2008 • CIB-CSIC Investigador Científico. Cuando · i-LINK0889 · BIO2015-68730-R RepA-WH1 se expresa en E. funcional intracelular encontrado en una bacteria. Juan Francisco Giménez Abián Cambridge.es Científico Titular. · BFU-72271-EXP . Aunque RepA-WH1 no es un agente infeccioso. Éste fue el primer amiloide utilizados. formación amiloide de RepA-WH1. coli fusionada a una proteína mar. desvelamos el mecanismo por el cuál la unión a la UCM. y. RepA-WH1 La Biología Sintética nos ha permitido generar en bac. 1992-1994 • División de Estudios Estructurales.ª Cruz Sánchez-Martínez Cristina Déniz Henríquez http://www. DnaK transforma la primera en la segunda. o a una chaperona Hsp70 (DnaK). 2008-2009 • CIB-CSIC Profesor de Investigación. interacción con fosfolípidos ácidos actúa promoviendo la trans- con el objetivo de deconstruir sus mecanismos molecu. Por último. 1991 • Universidad Complutense de Madrid. 2010 Miembro de la Academia Europaea.es smoreno@cib. se ensambla en forma de poros que permean la membrana.

builds oligomeric pores through lipid vesicles. we have generated in bacteria a biosafe model of an amyloid proteinopathy. while coupled to cell division. in same domain in RepA that becomes active model lipid vesicles. Fernández- Benito J. Molina-García L. by RepA-WH1 prionoid-functionalized gold nanorods. Gasset-Rosa F. This was the first protein a conformation competent to initiate “strains”: either globular particles with an functional intracellular amyloid ever found DNA replication of plasmids in Gram. González-Rubio G. Patentes | Patents · Fernández C. coli causes a synthetic amyloid RepA-WH1. we are developing synthetic devices for their use. Giraldo R [2015] Engineered bacterial hydrophobic · Fernández C. We also studied the much lower toxicity. in the detection of amyloidogenic proteins and to screen for inhibitors of amyloidosis. coli nucleoid (yellow sector).e.. In addition. Prion 10:41-49. Amyloidogenic precursors of RepA-WH1 assemble at the E. the agent of an amyloid proteinopathy in bacteria. Tardajos G. Giraldo R [2015] Pre-amyloid oligomers of the proteotoxic RepA-WH1 prionoid assemble at the bacterial nucleoid. acute toxicity. Rivas G.Biología Celular y Molecular [101] Cellular & Molecular Biology Synthetic Microbial Macromolecular Assemblies Through Synthetic Biology. B. specific of the amyloidogenic conformation During the period reviewed in this memory of the protein. as much as it happens with amyloidogenesis. amyloidogenic precursors are assembled. it is a “prionoid”). Moreno-del Álamo M. proteinopathy. Structure 23:183-189. Although RepA-WH1 is not DNA at the bacterial nucleoid where the Figure 1 A. Lurz R. Llorca O* [2015] Amyloidogenesis of Tresguerres ME. a chimeric yeast prion that Later on (2007-2014). we found that the (2015-2016). Angew Chem Int Ed 55:11237-11241. Jiménez M. in RepA-WH1: a monoclonal antibody complex in yeast (ORC). fused to a fluorescent protein RepA-WH1 promotes amyloidogenesis of spectroscopy (SERS). RepA-WH1 marker. · Moreno-del Álamo M. Front Microbiol Giraldo R*. Giraldo R*. the assembly of an amyloid oligomer that chaperone (DnaK). Sci Rep RepA in DNA replication initiation. 6:25425. through Raman RepA-WH1. common to human neurodegenerative diseases. RepA-WH1 assembles as tubules (3D-EM. Revilla. In mature intracellular aggregates. Langer J. Sci Rep 5:14669. RepA-WH1 monomers assemble as pores (EM projection. Moreno-del Álamo M. and finding the toxicity pathways. Moreno-del Álamo M. Núñez-Ramírez R. Giraldo R [2016] RepA- WH1. Sci Rep 6:23144. Moreno-Díaz de la Espina S. DnaK modulates the several sensors of amyloidosis inspired similarities between RepA and the initiator conversion of the former into the latter.. WH1 nucleates specific DNA sequences. bottom). García A. selects in the RepA as two alternative and distinct amyloid inhibits DNA replication. we have developed negative bacteria. left) with a diameter section alike that found in the pores (right). Finally. in includes sequences from RepA-WH1 and. or fusiform aggregates of a in bacteria. with the purpose of deconstructing the molecular mechanisms. Martín. At the membrane. Between 1998 and 2008. oligopeptide repeats in a synthetic yeast prion. or to an Hsp70 propagation. Giraldo R bacterial prionoid RepA-WH1 recapitulates dimer to monomer transitions of [2016] Functional amyloids as inhibitors of plasmid DNA replication. · Rafael Giraldo y Laura Molina-García. we discovered an infectious agent (i. [REP-PSI+]. · Molina-García L. Liz-Marzán LM. RepA-WH1 assembles collaboration with Complutense University to initiate replication (WH1) can assemble as pores that permeate the membrane. we have discovered that. Fernández C. PCT/EP2016/057543. Fernández C. In the mechanism through which binding to it is epigenetically transmitted during the whole. Fernández-Tresguerres ME. Guerrero-Martínez A* [2016] Nucleation of amyloid oligomers 6:311. Sánchez-Martínez MC. Moreno-Díaz de la Espina S. Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications la Espina S [2016] RepA-WH1 prionoid: Clues from bacteria on factors governing phase transitions in amyloidogenesis (Review). · Torreira E. Moreno-Díaz de . · Giraldo R. functionalized gold nanoparticles as amyloid fibres in vitro. · Gasset-Rosa F. These can be reconstituted in lipid vesicles (red: RepA-WH1-mCherry. “Bacterial system for the identification of amyloidogenic peptides and the screening of inhibitors of amyloidosis”. either in vitro or in vivo. as indicated by a conformation-specific antibody (arrows: Au particles). Giménez-Abián JF. C. in E. Fuentes-Perez ME. Moreno-Herrero F. The expression of interaction of acidic phospholipids with that promote and sense. green: confined calcein label). The in Madrid. functional RepA.

pero el hongo es ha. Arst Profesor de Investigación Doctor vinculado Ad Honorem penalva@cib.arst@cib. Mario Pinar Sala Carlos García Benítez Molecular Biology. centro de [102] investigaciones biológ icas Miguel Ángel Peñalva Soto Profesor Herbert N. 2000 Dra. así como Financiación | Funding las diferentes rutas por las que membrana y cargo salen del ER. dado que una parte substancial · BFU2015-66806-R (MINECO/FEDER/EU) . 1997-1999 • Imperial College London. CSIC Secretario. los receptores. 2005-2006 • MRC Laboratory of Dr. Areti Pantazopoulou Ignacio Bravo Plaza Visiting Scientist.cib. analizar la proteólisis como en GTPasas RAB y ARF.es/research/cellular-and-molecular-biology/aspergillus-molecular-genetics Genética Molecular del portafolio de enzimas industriales se fabrica con especies de Aspergillus como factorías celulares. genéticamente manipulable y conveniente para de señalización y transporte nuclear en un organismo con organi- microscopía. EMBO-Postdoctoral Fellow Contratado. diferentes factores nucleares queremos entender los mecanismos ploide.es PhD. centrándonos calcineurina. CSIC Dra. María Villarino Pérez Irene Tomico Cuenca Elegido miembro EMBO. 1989 • Universidad Complutense de Madrid Postdoctoral. Usando como modelo lular se asemeja al de metazoos. de Aspergillus Las rutas biosintéticas y catabólicas están sujetas a regulación transcripcional. importante punto de control transcripcional. Intentamos comprender los mecanismos de maduración de cisternas del Golgi y específica- mente la biogénesis de carriers post-Golgi en el TGN. 1982 • Universidad Autónoma de Madrid Postdoctoral • Antibióticos SA (Madrid) e Institut de Otros miembros | Other members Genetique et Microbiologie. y los que participan en desarrollo Mediante la combinación de abordajes genéticos y bioquímicos de estructuras reproductivas asexuales (FlbB). la trans- ducción de la señal y los mecanismos que modifican tanto las ac- Aspergillus nidulans es un modelo genético apropiado tividades como la localización celular de factores de transcripción. Universidad de París.es herb. 1987 • CIB Elena Reoyo Hernández Miguel Hernández González Profesor de Investigación desde 2001 • CIB. para estudiar exocitosis polarizada y transporte a larga El tráfico de estos factores entre el núcleo y el citoplasma es un distancia por microtúbulos y actina.csic. Nuestro trabajo tiene importantes implicaciones tanto en medi. estres por pH ambiental. Nuestro trabajo se cen- tra en factores que median en la respuesta al estrés por cationes y la alcalinidad (CrzA y SltA). zación celular cenocítica (multinucleado). Su tráfico intrace.es PhD. sus reguladores y sus efectores. resolverse por microscopía óptica. 2004 • CIB. · BIO2012-30695 (MINECO) · BIO2015-65090-R (MINECO/FEDER/EU) cina como en agricultura (la patogenicidad de los hongos hacia · S2010/BMD-2414 (Comunidad de Madrid) humanos y plantas dependen estrictamente de la exocitosis y los · IPT-2011-0752-900000 (MINECO) hongos son sensibles a ciertas drogas antitumorales) y también · BFU2012-33142 (MINECO) · E/RTA2013-00062-C05-01 (MINECO) en el campo de la biotecnología. El Golgi mecanismo de activación postraduccional y el papel de la tolerancia de Aspergillus está formado por cisternas dispersas que pueden al estrés en procesos de virulencia fúngica y de su propagación. 2001-2004 • Ramón y Cajal Científico Titular y Jefe de grupo.csic. Orsay Científico Titular y Jefe de grupo. Laura Mellado Maroñas Elena Requena Galindo Maria-Tsampika Manoli Eduardo Antonio Espeso Fernández Científico Titular eespeso@cib. El estudio de estos con microscopía multidimensional estudiamos la organización y reguladores permite abordar la señalización mediada por calcio/ la dinámica del Golgi y del sistema endovacuolar. Estudiamos las señales. 2004-2008 • Grupo Especializado de Hongos Filamentosos y Levaduras (SEM) http://www.csic.csic. Cambridge (UK) Dra Ing.

