Modelos y Simulacion 4

Inteligencia artificial
COMPUTACIÓN
COMPUTACIÓN MOLECULAR
MOLECULAR
O
O BASADA
BASADA EN
EN ADN
ADN
Inteligencia Artificial
Introducción
En los últimos años se ha sugerido y

mostrado que computadores basados en
interacciones a nivel molecular (con ADN y
cuánticos) pueden ser una alternativa viable
a computadores electrónicos convencionales.
Existen problemas que requieren una búsqueda
intensiva de alternativas para su solución y que no
son eficientemente resueltos por los computadores
digitales.
Los computadores moleculares se muestran más
adecuados para la resolución eficiente de dichos
problemas debido a su capacidad de trabajo en
paralelo.
En la computación con ADN, el paralelismo reside
en el hecho de que las moléculas de ADN pueden
operar simultáneamente como enzimas y/o pegantes
para la resolución de ciertos problemas complejos.
En el computador molecular las operaciones básicas

se desarrollan químicamente y no electrónicamente.
Brinda la posibilidad de almacenar y manipular

altos volúmenes de información que no pueden hacer
los computadores actuales.
Biocomputación
Definición. Desarrollo y utilización de sistemas

computacionales basados en modelos y materiales
biológicos (Biochips, biosensores, computación
basada en ADN, redes de neuronas, algoritmos
genéticos).
Aplicación de los procesos biológicos y químicos en la

computación.
La bioinformática, la computación evolutiva,
molecular o basada en ADN, han permitido grandes
avances en las ciencias biológicas y en el tratamiento
de la información. La computación con ADN es el
resultado de nuevos paradigmas que contemplan
nanomáquinas naturales como modelos de
almacenamiento y procesamiento de información. Se
presentan los fundamentos teóricos, metodológicos y

las aplicaciones de esta tecnología en la resolución de
problemas complejos como el Camino Hamiltoniano.
La Célula una Máquina a imitar
Nociones básicas de ADN
Q El ADN es la estructura química que guarda y

organiza en los núcleos de las células la
información del código genético. Tiene la clásica
forma de una escalera de cuerdas torcidas en
espiral, la llamada doble hélice descrita por
Watson y Crick en 1953.
El ADN está compuesto de subunidades llamadas
Q
nucleótidos que están atados juntos en cadenas de
polímeros. Las cadenas de polímeros son llamadas
cadenas de ADN.
Un cromosoma es una molécula de ADN muy larga
que contiene una serie de genes.
Q Hay cuatro clases de Nucleótidos en el ADN,
distinguidos por el grupo químico, o base, pegado
a éste, son: Adenina, Citosina, Guanina y Timina
(A, C, G, T).
Q Las hélices que forman son unidas por "bases",
que serán representadas por bloques de colores.
Cada base se une solamente a otra base específica.
Q Al ADN le gusta formar largas hélices dobles:

Los Genes y la Información son partes de la
molécula de ácido desoxirribonucleico (DNA)
presente en los cromosomas que codifican la
secuencia de aminoácidos de un polipéptido o
proteína.
El DNA lleva información y es capaz de

autoreplicarse, en nuevas copias de sí mismo.

EL ADN un Banco de Información y Procesamiento
Computación molecular
La computación con ADN, en el sentido literal, es el

uso de las moléculas ADN (Ácido
Desoxiribonucleico), moléculas que codifican
información genética para todas las cosas vivientes,
en computadoras. Esto es logrado en una solución
suspendida de ADN, donde ciertas combinaciones de
moléculas de ADN son interpretadas como un
resultado particulara un problema original

codificado en moléculas de ADN.
Esta rama de la computación se inicia el 11 de noviembre de
1994, con el trabajo de Leonard M. Adleman, (del
Laboratorio de Ciencia Molecular de la Universidad de
California) en el que resuelve el problema de Hamilton.
Se resolvía en un laboratorio de Biología Molecular un
problema matemático complejo utilizando un tubo de ensayo
con ADN, y aplicándoles ciertas técnicas (separación,
clonación).
Este trabajo supuso un gran avance en las ciencias de la

