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I. Introduction
Les protéines sont des macromolécules : molécules longues avec de PM importants.
Constituées de C, H, N O et parfois S et P.
La protéine est un enchaînement d'acides aminés liés par liaison peptidique.
Importance quantitative et fonctionnelle : catégorie de macromolécules ayant les rôles les plus importants
o Molécules les plus abondantes dans les C donc de l'organisme humain = représentent 50% du poids sec
o Classe de protéines importante (% élevé de :
= enzymes !!! ce sont des protéines
Aussi, pour agir, les médicaments doivent se fixer au niv de récepteurs (transmembranaires ou nucléaires)
qui sont également des protéines
rôle de transporteur dans le sang comme l'albumine et globuline = pales protéines qui vont transporter
médoc et substances endogènes, anticorps…)
interviennent également dans certaines maladies génétiques (anomalies des protéines à l'origine de certaines
pathologies)
Propriétés fonctionnelles très différentes
On parle de :
Peptides Protéines
<100 aa >100 aa
Oligopeptides Ou Polypeptides de PM > 10.000
Polypeptides
+ protéines membranaires
Synthétisées dans le cytoplasme et dans le RE lors de la traduction des ARN messagers (cf biologie cellulaire)
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Protide Acide aminé ; corps qui libère un tel acide (peptides, protéines…).
Les composés protidiques sont constitués d'acides aminés (éléments de base).
Sous le terme de protides, on regroupe à la fois les protéines, les peptides et les acides aminés.
Les acides aminés sont au nombre de 20 et sont les constituants de base des protéines et des peptides.
Les peptides sont constitués d'une dizaine d'acides aminés.
Les protéines sont un assemblage complexe et ordonné d'acides aminés.
RAPPEL : La structure chimique des protéines comprend des acides aminés dont huit sont appelés essentiels (AAE) car notre
organisme ne sachant pas les fabriquer, ils doivent être obligatoirement fournis par l'alimentation. Il s'agit de l'isoleucine, la
leucine, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la thréonine, le tryptophane et la valine. Dans l'alimentation, le déficit de l'un de
ces acides aminés essentiels empêche l'organisme d'utiliser les sept autres.
Les composés protidiques ou protides regroupent les acides aminés, peptides et protéines. L'élément de base est l'AA.
L'association d'AA ⟹ peptide ou polypeptides et leur sous classes. Holoprotéines (que des protéines) / hétéroprotéines.
L'hydrolyse coupe les liaisons peptidiques (entre 2 acides aminés) de la chaîne peptidique des peptides et des protéines qui sont
hydrolysables (l'hydrolyse libère les AA et dans le cas des hétéroprotéines le groupement prosthétique en plus), elle permet donc
de redonner les différents acides aminés constitutifs (qui eux ne seront pas sensible à l'hydrolyse car élément de base).
La liaison peptidique s'établit entre deux acides aminés. Elle est formée pendant l'étape de traduction
La liaison peptidique est une liaison amide résultant d'une déshydratation entre le groupement carboxyle d'un AA et le
groupement amine d'un autre AA
o L'un des AA implique son groupement acide et l'autre son groupement aminé provoquant une déshydratation =
élimination de H2O, ici avec formation de la liaison amide COOH NH2)
Un acide aminé est donc impliqué dans 2 liaisons peptidiques (d'une part avec son groupement aminé, de l'autre avec son
groupement acide). Dans une chaîne peptidique, il restera une fonction COOH : acide aminé C terminal et fonction NH2 libre :
acide aminé N terminal
o Liaison covalente, très stable (> ester) liaison ester. Ex: pour les acides gras de type triglycérides (liaison ester avec glycérol :
AA N-terminal et AA C-terminal sensibles à hydrolyse pour libérer AG de la molécule) mais stable
Par convention, lecture en partant de l’extrémité N-terminale (à gauche) vers l’extrémité C-terminale (à droite)
o on commence par lire en partant de l'extrémité N -terminale libre en citant les AA (de gauche à droite)
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COOH NH2
Les peptidases sont les enzymes qui vont venir couper la liaison peptidique.
