Está en la página 1de 12

R ir RSTUDIO instaliavimas

Atsidarykite puslapį „The Comprehensive R Archive Networkadresu https://cran.r-project.org .

R ir RSTUDIO instaliavimas Atsidarykite puslapį „ The Comprehensive R Archive Network “ adresu <a href=https://cran.r-project.org . Spauskite nuorodą Download R for Windows ir atsidarys langas „R for Windows“. Tada spauskite nuorodą base ir atsida rys langas „R - 3.4.1 for Windows (32/64 bit)“ . Tada spauskite Download R 3.4.1 for Windows . Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite ... .exe failą ir spauskite Run, sekite n urodymus ir instaliuokite programą. Darbalaukyje turi atsirasti ženkliukas R, kas rodo sėkmingai baigtą programos instaliavimo procesą. " id="pdf-obj-0-11" src="pdf-obj-0-11.jpg">

Spauskite nuorodą Download R for Windows ir atsidarys langas „R for Windows“.

R ir RSTUDIO instaliavimas Atsidarykite puslapį „ The Comprehensive R Archive Network “ adresu <a href=https://cran.r-project.org . Spauskite nuorodą Download R for Windows ir atsidarys langas „R for Windows“. Tada spauskite nuorodą base ir atsida rys langas „R - 3.4.1 for Windows (32/64 bit)“ . Tada spauskite Download R 3.4.1 for Windows . Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite ... .exe failą ir spauskite Run, sekite n urodymus ir instaliuokite programą. Darbalaukyje turi atsirasti ženkliukas R, kas rodo sėkmingai baigtą programos instaliavimo procesą. " id="pdf-obj-0-17" src="pdf-obj-0-17.jpg">

Tada spauskite nuorodą base ir atsidarys langas „R-3.4.1 for Windows (32/64 bit)“.

R ir RSTUDIO instaliavimas Atsidarykite puslapį „ The Comprehensive R Archive Network “ adresu <a href=https://cran.r-project.org . Spauskite nuorodą Download R for Windows ir atsidarys langas „R for Windows“. Tada spauskite nuorodą base ir atsida rys langas „R - 3.4.1 for Windows (32/64 bit)“ . Tada spauskite Download R 3.4.1 for Windows . Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite ... .exe failą ir spauskite Run, sekite n urodymus ir instaliuokite programą. Darbalaukyje turi atsirasti ženkliukas R, kas rodo sėkmingai baigtą programos instaliavimo procesą. " id="pdf-obj-0-27" src="pdf-obj-0-27.jpg">

Tada spauskite Download R 3.4.1 for Windows. Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite ....exe failą ir spauskite Run, sekite nurodymus ir instaliuokite programą.

R ir RSTUDIO instaliavimas Atsidarykite puslapį „ The Comprehensive R Archive Network “ adresu <a href=https://cran.r-project.org . Spauskite nuorodą Download R for Windows ir atsidarys langas „R for Windows“. Tada spauskite nuorodą base ir atsida rys langas „R - 3.4.1 for Windows (32/64 bit)“ . Tada spauskite Download R 3.4.1 for Windows . Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite ... .exe failą ir spauskite Run, sekite n urodymus ir instaliuokite programą. Darbalaukyje turi atsirasti ženkliukas R, kas rodo sėkmingai baigtą programos instaliavimo procesą. " id="pdf-obj-0-39" src="pdf-obj-0-39.jpg">

Darbalaukyje turi atsirasti ženkliukas R, kas rodo sėkmingai baigtą programos instaliavimo procesą.

Toliau, atsidarykite puslapį „RStudio“ adresu <a href=https://www.rstudio.com . R Studio palengvina darbą su R. Toliau spauskite nuorodą Downloal RStudio ir galite pasirinkti laisvai prieinamą versiją. Toliau spauskite mygtuką DOWNLOAD ir atsidariusiame lange pasirinkite jums tinkančią RStudio versiją. " id="pdf-obj-1-2" src="pdf-obj-1-2.jpg">

Toliau, atsidarykite puslapį „RStudio“ adresu https://www.rstudio.com . RStudio palengvina darbą su R.

