Bioquimica de Los Procesos Metabolicos PDF

NnTeN CG / Oscar Cuamatzi Bioquimica de los Procesos Metab6licos Ras © rcs Baie oonTitulo de la obra Bioquimica de los Procesos Metabélicos Virginia Melo Ruiz Revisada por: Dr. José Maria Macarulla Gréeles Catedratico Universitario Dpto. de Bioquimica y Biologfa Molecular Facultad de Ciencias y Tecnologia Universidad del Pais Vasco EDITORIAL REVERTE, S. A. y REVERTE EDICIONES, S.A. DE C.V. Loreto, 13-15, Local B Rio Panuco 141 Col. Cuauhtémoc 08029 Barcelona C.P. 06500 México, D.F. - México Tel: (34) 93 419 33 36 Tel: (52) 55.5533.5658 Fax: (34) 93 419 51 89 Fax: (52) 55.5514.6799 E-mail: reverte @reverte.com E-mail: reverte@reverte.com.mx Internet: http//www.reverte.com Reservados todos los derechos. La reproduccién total o parcial de esta obra, por cualquier medio o procedimiento, comprendidos la reprografia y el tratamiento informético, y la distribucién de ejem- plares de ella mediante alquiler o préstamo publicos, queda rigurosamente prohibida sin la autoriza- ciGn escrita de los titulares del copyright, bajo las sanciones establecidas por las leyes. © REVERTE EDICIONES, S.A. DE C.V., 2006 Impreso en México - Printed in Mexico D.R. © Virginia Melo Ruiz y Oscar Cuamatzi Tapia 2006.INDICE ANALITICO PARTE! La energética de la vida_1 CAPITULO 1 Principios termodinémicos que sustentan el metabolismo 3 i ladmaing 5 Energia interna y estado de un sistema _6 Energia libreG 8 Primera ley de la termodindmica y entalpia_9 Entalpia_10 junda ley de la termodinamica y entropia_11 Entropia_11 Bioenergética_13 Los organismos vivos obedecen las leyes de la fisica y de la quimica 15 Algunas consideraciones bioenergéticas 16 La oxidacién como fuente de energia metabélica_16 Oxidaciones y reducciones_16 Oxidaciones biolégicas 18 ELATP como elemento de cambio energético 18 Bioquimica del ATP 21 Consumo y formacién del ATP por pasos 22 Consumo de ATP 22 Eormacién de ATP 23. Otros compuestos ricos en energia 24 Principios de la bioenergética 25noice anatimco vil ARTE IL léculas de la vida_27 Pepe Lew Formacién y estructura de las macromoléculas (biomoléculas) 29 iain baie at Estructura y enlace de los Gtomos (enlaces quimicos) 31 E inico 32 Enlace covalente 33 Puentes de hidrdg: geno 33 Polaridad di . 3 Polaridad de (6 35 Naturaleza de las moléculas biolégicas_35 'Sintesis de moléculas pequefias 36 ‘Sintes: culos 38 Requerimientos para la biosintesis de macromoléculas_39 Clasificacién de las moléculas segén su funcién 39 Carbohidratos: estructura y funcién biolégica_41 Enlace glucosidico 44 = Casfiencian bea 9 Dock . icidos. 53 Oligosacaridos 56 Estabilidad y formacién del enlace glucosidico 56 Glucosaminoglucanos 68 Glucoproteinas_71 Proteoglucanos_73 Proteinas: estructura y funcién biolégica_75 Unidades estructurales de las proteinas_78 Propiedades generales de los aminodcidos de las proteinas 79 Estereoquimica de los a-aminodcidos 81 Copyrighted materialEnlaces peptidicos y estructura de los péptidos 86 Segmentos de conformacién de las cadenas polipeptidicas 88 Niveles de estructura en las proteinas_91 te a ic fe ema 91 jaturalizacién de las proteinas_ 98 Importancia de las = pein 100 ie Esfin, olipic Funciones pie. eleeapal Tos Sloss 1 Glicerofosfolipidos 128 | 129 PARTE Ill integrecion de presale metabélicos 133 Dinencon Bhi las, ca sme ‘las anabélicas 139 ylacién 508 ficos_141 Caracteristicas rincipales de las vias metabélicas 142 Copyrighted materialforce anauimico Compartimentacién de las vias metabélicas a nivel subcelular_143 Principales vias metabélicas: una breve introduccién 144 Glucélisis: ruta central del catabolismo de la glucosa_147 Fases de la glucdlisis 150 Primera fase de la glucélisis (fase preparatoria) 151 Segunda fase de la glucélisis (fase productora de energia) 155 Reduccién del piruvato a lactato 159 i 2 ica 160 Via de las pentosas fosfato (via del fosfogluconato, via alternativa del monofosfato de hexosa) 161 Funciones de la via de las pentosas fosfato 166 Glucogénesis 169 Glucogenélisis_177 Eficiencia energética del glucégeno 181 Gluconeogénesis_183 Formacién de fosfoenolpiruvato a partir del piruvato, via oxalacetato 187 Ci ido citrica 196 Destino metabélico del piruvato 197 Ciclo del dcido citrico (antecedentes historicos)_199 Concepto y localizacién celular del ciclo del acido citrico 201 Funciones principales del ciclo del dcido citrico 201 Panorama general del ciclo del acido citrico 203 Desarrollo de las foses en el ciclo del dcido citrica 204 Introduccién y pérdida de dos étomos de carbono 204 Regeneracién del oxalacetato 207 Rendimiento energético del ciclo del dcido citrico 211 Cadena respiratoria y fosforilacién oxidativa 213 Componentes que intervienen en el transporte de electrones 214 Secuencia de la cadena respiratoria 221 Cambios en el estado redox de los componentes en la cadena respiratoria 224 Variaciones de energia libre en la transferencia de electrones 224 Cabciasarasiaes. 235 Mecanismo de bombeo de protones_227 Relacién ADP/O 230xi [noice ANALiTICO CAPITULO 15 Metabolismo de los compuestos nitrogenados 231 Fijacién del nitrégeno (empleo de amonio) 234 Costo energético de la reduccién del N, 235 Vias centrales del metabolismo de los aminoacids 236 woe Sea 5 Sat 1. Adquisicién del primer Gtomo de nitrégeno de la urea 244 2. Condensacién del carbamilfosfato con la ornitina 244 3. Condensacién de la citrulina con el aspartato 245 4, _Ruptura del dcido argininsuccinico 246 5.__Escisién de la arginina_247 CAPITULO 16 _Biosintesis y degradacién de aminodcidos 251 Cael PRaaden G58 Balance total de la degradacién de los aminodcidos 264 Biosintesis de los aminodcidos no esenciales 266 Biosintesis de los aminodcidos esenciales 274 Regulacién alostérica en la biosintesis de los aminodcidos 277 CAPITULO 17 Metabolismo de los lipidos_279 Ab: distribucién y activacién de los dcidos grasos 282 Oxidacién de los dcidos grasos 285 Boxidacién en las mitocondrias 285 Segunda fase de la oxidacién 290 Energética de la Boxidacién 290 ccoxidacién de acidos grasos_ 291 Qoxidacién de dcidos grasos_ 292 Oxidacién de los dcidos grasos insaturados 292 Oxidacién de los cidos grasos de ndmero impar de dtomos de carbono 294 Cetogénesis 296 Sintesis de los dcidos grasos 298 Biosintesis de palmitato a partir de acetilCoA 298 Biosintesis de triacilgliceroles 304 Biosintesis del colesterol y sus intermediarios metabélicos 307 Energética para la formacién del colesterol 314 Metabolismo de las lipoproteinas_315thoice anatinico xi 3. Niacina 326 4. Acido pantoténico 328 5. Piridoxina 329 6_Cobalamina 331 7. Acido félico 333 a Aci is 488 Vitaminas liposolubles 337 2. Vitamina D340 3. Vitamina E 342 4. Vitamina K 343 BIBLIOGRAFIA 345 iNDICE ALFABETICO 349PARTE LA ENERGETICA DE LA VIDACapitulo PRINCIPIOS TERMODINAMICOS QUE _ SUSTENTAN EL METABOLISMO TERMODINAMICA ENERGIA INTERNA Y ESTADO DE UN SISTEMA Enercia usre G PRIMERA LEY DE LA TERMODINAMICA Y ENTALPIA ENTALPIA SEGUNDA LEY DE LA TERMODINAMICA Y ENTROPIA ENTROPIA‘TERMODINAMICA Una célula viva es una estructura dinémica, crece, se mueve y sintetiza macromoléculas complejas y traslada selectivamente sustancias dentro y fuera de la célula o entre sus compartimentos. Toda esta actividad requiere energfa, por lo que toda célula debe obtenerla de sus alrededores y gastarla de la manera mis eficiente posible.” Las macromoléculas de todos los tipos son ensambladas a partir de materias primas, se producen y excretan productos de desecho, fluyen instrucciones genéticas desde el niicleo hasta el cito- plasma, las vesiculas se mueven desde el complejo Golgi hacia la membrana plasmitica, los iones son bombeados a través de las membranas celulares y asi sucesivamente.”! Para el mantenimiento de todas estas estructuras y funciones celulares, que estén mucho més organizadas que el entorno, y Ja produccidn de nuevos materiales celulares, la célula requiere energia.“” Cada una de las reacciones celulares ademds de requerir energia implica una transferencia de materia y de energia. La transferencia de materia es intuitiva, est4 representada por el movimiento de los étomos entre los compuestos quimicos que reaccionan; estos movimientos son representados por los acostumbrados simbolos quimicos. La transferencia de energia en las reacciones quimicas es menos intuitiva, y esta informacién no se expresa con simbolos quimicos.”8 La energia se define como la capacidad para hacer trabajo, o sea, capacidad para cambiar 0 mover alguna cosa. La energia resulta familiar bajo formas diversas, por ejemplo, energia eléctrica, mecénica, quimica, calorifica y luminosa. Se sabe que pueden interconvertirse las diferentes formas de energia. Un motor eléctrico transforma la energia eléctrica en energia mecénica, una bateria transforma la energia quimica en energia eléctrica y una maquina de vapor convierte el calor en energia mecé- nica. Ademis, las diferentes formas de energfa se hallan relacionadas entre si cuantitativamente.* Una comprensién cuantitativa de la transferencia de energia es necesaria para determinar el por qué una reaccién se efectia en una direccién en particular en un tubo de ensayo y por qué no lo hace en una célula viva. TERMODINAMICA La termodindmica (del griego: therme, calor + dynamis, potencia) es la rama de la ciencia fisica que se refiere a los cambios de energia.’* Constituye una descripcién maravillosa de las relaciones existentes entre las diversas formas de la energia y cémo ésta afecta a la materia en lo macroscépico, en oposicién al nivel molecular; es decir, trata con cantidades de materia lo suficientemente grandes Para que sus propiedades medias, tales como la temperatura y la presi6n, puedan definirse bien. Los principios basicos de la termodindmica se desarrollaron en realidad en el siglo XIX, antes de que la teoria atémica de la materia hubiese sido aceptada de un modo general.*! En su forma original se desarrollé como una herramienta conceptual para poder comprender las méquinas y los procesos de ingenieria. Los principios de la termodindmica proporcionan una herramienta de trabajo rigurosa para el andlisis de todos los procesos en los cuales se evan a cabo transformaciones de energia.® La termodindmica clisica s6lo es aplicable a los sistemas aislados cerrados; por otro lado, los sistemas més interesantes desde el punto de vista termodinémico son los sistemas cerrados. PorPRINCIPIOS TERMOOINAMICOS QUE SUSTENTAN EL METABOLISMO 6 consiguiente, a menos que se indique otra cosa, los sistemas que se estudiarin siempre son los sistemas cerrados; sin embargo los seres vivos son sistemas abiertos, puesto que existe transferencia de materia con su entorno aunque no se alcanza nunca el equilibrio.> Con el conocimiento de la termodindmica, podemos determinar si es posible que tenga lugar un determinado proceso fisico. La termodindmica es, por tanto, esencial para la comprensién de por qué las macromoléculas se pliegan para adoptar sus conformaciones nativas, cémo estiin proyecta- das las rutas metabélicas, por qué las moléculas atraviesan las membranas bioldgicas, cémo generan los miisculos la fuerza mecénica y asf sucesivamente.