CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Las proteínas son polímeros lineales de -aminoácidos con amplia variabilidad estructural y funciones biológicas
muy diversas. La variedad de proteínas es elevadísima, y para su clasificación se suele recurrir a:
criterios físicos
criterios químicos
criterios estructurales
criterios funcionales
Es difícil hacer una clasificación más descriptiva o conceptual. Sin embargo, los criterios que hemos descrito son
muy útiles desde el punto de vista práctico, y nos permiten definir al colágeno como una proteína simple, fibrosa
y oligomérica, y al citocromo c como una proteína conjugada, globular y monomérica.

CRITERIO FÍSICO

El criterio físico más utilizado es la solubilidad. Así se distinguen

1. albúminas: proteínas que son solubles en agua o en disoluciones salinas diluídas
2. globulinas: requieren concentraciones salinas más elevadas para permanecer en disolución
3. prolaminas: solubles en alcohol
4. glutelinas: sólo se disuelven en disoluciones ácidas o básicas
5. escleroproteínas: son insolubles en la gran mayoría de los disolventes

CRITERIO QUÍMICO

Desde un punto de vista químico, existen dos grandes grupos de proteínas:

 proteínas simples: formadas exclusivamente por -aminoácidos, como es el caso de la ubiquitina, una
proteasa intracelular formada por 53 AA.
 proteínas conjugadas: que contienen además de la cadena polipeptídica un componente no
aminoacídico llamado grupo prostético, que puede ser un azúcar, un lípido, un ácido nucleico o
simplemente un ión inorgánico. La proteína en ausencia de su grupo prostético no es funcional, y se llama
apoproteína. La proteína unida a su grupo prostético es funcional, y se llama holoproteína (holoproteína
= apoproteína + grupo prostético). Son proteínas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los
citocromos, etc. En la figura inferior derecha se representa el citocromo c, donde el grupo prostético
(representado en color verde) es el grupo hemo.
Proteína
Proteína
conjugada:
simple:
citocromo
ubiquitina
c

CRITERIO ESTRUCTURAL (DE FORMA )

En cuanto a su forma molecular, podemos distinguir:
 proteínas globulares: la cadena polipeptídica aparece enrollada sobre sí misma dando lugar a una
estructura más o menos esférica y compacta.
 proteínas fibrosas: si hay una dimensión que predomina sobre las demás, se dice que la proteína es
fibrosa. Las proteínas fibrosas, por lo general, tienen funciones estructurales.
Proteína globular: triosafosfato
Proteína fibrosa: colágeno
isomerasa

CRITERIO FUNCIONAL
Desde un punto de vista funcional se distinguen:
  proteínas monoméricas: constan de una sola cadena polipeptídica, como la mioglobina.
 proteínas oligoméricas: constan de varias cadenas polipeptídicas. Las distintas cadenas polipeptídicas
que componen una proteína oligomérica se llaman subunidades, y pueden ser iguales o distintas entre sí.
Un ejemplo es la hemoglobina, formada por 4 subunidades, cada una representada de distinto color en la
figura inferior.

PROPIEDADES DE LAS PROTEÍNAS

Desde el punto de vista bioquímico, las propiedades de las proteínas son:

precipitación selectiva
capacidad amortiguadora
propiedades osmóticas

PRECIPITACIÓN SELECTIVA DE LAS PROTEÍNAS

El agua es el disolvente biológico

por excelencia. En disolución
acuosa, los residuos
hidrofóbicos de las proteínas se
acumulan en el interior de la
estructura, mientras que en la
superficie aparecen diversos
grupos con carga eléctrica, en
función del pH del medio (Figura
de la izquierda). En torno a los
grupos cargados, los dipolos del
agua se orientan conforme a la
carga eléctrica de cada grupo, de
tal manera que la proteína
presenta una capa de solvatación
formada por el agua de
hidratación, que es el agua
retenida por las cargas eléctricas de la superficie de las proteínas (En color
rojo en la Figura superior derecha). Los AA polares sin carga también se
disponen en la superficie, donde interaccionan con el agua mediante puentes de hidrógeno (Figura superior
izquierda).
Cualquier factor que modifique la interacción de la proteína con el disolvente disminuirá su estabilidad en
disolución y provocará la precipitación. Así, la desaparición total o parcial de la envoltura acuosa, la neutralización
de las cargas eléctricas de tipo repulsivo o la ruptura de los puentes de hidrógeno facilitará la agregación
intermolecular y provocará la precipitación. La precipitación suele ser consecuencia del fenómeno llamado
desnaturalización.

CAPACIDAD AMORTIGUADORA DE LAS PROTEÍNAS

Esta propiedad se debe a la existencia de:
 Grupos ionizables de las cadenas laterales de los aminoácidos Asp, Glu, Lys, Arg, His, Tyr, Cys.
 Grupos COOH y NH2 terminales (Tabla de la derecha).
Por este motivo, las proteínas poseen un considerable poder amortiguador en una amplia zona de pH. Aunque
cada AA tiene unos grupos ionizables con unas constantes de ionización (pKa) características, el valor de
dichas constantes puede verse ligeramente modificado por el entorno proteico. El grupo imidazol del AA
histidina es el principal responsable del poder amortiguador de las proteínas a pH fisiológico, ya que su pKa
está próximo a 7.
 Cuando el pH es bajo, los grupos
ionizables están protonados, y la carga neta
de la proteína es de signo positivo.
pH bajo: carga Cuando el pH es alto, los grupos
neta positiva ionizables están desprotonados, y la carga
neta es de signo negativo. Entre ambas
zonas, habrá un pH en el cual la carga neta
de la proteína es nula. Es el pH isoeléctrico
o punto isoeléctrico, y es característico de
cada proteína (Tabla de la izquierda).
pI: carga neta A valores de pH por debajo del pH
nula isoeléctrico la carga neta de la proteína es
positiva, y a valores de pH por encima del
pH isoeléctrico, la carga neta de la proteína
es negativa. La mayoría de las proteínas
intracelulares tienen carga negativa, ya que
su pH isoeléctrico es menor que el pH
pH alto: carga fisiológico (que está proximo a 7). Se llaman
neta negativa proteínas ácidas a aquellas que tienen un
punto isoeléctrico bajo (como la pepsina), y
proteínas básicas a las que tienen un
punto isoeléctrico alto (como las histonas).