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Hydrolyse : les protéines sont sensibles à l'hydrolyse
La liaison amide est plus stable que la liaison ester. Hydrolyse chimique (faite in vitro à la paillasse ou pour réaction de synthèse
de molécule ou pour couper la molécule pour déterminer les AA de la protéine : enchainement dans bon ordre des AA) méthode qui
enlève un par un les AA par hydrolyse = acide chlorhydrique 6N pendant 1h pour hydrolyser liaison. Hydrolyse chimique pas faite
dans organisme et plus complexe.
Hydrolyse chimique
- Des acides minéraux fort comme HCl 6N hydrolysent la liaison peptidique
- Le bromure de cyanogène (BrCn) coupe liaisons à certains points spécifiques : carbonyle des méthionines. Il clive la méthionine
côté C-terminal. (identifier un AA pour mettre en évidence les méthionines)
Importance de la dénaturation : c'est en faisant agir des dénaturants (ils sont nombreux et peuvent être physiques ou chimiques)
sur des protéines que l'on va pouvoir les séquencer. On utilise certain de ces agents dénaturants pour obtenir une structure primaire,
utile au séquençage des protéines (détermination de l'ordre des acides aminés dans la chaine peptidique).
Les peptidases (ou protéases ou enzymes protéolytiques) sont des enzymes qui coupent les liaisons peptidiques des protéines. On
parle alors de coupure protéolytique ou de protéolyse. Ce processus implique l'utilisation d'une molécule d'eau ce qui les classe
parmi les hydrolases.
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III. Structure des protéines
Structure primaire :
La structure primaire d'une protéine correspond à sa séquence en AA. Celle-ci est déterminée par les gènes.
Commence du côté N-terminal (jusqu'à l'extrémité C-terminal)
La structure primaire c'est donc simplement l'enchainement des AA (les uns après autres, commence du côté N-terminal vers le C-
terminal). Cette succession est déterminée d'un point de vue génétique.
L'enchainement dans le bon ordre est important pour faire de la synthèse protéique. Ex : en thérapeutique, les médicaments sont
des peptides (polymères d'AA), des protéines) ! Pour le fonctionnement de la protéine, l'enchainement dans le bon ordre est
essentiel !
Séquenceur automatique
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Interactions intervenant dans le repliement
des protéines
Ces différents interactions permettent l'arrangement dans l'espace de la protéine. Elles lui donnent sa configuration /structure et donc
permettent l'activité de celle-ci. Par exemple, dans le cas particulier des enzymes, c'est grâce au repliement des enzymes
qu'apparaissent le site de fixation et le site actif ou catalytique, tous deux relativement proches => permettant l'activité enzymatique
repliements et maintien de la protéine dans une certaine structure
Interactions hydrophobes = effet hydrophobe
→ Entre acides aminés dont les radicaux sont hydrophobes
→ Se regroupent au centre par repliement de la chaîne pour échapper au milieu
naturellement hydrophile.
Les différentes parties hydrophobes s'associent entre elles au centre de la
protéine laissant les parties hydrophiles vers l'extérieur au contact des
parties aqueuses
Interactions ioniques
→ Entre radicaux s'ionisant positivement et négativement.
Certains radicaux chargés +/-, ils s'ionisent en fonction du pH ⇒
interactions ioniques entre eux
Liaisons hydrogènes
→ Entre un doublet non liant porté par un atome et un atome d'hydrogène
relié à un atome électronégatif
Ponts disulfures :
→ Entre deux cystéines (SH), entre deux acides aminés cystéines =>
formation de ponts disulfures (liaisons très fortes, difficilement rompues)
Pas beaucoup de torsion possible car qqch de rigide mais petite flexion possible => angle de torsions.