*! En termodinémica se define un sistema como la parte del universo que interesa y que se elige estudiar, Puede tratarse de una célula bacteriana, una placa Petri que contenga nutrientes y millones de células, todo el laboratorio en donde se encuentra la placa, la tierra o el universo entero. Un sistema debe tener unos limites definidos, pero por lo demds hay pocas restricciones. El resto del universo fuera del sistema es el entorno. Los sistemas pueden ser: Sistema aislado: Es aque| rodeado por una frontera que impide el intercambio de energia, en cualesquiera de sus formas, y de materia con el medio. Sistema cerrado: No permite el intercambio de materia pero si de energia con el medio. Sistema abierto: Es aquel que permite el intercambio tanto de materia como de energia con el medio. Los organismos vivos, que capturan nutrientes, liberan productos de desecho y generan trabajo y calor, constituyen ejemplos de sistemas abiertos. Si se hallara un organismo confinado en el interior de un recipiente perfectamente aislado, constituirfa, junto con el recipiente, un sistema cerrado! ENERGIA INTERNA Y ESTADO DE UN SISTEMA Todo sistema contiene cierta cantidad de energia interna que se indica con el simbolo E. Se entien- de como energfa interna la energfa cinética de movimiento asi como la energfa de vibraciGn y rota- cidn que contienen los étomos y las moléculas del sistema. Se incluye ademés toda la energfa almacenada en los enlaces quimicos existentes entre los dtomos y la energia de las interacciones no covalentes entre las moléculas. De hecho se debe incluir todo tipo de energia que pueda modificarse por procesos quimicos o fisicos no nucleares. El estado termodindmico se define mediante la indi- cacién de las cantidades de todas las sustancias presentes y dos, cualesquiera que sea, de las tres variables de estado siguientes: la temperatura (7), la presiGn sobre el sistema (P), y el volumen del sistema (V). Salvo que un sistema esté aislado, puede intercambiar energia con sus alrededores y modifi- car, por tanto, su energia interna; se define este cambio como AB. Este intercambio sdlo puede producirse de dos formas: en la primera se puede transferir calor a un sistema desde él, en el segun-7 [ENERGIA INTERNA Y ESTADO DE UN SISTEMA do, el sistema puede realizar un trabajo sobre su entorno o hacer que se realice un trabajo sobre él. El trabajo puede adoptar muchas formas, en un érgano, en una bateria, en una célula; en cualquiera que sea el caso, se ejerce una fuerza contra una resistencia para producir un desplazamiento; por ejemplo, el levantamiento de un peso mediante la contraccién de un mdisculo, asi se realiza trabajo. Cabe recordar en este punto las dos formas de energia stil que existen: El calor y el trabajo no son propiedades del sistema, pero se puede considerar como energia en transito |a energia entre el sistema y su entorno. Las formas de intercambio de energia se pueden. describir de la siguiente manera: Cuando se ingiere un alimento, como la glucosa, se metaboliza y finalmente es oxidado hasta CO, y agua. La oxidacién de un gramo de glucosa se asocia con un cambio de energia definido, AE, y parte de la energia liberada est4 disponible para su uso. Parte de esta energia disponible se gasta para generar calor y otra parte en varias otras clases de trabajo.” En termodindmica es posible describir la transicién de un estado a otro en términos de las siguientes funciones termodindmicas de estado: Las funciones termodindmicas de estado son aquellas magnitudes cuyas variaciones tnica- mente dependen del estado inicial y final, siendo independientes del camino seguido."* Todas Jas anteriores son funciones de estado, En casi todos los casos es muy dificil, sino imposible, medir los valores reales de E, H, §'0 G, y por tanto, la termodindmica estudia més bien los cambios (A representa cambios finitos) en las funciones de estado: AE, AH, AS y AG.PRINCIPIOS TERMOOINAMICOS GUE SUSTENTAN EL. METABOLISMO 8 El contenido total de energia del sistema antes que haya ocurrido reaccién alguna, es el estado inicial, mientras que el contenido energético después de producido el proceso que interesa analizar, seri el estado final. Cuando el sistema cursé desde el estado inicial al final, puede liberar energia al medio o tomarla de él, Desde el punto de vista termodindmico, interesa la diferencia de energia entre el estado inicial y el final, no el mecanismo por el cual se desarrolla el proceso. Esa diferencia serd la misma cualesquiera que sean las etapas 0 vias utilizadas durante la reaccién.” Para el caso general de estado inicial hacia el estado final, el cambio siempre se expresa como el valor del estado final menos el del estado inicial (Ef ~ Ei).® ENerGia uBrE G Es la magnitud termodinamica (funcién de estado), que incluye la entalpia y la entropii donde H es la entalpia, S es la entropia y T es la temperatura absoluta. En las condiciones en las cuales se desenvuelven los organismos vivientes, las reacciones quimicas se realizan en un medio en el cual la temperatura y la presién se mantienen constantes. Sélo una fraccién de la energia liberada en los procesos bioquimicos es disponible para realizar trabajo de algin tipo. A esta frac- ci6n se le llama energia libre y se simboliza con la letra G, (en honor de J. W. Gibbs)” La energia libre de Gibbs es la funcién termodindmica mas importante usada en bioquimica.*> Esta funcién G recibié el adecuado nombre de energia libre porque una reduccién de su valor de un estado a otro (Gf — Gi) es una medida de la maxima cantidad de energia potencialmente disponible para realizar trabajo ttil, cuando el cambio tiene lugar en las condiciones de T y P constantes. Existen otras interpretaciones de la funcién de energia libre; una de particular utilidad para los sistemas quimicos es que la energia libre es una propiedad termodindmica relacionada de modo directo con la energia quimica total del sistema y por tanto, con la estabilidad quimica del sistema.* El cambio de energia libre (AG) de un proceso, como una reaccién quimica, tiene en cuenta los cambios de entalpia y de entropia e indica si el proceso esté termodinémicamente favorecido a una temperatura dada. Este cambio de energia libre es una medida de la energia disponible para trabajar dentro de un sistema; la capacidad de un sistema para efectuar un trabajo disminuye a medida que se aproxima al equilibrio; en el equilibrio no hay energia disponible para realizar ningiin trabajo. El cambio de energia libre es una funcién de estado termodindmica que define la condici6n de equilibrio en términos de entalpia y entropia del sistema a presién constante. Como Ia entalpia refleja la primera ley de la termodindémica y la entropia es una propiedad de la segunda ley, el concepto de energia libre une las dos leyes de la termodindmica. AG es una funcién prictica, ya que se puede determinar a través de mediciones del sistema aislado. Si el signo AG para un proceso es negativo, el proceso es espontineo, esto es, se puede llevar ‘a.cabo en ausencia de energia proporcionada por el exterior del sistema. Estos procesos son exergé- nicos. Si el signo de AG es positivo, el proceso no puede tener lugar espontiineamente; para que este proceso se lleve a cabo se debe suministrar suficiente energia externa para que el cambio de energia libre tenga signo negativo. Los procesos con un cambio de energia libre con signo positivo son en- dergénicos, lo cual es una forma de decir que el proceso inverso es favorecido termodindmicamente.”>© PRIMERA LEY DE LA TERMODINAMICA Y ENTALPIA PRIMERA LEY DE LA TERMODINAMICA Y ENTALPIA En cualquier transformaci6n fisica o quimica la cantidad total de energia del universo permanece constante. Esta primera ley establece que la energia del universo, el sistema més su entorno, es constante. No puede haber un cambio de energia en el universo.”* En pocas palabras, la energia no se puede crear ni destruir; sin embargo, se puede convertir (transformar) de una forma a otra; las células son capaces de transformar energia. La energia quimica presente en los polisacéridos y grasas almacenados se emplea sobre todo para efectuar reacciones quimicas que requieren energia, pero también se convierte en energia me- cénica cuando los orgdnulos se desplazan de un lugar a otro dentro de la célula; a energia quimica cuando se libera calor durante la contraccién muscular o a energia eléctrica cuando fluyen los iones a través de una membrana.*! Asi, cualquiera que sea la clase de energia que se emplee para efectuar un trabajo 0 que se transforme de una clase a otra, la cantidad total de la energia permanece invariable.** Cuando una cantidad de energia en una forma se pierde, aparece una cantidad exactamente equivalente de energia en otra forma. Un sistema a una temperatura y con una cantidad definida de masa tiene una cantidad de energia interna definida E. Sin embargo, lo que la primera ley no explica es si un proceso natural en un sistema, por ejemplo una reaccién de una via metabélica, se puede realizar por si misma en una direccién dada. La mayoria de los sistemas metabélicos funcionan a temperatura, presién y volumen casi constantes; por ello el trabajo, entendido como “cambio de volumen o de presién”, no se considera biolégicamente util. La primera ley de la termodindmica se expresa bajo la siguiente ecuaci6n: AE=q-w Esta ecuacién, que es valida para todos los procesos, expresa la primera ley de la termodinamica, donde g es la energia calorifica y w el trabajo. La ecuaci6n precedente indica que la cantidad de trabajo realizado y de calor intercambiado pueden variar durante una transformacién particular, pero la diferencia entre estas dos cantidades cuantificables no varia?! Considérese un proceso bioquimico en el cual la energia del exterior del sistema se emplea para convertir dos sustratos (A + B) en dos productos (C + D). Energia +A +B<>C+DPRINCIPIOS TERMODINAMICOS QUE SUSTENTAN EL METABOLISMO 10 La energia absorbida en la reaccién directa es exactamente igual a la energia liberada en la reacci6n inversa. El cambio en energfa interna del sistema, AE, antes y después del proceso se puede expresar como AE = q—w, en donde g es el calor que el sistema absorbe de su entorno y w se define como el trabajo hecho por el sistema sobre su entorno. Los términos q y w no son funciones de estado, ya que son dependientes de lo que ocurre cuando el sistema va de su estado inicial hacia su estado final.” Consideremos un ejemplo més, un proceso en el que el sistema absorbe una determinada cantidad de calor, al tiempo que realiza una cantidad exactamente equivalente de trabajo sobre su entomno. En este caso tanto q como w son positivos, y g = w, por lo que AE = 0. Esto concuerda con lo que dice el sentido comin: si ha entrado una determinada cantidad de energfa en forma de calor y ha salido una cantidad igual en forma de trabajo, la energia existente en el interior del sistema no habré cambiado..” ENtaLPia Cualquier combinacién de funciones de estado debe ser también una funcién de estado. La entalpia (del griego enthalpein, calentar el interior), contenido calorifico de un sistema, es una de estas combinaciones. Se define por: H=E+PV En la que Ves el volumen del sistema y P es su presién. La entalpia es una magnitud particularmente conveniente para describir sistemas bioldgicos y resulta ser, a una presién constante, una condicién tipica de la mayor parte de los procesos bioquimicos. La variacién de entalpia entre los estados inicial y final de un proceso, AH constituye una medida facil del calor que se produce o absorbe.5! El cambio AH depende tan solo de los estados inicial y final del proceso para el que se calcula, Para las reacciones a presi6n constante, AH se define de la siguiente forma: AH = AE + PAV Cuando el calor de una reaccién se mide a presién constante, lo que se determina es AH. En la mayorfa de los libros de bioquimica, los cambios de energia se encontrardn casi siempre en forma de valores de AH.” El cambio de entalpfa ocurrido en una reaccién dada sera denominado entalpia de reaccién. Si en el transcurso de la reaccién se libera calor, el proceso se llama exotérmico y AH es negativo; si en el transcurso de la reaccién se absorbe calor del exterior el proceso se llama endotérmico y AH resulta positivo."1 Entropia SEGUNDA LEY DE LA TERMODINAMICA Y ENTROPIA Todos los cambios fisicos 0 quimicos tienden a evolucionar en la direccién en la que la energia titil experimente una degradacién irreversible hacia una forma al azar y desordenada. En esencia esta ley establece que, durante cualquier cambio fisico o quimico, una cierta cantidad de energia se transforma en una forma de energia desordenada llamada entropia S; es decir, si tun proceso se genera de manera espontinea, la entropia total de un sistema debe aumentar, y esta entropia es incapaz de realizar trabajo en su medio.