PROPIEDADES OSMÓTICAS DE LAS PROTEÍNAS

Como todo soluto molecular o iónico, las

proteínas ejercen un efecto osmótico cuando
existen barreras que limitan su libre difusión,
como puede ser una membrana
semipermeable (Figura de la izquierda), que
permite el paso del agua, pero no de los
solutos. Si tenemos dos compartimentos
acuosos separados por una membrana
semipermeable y uno de ellos contiene
proteínas, éstas tienden a captar agua del
compartimento vecino (Figura de la derecha).
Este efecto osmótico es proporcional al número de partículas dispersas. El valor
de la presión osmótica se puede calcular mediante la fórmula de Van't Hoff: = cRT,
donde es la presión osmótica, c es la concentración, R es la constante de los gases
y T es la temperatura absoluta.

En el caso de las proteínas, el efecto

osmótico se ve amplificado por otros dos
factores.
Por un lado, el agua de hidratación que
forma la envoltura acuosa de las proteínas
también contribuye a la presión osmótica
(Figura de la derecha).

Por otro lado, las proteínas se comportan como polianiones, cuyas cargas están neutralizadas por iones Na+ o
K+ (Figura inferior izquierda). Las membranas biológicas son permeables a estos iones y a sus contraiones, con lo
cual su concentración a ambos lados de la membrana se equilibra. Sin embargo, la existencia de proteínas en
sólo uno de los compartimentos provoca la retención permanente de iones difusibles en ese lado de la membrana
(efecto Donnan), lo que incrementa el efecto osmótico (Figura inferior derecha).
EfectoDonnan: Situación inicial Efecto Donnan: En el equilibrio

Se denomina presión coloidosmótica o presión oncótica al efecto osmótico conjunto de las proteínas, que es
el resultado de:
 (1) la presión osmótica (que sólo depende del número de partículas)
 (2) la presión provocada por el agua de hidratación
 (3) la presión provocada por el exceso de iones debido al efecto Donnan
La mayor parte del agua en el sistema circulatorio está retenida por el efecto osmótico de las proteínas del
plasma. Cuando por cualquier circunstancia patológica disminuye la concentración de proteínas en el plasma, el
agua puede fluir libremente hacia los tejidos, provocando un edema, desde el punto de vista funcional es causado
por: aumento de la presión hidrostática, disminución de la presión osmótica, obstrucción de los vasos linfáticos o
aumento de la permeabilidad del vaso sanguíneo (en este ultimo caso por la inflamación)

FUNCIONES BIOLÓGICAS DE LAS PROTEÍNAS

Así como los polisacáridos se reducen a ser sustancias de reserva o moléculas estructurales, las proteínas
asumen funciones muy variadas gracias a su gran hetereogeneidad estructural. Describir las funciones de las
proteínas equivale a describir en términos moleculares todos los fenómenos biológicos. Podemos destacar las
siguientes:
 función enzimática
 función hormonal
 función de reconocimiento de señales
 función de transporte
 función estructural
 función de defensa
 función de movimiento
 función de reserva
 transducción de señales
 función reguladora
Muchas proteínas ejercen a la vez más de una de las funciones enumeradas: Las proteínas de membrana
tienen tanto función estructural como enzimática; la ferritina es una proteína que transporta y, a la vez, almacena
el hierro; la miosina interviene en la contracción muscular, pero también funciona como un enzima capaz de
hidrolizar el ATP, y así se podrían poner muchos ejemplos más.
 FUNCIÓN ENZIMÁTICA

La gran mayoría de las reacciones metabólicas tienen lugar gracias a la presencia de un catalizador de
naturaleza proteica específico para cada reacción. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La
gran mayoría de las proteínas son enzimas.
 FUNCIÓN HORMONAL

Las hormonas son sustancias producidas por una célula y que una vez secretadas ejercen su acción sobre otras
células dotadas de un receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el
glucagón (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipófisis como la
hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio).
Acción hormonal en células adyacentes Acción hormonal en células lejanas
RECONOCIMIENTO DE SEÑALES QUÍMICAS

La superficie celular alberga un gran

número de proteínas encargadas del
reconocimiento de señales químicas de
muy diverso tipo (figura de la izquierda).
Existen receptores hormonales, de
neurotransmisores, de anticuerpos, de
virus, de bacterias, etc. En muchos casos,
los ligandos que reconoce el receptor (
hormonas y neurotransmisores) son, a su
vez, de naturaleza proteica.
 FUNCIÓN DE TRANSPORTE

En los seres vivos son esenciales los fenómenos de transporte, bien para llevar una molécula hidrofóbica a través
de un medio acuoso (transporte de oxígeno o lípidos a través de la sangre) o bien para transportar moléculas
polares a través de barreras hidrofóbicas (transporte a través de la membrana plasmática). Los
transportadores biológicos son siempre proteínas. Para activar la animación del transporte a través de
membranas, ejecutar el comando "recargar" apretando el botón derecho del ratón.
Transporte
de oxígeno
(de color transporte de protones a través transporte a través de membranas
celeste) al de membranas (cotransporte)
músculo:
mioglobina

FUNCIÓN ESTRUCTURAL
Las células poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazón alrededor del cual se
organizan todos sus componentes, y que dirige fenómenos tan importantes como el transporte intracelular o la
división celular. En los tejidos de sostén (conjuntivo, óseo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de
colágeno forman parte importante de la matriz extracelular (de color claro en la Figura) y son las encargadas de
conferir resistencia mecánica tanto a la tracción como a la compresión.
Componentes del citoesqueleto Matriz extracelular

FUNCIÓN DE DEFENSA
La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa
es la de discriminar lo propio de lo extraño. En bacterias,
una serie de proteínas llamadas endonucleasas de
restricción se encargan de identificar y destruir aquellas
moléculas de DNA que no identifica como propias (en
color blanco en la figura de la derecha).
En el recuadro inferior se muestra el enzima BamH1 (de
Bacillus amyloli) unida al DNA. Este enlace lleva a una
excelente página que describe con sumo detalle esta
interacción.