Si on considère un AA il est impliqué dans deux liaisons peptidiques : en aval et en amont => certaine
organisation peptidique à l'origine de la structure secondaire
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Chaîne latérales oriente vers l’extérieur o Val Ile, Thr : Chaîne latérale ramifiée sur le Cβ
Hélice a un pas de droite → gène spatiale
Feuillet plissé β
Structure étirée
Liaisons inter-chaînes (entre deux chaînes différentes)
Distance entre 2 AA : 3,5 Å
Valeurs des angles Φ et Ψ identiques mais signes opposés → aspect plissé
Feuillets parallèles ou antiparallèles (orientation des chaînes dans un sens ou dans l'autre)
Coude β
Permet repliement au niveau de la protéine, permettant à la chaîne de se replier sur elle-même = changement de structure =
bifurcation (feuillet béta => hélice alpha)
Hélice 𝜶
Feuillet plissé 𝜷
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C'est l'alternance entre ces 2 types de feuillets plissés (parallèle et antiparallèle) qui donne cet aspect plissé
Coude 𝜷
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Structure tertiaire
Arrangement dans l'espace des structures secondaires (hélice alpha, feuillet béta) = structure en 3D
Résulte du repliement de la chaîne sur elle-même (même type d'interactions que sur les repliements des AA)
Pour une protéine, une seule structure tertiaire = forme native = forme biologiquement active (structure tertiaire
particulière)
Interactions faibles (non covalentes) entre AA non contigus
Ou ponts disulfures (liaison covalente)
Caractérise les protéines globulaires
N'est pas figée (car les liaisons sont faibles)
Structure 3D de la ribonucléase A
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deux types de structure alpha et béta et coude béta permettant le repliement
par endroit !
On distingue :
o Domaine articulés
o Domaines détachables
o Domaines fonctionnels
Structure quaternaire
Ex: récepteurs membranaires permettant de fixer médicament = ce sont des structures quaternaires avec plusieurs sous-unités protéiques.
o Récepteur au GABA dans le système nerveux central : Les récepteurs GABA de type A (GABA A) sont des canaux ioniques des
membranes des neurones qui sont activés par fixation de l'acide γ-aminobutyrique (GABA). Ces récepteurs ionotropes ont une
grande importance en physiologie des mammifères, le GABA étant le principal neurotransmetteur inhibiteur dans le cerveau.
→ Les canaux GABAA sont la cible de plusieurs molécules pharmacologiques telles que les benzodiazépines utilisées pour diminuer
l'anxiété, elles se fixent sur les même récepteurs que GABA.
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IV. Principale fonctions des protéines (classées par fonctions)
Protéines de structures
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Collagène
Kératine
Constituant des phanères : cheveux, ongles (composant que l'on trouve surtout au niv des cheveux/ongles)
Riches en cystéine → ponts disulfures → stabilité
AA avec un groupement SH formation de ponts disulfures liaisons très solides
entre deux groupements SH
à proximité qui se lient en S – S
Pour qu'il y ait de la résistance il faut qu'il y ait des liaisons fortes (= résistance mécanique) permise par les groupements SH
Aussi méthionine, alanine, phénylalanine
Hélice α : 2 hélices ⟹ super hélice ⟹ protofilaments ⟹ microfibrilles ⟹ microfibrilles ⟹ cheveu
Elastine
Fibroïne
Collagène
Tropocollagène
Il s'agit d'une glycoprotéine formée par l'enroulement de trois hélices gauches α, porteuses de glucide (glucose, galactose),
superenroulées en hélice droite. Le tropocollagène est un assemblage de trois protéines de collagène alpha (alpha1 - alpha1 -
alpha2) en une hélice droite. Les fibres de tropocollagène s'assemblent en une structure appelée fibrille de collagène. L'assemblage
de plusieurs fibrilles de collagène forme la fibre de collagène. Les fibrilles présentent une alternance de phase sombre et claire due
a l'espacement et au décalage des fibres de procollagène.
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Organisation des fibres de collagène
1: Faisceau 4: Microfibrille
2: Fibre 5:
Tropocollagène
3: Fibrille 6: 𝛼 hélice
On voit bien les trois hélices enroulées sur elles-mêmes, et
ce sont les groupements (glycine : petits acides aminés) qui
vont permettre la liaison
Kératine
Fibroïne
Les fibroïnes de soie sont des protéines de structure, aussi appelées protéines de soie. Elles appartiennent à la famille des protéines
fibreuses. Leur structure de base est en feuillet bêta. Ces protéines sont formées de trois acides aminés : l'alanine (A), la glycine
(G) et la sérine (S).