computación ya que se demostraba que era posible realizar
cómputos a nivel molecular y, además, con una enorme
capacidad de paralelismo inherente.
Por las mismas razones por las que el ADN fue
seleccionado para los organismos vivientes como
material genético, el ser estable y predecible en
reacciones, las cadenas de ADN también pueden ser
usadas para codificar información para sistemas
formales (matemáticos).
La computación mediante ADN es una tecnología aún
en pañales. Expertos como Lloyd Smith buscan
capitalizar la enorme capacidad de almacenamiento
de información de las moléculas biológicas, las cuales
pueden efectuar operaciones similares a las de un
computador a través del uso de enzimas,
catalizadores biológicos que actúan como el software
que ejecuta las operaciones deseadas.

El Código Genético como Lenguaje
Cómo funciona este lenguaje: La replicación se efectúa debido a
las propiedades de las cuatro bases: ATCG y U para el ARN.
A se une con T y G con C.
Un único filamento de ADN puede copiarse así mismo

ensamblando un filamento complementario:
Las T frente a todas las A, las A frente a todas las T, las C frente
a todas las G y las G frente a todas las C.

Por esto la famosa estructura de doble hélice del filamento
original y su pareja del ADN que permite replicarse
indefinidamente.
Vs computación tradicional
Un sistema de computo con ADN no seria semejante

a un computador convencional, estos representan
información en términos de 0 y 1, físicamente
expresado en términos del flujo de electrones por
circuitos lógicos, mientras que los computadores de
ADN representan información en términos de
unidades químicas del ADN.
La computación en computador es mediante
programas que instruyen a circuitos eléctricos en
senderos particulares; con un computador de ADN
el cómputo requiere la síntesis de sucesiones
particulares de ADN y permite reaccionar en un
tubo de ensayo.
Operaciones de una cadena genética
Q Separación de cadenas considerando su longitud.

Q Mezcla, vertiendo dos tubos de ensayo en uno
para realizar la unión.
Q Extracción, tomando aquellas cadenas que
contengan un patrón determinado.
Q Fundir y/o templar, rompiendo o ligando dos
moléculas de ADN con secuencias

complementarias.
Q Amplificación, usando un compuesto denominado
PCR para hacer copias de cadenas de ADN.
Q Corte, separando el ADN con enzimas de
restricción.
Q Ligación, enlazando cadenas de ADN con límites
complementarios "adherentes" usando un
compuesto denominado ligasa.
Q Detección, confirmando la presencia o ausencia de
ADN en un determinado tubo de ensayo.
Q Las operaciones mencionadas pueden usarse para

"programar" un "computador de ADN".
Camino
Camino Hamiltoniano
Hamiltoniano
E
D
A B
G
C F
Q Este problema es difícil para computadores
convencionales (lógica serial) porque deben de
intentar cada camino posible uno por uno.
Q Es como tener una pila de llaves y tratar de ver
cual es la que entra en una cerradura.
Q Los computadores convencionales son muy
buenos para la aritmética, pero malos para
problemas de tipo "llave en la cerradura".

Q Los computadores basados en ADN pueden tratar
todas las llaves al mismo tiempo (masivamente en
paralelo) y por lo tanto son muy buenos para
problemas de llave-en-la-cerradura, pero mucho
más lentas para problemas aritméticos simples
como la multiplicación.
El problema del Camino Hamiltoniano fue
Q
escogido porque todos los problemas llave-en-la-
cerradura pueden ser resueltos como problemas
de Camino Hamiltoniano.
Resolviendo el problema
1. Generar caminos aleatorios a través del grafo.

2. Quedarse solo con los caminos que empiezan en la
ciudad inicio (A) y terminan en la ciudad fin (G).
3. Como el grafo tiene 7 ciudades, quedarse solo
con los caminos que tengan 7 ciudades.
4. Quedarse solo con los caminos que entran a
todas las ciudades por lo menos una vez.