FEMS potential as a target for antifungal compounds. A corregulation of genes belonging to secondary metabolism Figure 1 and development was found. transcriptionally regulated. Aspergillus nidulans syntaxin PepA is regulated by two Sec1/Munc-18 · Sebastián V. Peñalva MA [2015] TRAPPII regulates exocytic Golgi exit HN Jr. and Peñalva. Genetics 199(4):1127-42. Our work has as models diverse nuclear factors. regulator FlbB in vegetative cells. proteins to mediate fusion events at early endosomes. Markina- · Lucena-Agell D. Galindo A. analyzing changes in gene expression pattern due to alterations in the asexual reproductive cycle in Aspergillus. Perez-de-Nanclares-Arregi E. Arst HN Jr. Hervas-Aguilar A. Mol Microbiol 99:199-216. genetically amenable and microscopy-friendly. Gorostidi A. Proc tolerance pathway in Aspergillus nidulans. and and the mechanisms responsible of the and the role of stress tolerance in fungal specifically the mechanisms that determine activation and cellular localisation of virulence and propagation. components of the cation stress-responsive Slt pathway in Aspergillus nidulans. Pérez DI. Ugalde U. Cortese MS... Mol Biol Cell 25. Kelly JM. Pinar. Mol Microbiol 98:607-624. Eukaryot Cell [2015] Tip-to-nucleus migration dynamics of the asexual development 14:545-553. X. as a substantial share of in the responses to cation and alkaline endovacuolar systems. Espeso EA [2015] A second component of the SltA-dependent cation by mediating nucleotide exchange on the Ypt31 orthologue RabE/RAB11. late endosomes and Campillo NE [2016] New applications for known drugs: Human glycogen vacuoles. M. Arst HN Jr. Garzia A. Xiang. Tilburn J. Lockington RA. Espeso EA [2016] Neurons show the path: tip-to-nucleus analysis of the Aspergillus ambient pH receptor PalH underscores its communication in filamentous fungal development and pathogenesis. Mellado E. Etxebeste O [2015]. and FlbB that participates ARF GTPases. Oiartzabal-Arano E. Specifically we study SltA and microscopy. Nuclear transport TGN. Mol Microbiol 97:1-6 (Commentary Review). Peñalva MA [2015] The Biol Cell 27:2598-2612. Abenza JF. Analizying effectors. Rudnicka J. the biogenesis of post-Golgi carriers in the transcription factors.Biología Celular y Molecular [103] Cellular & Molecular Biology Aspergillus Molecular Genetics Aspergillus nidulans is a genetic model well suited for studying polarised exocytosis and long-distance transport mediated by actin and microtubules. · Lucena-Agell D. Etxebeste O. Mol · López-Berges MS. yet the organism is haploid. we are investigating the certain anti-tumour drugs) and major ones CrzA transcription factors that mediate organization and dynamics of the Golgi and for biotechnology.A. Calcagno-Pizarelli AM. (2014). Mol Microbiol 101:982-1002. Fungal Genet Biol 82:116-128. Espeso EA. synthase kinase 3 inhibitors as modulators of Aspergillus fumigatus growth. focusing on RAB and the industrial enzyme catalogue is produced pH stresses. de los Ríos V. Pantazopoulou A. Arst Salarichs J. Oiartzabal-Arano Maturation of TGN cisternae (red. Arst HN Jr. in asexual reproductive cycle. Espeso EA. Arst HN Jr. A. Penalva MA [2016)] Mutational · Etxebeste O. Gil C.. By combining genetic and biochemical plants and humans is strictly dependent on and nucleus in a coenocytic (multi nuclear) approaches with in vivo multidimensional exocytosis and fungal cells are sensitive to organism. Martínez A. Pougovkina O. We study ambient pH stress. Rodríguez. Cortese MS. Espeso EA nidulans ambient pH signaling does not require endocytosis. Intracellular traffic resembles that of metazoan cells. · Herrero-Garcia E. receptors. · Mellado L. proteolysis as a We are studying the mechanisms of signals. Pantazopoulou. Natl Acad Sci USA 112:4346-4351. 2428-2443. The Aspergillus Golgi is formed these regulators allow us to investigate the by non-stacked early and late Golgi cisternae Biosynthetic and catalytic pathways are calcium-calcineurin mediated signaling. signaling transduction mechanism of posttranslational activation cisternal maturation in the Golgi. Tagua VG. Peñalva MA [2015] Aspergillus Iñarrairaegui A. · Peñalva MA [2015] A lipid-managing program maintains a stout · Mellado L. M. Pinar M. as well as the different pathways is a key regulatory step in the regulation for the exit of membrane and cargo from of transcription. mRFP-PHOSBP) into post-Golgi vesicles containing RabE/Rab11 (green): de E. Munera-Huertas T. Ugalde U. Espeso EA [2016] Proteolytic activation of both Spitzenkörper. that can be resolved by optical microscopy. Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications · Pinar M. to important implications for both medicine understand the mechanisms involved in and agriculture (fungal pathogenicity to signaling and traffic between cytoplasm Figure 2 Cover of the April 2015 issue of the journal Genetics for the article by Oiartzabal-Arano et al. Our focus is using the endoplasmic reticulum. . their regulators and their with Aspergillus species as cell factories. Eur J Med Chem 116:281-289. Galindo A. Microbiol Rev 40:610-624. Arst HN Jr. Díaz JF. Manoli MT.

donde favorecen el ensamblaje de FtsZ para división celular. intracellular spaces in a dividing cell. del divisoma en la célula. USA Postdoctoral. CSIC Otros miembros | Other members Begoña Monterroso Marco Marina López Álvarez Carlos Alfonso Botello Ana Raso Alonso Sara Fuentelsaz Romero Científico Titular Marta Sobrinos Sanguino Alicia Rodríguez Bernabé carlosa@cib. cuya localización esté contro- moduladores positivos. Rico and Miguel Vicente.csic.csic. riana deben estar en el lugar correcto y en el momento adecuado a lo largo del ciclo celular. y las proteínas Zap. Basilea. 2006 Profesor de Investigación. 1989 • Universidad Autónoma de Madrid Postdoctoral. microesferas y bicapas. biofísicas y de biología sintética. 1995 silvia@cib. 1994 Científico Titular Científico Titular. el elemento central cas de FtsZ en vesículas y microgotas que permitan la síntesis de del divisoma en la mayoría de las bacterias. Bethesda. En Escherichia coli.es/en/grupo.csic. 1990-1992 • NIH. Scheme adapted na para reconstruir divisomas funcionales mínimos en from the original designed by Ana I. Estos datos bioquímicos ayudarán a identificar los parámetros clave para el ensamblaje Los componentes moleculares involucrados en la división bacte. La aglomeración intracelular causa efectos de exclusión de SlmA sobre el nucleoide. como nanodiscos. Univ. La mayoría de estos reguladores interaccio. duciendo la aglomeración intracelular.es Jefe de Grupo. también puede inducir transiciones de fase que resulten en la formación de microentornos dinámicos Nuestra investigación pretende lograr una descripción cuantita. ZipA. como en membranas. . Integramos aproximaciones bioquí- micas. centro de [104] investigaciones biológ icas Germán Rivas Caballero Mercedes Jiménez Sarmiento Profesor de Investigación Científico Titular grivas@cib. carentes de membrana. los ensamblajes mínimos del divisoma. Los moduladores negativos evitan el reproducir propiedades fisicoquímicas del aglomerado interior ce- ensamblaje de FtsZ en otros lugares: las proteínas Min en los polos. Este conocimiento facilita la reconstrucción de funciones específi- lan el ensamblaje GTP-dependiente de FtsZ. tanto en solución que integra señales que modulan el ensamblaje del divisoma. See text for details. el tubo de ensayo. volumen que pueden alterar significativamente las interacciones nan con FtsZ a través de un nodo central situado en su C-terminal.es PhD en Química. repro- para nuevas aplicaciones sintéticas y biotecnológicas. 1996 Investigador Científico.es enoe@cib. 2015 • CIB. en disolución y en sistemas mínimos esta maquinaria esencial y proporcionarán herramientas de membrana. CNB. 1993 • Biozentrum. Estos estudios contribuirán a completar nuestro conocimiento sobre de la estabilidad del anillo.es Noelia Ropero de Torres http://www. CH Silvia Zorrilla López Investigador postdoctoral. FtsA.cib.csic. Muchos de estos componentes modu. susceptibles de modular la organización tiva de las redes de interacciones entre FtsZ y los moduladores espacio-temporal de complejos del divisoma. lular. se reclutan lada topológicamente y sean capaces de realizar funciones de la al medio de la célula. Estos sistemas sintéticos pueden diseñarse para formar un anillo Z dinámico.grivas Bioquímica de sistemas de la división bacteriana Figure 1 Estudiamos los mecanismos bioquímicos responsables Distribution of bacterial division components (Escherichia coli) at the different de la organización de la maquinaria de división bacteria.csic. macromoleculares implicadas en la división.