En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas sse

encargan de reconocer moléculas u organismos extraños y
se unen a ellos para facilitar su destrucción por las células
del sistema inmunitario (Figuras inferiores).
Inmunoglobulina G Inmunoglobulina G La respuesta inmune
FUNCIÓN DE MOVIMIENTO

Todas las funciones de motilidad de los seres vivos están relacionadas

con las proteínas. Así, la contracción del músculo resulta de la
interacción entre dos proteínas, la actina y la miosina.

El movimiento de la célula mediante cilios (foto de la

izquierda) y flagelos (figura de la derecha) está relacionado
con las proteínas que forman los microtúbulos.

FUNCIÓN DE RESERVA
La ovoalbúmina de la clara de huevo, la lactoalbúmina de la leche, la gliadina del grano de trigo y la hordeína
de la cebada, constituyen una reserva de aminoácidos para el futuro desarrollo del embrión.

TRANSDUCCIÓN DE SEÑALES

Los fenómenos de transducción (cambio en la naturaleza físico-química de señales) están mediados por
proteínas. Así, durante el proceso de la visión, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un
fotón luminoso (una señal física) en un impulso nervioso (una señal eléctrica), y un receptor hormonal convierte
una señal química (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la célula.
Rodopsina Acción hormonal mediada por receptor
 FUNCIÓN REGULADORA

Muchas proteínas se unen al DNA y de esta forma controlan la transcripción génica (Figura de la izquierda).
De esta forma el organismo se asegura de que la célula, en todo momento, tenga todas las proteínas necesarias
para desempeñar normalmente sus funciones.
Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo de regulación desempeñado por
proteínas como la ciclina.
ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

A primera vista podría pensarse en las proteínas como polímeros lineales de AA unidos entre sí por medio de
enlaces peptídicos. Sin embargo, la secuencia lineal de AA puede adoptar múltiples conformaciones en el
espacio. La estructura primaria viene determinada por la secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el
número de AA presentes y el orden en que están enlazados. La conformación espacial de una proteína se
analiza en términos de estructura secundaria y estructura terciaria. La asociación de varias cadenas
polipeptídicas origina un nivel superior de organización, la llamada estructura cuaternaria. Por último, la
asociación de proteínas con otros tipos de biomoléculas para formar asociaciones supramoleculares con carácter
permanente da lugar a la estructura quinaria.
Por tanto, podemos distinguir cinco niveles de estructuración en las proteínas:
 estructura primaria
 estructura secundaria
 estructura terciaria
 estructura cuaternaria
 estructura quinaria (asociaciones supramoleculares)
Los enlaces que determinan la estructura primaria son covalentes (enlace amida o enlace peptídico), mientras
que la mayoría de los enlaces que determinan la conformación (estructuras secundaria y terciaria) y la asociación
(estructura cuaternaria y quinaria) son de tipo no covalente.

ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS

La estructura primaria viene determinada por la

secuencia de AA en la cadena proteica, es decir,
el número de AA presentes y el orden en que
están enlazados (Figura de la derecha). Las
posibilidades de estructuración a nivel primario son
prácticamente ilimitadas. Como en casi todas las
proteínas existen 20 AA diferentes, el número de
estructuras posibles viene dado por las variaciones
con repetición de 20 elementos tomados de n en n,
siendo n el número de AA que componen la
molécula proteica.

Generalmente, el número de AA que forman una proteína oscila entre 80 y 300. Los
enlaces que participan en la estructura primaria de una proteína son covalentes: son
los enlaces peptídicos. El enlace peptídico (Figura de la izquierda) es un enlace
amida que se forma entre el grupo carboxilo de una AA con el grupo amino de otro,
con eliminación de una molécula de agua. Independientemente de la longitud de la
cadena polipeptídica, siempre hay un extremo amino terminal y un extremo carboxilo
terminal que permanecen intactos. Por convención, la secuencia de una proteína se lee siempre a partir de
su extremo amino (Figura superior).
Como consecuencia del establecimiento de
enlaces peptídicos entre los distintos AA que
forman la proteína se origina una cadena
principal o "esqueleto" a partir del cual
emergen las cadenas laterales de los AA
(Átomos sombreados en la Figura de la
derecha).Los átomos que componen la
cadena principal de la proteína son el N del
grupo amino (condensado con el AA
precedente), el C (a partir del cual emerge la
cadena lateral) y el C del grupo carboxilo (que
se condensa con el AA siguiente). Por lo
tanto, la unidad repetitiva básica que aparece
en la cadena principal de una proteína es: (-
NH-C -CO-)

Como la estructura primaria es la que determina los niveles superiores de

organización, el conocimiento de la secuencia de AA es del mayor interés
para el estudio de la estructura y función de una proteína. Clásicamente, la
secuenciación de una proteína se realiza mediante métodos químicos. El
método más utilizado es el de Edman, que utiliza el fenilisotiocianato para
marcar la proteína (representado en la Figura de la izquierda como un
triángulo) e iniciar una serie de reacciones cíclicas que permiten identificar
cada AA de la secuencia empezando por el extremo amino. Hoy en día
esta serie de reacciones las realiza de forma automática un aparato
llamado secuenciador de AA.