5. Cualquier camino que quede es una solución.
Resolviendo el problema
Q La clave para resolver el problema fue usar ADN

para llevar a cabo los cinco pasos del algoritmo:
Q Paso 1: Crear una secuencia de ADN única para
cada ciudad (de A hasta G). Para cada camino,
por ejemplo, de A a B, crear una pieza de ADN
que concuerde con la última mitad de A y la
primera mitad de B:
Q Aquí el bloque rojo representa a la ciudad A,
mientras que el bloque naranja representa a la
ciudad B. El bloque mitad rojo mitad naranja
que conecta a los otros dos bloques, representa el
camino de A a B.
Q En un tubo de ensayo, todas las diferentes piezas

de ADN se conectarán unas con otras al azar,
formando caminos a través del grafo.
Q Paso 2: Debido a que es difícil "remover" el ADN
de la solución, el ADN que empezaba en A y
terminaba en G fue copiado una y otra vez hasta
que el tubo de ensayo contuviera mucho de ése
ADN relativo a las otras secuencias aleatorias.
Esto es esencialmente lo mismo que remover
todas las otras piezas. Imagine un cajón que
contenga bolas que inicialmente contiene una o

dos bolas de colores. Si pone ahí cien bolas negras,
es muy probable que cuando saque una del cajón
todo lo que obtenga sean bolas negras.
Paso 3: Por peso, las secuencias de ADN que tuvieran
7 "ciudades" de largo fueron separadas del resto. Un
tamiz (sieve) fue usado lo cual permite que pasen
rápidamente pedazos pequeños de ADN, mientras
que los segmentos más largos son frenados. El
procedimiento usado en realidad permite aislar las
piezas que son precisamente de 7 ciudades de largo.
Paso 4: Para asegurar que las secuencias que quedan
pasan por todas las ciudades, se usaron piezas
"pegajosas" de ADN unidas a magnetos para separar
el ADN. Los magnetos se utilizaron para asegurar
que el ADN requerido permanezca en el tubo de
ensayo, mientras que el ADN no requerido se
remueve. Primero, los magnetos se quedaban con
todo el ADN que pasara por la ciudad A en el tubo de

ensayo, luego por B, luego C, y D, y así
sucesivamente. Al final, el ADN que permanece en el
tubo fue aquél que pasa por todas las ciudades.
Camino
Camino Hamiltoniano
Hamiltoniano
Resolviendo
Resolviendo el
el problema
problema
Paso 5: Todo lo que falta es secuenciar el

ADN, revelando el camino de A a B a C a D a E
a F a G.
Ventajas
El procedimiento tomó aproximadamente una semana en

terminar. Aunque este problema particular pudiera ser
resuelto en un pedazo de papel en menos de una hora, cuando
el número de ciudades aumenta a 70, el problema se vuelve
demasiado complejo incluso para un supercomputador.
Mientras que un computador de ADN se tarda mucho más
que un computador normal para hacer cada cálculo
individual, puede hacer una cantidad enorme de operaciones
al mismo tiempo (masivamente en paralelo). Los

computadores de ADN también necesitan menos energía y
espacio que los computadores normales.
Es la molécula que almacena más información en las
células vivas, y miles de millones de años de evolución
han probado y refinado tanto esta maravillosa
molécula de información, como las altamente
especificas enzimas que pueden duplicar la
información en una molécula de ADN o transmitir
esta información a otras moléculas de ADN.
Ventajas
Cada molécula de ADN es aproximadamente

equivalente a un pequeño chip de silicio. Pero las
moléculas de ADN son mucho más pequeñas que los
chips, usted puede juntar muchas en un espacio muy
pequeño - aproximadamente 10 billón de ellas caben
en una canica.
Todas estas moléculas pueden trabajan juntas al
mismo tiempo, de tal forma que usted puede tener

teóricamente 10 billones de cálculos haciéndose al
mismo tiempo (o más si su computador tiene un
tamaño mayor al de una canica).
Desarrollos
Nadrian Seeman, químico de la universidad de Nueva York,

une nanopartículas de oro a bloques de ADN para construir
diminutos circuitos electrónicos, unas diez veces más chicos
que los componentes de los chips actuales.
En este camino están también los investigadores de Lucent

Technologies, tratando de construir nanomotores que se
dediquen a la fabricación a escala molecular de
componentes electrónicos, utilizando bloques de ADN como

constituyentes esenciales.
Ingenieros de la NASA trabajan en el diseño de
computadores del tamaño de una molécula de proteína, que
servirán para rastrear y reparar daños celulares en el
organismo humano.
Conclusiones
La computación con ADN o la computación

cuántica quizás no sustituyan completamente a los
semiconductores de silicio en los PC, pero serán
potentes tecnologías de la futura supercomputación
paralela avanzada. No son mejoras sobre modelos
anteriores de cómputo sino que aprovechan el
paralelismo inherente de los procesos biológicos
(ensamblamiento o hibridación del ADN).

