Epigenética

Tellechea Mariana, Bioq. Farm. PhD (UBA)

Cátedra de Genética y Biología Molecular

2012
 Conrad Waddington 1942
“la rama de la biología que estudia las interacciones
causales entre los genes y sus productos que dan lugar al
fenotipo”

“el estudio de cambios heredables en la

expresión génica que se producen
independientemente de cambios en la secuencia
primaria del ADN ”

Cambios estructurales dinámicos y locales de la cromatina

Regulan la accesibilidad / compactación de la cromatina

Mecanismo de diversidad celular.
 Los factores epigenéticos:

Son químicamente estables,

Modifican el fenotipo (no el genotipo),
Son heredables,
Son modulables o inducibles por factores ambientales

La epigenética es el
interlocutor del ambiente
con la genética.
 Mecanismos epigenéticos

1- metilación del ADN (modificación covalente);

Impronta Genómica (“Genomic Imprinting”)

2- modificaciones post-traduccionales de histonas:

acetilación, metilación y fosforilación, ubiquitinación;
(modificaciones covalentes de las histonas);

3- “variantes” de histonas

4- posicionamiento de nucleosomas a lo largo del

ADN

5- ARN no codificantes: miRNAs

 Los factores epigenéticos:

regulan la forma en que el genoma de los mamíferos se

manifiesta en diferentes tipos de células y etapas de desarrollo

la mayoría se establecen durante la

diferenciación y se mantiene de manera estable a
través de múltiples mitosis

Son guardianes de la identidad celular

La falla del mantenimiento adecuado de las marcas

epigenéticas heredables puede resultar en la activación
inapropiada o la inhibición de diferentes vías de señalización y
dar lugar a estados patológicos como el cáncer.
ROLES DE LA EPIGENÉTICA
Desarrollo embrionario
Diferenciación tisular

Impronta genética
Inactivación del cromosoma X

Represión de transposones
Estabilidad cromosomica

Regulación génica
(papel menor pero importante en patología)
 Metilación de ADN
 heredable, ESTABLE

 Silenciamiento de genes

 Organización de la cromatina

 Imprinting genómico

 Inactivación del cromosoma X

 Silenciamiento de elementos repetitivos

(la metilación evita la inestabilidad cromosómica)
 Metilación de ADN
un grupo metilo es trasferido a una posición C-5 de citosina
por una ADN-metiltrasferasa
casi exclusivamente en “islas CpG”
ADN 5- metil transferasa

5- metil citosina
Islas CpG

 regiones de entre 0.5 y 5Kb

 preferentemente en región 5’ de genes
 ocupan~ 60% de los promotores de genes
 ~ 1% del genoma
 Metilación de ADN
Islas CpG

- en tejidos “normales” no se encuentran metiladas,

- en procesos celulares anormales como el cáncer están
metiladas (en promotores de genes implicados)

En general,

Hipermetilación silenciamiento de genes

sobre-expresión de ciertos genes

Hipometilación involucradas en procesos de
invasión y metástasis en el cáncer
 Metilación de ADN
Islas CpG

- durante el desarrollo:
la mayoría están no metiladas; sin embargo…
… algunas islas CpG en promotores están metiladas

Inactivación del cromosoma X

Imprinting genómico

- en células somáticas:
también se observo metilación tejido especifica de algunas islas CpG
(principalmente en los genes importantes en el desarrollo)
 Metilación de ADN
mediado por DNMTs

“metil-transferasas de novo”
(DNMT3A y DNMT3B)

Actúan independientemente de la
replicación

Igual preferencia por ADN sin

metilar y ADN hemimetilado
 Metilación de ADN

Mantenimiento de los
patrones

DNMT1

Actúa en la replicación
Metila ADN hemimetilado
-Unidad basica de empaquetamiento
- Regulan expresion genica
 Modificación de histonas
modificaciones post- traduccionales covalentes (en la cola Nt)

- podrían alterar la carga electrostática => cambio estructural => se

modifica la condensación cromosómica

- podrían ser sitios de unión para módulos de reconocimiento de

proteínas efectoras

Se modifica:
la expresión genética,
la reparación / reparación del ADN.
 Modificación de histonas
“codigo de histonas” (Hipotesis -Strahl and Allis 2000)

 patrones específicos de “marcas de histonas”

(combinaciones específicas de modificaciones de histonas) pueden
“leerse” como un “código”

 determina la estructura y actividad de diferentes regiones de la

cromatina

 la información contenida en estas histonas podría ser heredada

por las células hijas tras la replicación del ADN

patrones específicos de modificaciones de las histonas están presentes

en distintos tipos de células => papel clave en la determinación de la
identidad celular
 Modificación de histonas
 Metilación (de lisina y arginina)

