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Existe un conjunto de marcadores ya disponibles para detectar polimorfismos del ADN nuclear.
En los estudios de diversidad genética, los marcadores más utilizados son los microsatélites.
Microsatélites Actualmente, los microsatélites son marcadores más populares en los estudios
de caracterización genética del ganado (Sunnucks, 2001). Su alta tasa de mutación y naturaleza
codominante permiten la estimación de la diversidad genética dentro y entre razas, así como la
mezcla genética entre razas.
Los microsatélites son hipervariables; muestran a menudo decenas de alelos en un locus que
difieren entre sí en el número de repeticiones. Siguen siendo los marcadores de elección para
estudios de diversidad, para análisis de parentesco y para el cartografiado de Loci de Caracteres
Cuantitativos.