Toliau, atsidarykite puslapį „RStudio“ adresu <a href=https://www.rstudio.com . R Studio palengvina darbą su R. Toliau spauskite nuorodą Downloal RStudio ir galite pasirinkti laisvai prieinamą versiją. Toliau spauskite mygtuką DOWNLOAD ir atsidariusiame lange pasirinkite jums tinkančią RStudio versiją. " id="pdf-obj-1-9" src="pdf-obj-1-9.jpg">

Toliau spauskite nuorodą Downloal RStudio ir galite pasirinkti laisvai prieinamą versiją.

Toliau, atsidarykite puslapį „RStudio“ adresu <a href=https://www.rstudio.com . R Studio palengvina darbą su R. Toliau spauskite nuorodą Downloal RStudio ir galite pasirinkti laisvai prieinamą versiją. Toliau spauskite mygtuką DOWNLOAD ir atsidariusiame lange pasirinkite jums tinkančią RStudio versiją. " id="pdf-obj-1-15" src="pdf-obj-1-15.jpg">

Toliau spauskite mygtuką DOWNLOAD ir atsidariusiame lange pasirinkite jums tinkančią RStudio versiją.

Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite ... .exe failą, sekite nurodymus ir instaliuokite programą.

Kai programinė įrangą bus parsiųsta, atsidarykite

...

.exe failą, sekite nurodymus ir instaliuokite programą.

Darbas su R programa

Atsidarykite RStudio ir konsolėje pabandykite paskaičiuoti. R gali būti naudojama kaip skaičiuotuvas. # ženklas rašomas prieš komentarus. Pirmoje eilutėje užrašykite 1 pav. komentarą, spauskite ENTER. Antroje eilutėje užrašykite sąlygą ir spauskite ENTER. Programa atspausdins atsakymą.

Darbas su R programa Atsidarykite RStudio ir kon solėje pabandykite paskaičiuoti. R gali būti naudojama kaip

1 pav. Taip pat, atlikite 2 pav. užduotis:

Darbas su R programa Atsidarykite RStudio ir kon solėje pabandykite paskaičiuoti. R gali būti naudojama kaip

2 pav.

KINTAMIEJI

Kaip ir teorinėje dalyje, praktinėje dalyje kintamasis (VARIABLE) taip pat išlieka pagrindine sąvoka ir elementu. Kaip kintamieji saugomos tiek skaičių reikšmės, tiek funkcijos.

Skaičiui 4 priskirkim kintamojo vardą “pirmas_VAR. Užrašant kintamojo vardą keliais žodžiais, tarp žodžių būtina įterpti žemą liniją „_“.Atlikite 3 pav. užduotis

KINTAMIEJI Kaip ir teorinėje dalyje, p rakti nėje dalyje kintamasis (VARIABLE) taip pat išlieka pagrindine sąvoka

3 pav.

! Ar pastebėjote, kad R nespausdina kintamojo reikšmės konsolėje (trečia eilutė), kai užrašėte pirmasis_VAR <- 4, ir nesukūrė jokios išvesties, nes R daro prielaidą, kad jums ateityje reikės šio kintamojo.

Išmokome užrašyti kintamuosius. Dabar pabandykime kintamuosius sudėti. Sukurkim kintamuosius x ir y. Sudėkim x ir y, ir sukurkim naują kintamąjį z: atlikite 4 pav. užduotis.

KINTAMIEJI Kaip ir teorinėje dalyje, p rakti nėje dalyje kintamasis (VARIABLE) taip pat išlieka pagrindine sąvoka

4 pav.

! Didelis skaičiavimų su kintamaisiais privalumas yra pakartotinis naudojimas. Jei tiesiog pakeisite x reikšmę į 12, o ne 3 ir pakartosite scenarijų, z automatiškai bus atnaujintas.

R veikia su įvairiais duomenų tipais. Kai kurie iš pagrindinių tipų:

Dešimtainiai skaičiai, pvz., 9,7, Rvadinamos tiesiog skaičiais (numerics).