Heus HA. the agent of an amyloid proteinopathy in bacteria.. Zorrilla S. Jiménez M. Knowles · BFU2014-28941-C03-02 (MINECO) TP. as nanodiscs. S. FtsA. Alfonso C. Raso A. · Rivas G. Solutions. modulate divisome assembly. Abramov AY. FtsZ waves driven by MinCDE in ZipA-containing bilayers. [2015] Sedimentation WH1. Many of these These biochemical data will help to identify the key parameters for the components are modulators of the GTP-linked assembly of FtsZ. The molecular components involved in bacterial division must be in microspheres and bilayers.Biología Celular y Molecular [105] Cellular & Molecular Biology Systems Biochemistry of Bacterial Division We study the biochemical mechanisms responsible for the organization of the bacterial division machinery with the purpose of reconstructing simplified functional divisomes in the test tube. Muga A. In Escherichia coli. the core element of the divisome in most bacteria. Methods Enzymol 562:135-160. · Cabré EJ. Reija. In Vivo. Biophys J 108:2371-2383. Cremades · H2020-MSCA-ITN-2015 (Comunidad Europea) N [2015] Structural characterization of toxic oligomers that are kinetically . the right place and the right time along the cell cycle. Rivas G [2015] Between.. Society 137:13041-13048. both in solution and Our research aims to achieve a quantitative description of the network in membranes. These studies will contribute to complete our understanding of this essential machinery and will provide tools for novel synthetic and biotechnological applications. PLoS ONE 11:e0149060. Z-ring. capable of performing some cell nucleoid. Schwille P [2015] FtsZ · Groen J. Monterroso B. Dobson CM. whose other locations: Min proteins at the polar regions and SlmA over the localization is topologically controlled. Ouberai M. Núñez-Ramírez R.. Foschepoth D. Min waves displace FtsZ polymers from the membrane resulting in the formation of dynamic FtsZ patterns. Rivas G. Rivas. Rivas G [2016] 290:20325-20335. Guilliams T. Vicente M. Dynamic relocation of FtsZ as a function of its polymerization state in two-phase systems encapsulated inside lipid stabilized microdroplets. · Alfonso C. Petrášek Z. Rivas G [2015] The nucleoid occlusion SlmA protein · Monterroso. and In · Hernández-Rocamora VM. Zorrilla. Sci Rep 6:23144. Crowding causes volume exclusion effects that can significantly alter division-related macromolecular interactions. · Martos A. Rivas G. builds oligomeric Equilibrium Analysis of ClpB Self-Association in Diluted and Crowded pores through lipid vesicles. M. Conversely. Our research integrates biochemistry. Proc Natl Acad Sci USA 112:E1994- 2003. Deas E. Valpuesta JM. Sobrinos-Sanguino M. it can also lead to phase transitions resulting in the of interactions between FtsZ and the modulators of ring stability. PLoS ONE 10:e0126434. Ness S. B. Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications trapped during -synuclein fibril formation. Aprile FA. Reija B. Te Brinke E. formation of dynamic membrane-free compartments. Minton AP [2016] Macromolecular Crowding In Vitro. Arranz R. Krupka M. Rivas G. Journal of the American Chemical Regulation by Min Waves. as revealed by confocal microscopy (Martos et al 2015). del Castillo U. · Fernández C. Sánchez-Gorostiaga A. Microenvironments created by liquid-liquid phase transition control the dynamic distribution of bacterial division FtsZ protein. Drakulic S. J Biol Chem · Monterroso B. Numbers in the images correspond to time in minutes (Monterroso et al 2016). Alfonso C. in which natural crowding is reproduced. Alfonso C. Imamura H. De-Genst EJ. which integrates signals that mimic the physicochemical properties of the crowded cell interior. Klenerman D. B. Roodveldt C. functional assembly of the divisome in the cell. which may both in solution and in minimal membrane systems. biophysics. Alfonso C. Margolin W. Huck WTS [2015] Associative interactions in crowded solutions Polymers Tethered to the Membrane by ZipA Are Susceptible to Spatial of biopolymers counteract depletion effects. Wood NW. Rico AI [2015] The cell division protein FtsZ from Streptococcus pneumoniae exhibits a GTPase activity delay. Evidence that bacteriophage Kil peptide inhibits bacterial cell division by disrupting FtsZ protofilaments and sequestering protein subunits. and cell-free synthetic biology. G [2016] Charged accelerates the disassembly of the FtsZ protein polymers without affecting molecules modulate the volume exclusion effects exerted by crowders on their GTPase activity. the positive modulators – ZipA. J Biol Chem 290:25081-25089. Figure 2 A. Jiménez. These synthetic systems can be devised to partially hub located at its carboxy terminal end. the negative modulators avoid FtsZ assembly in aiming at the synthesis of partial divisome assemblies. Zorrilla S. Martín I. Financiación | Funding · Chen SW. Rivas G. Rivas G. Trends Biochem Sci 41:970-981. Most of these regulators interact with FtsZ through a central division functions. FtsZ polymerization. Jiménez M. Jiménez M. Giraldo R [2016] RepA. B. as vesicles and droplets. Boersma AJ. Mingorance J. Keating CD. Sci Rep 6:35140. and Zap proteins – are This knowledge facilitates the reconstruction of specific functions recruited to midcell allowing the assembly of FtsZ to form a dynamic of FtsZ using artificial cell-like containers.. Zorrilla S. modulate the spatiotemporal organization of divisome complexes. Gómez-Puertas P. Rivas G. · Salvarelli E.

El bloqueo requiere la unión al DNA de la proteína Figure 1 Fob1. trans- cripción.es PhD. En eucariotas los genes ribosómicos (rDNA) están repetidos en tándem.es of Medicine. Utilizamos la electroforesis bidimensional en geles de aga- (A) Genetic map of pYAC_AC_10rRFBs+. Proteínas estructurales del complejo sinaptonémico. una topoisomerasa de tipo II muy la replicación del DNA. 1980 Investigador Científico. 1985 Jefe de Grupo. 1980-1982 • Brookhaven National Pablo Hernández Valenzuela Laboratory. (E) Densitometric profile corresponding to the 8 most distal spots observed on indican que secuencias vecinas y la abundancia de la proteína the simple-Y arc observed in (C). Los resultados obtenidos gel immunogram of the RIs with its diagrammatic interpretation in (D). significativamente en ambos casos. necesarios para la correcta reparación de las DSBs.hernandez@cib. reparación y recombinación. 1987-1989 • Albert Einstein College p. . ATM/ATR fosforilan concreta: el antígeno T en SV40 y la proteína EBNA-1 en EBV.csic. (B) Map of the linear fragment rosa para identificar y cuantificar las horquillas detenidas en las generated by digestion of pYAC_AC_10rRFBs+ with SwaI and BamHI.csic. Rec114) para así retro-inhibir topología del DNA resultante de la unión DNA-proteína difiere su actividad. centro de [106] investigaciones biológ icas Jorge Bernardo Schvartzman Dora Beatriz Krimer Smunis Científica Titular Blinder dbkrimer@cib. Las roturas de doble cadena (DSBs) en meiosis son catalizadas Los virus SV40 y EBV se utilizan como modelos para estudiar por la endonucleasa Spo11. Fob1 modulan la eficacia de las rRFBs para bloquear el progreso de las horquillas de replicación.es Profesor de Investigación schvartzman@cib. La replicación se inicia en genoma. La factores del complejo de Spo11 (e. 1979 • Universidad Politécnica de Madrid. epigenéticos y ambientales como la topolo- gía del DNA.csic. también son diana de ATM/ATR y su fosforilación bidimensional en geles de agarosa para estudiar la topología de es imprescindible para la selección del molde adecuado de re- estos minicromosomas en células HEK 293 (Human Embryonic paración por recombinación y la activación de los “checkpoints” Kidney). En Saccharomyces cerevisiae las horquillas de replicación que progresan contra la transcripción se detienen en sitios específicos llamados barreras polares de la replicación (rRFBs) en la región no transcrita cerca del extremo 3’ de la unidad transcrita.csic.es/es/departamentos/biologia-celular-y-molecular/biologia-molecular-de-los-cromosomas Biología molecular de los cromosomas Nos interesan la interrelación y coordinación de los procesos biológicos en los que está involucrado el DNA durante la proliferación y la meiosis: replicación. 2007 • CIB. New York (USA) Científico Titular. Utilizamos la electroforesis como Hop1. cómo están re- gulados y cómo modifican o son afectados por factores genéticos.cib. la organización de la cromatina y el estrés nutricional. son activadas por las DSBs meióticas generadas en regio- un sitio específico luego de la unión al DNA de una proteína nes del genoma conocidas como “hotspots”. Las kinasas ATM y ATR. España Postdoctoral. CSIC Otros miembros | Other members Jesús A. Cada repetición tiene una unidad transcrita y un espa- ciador no transcrito.g. New York (USA) Investigador Científico Fullbright Fellow. Carballo David Álvarez Melo Vanessa Fernández Calleja Alicia Rodríguez Bernabé Alicia Castán García http://www. (C) 2D rRFBs en minicromosomas circulares. 2002 Profesor de Investigación. Ambos son genomas circulares que se conservada. críticas en la estabilidad del comportan como un único replicón.

processes for accurate DSB repair in meiosis. Financiación | Funding · Cebrián J. ATM/ blocked at specific sites called replication initiates at a precise site upon binding of a ATR. (doi:10.Biología Celular y Molecular [107] Cellular & Molecular Biology Molecular Biology of the Chromosomes We are interested in the relationships and coordination between biological processes where DNA is involved during proliferation and meiosis: replication. Martínez V. We used ATR also phosphorylate Hop1. Martínez-Robles ML. Krimer DB [2013] DNA methylation- Science Business Media.1371/journal. Castán A.) Springer Science Business Media. Biochemical Society Transactions 41:646-651. epigenetic and environmental factors such as DNA topology. Each repeat Virus (EBV) are frequently used as model introduction of Double Strand Breaks encompasses a transcription unit and a systems to study DNA replication upon (DSBs) in the DNA. Hernández P. Their topoisomerase which catalyses meiotic DSBs cerevisiae replication forks moving in genomes are circular duplexes organized at regions known as hotspots. Rec114. Krimer DB. Monturus ME. how are they regulated and how they alter or are affected by genetic. Hernández P. Krimer DB. ATM/ dimensional (2D) agarose gel electrophoresis binding to DNA in both cases. Schaerer C. Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications · Schvartzman JB. Catenated and Knotted DNA Molecules. Torres F. Hernández P. repair and recombination. DNA Electrophoresis: Methods and Protocols (Svetlana Makovets. They fork barriers (rRFBs) in the non-transcribed specific protein: the large tumor (T) antigen phosphorylate multiple substrates. transcription. Castán A. ATM/ATR phosphorylated targets were detected using a commercial antibody anti-pS/T[Q]. ribosomal genes (rDNA) are Simian Virus 40 (SV40) and Epstein-Barr Meiotic recombination begins with the organized in tandem repeats. Hernández P. . Fernández-Nestosa MJ. Peer J (doi. cerevisiae meiotic cells at different stages in prophase I. Nucleic Acids Res 43:e24. Hernández P.1186/2193-1801-2-392). In Methods Mol · Fernández-Nestosa MJ. Schaerer C. Martínez V. Fernández-Nestosa MJ. Monturus ME. Parra C. Hernández P. Krimer DB [2013] The benefit of DNA supercoiling during replication. The to analyze the topology of these Phosphorylation of Hop1 is required to ensure results obtained indicated that neighbor minichromosomes in human embryonic IH-recombination and checkpoint activity. Schvartzman JB [2017] DNA catenation reveals the dynamics of DNA topology during replication. Methods Mol Biol 1054:121-132. Krimer DB.1 in leukemia cells resistant to cell differentiation. In Saccharomyces the infection of eukaryotic cells. DNA was visualized using DAPI whereas the synaptonemal complex was visualized using anti-Zip1 antibody. ed. Parra C. a structural to investigate and quantify the efficiency two-dimensional agarose gel electrophoresis component of the Synaptonemal Complex. Fernández A. · Fernández-Calleja V.org/10. Krimer DB. Hernández P. · Cebrián J. New York. Stasiak A. Biol: DNA topoisomerases – Methods and Protocols (Marc Drolet. · Cebrián J.0104995). J Biol Chem 290:13725-13735.) Springer Fraga M. 392. (doi:10. including spacer close to the 3’ end of the transcription for SV40 and the Epstein-Barr Nuclear factors of the Spo11 complex. Schvartzman JB. SpringerPlus 2.pone. Figure 2 Nuclear spreads from S. Schvartzman JB [2014] Topoisomerase 2 Is Dispensable for the Replication · BFU2014-56835 (MINECO) and Segregation of Small Yeast Artificial Chromosomes (YACs). Replication fork blockage requires Antigen 1 (EBNA-1) for EBV. In peerj.preprints. ed.2731v1). Presence of the direction opposite to transcription are in a single replicon where replication DSBs activates the conserved kinases. unit. Kadomatsu-Hermosa MJ. key sequences and the relative abundance of kidney (HEK) 293 cells. of rRFBs in circular minichromosomes. We used two. mediated silencing of PU. of DNA differs significantly upon protein preventing further DSB formation. Hernández P. Martínez-Robles ML. Martínez-Robles ML. PLoS ONE · BFU2015-64361-P (MINECO) 9:e104995. In eukaryotes. Kadomatsu-Hermosa MJ. The topology Phospho-Rec114 downregulates Spo11 binding to DNA of Fob1p. required for genome stability. Schvartzman JB [2015] Direct evidence for the formation of precatenanes during DNA replication. Schvartzman JB [2015] Electrophoretic Mobility of Supercoiled. Martínez-Robles ML. Schvartzman JB. Krimer DB [2017] Differential Gene Expression Analysis by RNA-seq Reveals the Importance of · Schvartzman JB. Krimer DB [2013] Plasmid Actin Cytoskeletal Proteins in Friend Leukemia Cells. Fob1p modulate the efficiency of rRFBs to stall replication forks. New York (in press). · Castán A.7287/ DNA topology assayed by two-dimensional agarose gel electrophoresis. Sánchez Z. chromatin organization and nutritional stress. Spo11 is a type II non-transcribed spacer.