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Elastine
Structure
Protéines de transport
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Hémoglobine et Myoglobine : les 2 protéines qui vont permettre de transporter l'oxygène
La myoglobine est une protéine qui transporte l’oxygène dans le cytoplasme des cellules. L’hémoglobine est une protéine qui
transporte l’oxygène dans les globules rouges.
Albumine
Principale protéine du plasma (plasma = phases aqueuses du sang et éléments figurés/solubilisés dedans : globules rouges/blancs et
plaquettes). Protéines du plasma sanguin : Albumine / Alpha-globuline / Lipoprotéines
Protéine globulaire, riche en hélice α, peu de feuillets β
Transporte surtout des substances hydrophobes (substances endogènes, mais aussi principe actif des médocs qui doit ê transporté
jusqu'aux récepteurs du tissu cible transport du principe actif jusqu'aux tissus cibles par l'albumine : médocs peu solubles
/!\ insuffisance rénale, défaut de synthèse de protéines ⇒ problème transport
Maintien de la pression osmotique du plasma (sans, l'eau contenue dans le plasma se diffuserait dans les tissus œdèmes)
Les parois des vaisseaux sont perméables : œdème/réaction inflammatoire (dû au fait que, sur effet de la réaction inflammatoire,
modification de la perméabilité des vaisseaux)
Lipoprotéine
Récepteurs membranaires
Ils vont permettre la fixation du médicament dessus ⟹ réactions chimiques ⟹ effet thérapeutique
Forment un pore pour laisser passer par exemple des ions quand la substance endogène s'y fixe
Autres fonctions
Enzymes
Catalysent réactions du métabolisme
Importance des enzymes au niveau du métabolisme (catalyse les réactions, accélère leur vitesse)
Protéines contractiles ou motrices
Actine et myosine du muscle lisse
Tubuline du cytosquelette cellulaire
Protéines de défense
Les éléments intervenant au niveau des mécanismes de défense de l'organisme sont essentiellement des protéines
Immunoglobulines (Ac sécrétés…)
Complément (= ensemble de protéines au niv du syst immunitaire ⇒ dès qu'il y a une "attaque" : infection/virus/bactéries, de
l'organisme : ces protéines sont sécrétées et libérées dans circulation ⟹ lieu de l'inflammation / signal d'agression au niv de
l'organisme : que ce soit infectieux ou inflammatoire = réaction due défense en mobilisant les protéines du complément (lutte
contre agression)
Fibrinogène (réparation)
Thrombine (coagulation du sang) (hémostase, coagulation : avec fibrogène, protéines libérés lors d'une coupure : s'associe
pour former un bouchon = coagulation pour empêcher le sang de couler)
Protéines régulatrices
Hormone comme l'insuline (libérés pars les ilots de langerhans du pancréas, favorise le stockage du glucose sous forme de
glycogène pour diminuer glycémie) ou l'hormone de croissance
Répresseur/activation de l'expression des gènes
Protéines nutritive et de réserve
Ovalbumine (oeuf),
Caséine (lait),
Ferritine (stock le fer)
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Solubilité
⟶ Influence de la force ionique (présence de sel dans milieu) sur la solubilité de la protéine
pas à retenir
LogS/S0 = solubiltié
Propriétés optiques
⟶ Absorption dans UV lointain (env 190nm) due à liaison peptidique (liaison chromophore) et à 280 nm si AA aromatique
⟶ Pouvoir rotatoire (dosage possible)
⟶ Diffusion de la lumière (méthode de dosages, mesure taille particule …)
Propriétés osmotiques
(Utilisées pour dialyse = utilisation d'une membrane perméable qui sépare deux milieux de concentration différentes en éléments
différents : mouvement d'eau et des éléments dissous (sels) qui vont se diffuser du milieu le moins concentré vers le plus concentré
pour équilibrer les concentrations. Méthode de séparation pour purifier substance / milieu et séparer composants : avec milieu
tampon).
Les protéines ne sont pas dialysables
o Ne peuvent pas passer à travers les membranes.
o Si mélangées à d'autres substances celles-ci peuvent passer mais pas les protéines car la plupart sont trop grosses
Les protéines permettent le maintien de la pression osmotique qui intervient dans échanges cellulaires (maintiennent l'eau
dans le milieu pour qu'elle ne soit pas diffusée à travers les membranes)
La pression osmotique se définit comme la pression minimum qu’il faut exercer pour empêcher le passage d’un solvant d’une
solution moins concentrée à une solution plus concentrée au travers d’une membrane semi-perméable (membrane
hémiperméable). En biophysique, on distingue la pression oncotique = part de la pression osmotique due aux protéines.
