Universidad Central de Venezuela

Facultad de Medicina
Escuela Luis Razetti
Cátedra de Bioquímica

TEMA 2
ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE LAS
PROTEÍNAS
Módulo I: Estructura y Función de los
aminoácidos

Noviembre, 2009
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Objetivos generales del Tema 2

 Describir la estructura de las proteínas y sus aminoácidos constituyentes

 Explicar con ejemplos la relación que existe entre la estructura de las proteínas y
la función biológica que desempeñan.
 Explicar las propiedades ácido-base de los aminoácidos y las proteínas.
 Describir los métodos de separación de proteínas.

Estructura y propiedades de los aminoácidos

Objetivos
1) Reconocer la fórmula
general de los aminoácidos
2) Describir las características
de los tipos de cadena
lateral de los aminoácidos
3) Clasificar los aminoácidos
según las características de
su cadena lateral
4) Describir las propiedades
ácido-base de los
aminoácidos.
5) Definir punto isoeléctrico (pI)
de los aminoácidos.
6) Representar la curva de
titulación de los aminoácidos
7) Interpretar la curva de
titulación de los aminoácidos
8) Representar las formas
iónicas de los aminoácidos a
diferentes pH
9) Calcular la carga neta de los
aminoácidos a diferentes pH
y el punto isoeléctrico
Contenidos
Carbono alfa, grupo amino, grupo carboxilo y
cadena lateral (R)
Cadenas alifáticas, aromáticas, ácidas y
básicas
Polaridad, carga eléctrica, grupos aromáticos,
propiedades ácido-base
Ionización de los grupos alfa amino, alfa
carboxilo y cadenas laterales
Carga del aminoácido
Representación de pH versus equivalentes de
base añadidos a soluciones de aminoácidos
monoamino-monocarboxílico, aminoácidos
diamino-monocarboxílico y aminoácidos
monoamino-dicarboxílico.
Identificación de pKs y pI
Ionización de los grupos alfa amino, alfa
carboxilo y cadenas laterales a la
concentración de H+
Suma algebraica de cargas de los grupos alfa
amino, alfa carboxilo y cadenas laterales

Actividad de Aprendizaje
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Asiste a las clases teóricas del tema.
Consulta alguno de los siguientes libros:

Champe, P., Harvey, R. y Ferrier, D. (2005) Bioquímica. 3ra ed. México:

Editorial Mc Graw Hill.

Devlin, Thomas. (2004). Bioquímica. Libro de texto con aplicaciones clínicas.

4ta ed. Editorial Reverté S.A.

Mathews-Van Holde-Ahern. (2003). Bioquímica. 3ra ed. Editorial Addison

Wesley.

McKee, T. y McKee, J.R (2009) Bioquímica. 4ta ed. Madrid: Editorial Mc Graw
Hill.

Murray, R.; Bender, D.; Botham, K.; Kennelly, P. Rodwell, V. y Weil, P. (2010)
HARPER, Bioquímica ilustrada. 28o ed. México: McGraw Hill.

Nelson, D. y Cox, M. (2005). Lehninger. Principios de Bioquímica. 4ta ed.

Editorial Omega.

Smith, C.; Marks, A. y Lieberman, M. (2006). Bioquímica básica de Marks. Un

enfoque clínico. 2da ed. McGraw Hill-Interamericana.

Voet, D.; Voet, J. y Pratt, C. (2007). Fundamentos de Bioquímica. La vida a

nivel molecular. 2da ed. Editorial Médica Panamericana.

Puedes utilizar cualquier libro de Bioquímica ya que éste tema se encuentra en

todos ellos.

Actividad de Práctica

 Realiza la práctica del módulo I: Titulación de Aminoácidos.

 Realiza los siguientes ejercicios de práctica.

1. Partiendo de la fórmula general de los aminoácidos:

1.1 Identifica los grupos ionizables

Trata cada uno por separado: R-NH3+y R-COOH. En este caso R es todo el resto
del aminoácido.
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1.1 Escribe la reacción de ionización del R-NH3+:

R-NH3+ +

1.2 ¿Cuál es la base conjugada y la forma ácida sin disociar?

1.3 ¿Qué sucede si aumenta la concentración de H+?

1.4 ¿Qué sucede si disminuye la concentración de H +?

1.5 Escriba la reacción de ionización del R-COOH

R-COOH +

1.6 . ¿Cuál es la base conjugada y la forma ácida sin disociar?.

1.7. ¿Qué sucede a este grupo si aumenta la concentración de H +?

1.8. ¿Qué sucede a este grupo si disminuye la concentración de H +?