Endo TA. Kondo K. Endo M. RYBP). Un ejemplo extremo. Vidal complejos PRC1. · Yakushiji-Kaminatsui N. showing the reversion of B1 to B2 ratio in adult mutant mice. en parte debida al aumento de niveles de regula- Científico Titular. 2008 • CIB. en poblaciones de progenitores hematopoyéticos mutantes se aprecia un efecto híper proliferativo que indica que.and RING1B-dependent histone H2A monoubiquitylation at pericentromeric regions promotes S-phase necesarios para la monoubiquitinación de histona H2A y son progression. Genes and Dev 30:2475-2485. Ikawa T. estos complejos se subdividen en dos categorías. Además. Aguilera A. (B) Hematoxylin- and eosin-stained kidney sections showing normal (control) and affected glomerulus (mutant) in mice. Nakagawa R. MRC. H. Starowicz K. Bravo M. Barroso S. otra proteína identificada Financiación | Funding en el laboratorio. probablemente de modo de- El Sistema Polycomb pendiente de contexto. Koseki H [2016] RING1 contributes to early proximal-distal specification of the forelimb bud by restricting Meis2 expression. Isono K. Vidal M. 1985 • Universidad Complutense de Madrid pervivencia celulares. las células mutantes muestran alteraciones en replicación y evidencia de Otros miembros | Other members inestabilidad genómica. Típicamente asociados a la · Ikawa T. resulta en paradas proliferativa Research. Calés C. J Cell Sci 128:3660-3671. http://www. Kurosaki T. una de las cuales se caracteriza por la presencia de RYBP. Koseki regulación transcripcional de la expresión de genes. Takano Y. Pérez C. en colaboración con C. Katsura Y. como células Investigador científico. Koseki Y. Nuestro trabajo se centra en · Calés C. Investigador Científico mvidal@cib. centro de [108] investigaciones biológ icas Miguel Ángel Vidal que usan líneas de ratones genéticamente modificados y células Caballero derivadas de ellos. switch in adult hematopoiesis. iden. Las proteínas Polycomb RING1A y su homólogo RING1B. Vidal M.csic. Aunque diversos. (A) Schematic representation of the relative size of the pools B-cell progenitors corresponding to B1 and B2 cell lineages in fetal and adult stages. Agata Y. 1991 dores negativos de proliferación. comunes a todos los complejos PRC1. Nicolini F. Kondo T. de homeostasis de tejidos. Koseki H. En otros sistemas. intenta modelar ex vivo esta observación y determinar su posible efecto sobre Epigenética inmortalización aberrante causada por oncoproteínas hema- topoyéticas. Vidal tificadas hace tiempo en el laboratorio. 1985-1989 • National Institute for Medical combinada de Ring1A y Ring1B. ción de cromatina. CSIC madre neurales. Masuda K. Nuestra investigación pretende conocer la contribución de complejos PRC1 en procesos de auto renovación · FP7-People-2011-ITN · SAF2013-47997-P (MINECO) y diferenciación normales y aberrantes en modelos escogidos Figure 1 Altered B cell progenitors and kidney disease in RYBP- deficient (hematopoietic compartment) mice. Mol Cell Biol 36:900-912. Calés (IIB-UAM). Pavón L. Dado el efecto dominante que la parada Katarzyna Starowicz Fabio Nicolini del ciclo celular tiene sobre cualquier otro tipo de análisis sería importante desacoplar esta actividades de las asociadas con re- gulación transcripcional. · Bravo M. caracterizados por su capacidad para M [2016] Role of polycomb RYBP in maintaining the B-1 to B-2 B-cell lineage monoubiquitinar la histona H2A y para la compacta. en la inactivación Postdoctoral. PRC1 actúa promoviendo y restringiendo la expansión de poblaciones celulares. Kometani K. UK casi inmediata. Kawamoto H [2016] Conversion of T cells to B cells by inactivation of están implicados en el denominado control epigenético polycomb-mediated epigenetic suppression of the B-lineage program. Starowicz K. Endo TA. Development 143:276-285. possibly related to altered immunoglobulin levels. . 1991 Jefe de Grupo. Koseki Y.es En general los componentes PRC1 promueven proliferación/su- PhD. Uno de los proyectos en de Regulación marcha. Ohara O.cib. son los adaptadores M [2015] Polycomb RING1A.es/research/cellular-and-molecular-biology/epigenetic- control-polycomb-group-genes En contraste con estas observaciones asociadas a la pérdida de función de subunidades PRC1 (RING1B. la inactivación de sólo uno de los homólogos también tiene efectos anti proliferativos.csic. Los productos del grupo de genes Polycomb se ensam- Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications blan en una variedad de complejos con actividad mo- dificadora de cromatina.

In an extreme example. RYBP) in hematopoietic progenitors can result in hyper proliferative effects suggesting that depending on context PRC1 acts both promoting and restricting Figure 2 expansion of cell pools. Our work aims to display the contributions of PRC1 complexes to self-renewal and differentiation in normal and aberrant conditions. Mutant cells show altered replication and/or evidence of genomic instability. Usually. are adaptors for specific histone H2A monoubiquitylation present in all PRC1 complexes. in collaboration with replication over time. one of which characteristically contains RYBP. in part due to the up regulation of cell cycle inhibitors. PRC1 components promote proliferation/survival. time ago in the lab. also identified in the lab. featuring histone H2A monoubiquitylation and chromatin compaction activities. showing C. In contrast with these observations. (A) Schematic of the labelling of Ring1A-/-. they participate in the epigenetic control of tissue homeostasis. as well as to aberrant immortalization associated to Polycomb proteins identified some determine its possible impact on the hematopoietic oncoproteins. We use genetically modified mouse lines and cells derived from them in select experimental models. two large PRC1 sets are devised.to late S. Ring1Bf/f. Calés (IIB-UAM) attempts to model colocalization of EdU and IdU signals consistent with slowed replication. Homologs RING1A and RING1B. Although biochemically complicated. Typically related to transcriptional control of gene expression. Our work focuses on the PRC1 family of Polycomb complexes. (B) Representative nuclei from cells replicating during middle. the work would benefit from the uncoupling of transcriptional and non-transcriptional functions. In other systems like neural stem cells only the inactivation of one homolog leads also to proliferative defects. Given the dominant effect of proliferative arrest. loss- of-function of PRC1 subunits (RING1B. . the compound inactivation of Ring1A and Ring1B results in proliferative arrest.Biología Celular y Molecular [109] Cellular & Molecular Biology Epigenetic control by the Polycomb Group of Genes The products of the Polycomb group of genes assemble into a variety of multiprotein complexes that act as chromatin modifiers. CreERT2 primary fibroblasts to follow ongoing projects. ex vivo such an activity. One of the Defective S-phase progression during replication of pericentric heterochromatin in RING1A and RING1B- deficient cells.

de los organismos Además y en estrecha colaboración con empresas españolas es- tamos buscando nuevos productos que sean capaces de modular estos procesos. 2000 • Universidad de Navarra Lucía García Ledo Elena Sierra Filardi Postdoctoral Marie Curie Fellow. 2009 Jefa de grupo. centro de [110] investigaciones biológ icas Patricia Boya Otros miembros | Other members Investigadora Científica patricia. Es una importante respuesta frente al ayuno nutri- cional. Estamos así mismo interesados en la relación de la autofagia con procesos de la autofagia de envejecimiento del sistema nervioso y hemos demostrado una disminución de la actividad de autofagia que podría en parte es- tar compensado por otros mecanismos de degradación lisosomal en la fisiopatología como la autofagia mediada por chaperonas. 2016 http://www. París Esther Seco Martín Katharina Sporbeck (Francia) Postdoctoral. 2005-2009 • Ramón y Cajal Científica Titular. Hemos puesto a punto varios métodos de cribado En nuestro laboratorio utilizamos modelos celulares y para la determinación de nuevos compuestos que induzcan o animales para comprender el papel de la autofagia en bloquen el proceso de autofagia y que puedan luego ser aplicados la fisiología y la patología de los organismos.boya@csic. . un proceso de degradación intracelular que permite la eliminación y el reciclaje de componentes celulares. Hemos demostrado que este proceso es impor- tante para la diferenciación neuronal ya que animales deficientes de autofagia no generan neuronas maduras y poseen defectos en neuritogenesis. Este es a la terapia para enfermedades humanas. Por otro lado hemos demostrado que la inducción temprana de la autofagia durante procesos neurodegenerativos Figure 1 supone una respuesta citoprotectora. El interés de nuestro laboratorio se centra en entender por qué el proceso de la autofagia es esencial para mantener la homeostasis de las células y qué patologías subyacen a alteraciones de este mecanismo de degradación intracelular. La importancia del proceso de autofagia queda patente por la letalidad embrionaria de animales deficientes en algunos de los genes reguladores de autofagia.cib. 2005 • University of Cambridge (Inglaterra) Contrato. 2011 Investigadora Científica. 2001-2004 • CNRS. participa en la degradación de orgánulos ce- lulares y permite la supervivencia en situaciones de estrés.csic.es Lorena Esteban Martínez Ana Serrano Puebla Raquel Gómez Sintes Sergio Rivas Muñoz PhD en Biología. diferenciación y la muerte celular. En nuestro grupo estudiamos la relación de la autofagia con procesos esen- ciales para las células como la proliferación.es/research/cellular-and-molecular-biology/roles-autophagy-health-and-disease Funciones este proceso retrasa el proceso de neurodegeneración. llamados genes Atg. Daño axonal producido in Lysosomal staining of mouse fibroblast using the fluorescent dye lysotracker vivo en animales deficientes de autofagia aumenta los niveles de in red and antibody that labels the lysosomal membrane protein LAMP1 in muerte celular y por el contrario la inducción farmacológica de cyan and DAPI in blue to label the nuclei.