* De otra manera, en cualquier proceso quimico o fisico, la entropia “el desorden energético” del universo tiende a aumentar, Esta segunda ley de la termodindmica también dice que los procesos son termodindmicamente favorables, siendo una caracteristica de estos su irreversibilidad. Un cubo de hielo en un vaso de agua a temperatura ambiente continuard fundiéndose, “no hay forma alguna de invertir este proceso sin aplicar cambios importantes en las condiciones utilizadas”, Pero sf existe una forma reversible de fundir el hielo: ponerlo en contacto con agua a cero grados centigrados. En ese caso la adicién de un poco de calor produciré un poco de fusién y la extraccién de un poco de calor hard que se congele un poco de agua. Un proceso reversible como la fusién del hielo a cero grados centgrados esti casi siempre en equilibrio. Los procesos irreversibles descritos se producen cuando los sistemas se sittian muy lejos de un estado de equilibrio. Luego ellos se dirigen hacia un estado de equilibrio.” ENTROPIA Se establece dentro de esta ley el criterio de espontaneidad, que no indica necesariamente que el proceso sea répido. En todo proceso espontineo la entropfa del universo, 0 sea, el sistema més su entorno, se incrementa. La entropia entonces se puede considerar como una medida de desorden 0 de lo aleatorio. Si bien, el cambio neto en entropfa para todo el proceso es positivo, la entropfa de un sistema definido, por ejemplo de una célula, puede disminuir, con tal de que el aumento en el orden del sistema se sobrecompense por un incremento en la entropia del entorno. Para cualquier cam de un sistema, la entropia del universo, “sistema mds su entorno”, debe aumentar. La tendencia hacia el incremento de la entropfa actéa como una fuerza que dirige los sistemas hacia el equilibrio. Puesto que los seres vivos no modifican su orden interno cuando metabolizan sus alimentos, sino que mAs bien aumentan su complejidad y ordenamiento conforme realizan sus procesos metabolicos, se puede considerar que la entropia del medio ambiente de los seres vivos es la que se incrementa durante el proceso vital. El metabolismo mantiene el orden estructural del organismo, extrayendo la energfa libre de los alimentos y liberando calor (energfa indtil), el cual aumenta el desorden del medio; es asf como los organismos vivos satisfacen la segunda ley de la termodindmica.PRINCIPIOS TERMODINAMICOS QUE SUSTENTAN EL METABOLISMO 12 En los sistemas metabdlicos, las fuerzas de la entropfa son contrarrestadas por los procesos celulares creadores de orden. Las vias metablicas se desarrollan en un estado estable que esti lejos del estado de equilibrio. Por ejemplo: en la oxidacién de la glucosa la entropia no s6lo es un estado 0 condicién de la energia sino también de la materia. Los organismos aerobios extraen energia libre de la glucosa obtenida de su entorno. Para obtener esta energia oxidan la glucosa con el oxigeno molecular que también obtienen de su entomo. Los productos finales del metabolismo de oxidacién de la glucosa son CO, y H,O, que se devuelven también al entorno. En este proceso los alrededores han experi- mentado un incremento de entropia mientras que el propio organismo permanece en estado estacio- nario y no experimenta ningiin cambio en su orden interno. Aunque algo de la entropia procede de la disipacién del calor, puede provenir también de otra clase de desorden del que puede constituir un ejemplo la ecuacién de la oxidacién de la glucosa en los organismos: C,H,,0, + 60, > 6CO, + 6H,0. TercERA Ley DE LA TERMODINAMICA A Ia temperatura de cero absoluto (°K) los cristales perfectos poseen entropia cero. De acuerdo a lo anterior se concluye que la entropfa de cada compuesto aumenta solamente con la temperatura.Capitulo BIOENERGETICA Los ORGANISMOS VIVOS OBEDECEN LAS LEYES DE LA FISICA Y DE LA QUIMICA JALGUNAS CONSIDERACIONES BIOENERGETICAS 1. La oxidacién como fuente de energia metabélica 1.1 Oxidaciones y reducciones 1.2 Oxidaciones biolégicas Et ATP como ELEMENTO DE CAMBIO ENERGETICO Bioquimica pet ATP CONSUMO Y FORMACION DEL ATP Por PASOS 1. Consumo de ATP 1.1 Primeras etapas de la degradacién de nutrientes 1.2 Interconversién de nucledsidos trifosfatos 1.3 Procesos fisiolégicos 1.4 Rotura de otros fosfoanhidridos en reacciones altamente endergénicas 2. Formacién de ATP 2.1 Fosforilacién a nivel del sustrato 2.2 Fosforilacién oxidativa y fotofosforilacién 2.3 Reaccién de la adenilatocinasa Orros COMPUESTOS RICOS EN ENERGIA PRINCIPIOS DE LA BIOENERGETICA15 Los ORGANISMOS VIVOS OBEDECEN LAS LEYES DE LA FISICA Y DE LA QUIMICA La bioenergética es el estudio de los cambios de energia que acompafian a los procesos biolégicos, relacién que ayuda a entender las complejidades de! metabolismo,° Estudia también el procesamiento, el consumo de energia dentro de los sistemas biol6gicos, la transformacién y el empleo de Ja energia por las células vivientes.>* Proporciona los principios que explican por qué algunas reacciones pueden producirse mientras que otras no. Los sistemas no biolégicos pueden utilizar la energia calorifica para realizar trabajo, pero los sistemas biolégicos son esencialmente isotérmicos y emplean la energia quimica para impulsar los procesos vitales.”* Los ORGANISMOS VIVOS OBEDECEN LAS LEYES DE LA FISICA Y DE LA QUIMICA Los compuestos biol6gicos estn construidos a partir de los mismos elementos que se encuentran en otras moléculas, pero el predominio de algunos elementos en las células difiere marcadamente de su abundancia en la tierra. El agua es un componente importante de las células y a ella se debe el alto porcentaje (en peso) de oxigeno. El carbono es mucho més abundante en los organismos vivos que enel resto del universo, y algunos elementos como el silicio y el aluminio s6lo existen en trazas en las células y el hierro requerido solamente se absorbe en pequefias cantidades por el organismo, aunque sea muy abundante en la tierra. Los organismos vivos no se encuentran en equilibrio, por el contrario, requieren un aporte continuo de energia libre para mantener en orden el universo orientado hacia el maximo desorden. El metabolismo es el proceso global a través del cual los seres vivos adquieren y utilizan energia libre para realizar sus diferentes funciones. “Este proceso se realiza acoplando las reacciones exer- g6nicas de oxidacién de nutrientes a los procesos endergénicos necesarios para mantener el estado vital”! De esta manera los procesos como la sintesis de componentes celulares, el transporte de sustancias a través de la membrana contra gradientes de concentracién, la contraccién muscular, el movimiento de los cilios y los flagelos y muchas otras funciones mAs, s6lo pueden Ilevarse a cabo si se suministra la energia necesaria. En diltima instancia, la energia para los procesos biolégicos procede del sol. La energfa luminica puede ser capturada por pigmentos existentes en los vegetales y en algunos microorganismos y transformarse mediante la fotosintesis en otras formas de energia, principalmente quimica, utiliza- ble para la sintesis de sus propios componentes (hidratos de carbono, lipidos, proteinas, entre otros) a partir de sustancias muy simples del medio (CO,, H,O, N,, NH, NO;); estos organismos son llamados autotrofos. El resto de los seres vivientes necesita incorporar moléculas complejas ya elaboradas, estos organismos se denominan quimiotrofos, pues utilizan la energia quimica conteni- da en esas moléculas para la elaboracién de otros compuestos. Tanto Ia transformacién de la energfa luminica en los seres fototrofos, como el aprovecha- miento de la energia quimica por los quimiotrofos, exige la formacién de compuestos intermediarios especiales, de alto contenido energético, los cuales actian como reservorios y transportadores de la energfa a utilizar en la realizaci6n de trabajo (quimico, osmético y mecénico) en la célula.BioeNenaenica 16 Se trata del principal compuesto intermediario rico en energia, es el adenosina trifosfato (ATP); funciona repetidamente como un reactive comtin que vincula los procesos endergénicos a otros que son exergénicos.’ Este compuesto forma parte de un grupo de compuestos “ricos en energia” o “de alto contenido energético”; reciben dicha denominacién debido a que presentan una gran disminuci6n de energia libre cuando sufren reacciones de hidrélisis. Por lo general son inestables a los dcidos, Alcalis 0 el calor.'* AALGUNAS CONSIDERACIONES BIOENERGETICAS I. La oxidacién como fuente de energia metabélica Antes de entrar en detalle con los compuestos que cuentan con alto contenido energético como el ATP y con los transportadores de electrones intermediarios, como el NAD*, que se revisarin més adelante, es conveniente recordar que, en muchos de los sistemas vivos, la mayor parte de la energia necesaria para las reacciones de biosintesis procede de Ia oxidacién de los sustratos orginicos.*” El oxigeno, que es el aceptor tiltimo de electrones para los organismos aerobios, es un oxidante potente y tiene una intensa tendencia a atraer electrones, quedando reducido en el proceso. Dada esta tendencia y la abundancia de oxigeno en nuestra atmésfera, no es de extraflar que los sistemas vivos hayan adquirido la capacidad de obtener energia a partir de la oxidaci6n de los sustratos organicos. 1.1 Oxidaciones y reducciones Las reacciones de oxidacién-reduccién son procesos en los que se pierden y se ganan electrones. En la mayor parte de las reacciones “redox” de las vias metabolicas, se rompen enlaces C—H, de forma que el étomo de C pierde los dos electrones del enlace que son captados por un aceptor como el NAD* (figura 2.1). Es ttil visualizar la rotura redox del enlace C—H como una transferencia de ion hidruro, como muestra el esquema siguiente de un alcohol por el NAD*: En los organismos aerdbicos, el aceptor tiltimo de los pares de electrones cedidos en la oxida- cidn de los metabolitos es el oxigeno molecular (O,). Se ha de tener en cuenta que esta molécula es una especie dirradical, en estado fundamental, cuyos electrones desapareados tienen espines paralelos. Las normas de apareamiento de electrones (Principio de exclusién de Pauli) dictan que el oxigeno slo puede aceptar electrones desapareados; es decir, que los electrones deben ser transferidos al O, de uno en uno (al contrario de los procesos redox, en los que se transfiere un par de electrones). Los metabolitos ceden los electrones de dos en dos a la cadena de transporte electréni- co, que los transfiere a su vez de uno en uno al O,. Esto se realiza mediante enzimas conjugadas que poseen estados de oxidacién de radical estable y que pueden experimentar reacciones redox de uno y dos electrones.*!7 ALGUNAS CONSIDERACIONES BIOENERGETICAS H ° cr "1 oN B:+ NH, Base General NAD’ I R rer) & 5; Va NH, B-H + ore + R I NADH Acido Cetona 7 General Figura 2.1 Rotura redox del enlace C—H. A continuacién se presentan cuatro tipos diferentes de reacciones de dxido-reduccién: PRIMERO. Los clectrones pueden ser transferidos directamente del donador al aceptor. Por ejemplo, la siguiente ecuacién muestra una reaccién de 6xido-reduccién donde se transfiere un electrén desde el hierro ferroso de una proteina llamada citocromo b al hierro férrico del citocromo c: Citocromo b (Fe**) + citocromo ¢ (Fe***) <—> citocromo b (Fe***) + citocromo c (Fe"*) El citocromo b es el agente reductor y el citocromo ¢ es el agente oxidante. Los citocromos son proteinas que contienen hierro formando un complejo con el grupo hem, y pueden participar en las reacciones de transferencia de los electrones. SEGUNDO. Los electrones pueden ser transferidos con protones en un proceso formalmente equivalente a la transferencia de étomos de hidrégeno: A+2H* +2e°— AH, A representa al agente oxidante o aceptor de electrones. La reduccién de FAD es un ejemplo de una sustancia que sufre reduccién por el equivalente de dos protones y dos electrones o lo que es lo mismo, dos Stomos de hidrégeno. TERCERO. Los electrones pueden ser transferidos como ion hidruro (H-), como se muestra a continuacién: NAD* +H > NADHBioeNneraeTica 18 CUARTO. Puede haber una reacci6n directa entre un reductor (AH) y el oxigeno molecular, pudiendo ser de esta forma: AH +O, + BH, > AOH + H,0 +B. Las reacciones de Gxido-reduccién tienen lugar simulténeamente y no puede transcurrir una sin la otra.