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FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES PROGRAMA DE INGENIERÍA BIOQUÍMICA LABORATORIO

MICROBIOLOGÍA INDUSTRIAL TALLER No. 2 Análisis de Artículos Científicos Página 1 de 1

Nombre: Daniela Gonzalez, Karin Parra.


OBJETIVOS
• Identificar los numerales que componen un artículo científico.
• Correlacionar las variables de estudio con los resultados e impacto esperado.
• Conocer la forma de redacción y presentación de artículos científicos.

1. Identifique en sus artículos seleccionados:

a) Justificación
En general, se harán investigaciones en busca de solucionar por medio de biosorción y/o biodegradación la
contaminación de aguas causadas por colorantes azoicos, que son productos eliminados por industrias farmacéuticas,
textiles, alimentos, plásticos, entre otras, y son considerados como materiales peligrosos ambientales, por sus
capacidades tóxicas, mutagénicas y carcinógenas. Para esto se hacen estudios y experimentos con hongos, con el fin
de buscar una solución más viable y efectiva.

b) Objetivos del Estudio

● En el artículo “Biosorpción and biodegradation of triphenyl dyes by Penicillium simplicissimum…” El objetivo fue
explorar alternativas para lograr un enfoque más respetuoso con el medio ambiente y mucho más eficaz que
los demás tratamientos, usando biosorbentes a base de hongos, principalmente estudiando al hongo
Penicillium simplicissimum.

● En el artículo “Efficient degradation of Azo dyes by newly isolated fungus Trichoderma tomentosum under non-
sterile conditions” El objetivo era buscar hongos con fuertes capacidades de adaptación y de alta eficiencia en
la degradación de colorantes azoicos en aguas residuales.

● En el artículo “Optimization of conditions for decolorization of azo-based textile dye by multiple fungal species”
El objetivo fue aislar e identificar microorganismos que degradan múltiples azo-colorantes y optimizar la
degradación y el proceso de decoloración mediante la alteración de las condiciones de crecimiento que
favorecían la producción de enzimas.

● En el artículo “Communal microaerophilic–aerobic biodegradation of Amaranth by novel NAR-2 bacterial


consortium” El objetivo fue investigar la biodegradación aerobica de Azo compuesto en condiciones
microaerofilicas-aerobio encontrados en aguas residuales contaminadas por desechos de industrias textiles.

● En el artículo “Revealing interactive toxicity of aromatic amines to azo dye decolorizer Aeromonas hydrophila”
El objetivo fue investigar los efectos tóxicos de las aminas aromáticas en decolorantes por A. hydrophila para
cerciorar un funcionamiento óptimo y evaluar sus posibles riesgos.

c) ¿Qué similitudes y/o diferencias encuentra entre ellos?


Lo que tienen en común todos los artículos es la finalidad de buscar un método amigable con el ambiente para eliminar
los colorantes azoicos del agua. En cuanto a las diferencias, variaron los factores de crecimiento para la búsqueda de
un método más económicos, otros se basaron en qué tipo de hongo sería capaz de degradar más colorantes

2. Identifique las variables de estudio y los métodos de cuantificación de cada una de ellas.

En el artículo “Biosorpción and biodegradation of triphenyl dyes by Penicillium simplicissimum…”:


● Identificación taxonómica del aislado 10: se hizo por medio de una secuenciación del ADN y se utilizó la
prueba de la razón de probabilidad aproximada para estimar la subdivisión de apoyo.
● Tolerancia de aislado de 10 a colorantes TPM: se evaluaron mediante la realización de recuentos
de células viables en los primeros y últimos días de los experimentos.
● Potencial de biodegradación: Se utilizó el análisis espectral para investigar la posible aparición de
biodegradación del tinte, evidente por el cambio en los picos entre el control y las muestras de tinte tratados.
● Ensayos enzimáticos para detectar biodegradación de colorantes TPM: Se hicieron distintas pruebas
haciendo una variación de tiempo y midiendo la absorbancia por medio de espectrometría.
● Análisis estadístico: Los datos se analizaron mediante análisis unidireccional de varianza (ANOVA) utilizando
el paquete estadístico para las Ciencias Sociales (SPSS) versión 20.0. Las medias se compararon mediante el
test de comparación múltiple Tukey- Kramer.

En el artículo “Efficient degradation of Azo dyes by newly isolated fungus Trichoderma tomentosum
under non-sterile conditions”:
● Capacidad del hongo seleccionado para decolorar en condiciones no estériles: Para esto se registraron
los cambios de las longitudes de onda características de la absorbancia máxima. Y se midió la tasa de
decoloración real en el efluente.

