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AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS

1. Proteínas están en todas las células


2. Cada célula tiene miles de proteínas
3. Hay proteínas de diferentes tamaños moleculares
4. La clave de la estructura de los miles de proteínas
diferentes está en sus unidades monoméricas, los
aminoácidos
5. Los aminoácidos son el alfabeto en el que está escrito
el lenguaje de la estructura proteica
6. Por permutaciones diferentes de los mismos 20
aminoácidos se pueden construir proteínas con
funciones muy diversas, entre ellas las enzimas.
7. Prácticamente todas las reacciones químicas que
ocurren en las células están catalizadas por enzimas1
Cátodo (electrodo -) Sustratos: proteínas

Ánodo (electrodo +)
W

Tríada catalítica

Quimotripsina: (F, W, Y) 2
Estructura general de un aminoácido

El carbono α es un centro quiral

3
D-aminoácidos se han encontrado en péptidos pequeños de
las paredes celulares de bacterias y en antibióticos.

El sitio activo de las enzimas es asimétrico lo que ocasiona


que las catálisis se estéreo-específica. 4
Amino ácidos: Clasificación con base en la
biodisponibilidad
Esenciales No esenciales
Arginina R Alanina A
Histidina H Asparagina R
Isoleucina I Aspartato D
Leucina L Cisteína C
Metionina M Glutámico E
Lisina K Glutamina Q
Treonina T Glicina G
Fenilalanina F Prolina P
Triptófano W Serina S
Valina V Tirosina Y 5
Amino ácidos: Clasificación con base en el grupo R

L-Tyrosine at physiological pH 6
7
Amino ácidos: Propiedades Fisicoquímicas

8
Propiedades Fisicoquímicas: Absorción de luz
ultravioleta

9
Propiedades Fisicoquímicas: Formación reversible de
un puente disulfuro

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Aminoácidos no estándar

Cólageno

Unos 300 aminácidos han sido encontrados en las células.

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Intermediarios del ciclo de la urea de la biosíntesis de Arginina
Química de ácidos y bases débiles
𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂𝐻 + 𝐻2 𝑂 ↔ 𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂 − + 𝐻2 𝑂+

𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂− [𝐻2 𝑂+ ]


𝐾=
𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂𝐻 [𝐻2 𝑂]
𝐾𝑎 = constante de disociación ácida
𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂− [𝐻 + ]
𝐾𝑎 = 𝐾[𝐻2 𝑂] =
𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂𝐻
𝐾𝑎 es un número pequeño, por lo que para obtener un número entero se
saca el (-)log y se obtiene
𝑝𝐾 = 𝑝𝐾𝑎 = −𝑙𝑜𝑔𝐾𝑎

A más ácido el compuesto, el valor de 𝐾𝑎 es más grande


A más grande el valor de la 𝐾𝑎 menor el valor del 𝑝𝐾.
Entre más bajo el valor de 𝑝𝐾 más ácido el compuesto. Hay una mayor
tendencia a donar 𝐻 + .

El 𝑝𝐾 sirve para clasificar los ácidos con base en su acidez.


Propiedades Fisicoquímicas: Los aminoácidos
pueden actuar como ácidos y como bases
Anfolitos: Electrolitos anfotéricos
pueden reaccionar ya sea como un ácido o como una base.

Medio ácido pI=6,01

Alanina

pK1=2,34 pK2=9,69

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Curvas de titulación de los aminoácidos. Glicina

pK1 y pK2 son las


regiones de máximo
poder tamponante.

El pKa es una medida de la


tendencia de un grupo
funcional a ceder un protón.
Esta tendencia disminuye en
un factor de 10 con el
incremento de una unidad en
el pKa

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Lisina (K): Cadena lateral

15
Efecto del ambiente químico sobre el pKa

El grupo carboxilo de la G es
100 veces más ácido que el
del ácido acético.
Repulsión del protón saliente
con el del grupo amino

El grupo amino es menos básico debido a que


los oxígenos atraen los electrones hacia ellos
aumentando la tendencia del grupo amino a
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ceder el protón.
Punto isoeléctrico
El punto isoeléctrico (pI) es el pH al que una molécula es
eléctricamente neutra. La forma en que se encuentra la
molécula en el punto isoeléctrico se denomina zwitterion o
forma isoeléctrica.