“ 1,2 Oxidaciones biolégicas En un sentido termodindmico, la oxidaci6n biol6gica de los sustratos orgdnicos es comparable a las oxidaciones no bioldgicas como la combustién de la madera. La liberaci6n de energia libre es la misma tanto si nos referimos a la oxidacién del polimero de celulosa en un incendio forestal, como si habléramos de la combusti6n de la glucosa en un calorimetro o de la oxidacién metabilica de la glucosa: C,H),0,+ 60, > 6CO, +6H,0 AG = -2870 kI/mol Las oxidaciones biolégicas son mucho més complejas que los procesos de combusti6n. Cuan- do se quema madera, toda la energfa se libera en forma de calor, y no se puede realizar un trabajo Util. En cambio en las oxidaciones bioldgicas las reacciones de oxidacién se producen sin que haya un aumento importante de la temperatura y con la captura de parte de la energfa libre en forma de energia quimica. Esta captura de energia se produce en gran parte a través de la sintesis de ATP, el cual proporciona energia para el trabajo biolégico.*” Et ATP como ELEMENTO DE CAMBIO ENERGETICO Después de haber expuesto algunos principios fundamentales de las variaciones de energia en los sistemas quimicos se pueden examinar los ciclos de la energfa en las células. Las células heterotré- ficas obtienen su energia libre en forma quimica a partir de la degradacién (catabolismo) de las moléculas nutrientes, particularmente de los carbohidratos y las grasas y emplean esa energia para: 1. Simtetizar biomoléculas a partir de precursores més pequetios 2. Efectuar trabajo mecdnico, como en la contraccién muscular 3. Transportar biomoléculas o iones a través de las membranas en sentido de las con- centraciones crecientes contra gradiente.** EL ATP es un nuclestido que consta de una adenina, una ribosa y una unidad trifosfato. La forma activa del ATP es normalmente un complejo del ATP con Mg”* 0 Mn’*; su estructura sera19 EL ATP COMO ELEMENTO DE CAMBIO ENERGETICO Figura 2.2 Estructura del ATP, ADP y AMP. Los grupos fosfato del ATP se representan por 7, B y 0; tal como se muestra. El grupo fosfato terminal puede transferirse enzimaticamente a diversos aceptores de fosfato. A pH 7.0 los grupos fosfato se hallan completamente ionizados.* detallada mas adelante. Tanto el ATP como sus productos de la hidrdlisis sucesiva, ADP y AMP son nuclestidos. Estos nuclestidos estan constituidos por una base heterociclica de purina o de pirimidi- na, un azticar de cinco carbonos y uno o mas grupos fosfato. En el ATP, ADP y AMP, la base es la purina adenina y el azticar de 5 carbonos es la D-ribosa (figura 2.2). Al considerar el papel del ATP como el de un transportador de energia se debe resaltar su grupo trifosfato. El ATP es una molécula rica en energia por que su unidad trifosfato contiene dos enlaces anhfdrido fosférico.” Por su naturaleza, el ATP es la molécula central del flujo de energia quimica en las células vivas, pues se forma para almacenar energfa y se degrada para transferirla.* Enel ATP los enlaces anhidrido fosférico entre los restos fosforilo segundo y tercero y primero y segundo tienen alta energfa libre de hidrélisis (figura 2.3). ADENOSINA — 0 -| o-t=0 ° o-v=0 ° o-v=0 ° Figura 2.3 Forma iénica de ATP predominante a pH 7.0a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.21 Broauimica oe. ATP La degradacién de ATP —> ADP implica pérdida del grupo fosfato 7 terminal del ATP; la sintesis de ADP —> ATP restablece dicho fosfato terminal. Sin embargo, esta interconvencién equi vale tan solo a la mitad de la descripcién. El resto consiste en la energética de los procesos. Al respecto, el hecho es que el ATP es una molécula menos estable que el ADP y el Pi.® Por tanto, el ATP representa un estado de energia mas elevado que el ADP y el Pi. Bioquimica pe. ATP Desde el punto de vista metabélico, por lo general, la forma activa del ATP es su sal de magnesio MgATP*, El ion magnesio divalente forma un complejo con los étomos de oxigeno cargados negativamente, presentes en el extremo trifosfato. Aunque la estructura parece compleja, slo se necesita enfocar, al inicio, en el extremo trifosfato, ya que éste es la parte de la molécula que lleva a cabo os cambios estructurales durante la gran cantidad de reacciones en las que participa el trifosfato de adenosina.™* EL ATP consta de un resto de adenosina, como se mencioné anteriormente, al que se encuentran unidos secuencialmente tres grupos fosforilo (-PO3-), mediante un enlace fosfodiéster, seguidos de dos enlaces fosfoanhidrido. El adenosinadifosfato (ADP) y el 5’-adenosina monofosfato (AMP) tiene una estructura similar pero presentan tan s6lo dos y una unidades fosforilo respectivamente.*! Sin embargo, la energia potencial relativamente alta, la cual se tora accesible durante la hidrdlisis de las dos unidades fosfoanhidrido terminales, es una propiedad de la reaccién como un todo, y no se confiere s6lo a la unién fosfato que se rompe durante la hidrélisis.* légico, 7.0, tanto el ATP como el ADP se encuentran en forma de aniones, con carga negativa miiltiple, ATP y ADP* ya que sus grupos fosfato se hallan ionizados casi completamente aeste pH.™ En general, el ATP puede considerarse un trifosfato de nuclestido altamente reactivo. Por una parte, el nucledsido capacita a la molécula para reconocer y fijarse a enzimas especificas, por otro lado, el brazo de trifosfatos confiere a la molécula su reactividad quimica. Asi la funcidn del ATP debe interpretarse como si se incrementara la reactividad quimica de los diversos sustratos que fosforila, aunque sea muy transitoriamente. Se puede seguir utilizando el lenguaje de fosfato de alta energia cuando se describe la funcién metabélica general del ATP, pero con precau- cién, ya que hay mas moléculas que alcanzan este estado de energia superior. Los procesos que suministran energia producen ATP, y los que la requieren utilican ATP.” En estos sistemas biol6gicos el ATP se usa como el principal donador inmediato de energia libre, no como una forma de almacenamiento a largo plazo de la energia libre. En una célula tipica, cada molécula de ATP se consume dentro del minuto siguiente a su formacién. El recambio de ATP es muy répido, Un ser humano en reposo consume unos 40 kg de ATP en 24 horas.” La hidrdlisis del ATP es en extremo exergénica, (tabla 2.1), tiene valores de AG° = —31 ki/mol,.” en condiciones esténdar y bajo condiciones celulares lo es ain més, debido en parte a la disminu- ci6n que resulta en la repulsién electrostatica entre los dtomos de oxigeno, cargados negativamente, del grupo trifosfoanhidrido del ATP. La magnitud de la repulsién electrostatica a su vez es afectada por el pH, los cambios en el alteran los estados iénicos de todos los reactantes y productos de la reaccién, y afectan en forma notoria la energia libre de la hidrélisis, A pH elevado, cuando los grupos ionizables estén relativamente disociados, se incrementa la repulsién electrostitica.”*BioeNeRGeTica 22 Cosa) ogc) Tabla 2.1 Energias libres de hidrélisis de algunos compuestos fosforilados. CoNnsuMO Y FORMACION DEL ATP por PASOS I. Consumo de ATP 1.1 Primeras etapas de la degradaciOn de Nutrientes mmm La hidrélisis exergénica del ATP a ADP puede estar acoplada enziméticamente a la reaccién ender- génica de fosforilacién para formar compuestos de fosfato de “baja energia”. Un ejemplo puede ser la formacién de la glucosa 6-fosfato catalizada por la hexoquinasa; o bien, la fosforilacién de la fructosa 6-fosfato catalizada por la fosfofructocinasa para formar fructosa 1-6-bifosfato. 1.2 Interconversién de nucledsidos trifOsfat0S mee Muchos procesos biosintéticos, como la sintesis de proteinas y dcidos nucleicos, requieren nucle6- sidos trifosfatos distintos del ATP. Estos incluyen los ribonucleésidos trifosfatos CTP, GTP y UTP, que junto con el ATP, se utilizan, por ejemplo en la biosintesis de RNA y los desoxirribonucledsidos trifosfatos precursores del DNA, dATP, dCTP, dGTP y dTTP. Todos estos nucledsidos trifosfatos (NTP's) se sintetizan a partir del ATP y del correspondiente nucledsido trifosfato (NTP) en reacciones catalizadas por el enzima inespecifico nucledsido difosfato cinasa. 1.3 Procesos fisiolbgicOS mmm La hidrolisis del ATP a ADP y Pi proporciona energia a muchos procesos fisiolégicos endergénicos esenciales, como la contraccién muscular y el transporte de moléculas e iones en contra de gradientes de concentracién. En general, estos procesos son el resultado de cambios conformacionales de proteinas (enzima), que se mencionaran mas adelante, que tienen lugar como respuesta a la unién del ATP y que23 ‘Consumo ¥ FORMACION DEL ATP POR PASOS son seguidos por la hidrélisis de ATP y la liberacién de ADP y Pi, haciendo asi que estos procesos sean unidireccionales (irreversibles). 1.4 Rotura de otros fosfoanhidridos en reacciones altamente ENACT ZONICAS ummm Aunque en muchas de las reacciones en las que participa el ATP, se forma ADP y Pi, (rotura ortofosfatolitica), otras producen AMP y PPi (rotura pirofosfatolitica). En estas tiltimas, el PPi, se hidroliza répidamente a 2Pi, por accién de la pirofosfatasa inorgé- nica (AG*’ = ~33.5 kJ/mol”), de forma que la rotura pirofosfatolitica del ATP da lugar en tltimo término a la hidrdlisis de dos enlaces fosfoanhidrido de “alta energia”. La rotura pirofosfatolitica no es por sf sola lo bastante exergénica como para completar totalmente la reaccién de activacién de los cidos grasos, por ejemplo. Sin embargo, esta reaccién se hace irreversible al ser impulsada termodindmicamente por la hidrdlisis de PPi. 2. Formacién de ATP Para completar su funcién como intermediario metabélico, el ATP debe ser regenerado. Esto se consigue a través de tres procesos. 2.1 Fosforilacidn a nivel del SUStratO ----s:m-smensnneen EL ATP puede formarse a partir de fosfoenolpiruvato, por transferencia directa de un grupo fosforilo de un compuesto de “alta energia” al ADP. Tales reacciones que se denominan fosforilaciones al nivel de sustrato, tienen lugar sobre todo en las primeras etapas del metabolismo de los carbohidratos. 2.2 Fosforilacién oxidativa y fotofOsfOrilaciOn mmm Tanto el metabolismo oxidativo como Ia fotosintesis generan un gradiente de concentracién de protones (H*) a través de una membrana. La descarga de este gradiente se encuentra acoplada enzi- miticamente a la formacién de ATP a partir de ADP y Pi (el proceso inverso a la hidrélisis de ATP). En el metabolismo oxidativo, este proceso se denomina fosforilacién oxidativa, mientras que en la fotosintesis se llama fotofosforilacién. La mayor parte del ATP producido por los organismos que respiran y por los fotosintéticos se genera de esta manera. 2.3 Reacci6n de la adenilato cinasa El AMP resultante de la rotura pirofosfatolitica del ATP se transforma en ADP, en una reaccién catalizada por el enzima adenilato cinasa: AMP + ATP <—> 2ADP_BioeNeRGeTica 24 EI ADP seguidamente se transforma en ATP a través de la fosforilaci6n a nivel del sustrato, la fosforilacién oxidativa o la fotofosforilacién.*' OTROS COMPUESTOS RICOS EN ENERGIA Ademiés del ATP existen otros compuestos con potenciales de transferencia de grupos fosfato signi- ficativamente mayores que el del ATP, pero poseen influencias desestabilizadoras adicionales como son: 1. Acilfosfatos El Acido 1,3-bisfosfoglicérico es un ejemplo de un acilfosfato. Su energia libre estindar de hidrdlisis es de ~11.8 kcal/mol. La tensién de enlace en el acil fosfato es un factor importante que contribuye a la gran energia libre estindar negativa de hidrélisis de este grupo de compuestos. Puede considerarse también que el enlace C = O del grupo acil fosfato tiene un caracter polar considerable, debido a la tendencia de los electrones del doble enlace a aproximarse al oxigeno electronegativo.' La hidrolisis de acilfosfatos (anhidridos mixtos fosférico-carboxilicos) como el acetilfosfato y cl 1,3-bisfosfoglicerato Esta impulsada por los mismos efectos de competencia por resonancia y solvatacién diferen- cial que actiian en la hidrdlisis de fosfoanhidridos. 2. Enolfosfatos El elevado potencial de transferencia de grupos fosfato de los enolfosfatos, como el fosfoenolpiruvato, deriva de que el enol, producto de su hidrélisis, es menos estable que su tautémero (compuesto cuya estructura difiere marcadamente en la disposicién de sus dtomos; en general difieren en la posicién de un atomo de H y en los enlaces correspondientes, pero ambos pueden existir en un equilibrio rapido y facil), °° ceto.’! 