 Acetilación (de lisina)

(neutraliza las cargas e impide que los nucleosomas se
aproximen, es decir, la cromatina se descondensa localmente)

 Fosforilación (de serina y treonina)

 Ubiquitinización (de lisina)

 Deaminación
 isomerización de prolinas
Modificación de histonas
 Modificación de histonas
 heredable, lábil

 Organización de la cromatina

 Silenciamiento de genes
(metilación de lisina: H3K9me, H3K27me)

 Activation de genes
(metilación de lisina: H3K4me,
acetilación de lisina)

 Regulado por:
HATs (Acetil-transferasas), HMTs (Metil-transferasas)
HDMs (Demetilasas), HDACs (Desacetilasas)
 Modificacion de histonas
Desacetilasas de Histonas
Acetil-transferasas de Histonas
Acetilación
(en lisinas, K)

Acetiladas  cromatina laxa

Desacetiladas  cromatina compacta

cromatina laxa  ↑ transcripción

cromatina compacta  ↓transcripción
 Modificación de histonas
Metilación
(en arginina, R o lisina, K)

No hay una correlación tan simple entre el estado de

metilación de histonas y la actividad transcripcional.
Su efecto depende del residuo modificado y de su grado
de metilación

por ejemplo:
Silenciamiento transcripcional: H3K9me, H3K27me
Activation transcripcional: H3K4me

silenciamiento
Cromatina compactada:
Histonas: Desacetiladas (por HDACs)
Desmetiladas en lisina H3K4
Metiladas en lisina H3K27
Cromatina abierta:
 ADN región promotora: no metilado
 Histonas: acetiladas
metiladas en lisina H3K4
H2A.Z
 Sin nucleosomas upstream del sitio
de inicio de la trascripción
Cromatina compactada:
ADN región promotora: metilado
Histonas: Desacetiladas
Desmetiladas en lisina H3K4
Metiladas en lisina H3K9
Modificación de histonas => Metilación del ADN

 HMTs reclutan DNMTs

Metilacion de histona H3-K9 => Metilacion de ADN
Modificación de histonas => Metilación del ADN

 HMTs y desmetilasas también influyen en los niveles de

metilación del ADN mediante la regulación de la estabilidad
de DNMT

Metilación del ADN => Modificación de histonas

 DNMTs reclutan HDACs (desacetilasas de histonas) y

proteínas de unión a metilos
Metilación de ADN => condensación de la cromatina
silenciamiento de genes

 la metilación del ADN también se puede dirigir la metilación

de H3K9 a través de proteínas efectoras
 “Variantes” de histonas
se sintetizan y se incorporan en la cromatina a lo largo del
ciclo celular (no en S)

 sufren modificaciones post-traduccionales que determinan

localización nuclear y función

H2A.Z acetilada <=> eucromatina (genes activos)

H2A.Z ubiquitinada <=> heterocromatina

están preferentemente en promotores de genes activos o genes

listos para la activación

Mecanismos:
- alteración de la estabilidad de nucleosomas (H3.3 and H2A.Z)
- protección de los genes contra la metilación del ADN (H2A.Z)
Posicionamiento de nucleosomas
En promotores de genes = posicionamiento preciso
de nucleosomas
(“cuerpo” del gen= patron relativamente aleatorio)

En regiones 5’ y 3’= regiones libres de

nucleosomas => montaje y desmontaje de la
maquinaria transcripcional

Upstream del sitio de inicio de la transcripción=

regiones libres de nucleosomas => activación

La modulación de las regiones libres de

nucleosomas está orquestada por una maquinaria
de remodelación de nucleosomas.
 miRNAs

 mecanismos epigeneticos pueden regular la

expresión de miRNAs

 miRNAs pueden modular mecanismos

epigeneticos por silenciamiento de genes de
enzimas responsables de la metilación del ADN
(DNMT3A and DNMT3B) y de modificaciones de
histonas.
 epigenoma del cáncer
- cambios globales en los patrones de metilación del
ADN y de modificación de histonas

- perfiles de expresión alterados de enzimas

modificadoras de la cromatina

Desregulación de los perfiles de expresión

Iniciación y progresión
 epigenoma del cáncer
mutaciones genéticas
epimutaciones

Silenciamiento de genes supresores de tumores

Activation de oncogenes

Iniciación

(heredables por mitosis)