· Mauro-Lizcano M. Esteban-Martínez L. Autophagy is an intracellular degradative process that allows the elimination and recycling of cellular constituents. López M. Ann N Y Acad Sci 1371:30-44. Allen Dihydroceramide accumulation mediates cytotoxic autophagy of cancer cells K. Saha AK. de la Rosa EJ. Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications human vascular smooth muscle cell apoptosis induced by atherogenic lipids. Partida D. Serrano-Puebla A. Elbaz E. and aging.. Animals deficient for several autophagy cytoprotective response during several regulators. Ledesma MD. Molinuevo JL [2016] Altered Blood Gene Expression of Tumor-Related Genes (PRKCB. Mol Neurobiol 53:5902-5911. Casserras T. Boya P [2016] Lysosomal membrane permeabilization in · BFU2015-65623-R (MINECO) 2016-2018 cell death: new evidence and implications for health and disease. Oncotarget 7:28821-28835. Dangla-Valls A. the Atg genes. Maestre C. García. Ageing Res Rev 32:150-168. importance of this process to maintain increases cell death and conversely. We want to understand why the process of recently demonstrated that autophagy is the nervous system and have recently autophagy is essential to maintain cellular essential for neuronal differentiation since found a decrease in the activity of homeostasis and how deregulations in autophagy-deficient animals generate macroautophagy that seems to be partially this mechanism can influence pathological reduced numbers of neurons in vitro and compensated by un upregulation of other situations. Villarejo- Ledo L. · Antonell A. · Hernández-Tiedra S. via autolysosome destabilization. Balasa M. Figueiredo-Pereira C. Gómez-Sintes R.... Pascual R. Salazar-Roa M. Garcia. Latorre SH. Nat Cell Biol 17:1304-1316. Seco E. · Rodríguez-Muela N. Esteban-Martínez L. Sánchez-Valle R.. We have lysosomal pathways as chaperone mediated also shown that autophagy is an early autophagy. This process is induced in many stress situations acting as a cytoprotective response.Biología Celular y Molecular [111] Cellular & Molecular Biology Roles of autophagy in health and disease In our group we use cellular and animal models to understand the role of autophagy in the physiology and pathology of organisms. permeabilization and autophagy blockade contribute to photoreceptor cell Prog Retin Eye Res 55:206-245. Campos-Olivas R. COST Action CA15138 2016-2018 . Boya · Provital 2013-2016 P and Vindis C [2016] Mitophagy acts as a safeguard mechanism against · TRANSAUTOPHAGY.. die during neurodegenerative conditions. Autophagy 12:2213-2229. Rial E.. Hernández-Pinto AM. Serrano-Puebla A. Muñoz-García C. In our group we pharmacological upregulation of this methods to find new autophagy inducers study the relationship of autophagy process increases neuronal survival. and CDKN2A) in Alzheimer’s Disease. We have autophagy during the aging process in diseases. Boya P. Autophagy 11:833-843. addtion we are interested in the role of therapies for the treatment of human differentiation and cell death. degeneration. Boya P. D´Angelo R. Cell Death Differ 22:476-487. Vieira HL. Boya P [2016] Lysosomal cell death · i-link0701 (CSIC) 2014-2016 mechanisms in aging. Boya P [2015] New method to assess mitophagy flux by flow cytometry. We have developed several screening cellular homeostasis. death in a mouse model of retinitis pigmentosa. Figure 2 Mouse retinal section where cones have been stained in green and the nuclei in blue.. Pérez M. Velasco G. · SAF2012-36079 (MINECO) 2013-2015 · CONSOLIDER. Boya P [2015] Lysosomal membrane Zori B [2016] Autophagy in the eye: Development. Sanfeliu C. Megias D.. Rami L. Méndez R. Doménech E. Seco E. Esteban-Martínez L. · Serrano-Puebla A. Ledo L. Nahapetyan H. Velasco G [2016] Fernández-Miranda G. Serrano-Puebla A. In and inhibitors that could we used as new with essential processes of proliferation. Malumbres M Financiación | Funding [2015] Mitophagy in mitosis: more than a myth.. Malumbres M [2015] AMPK and PFKFB3 mediate glycolysis and survival in response to mitophagy during mitotic arrest. Faccini J. Boya P. Salazar-Roa M. Lladó A. have defects in neuritogenesis. CDS2010-00045 (MICINN) 2011-2016 · Gómez-Sintes R.. · Esteban-Martínez L. BECN1.Boya P. Kalko SG. · Doménech E. Axonal We also collaborate with several companies embryonic development revealing the damage in autophagy-deficient animals in the search of new autophagy regulators. Serrano-Puebla A. Mucher E. · BFU2015-71869-REDT (MINECO) 2015-2017 · Swiader A. Autophagy 11:2379-2380. · Boya P.. .

En ratón como modelo y mediante secuen- ciación masiva (NGS). en su ventana de diferenciación crítica embrionaria de E11. en células embrionarias (PGCs) y sus efectos epigenéticos transmitidos transgeneracionalmente. La regulación de la expresión génica es generaciones no expuestas. función e interrelación entre ellos o con otros RNAs funcionales como lncRNAs y mRNAs. endo-siRNAs…).es Eduardo Larriba Tornel Javier Isoler Alcaraz PhD. piRNAs. En este periodo. California (USA) Profesor Honorífico. After 41 days of apoptosis. Se han eva- luado los efectos en adultos después de exposición a DEs durante la embriogéne- sis sobre la regulación de miRNAs y sus genes dianas.5 días. he. tadios embrionarios preimplantacionales transgeneracionalmente. análisis bioin- formático. Paralelamente.cib. Chile Miembro. Con ello. espe- cial interés han tenido las células germi- nales primordiales (PGCs). www. CALTECH. Este descubri- de mamíferos. with tamente expuesta. junto con otros aspectos Figure 1 epigenéticos como metilación del DNA y Ex vivo culture of 6 days postpartum neonatal testis in liquid-gaseous interface over agarose. endo-siRNAs.es/sites/default/files/inli- reproducción gamética y los primeros es. . 1978 • Universidad Complutense de Madrid Darío Fernández Zeppino Daniel Fernández Pérez Research Associated.csic. it is possible to identify morfologically spermatocyte cells in pachytene stage stained by DAPI (A). no solo en la generación direc. detected by cytochemistry (in green) (B) or postmeiotic elongated spermatids (C). 1984 • CIB Investigador Científico. que posibilita- rá un análisis funcional futuro en ensayos de reprotoxicidad. Los RNAs pequeños no-co- dificantes (sncRNAs) en sus distintos ti- pos (microRNA. 2009.csic.cib. Pasadena. mos determinando que alteraciones de cusión mediática internacional (http:// renciación de las células germinales. miento ha tenido un alto nivel de reper- clave en el complejo proceso de dife. Hemos valorado el efecto de diferentes DEs tanto individuales como en mezclas durante el desarrollo y su asociación a desregulación de sncRNAs. la tal expresión y sus consecuencias negati. hemos continuado los estudios de alteración de la expresión génica en gametogénesis y embriogénesis temprana inducidos por sustancias contaminantes ambientales de acción disruptora endocrina (DEs).csic. 1981 Jefe de Grupo. esta- mos desarrollando y caracterizando un modelo de progresión espermatogénica ex vivo cultivando fragmentos testiculares de animales prepuberales.• Scientific Advisors on Risk Assesment and Public Health.5 a E13. vas en fertilidad pueden ser transmitidas ne-files/Prensa_Vinclozolina_MEDIA. Comisión Europea Científico Titular. En ese sentido. centro de [112] investigaciones biológ icas Jesús del Mazo Martínez Otros miembros | Other members Investigador Científico Cristina Templado Meseguer Eleni Papadopoulou jdelmazo@cib. snoRNAs…) juegan un papel crucial. 2006 • Universidad de Valparaíso. evaluamos el efecto de reprotóxicos contaminantes ambientales sobre la biogénesis y función de tales sncRNAs.es/es/departamentos/biologia-celular-y-molecular/biologia-molecular-de-la-gametogenesis Biología Molecular de la Gametogénesis Nuestro laboratorio está interesado en la regulación de la expresión génica en el desarrollo y diferenciación de la línea germinal en mamíferos. hemos identificado aspectos específicos de su biogénesis. mediadas por RNAs pequeños no codificantes (sncRNAs) (miRNAs. molecular y celular. piRNAs.pdf). 2006 • CIB-CSIC http://www. Paralelamente. culture. 1987-1989 • California Institute of Julio Buñay Novoa Verónica Maillo Sevilla Technology. sino en las sucesivas synaptonemal complexes.