Natūralūs skaičiai, pavyzdžiui, 9, vadinami sveikaisiais skaičiais (integers). Sveikieji skaičiai taip pat yra skaičiai . Būlio reikšmės (TRUE arba FALSE) vadinamos loginėmis (logical). Teksto (ar eilutės) reikšmės vadinamos simboliais (characters).

Atlikite 5 pav. užduotis.

Natūralūs skaičiai, pavyzdžiui, 9, vadinami sveikaisiais skaičiais (integers) . Sveikieji skaičiai taip pat yra skaičiai 

5 pav.

! Negalima sudėti skaičių ir simbolių: atlikite 6 pav. užduotis.

Natūralūs skaičiai, pavyzdžiui, 9, vadinami sveikaisiais skaičiais (integers) . Sveikieji skaičiai taip pat yra skaičiai 

6 pav. Sudėjus x + skaičius, atsirado klaida dėl duomenų tipų neatitikimo? Galite išvengti tokių nepatogumų, prieš tai patikrinę kintamojo duomenų tipą.

Tai galite padaryti naudodami funkciją class (): atlikite 7 pav. užduotis.

Natūralūs skaičiai, pavyzdžiui, 9, vadinami sveikaisiais skaičiais (integers) . Sveikieji skaičiai taip pat yra skaičiai 

7 pav.

VEKTORIAI

Taip pat, R dirba su vektoriais. Vektoriai yra vienmatės matricos, kuriose gali būti skaičių, simbolių, loginių duomenų. Kitaip tariant, vektorius yra paprastas duomenų saugojimo įrankis. Pavyzdžiui, jūs galite išsaugoti savo kasdieninius fermento aktyvumo, ląstelių gyvybingumo ar gyvūnų fiziologinių parametrų matavimus.

Sukurkime vektorių su funkcija c( ), įterpkime vektorinius elementus, atskirtus kableliais tarp skliaustų:

atlikite 8 pav. užduotis.

VEKTORIAI Taip pat, R dirba su vektoriais. Vektoriai yra vienm atės matricos, kuriose gali būti skaičių,

8

pav.

! Atkreipkite dėmesį, kad funkcijoje c () pridedant tarpą už kablelio pagerinamas jūsų kodo įskaitomumas.

Iš eksperimento duomenų sudarykim vektorius. Tarkim, atlikom penkis eksperimentus ir matavom kaspazės-8 aktyvumą HCT116 ląstelėse, neveiktose ir veiktose vaistu 5-FU (1 ir 2 lent.).

1

lentelė. HCT116 kontrolinių ląstelių kaspazės-8 aktyvumas [SFV, santykiniai fluorescencijos vienetai]:

Eksperimento nr.

Kaspazės-8 aktyvumas, SFV

 

1

22

2

15

3

20

4

30

5

5

2

lentelė. 5-FU veiktų HCT116 ląstelių kaspazės-8 aktyvumas [SFV, santykiniai fluorescencijos vienetai]:

Eksperimento nr.

Kaspazės-8 aktyvumas, SFV

 

1

100

2

150

3

120

4

170

5

95

Sudarykim kHCT116 ir fuHCT116 vektorius: atlikite 9 pav. užduotis:

Sudarykim kHCT116 ir fuHCT116 vektorius: atlikite 9 pav. užduotis : 9 pav. ! Norėdami patikrinti vektorių

9 pav. ! Norėdami patikrinti vektorių turinį, visada galite tiesiog įvesti kintamąjį konsolėje ir paspausti Enter: atlikite 10 pav. užduotis.

Sudarykim kHCT116 ir fuHCT116 vektorius: atlikite 9 pav. užduotis : 9 pav. ! Norėdami patikrinti vektorių

10 pav. Per savaitę (penki eksperimentai) sukūrėme vektorių, kuriame užrašytas HCT116 ląstelių atsakas į poveikį. Kiekvienas vektoriaus elementas nurodo savaitės dieną nuo pirmadienio iki penktadienio, bet vektoriuje ši informacija dar nesimato.