Progresión
 Técnicas utilizadas en Epigenética

Enfoques para la detección de metilación del ADN

Análisis de la metilación de islas CpG

Tratamiento del ADN con bisulfito sódico

Southern blot
o
PCR específica de metilación (MSP)
o
Secuenciación
 Tratamiento del ADN con bisulfito sódico

citosina NO metilada bisulfito uracilo

desanimación

la metilación protege del cambio

5’ ACGGCTCGCGCGCA 3’
C  METILADA TRATAMIENTO CON BISULFITO

C  NO MET 5’ ACGGUTCGUGUGCA 3’
PCR

3’ TGCCAAGCACACGT 5’
5’ ACGGTTCGTGTGCA 3’
 Southern blot

MspI y HpaII reconocen la misma secuencia consenso,

HpaII no corta cuando el ADN está metilado en citosina
(sensible a metilación)

PCR específica de metilación (MSP)

diseño de primers: crítico

MethyLight o pirosecuenciacion (metodos cuantitativos)

Secuenciación

caracterización de patrones específicos de metilación

 Técnicas utilizadas en Epigenética

Enfoques para la detección de metilación del ADN

Métodos para determinar patrones de metilación del genoma

completo

 Restriction landmark genomic (RLGS)

 Amplification of intermethylated sites (AIMS)
 Differential methylation hybridization (DMH)
 methylated DNA immunoprecipitation (methyl–DIP)
 pharmacological unmasking
Enfoques para la detección de metilación del ADN
Enfoques para la detección de metilación del ADN
 Técnicas utilizadas en Epigenética

Electroforesis Capilar de Alta Resolución (HPCE)

Metilación Global de DNA

Cuantificación de modificaciones de Histonas

Enfoques para la detección de modificaciones de

histonas

HPCE
Inmunoprecipitación de Cromatina (ChIP)
ChIP-on-chip
Enfoques para la detección de modificaciones de
histonas

Inmunoprecipitación de Cromatina (ChIP)

 Impronta genética

 modificación epigenética
 expresión diferencial de uno de los alelos de un gen
expresión génica monoalélica
 el alelo expresado depende de su origen parental.
 en células somáticas

en los mamíferos, una pequeña proporción (<1%) de

los genes están “imprinteados”
 Impronta genética

Alelos “imprinteados” se silencian de manera que

sólo se expresa el alelo no “imprinteado” heredado
de la madre (por ejemplo, H19 o CDKN1C), o en
otras instancias el alelo no “imprinteado” heredado
del padre (por ejemplo, IGF-2)
 Impronta genética

 herencia independiente de la herencia mendeliana clásica

 implica la metilación y modificación de las histonas

 las marcas epigenéticas se establecen en la línea germinal

y se mantienen a lo largo de todas las células somáticas
Impronta genética
 Impronta genética

 locus susceptibles de ser alterados funcionalmente

tanto genética como epigenéticamente

enfermedades genéticas asociadas con defectos de

impronta genética:

Sindrome de Beckwith–Wiedemann
Sindrome de Silver–Russell
Sindrome de Angelman
Sindrome de Prader–Willi
 Inactivacion del X

Lionización:

fenómeno por el cual en células de un organismo con múltiples

cromosomas X aparecen los llamados Corpúsculos de Barr por
la inactivación de todos menos uno de ellos.

Corpúsculos de Barr:

- se observan en células sin división de mamíferos

- corresponden a la cromatina del cromosoma X de hembras
condensada en heterocromatina
-dicha inactivación tiene lugar debido a la metilación del ADN
- forma parte de los mecanismos de compensación de dosis
génica.
 Inactivacion del X

 tiene lugar durante la embriogénesis temprana

en general se acepta que la inactivación es al azar en

mamíferos superiores
(salvo en organismos como marsupiales donde el siempre es el de origen paterno)
 Inactivacion del X

si el cromosoma inactivado es diferente en cada célula

puede dar lugar a individuos mosaico como los gatos calico

hembra heterocigota para los alelos amarillo y

negro de un locus ligado al X.
 Inactivacion del X

 irreversible excepto en células de la línea

germinal, donde se reactiva al poco de comenzar la
meiosis, siendo ambos cromosomas completamente
activos en ovocitos tempranos

 la inactivación parece no ser completa,

explicándose así enfermedades de dosis génica
como el Síndrome de Klinefelter (XXY)
 Inactivacion del X

Mecanismo:

 un RNA no traducible, Xist, generado por el

cromosoma que se inactiva, forma un complejo con
el propio cromosoma, siendo imprescindible en el
proceso inicial de la inactivación
(pero no en el mantenimiento)

 el mantenimiento de la inactivación conlleva una

serie de mecanismos epigenéticos incluyendo
cambios en metilación de ADN y modificaciones de
histonas.
 Inactivacion del X

Mantenimiento:

 metilación del cromosoma inactivado

(tanto del gen Xist como de promotores de múltiples
genes).

 condensación característica del corpúsculo de Barr:

- escasa acetilación de sus histonas

- infrecuente metilación de la Lisina 4
- frecuente metilación de la Lisina 9 en H3

- además, interviene una histona 2A especial (H2A1)