García-López J. on adults after exposure to EDs during crucial in the complex process of germ cell At the same time. endo-siRNAs . Weber M. Small non-coding RNAs fragments of prepubertal animals. In: Zygotic Genome Activation: Methods and Protocols.. Larriba E. In that sense. piRNAs. Methods in Molecular Biology. In mouse as model and are progressing in studies of altered gene successive unexposed generations. del Mazo J [2017] Detection and characterization of small non-coding RNAs in mouse gametes and embryos prior to zygotic genome activation. Ney York (en prensa). · Brieño-Enríquez MA. but also in the crucial roles. ISBN:978-1-4939-6986-9. España (BFU2013-42164-R) Int J of Mol Sci 17:452. we evaluated the effect of environmental pollutants on the biogenesis and function of such sncRNAs in embryonic cells (PGCs) and their epigenetic effects transmitted transgenerationally. des Transports et du Logement. . Alonso L. de l’Ecologie.Biología Celular y Molecular [113] Cellular & Molecular Biology Figure 2 Differential miRNA expression profile of female (F) and male (M) PGCs and somatic cells (SC). PLoS ONE 10:e0124296. expression in gametogenesis and early we have determined that alterations of such bioinformatics. convergence of small non-coding RNAs in male germ cell differentiation and fertilization.5 and E13.5... Chapter 7. del Mazo J [2015] Diversity and functional Editor: Kiho Lee.5 to E13.csic. Springer. del Mazo J [2016] Endocrine disrupters. Guibert S. Molecular Biology of Gametogenesis The main focus of our laboratory is to understand the regulation of gene expression during the development and differentiation of the germline in mammals. Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications · García-López J. With this. This discovery has had a between them or with other functional RNAs different EDs both individually and mixtures high level of international mass media such as lncRNAs and mRNAs. du Developpment Durable. endo-siRNAs. function and interrelation (EDs). microRNAs and primordial germ cells: a dangerous cocktail. in their window of critical embryonic on deregulation of sncRNAs. we have identified specific aspects pollutants of endocrine disrupting action in fertility can be transgenerationally of their biogenesis. through next generation sequencing (NGS). The (sncRNAs) in different types (microRNA. The effects MEDIA. del Mazo J [2016] Role of Non-Coding RNAs in the República Francesa. Artaza-Alvarez H.. Fertility and Sterility 106:871–879.cib.pdf). compounds during development and repercussion (http://www. · Larriba E.5. which as DNA methylation and apoptosis.es/sites/ we mainly focused on primordial germ cells their association to mechanisms of action default/files/inline-files/Prensa_Vinclozolina_ (PGCs). Cárdenas DB. · Brieño-Enríquez MA. Pěknicová J. Cleroux E. will enable a future functional analysis assessment was performed not only in the piRNAs. Larriba E. molecular and cellular embryogenesis induced by environmental expression and its negative consequences analysis. doi:10. Hourcade JD. E12.). Financiación | Funding Děd L. The range of colours goes from blue (minimum expression) to red (maximum). del Mazo J [2015] Exposure to endocrine disruptor induces transgenerational epigenetic deregulation of · Programme National de Recherche sur les Perturbateurs Endocriniens” Ministère microRNAs in primordial germ cells. Hourcade JD. Martinez S. we directly exposed generation. RNA 21:946-962. Brieño-Enríquez MA. gamete reproduction and characterizing a model of spermatogenic and their target genes have been evaluated the early preimplantation embryonic stages progression ex vivo by cultivating testicular along with other epigenetic aspects such in mammals. snoRNAs. · García-López J. Heatmap of miRNA log2 normalized counts from NGS data with unsupervised hierarchical clustering of the samples analyzed: male (M) and female (F) enriched PGCs and somatic cells (SC) from E11. We have assessed the effect of transmitted. (11-MRES-PNRPE-9-CVS-072-Nº210064934) Transgenerational Epigenetic Transmission of the Effects of Reprotoxicants · MINECO.5 days.) play in reprotoxicity tests. In this period. we are developing and embryogenesis on the regulation of miRNAs differentiation. In parallel.3390/ijms17040452. Cárdenas DB. The regulation of gene expression is differentiation from E11. mediated by small non-coding RNAs (sncRNAs) (miRNAs. vol 1605.

Los biomateriales en biodegradable Mg particles and cells. 1990 • Universidad Autónoma de Madrid riales metálicos se consideran combinaciones Metal-Metal de Postdoctoral. Pérez Maceda BT. 2001 nes metálicas una vez implantadas siguen liberando partículas e Jefa de Grupo. Fernández Lorenzo de Mele M [2016] Time-lapse evaluation of interactions between su aplicación en reparación ósea. Díaz I. Lozano RM. Grillo CA. A. Iglesias C. Pérez-Maceda BT. La interacción entre la http://www. Escudero ML [2015] Biomateriales metálicos biodegradables en la reducción de fracturas. Aunque la sustitución más empleada es polietile- no-metal. Lozano Puerto RM. Esta circunstancia adversa ha propiciado la búsqueda rlozano@cib. Lozano Puerto R. · MAT2015-67750-C3-2-R (MINECO) (2016-2018) .es/research/cellular-and-molecular-biology/cell- biomaterial-recognition célula y las partículas que se generan durante la degradación es objeto de estudio en nuestro grupo. Científica Titular. 1993-2001 • MEC. 4° Congreso de la Asociación Argentina de los efectos de las partículas metálicas del desgaste-co. hospitalarios. Entre los mate- PhD.csic. a las que Financiación | Funding se les atribuye ser uno de los desencadenantes de la pérdida de hueso (osteolisis) en pacientes implantados y que finalmen. 1991-1993 • University of California aleaciones de cobalto-cromo con tasas de desgaste bajas y buen Berkeley (USA) comportamiento frente a la corrosión. su módulo elástico y su densidad son Otros miembros | Other members semejantes a los del hueso. estudio incluyen materiales metálicos como aleaciones · Fagali N. estos materiales experimentan en el entorno fisiológico un elevado grado de corrosión. rrosión del material sobre las células del entorno del implante. Fernández Lorenzo de cobalto-cromo con alto contenido en carbono y ma. M [2016] Microscopía multidimensional y de epifluorescencia aplicadas al estudio de la interacción de células y materiales degradables a base de Fe. Microscopía (SAMIC 2016). Acta Científica y El laboratorio “Reconocimiento Célula-Biomaterial” inves. 2011 • CIB. Sin embargo. García-Alonso MC. 25 Supp. Clemente C. son reabsorbibles. Empresa teriales metálicos es una práctica habitual en nuestros centros del Contrato: Hospital Ramón y Cajal Código OTT: 2003512_1.es interacción célula-productos de desgaste mediante diferentes PhD. CSIC El Mg y sus aleaciones son interesantes debido a las propiedades que presentan: son ligeros.es de materiales alternativos para esta aplicación. tiga la interacción entre las células y los materiales para · Alvarez F.csic. 2002 • CIB. Patentes | Patents La necesidad de sustituir la articulación de cadera por bioma- · Contrato de Investigación: Contrato de Cotitularidad Patente “Composición farmacéutica que comprende un derivado de un ácido sulfónico”. Reconocimiento Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications Célula-Biomaterial · Bodelón OG. centro de [114] investigaciones biológ icas Rosa María Lozano Puerto te lleva al aflojamiento y necesidad de reemplazamiento de la Científica Titular prótesis. que utiliza ensayos celulares y análisis proteómicos para identificar aquellas proteínas que se afectan como consecuencia de la interacción célula-partícula. el desgaste excesivo que experimenta el polietileno ocasiona la producción de gran cantidad de partículas. 1980-1981 • Aarhus celulares que mejor representan el microentorno osteoarticular University. 2008 • CIB. Hernández LS. CSIC iones metálicos y productos de corrosión como consecuencia del proceso de desgaste. seleccionando las líneas Estancia en el extranjero. CIB Científica Titular.csic. Vol. DK Investigadora Titular de OPI. se estudia la bpm@cib. CSIC de la prótesis. Microsc Microanal 22:1–12. Se analizan Acta Microscopica. teriales biodegradables de base magnesio.cib. Pérez-Maceda BT. Con el objetivo de profundizar en los efectos Blanca Teresa Pérez-Maceda que producen los productos que se generan durante el proceso Científica Titular de tribocorrosión de los implantes metal-metal. Grillo C. Tecnológica 25:15-21. 1989 • Universidad Complutense de Madrid aproximaciones celulares y bioquímicas. sus productos de María Encarnación López Fernández corrosión no son tóxicos y son fácilmente excretados en la ori- na. Fecha Inicio contrato: 29/05/2003-Fecha fin contrato: 29/05/2023. Sin embargo estas aleacio- Investigadora Contratada.

Mg is a necessary the use of the Metal on Metal (MoM) combinations as a replacement element to stimulate the growth of new tissue. However. excessive wear Magnesium (Mg) and its alloys are biodegradable materials suitable of polyethylene causes the production of particles that is believed for bone repair application due to its biodegrability. cellular and biochemical Figure 1 MC3T3-E1 mouse osteoblasts cultured for 24 hours in the absence of MgPa (control) and in the presence of 1 mg/ml MgPa (Mg particles). due to their degrades in body fluids. corrosion products and metallic ions. . there spite of these desirable properties. specifically. making suitable for orthopedic applications. elastic modulus and compressive subsequent loosening of prosthesis. Total hip replacement with loss of function by metallic biomaterials studies are under study on cells that better represent the osteoarticular has become an important concern in human health. Mg-based materials have very high are still wear particles and ions that are released in the body with corrosion rate in the physiological environment. The most prostheses microenvironment. In our characterize cell response and to identify those proteins affected by the aim to understand the effect of the wear debris and ions from the interaction of metallic particles. widespread clinical intervention for hip substitution is given by the polyethylene/metal joint replacement. The effect on the cell of metallic debris. The density. derived from wear and corrosion processes are under study. In substantially low corrosion and wear rates. made of CoCr alloys. reabsorbability to be the major cause of the progressive bone loss (osteolysis) and and osteoconductivity. Biomaterials under study comprise metallic materials. as are cobalt-chromium alloys with high carbon content and biodegradable magnesium-base materials. The interaction of cell these implants. tribocorrosion process of the MoM implants. Immunofluorescence detection by confocal microscopy of ICAM-1 (green) and vimentin (red) expression. This problem has strongly driven strength properties of Mg are more similar to bone. is non-toxic and in joint prostheses.Biología Celular y Molecular [115] Cellular & Molecular Biology Cell-Biomaterial Recognition The “Cell-Biomaterial Recognition Lab” explores the interactions between cells and biomaterials with applications for bone tissue repair. Cell nuclei were also stained and appear in blue (Hoechst 33258). The adverse reaction produced by MoM bearings and particles derived from Mg-based material degradation is under in the human body seems to be due to the simultaneous presence study in our lab that uses cellular assays and proteomic analysis to of metallic particles. But unfortunately. particles and ions.