El avance tecnológico está permitiendo manipular de
forma cada vez más precisa la materia a nivel
molecular e incluso atómico.
En el siglo XX se han intentado simular procesos
computacionales presentes en la naturaleza; en el
siglo XXI, los esfuerzos se encaminarán a utilizar la
propia naturaleza para realiza cómputos.
Estos estudios nos permitirán también descifrar las

leyes del procesamiento de la información en la
naturaleza.
Los computadores moleculares se caracterizan por:
Un almacenamiento de información de una densidad
excepcional. Un gramo de ADN, que ocupa, en seco,
alrededor de un centímetro cúbico, puede almacenar
aproximadamente la información de un billón de
discos compactos, y aportan un enorme paralelismo.
Bibliografía
Adleman, Leonard M. 1998. Computación con ADN. Rev.

Investigación y ciencia: Octubre. P. 20-28. Barcelona,
España Prensa Científica S.A.
Adleman, L.M. Molecular Computation of Solutions to

Combinatorial Problems. Science. Vol. 266. 11 November
1994. pp. 1021-1024.
Pazos S., J. & Rodríguez A. 2001 Computación no

convencional: Computación molecular y Computación
cuántica.
Aplicaciones
Investigación en Genética
Genoma Humano
El 26 de junio de 2000 tras 10 años de investigación, el genoma

humano, considerado el auténtico libro de la vida, fue
descifrado en sus partes esenciales permitiendo obtener:
Mapas genéticos: Indican la posición relativa de los diferentes
genes y la transmisión de caracteres hereditarios.
Mapas físicos: De mayor resolución, muestran la secuencia de
nucleótidos en la molécula de ADN que constituye el
cromosoma. Se obtiene la secuencia de nucleótidos de un gen.
Se realiza mediante la electroforesis en geles de distintos

fragmentos de ADN y la ayuda de potentes computadores.
Proceso
Dado un gráfico con n vértices.
Q Genere un conjunto de caminos aleatorios que atraviesen el
grafo.
Q Para cada camino del conjunto:
- Compruébese si el camino parte del vértice inicial y acaba en
el vértice final. Si no es así, elimínese el camino del conjunto.
- Compruébese si el camino visita exactamente n vértices. Si
no es así, elimínese el camino del conjunto.
- Para cada vértice, compruébese si ese camino pasa por el
vértice. De no ser así, elimínese el camino del conjunto.

Q Si el conjunto no es vacío, se informa que existe un camino
hamiltoniano. Si el conjunto es vacío, se informa que no
existe camino hamiltoniano.
Aplicación:
Definiendo cuatro Ciudades:
Tunja, Bogota, Medellín y Cali, conectadas
por seis vuelos.
El problema consiste en determinar

la existencia de un camino
hamiltoniano que parta de Tunja

y concluya en Cali.
Solución por computos con ADN
Se asigna a cada ciudad una secuencia de ADN.

Ejemplo: Tunja es igual a ACTTGCAG
La primera mitad de la secuencia de ADN es el
nombre de la ciudad, y la segunda, la replica de este
ADN, así el ADN complementario para Tunja es
TGAACGTC.
CIUDAD NOMBRE EN ADN COMPLEMENTO
TUNJA ACTTGCAG TGAACGTC
BOGOTA TCGGACTG TGCCTGAC
MEDELLIN GGCTATGT CCGATACA
CALI CCGAGCAA GGCTCGTT
VUELO NUMERO DE VUELO EN ADN