U C A G
Phe Ser Tyr Cys U
Phe Ser Tyr Cys C
U
Leu Ser STOP STOP A
Leu Ser STOP Trp G
Leu Pro His Arg U
Leu Pro His Arg C
C
Leu Pro Gln Arg A
Leu Pro Gln Arg G
Ile Thr Asn Ser U
A Ile Thr Asn Ser C
Ile Thr Lys Arg A
 Met Thr Lys Arg G
Los avances de la Biología Molecular permiten conocer la secuencia de
un gen mucho antes de que se haya podido purificar la proteína que Val Ala Asp Gly U
codifica. El análisis de la secuencia del DNA permite secuenciar Val Ala Asp Gly C
una proteína sin que se haya purificado previamente, ya que cada G
Val Ala Glu Gly A
grupo de tres bases de la secuencia del DNA especifica un
aminoácido. El Código Genético establece para cada grupo de tres Val Ala Glu Gly G
nucleótidos (codón) el AA que codifica. En la Tabla de la derecha, la U C A G
letra sobre fondo rosáceo corresponde a la primera base del codón, la
letra sobre fondo morado a la segunda, y la letra sobre fondo amarillo a la tercera. El Código Genético es de
validez universal, ya que es el mismo para todos los seres vivos.
Pincha en el icono pdf para ver un artículo de Nature sobre el código genético ( ).

La comparación de la estructura primaria de una misma proteína en especies diversas tiene un enorme interés desde
los puntos de vista funcional y filogenético. Cuanto más alejadas estén las especies analizadas en el árbol filogenético,
más diferencias se podrán observar en la estructura primaria de proteínas análogas. Así, si comparamos las secuencias
del citocromo c de diversas especies, y determinamos cuántos AA son distintos entre cada pareja, se puede construir
una matriz como la de la Figura inferior, a partir de la cual se podrá establecer el árbol filogenético que nos indica para
el caso de la proteína citocromo c, cómo ha ido evolucionando a medida que aparecen nuevas especies.
Número de AA distintos en las moléculas de citocromo c
Árbol filogenético del citocromo c
de cada pareja estudiada
Sin embargo, a menudo se encuentra que el mismo aminoácido aparece siempre en idéntica posición en todas las
especies estudiadas. Estos AA reciben el nombre de AA invariantes o AA conservados, y suelen ser
indispensables para la función y estructura correcta de la proteína. Cualquier mutación en estas posiciones es letal
para el organismo, y por tanto hay una fortísima selección en contra. En la Figura inferior se muestra la
comparación de las secuencias de los primeros 50AA de la proteína Troponina C. Los AA conservados están
sombreados en negro.

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTEÍNAS

La estructura secundaria es el plegamiento que la cadena polipeptídica adopta gracias a la formación de

puentes de hidrógeno entre los átomos que forman el enlace peptídico. Los puentes de hidrógeno (en color
verde en la figura inferior) se establecen entre los grupos -CO- y -NH- del enlace peptídico (el primero como
aceptor de H, y el segundo como donador de H). De esta forma, la cadena polipeptídica es capaz de adoptar
conformaciones de menor energía libre, y por tanto, más estables.

Se pueden distinguir varios tipos de conformaciones que determinan la estructura secundaria de una proteína:
1. CONFORMACIÓN AL AZAR
2. HÉLICE a
3. HOJA b
4. GIROS b
5. CONFORMACIÓN DEL COLÁGENO
6. ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS

CONFORMACIÓN AL AZAR

En algunas proteínas, o en ciertas regiones de la misma, no existen interacciones de suficiente consideración

como para que se pueda distinguir un nivel de organización superior a la estructura primaria. En estos casos se
habla de conformación al azar.
La figura de la derecha representa el motivo estructural denominado dedo de zinc, muy común en proteínas que
interaccionan con el DNA.
HÉLICE

Cuando la cadena principal o esqueleto de un polipéptido se pliega en el espacio en forma de

helicoide dextrógiro se adopta una conformación denominada hélice (Figura de la izquierda,
en verde). Esta estructura es periódica y en ella cada enlace peptídico puede establecer dos
puentes de hidrógeno (Figura de la derecha, líneas punteadas). Un puente de hidrógeno se
forma entre el grupo -NH- del enlace peptídico del AA en posición n y el grupo -CO- del enlace
peptídico del AA situado en posición n-4. El otro puente de hidrógeno se forma entre el grupo -
CO- del enlace peptídico del AA en posición n y el grupo -NH- del enlace peptídico del AA
situado en posición n+4. Cada vuelta de la hélice implica 3,6 AA, con una translación media por
residuo de 0,15 nm, lo que indica que la hélice tiene un paso de rosca de 0,54 nm. Dicho con
otras palabras, una vuelta completa de la hélice representa una distancia de 0,54 nm y
contiene 3,6 residuos de AA.

Las cadenas laterales de los AA se sitúan en la

parte externa del helicoide, lo que evita
problemas de impedimentos estéricos (Figura de
la izquierda). Los AA alanina, glutamina,
leucina y metionina se encuentran
frecuentemente formando parte de hélices ,
mientras que la prolina, glicina, tirosina y
serina no. De hecho, la prolina se considera un
terminador de la hélice (Figura de la derecha) ya
que su C no tiene libertad de giro, y al estar
integrado en un anillo, interfiere en la formación
de puentes de hidrógeno. Los AA muy polares
(Lys, Glu) también desestabilizan la hélice
porque los enlaces de hidrógeno pierden
importancia frente a las interacciones
electrostáticas de atracción o repulsión. Por este
motivo, la estructura en hélice es la que
predomina a valores de pH en los que los
grupos ionizables no están cargados. En caso
contrario, adoptan la conformación al azar

HOJA

Cuando la cadena principal de un polipéptido (de color verde en la figura de la izquierda) se estira al máximo que
permiten sus enlaces covalentes se adopta una configuración espacial denominada estructura (Figura de la
izquierda), que suele representarse como una flecha (Activar la opción de CHIME "display cartoon" con el botón
derecho del ratón sobre la molécula de la izquierda). En esta estructura las cadenas laterales de los aminoácidos
se sitúan de forma alternante a la derecha y a la izquierda del esqueleto de la cadena polipeptídica. Las
estructuras de distintas cadenas polipeptídicas o bien las estructuras de distintas zonas de una misma
cadena polipeptídica pueden interaccionar entre sí mediante puentes de hidrógeno, dando lugar a estructuras
laminares llamadas por su forma hojas plegadas u hojas (Figura de la derecha, con los puentes de
hidrógeno representados de color verde).

hoja paralela hoja antiparalela

Cuando las estructuras tienen el mismo

sentido N C, la hoja resultante es paralela
(Figura izquierda de la tabla adyacente), y si las
estructuras tienen sentidos opuestos, la hoja
plegada resultante es antiparalela (Figura
derecha de la tabla adyacente).