3. Fosfoguanidinas Los elevados potenciales de transferencia de fosfato de las fosfoguanidinas, como la fosfocreatina y la fosfoarginina, son el resultado, en gran parte, de la competencia de resonancia (es una propiedad quimica en donde una molécula se puede representar por dos o mas estructuras que solo difieren en el ordenamiento de los electrones, esto es, mediante estructuras que presentan el mismo ordenamiento de los niicleos atémicos),®° en sus grupos guanidino, que son atin més pronunciadas que en el grupo fosfato de los fosfoanhidridos.*!25 PRINCIPIOS DE LA BIOENERGETICA Son tres las fuentes principales de ~P que toman parte en la conservacién o captura de la energia: 1. Fosforilacién oxidativa A pesar de que fue mencionada anteriormente en la formacién de ATP, cabe sefialar que es la fuente cuantitativa mayor de ~P en los organismos aerobios. La energia libre para conducir este proceso procede de la oxidacién de la cadena respiratoria dentro de las mitocondrias. 2. Glucdlisis Hay una formacién neta de dos ~P como resultado de la formacién de lactato a partir de una molécula de glucosa, generadas en dos reacciones catalizadas por la fosfoglicerato cinasa y la piru- vatocinasa, respectivamente. 3. Ciclo del dcido citrico En el ciclo se genera un ~P directamente en el paso catalizado por la succiniltiocinasa. En resumen, el ATP es un compuesto intermedio capaz de participar en muchas reacciones acopadas, como con los alimentos para obtener energia de los mismos; y con mecanismos fisiolégi- cos diversos, para ceder esta energia, que les permitira levar acabo su funcién. Por eso se ha llamado al ATP la moneda de energia del organismo, que se gana y gasta una y otra vez.”* a PRINCIPIOS DE LA BIOENERGETICA Después de haber revisado el panorama general y los principios basicos para el estudio del metabolismo de los diferentes componentes celulares, s6lo queda por revisar el precepto general para usar el nimero de enlaces de alta energia y se denomina los cinco principios de la Bioenergetica. La aplicacién de estos principios simplifica en forma notable el estudio de la bioquimica. PRINCIPIO 1. Cuando se tiene un niimero igual de enlaces ricos en energia en los reactantes y los productos, la reaccién de transferencia es isoergénica funcionalmente y puede proceder en cualquier direccién: ATP + creatina =———* ADP + fosfato de creatina Enlaces de alta energia 2 0 1 1 ELATP contiene dos enlaces de anhidrido simples que en la naturaleza son ricos en energia, el ADP tiene un enlace anhidrido simple y el fosfato de creatina contiene una unién P-H rica en energia (fosforoamidato). E| ntimero de enlaces con elevado potencial de transferencia de grupos de lado izquierdo (reactantes) de la ecuacién es igual a los del lado derecho (productos). La reac- cién puede proceder en cualquier sentido, dependiendo de las condiciones fisiolégicas. Cuando la concentracién de ADP aumenta, por desaparicién del ATP, entonces la fosfocreatina reacciona con el ADP para regenerar ATP. Cuando aumenta la cantidad de ATP, entonces la creatina se fosforilaBioeNenceTiCa 26 para producir fosfato de creatina, La funcién del fosfato de creatina en las células es mantener una relacién elevada de ATP respecto a ADP. PRINCIPIO 2. Cuando el ntimero de enlaces de alta energfa es mayor en los reactantes que en los productos, la reaccién es exergénica, el cambio de energia libre es negativo (AG < 0) y la conver- sién de reactantes a productos resulta favorecida; la reaccién catalizada por la hexocinasa es un ejemplo: ATP +glucosa ~————* ADP + glucosa 6-fosfato Enlaces de alta energia 2 0 1 0 El ATP contiene dos enlaces de alta energia y el ADP solo uno. La glucosa 6-fosfato es un éster que por su naturaleza es escaso en energia. La reaccién hacia los productos se ve favorecida en éste y en todos los casos andlogos, y la reaccién en sentido contrario no tiene lugar en cantidades significativas fisiolégicamente. PRINCIPIO 3. Cuando el ntimero de enlaces de alta energia es mayor en los productos que en los reactantes, la reacciGn es endergénica, (AG > 0), y es favorecida la conversién de productos a reactantes. Un ejemplo es la sintesis de uridina difosfoglucolsa (UDPG): UTP + glucosa 1-fosfato <=——* UDP — glucosa + PP! Enlaces dealtaenergla 2 0 2 1 EI UTP, igual que el ATP, contiene dos enlaces de alta energia; la glucosa 1-fosfato contiene un enlace de baja energfa. La UDP-glucosa contiene dos enlaces de alta energfa (el fosfato anhidrido y el enlace difosfato-glucosidico), y el pirofosfato contiene un enlace de alta energia, el anhidrido. Esta reaccién es endergénica y favorece la formacién de reactantes a partir de los productos. PRINCIPIO 4. Cuando el niimero de enlaces escasos en energfa en los reactantes y los productos de las reacciones de las transferasas es el mismo (no hay enlaces ricos en energia), la reacci6n es funcionalmente isoergénica y puede proceder en cualquier direccién. La intervencién de la glucosa 6-fosfato y la glucosa 1-fosfato, (ambos compuestos de baja energia), catalizada por la fosfoglucomutasa, es un ejemplo de este principio: Glucosa 6-fosfato ~=———* _Giucosa 1-fosfato Enlaces de baja energia 1 1 La reaccién de la fosfoglucomutasa es perfectamente reversible. La direccién de la reaccién depende de la concentracién de los reactantes y productos. PRINCIPIO 5. La hidrolisis de compuestos ricos 0 escasos en energia es exergénica y favorecida en forma termodindmica.PARTE LAS MOLECULAS DE LA VIDA FORMACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (BIOMOLECULAS) (CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA PROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA ENZIMAS: CONCEPTOS BASICOS Y CINETICA NOQuU bo Lipios: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICACapitulo FoRMACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (BIOMOLECULAS) Quimica BAsica EsTRUCTURA Y ENLACE DE LOS ATOMOS (ENLACES QuiMICOS) 1. Enlace iénico 2. Enlace covalente 3. Puentes de hidrégeno 4. Fuerzas de Van der Waals PoLARIDAD DE LOS ENLACES PoLAarIDAD DE LAS MOLECULAS INATURALEZA DE LAS MOLECULAS BIOLOGICAS 1. Hidrocarburos 2. Grupos funcionales SiNTESIS DE MOLECULAS PEQUENAS 1. Sintesis de monémeros y estructura Sintesis DE MACROMOLECULAS REQUERIMIENTOS PARA LA BIOSINTESIS DE MACROMOLECULAS CLASIFICACION DE LAS MOLECULAS BIOLOGICAS SEGUN SU FUNCION 1. Macromoléculas 2. Elementos unitarios para construir macromoléculas 3. Intermediarios metabélicos (metabolitos) 4. Moléculas con diversas funciones31 ‘Quimica BAsica Existen muchas semejanzas en la composicién qufmica de las diferentes especies animales y de las plantas. Por ejemplo, todas las moléculas de proteina en todas las especies vivientes estén constituidas por el mismo conjunto de 20 aminodcidos. Andlogamente, todos los dicidos nucleicos de todas las especies estan constituidos por los mismos conjuntos de nuclestidos.* Los organismos dependen de las macromoléculas para la realizacién de los importantes pro- esos vitales de catdlisis enzimdtica, provisién de materiales estructurales, almacenamiento de energia y manejo de informacién. Aunque todas las células tienen proteinas, écidos nucleicos, polisacéridos y lipidos construidos todos conforme al mismo plan quimico, los tipos particulares de macromolé- culas son altamente especificos para cada especie individual.” Para la construccién de estas macro- moléculas es necesario reconocer la existencia de las bases quimicas para la formacién de los mo- némeros esenciales y la forma como estos se van enlazando para la formacién de una molécula pequefia y posteriormente de una macromolécula. Los elementos quimicos naturales posibles son 103, algunos muy inestables,'° pero solamente 27 de ellos son esenciales para las diferentes formas de vida. La mayor parte de los elementos que aparecen en la materia viva poseen nimeros atémicos relativamente bajos; solamente tres de ellos poseen ntimeros atémicos mayores de 34. Ademés, la distribucién de los elementos que se encuentra en los organismos vivos no se halla en la misma proporcidn en la que aparecen en la corteza terrestre, Los cuatro elementos més abundantes en los organismos vivos, referido al porcentaje del ntimero total de détomos, son el hidrégeno, el oxigeno, el carbono y el nitrégeno; en conjunto constituyen el 99% de la masa de la mayor parte de las células. Tres de estos elementos, el hidrége- no, nitrégeno y carbono, aparecen con mucha mayor abundancia en la materia viva que en la corteza terrestre. La diferencia entre la composicién elemental de la corteza terrestre y de la materia viva es ain més notable cuando se considera la composicién en peso seco o porcién s6lida de la materia viva; es decir, excluyendo su contenido en agua que es de alrededor del 75%. El carbono constituye del 50 al 60% del residuo sdlido de la materia de las células vivas, el nitrégeno entre el 8 y el 10%, el oxigeno entre el 25 y el 30% y el hidrégeno casi del 3 al 4%. Contrasta con estas cifras que el carbono, hidrégeno y nitrégeno, juntos no Heguen a constituir el 1% de la masa de la corteza terrestre. Pero por otra parte, ocho de los diez elementos més abundantes del cuerpo humano se hallan entre los diez elementos més abundantes en el agua del mar.** Quimica BASICA Se revisarén algunos de los elementos quimicos basicos para entender posteriormente la formacién de las moléculas (macro y micro), la solubilidad e insolubilidad en el agua de los diferentes nutrientes. Estructura y enlace de los dtomos (enlaces quimicos) Un dtomo consta de un micleo interior rodeado de electrones. Los nticleos estén compuestos por protones y neutrones, Cada prot6n tiene una carga positiva sencilla. El ntimero de protones en unFORMACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (BIOMOLECULAS) 32 tomo en particular, llamado mimero atémico, determina la naturaleza quimica de este atomo. Los neutrones no tienen carga, pero los electrones que se encuentran rodeando al micleo, tienen cada uno una carga negativa sencilla. Generalmente, el niimero de electrones en un étomo en particular, es idéntico al numero de protones, por tanto el atomo no tiene carga eléctrica global.'" Los electrones se situan en distintas regiones, llamadas orbitales; estos orbitales son la region en el espacio en la que es probable que se encuentre un electron. Los hay de diferentes tipos, tamafios y formas estando dispuestos en torno al niicleo de maneras especificas. La adicién de uno o més electrones en un dtomo en particular produce una carga negativa, mientras que la pérdida de uno 0 més electrones produce una carga positiva, Los atomos con una carga neta negativa o positiva se llaman iones, la conversién de un étomo neutro (0 molécula), en uno con carga, se lama ionizacién.'® Los enlaces quimicos (las fuerzas que mantienen unidos a los dtomos de una molécula), que se estudiara son los siguientes: enlace iénico, enlace covalente, puente de hidrégeno y fuerzas de Van der Waals. Fo Enlace iOnico sme —nremee seme ot eco ae Es la fuerza de atraccién entre los iones de carga opuesta que los mantiene unidos en un compuesto iénico. Resulta de la transferencia de electrones, como por ejemplo, en la formacién de fluoruro de litio, Un dtomo de litio tiene dos electrones en su capa interna y uno en su capa externa 0 de valencia; la pérdida de un electron dejaria al litio con una sola capa completa de dos electrones (figura 3.1). Un étomo de flior tiene dos electrones en su capa interna y siete en su capa de valenci la ganancia de un electron daria al flor una capa externa completa de ocho electrones. El fluoruro de litio se forma por la transferencia de un electron del litio al flor, el litio tiene ahora una carga positiva, y el fluor, una carga negativa.°° Como resultado de esta transferencia, uno de los étomos es catién con carga positiva mientras que el otro es un anién con carga negativa. Pérdida de & Me 2-1 —————> us Ganancia de € 2 7—> Fee —— Fr 3.1. Enlace ionico para la formacién de fluoruro de litio.33 ‘Quimica BAsICA En los compuestos iénicos no solo hay dos, sino muchos iones, y por tanto, en el enlace iénico, la fuerza de atraccién entre los iones es muy fuerte. 