Galite nurodyti pavadinimą vektoriui su names () funkcija: atlikite 11 pav. užduotis.

Sudarykim kHCT116 ir fuHCT116 vektorius: atlikite 9 pav. užduotis : 9 pav. ! Norėdami patikrinti vektorių

11 pav.

Jeigu pastebėjote, kad 11 pav. užduotis buvo neracionali ir varginanti, turite daug potencialo tapti puikiu duomenų analitiku . Juk reikėjo pakartotinai įvesti informaciją, pavyzdžiui, savaitės dienas. Tikrai yra efektyvesnis būdas tai padaryti . Priskirkit savaitės dienų vektorių kintamajam! Kaip jau padarėte su kHCT116 ir fuHCT116, taip pat galite sukurti kintamąjį, kuriame yra savaitės dienos. Tokiu būdu galite jį naudoti ir pakartotinai naudoti: atlikite 12 pav. užduotis.

Sudarykim kHCT116 ir fuHCT116 vektorius: atlikite 9 pav. užduotis : 9 pav. ! Norėdami patikrinti vektorių

12 pav.

Dabar, kai turite kHCT116 ir fuHCT116 vektorius, galite pradėti atlikti kai kuriuos duomenų analitinius skaičiavimus. Norite sužinoti:

  • Kiek pasikeičia fermento aktyvumas, ląsteles paveikus 5-FU?

  • Ar fermento aktyvumas panašus skirtingų eksperimentų metu?

  • Kurių ląstelių fermento aktyvumas didesnis/mažesnis? Norėdami gauti atsakymus, turite atlikti aritmetinius vektorių skaičiavimus. Sumuojant du vektorius su R, naudojama elementų suma. Pavyzdžiui, 13 pav. teiginiai yra visiškai lygiaverčiai:

Dabar, kai turite kHCT116 ir fuHCT116 vektorius, galite pradėti atlikti kai k uriuos duomenų analitinius skaičiavimus

13 pav.

Taip pat, galima atlikti veiksmus su kintamaisiais, kuriems yra priskirtas tam tikras vektorius:

Atimkime kHCT116 ir fuHCT116 vektorius, sužinosime kiek pasikeičia fermento aktyvumas, ląsteles paveikus 5-FU kiekvieno eksperimento metu: atlikite 14 pav. užduotis.

Dabar, kai turite kHCT116 ir fuHCT116 vektorius, galite pradėti atlikti kai k uriuos duomenų analitinius skaičiavimus

14 pav. ! Kintamojo pavadinime naudokite žemą liniją „_“, nenaudokite brūkšnelio „-“ simbolio, pavz.: casp-8.

Sužinokime vidutinį kaspazės-8 aktyvumo pokytį po FU poveikio. Atsakymą galim rasti naudodami dvi funkcijas: sum( ) ir mean( ). Jeigu skaičiuojame vektoriaus elementų sumą su sum(), tai vidurkį galim gauti sum() rezultatą padalinę iš elementų skaičiaus: atlikite 15 pav. užduotis.

Dabar, kai turite kHCT116 ir fuHCT116 vektorius, galite pradėti atlikti kai k uriuos duomenų analitinius skaičiavimus

15 pav.

Naudodami „>“ arba „<“ ženklus patikrinkime, ar tikrai kHCT116 ląstelių fermento aktyvumas vidutiniškai yra mažesnis nei fuHCT116 ląstelių fermento aktyvumas: atlikite 16 pav. užduotis.

Naudodami „>“ arba „<“ ženklus patikrinkime, ar tikrai kHCT116 ląstelių fermento aktyvumas vidutiniškai yra mažesnis nei

16 pav.

Atliekant statistinę analizę labai svarbu įvertinti, ar fermento aktyvumas panašus eksperimentų metu? Atsakymą galime gauti kiekvieną vektoriaus elementą atimant iš vektoriaus elementų vidurkio. Taip skaičiuojamas nuokrypis nuo vidurkio: atlikite 17 pav. užduotis.