Le phénomène d'osmose considère uniquement les échanges entre deux solutions liquides de concentrations différentes en
phases liquides séparés par une paroi semi-perméable. L'osmose est un phénomène de diffusion de la matière, mis en évidence
lorsque des molécules de solvant traversent une membrane semi-perméable séparant deux solutions dont les concentrations en
soluté sont différentes ; le transfert global de solvant se fait alors de la solution
la moins concentrée (milieu hypotonique) vers la solution la plus concentrée
(milieu hypertonique) jusqu'à l'équilibre (milieux isotoniques).
L'osmose est un phénomène physique passif qui a lieu seulement si les solutions
sont séparées par une membrane à perméabilité sélective. Seules les molécules
d'eau traversent la membrane de la solution hypotonique (la plus diluée)
vers la solution hypertonique (solution la plus concentrée) jusqu'à ce que les
solutions soient isotoniques (de même concentrations). On rencontre l'osmose
aussi bien pour la cellule vivante que pour la cellule morte. Si les deux milieux
sont de même concentrations, aucun mouvement d'eau n'est observé : la cellule
est en équilibre osmotique.
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Dénaturation (en présence d'agent dénaturant)
Principe
⟶ Modification de la structure tridimensionnelle sans modification de la structure primaire (enchainement AA)
⟶ Protéines fibreuses plus stables que les protéines globulaires
= Formation de liaisons non spécifiques ⟹ état dénaturé irréversible ⟹ perte définitive de l'activité
= Liaisons fortes maintiennent la protéines avec un arrangement différent = site actif au mauvais endroit donc perte
d'activité par formations de liaisons non spécifiques
Conséquences de la dénaturation
Pertes des propriétés biologiques spécifiques : propriétés enzymatiques, hormonales, de transports, immunologiques (not
avec les Ac, si leur structure est dénaturée ⟹ perte propriété de reconnaissance et de fixation)
Diminution de la solubilité
⟶ Résulte de la modification de répartition des groupements polaires et apolaires
= inversion de la position de ces groupement ⇒ dénaturation
⟶ S'accompagne d'une augmentation de la sensibilité aux attaques enzymatiques
Agents dénaturants
Agents physiques
- UV, ultrason, température (froid et chaud) Ex: la dénaturation froide (peut dénaturer la protéine également) : protéines
conservés sous forme lyophilisée (pour réinjection)
- Rupture des liaisons H et hydrophobes sous effet de la chaleur
Agents chimiques
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VI. Purification des protéines
Pourquoi purifier ? Difficultés (problème) Solution
→ Étudier les propriétés d'une protéine → Les cellules contiennent souvent → Tirer profit des différences de propriétés
→ Déterminer sa séquence en AA (leur plus de 1000 types de protéines ≠ physicochimiques et biochimiques des
enchaînement au sein de la protéine) → Compliquer d'identifier cette protéines.
→ Déterminer sa structure tridimensionnelle protéine, de la séparer et de la
(son organisation, dénaturée ou pas ?) purifier parmi toutes les autres
Pour isoler certaines protéines on peut le faire en fonction du pHi (isoélectrique) = solubilité minimale
On met le prélèvement à différent pH ⟹ solubilisation/précipitation saline
Focalisation isoélectrique (sur le pHi de la protéine voulue) : la protéine d'intérêt va précipiter (à son pHi)
⟶ La purification se fait dans tampon (pH adapté dans lequel protéine soluble) ou dans détergent (protéine hydrophobe).
Extraction
Lyse osmotique
→ La lyse osmotique est une rupture de la mp provoquée par la pénétration d'eau dans la cellule lorsque celle-ci est plongée dans
une solution hypotonique, solution dans laquelle le solvant (tel qu'un plasma dilué) a une plus faible concentration de soluté (sels,
etc.) que celle dans le milieu cellulaire interne (ou cytoplasme). Dans les conditions hypotoniques, la cellule augmentera son volume.