Esta conformación es típica de proteínas fibrosas como la fibroína de la seda (Figura de la izquierda), donde
numerosas estructuras antiparalelas dan lugar a varias hojas , pero también aparece en proteínas
globulares como las inmunoglobulinas.

GIROS
Secuencias de la cadena polipeptídica con estructura o
a menudo están conectadas entre sí por medio de
los llamados giros (Figura de la derecha, en color
blanco). Son secuencias cortas, con una conformación
característica que impone un brusco giro de 180o a la
cadena principal de un polipéptido.

AA como Asn, Gly y Pro (que se acomodan mal en estructuras de tipo o )

aparecen con frecuencia en este tipo de estructura (Figura de la derecha).
La conformación de los giros está estabilizada generalmente por medio de un
puente de hidrógeno entre los residuos 1 y 4 del giro (En color verde en las
Figuras derecha e izquierda). En la Figura de la derecha no se representan los
átomos de hidrógeno.

CONFORMACIÓN DEL COLÁGENO

El colágeno (Figura de la derecha) es una importante proteína fibrosa, con función estructural. Presenta una
secuencia típica compuesta por la repetición periódica de grupos de tres AA. El primer AA de cada grupo es
Gly, y los otros dos son Pro (o hidroxiprolina) y un AA cualquiera: -(G-P-X)-.

La frecuencia periódica de la Prolina condiciona el

enrollamiento peculiar del colágeno en forma de
hélice levógira. La glicina, sin cadena lateral, permite la
aproximación entre distintas hélices, de forma que tres
hélices levógiras se asocian para formar un
helicoide dextrógiro (Figura de la izquierda y modelo
3D
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS

En proteínas con estructura terciaria globular es frecuente encontrar combinaciones de estructuras al azar, y
, con una disposición característica que se repite en distintos tipos de proteínas. Son los llamados motivos
estructurales o estructuras supersecundarias.
Algunos están formados por -hélices, otros por estructuras , y otros por combinaciones de las dos. De entre
las más abundantes, podemos destacar:
-hélice hélice-giro-hélice coiled-coil Mano EF 4 hélices
estructura Horquilla b Meandro b Barril b Hélice b
- b-a-b Rossmann

ESTRUCTURA TERCIARIA DE LAS PROTEÍNAS

Se llama estructura terciaria a la disposición tridimensional de todos los átomos que componen la proteína,
concepto equiparable al de conformación absoluta en otras moléculas. La estructura terciaria de una proteína es
la responsable directa de sus propiedades biológicas, ya que la disposición espacial de los distintos grupos
funcionales determina su interacción con los diversos ligandos. Para las proteínas que constan de una sola
cadena polipeptídica (carecen de estructura cuaternaria), la estructura terciaria es la máxima información
estructural que se puede obtener. La Figura de la derecha corresponde a la proteína triosafosfato isomerasa. La
estructura terciaria es una disposición precisa y única en el espacio, y surge a medida que se sintetiza la proteína.
En otras palabras, la estructura terciaria está determinada por la secuencia de AA (estructura primaria).
Se distinguen dos tipos de estructura terciaria:
 Proteínas con estructura terciaria de tipo fibroso en las que una de las dimensiones es mucho mayor que
las otras dos. Son ejemplos el colágeno (Figura inferior izquierda), la queratina del cabello o la fibroína
de la seda), En este caso, los elementos de estructura secundaria (hélices u hojas ) pueden mantener
su ordenamiento sin recurrir a grandes modificaciones, tan sólo introduciendo ligeras torsiones
longitudinales, como en las hebras de una cuerda.
 Proteínas con estructura terciaria de tipo globular, más frecuentes, en las que no existe una dimensión
que predomine sobre las demás, y su forma es aproximadamente esférica. En este tipo de estructuras se
suceden regiones con estructuras al azar, hélice hoja , acodamientos y estructuras supersecundarias.
La figura inferior de la derecha corresponde a la mioglobina.
Proteína fibrosa: colágeno Proteína globular: mioglobina

Las fuerzas que estabilizan la estructura

terciaria de una proteína se establecen entre
las distintas cadenas laterales de los AA que la
componen. Los enlaces propios de la estructura
terciaria pueden ser de dos tipos: covalentes y
no covalentes (Figura de la derecha).
 Los enlaces covalentes pueden
deberse a (1) la formación de un puente
disulfuro entre dos cadenas laterales de
Cys, o a (2) la formación de un enlace
amida (-CO-NH-) entre las cadenas
laterales de la Lys y un AA dicarboxílico
(Glu o Asp).
 Los enlaces no covalentes pueden ser
de cuatro tipos: (1) fuerzas
electrostáticas entre cadenas laterales ionizadas, con cargas de signo opuesto, (2) puentes de
 hidrógeno, entre las cadenas laterales de AA polares (3) interacciones hidrofóbicas entre cadenas
laterales apolares y (4) fuerzas de polaridad debidas a interacciones dipolo-dipolo

Como resultado de estas interacciones, en las proteínas con estructura terciaria globular:
 las cadenas laterales con carácter apolar se orientan hacia el interior de la molécula evitando las
interacciones con el disolvente, y forman un núcleo compacto con carácter hidrofóbico (en color azul en la
figura de la derecha).
 las cadenas laterales de los aminoácidos polares se localizan en la superficie de la molécula,
interaccionando con el agua y permitiendo que la proteína permanezca en disolución (en color blanco en
la figura de la derecha).
No todas estas interacciones contribuyen por igual al mantenimiento de la estructura terciaria. Obviamente, el
enlace que aporta más estabilidad es el de tipo covalente, y entre los no covalentes, las interacciones más
importantes son las de tipo hidrofóbico, ya que exigen una gran proximidad entre los grupo apolares de los AA.
Cuando desaparecen estas interacciones la estructura terciaria de una proteína se desestabiliza y pierde su
estructura tridimensional característica de manera que pierde su función y, a menudo precipita. Este fenómeno se
conoce con el nombre de desnaturalización.