● Detección de peroxidasas extracelulares y actividades de lacasa: Para evaluar la posible implicación de


manganeso peroxidasa, peroxidasa de lignina y lacasa en el proceso de decoloración, se centrifugaron aguas
residuales que contienen Acid Red 3 R y se tomó el sobrenadante para determinar la absorbancia por medio de
espectrometría. La detección de la actividad de la peroxidasa de lignina se basa en la oxidación de
veratrylalcohol a veratraldehído.

● Análisis degradación: Las aguas residuales que contienen modelo Acid Red 3 R se controlaron mediante el
registro de los cambios de absorbancia de sobrenadante de cultivo usando UV – Vis a diferentes tiempos.

● Fitotoxicidad de los productos de degradación: La fitotoxicidad del colorante no tratado y tratado se evaluó
con semillas de plantas de Glycine max y microsperma Adenanthera. 6 días después de la esterilización de
semillas se midió la raíz y longitud de brote. Se calculó el índice de germinación.

En el artículo “Optimization of conditions for decolorization of azo-based textile dye by multiple fungal
species” :
● Identificación de los aislados fúngicos: Todos los hongos aislados se identificaron secuenciando las
regiones de genes ITS1 e ITS4. Los productos de PCR se separaron por electroforesis en geles de agarosa al
1%, y purificados utilizando el reactivo ExoSAP-It - ExoSAP-IT® PCR Cleanup.

● Ensayos para la actividad decoloración colorante azoico: La biomasa se separó por centrifugación a 5000
xg durante 5 min, y la absorbancia del sobrenadante se midió en la λ- max de cada colorante azo . los λ- max
de cada colorante azo se obtuvo de la exploración de un 10 μ g / ml solución usando un espectrofotómetro
Agilent G1120A.

● Actividad peroxidasa: la actividad manganeso peroxidasa se determinó midiendo la velocidad de formación


purpurogalina a 420 nm, a partir de la reacción entre pirogalol y peróxido de hidrógeno catalizada por
peroxidasa.

● Análisis estadístico: Se analizaron todos los resultados mediante el uso de ANOVA y análisis de rango
múltiple de Duncan-Wallis en α = 0.05.
En el artículo "Communal microaerophilic–aerobic biodegradation of Amaranth by novel NAR-2 bacterial
consortium":
● El análisis cuantitativo se realizó mediante monitorización de la reacción múltiple (MRM) en base a dos
transiciones de iones precursor-producto.

● Identificación de consorcios bacterianos: A partir de 3 cepas bacterianas pertenecientes a la familia


enterobacter se realizó una comparación entre dos complejos y un el microorganismo C. freundii A1. El primero
complejo, NAR-1, estaba compuesto por el microorganismo C. freundii A1 y E. cloacae L 17, el segundo
consorcio, NAR-2, estaba compuesto por el consorcio NAR-1 y la adicion de E. casseli fl avus C1. Se
compararon mediante su capacidad de decolorar en el tiempo, la disminución de la concentración de colorante
se observó a partir de un pico en la absorbancia 521 nm; NAR-2 consorcio bacteriano exhibió la tasa de
decoloración más alta con eliminación de color completa en 30 min.

● Biodegradación de Amaranto por NAR-2 consorcio bacteriano: Las muestras se incubaron a continuación
a 45 C y el muestreo se realizó a intervalo de 10 min. Cada muestra se centrifugó y el sobrenadante se
analizaron a 521 nm para determinar el nivel de decoloración.

● Recuento de viables en placa: Se realizo para determinar el perfil de especies bacterianas predominantes
para NAR-2 consorcio bacteriano, fueron realizadas tanto en la decoloración microaerofılico y biodegradación
aeróbica consecutivo.

● Análisis de Cromatografía Líquida-espectrometría de masas de los productos de biodegradación: La


decoloración bajo condición microaerofílica por NAR-2 consorcio bacteriano se llevó a cabo durante 2 h,
seguido por biotransformación sucesiva durante 48 h bajo condiciones aeróbicas. LC-MS / MS análisis de los
productos intermedios de tinte y los metabolitos se llevaron a cabo utilizando la analítica Acquity UPLC.

● Identificación de enzimas involucradas: La presencia de algunos enzimas clave implicados en azo


reducción, desaminación, desulfonación y el metabolismo benzoil-CoA en NAR-2 cepas bacterianas se sondó
por PCR de los genes predichos que codifican para las enzimas.