2. Enlace covalente Se forma cuando los atomos comparten sus electrones. La unidad mas pequefia de un compuesto covalente formada por este enlace es una molécula, Los compuestos que tienen enlaces covalentes tienen propiedades diferentes a las de los compuestos que tienen enlaces iénicos. La molécula de hidrégeno (H,), es un ejemplo sencillo de un compuesto covalente. El tomo de hidrégeno aislado solo tiene un electron de valencia; al compartir este electron de valencia con ‘otro dtomo de hidrégeno, los dos completan su primer nivel principal de energia y la molécula alcanza una configuracién estable. @ ©O-€®@ ‘Atomo de hidrégeno + Atomo de hidrégeno —————» Una manera de representar la molécula de H, es permitir que las orbitales 1s de ambos se solapen y formen una nueva region en el espacio (orbital) que contenga ambos electrones de enlace. Ahora estos electrones con carga negativa atraen a los dos nticleos con carga positiva y mantienen unida a la molécula."° 3. Puentes de hidrégeno Se forman cuando un dtomo de hidrégeno que esta enlazado con un atomo de alta electronegatividad se enlaza parcialmente con otro tomo electronegativo. En el caso del agua, estos enlaces de hidré- geno mantienen juntas a dos o més moléculas, formando cadenas o grupos. Este tipo de enlace es mucho mis débil que el covalente (figura 3.2). En este enlace el tomo de hidrégeno no esta coloca- do en el centro exacto de los dos atomos de oxigeno electronegativos en las dos moléculas de agua. Los atomos de hidrdgeno del agua, alcohol, acidos orginicos y grupos amino pueden partici- IN SS= Le nenwsvneinn Figura 3.2 Los puentes de hidrogeno son mucho més debiles que los enlaces covalentes.FORMACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (BIOMOLECULAS) ca par en los puentes de hidrégeno. Los puentes de hidrégeno pueden formarse entre dos moléculas de agua 4. Fuerzas de Van der Waals Son aquellas fuerzas que existen entre las moléculas de un compuesto no polar, puesto que aun estas sustancias se pueden solidificar. En este tipo de enlaces, cada dtomo tiene con respecto a otros con los que no esté unido —ya sea en otra molécula o en otra parte de la misma—, un tamaiio efectivo, conocido como su radio de Van der Waals. A medida que se acercan dos étomos no enlazados, aumenta la atraccién entre ellos, que llega al mximo justamente cuando se tocan, es decir, cuando la distancia entre los niicleos es igual a la suma de los radios de Van der Waals de ambos dtomos (figura 3.3). Si son forzados a juntarse atin mas, la atracci6n es rapidamente reempla- zada por repulsién de Van der Waals, de modo que los dtomos no enlazados aceptan juntarse, pero evitan vigorosamente una aproximaci6n excesiva. Estas fuerzas son de alcance muy corto, sélo actiian entre las partes de moléculas diferentes que estén en contacto intimo, es decir, entre sus superficies. Polaridad de los enlaces Aparte de las propiedades ya descritas, algunos enlaces covalentes tienen otra: la polaridad. Dos dtomos unidos por un enlace covalente comparten electrones, y sus nticleos se mantienen en la misma nube electrénica. Pero en la mayoria de los casos, estos nticleos no comparten los electrones por igual; la nube es més densa en torno a un étomo que en torno al otro. En consecuencia, un extremo del enlace es relativamente negativo, y el otro, relativamente positivo, es decir, se forma un polo negativo y otro positivo. Se dice que este es un enlace polar, o que tiene polaridad. Se puede indicar la polaridad empleando los simbolos 8, y 6, que indican cargas parciales + y—.y se dice delta més y delta menos (figura 3.4). Atracci6n de ambas moléculas -__ (dipole) Figura 3.3 A pesar de que los dipolos momenténeos y los inducidos, cambian constantemente, resulta una atraccién neta entre ambas moléculas. ee H-F AW se & HoH oH oH OH Figura 3.4 Enlaces polares.35 INATURALEZA DE LAS MOLECULAS BIOLOGICAS Cabe esperar que un enlace covalente sea polar si une dtomos que difieren en su tendencia a atraer electrones, es decir, que difieren en electronegatividad. Es mas, cuanto mayor sea la diferencia en electronegatividad, mas polar sera el enlace. Polaridad de las moléculas Una molécula es polar cuando el centro de la carga negativa no coincide con el de la positiva. Tal molécula constituye un dipolo: dos cargas iguales y opuestas separadas en el espacio. A menudo se utiliza el simbolo +> para caracterizar un dipolo, en el que la flecha apunta desde el extremo positivo hacia el negativo. La molécula tiene un momento dipolar j1, que es igual a Ia magnitud de la carga, e, multiplicada por la distancia, d, entre los centros de las cargas.*° INaTURALEZA DE LAS MOLECULAS BIOLOGICAS La mayor parte de los organismos es agua. Si se evapora el agua, gran parte del peso seco consta de moléculas que contienen étomos de hidrégeno. Cuando se descubrié esto se pens6 que las molécu- las que contienen carbono sélo estaban presentes en los organismos vivos y por lo tanto se las denominé moléculas orgénicas, para distinguirlas de las moléculas inorgénicas observadas en el mundo inanimado. Conforme los quimicos aprendieron a sintetizar mas y mas moléculas compuestas de carbono en el laboratorio, se perdié la mistica relacionada con los compuestos orginicos. Los compuestos producidos por organismos vivientes se denominan bioquimicos. La cualidad esencial del carbono que le permite desempefiar este papel es el increible nimero de moléculas que puede formar. El étomo de carbono posce cuatro electrones en su capa externa y por lo tanto puede enlazarse a otros cuatro dtomos. Ademis, cada atomo de carbono puede formar enlaces con otros atomos de carbono y de esta manera construir moléculas con esqueletos que contienen largas cadenas de atomos de carbono. Los esqueletos de carbono pueden ser lineales, ramificados 0 ciclicos. Tanto el tamaiio, como la estructura electronica del carbono le confieren caracteristicas particularmente adecuadas para generar numerosas moléculas, de las cuales se conocen varios cientos de miles." Para entender la naturaleza de las moléculas bioldgicas se debe revisar el grupo mas simple de moléculas organicas, los hidrocarburos. 1. Hidrocarburos ‘Son compuestos orgdnicos que sélo contienen dos elementos, hidrégeno y carbono. De acuerdo con su estructura se dividen en dos clases principales: aliféticos y arométicos. Los primeros se subdivi- den en familias: alcanos, alquenos, alquinos y sus andlogos ciclicos (cicloalcanos y otros).FORMACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (BOMOLECULAS) EI miembro mas simple de la familia de los alcanos, y de hecho uno de los compuestos organicos mas simples, es el metano CH,. Conforme se afiaden més étomos de carbono, el esqueleto de las moléculas orgénicas aumenta de longitud, y su estructura es cada vez més compleja. Los hidrocarburos pueden existir de formas diversas, por ejemplo, el butano (C,Hjo), puede existir como butano o isobutano, con diferente configuracién en el espacio y por lo tanto, propiedades diferentes entre si. A estas moléculas que tienen la misma formula, pero estructuras diferentes se dice que son isémeros estructurales entre si. 2. Grupos funcionales Las reacciones bioquimicas comprenden enlaces quimicos especificos 0 partes de una molécula. Las moléculas organicas de importancia biolégica contienen cadenas de dtomos de carbono, como los hidrocarburos, pero en las cuales ciertos étomos de hidrdgeno son sustituidos por diferentes grupos funcionales. Estos son agrupamientos particulares de dtomos y casi siempre se comportan como una unidad y confieren a las moléculas orgdnicas sus propiedades fisicas, reactividad quimica y solubilidad en solucién acuosa.*' Estos sitios de reactividad, 0 grupos funcionales, se pueden clasificar en unos pocos tipos comunes (figura 3.5).”* Dos de las uniones mas frecuentes entre grupos funcionales son los enlaces éster, que se forman entre dcidos carboxilicos y alcoholes, los enlaces amida, formados entre dcidos carboxilicos y aminas y los enlaces amino entre dcidos carboxilicos y amino, ambos radicales unidos al carbono asimétrico a. Sintesis de moléculas pequerias Las moléculas mas caracteristicas de las células son grandes y complicadas. Sin embargo, todas ellas se construyen enlazando entre si unidades monoméricas en diversas combinaciones. Es preciso obtener o fabricar estas unidades para que Ia vida continée. Los animales y varios otros organismos, obtienen los monémeros de sus propios alimentos; ingieren proteinas, carbohidratos, lipidos y otros nutrientes y normalmente los degradan hasta uni- ° ° ° ° Il a il I X-C-R R-C-H — NHo"NH, -C- -C-OH Acilo Aldehico ‘Amino Carboni Carbaxilo H ° | u O-H c-# S-H CH-OH ROC OR H Hidroxilo Metilo Sulthidnilo Hidroximetiio (alcoho!) Cetona Figura 3.5 — Grupos funcionales.37 NATURALEZA DE LAS MOLECULAS BIOLOGICAS. Figura 3.6 Enlaces éster y enlaces amida. dades monoméricas. Ademas son capaces de elaborar algunas de esas unidades a partir de precursores sencillos, o bien, en algunos casos, de transformar algunos tipos de monémeros en otros. Por ejemplo, los seres humanos, al igual que otros organismos, requieren 20 aminodcidos distintos para elaborar las proteinas que necesitan; sin embargo, solo tienen que ingerir alrededor de 8 de ellos como componentes ya formados de su dieta en adultos y 10 en nifios, pues son capaces de fabricar el resto, algunos a partir de cero, y otros mediante transformaciones menores. Las formas 0 “vias” para la elaboracién de estas moléculas pequefias suelen ser algo tortuosas, y forman una red de reacciones llamadas metabolismo intermediario.” Asi como las proteinas estan formadas por 20 aminodcidos, los polisacdridos estén construi dos, también, a partir de unidades sillares 0 monoméricas, como el almidén y la celulosa constituidos por cadenas largas que solo contienen un sillar: el aziicar glucosa, Como los polisaciiridos estan constituidos solamente por una clase de unidad, o por dos unidades diferentes que se alternan, no pueden ser portadores de informacién genética codificada.* 1. Sintesis de monémeros y estructura Las vias metabélicas para la transformacién de los diversos compuestos son muy similares, asi como la quimica de los constituyentes de las biomoléculas. En el caso de la dieta humana, se requieren proteinas que contengan 20 L-aminodcidos, no importa que sea vegetariano o camnivoro, o que se coma pollo, carne de vaca o proteinas de células aisladas: el contenido de aminodcidos de todas las proteinas normalmente es el mismo. Ademés de los procesos fundamentales de fijacién de carbono y nitrégeno, muchas células son capaces de fabricar la mayoria de las wnidades monoméricas que necesitan para la construccién de sus macro- moléculas. Cabe suponer que las células que requieren algunos de sus monémeros previamente formados, como en el caso de las células animales y ciertos aminodcidos, han perdido la capacidad de Hevar a cabo su sintesis.‘” Estructuralmente, los monémeros de las protefnas son 20 aminodcidos diferentes; todos poseen un grupo amino y un grupo carboxilo unidos al mismo étomo de carbono asimétrico a. Estos aminodcidos difieren unos de otros solamente en la parte de la molécula llamada grupo R. En el caso de los polisacaridos, los més abundantes en la naturaleza son el almidén y la celulosa, estin constituidos por unidades de D-glucosa que se repiten. Los lipidos estan también construidos a partir de relativamente pocas clases de moléculas orginicas. Por otra parte, en los lipidos,FORMACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (BIOMOLECULAS) 38 los dcidos grasos actéan no solamente como sus componentes, sino que también son componentes de las cubiertas de las hojas vegetales y actéan como componentes de otras moléculas especializadas. Estas biomoléculas sillares son los antecesores o progenitores de la mayor parte de las demas biomoléculas (tabla 3.1). Se puede considerar como el ABC molecular de la materia viviente.™* PRECURSOR roe Cy Biomotécutas { |" | es eee | cee Manosa_ Alcaloides: Acido trico ‘Sacarosa Lactosa: Tabla 3.1 Cada molécula sillar primordial es un precursor de otras muchas clases de biomoléculas. Sintesis de macromoléculas Las moléculas que forman la estructura y ejecutan las actividades de las células son moléculas grandes, altamente organizadas, llamadas macromoléculas, que en todos los casos, contienen de docenas a millones de étomos de carbono,*! Estas moléculas gigantes constituyen una parte importante de la masa de cualquier célula.”” Debido a su tamafio y a las intrincadas formas que pueden adoptar estas macromoléculas, algunas de ellas pueden ejecutar tareas complejas con gran precisién y eficiencia; su presencia, mas que cualquier otra caracteristica, confiere a los organismos las propiedades de la vida y los singu- lariza quimicamente dentro de! mundo inanimado.”