En d'autres termes, un milieu liquide hypotonique présente une concentration en substance dissoute plus faible: sa
pression osmotique est plus faible, s'opposant en cela à une solution hypertonique. L'état intermédiaire, en équilibre, est
dit isotonique.
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o Cellules dans le milieu hypotonique (milieu – concentré que le nôtre = l'eau rentre donc dans les cellules pour
équilibrer les [C] et les fait éclater)
o Addition de détergents non ioniques (isotoniques au plasma : les éléments solubilisés dedans sont aux mêmes
concentrations) ⟹ les cellules n'ont pas de réaction particulière
Si le milieu est hypotonique (- concentré), l'eau rentre dans les cellules pour équilibrer les concentration ⟹ éclatement
des cellules, libération du contenu
/!\ Injections par voie intraveineuse : jamais injecter qqch d'hypotonique par rapport au plasma ⇒ éclatement des
globules rouges
Enrichissement
Pour avoir la concentration la plus importante possible de notre protéine : revient à éliminer les protéines qui ne nous intéressent
pas par :
Centrifugation du lysat
→ Élimination des débris cellulaires
o Les débris ne sont pas solubilisés ⇒ dans le fond
o On récupère le surnageant
Rappels :
- Toutes les protéines ont un pHi différent ; on modifie le pH du milieu de sorte à avoir le pHi pour que la protéine voulue
précipite.
- La solubilité dépend du pH (moindre au pHi) mais aussi de la force ionique (soit soluble ou moins soluble = précipitation
de la protéine) donc aussi par :
Dialyse
Les protéines ne sont pas dialysables = pas diffuses à travers membrane semi-perméable pour les plus grosses qui restent dans le
milieu au niveau de la membrane, mais les petites peuvent tout de même dialyser :
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Solution de protéine (et de sels) séparée par une membrane poreuse d'une solution de sels à une concentration différente
Diffusion et équilibre
Utile pour enlever les sels d'une solution de protéines
Permet aussi d'éliminer les petites molécules présentes dans les extraits cellulaires :
o composants du milieu de culture
o composés cellulaires
SCHEMA DIALYSE
Ne reste que les grosses protéines
à l’intérieur du sac car ils ne
savent pas traverser travers les
pores.
Principe :
membrane tubulaire avec pores calibrés
maintien d'une pression avec la pompe pour forcer les petites molécules à passer à travers
les pores
circulation permanente de liquide en boucle fermé pour réduire le colmatage
Utilisation :
Concentration des solutions de protéines
Purification par élimination des protéines de petite masse moléculaire
Dialyse rapide (1-2h) pour éliminer des sels
Microfiltration avec des suspensions cellulaires → permet de séparer des cellules microbiennes du milieu de culture
SCHEMA ULTRAFILTRATION
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Chromatographie par filtration sur gel
= chromatographie d'exclusion sur gel
On utilise une colonne dans laquelle on va avoir des billes de polymère de certaine porosité : →
les plus petites particules vont les traverser et mettre plus de temps à sortir de la colonne
– les plus petites sont plus retenues car peuvent pénétrer à l’intérieur des pores
– les plus grosses passent à travers les billes de support sans pénétrer dans les pores et
migrent plus vite
Chromatographie d’affinité
On va jouer sur le support. Puis sur la concentration en sel afin de stabiliser les interactions, ensuite on va les déstabiliser de plus
en plus et enfin, diminuer la concentration pour que les interactions ne tiennent plus et que toutes les protéines soient séparées.
Electrophorèse
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Séparation par migration dans un champ électrique
Migration dépend de :
o La charge et la taille de la protéine
o Du support (gel papier, acétate de cellulose, …)
Les protéines les + chargées au pH du tampon migrent le +
Les protéines de faible masse moléculaire migrent le +
Puis fixation par un colorant.
Principe :
On dénature les protéines avec un détergent : le dodécyl sulfate de sodium (SDS)
→ Toutes les protéines sont charges négativement
→ La migration se fait uniquement selon la masse moléculaire (les petites molécules migrent beaucoup)
Étalonnage avec protéines de MM connues permet de déterminer la masse moléculaire
Focalisation isoélectrique
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Migration sous l'effet d'un champ électrique mais dans un gradient de pH.