En el artículo “Revealing interactive toxicity of aromatic amines to azo dye decolorizer


Aeromonas hydrophila”:

● A. hydrophila se utilizo en este experimento como indicador de rendimiento de decoloración en contraste con P.
luteola.

● Preparación de la bacteria: Se precultivó un asa llena de A. hydrophila tomada de una colonia aislada en una
placa LBstreak en caldo Bacto 1 / 5X LB de 50 ml, Miller (por litro; 2,0 g de Bactina triptona, 1,0 g de extracto
de levadura Bacto, 10 g de cloruro de sodio) durante 24h ha 30 ° C, pH 7,0, 125 rpm usando un agitador de
baño con agua. Se inocularon aproximadamente 200 ml de caldo precultivado en 1300 ml de caldo LB fresco
para cultivo aeróbico continuo (1 vvm, 200 rpm, 30 ◦C) a t = -48 h.

● Prueba de CPT: El colorante RR141 se incluyó en las ejecuciones de quimiostato con las aminas aromáticas
para revelar si la toxicidad combinada de RR141 y MAA aún podría revelarse mediante la CPT propuesta.

● Recuentos en placa estándar: se realizo precultivo de A. hydrophila tomada de una colonia aislada en placa
LB-streak. Fue precultivada en 50 ml de caldo LB 1 / 5X, Miller durante 12 ha 30 ° C, pH 7.0, 200 rpm.
Aproximadamente 5% (v / v) de caldo cultivado se inocularon luego en 1 / 5X de medio LB nuevo y se cosechó
un cultivo celular en la fase de crecimiento exponencial medio (aproximadamente 4 h) para una posterior
evaluación de la toxicidad.
● Evaluacion de toxicidad e inhibición: Las soluciones de aminas aromáticas se esterilizaron primero por
filtración (Millpore Millex®-GS unidad de filtro de 0,22 μm) después de la disolución completa. Se adoptó el
análisis probit para revelar las curvas de respuesta a la dosis de varias soluciones de aminas. Se supone que
la gráfica semilogarítmica de la concentración de amina frente a la respuesta provocada revela una relación
lineal.

3. ¿Cuáles fueron los microorganismos implicados en el estudio?

En el artículo “Biosorpción and biodegradation of triphenyl dyes by Penicillium simplicissimum…”:

● Penicillium simplicissimum.

En el artículo “Optimization of conditions for decolorization of azo-based textile dye by multiple fungal
species”:
● A. niger
● A. terreus
● A. oryzaem
● A.flavus
● A. fumigatus
● A. alabamensis
● L. corymbiferastrain

En el artículo “Efficient degradation of Azo dyes by newly isolated fungus Trichoderma tomentosum under
non-sterile conditions”:

● T. tomentosum

En el artículo "Communal microaerophilic–aerobic biodegradation of Amaranth by novel NAR-2 bacterial


consortium":
● Citobacter freundii A1
● Enterococcus casseli fl Avus C1
● Enterobacter clacae L17

En el artículo “Revealing interactive toxicity of aromatic amines to azo dye decolorizer


Aeromonas hydrophila”:

● Aeromonas hidrophila

4. De acuerdo con los objetivos del estudio, ¿Cuál variable soportará el objetivo y cuales complementarán y/o
apoyarán los resultados principales?

En el artículo “Biosorpción and biodegradation of triphenyl dyes by Penicillium simplicissimum…”:


● La variable que mejor soporta el objetivo es el potencial de biodegradación y la soportan los ensayos
enzimáticos para detectar biodegradación de colorantes TPM.

En el artículo “Efficient degradation of Azo dyes by newly isolated fungus Trichoderma tomentosum under
non-sterile conditions”
● La variable que mejor soporta el objetivo es La capacidad del hongo seleccionado para decolorar en
condiciones no estériles y la soporta el análisis de degradación.
En el artículo “Optimization of conditions for decolorization of azo-based textile dye by multiple fungal
species”
● La variable principal para el objetivo es la identificación de los aislados fúngicos y la soporta los ensayos
para la actividad decoloración colorante azoico.

En el artículo "Communal microaerophilic–aerobic biodegradation of Amaranth by novel NAR-2 bacterial


consortium"
● La variable que mejor soporta el objetivo es el uso de E. Casseli fl Avus C1 ya que es la cepa dominante en
la decoloración pues juega un papel importante en la azo reducción.