Naudodami „>“ arba „<“ ženklus patikrinkime, ar tikrai kHCT116 ląstelių fermento aktyvumas vidutiniškai yra mažesnis nei

17 pav.

Matome, kad savaitės pabaigoje didžiausias fermento nuokrypis nuo vidurkio, todėl verta dirbti tik su tais duomenimis, kurie buvo surinkti savaitės pradžiote. Kitaip tariant, mūsų tikslas yra pasirinkti tam tikrus vektoriaus elementus. Norėdami pasirinkti vektoriaus elementus (ir vėliau matricas, duomenų rėmelius, ... ), galite naudoti kvadratinius skliaustus. Tarp skliaustų jūs nurodote, kuriuos elementus pasirinkti. Pavyzdžiui, norėdami pasirinkti trečiąjį vektoriaus elementą, įrašote kHCT116 [3]. Norėdami pasirinkti antrąjį vektoriaus elementą, įveskite kHCT116 [2]ir tt Atkreipkite dėmesį, kad pirmasis elementas vektoriuje turi indeksą 1, bet ne 0, kaip daugelyje kitų programavimo kalbų. Jei norite pasirinkti kelis elementus iš vektoriaus, jo pabaigoje galite pridėti kvadratines skliaustus. Tarp skliaustų galite nurodyti, kuriuos elementus reikia pasirinkti. Pavyzdžiui: pasirenkame antrąją ir trečiąją savaitės dienas, taigi, naudoame vektorių c (2, 3) tarp kvadratinių skliaustų. Žemiau pateiktas kodas parenka antrąjį ir trečiąjį kHCT116 elementą:

kHCT116 [c (2, 3)]

Norint pažymėti daug elementų, nepatogu naudoti vektorių c(1, 2, 3). Toks vektorius trumpinamas iki 1:3. Taigi, galim užrašyti kHCT116[1:3]. Vietoj vektoriaus elementų skaitinių verčių, galim naudoti vektoriaus elementų pavadinimus. Pavyzdžiui,

kHCT116 ["T"]

R pasirinks trečiąjį kHCT116 elementą, nes "T" yra trečiojo elemento pavadinimas.

Galite naudoti elementų pavadinimus, norėdami pasirinkti kelis elementus, pavyzdžiui:

kHCT116 [c ("A", "T")]. Atlikite 18 pav. užduotis.

18 pav. D irbdami su vektoriais, galime naudoti ir loginio lyginimo ženklus:  < mažiau 

18 pav.

Dirbdami su vektoriais, galime naudoti ir loginio lyginimo ženklus:

< mažiau

> daugiau

<= mažiau arba lygu

>= daugiau arba lygu

== lygu

!= nelygu

19 pav. komanda testuoja kaip kiekvienas vektoriaus elementas atitinka lyginimo ženklo nurodytą sąlygą TRUE arba FALSE.

18 pav. D irbdami su vektoriais, galime naudoti ir loginio lyginimo ženklus:  < mažiau 

19 pav.

Sukurkim modifikuotą kHCT116 vektorių modkHCT116, ir patikrinkime, kurios dienos kontrolinių ląstelių gyvybingumas didesnis nei savaitės visdurkis: atlikite 20 pav. užduotis.

18 pav. D irbdami su vektoriais, galime naudoti ir loginio lyginimo ženklus:  < mažiau 

20 pav.

Toliau galim R prašyti išrinkti tam tikrus skaičius, pavyzdžiui, didesnius už vidurkį. Taigi, sužinosime ne tik tas reikšmes, kurios didesnės už vidurkį, bet ir atitinkamą vektoriaus elemento skaitinę vertę. Galim pasirinkti elementus įterpdami modifikuotą vektorių tarp laužtinių skliaustų po kHCT116 vektoriaus: atlikite

  • 21 pav. užduotį.

Toliau g alim R prašyti išrinkti tam tikrus skaičius, pavyzdžiui, didesnius už vidurkį . Taigi, sužin
  • 21 pav. Kai uždarėte loginį vektorių kvadratiniuose skliaustuose, R pasirinko tik elementus, kurie atitinka

TRUE modifikuotame vektoriuje.