Aminoácidos como buffers


Grupos α amino y α carboxilo, grupos -COOH y
NH2 de las cadenas laterales

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Las curvas de titulación de los aminoácidos predicen su
carga eléctrica de los aminoácidos.

pK R: (R: cadena lateral)

pK1 + pK R pK2 + pK R
pI = pI = 18
2 2
Péptidos y proteínas. Enlace peptídico

α α

Formación del enlace peptídico por condensación.


19
EL ENLACE PEPTÍDICO ES PLANAR Y TIENE CONFIGURACIÓN TRANS

La carga eléctrica del péptido está dada por los grupos R, el carboxilo
y el amino terminal.

20
a b
Representación esquemática de un fragmento de una cadena
peptídica indicando los ángulos de torsión φ y ψ. Los ángulos
en la figura a tienen un valor de 180 grados.

En la forma eclipsada, figura b, el valor es de 0 grados. Es


decir, los dos enlaces peptídicos que rodean a un carbono alfa
se encuentran en el mismo plano. 21
Representación de Ramachandran

22
Polipéptidos como polianfolitos

pKR:4,2

pKA:2,2

pKN: 9,7

pKR:10,0

23
Polipéptidos como polianfolitos

Glu – Gly – Ala - Lys

Glu: 9,7, 2,2, 4,2


Gly: 9,6, 2,3
Ala: 9,7, 2,3
Lys: 9,0, 2,2, 10,0

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Propiedades fisicoquímicas péptidos

La propiedad GRAVY es un valor definido como la suma de los valores


de hidropatía de todos los aminoácios dividido por la longitud de la
proteína. 25
Dipéptido

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Tetrapéptido

Este péptido tiene un grupo amino y uno carboxilo terminal y


dos grupos ionizables en la cadena lateral de los residuos E y K.
Los grupos ionizados a pH 7 se muestran en rojo. 27
Pentapéptido

Serilglicilfenilalanilalanilleucina: SGFAL
28
Hay péptidos biológicamente activos de muchos
tamaños

Muchas hormonas son péptidos pequeños. La oxitocina (9 residuos),


la bradiquidina (9 residuos) evita que los tejidos se inflamen.

El factor liberador de la tirotropina (3 residuos) se sintetiza en el


hipotálamo y estimula la liberación de otra hormona, la tiroxina,
en la parte anterior de la glándula pituitaria.

Algunos péptidos son tóxicos como la amanitina, sintetizado


por algunos hongos, y otros tienen propiedades antibióticas.
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PROTEÍNAS
ADN
Replicación
Transcripción

ARN

Traducción

PROTEÍNA

•Presentes en todas las células y en todas las partes de la célula


•Hay miles de proteínas distintas con diferentes tamaños y funciones
•Presentan enorme diversidad de funciones biológicas
•Son el producto final de las rutas del flujo de información en la célula.
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Proteínas

31
Proteínas

32
Proteínas conjugadas contienen componentes químicos,
asociados permanentemente, diferentes a los aa. Estos componentes
se denominan grupos prostéticos.

Clase Grupo prostético Ejemplo


Apoproteína
Proteína sin grupo
Prostético.

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Trabajar con proteínas
Laboratorio

1. Separación y purificación
Centrifugación, filtración, diálisis, precipitación
salina, cromatografía.
2. Caracterización
3. Cuantificación

34
Extracción y purificación de
proteínas

Cromatografía

Salting out Diálisis

Separación

Extracto crudo

35
Cromatografía en columna

36
Cromatografía de intercambio iónico

Intercambiadores catiónicos
o aniónicos

37
Cromatografía de exclusión por tamaño

38
Cromatografía de afinidad

39
Tabla hipotética de purificación de una enzima

Paso Volumen Actividad Proteína Actividad específica


fracción (ml) Unidades total (mg) (unidades/mg)

1. Extracto crudo celular


2. Precipitación con
sulfato de amonio
3. Cromatografía
de intercambio iónico
4. Cromatografía
de exclusión por tamaño
5. Cromatografía de afinidad

40
Las proteínas pueden ser separadas y caracterizadas por electroforesis
Con base en su masa y su carga

μ: Movilidad electroforética
V: Velocidad de la molécula
E: Potencial eléctrico
Z: carga neta de la molécula
f: coeficiente friccional.

El desplazamiento depende de la relación carga/masa


41
Las proteínas pueden
ser visualizadas tratando el
gel con azul de Coomassie
que forma complejos con
las proteínas pero no con
el gel.