1.9. Escribe la ecuación de Henderson-Hässelbalch

Sustituye en la ecuación de Henderson-Hässelbalch las formas de base conjugada
(aceptora de protones) y de ácido sin disociar (donadora de protones) para cada
uno de los grupos ionizables.
Cada uno de estos grupos ionizables tiene un respectivo valor de pK en cada
aminoácido.

Todos los grupos R-COOH en los aminoácidos tienen valores semejantes entre sí
(cercanos a 2) e igualmente ocurre con los grupos R-NH 3+ (cercanos a 9).
Recuerde que la ionización de un grupo comienza aproximadamente a un valor pH
cercano a 2 unidades de por debajo de su pK y alcanza un 100% de ionización
aproximadamente a 2 unidades de pH por encima de su pK.

1.10. ¿Cuál es el porcentaje de ionización del grupo R-NH 3+, a un pH igual a su pK?

1.11 ¿Cuál es el porcentaje de ionización del grupo R-COOH, a un pH igual a su

pK?

2. Ahora trabajemos con ambos grupos ionizables presentes en la misma molécula,

por ejemplo la glicina:

pK1= 2,35
pK2= 9,78
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2.1 Escribe la estructura iónica en la cual se encuentra la glicina en una solución de
pH muy bajo.
La concentración de H+ es muy alta. Ambos grupos están "protonados". Fíjate que
en este caso el grupo -NH3+ se encuentra con una carga positiva, que es su forma
"protonada", pero la forma "protonada" del grupo -COOH no tiene carga. Entonces
cada molécula de glicina tiene carga neta +1 y el conjunto de todas las que se
encuentren en una solución a pH muy bajo, tiene la misma carga.

Si se comienza a agregar una base como NaOH, la cual es una base fuerte que se
disocia completamente según la reacción:

NaOH Na+ + OH-

Los grupos OH- se comienzan a unir con los H+ y forman agua:

NaOH Na+ + OH- + H+ HOH

El efecto neto que produce esto es una diminución de la concentración de H +, lo cual

provocará que el grupo -COOH comience a perder protones porque es un ácido más
fuerte (aunque de todas maneras débil) que el grupo -NH 3+. Recuerda que el grupo
-COOH tiene un pK menor que el grupo -NH 3+.
A medida que el pH aumenta, también aumenta la disociación del grupo -COOH.

2.2. Representa las formas iónicas del aminoácido glicina a un pH igual al pK del
grupo carboxilo.

2.3 ¿Cuál es la carga neta que tendrán de las moléculas de glicina?.

2.4 Si aumenta mas el pH, llega el momento en el cual todos los grupos carboxilos
estarán disociados (habrán perdido un protón cada uno). Dibuja la forma iónica
molecular en la cual se encuentra la glicina a un pH 7, el cual es aproximadamente
intermedio entre los valores de pK de los grupos carboxilo y amino.

2.5 ¿Cuál es la carga neta que a este pH tendrán las moléculas de glicina?.

2.6 Cuando el pH llegue a estar aproximadamente a 2 unidades por debajo del pK

del grupo amino, comienza su disociación. Dibuje las formas iónicas de la glicina a
un pH igual al pK del grupo amino. Recuerda que a este pH ya todo el grupo
carboxilo se encuentra disociado:

2.7 ¿Cuál es la carga neta que a este pH tendrán moléculas de glicina?.

2.8 Dibuja la forma iónica de la glicina a un pH 12:

2.9 ¿Cuál es la carga neta que a este pH tendrán las moléculas de glicina?.
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El punto isoeléctrico es un valor de pH al cual el aminoácido no tiene carga neta.
Este valor se puede calcular. Para el caso de la glicina, y de los otros aminoácidos
que tienen un grupo amino y uno carboxílico, es igual a la semisuma de los pK de
ambos grupos.

Debes poder dibujar las formas moleculares a pH muy bajo, muy alto, igual a cada
uno de los pK y al punto isoeléctrico del aminoácido. Es fácil si comprende lo que
esta pasando.

3. Ahora consideremos un aminoácido con un grupo disociable extra en la cadena

lateral o R. Por ejemplo uno que tenga un grupo carboxilo extra en la cadena
lateral, como el ácido glutámico:

pK1= 2,19
pKR= 4,28
pK2= 9,66

El cual, para simplificar vamos a representar así, solo tomando en cuenta los grupos
disociables:

Al agregar base (OH) a la solución, se irá disociando paulatinamente, comenzando

por el grupo que tiene el pK mas bajo. Es decir el ácido más fuerte (aunque todavía
débil), el que tiene menos afinidad por los protones que es la razón por la cual se
comienza a disociar primero.