Existen regiones diferenciadas dentro de la estructura

terciaria de las proteínas que actúan como unidades autónomas
de plegamiento y/o desnaturalización de las proteínas. Estas
regiones constituyen un nivel estructural intermedio entre las
estructuras secundaria y terciaria reciben el nombre de
dominios. Los dominios se pliegan por separado a medida que
se sintetiza la cadena polipeptídica. Es la asociación de los
distintos dominios la que origina la estructura terciaria. La Figura
de la derecha corresponde a la proteína piruvato quinasa, que
consta de 4 dominios, cada uno representado de un color. La
pérdida total o parcial de los niveles de estructuración superiores
al primario recibe el nombre de desnaturalización, que puede
ser reversible o irreversible.

ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTEÍNAS

Cuando una proteína consta de más de una cadena
polipeptídica, es decir, cuando se trata de una proteína
oligomérica, decimos que tiene estructura cuaternaria. La
estructura cuaternaria debe considerar: (1) el número y la
naturaleza de las distintas subunidades o monómeros que
integran el oligómero y (2) la forma en que se asocian en el
espacio para dar lugar al oligómero. La figura de la derecha
corresponde a la hemoglobina.

En proteínas con estructura terciaria de tipo fibroso, la estructura cuaternaria resulta de la asociación de varias
hebras para formar una fibra o soga. La miosina o la tropomiosina constan de dos hebras con estructura de
hélice enrolladas en una fibra levógira. La -queratina del cabello y el fibrinógeno de la sangre presentan
tres hebras en cada fibra levógira. El colágeno consta de tres hebras helicoidales levógiras que forman una fibra
dextrógira. La fibroína de la seda presenta varias hebras con estructura de hoja orientadas de forma
antiparalela.
fibroína
colágeno de la
seda
Cuando varias proteínas con estructura terciaria de tipo globular se asocian para formar una estructura de tipo
cuaternario, los monómeros pueden ser:
 Exactamente iguales, como en el caso de la fosfoglucoisomerasa o de la hexoquinasa.
 Muy parecidos, como en el caso de la lactato deshidrogenasa.
 Con estructura distinta pero con una misma función, como en el caso de la hemoglobina.
 Estructural y funcionalmente distintos, que una vez asociados forman una unidad funcional,como en el
caso de la aspartato transcarbamilasa, un enzima alostérico con seis subunidades con actividad
catalítica y seis con actividad reguladora.
hemoglobina aspartato transcarbamilasa

La estructura cuaternaria modula la actividad biológica de la proteína y la separación de las subunidades a

menudo conduce a la pérdida de funcionalidad. Las fuerzas que mantienen unidas las distintas cadenas
polipeptídicas son, en líneas generales, las mismas que estabilizan la estructura terciaria. Las más abundantes
son las interacciones débiles (hidrofóbicas, polares, electrostáticas y puentes de hidrógeno), aunque en algunos
casos, como en las inmunoglobulinas, la estructura cuaternaria se mantiene mediante puentes disulfuro. El
ensamblaje de los monómeros se realiza de forma espontánea, lo que indica que el oligómero presenta un
mínimo de energía libre con respecto a los monómeros.
ASOCIACIONES SUPRAMOLECULARES
En muchos casos, las proteínas se agrupan bien entre sí, bien con otros grupos de biomoléculas para formar
estructuras supramoleculares de orden superior y que tienen un carácter permanente. Este nivel de
asociación recibe el nombre de estructura quinaria:
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS Y OTRAS BIOMOLÉCULAS
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS

Las proteínas y -tubulina (en color azul y verde en la figura inferior) forman unos dímeros que se ensamblan
formando filamentos huecos enormemente largos llamados microtúbulos, cuya función es fundamentalmente
estructural, ya que forman parte del citoesqueleto de las células (que contribuyen a dar forma a las células), del
centriolo (que participa en la mitosis), y de los cilios y flagelos (que participan en la motilidad celular).

La fibrina es otra proteína que forma una asociación supramolecular. Los monómeros de fibrina se unen
mediante enlaces covalentes para formar la malla tridimensional característica del trombo o coágulo sanguíneo.
Polimerización de la fibrina Coágulo sanguíneo
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS Y OTRAS BIOMOLÉCULAS

Las proteínas se pueden asociar:

 Con azúcares
 Con lípidos
 Con ácidos nucleicos
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS Y AZÚCARES

Cuando las proteínas se asocian con azúcares pueden originar asociaciones supramoleculares como los proteoglicanos o
los peptidoglicanos.
Proteoglicano de tipo muy grande Peptidoglicano de la pared celular bacteriana
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS Y LÍPIDOS

Cuando las proteínas se asocian con lípidos pueden originar asociaciones supramoleculares como las
lipoproteínas del plasma sanguíneo y las membranas biológicas.
Lipoproteína del plasma sanguíneo Membrana biológica
 ASOCIACIONES ENTRE PROTEÍNAS Y ÁCIDOS NUCLEICOS

Cuando las proteínas se asocian con ácidos nucleicos pueden originar asociaciones supramoleculares como los
ribosomas, nucleosomas o virus.
Ribosomas Nucleosoma Virus HIV (SIDA)

DESNATURALIZACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Cuando la proteína no ha sufrido ningún cambio en su interacción con el disolvente, se dice que presenta una
estructura nativa (Figura inferior). Se llama desnaturalización de las proteínas a la pérdida de las estructuras
de orden superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptídica reducida a un polímero
estadístico sin ninguna estructura tridimensional fija.
Estado nativo Estado desnaturalizado

Cualquier factor que modifique la interacción de la proteína con el disolvente disminuirá su estabilidad en
disolución y provocará la precipitación. Así, la desaparición total o parcial de la envoltura acuosa, la neutralización
de las cargas eléctricas de tipo repulsivo o la ruptura de los puentes de hidrógeno facilitará la agregación
intermolecular y provocará la precipitación. La precipitación suele ser consecuencia del fenómeno llamado
desnaturalización y se dice entonces que la proteína se encuentra desnaturalizada (Figura superior).
En una proteína cualquiera, la estructura nativa y la desnaturalizada tan sólo tienen en común la estructura
primaria, es decir, la secuencia de AA que la componen. Los demás niveles de organización estructural
desaparecen en la estructura desnaturalizada.
La desnaturalización provoca diversos efectos en la proteína:
1. cambios en las propiedades hidrodinámicas de la proteína: aumenta la viscosidad y disminuye el
coeficiente de difusión
2. una drástica disminución de su solubilidad, ya que los residuos hidrofóbicos del interior aparecen en la
superficie
3. pérdida de las propiedades biológicas

Una proteína desnaturalizada cuenta

únicamente con su estructura primaria. Por este
motivo, en muchos casos, la
desnaturalización es reversible ya que es la
estructura primaria la que contiene la
información necesaria y suficiente para adoptar
niveles superiores de estructuración. El proceso
mediante el cual la proteína desnaturalizada
recupera su estructura nativa se llama
renaturalización. Esta propiedad es de gran
utilidad durante los procesos de aislamiento y
purificación de proteínas, ya que no todas la
proteínas reaccionan de igual forma ante un
cambio en el medio donde se encuentra
disuelta. En algunos casos, la desnaturalización
conduce a la pérdida total de la solubilidad, con
lo que la proteína precipita. La formación de
agregados fuertemente hidrofóbicos impide su
renaturalización, y hacen que el proceso sea
irreversible.

Los agentes que provocan la desnaturalización de una proteína se llaman agentes desnaturalizantes. Se
distinguen agentes físicos (calor) y químicos (detergentes, disolventes orgánicos, pH, fuerza iónica). Como en
algunos casos el fenómeno de la desnaturalización es reversible, es posible precipitar proteínas de manera
selectiva mediante cambios en:
 la polaridad del disolvente
 la fuerza iónica
 el pH
 la temperatura

ENLACES
Protein denaturation animation
 EFECTO DE LA POLARIDAD DEL DISOLVENTE SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

La polaridad del disolvente disminuye cuando se le añaden sustancias menos polares que el agua como el etanol
o la acetona. Con ello disminuye el grado de hidratación de los grupos iónicos superficiales de la molécula
proteica, provocando la agregación y precipitación. Los disolventes orgánicos interaccionan con el interior
hidrofóbico de las proteínas y desorganizan la estructura terciaria, provocando su desnaturalización y
precipitación. La acción de los detergentes es similar a la de los disolventes orgánicos.
 EFECTO DE LA FUERZA IÓNICA SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

Un aumento de la fuerza iónica del medio (por adición de sulfato amónico, urea o hidrocloruro de guanidinio, por
ejemplo) también provoca una disminución en el grado de hidratación de los grupos iónicos superficiales de la
proteína, ya que estos solutos (1) compiten por el agua y (2) rompen los puentes de hidrógeno o las interacciones
electrostáticas, de forma que las moléculas proteicas se agregan y precipitan. En muchos casos, la precipitación
provocada por el aumento de la fuerza iónica es reversible. Mediante una simple diálisis se puede eliminar el
exceso de soluto y recuperar tanto la estructura como la función original. A veces es una disminución en la fuerza
iónica la que provoca la precipitación. Así, las proteínas que se disuelven en medios salinos pueden
desnaturalizarse al dializarlas frente a agua destilada, y se renaturalizan cuando se restaura la fuerza iónica
original.

EFECTO DEL pH SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

Los iones H+ y OH- del agua provocan efectos parecidos, pero además de afectar a la envoltura acuosa de las
proteínas también afectan a la carga eléctrica de los grupos ácidos y básicos de las cadenas laterales de los
aminoácidos. Esta alteración de la carga superficial de las proteínas elimina las interacciones electrostáticas que
estabilizan la estructura terciaria y a menudo provoca su precipitación. La solubilidad de una proteína es mínima
en su punto isoeléctrico, ya que su carga neta es cero y desaparece cualquier fuerza de repulsión electrostática
que pudiera dificultar la formación de agregados.
 EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

Cuando la temperatura es elevada aumenta la energía cinética de las moléculas con lo que se desorganiza la
envoltura acuosa de las proteínas, y se desnaturalizan. Asímismo, un aumento de la temperatura destruye las
interacciones débiles y desorganiza la estructura de la proteína, de forma que el interior hidrofóbico interacciona
con el medio acuoso y se produce la agregación y precipitación de la proteína desnaturalizada.