csic. durante la meiosis en la pérdida de cohesión al final de la de Paula Cohen (Cornell University. New en ratón. 1981-1984 • European Molecular Biology Group Leader.cib. Centro Nacional de Científico Titular. patologías como el síndrome de Down.csic. Heidelberg of Immunology and Oncology.es/es/departamentos/biologia-celular-y-molecular/dinamica-cromosomica-en-meiosis Dinámica Cromosómica en Meiosis El complejo de cohesinas y el control de la dinámica de dicho complejo en la cromatina son esenciales para la correcta segregación cromosómica. los brazos de los cromosomas durante la ción con el factor de transcripción SIX6. profase I meiótica. 1985 Biotecnología Investigador Científico. of Zurich Pathology Department. y otras la NIMA-like kinase1 (NEK1) en la diso. Researcher. La secuencia de este gen tiene un alto Hemos analizado la distribución de la NEK1 fosforila la proteína PP1 gamma. En colaboración con los grupos de JA del mantenimiento de la cohesión entre proteína reguladora WAPL y resultando Suja (Universidad Autónoma de Madrid). Sánchez está trabajando sobre la evolución de los me- canismos de determinación sexual. ciación de los complejos de cohesinas de desarrollo del ojo a través de su interac- sarrollo del ciclo meiótico en mamíferos. la formación de tumores. Errores en estos mecanismos conducen a la muerte celular. 1979-1981 • Zoological Institute York. Los ratones deficientes en este gen muestran sinap- sis cromosómica defectuosa en meiosis. 1981 • Universidad Complutense PhD. Por último. 1983-1996 • Pharmacia/Antibioticos Pharma Jefe de Grupo. centro de [116] investigaciones biológ icas José Luis Barbero Esteban Lucas Sánchez Rodríguez Investigador Científico Profesor de Investigación jlbarbero@cib. resultando en infertilidad. que es uno de los reguladores conduciendo a la defosforilación de otra C14ORF39 y se expresa abundantemente en testículo. 1984 • NYU Medical Center. cromátidas hermanas. Dr. centrómeros sugiriendo su importancia en la identificación de una nueva función dio de diferentes proteínas denominadas en la cohesion centromérica. En segundo del producto del gen ya descrito como “cohesin-regulators” que controlan la di.es PhD in Biochemistry.es lsanchez@cib. hemos co- York) y de AM Pendás (Centro de Investiga.csic. . 1977-1979 • Zoological Institute University Associate Research. 2006 • CIB. CSIC Profesor de Investigación. New Investigador Asociado. USA University of Zurich. la infertilidad y otras cohesinopatías. lugar hemos descrito el papel esencial de SIX6OS1.1989 Investigador Científico. En este estudio se muestra que C14ORF39/SIX6OS1 codifica para un componente del elemento central del complejo sinaptonémico. 1996-2006 • Pharmacia/Department Laboratory. can que la sororina se acumula en los laborado con el laboratorio de AM Pendás ción del Cáncer. (BFU2014-59307-R). 2004 http://www. grado de conservación con el humano sororina. Angel Pellicer laboratory. 1976 • Universidad Complutense de Madrid de Madrid Postdoctoral. Los resultados obtenidos indi. primera division meiótica en mamíferos. previamente como gen involucrado en el proteínas esenciales para el correcto de. Financiación | Funding · Functional analysis of the cohesin network in mammals. Este gen había sido reportado námica del complejo de cohesinas. Salamanca) se han estu. (01/01/2015- 31/12/2017) Figure 1 Tubule degeneration in mice lacking SIX6OS1. L.

Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications · Gómez R. Alvarez M. Ramos I. Felipe-Medina N. Pendás AM. Dev Genes Evol 225:23-30. 7:13298. Benavente R. Pendas AM [2016] C14ORF39/SIX6OS1 is a constituent of the components of the sex determination cascade. Cohen in the formation of Sertoli and granulosa cells. Nat Commun S. leading to the of Madrid). Losada A. · Eirin-López JM. Kremer L. Genetics 200:1181-1199. Barbero JL. · Ruiz MF. Figure 2 Scheme showing the distribution of cohesin-regulator sororin during male mouse meiotic divisions. L. Toledo M. a tumor growing out of control and the incapability to contribute to next generation? This question can be answered if we look at the biological functions of a protein complex. Sciara. Chaouiya C [2016] Primary sex determination of placental mammals: a modelling study uncovers dynamical developmental constraints · Brieño-Enriquez MA. and the molecules that regulate the dynamic of this complex. Sánchez-Martín M. Moak SL. Sánchez L [2015] An Unusual Role for doublesex in Sex Determination in the Dipteran Cell Reports 17:977-986. named cohesin. de Rooij DG. Ruiz-Torres M. already described as SIX6OS1. Suja JA [2016] Sororin loads to the synaptonemal complex central region independently of meiotic cohesin complexes. of Paula Cohen (Cornell University. BMC Systems Biology 10:37. . Filter JJ. gene has a high degree of conservation with the human C14ORF39 during the meiosis in mouse. Berenguer I. EMBO Rep 7:695-707. The sequence of this regulators of the cohesion maintenance between sister chromatids. Viera A. Llano E. Davies OR. Dereli I. Alsheimer M. The results obtained indicate that the and is expressed abundantly in testis. This study demonstrates that sororin accumulates at the centromeres. determining proteins across insects unveils high rates of evolution at basal Llano E. Tóth A. Fukuda T. Sarno F. Holloway JK [2016] Cohesin removal along the chromosome arms during the first meiotic division depends on a NEK1-PP1g-WAPL axis in the mouse. We have described the essential role of the of synaptonemal complex. that is one of the interaction with the factor of transcription SIX6. Salamanca) we have studied in the loss of cohesion at the end of meiotic prophase I. Mice deficient in this gene are defective NIMA-like kinase1 (NEK1) in the dissociation of the Cohesin complex chromosome synapsis in meiosis.Biología Celular y Molecular [117] Cellular & Molecular Biology Chromosomal Dynamics in Meiosis Are there link between human syndromes with physical and mental problems. Finally. suggesting its importance in C14ORF39/SIX6OS1 encodes a component of the central element the centromeric cohesion. In collaboration with the groups of JA Suja (University autonomous mammals. This gene had been reported previously as a gene involved in the development of the eye through his We analyzed the distribution of the sororin. Barbero JL. Gray S. Sánchez is from the arms of the chromosomes during the first meiotic division in working on the evolution of sex-determining mechanisms. Barbero JL. New York) and of AM dephosphorylation of another regulatory protein WAPL and resulting Pendás (Centre of research of the Cancer. PE. Sánchez L [2015] The comparative study of five sex- García-Tuñón I. Eirín-López JM. in different proteins called “cohesin-regulators” that control the dynamic collaboration with the laboratory of AM Pendás we have contributed of the complex of Cohesin. resulting in infertility. Pérez synaptonemal complex and is essential for mouse fertility. NEK1 phosphorylates protein PP1 gamma. and other proteins essential for the correct to the identification of a new function of the product of the gene development of the meiotic cell cycle in mammals. · Sánchez L. Felipe-Medina N. Barbero JL. · Gómez-H L.

Analizamos cómo estos factores alivian es- trés torsional en regiones de interferencia entre los dos procesos Replicación para prevenir la formación de estructuras anómalas que ponen en riesgo la progresión y estabilidad de horquillas. Saponaro M. en el mantenimiento de la arquitectura del ADN en Camilla Frattini (predoctoral) Prashast Bisht (Estudiante en Prácticas la horquilla y su asociación a la maquinaria replicativa para la Sara Villa Hernández (predoctoral) Manipal University. Begnis M. Cell 151:835-846. En estas situaciones las horquillas de replicación tienden a desplomarse y sufrir roturas en el ADN. Pagliuca C. bending facilitates the error-free DNA damage tolerance pathway and upholds genome integrity. Grove RA. especializadas. Piccini D. Costanzo V. Transcribed Genes. características del rodrigo. Pellicanò G. Fumasoni M. da lugar a mu- Científico Titular taciones y reordenamientos cromosómicos.csic. Cocito A. EMBO J 33:327-340. Cocito A. [2012] Topoisomerase I poisoning results in Una reparación anómala de horquillas desplomadas. Mol Cell 45:710-718. Psakhye I. Estudiamos el papel de factores implicados en el procesamiento de ARNm en el control de la organización de cromatina transcrita. Estas actividades median transiciones que y Genómica (IBFG-USAL) previenen la formación de roturas en el ADN y reordenamientos Lab head 2015 • Centro de Investigaciones Biológicas (CIB) de cromosomas. Trends Cell Biol 22:465-473. · Alzu A. Neelsen KJ. metabólicos del cromosoma. Hazbun TR. Kumar A. 44:10676-10690. [2013] The DNA damage checkpoint response to prender los mecanismos que protegen los cromosomas replication stress: A Game of Forks. Bermejo R. Foiani M [2012] Preserving the genome by regulating chromatin association with the nuclear envelope. Menolfi D. · Ray Chaudhuri A. [2012] Senataxin Associates ximación multidisciplinar que combina genética. Kobayashi N. durante la replicación. 2003 • Universidad Autónoma El equipo persigue dos líneas de investigación principales. Prakhar Bisht (predoctoral) Miguel de la Flor García (Estudiante en Grazia Pellicanò (predoctoral) Prácticas UCM) Una segunda línea se centra en la comprensión de cómo las cé- Irene Nebreda Mata (Estudiante TFG UCM) lulas evitan el desplome de horquillas en interferencia con la maquinaria de transcripción génica. La pri- de Madrid (UAM) mera se centra en los mecanismos moleculares que protegen la Postdoctoral Researcher. Nucleic Acids Research.es proceso de transformación maligna. Nuestro objetivo es com- · Jossen R. Milan sintetizar ADN. Lai MS. Problemas durante la replicación · Gonzalez-Huici V. Castellucci F. Alfieri C. Oldani A. para lo que utilizamos una apro. Lopes M.es/research/cellular-and-molecular-biology/dna- replication-and-genome-integrity precancerosas. centro de [118] investigaciones biológ icas Rodrigo Bermejo Moreno en contextos de respuesta inadecuada al daño. Nat Struct Mol Biol 19:417-423. Bermejo R. Branzei D [2014] DNA pueden dar lugar a inestabilidad genómica ligada a en. su material genético. Jentsch S. Shrestha K. .cib. Oku Y. Brambati A. Szakal B. Este desplome se está reve- lando como una causa principal de daño en el ADN en células http://www. Frattini C. También nos centramos en el estudio del pa- pel de factores organizadores de cromosomas. genó- with Replication Forks to Protect Fork Integrity across RNA-Polymerase-II- mica y biología molecular. La replicación puede ser peligrosa al tener lugar en estructuras · Bock LJ. Dal Maschio M. India) protección de su integridad. Bermejo R. MD 2000 • Universidad Autónoma de Madrid (UAM) PhD in Biochemistry. Hashimoto Y. del ADN e Integridad del Genoma Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications · Colosio A. Nat Cell Biol 14:614-624. en particular PARP-mediated replication fork reversal. Rajakumara E. the yeast kinetochore. Tanaka TU. Foiani M [2012] Preventing replication stress to maintain a inhibición de la síntesis de ADN o interferencia con procesos genome stability: resolving conflicts between replication and transcription. 2011• Ramón y Cajal Científico Titular 2014 cleasa en la resección de intermediarios de replicación durante el Lab head 2011-2015 • Instituto de Biología Funcional atasco de las horquillas. 2003-2008 Research Unit leader 2008-2011 • FIRC Institute integridad de horquillas atascadas y preservan su capacidad para of Molecular Oncology. intrínsecamente frá. Bermejo R [2016] Nucleolytic processing of aberrant replication intermediates by La replicación es un proceso fascinante que permite an Exo1-Dna2-Sae2 axis counteracts fork collapse-driven chromosome a las células generar copias virtualmente idénticas de instability. · Bermejo R. Lucca C. las horquillas de replicación. Carotenuto W. Estudiamos el papel de ciertas actividades nu- Investigador. La progresión de las horquillas puede quedar atascada debido · Bermejo R. De Wulf P [2012] Cnn1 inhibits the interactions between the KMN complexes of giles y propensas a sufrir procesos de recombinación anómala. Fachinetti D. Front Genet 4:26. Herrador R. Bermejo R. Golfieri C. fermedades como el cáncer. Liberi G. como el complejo Otros miembros | Other members cohesina. Foiani M.bermejo@csic. Bermejo R. Urulangodi M. Villa-Hernández S.