3.1 Dibuja la forma iónica en la cual se encuentra el ácido glutámico a pH 1:

3.2 Dibuja las formas iónicas a un pH igual al pK 1 y calcule la carga neta.
3.3 Dibuja las formas iónicas a un pH igual al pK R y calcule la carga neta.
3.4 Dibuja las formas iónicas a un pH igual al pK 2 y calcule la carga neta.
3.5 Identifique un intervalo de pH al cual el glutamato no tenga carga neta.
3.6 Los dos pK más cercanos al punto en el cual el aminoácido no tiene carga son
los que se tomarán en cuenta para calcular el pI. Calcúlelo.
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4. Ahora consideremos un aminoácido con un grupo amino extra en la cadena
lateral: la arginina

pK1= 2,17
pK2= 9,04
pKR= 12,48

El cual vamos a representar así, tomando en cuenta solo los grupos

disociables:

Al agregar una base (OH), se irá disociando paulatinamente,

comenzando por el grupo que tiene el pK mas bajo. Es decir el
ácido más fuerte (aunque todavía débil), el que tiene menos
afinidad por los protones que es la razón por la cual se comienza
a disociar primero.
4.1Dibuja la forma en la cual se encuentra la arginina a pH 1:
4.2 Dibuja las formas a pH igual al pK1 y calcula la carga neta.
4.3 Dibuja las formas a pH igual al pK2 y calcula la carga neta.
4.4 Dibuja las formas a pH igual al pKR y calcula la carga neta.
4.5 Identifique un intervalo de pH al cual la arginina no tenga carga neta.
4.6 Los dos pK más cercanos al punto en el cual el aa no tiene carga son los que se
tomarán en cuenta para calcular el pI. Calcúlalo.

El cálculo de la carga neta que tienen los aminoácidos a un determinado pH,

permite predecir hacia cuál de los polos migrará si son colocados en un campo
eléctrico. Igualmente permite predecir si serán retenidos o no en una resina de
intercambio iónico.

VALORES DE pK ALGUNOS AMINOÁCIDOS

Aminoácido pK1 – pK2 pKR

COOH -NH3+
Acido aspártico 2,09 9,82 3,86
Acido glutámico 2,19 9,67 4,25
Alanina 2,34 9,69
Arginina 2,17 9,04 12,48
Glicina 2,34 9,6
Histidina 1,87 9,17 6,0
Leucina 2,36 9,60
Lisina 2,17 9,04 12,48
Serina 2,21 9,15
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5. Identifica las cadenas laterales de los aminoácidos que pueden interactuar con el
agua (polares). Dibuja algunas de esas interacciones.
6. Identifica las cadenas laterales de los aminoácidos que no pueden interactuar con
el agua (no polares).

7. ¿Cuál o cuáles de las siguientes formas iónicas de la alanina no pueden existir?

8. En los siguientes dibujos hay 8 errores. Encuéntrelos:

9. Dibuja la curva de titulación aproximada de los aminoácidos ácido aspártico y

tirosina. Indique en la gráfica los puntos isoeléctricos.
10. Indica la carga neta (positiva, negativa o neutra) de los aminoácidos glicina,
ácido aspártico, lisina e histidina a: pH=1; pH=2,1; pH=4; pH=10.
11. Indica los valores de pI para los aminoácidos Glicina, Alanina, Serina,
Treonina y Acido Glutámico a partir de sus valores de pKa.
12. Se tiene una mezcla de los aminoácidos lisina e histidina:
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a. ¿Cómo podría separarlos mediante una cromatografía de intercambio
iónico en una columna cargada con una resina intercambiadora de
cationes?

13. Mediante una electroforesis sobre papel se ha separado una mezcla de

serina, ácido aspártico y lisina. Una de dichas separaciones se realizó a pH 1
y la otra a pH 12. A continuación se muestran los resultados:

¿A qué pH se llevo a cabo

cada electroforesis?

Representa la forma iónica

predominante de los
aminoácidos presente en
cada electroforesis

Representa mediante un
esquema el resultado de la
electroforesis si ésta se
hubiera realizado a pH 7.

14. El siguiente gráfico muestra la curva de titulación de un aminoácido:

a) Representa las formas iónicas

predominantes en los puntos
A, B, C y D.
b) ¿Cuál es el rango de pH en
que el aminoácido presenta
carga neta negativa y
capacidad buffer?
c) ¿Cuál es la forma iónica
común presente en los puntos
B y C?. Explique
d) Calcula su pI.
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Investiga en línea
Página donde se pueden ver las curvas de titulación de todos los aminoácidos:
http://cti.itc.virginia.edu/~cmg/Demo/markPka/markPkaApplet.html
Página en español con una excelente animación de la ionización de los aminoácidos:
http://av.bmbq.uma.es/av_biomo/Mat2c.html