Electrophorèse 2D
Modifications chimiques ou biologiques intervenant après l’étape de polymérisation des AA par le ribosome
Permettent des modifications d'activité
Sont le plus souvent catalysées par des enzymes
Étapes :
o Repliement correct pour adopter la structure secondaire ou tertiaire
o Ajouts covalents à la chaîne polypeptidique si nécessaire
o La plupart sont des protéines de choc thermique = protéines HSP (Heat Choc Protein)
o HSP 60 ou chaperonines
o HSP 70
o Aussi enzymes :
o Isomérase des disulfures protéiques (PDI) → Rupture et reformation des ponts disulfures
o Peptidyl Proline cis trans Isomérase (PPI) → Isomérisation de liaison peptidique au niveau proline
= protéines qui par leur liaison avec d'autres protéines permettent d'imposer à ces
dernières une structure secondaire, tertiaire ou quaternaire spécifique. Certaines
sont induites par la chaleur (choc thermique)
Conformation des protéines naissantes (HSP60)
Transport transmembranaire des protéines, Démantèlement des vésicules →
endosomes (HSP 70), Inhibition des récepteurs nucléaires (HSP90)…
Une protéine chaperon ou chaperons moléculaires est une protéine dont la fonction
est d'assister d'autres protéines dans leur maturation, en évitant la formation
d'agrégats protéiques via les domaines hydrophobes présents sur leur surface lors de leur repliement tridimensionnel = elles aident
au repliement moléculaire correct d'autres protéines. Ces agrégats, dus à des interactions hydrophobes, peuvent être accentués par
le stress. Les protéines chaperons peuvent aussi défaire les agrégats.
Protéines chaperons : les protéines du choc thermique : Les protéines chaperons sont aussi les « protéines de choc thermique »
qui protègent les cellules de l'effet d'un stress, d'où le nom de Hsp (heat shock protein). De manière générale, ces protéines sont
produites dans des conditions stressantes, comme en cas de chaleur, et elles évitent des interactions indésirables entre protéines. Les
protéines de choc thermique ou HSP (Heat shock proteins) sont des protéines synthétisées par l'organisme en réponse à un stress
(température, exposition à des métaux lourds, infections...). Elles ont été regroupées en familles en fonction de leur masse
moléculaire : HSP60, HSP70, HSP 90, HSP110... Les protéines de choc thermique font partie de la famille des chaperons
moléculaires. Elles s'associent à des peptides ou des protéines qui ne sont pas correctement repliés. Les protéines HSP servent à
éviter l'accumulation de protéines incorrectement repliées. En effet, un stress thermique peut avoir comme conséquence de dénaturer
des protéines.
Les protéines HSP peuvent être associées à des maladies chroniques. Par exemple, les tumeurs humaines ont tendance à surexprimer
les protéines de la famille de HSP70.
Chez les eucaryotes, Hsp70 (de masse 70 kDa) est un chaperon moléculaire du cytosol qui se lie à de nombreux polypeptides en
cours de formation. Dans le RE des eucaryotes, la protéine BiP permet le repliement des protéines.
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Figure 7.17 : Rôle des chaperons pendant la
traduction. En s'attachant au bout aminé de la chaîné
polypeptidique naissante, des chaperons la
maintiennent dans une conformation déployée jusqu'à
ce que la synthèse de la chaîné s'achève. Une fois
complétée, la chaîné quitte le ribosome et peut se
reployer dans la conformation tridimensionnelle
correcte.
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VIII. Propriétés des protéines
Solubilité
Propriétés optiques
Propriétés osmotiques
Dénaturation
Dénaturation en 2 étapes
Conséquences de la dénaturation
Agents physiques
o UV, ultrason, température (froid et chaud)
o Rupture des liaisons H et hydrophobes sous effet de la chaleur
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Agents chimiques
o Variation de pH : rupture des liaisons ioniques.
o Détergents anioniques et cationiques : rupture des liaisons hydrophobes.
o Solvants organiques : rupture des liaisons hydrophobes.
o Agents réducteurs ou oxydants : rupture des ponts disulfures.
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