Our main interest is to understand the mechanisms that protect chromosome integrity during replication. MARIE CURIE) (2011-2015) breaks and chromosomal rearrangements. integrity of stalled replication forks to preserve their ability to carry out DNA synthesis. In these situations stalled forks tend to collapse upon interference with gene transcription. . Fork collapse upon collapse and generate DNA breaks.g. We are studying the role of factors damage. gene A second project focuses on understanding how cells avoid fork transcription or DNA repair). BrdU-IP-Chip (A) and neutral/neutral bidimensional gel electrophoresis (2D gels) (B) in wild type cells (WT) and DNA replication checkpoint mutants (rad53) treated with the replication inhibitor hydroxiurea. Horizontal bars indicate the progression of replication forks along a chromosomal segment. fork progression can stall when DNA synthesis is inhibited or when forks interfere with other chromosome metabolic processes (e. The first one machineries and thus prevent the formation of aberrant structures focuses on elucidating the molecular mechanisms that protect the that challenge fork progression and stability. However. such as the cohesin complex. For this we employ a multidisciplinary approach combining genetics. Replication machineries to protect replication integrity. gives rise to mutations and chromosomal rearrangements. specialized structures (replication forks) that are intrinsically fragile contribute to maintain the architecture of fork DNA and replication and prone to engage in unscheduled recombination events. We are characterizing their ability to relieve torsional stress generated upon convergence of replication and transcription There are two main research projects in the laboratory. Aberrant repair of such collapsed clashing with transcription has emerged as a major potential cause of forks. problems during replication can generate genomic instability linked to human disease. DNA replication has a dark side for the cell as it is carried out in how chromosome-organizing factors. particularly in the context of defective cellular response to DNA DNA damage in precancerous cells. We are interested in the contribution of several Financiación | Funding nuclease activities to the resection of replication intermediates upon fork stalling. We are also studying · PIE-201420I001 (CSIC) (2014-2015) Figure 1 Study of replication fork progression and stability. involved in mRNA processing in handling the topology of transcribed hallmarks of malignant transformation.Biología Celular y Molecular [119] Cellular & Molecular Biology DNA Replication & Genome Integrity DNA replication is a fascinating process allowing organisms to grow and propagate by generating virtually identical copies of their genetic material. chromatin. These activities influence fork stability and mediate · BFU2011-24909 (MCINN) (2012-2015) transitions at replication forks that determine the formation of DNA · BFU2014-52529-R (MINECO) (2015-2017) · CIG2011-293770 (EU. genomics and molecular biology.

As Publicaciones Seleccionadas | Selected Publications applied objective we pursuit the rational re-design of these system properties. its evolutionary and biotechnological cancer. Financiación | Funding · Latif H.es jnogales@cib.csic. Fernández IS. and the de-composition of the metabolic robustness of the biotechnologically relevant chassis Pseudomonas putida. · Gudmundsson S. Through systems and synthetic biology approaches we recognise.csic. CSIC Joven investigador. centro de Jóvenes investigadores [120] investigaciones biológ icas Young Researcher’s Program Fabrizio Martino Juan Nogales Enrique Young Scientists Joven investigador / Junior Principal Investigator Junior PI fabriziom@cib. 2008-2014 • CIB. [2015] Cyanobacteria as photosynthetic biocatalysts: a systems biology perspective. CSIC Science present / Scientific advisor CIB Electron Microscopy Facility Otros miembros | Other members Beatriz García Jiménez Jesús Torres Bacete Blas Blázquez Castiñeira https://www. [… ] Nogales J […] Thiele I [2015] Do Genome-scale Models Need Martino F [2013] N-terminal acetylation of Sir3 stabilizes its binding to the Exact Solvers or Clearer Standards? Mol Syst Biol 11:831. · *Monk J. espectrometría de masas y bioquímica. rés biotecnológico Pseudomonas putida. vestigo los detalles químicos de cómo los complejos de proteí- incluyendo el proceso óptimo fotosintético en cianobacterias y la nas reconocen. 2013-2015 • CIB. Financiación | Funding · BIO2014-59528-JIN (MINECO) · H2020 FET-OPEN-686585 (EU) . Robinson JP. USA Postdoctoral. microbiology microscopy-and-three-dimensional-reconstruction Función y estructura Microbiología de la cromatina Medioambiental Nuestro interés científico se centra en el entendimiento de la La cromatina regula todos los aspectos del metabolismo del ADN. · Proyectos de I+D+i para jóvenes investigadores · La Rosa R. Rojo F [2015] The Crc/CrcZ-CrcY global regulatory system helps the integration of gluconeogenic and glycolytic metabolism in Pseudomonas putida. Agudo LA [2015] A practical protocol for integration of transcriptomics data into genome-scale metabolic reconstructions.es PhD. Chromatin structure and function Environmental Chromatin regulates every aspect of DNA metabolism from DNA Microbiology replication to DNA transcription and DNA damage response. nucleosome core particle. Environ Microbiol 17:3362-3378. Hydrocarbon and Lipids Microbiology Protocols. In- entendimiento de las propiedades emergentes de estos sistemas. 2008-2014 • MRC-Laboratory of Molecular Postdoctoral. 2015 • CIB.es/research/environmental-biology/environmental- http://www.cib. Molecular Cell 33:323-334. Sahin M. Appl Environ Microbiol 01365-15.*Nogales J. CSIC Contracted Scientific. 2009 • Universidad Complutense de Madrid Postdoctoral. 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I will employ a combination have contributed to better understanding of the emergent properties of high-resolution cryo-electron microscopy. of microbial systems. Rhodes D. I investigate the chemical details of how protein complexes implications.csic. Tsai M. cyanobacteria. · Arnaudo N. X-ray crystallography. Nogales J. complejidad del metabolismo microbiano. La regulación de la función de la de biología de sistemas y sintética hemos contribuido a un mejor cromatina se asocia con una enfermedad como el cáncer. modify and regulate chromatin. Nogales J.es/research/chemical-and-physical-biology/electron. · Ebrahim A. Como objetivos aplicados. 2015 • CIB. Zengler K [2015] Adaptive evolution of Thermotoga maritima reveals plasticity of the · SAF2014-59993-JIN ABC transporter network. Springer Protocols Handbooks pp 135-152. Van Leeuwen F. Nat Struct Mol Biol 20:1119-1121. Iceland Biology (Cambridge.csic. Mediante aproximaciones la respuesta al daño del ADN. Mol Biosyst 11:60-70. 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Oliva MA. culares del funcionamiento de los sistemas de segregación de ADN fertilidad. Durante la meiosis.es PhD. · Carballo JA. Martín-Galiano AJ. Cha RS [2015] inhibitors. usando como modelo de cromosomas a la mitad generándose gametos haploides. (ii) las bases moleculares del movimiento generado por la proteína motora y. Llorca O. switch of cell division protein FtsZ probed with fluorescent allosteric · Penedos A. Sedgwick SG. Juan-Rodriguez D. Martín-González A. Borde V. CSIC- Stability Centre. Nos definen la gametogénesis es la meiosis. We are model system. of the Chromosomes Tubulins & FtsZ: targeting Meiotic homologous recombination and genome stability. Andreu JM. López-Rodriguez ML.es/research/chemical-and-physical-biology/tubulins- and-ftsz-targeting-protein-self-assembly Biología Molecular de los Cromosomas Tubulinas y FtsZ: Recombinación homóloga del ADN y su regulación en modulación del meiosis. We work on tubulin-like proteins based DNA or cancer. Oliva MA [2017] TubZ filament assembly Adaptor Protein. 2005-2009 • MRC-Laboratory of Molecular Investigador contratado. Strong E. 2004-2008 Postdoctoral. Tsim M. Sci Rep. Martínez F.csic. Cha RS [2013] Budding yeast ATM/ATR control meiotic double-strand D. García-Sánchez A. Andreu JM. Chacón Aurora kinase suppresses S-CDK-driven spindle formation during prophase I P. Cell 132:758-770. PLoS One 10:e0134297. Hoffmann E [2013] Ipl1/ Vazquez-Villa H. Hop1. PLoS Genetics 9:e1003545. Front Mol Biosci 3:51.csic. Panizza S. Araújo-Baza´n L. Johnson AL. ensamblaje de proteínas Un problema fundamental en biomedicina es entender cómo Nuestra actividad científica se centra en entender las bases mole- defectos en la gametogénesis conducen a trastornos como in. Goldman AS.cib. Uno de los eventos que con objeto de desarrollar nuevas herramientas biotecnológicas. CSIC Otros miembros | Other members http://www.csic. Ramirez-Aportela E. Löwe J [2016] A polymerisation-associated conformational break (DSB) levels by down-regulating Rec114. Employing a structural and biochemical approach we aim interested in the regulation of homologous recombination during meiosis to understand: (i) the assembly of the nucleoprotein complex that anchor and the mechanisms required by the cells to repair their DNA without the DNA to the motor protein. el complejo nucleo-proteico que se encarga de anclar el ADN a la proteína motora para su movilización. Newcombe S. A defining event in gametogenesis is meiosis. 2009-2012 • National Institute Biology (Cambridge.1038/srep43342. MRC (London. Johnson AL. proteins self-assembly A fundamental problem in biomedicine is to understand how defects Our research activity focuses on the molecular basis of DNA segregation during gametogenesis cause disorders like infertility. 2012-2015 • Genome Damage and Staff Scientist. through the assembly of the motor protein and. PLoS One 8:e83982. Down syndrome to develop new biotech tools. Huecas S [2017] The structural assembly to ensure chromosome integrity during meiosis. Aplicamos estu- mecanismos de control por los cuales las células reparan su ADN dios estructurales y bioquímicos para entender: (i) cómo se forma sin introducir mutaciones o aneuploidías. bioRxiv doi: 10.es/research/cellular-and-molecular-biology/molecular- Rubén Ruiz Quero biology-chromosomes http://www. Oliva Blanco Young Scientists Investigador Ramón y Cajal Investigadora Ramón y Cajal j. Jordan PW. During meiosis. Financiación | Funding Financiación | Funding · RCY-2013-13950 (MINECO) · RYC_2011_07900 (MINECO) · BFU2015-64361-P (MINECO) · BFU2013-47014 (MINECO) . Nuestro estudio el sistema que identificamos en el fago c-st de Clostridium grupo estudia la regulación de la recombinación homóloga y los botulinum (que codifica la neurotoxina BoTox-C). Serrentino ME.Programa Ramón y Cajal [121] Ramón y Cajal Program Jesús A. síndrome de Down o cáncer.csic. Spain) Investigador Ramón y Cajal. UK) CIB (Madrid. University of Sussex (Brighton.