En el artículo “Revealing interactive toxicity of aromatic amines to azo dye decolorizer


Aeromonas hydrophila”:
 La variable principal para el objetivo es fue la evaluación de la biotoxicidad, mediante el método tradicional
de recuento de plaquetas junto con el análisis de dosis-respuesta para confirmar su viabilidad desde
una perspectiva de toxicología.

5. ¿Qué herramientas emplean los autores para presentar sus diferentes variables de estudio?

En el artículo “Biosorpción and biodegradation of triphenyl dyes by Penicillium simplicissimum…”


● Kit de GF-1 Plant DNA Extraction (Vivantis Technologies, USA)(Secuenciación de ADN).
● Base de datos para PCR, NCBI BLAST
● TreeDyn de plataforma Phylogeny.fr (Identificación taxonómica)
● Espectrómetro UV

En el artículo “Efficient degradation of Azo dyes by newly isolated fungus Trichoderma tomentosum under
non-sterile conditions”:
● Se extrajo ADN genómico con un protocolo de perlas de vidrio (Para la identificación del hongo seleccionado).
● Espectrofotómetro UV - Vis para medir las absorbancias máximas.
● Centrífuga, para los sobrenadantes necesarios para la detección de peroxidasas.
● Espectrómetro equipado con una columna capilar BR-1MS. Para el análisis GC-MS.
En el artículo “Optimization of conditions for decolorization of azo-based textile dye by multiple fungal
species”

● Para la identificación de aislados fungicos se hizo una PCR, la cuál se purificó por medio de electroforesis en
geles de agarosa al 1% y reactivoExoSAP-It - ExoSAP-IT® PCR Cleanup Product.

En el artículo "Communal microaerophilic–aerobic biodegradation of Amaranth by novel NAR-2 bacterial


consortium":

● LC-MS/MS (Cromatografía de líquidos con espectrómetro de masas en tándem)


● PCR
● Base de datos: MetaCyc,KeGG Pathway, Symyx Draw, ACD/ChemSketch, GenBank,Acquity UPLC.

En el artículo “Revealing interactive toxicity of aromatic amines to azo dye decolorizer


Aeromonas hydrophila”:

● Espectrometría de masas
● CPT (Técnica de pulso quimiostatico)
● Análisis probit

6. ¿Cuáles fueron los principales resultados del estudio y cómo las demás variables lo soportan y]/o impactan?
En el artículo “Biosorpción and biodegradation of triphenyl dyes by Penicillium simplicissimum…”
● La secuenciación del ADN de la región ITS indicó 99% de homología con los de Penicillium simplicissimum
cepas, dónde se resuelve la variable “Identificación taxonómica”.

● Se llegó a la conclusión a partir de los cambios en los patrones de pico de los espectros de absorción (300 mi
800 nm). Tras el tratamiento con el aislante 10, los picos para CV, MV y CB estaban ausentes en comparación
con patrones de picos en el control. La reducción o desaparición de los picos de absorción indican una posible
aparición de biodegradación, mecanismo más eficaz y deseable que biosorción ya que este último genera
grandes volúmenes de biomasa colorante tratados (lodos). Las variables que ayudaron a determinar esto
fueron “el potencial de biodegradación” y los “ensayos enzimáticos para detectar biodegradación de colorantes
TPM”.

En el artículo “Efficient degradation of Azo dyes by newly isolated fungus Trichoderma tomentosum under
non-sterile conditions”.

● Uno de los resultados más relevantes fue que estos hongos (T. tomentosum) son capaces tanto de absorber,
como degradar los colorantes y además podría decolorar tres tipos de colorantes azoicos y colorantes
mezclados del sector textil, esto gracias al desarrollo de la variable “Capacidad del hongo seleccionado para
decolorar en condiciones no estériles”.

● Se indicó que la fitotoxicidad de productos degradados se redujo drásticamente. Se pudo observar que las
semillas tratadas con productos degradados exhibieron patrón de crecimiento similar al control, mientras que el
crecimiento de los brotes jóvenes de las semillas fue significativamente inhibida por Acid Red 3 R. Por lo tanto,
la toxicidad de los productos de degradación se redujo por tratamiento de T. tomentosum, resultado gracias al
experimento hecho para la variable “Fitotoxicidad de los productos de degradación”.

En el artículo “Optimization of conditions for decolorization of azo-based textile dye by multiple fungal
species”.
● Identificación de los aislados fúngicos y ensayos para la actividad decoloración colorante azoico.

