En la primera etapa del viaje llegó a Cumaná (Venezuela 16 de julio de
1799). Fascinados por las bellezas de las costas de Venezuela, deciden adentrarse en el país. En Caripe (Estado Monagas-Venezuela), el 28 de septiembre de 1799, exploran la famosa Cueva del Guácharo de 472 metros de profundidad, convirtiéndose así Humboldt en el precursor de la Espeleología científica de América Latina. La segunda gran travesía partía desde Bogotá hasta Quito por los Andes. Visitó Bogotá con el principal objetivo de entrevistarse con el botánico José Celestino Mutis, lo que le representó tener que remontar el río Magdalena y ascender por los caminos de los Andes. En Ecuador exploraron varios volcanes, entre ellos el famoso Chimborazo, que en esa época se creía que era el más alto del planeta. La Oceanografía Física también se ha visto enriquecida con las observaciones y mediciones que hizo Humboldt sobre las aguas del Océano Pacífico, descubriendo la corriente marina que, posteriormente, fue bautizada con su nombre (Corriente de Humboldt). El 15 de febrero de 1803, se dirige por mar hacia Acapulco, México, país que visitaron hasta el 7 de marzo de 1804. En México, Humboldt desplegó una gran actividad y sus principales estudios allí se refieren a la Geopolítica, Antropología General, y Cartografía, entre otros. Humboldt terminó sus viajes por América con una visita a Estados Unidos, donde fue huésped del presidente Thomas Jefferson, un aficionado de los estudios geográficos, en especial sobre la Nueva España (poco después México) gracias a los cuales Estados Unidos obtuvo información estratégica de la riqueza de su vecino y del estado de debilidad interior que le aquejaba.