Nació en la aldea de Huacarpay o Anchibamba, en el actual distrito
de Oropesa del departamento del Cuzco. Fue hija del contador español de origen vizcaíno, Antonio de Zubiaga, y de la dama cusqueña Antonia Bernales. Desde temprana edad sintió vocación religiosa, por lo que sus padres autorizaron su ingreso a un convento (1815), pero extremó las penitencias hasta caer enferma, por lo que debió retornar al hogar (1820).
En medio de la efervescencia de la guerra emancipadora, su padre
decidió volver a España, dejándola a ella y a sus hermanas en el Monasterio de la Encarnación. En esas circunstancias, se vinculó sentimentalmente con el prefecto del Cusco, generalAgustín Gamarra, con quién se casó en Zurite en 1825. Se dice que, además del amor, fue movida por el atractivo del poder. Cuando el Libertador Simón Bolívar llegó a la ciudad el 25 de junio de 1825, doña Francisca fue la encargada de ceñir en las sienes del Libertador una corona de oro, pero él mismo decidió que ella fuese la que llevara la corona.
En una carta de setiembre de 1828 del general Antonio José de
Sucre a Bolívar, se lee lo siguiente: "Antes de que olvide, le diré que Gamarra es acérrimo enemigo de usted; procuré indagar los motivos, y por un conducto muy secreto, supe que sobre su aspiración a la Presidencia, añadía como pretexto, que habiéndole hecho tantos obsequios en el Cuzco, la enamoró la mujer; que esta misma se lo ha dicho... Aunque doña Pancha es muy buena pieza y que realmente ha hecho esta declaración, no sé la verdad". Citado por Jorge Basadre.
Ganó fama de mujer valerosa al acompañar a su marido en
la expedición a Bolivia de 1828. La tradición cuenta que iba montada a caballo, armada y luciendo traje militar, y que ella misma dirigió la toma del pueblo de Paria y asistió a las conferencias que su esposo sostuvo con jefes bolivianos. Cuando Gamarra llegó a la presidencia en 1829, tuvo entonces la ocasión de disfrutar del poder a plenitud, siendo llamada “la presidenta”. También era llamada “La Mariscala”, ya que su esposo fue investido con el rango de Mariscal, apelativo que se perpetuaría.