● Los resultados muestran que los hongos aislados pertenecían a cinco especies de Aspergillus: A. niger, A.
terreus, A. oryzae metro, A. Flavus, A. fumigatus, A. alabamensis y un único L. corymbiferastrain. Locuál se hiz
por medio de una secuenciación de genes, relacionado con la variable “Identificación de los aislados fungicos”.

● Se informó que A. niger, A. flavus Avus y Penicillium sp. son degradantes de colorantes azoicos muy activos.
también se informó de que A. niger y A. flavus mostraron los porcentajes de decoloración más altos de rojo
congo (87% y 83%) después de 48 h, respectivamente. A. niger, A. fumigatus y A. flavus mostraron la
capacidad de decoloración de tres colorantes azoicos (rojo congo, azul tripán y rojo de metilo). A. fumigatus
mostró el porcentaje más alto de decoloración de rojo congo después de 21 días de incubación y una cepa de
Aspergillus sp. ha sido reportado como degradador de Coomassie Brilliant Blue colorante rojo congo. Gracias
al desarrollo de la variable “ensayos paara la actividad decoloración colorante azoico.

En el artículo "Communal microaerophilic–aerobic biodegradation of Amaranth by novel NAR-2 bacterial


consortium":

● Consorcio de NAR-2 (complejos de los 3 microorganismo) podría funcionar secuencialmente en dos


condiciones diversas; condición microaerófilo para la decoloración de los colorantes azoicos y condición
aeróbica para la mineralización de los compuestos intermedios de tinte reducidas.
● E. Casseli fl Avus C1 era la cepa dominante en la decoloración lo cual demuestra un papel importante en
el proceso de la azo reducción.
● Mediante los diferentes procesos se logró encontrar que E. Casseli fl Avus C1 de NAR-2 posee un gen
que codifica para la proteína de dominio sulfatasa. Por lo tanto, éste podría ser el candidato en el consorcio
bacteriano NAR-2 que contribuyó al proceso de desulfonación de tintes intermedios sulfonados.

● La PCR se usó para amplificar los genes parciales de C. freundii A1 y E. cloacae L17 los cuales
mostraron que poseen homología con genes de transaminasas, así, permitiendo demostrar que pueden
funcionar en la desaminación de los productos intermedios de tinte reducidas.

● El análisis por LC-MS / MS permitió investigar los intermedios de tinte formadas después de la decoloración
de amaranto y más biotransformación de intermedios de tinte por NAR-2.

● La adición de C. freundii A1 demostró que la cepa bacteriana probablemente podría dar lugar a una
interacción bacteriana única que equilibra la dinámica de población bacteriana que a su vez mejora la tasa
de decoloración de Amaranto. Esto fue posible al desarrollo de la variable “identificación de consorcios
bacterianos”.

En el artículo “Revealing interactive toxicity of aromatic amines to azo dye decolorizer


Aeromonas hydrophila”:

● Estas pruebas indicaron claramente la serie de toxicidad de las aminas aromáticas del modelo de P. luteola en
términos de modelos cinéticos desde una perspectiva toxicológica.

● Indicó claramente las características inhibitorias de los MAA en cultivos portadores de RR141, lo que sugiere la
viabilidad de la técnica CPT para la evaluación de la toxicidad sobre el decolorante A. hydrophila. Esto se debe
al desarrollo de la variable “Prueba CTP”.

● Independientemente de las diversas características bioquímicas de los decolorantes, este estudio


aparentemente reveló una viabilidad prometedora de CPT, así como la evaluación de la dosis-mortalidad para
la evaluación de la toxicidad de los MAA a A. hydrophila.

● La especie Aeromonas es probablemente más apropiada para ser cultivada en biorreactor de vasos cerrados
debido a su posible patogenicidad.

7. ¿Qué similitudes encuentra en los diferentes artículos?


Encontramos que los artículos se relacionan en cuanto a que todos buscan alternativas más eficientes para con el
medio ambiente en el tema de los decolorantes en aguas residuales. Sea investigando los diferentes cambios que se
pueden realizar a un medio de cultivo para enaltecer ciertas propiedades de los microorganismos u obtener enzimas
factibles para la decoloración de aguas residuales con compuestos azoicos, asimismo con las diferentes
investigaciones de alterar el medio de cultivo se realizaron pruebas para confirmar la actividad de estos
microorganismos según estos cambios y en todos los artículos encontramos que los cambios y la búsqueda propicia
de los microorganismos fue viable y eficiente para estos procesos de decoloración.