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UNIVERSIDAD NACIONAL DE INGENIERÍA

FACULTAD DE INGENIERÍA MECÁNICA


Escuela Profesional de Ingeniería Mecatrónica

Systems Biology (MT-231)


SEMESTRE 2018-I
Paul Cardenas Lizana

Práctica No 2
1. El repressilator (2 puntos): Similar como fue mostrado en clase, demostrar que usando
balances de reacciones se puede llegar a las ecuaciones propuestas y demostradas
experimentalmente por Elowitz et al., (2000). Cual seria el valor de las constantes α, β, τ,
etc (parámetros sin dimensiones). Asumir degradación no-lineal para las represores.

2. Esquema cinético para transporte (5 puntos): Modelo matemático del transporte de


iones por conductos colectores medulares externo de ratas, (Weinstein, 2000). El portador
X puede estar orientado hacia las caras de membrana externas (X’) o internas (X’’), donde
HCO3 o Cl están unidos. La unión del anión es rápida en relación con la translocación, de
modo que la concentración del portador ligado en cada cara se determina a partir de
constantes de unión en equilibrio, KC y KB. No se supone que el portador sea simétrico, por
lo que las constantes de translocación para el flujo de afuera hacia adentro (P’) no serán
necesariamente iguales a los del flujo de dentro hacia fuera (P’’). Además no hay
deslizamiento de portador vacío. Encontrar las ecuaciones del proceso y su
comportamiento en SS, y que sustancias su conservan.

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3. Metabolic pathway model (3 puntos): El modelo del pathway metabólico es utilizado en


estos estudios. Las flechas sólidas representan el flujo másico, las flechas discontinuas
representan la regulación cinética; las puntas de flecha representan activación y de
extremos que terminan perpendicular es inhibición. S y P son el sustrato y producto del
pathway y se mantienen en concentraciones constantes; M1 y M2 son metabolitos
intermedios; E1, E2 y E3 son las enzimas; G1, G2 y G3 son las especies de mRNA para
las enzimas. Escribir el diagrama y las ecuaciones del proceso y determinar su
comportamiento en SS, que sustancias su conservan. Asumir degradación no-lineal.

4. Sistema de receptores de agregación (5 puntos): Los receptores se enlazan con sus


constantes de asociación (Kx0, Kx1, Kx2) en diferentes estados. Los ligandos se unen a los
receptor individuales (K11) o a los receptor complexados (K21, K22) . Escribir el diagrama y
las ecuaciones del proceso y determinar su comportamiento en SS, que sustancias se
conservan. Calcule la fracción de receptores en dímeros en SS como una función de la
concentración de ligando usando la Ley de Acción masas. Que constantes determinan si
existe cooperatividad en el complejo? Determinar una relación entre ellas para que exista
cooperación positiva o negativa.

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5. Modelo esquemático de internalización mediada por receptores (5 puntos): Este


modelo sigue el camino de un ligando extracelular (IL-2), comenzando con la cinética de
unión al receptor de IL-2 (kf y kr) y la internalización mediada por receptor (ke) en los
endosomas de clasificación (volumen Ve). La tasa de inactividad (kre) aumenta en este
punto como resultado de la sensibilidad al pH de la unión, y la tasa de activación (k fe) se
vuelve a calcular utilizando la KD para unirse al complejo IL-2Rβγ. El ligando asociado al
receptor se dirige a la degradación lisosómica (kh), mientras que el ligando libre o el unido
a IL-2RR se recicla (k x). Los niveles de receptor en estado estable en ausencia de ligando
se describen mediante tasas de internalización constitutiva (kt) y biosíntesis (Vs). Los
complejos ligando-receptor estimulan la nueva síntesis del receptor (k syn) y la proliferación
celular (μ) durante su vida en la superficie celular. Escribir el diagrama y las ecuaciones del
proceso y determinar su comportamiento en SS, que sustancias su conservan.