TUNJA-BOGOTA GCAGTCGG
TUNJA- CALI GCAGCCGA

BOGOTA- MEDELLIN ACTGGGTCT
BOGOTA- CALI ACTGCCGA
BOGOTA- TUNJA ACTGACTT
MEDELLIN- CALI ATGTCCGA
Se codifican y sintetizan los nombres
complementarios en ADN de las ciudades y los de
los números de vuelo; se realiza una preparación
bioquimica (unas 10 moléculas) de cada una de las
distintas secuencias en un tubo de ensayo, que
recrea una célula.
Utilizando moléculas de sondeo se localizan hebras de ADN
que codifiquen caminos que pasen por ciudades como Bogota
y Medellin. Así el nombre en ADN de Bogota AGCCTGAC
en suspensión dentro del liquido. La afinidad Watson &
Crick, captura hebras de ADN complementario de Bogota
TCGGACTG. Se eliminan las hebras de ADN que no
contengan el nombre de Bogota. El proceso se repite para las
moléculas en ADN de Medellin. Una vez realizados los mismos
pasos computacionales, las hebras restantes serán los que

codifiquen la solución.
GCAGTCGGACTGGGCTATGTCCGA.
La reacción bioquímica equivale a un enorme procesamiento
en paralelo, que permite un camino hamiltoniano solución:
Tunja, Bogota, Medellin y Cali
Por tanto, la molécula que codifique la solución tendrá la

secuencia
GCAGTCGGACTGGGCTATGTCCGA

Modelos y Simulacion 4

Cargado por

Información del documento

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

Modelos y Simulacion 4

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

Inteligencia artificial

En los últimos años se ha sugerido y

En el computador molecular las operaciones básicas

Brinda la posibilidad de almacenar y manipular

Definición. Desarrollo y utilización de sistemas

Aplicación de los procesos biológicos y químicos en la

presentan los fundamentos teóricos, metodológicos y

Q El ADN es la estructura química que guarda y

Q Al ADN le gusta formar largas hélices dobles:

El DNA lleva información y es capaz de

autoreplicarse, en nuevas copias de sí mismo.

La computación con ADN, en el sentido literal, es el

resultado particulara un problema original

Este trabajo supuso un gran avance en las ciencias de la

que ejecuta las operaciones deseadas.

Un único filamento de ADN puede copiarse así mismo

a todas las G y las G frente a todas las C.

Un sistema de computo con ADN no seria semejante

Q Separación de cadenas considerando su longitud.

moléculas de ADN con secuencias

Q Las operaciones mencionadas pueden usarse para

problemas de tipo "llave en la cerradura".

1. Generar caminos aleatorios a través del grafo.

todas las ciudades por lo menos una vez.

Q La clave para resolver el problema fue usar ADN

Q En un tubo de ensayo, todas las diferentes piezas

contenga bolas que inicialmente contiene una o

todo el ADN que pasara por la ciudad A en el tubo de

Paso 5: Todo lo que falta es secuenciar el

El procedimiento tomó aproximadamente una semana en

al mismo tiempo (masivamente en paralelo). Los

Cada molécula de ADN es aproximadamente

mismo tiempo, de tal forma que usted puede tener

Nadrian Seeman, químico de la universidad de Nueva York,

En este camino están también los investigadores de Lucent

componentes electrónicos, utilizando bloques de ADN como

La computación con ADN o la computación

(ensamblamiento o hibridación del ADN).

Estos estudios nos permitirán también descifrar las

Adleman, Leonard M. 1998. Computación con ADN. Rev.

Adleman, L.M. Molecular Computation of Solutions to

Pazos S., J. & Rodríguez A. 2001 Computación no

El 26 de junio de 2000 tras 10 años de investigación, el genoma

Se realiza mediante la electroforesis en geles de distintos

vértice. De no ser así, elimínese el camino del conjunto.

El problema consiste en determinar

hamiltoniano que parta de Tunja

Se asigna a cada ciudad una secuencia de ADN.

VUELO NUMERO DE VUELO EN ADN

TUNJA- CALI GCAGCCGA

pasos computacionales, las hebras restantes serán los que

Tunja, Bogota, Medellin y Cali

Por tanto, la molécula que codifique la solución tendrá la

También podría gustarte