42
Estimación de la masa molecular de una proteína

La movilidad electroforética de una


proteína en un gel de poliacrilamida
con SDS es proporcional a la masa
molecular de la proteína

43
Punto isoeléctrico de algunas proteínas

44
Determinación del punto isoeléctrico de una proteína

Enfoque isoeléctrico

Los anfolitos son


moléculas que contienen
grupos ácidos y grupos
básicos (y son, por tanto,
anfóteros) existiendo
como iones dipolares en
ciertos intervalos de pH

45
Electroforesis bidimensional

46
Electroforesis bidimensional

Más de 1000 proteínas de E. coli pueden ser identificadas. 47


La cadena A es idéntica en
humanos, cerdo, perro,
conejo e insulina de
esperma de ballena. Las cadenas B de vaca, cerdo,
perro, cabra y caballo son
idénticas.

51 residuos de aa
Secuencia de la insulina bovina 48
Estructura de las proteínas

¿Qué hace que una proteína sea una enzima, una hormona, un
anticuerpo, una proteína estructural, un receptor, un canal iónico, un
canal para el flujo de agua, etc?

Proteínas con la misma secuencia provenientes de especies diferentes


tienen la misma función.

¿Es la secuencia de una proteína, fija o invariante?

La estructura primaria determinará la estructura secundaria y a su vez


la manera como se plegará la proteína en el espacio 3-D.

La estructura 3-D determina que la proteína sea funcional o no.


49
Estructura de las proteínas

50
Secuenciación de proteínas. Determinación
de estructura primaria
1. Hidrólisis ácida. Tipo y cantidad de residuos
2. Determinación del residuo N-terminal con 1,F-2,4-dinitrobenceno.
Método de Sanger
3. Degradación de Edman. Feniltiocianato +proteína ⇾ derivado
feniltioidantoina del aa + hidrólisis con HCl.
Eficiencia hasta 50 residuos.

Las proteínas largas son divididas en fragmentos pequeños y luego se


aplica Edman.
1. Ruptura de los puentes disulfuro con ditiotreitol o con ácido
perfórmico.
2. Ruptura de cadena peptídica
a) Proteasas
51
b) Bromuro de cianógeno M
Secuenciación de péptidos cortos

Marcado del aminoácido amino-terminal


Método de Sanger

1-Fluoro-2,4-dinitrobenceno

52
Identificación de aa por cromotagrafía, electroforesis
Degradación de Edman

53
Las proteínas grandes se deben fragmentar
Ruptura de puentes disulfuro en proteínas.

54
Pasos en la secuenciación de un polipéptido.
1. Purificación de la proteína.

2. Separación de las cadenas polipeptídicas. En algunos casos hay que romper


(reducir) los puentes disulfuro. Secuenciación (Edman) de cada cadena por
separado.

3. Fragmentación de polipéptidos grandes en fragmentos con < 100 residuos que


pueden secuenciarse de manera individual. Métodos químicos (bromuro de
cianógeno, lado C terminal de M) o enzimáticos (proteasas).

4. Secuenciación de cada fragmento por separado con el método de Edman.

5. Para reconstruir la secuencia del polipétido intacto se genera u conjunto de


fragamentos que se solapen con el primer conjunto de fragmentos. Todos se
secuencian.

55
Ruptura de la cadena polipeptídica con proteasas.

56
Secuenciación de proteínas grandes

1. Ruptura de puentes disulfuro


2. Ruptura de la cadena polipeptídica. Proteasas
3. Secuenciación de los péptidos. Edman
4. Ordenamiento de los fragmentos peptídicos
5. Localización de los puentes disulfuro

57
Fragmentación, secuenciación y ordenamiento de los fragmentos peptídicos

58
Síntesis de péptidos y proteínas pequeñas

9-fluorenilmetoxicarbonilo (fmoc)

Síntesis de péptidos sobre soporte polimérico insoluble

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Homología de proteínas entre especies
Proteínas homólogas son proteínas que están evolutivamente
relacionadas entre sí.
Desarrollan la misma función en diferentes especies.

Aminoácidos invariantes en amarillo

Sustituciones conservativas en azul

60
Citocromo C. ~13000 Mr, 100 residuos
Principales ramas del
árbol evolutivo eucariote
construido con base en el
número de aa diferentes en
el citcromo de especies
diferentes.
Entre el caballo y la levadura hay 48 aa diferentes
Entre el pollo y el pato solo 2.

61
Este material ha sido organizado por Martha Cecilia Daza Espinosa,
profesora de la Universidad Industrial de Santander para el curso
de Bioquímica para la carrera de Química.

La información fue tomada del libro:

David, L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of


Biochemistry. 2006. Fourth Edition. Worth Publishers.

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