2.4.1. Fuerzas que determinan

la estructura proteica
En la estructura de las proteínas, además de los enlaces peptídicos
de tipo covalente, intervienen otros tipos de enlaces,
como las fuerzas no covalentes (enlaces salinos, enlaces de
hidrógeno, fuerzas de Van der Waals y fuerzas hidrofóbicas)
que son de uno a tres órdenes de magnitud más débiles que
las correspondientes al enlace covalente, aunque son de gran
importancia en la estabilización de la estructura terciaria, y los
enlaces disulfuro (fig. 2.14).
2.4.1.1. Enlaces iónicos (puentes salinos)
Las cadenas laterales de algunos aminoácidos presentan carga
en condiciones de pH fisiológico, que puede ser positiva (aminoácidos
básicos) o negativa (aminoácidos ácidos). Los puentes
salinos son las fuerzas que se dan entre grupos cargados: con
carga opuesta se pueden atraer formando un enlace iónico, que
habitualmente se denomina puente salino cuando se forma en
las proteínas. La magnitud de esta interacción depende de la
constante dieléctrica del medio, de forma que en el medio no
acuoso del interior de la proteína, la fuerza de atracción es mayor
que en su superficie (el agua tiene una constante dieléctrica
elevada). Los grupos cargados tienden a situarse en la superficie
de la proteína con objeto de estabilizar la macromolécula en el
entorno acuoso, y no tienen tanta importancia en el proceso de
plegamiento de la proteína como otras interacciones.
2.4.1.2. Interacciones o fuerzas
de Van der Waals
Las interacciones de Van del Waals tienen lugar entre moléculas
neutras. Existen varios tipos de interacciones, como el
dipolo-dipolo, dipolo-dipolo inducido, dipolo inducido-dipolo
inducido. Este tipo de interacciones son importantes en el
proceso de plegamiento que sufre la proteína, no sólo por las
fuerzas atractivas, sino también por los impedimentos estéricos.
Dentro de este grupo, por su importancia, destacan los enlaces
de hidrógeno y las interacciones hidrofóbicas.
2.4.1.2.1 ENLACES DE HIDRÓGENO
(ENLACES POR PUENTE DE HIDRÓGENO)
El enlace de hidrógeno o por puente de hidrógeno ya se definió
en el capítulo 1. Normalmente, la distancia de un enlace de hidrógeno
en una proteína es un 10-25% mayor que la que existe
entre dos moléculas de agua. Por otro lado, las limitaciones
de tipo geométrico a la hora de formar estos enlaces entre
dos grupos del esqueleto proteico impiden que los dipolos se
hallen perfectamente alineados, que es la situación de máxima
energía.
Desde el punto de vista estructural, las proteínas siguen
la estrategia de establecer el máximo número posible de
enlaces de hidrógeno intramoleculares entre los átomos que
componen los enlaces peptídicos, y de mantener en su superficie
el máximo número de cadenas laterales (grupos R) con
posibilidad de formar enlaces de hidrógeno con moléculas
de agua.
2.4.1.2.2 INTERACCIONES HIDROFÓBICAS
Algunos aminoácidos, concretamente ocho (Gly, Ala, Val, Leu,
Ile, Phe, Pro y Met), pueden dar lugar a interacciones hidrofóbicas,
dado que en su cadena lateral (apolar) presentan grupos
hidrofóbicos, que se ordenan de tal manera que forman un núcleo
hidrofóbico en el interior de la proteína huyendo del medio
acuoso. Dado que nuestro organismo presenta un entorno
acuoso, la estructura terciaria más estable de la proteína será
aquella en la cual la mayor parte de los residuos hidrofóbicos
se agrupen en el interior, evitando interaccionar con el agua,
pero favoreciendo la interacción entre ellos. Por otra parte,
dado que los residuos hidrofílicos que se distribuyen en la
superficie pueden formar enlaces de hidrógeno o iónicos con
el agua, el número de este tipo de enlaces que contribuyen a
la estabilización de la estructura terciaria es reducido. De esta
forma, las interacciones hidrofóbicas intramoleculares superan
a las interacciones hidrofílicas en la contribución a la estructura
final de la proteína.
2.4.1.3. Enlaces disulfuro
(o puentes disulfuro)
Los enlaces disulfuro o puentes disulfuro, S–S, se establecen
entre residuos de cisteína de una misma cadena o bien pertenecientes
a cadenas polipeptídicas distintas. Aunque los enlaces
disulfuro no están implicados en la dirección del proceso de plegamiento
de la cadena polipeptídica, son a menudo esenciales
para el mantenimiento de la estructura nativa. Con frecuencia,
los puentes disulfuro aparecen próximos a los plegamientos b
(véase el apartado de estructura secundaria).

Enlaces de hidrógenos entre las cadenas laterales R en

lazos adyacentes de la cadena. Por ejemplo, el grupo hidroxilo
de un residuo de serina situado en un segmento
de una cadena polipeptídica puede formar un enlace de
hidrógeno con un átomo de nitrógeno del anillo de un
residuo de histidina situado en el lazo adyacente a la misma
cadena.
j Enlaces iónicos (puentes alinos) entre las cadenas laterales
R con cargas opuestas. Por ejemplo, el grupo carboxilato
(–COO–) con carga negativa de un residuo de glutamato,
que puede se atraído por el grupo a-amino (−NH3
+) con
carga positiva de un residuo de lisina situado en un segmento
adyacente.
j Interacciones hidrofóbicas. Las cadenas laterales R hidrofóbicas
de algunos residuos aminoacídicos repelen al
entorno acuoso y se asocian dentro de la estructura globular,
separados del agua.
j Enlaces covalentes transversales. Los plegamientos adyacentes
de la cadena polipeptídica de algunas proteínas
contienen residuos de cistina intracatenarios (unión de
dos cisteínas por un enlace disulfuro Cys-S-S-Cys), lo
que provoca la presencia de enlaces covalentes transversales.
j Fuerzas de Van der Waals. Los átomos, aun sin presentar
carga, sean dipolos o simplemente dipolos inducidos, se
atraen. Estas fuerzas también contribuyen al mantenimiento
de la estructura tridimensional de las proteínas.

CRITERIO FUNCIONAL
Desde un punto de vista funcional se distinguen:
 proteínas monoméricas: constan de una sola cadena polipeptídica, como la mioglobina.
 proteínas oligoméricas: constan de varias cadenas polipeptídicas. Las distintas cadenas polipeptídicas
que componen una proteína oligomérica se llaman subunidades, y pueden ser iguales o distintas entre sí.
Un ejemplo es la hemoglobina, formada por 4 subunidades, cada una representada de distinto color en la
figura inferior.
Proteína Proteína
monomérica: oligomérica:
mioglobina hemoglobina