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GENESIS

Es un simulador de red neuronal


que esta respaldado por el
usuario con sus contribuciones en
bibliotecas, documentación y
scripts de simulación; también ha
sido utilizado en varios dominios
fuera de la neurociencia
computacional.

TOPOLOGIA
Va en contra del diseño del sistema de software monolítico, manejando su
desarrollo en componentes de software de simuladores de neurociencia
computacional, un modelo que define sus características es:
El Neurospaces Modelo de contenedores se utiliza como una capa de abstracción
en la parte superior de un simulador y se ocupa de entidades biológicas y
conceptos de los usuarios finales en lugar de ecuaciones
matemáticas. Proporciona un formato de almacenamiento interno independiente
del solucionador para los modelos que permite al usuario optimizaciones invisibles
del núcleo numérico. Al "contener" el modelo biológico, el contenedor modelo
releva la implementación del núcleo numérico de las presiones de implementación
del software típicamente asociadas con datos estructurados heterogéneamente
tales como morfologías dendríticas.
La API de contenedor modelo de Neurospaces abstrae todos los detalles
matemáticos y computacionales del simulador. Optimizado para almacenar
modelos grandes en poca memoria, almacena modelos neuronales en una
fracción de la memoria que usarían los simuladores convencionales, permite la
partición automática del modelo de manera que las simulaciones se pueden
ejecutar en paralelo. Desde el lado del modelador, Neurospaces podrá importar y
exportar archivos NeuroML, facilitando el intercambio de modelos e ideas y
fomentando la neurociencia computacional.
- Cubre desde el nivel de red hasta el nivel del mecanismo. La interfaz perl
convierte y lee en archivos de morfología GENESIS. p y SWC. Convierte dichos
modelos en modelos activos cuando es necesario (p. Ej., Puede reproducir una
coincidencia exacta con el modelo de células de Purkinje.
- Define modelos en un lenguaje puramente declarativo y extensible.
- Mantiene y mantiene una representación conceptual 'algorítmica' del modelo, así
como una representación ampliada del modelo.
- Sabe sobre entidades biológicas como células, poblaciones y proyecciones
(tenga en cuenta que, para los simuladores, tales entidades a veces son
comandos en lugar de entidades biológicas).
- Anota las estructuras y conceptos del modelo con cantidades biológicas, físicas y
matemáticas.
- Admite la configuración de los solucionadores matemáticos más complicados. En
principio, admite la configuración transparente de modelos y simulaciones de
escala múltiple (este es un trabajo en progreso, consulte también las referencias
en la parte inferior de la página).
- Da diferentes vistas en el mismo modelo de red. Estas vistas se visualizan en la
GUI.
- Conoce los parámetros específicos frente a los parámetros reales, por ejemplo,
la capacitancia de membrana específica frente a la capacitancia de membrana
escalada. En términos más generales, los objetos biológicos en el contenedor
modelo dependen de sus padres, hijos y hermanos para inferir una cantidad de
sus propias propiedades.
- Permite el anidamiento arbitrario de modelos de red, incluida la anidación de
proyecciones y poblaciones.
- Permite inspeccionar la conectividad de un modelo de red de una manera
intuitiva.
- Almacena enormes modelos en poca memoria, necesarios para la inspección
completa del modelo y la validación automatizada (cuanto más complicado es el
modelo, más eficiente es el esquema de compresión (desde la perspectiva teórica,
la imagen comprimida escala logarítmicamente con el original)).
- Puede guardar y volver a cargar las conexiones entre los componentes. El
cálculo costoso de las conexiones tiene que hacerse solo una vez.
- Un sistema de software basado en componentes evita el bloqueo de
proveedor. Su ciclo de vida es más suave que el de un sistema monolítico, porque
los componentes de software se pueden actualizar de a uno por vez.

ESTRUCTURA
En la actualidad, el software contiene código duplicado y mal estructurado, las
incoherencias impiden las pruebas de regresión automatizadas y actualmente
existe una falta general, aunque lógica, de participación en la comunidad de
neurociencias para contribuir aún más y extender el código fuente de esta
aplicación. Uno de los principales problemas responsables de esta situación,
algunas de sus características son:
- La interfaz con un componente individual es, obviamente, más simple que la
interfaz con un sistema monolítico do-all. El solucionador de compartimentos
desarrollado para el proyecto NeuroSpaces se puede conectar a Matlab fi.
- Simplifica los componentes individuales y alienta a otros desarrolladores a
involucrarse.
- Permite pruebas separadas de los componentes. Se han definido más de
1500 pruebas de casos de uso para los componentes de software
individuales. Por supuesto, también hay muchas pruebas de integración.
- Integrando diferentes componentes, brinda diferentes sabores del mismo
simulador y mejora la consistencia experimentada por el usuario al construir,
explorar y ejecutar modelos de escala múltiple.
Referencias
Cornelis, Hugo. Genesis. The GENESIS 2 simulator. http://genesis-
sim.org/GENESIS/. Tomado en: 2 de mayo de 2018