! Estas macromoléculas no son mas que polimeros de unidades mas pequefias unidas entre si; su construccién a partir de unidades estructurales sencillas 0 monémeros economiza una gran cantidad de capacidad de almacenamiento genético, materias primas biosintéticas y energia. La utiliza- cidn de unos pocos mondmeros unidos entre si por un tinico tipo de enlace covalente, hace que la sintesis de macromoléculas sea un proceso muy eficaz. Casi todas las estructuras celulares estén construidas principalmente por unos 30 precursores pequeiios.> La sintesis de estas moléculas tan grandes, plantea un reto interesante a la célula. Si la célula funcionara como un quimico organico que realiza una sintesis de laboratorio compleja, fragmento a fragmento, estarian implicadas millones de tipos de reacciones diferentes y se acumularian miles de productos intermedios. En vez de ello, las células utilizan un enfoque modular para elaborar las grandes moléculas.*”39 NATURALEZA DE LAS MOLECULAS BIOLOGICAS, Aunque todas las células tienen proteinas, dcidos nucleicos y polisacéridos, construidos todos conforme al mismo plan quimico, los tipos particulares de macromoléculas son muy especificos para cada especie individual. Por ejemplo, las proteinas humanas difieren de las proteinas del chimpancé; por tanto, para que un tipo dado de célula u organismo construya su propia clase de macromolécula se requiere informacién. Cuando el mensaje genético se transmite de una generacién a otra durante la division celular, este mensaje es el que contiene la informacién para enlazar aminodcidos en una secuencia proteica que es caracteristica de un tipo de célula y no de otro, Las macromoléculas DNA y RNA son el medio que permite almacenar y manejar la informacién; en consecuencia, cuando se sintetiza una macromolécula cualquiera, se aporta informacién.*” Requerimientos para la biosintesis de macromoléculas Es posible especificar los diversos requerimientos para la construccién de una macromolécula dada. En términos generales, y aunque las unidades monoméricas son distintas (aminodcidos para las proteinas, nuclestidos para los écidos nucleicos), se necesita de: 1) informacién especifica para que cada una de las unidades monoméricas se enlace con las demés en la secuencia apropiada; también se necesita 2) energia, por que se van a construir moléculas més complicadas a partir de otras mas sencillas; 3) a menudo, sera preciso que ciertas estructuras especiales, como los ribosomas, aseguren que el proceso se realice en forma correcta. En el caso de los polisacaridos de almacenamiento, como el glucégeno, puede ser que se requiera de un complejo enzimitico especial para construirlas (ademas de la maquinaria enzimatica esencial para catalizar las reacciones de biosintesis), teniendo en cuenta que las moléculas de glu- c6geno no se elaboran de nove, sino que crecen o decrecen de acuerdo con las necesidades metabé- licas.’ Clasificacién de las moléculas bioldgicas segtin su funcion J. Macromoléculas Son moléculas grandes, altamente organizadas, conteniendo hasta varios millones de dtomos de carbono. Estas se pueden dividir en cuatro categorias principales: proteinas, dcidos nucteicos, carbohidratos y ipidos. Los primeros tres son polimeros compuestos de gran mimero de elementos de bajo peso molecular 0 monémeros. Estas macromoléculas se construyen a partir de monémeros mediante un proceso de acoplamiento que les confiere sus caracteristicas y funciones. La estructura basica y funcién de cada familia de macromoléculas es muy similar en todos los organismos, desde las bacterias hasta el ser humano. 2. Elementos unitarios para construir macromoléculas Dentro de una célula, la mayor parte de las macromoléculas tienen un periodo de vida breve en comparacién con la propia célula; con excepcién del DNA celular, las macromoléculas se rompen yFORWACION Y ESTRUCTURA DE LAS MACROMOLECULAS (SIOMOLECULAS) sustituyen continuamente por nuevas macromoléculas. En consecuencia, casi todas las eélulas contienen un almacén (0 fondo coméin) de precursores de bajo peso molecular listos para incorporarlos a las macromoléculas. Estos incluyen azticares, precursores de polisacéridos; aminodcidos, precursores de proteinas; nucleétidos, precursores de dcidos nucleicos, y dcidos grasos que se incorporan a los lipidos 3. Intermediarios metab6licos (MetabolitOs) wemcannsmmsesxmmemscoemes Las moléculas empleadas por una célula poseen una estructura quimica compleja y deben sinteti- zarse paso a paso, en secuencias iniciadas con materias primas especificas. Cada serie de reacciones quimicas dentro de la célula se denomina ia metabdlica. La célula convierte un compuesto A en un compuesto B, luego en un componente C, y asf sucesivamente, hasta formar algtin tipo de producto final que la propia célula puede utilizar. Los compuestos formados a lo largo de las vias metabélicas pueden generar productos que no tienen por si mismos una funcién, a estos se les denomina: intermediarios metabélicos. 4. Moléculas con diversas funciones «= TS Evidentemente, es una categoria muy amplia de moléculas, pero no tan grande como se podria esperar; gran parte de la masa del peso seco de una célula esta formado de macromoléculas y sus precursores directos. Las funciones de las macromoléculas estén en relacién directa con los moné- meros que las constituyen as{ como con la secuencia que guardan y los tipos de enlaces que las unen, confiriéndoles caracteristicas especiticas de acuerdo también a los elementos que las conforman. Otras moléculas de funcién diversa incluyen sustancias como vitaminas, que actiian coadyu- vando a las protefnas; ciertas hormonas esteroideas 0 aminoscidos; moléculas que participan en el almacenamiento de energia, como ATP 0 fosfato de creatina; moléculas reguladoras como el AMP ciclico, y productos de desperdicio metabélico como la urea.*! Estos grupos o familias se veran en detalle mas adelante.Capitulo CARBOHIDRATOS? ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA ENLACE GiucosiDico 1. Monosacarivos Clasificacién baésica de los monosacaridos Reacciones de los monosacdridos Derivados de los monosacéridos id y formacién del enlace glucosidico Anotacién de la estructura de los disacaridos Caracteristicas distintivas de los diferentes disacaridos II, Oucosacarinas IV. PousacAripos Polisacaridos de reserva o almacenamiento Polisacaridos estructurales V. GLUCOSAMINOGLUCANOS VI. Giucoprorteinas VII. Proteociucanos43 CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA Los carbohidratos 0 sacéridos (griego: sakcharén, azicar) son componentes esenciales de los organismos vivos, y son de hecho, la clase mas abundante de células bioldgicas en general, después de las proteinas. El nombre de carbohidrato, que significa literalmente hidrato de carbono, proviene de su composicién quimica, que es aproximadamente (C « H,0),, en la que n 2 3.°! Los carbohidratos son polihidroxialdehidos 0 cetonas 0 sustancias que rinden tales compuestos por hidrélisis. El nombre de carbohidratos se debe originalmente al hecho de que la mayor parte de las sustancias de esta clase poseen formulas empiricas que sugieren que son “hidratos” de carbono, en los que la relacién de los atomos de carbono, hidrégeno y oxigeno es de 1:2:1. Por ejemplo; la formula empirica de la D-glucosa es CgH,O,, que puede escribirse también (CH,0), 0 C,(H,0),. Aunque muchos carbohidratos corrientes se adaptan a la formula (CH,O),, otros no muestran esta relaci6n y algunos contienen también nitrogeno, fosforo o azufre.* Constituyen la mayor parte de la materia organica de la tierra a causa de sus variadas funciones en todos los seres vivos. Energéticamente, el papel de los carbohidratos en las células es de mucha importancia, y resume en los siguientes puntos: En primer lugar los carbohidratos sirven como almacenes de energia, combustibles e intermediarios metabdlicos. E| almid6n de las plantas y el glucégeno de los animales son dos polisacdridos que répidamente pueden movilizarse para liberar glucosa, el combustible primordial para generar energia. El ATP, la unidad biolégica de energia libre, es un derivado de azicar fosforilado, como también lo son muchas coenzimas. En segundo lugar, los aziicares ribosa y desoxirribosa forman parte de la frama estructural del RNA y DNA; Ia flexibilidad conformacional de los anillos de estos azicares es importante en el almacenamiento y expresién de la informacién genética. En tercer lugar, los polisacaridos son los elementos estructurales de las paredes celulares de bacterias y plantas y del exoesqueleto de los artrépodos. En cuarto lugar, los carbohidratos estén unidos a muchas proteinas y lipidos.” Otros carbohidratos actitan como lubricantes de las articulaciones del esqueleto, como adhesives entre las células y para conferir especificidad biolégica sobre la superficie de las células animales.* Estan ampliamente distribuidos en animales y vegetales, donde desempefian funciones estructurales y metabélicas. En los vegetales la glucosa es sintetizada por fotosintesis a partir de didxido de carbono y agua, y es almacenada como almidén 0 convertida a celulosa que forma parte de la estructura de soporte vegetal, Los animales pueden sintetizar algunos carbohidratos a partir de lipidos y proteinas, pero el volumen mayor de los carbohidratos de animales se deriva en ultima instancia de los vegetales.? La unidad basica de los carbohidratos es la molécula de aziicar 0 monosacdrido,* todos los carbohidratos estin compuestos de ellos sin excepcién, y los polimeros que contienen de dos a seis unidades monosacaridas son llamados oligosacdridos, y aquellos que tienen mas de seis unidades monosacaridas son Ilamados polisacéridos. El almid6n, la celulosa y el glucégeno son ejemplo de polisacaridos; tanto los monosacdridos como los oligosacdridos se llaman también azticares.!° Nutricionalmente, es de utilidad considerar a los aziicares (sean monosacaridos 0 disacaridos) en dos grupos, siendo estos: 1. Azticares intrinsecos que se encuentran contenidos en las paredes celulares. 2. Aaticares que estin dispersos en los alimentos, y por lo tanto proven un sustrato energético,* azticares extrinsecos.CCARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA & ENLACE GLUcosiDICO La unién covalente entre la cadena peptidica y las moléculas de carbohidrato se establece mediante dos tipos de enlaces glucosidicos (figura 4.1): N-glucosidico y O-glucosidico, dependiendo de que el carbohidrato se una a un tomo de nitrégeno o a uno de oxigeno, respectivamente. El enlace V-glucosidico, presente en la mayoria de las proteinas, se forma entre una asparagi- na (aminodcido) de la cadena polipeptidica y el carbohidrato N-acetilglucosamina; mientras que el O-glucosidico se forma entre una serina 0 treonina y el carbohidrato, el cual es con frecuencia N- acetilgalactosamina. Es importante sefialar que muchas glucoproteinas poseen ambos tipos de enlaces y varios de ellos tienen un ndmero diverso de oligosacéridos unidos.”* I. Monosacaridos Son aquellos carbohidratos que no pueden ser hidrolizados (separacién de una molécula en dos mas moléculas menores por reaccionar con el agua), en moléculas mis sencillas.*® Estos monosacaridos © aziicares simples, se encuentran constituidos por una sola unidad de polihidroxialdehido o cetona, siendo el monosacdrido mas abundante en la naturaleza la D-glucosa, azicar de 6 carbonos.