Leonel Álvarez comenzó su carrera en el Independiente Medellín en 1983.

También ha jugado en
el Dallas Burn de la MLS norteamericana, Veracruz de México, en el América de Cali, Atlético
Nacional, Real Valladolid de España, y en el Deportes Quindio. Obtuvo un campeonato colombiano
(1992) con el América de Cali y fue campeón de la Copa Libertadores con el Atlético Nacional en
1989 frente al Olimpia de Paraguay, partido celebrado en el estadio El Campin de Bogotá en una
final por penaltis en la cual Leonel anotó sin ser cobrador habitual el penal decisivo que le valió el
título al Atlético Nacional de Medellín.

Álvarez firmó con la Major League Soccer antes de la temporada inicial de 1996, siendo asignado al
equipo Dallas Burn. En su primer año con el equipo, Álvarez demostró claramente sus cualidades,
con tres goles marcados y cinco pases que terminaron en anotación para el equipo desde su
posición de centrocampista defensivo, lo cual le valió ser nominado uno de los mejores
mediocampistas de la liga.

Posteriormente Álvarez fue trasladado a México en 1997, donde jugó para el Veracruz. No regresó
hasta 1998, cuando rápidamente recuperó su posición inicial; Leonel se convertiría en un jugador
sumamente importante para el medio campo del Burn por los siguientes dos años, sin embargo,
finalizando en 1999 en que fue vendido al New England Revolution por Ariel Graziani. Jugaría para
el Revolution durante todo el 2001, siempre como titular, antes de que el equipo decidiera no
renovar su contrato para la temporada 2002.