™* Todos los monosacéridos simples tienen la formula empirica general (CH,O),, donde, » es cualquier nimero entero de 3 a 9. Independientemente del niimero de carbonos, todos los monosa- céridos pueden agruparse en una de dos clases generales: aldosas 0 cetosas (figura 4.2). Cada molécula de azticar (monosacérido) contiene un esqueleto de étomos de carbono unidos en disposicién lineal mediante enlaces sencillos. Cada atomo de carbono del esqueleto se une a un solo grupo hidroxilo (OH), excepto los que poseen un grupo carbonilo (C = 0). Si el grupo carbonilo se localiza en una posicién interna, forma un grupo cetona, el aziicar es una cetosa, como por ejemplo la fructosa. Si el carbonilo se localiza en un extremo del aziicar, forma un grupo aldehido y la molécula se conoce como aldosa, como por ejemplo la glucosa. La aldosa mas simple es el gliceraldehido, en tanto que la cetosa mas sencilla es la dihidroxiacetona.*! La terminacién -osa es caracteristica en la nomenclatura de los carbohidratos. La terminacién -ulosa se utiliza de modo irregular para referirse a la cetosa simple.® CHOH z CH.OH i S 9 NH loyf=o NHC GH CH a OH tk Ne © cH cH or z H CO NH NH (cH) i 1 Asn "° £ ° L_ sexthe cH, cH, NN acetl D glucosamina N acetila 0 galactosamina Figura 4.1 Tipos de enlaces glucosidicos en las glucoproteinas.45 Envace Gtucosipico a b H ° CH.OH \ of é-0 (Grovn (Grove CH.OH CH,OH Polihidroxialdehido Polihidroxicetona (2 — ceto) Figura 4.2 Clases generales de monosacéridos: a) aldosa y b) cetosa. La clasificacién de los monosacéridos se hace de acuerdo con la naturaleza quimica de su grupo carbonilo y del niimero de sus dtomos de carbono. Los monosacaridos mas pequeiios, los que tienen tres atomos de carbono, son triosas, Los que contienen cuatro, cinco, seis y siete atomos de carbono son, respectivamente: tetrosas, pentosas, hexosas, heptosas. Estos términos pueden combinarse de modo que, por ejemplo, la glucosa es una aldohexosa mientras que la ribulosa es una cetopentosa (figura 4.3). En el caso de estos monosacéridos, no se pueden hidrolizar para formar sacéridos mas simples. El examen de la formula molecular de la D-glucosa indica que sus seis étomos de C, excepto C(1) y C(6), son centros quirales (son moléculas no superponibles con sus imagenes especulares), de modo que D-glucosa es uno de los 2*= 16 estereoisomeros (clase particular de ismeros, imagenes en espejo, que s6lo se diferencian por la orientacién espacial de sus dtomos, pero que son iguales entre si en cuanto a qué étomos estén unidos a cuales otros), que comprenden a todas las aldohexosas posibles. Los aziicares que s6lo se diferencian en la configuracién en toro de un atomo de C se conocen como epimeros uno de otro.*! 1.1 Configuraciones y conformaciones de los azticares El estudio de los carbohidratos requiere entender el isomerismo 0 isomeria, especialmente el estereoisomerismo, E\ tema del isomerismo puede dividirse en isomerismo estructural y estereoisome- CHOH seni memeende TEI Gxso oto = (0 -ribulosa (cetopentosa) D ~ glucosa (aldohexosa) Figura 4.3 Estructura de la glucosa y la ribulosa con la localizacién del carbono carbonilo en el esqueleto.CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA ¥ FUNCION BIOLOGICA 46 rismo."? Dos compuestos son isémeros (del griego: partes iguales) cuando sus moléculas estan formadas por el mismo niimero y clase de étomos, pero agrupados en forma distinta, es decir, difieren en el orden en el que sus Atoms se unen.'? Coincidiran pues en la formula molecular pero no en la estructural.** La formula empirica no tiene nada que ver con la isomeria, Asi, con la misma formula empirica, CH,O, tenemos sustancias tan dispares como metanal (CHO), dcido acético (CH,O),, gliceraldehido (CH,O);, 0 glucosa (CH,0),, que no son en absoluto isoméricas entre si; ya que sus molécu- las difieren en el numero de dtomos que las integran. En cambio, si son isomeros el gliceraldehido; la dihidroacetona y el dcido lactico por que son tres compuestos distintos que tienen por formula molecular C,H,O,. 1.2 Isomeria Existen tres tipos de isomeros, se detectan por que difieren en la formula desarrollada y en el nombre quimico, se trata de isémeros de cadena, posicién y funcién Isomeria de cadena: Los isémeros tienen distinta cadena carbonada. Por ejemplo, butano ¢ isobutano (C,H,9). CH,~CH,- CH, CH, Ohh GH ~ CH, cH, Butano (n— butano) ‘Metiipropano (isobutano} Isomeria de posicidn: El mismo grupo funcional puede estar situado en diferentes lugares de la misma cadena. Asi, el propanol e isopropanol (C,H,O). 3a, Zou 1 re ‘CH, CH, ~'CH, ~ OH CH, ~"CH-CH, OH 1 propanol (n= propancl) 2 ~ propanol (isopropanol) Isomeria de funcién: Distintas funciones quimicas pueden ofrecer en conjunto la misma fun- ion molecular, Asi los cuatro compuestos siguientes tienen como formula molecular C,H,O,, y son ‘isémeros de funcién. ° nf CH.-CH, \ Vl '0-CH, 0-0 CH, - COOH, HOCH, ~ CHO Formiato de metiio —_-Peréxido de etileno Acido acttico Aldehido glucélico47 ENLACE GLucosio‘co 1.3 Estereoisomerismo common Se presenta cuando las moléculas carecen de plano de simetria (son asimétricas). En este caso la imagen especular no es idéntica al objeto y por tanto objeto e imagen no son superponibles, sino simétricos. ‘Asi como la imagen especular de una esfera (que tiene infinitos planos de simetria) es igual que la propia esfera, la imagen de la mano derecha es la mano izquierda (diferente y no superponible).** Este isomerismo se encuentra comiinmente en los carbohidratos; se observa por lo general cuando una molécula contiene uno 0 més étomos de carbono guirales (del griego cheir = mano) 0 asimétricos. De aqui deriva el concepto de carbono tetraédrico, esta estructura atémica tiene cuatro enlaces covalentes 0 ejes de enlace que van del nucleo del carbono central a las esquinas 0 vértices de un tetraedro (figura 4.4). Cuando cuatro grupos distintos estan unidos a esos enlaces, se dice que el atomo de carbono del centro de la molécula es un centro quiral (o un dtomo de carbono quiral). Esta estructura contiene un solo étomo de carbono quiral unido con los cuatro grupos representados por A, B, Dy E. En este carbono quiral, debido a la disposicién tetraédrica de los enlaces de valencia alrededor del dtomo de carbono, los grupos substituyentes diferentes pueden ocupar dos distribuciones diferentes en el espacio, las cuales son imagenes especulares no superponibles (estereoisémero). Una disolucién de un estereoisomero de un aziicar determinado que haga girar el plano de la luz polarizada hacia la izquierda (en sentido contrario a del las agujas del reloj) es la del isémero levorrotatorio, representado por (-); el otro estereoisémero hard girar el plano de la luz polarizada con la misma magnitud pero hacia la derecha (en el sentido de las agujas del reloj) representado por (4), se llama dextrorrotatorio. Una mezcla equimolar de las formas (+) y (~) no provocard ninguna desviacién del plano de la luz polarizada. Se denominan mezcla racémica. La actividad Optica de un estereoisémero se expresa cuantitativamente por su rotacién espect- fica (0 mutarrotacién), determinada por medidas de su grado de rotacién de una disolucién del estereoisomero puro a una concentracién determinada.** 1.4 Enantiémeros 0 isdmeros 6pticos = Se puede decir que los enantidmeros son imagenes especulares que no se pueden superponer. Por ejemplo, en la L-glucosa la configuracién de cada C(H)OH asimétrico es opuesta a la que se obser- vaen la D-glucosa. Cabe resaltar que en la naturaleza predominan los aziicares con la configuracién D¥ (figura 4.5). H A 4 8 H " D 5 Figura 4.4 Estructura del carbono tetraédrico con sus cuatro enlaces covalentes.CCARBOHIORATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 48 Carbonos asimétricos HOH |- OH H-b<0 Ho -] H H-K@- on HoH CHOW D-glucosa D-fructosa Figura 4.5 Carbonos asimétricos en e! esqueleto de la D - ghucosa y la D - fructosa La forma mas compacta de representar a los enantiomeros es utilizar una proyeccién de Fis- cher. En una proyeccion de Fisher, tratandose de un gliceraldehido, el hidroxilo del carbono asimé- trico se dibuja a la derecha para la forma D y a la izquierda para la forma L. Asi pues, para el D-gliceraldehido y el L-gliceraldehido tenemos; gio [Ho} GoH CHOH L - gliceraldehido 1.5 Anoémeros Los diasteroisémeros son isémeros que difieren en la configuracién alrededor de dos o mis étomos de carbono asimétricos y no son imagenes especulares completas en el caso del azicar Do L que posea cinco o mas carbonos. Cuando existen varios carbonos quirales y dos compuestos solo difie- renen la isomeria de uno de ellos, se llaman epimeros. Una caso especial de epimeria lo constituyen los anémeros a y b. Estos se originan a partir de un carbono asimétrico C(H)OH adicional formado por la condensacién intramolecular del grupo carbonilo y de un OH distante. La estructura resultante se denomina hemiacetal ciclico en las aldosas. y hemicetal ciclico en las cetosas.* Estos hemiacetales son el resultado de una reaccién general entre los aldehidas y los alcoholes, yal final estos contienen un dtomo de carbono asimétrico y puede existir, por ello, en dos formas este- reoiséméricas.™ En el caso de los hemicetales se originan por la reaccién que hay entre un alcohol y un grupo cetona. En general, los alcoholes tienden a reaccionar con los grupos carbonilo de los aldehidos y de las cetonas para formar hemiacetales y hemicetales, respectivamente. El grupo hidroxilo y los grupos funcionales aldehido o cetona de los monosacéridos, pueden reaccionar intramolecularmente de manera andloga y formar hemiacetales y hemicetales ciclicos, como se muestra en la siguiente figura: o " _ a-& Hor Z? R-¢-oR R-OH R- NA SF G= as oH OH Aidehido Alcohol Hemiacetal Alcohol Cetona * omicaa49 CCLASIFICAGION BASICA DE LOS MONOSACARIDOS: O@ Figura 4.6 Pirano, anillo de seis miembros y furano, anillo de cinco miembros. Las configuraciones de los sustituyentes en cada étomo de carbono de estos aziicares ciclicos se representan de modo conveniente por sus formulas de proyeccién de Haworth.’ Estas representaciones de anillo se conocen como proyecciones de Haworth o perspectivas de Haworth (figura 4.6). Estereoquimicamente, las proyecciones moleculares de Haworth son bastante adecuadas y tienen la ventaja de que se pueden relacionar con bastante facilidad con las proyecciones de Fischer. Por ejemplo, en un monosacérido ciclico que se ha dibujado a modo que los carbonos son numerados en orden ascendente en direccién a las manecillas del reloj, los grupos hidroxilo que apuntan hacia abajo en la proyeccién de Haworth apuntan hacia la derecha del esqueleto de carbonos en la proyeccién de Fischer; mientras que los grupos hidroxilo que apuntan hacia arriba en la proyeccién de Haworth, apuntan a la izquierda en la proyeccién de Fischer. La configuracién del atomo de carbono anomérico en una proyeccién de Haworth se designa a. si tiene el grupo hidroxilo apuntando hacia abajo, y B si el grupo hidroxilo apunta hacia arriba.”* Sin embargo, se debe observar que los enantiémeros son imagenes en el espejo, y por consiguiente, la configuracién de los grupos funcionales de cada uno de los carbonos es opuesia en un par de enantiémeros. De acuerdo a la configuracién del étomo de carbono anomérico de cualquier azicar L-, por convencién se designa a, si tiene la configuracién semejante a D- (grupo hidroxilo apuntando hacia abajo) y B si tiene la configuracién semejante a L- (grupo hidroxilo hacia arriba).?* CLASIFICACION BASICA DE LOS MONOSACARIDOS Como se indicé antes, todos los monosacaridos contienen al menos tres atomos de carbono. Uno de estos es un carbono carbonilico, es decir, el monosacarido aldehido o cetona; y cada uno de los dtomos de carbono restantes lleva un grupo hidroxilo (OH). Las dos clases generales de monosacé- ridos son aldosas y cetosas. En las aldosas el carbono con mayor estado de oxidacién se designa como C-1, es aldehidico; en las cetosas, el carbono mas oxidado, usualmente el C-2, es ceténico. Los monosacaridos mas sencillos son friosas, 0 azticares de tres carbonos. La triosa aldehidica (o aldotriosa) llamada gliceraldehido es quiral; “tiene un centro de asimetria en su carbono central C-2. La triosa ceténica (0 cetotriosa), la dihidroxiacetona es aquiral “no tiene centro de asimetria”. Todos los otros monosacaridos se pueden expresar como versiones de cadena mis larga de estos dos azticares en donde se observara que la mayoria de los monosacéridos son quirales. Las aldosas y cetosas mas largas se pueden considerar como extensiones del gliceraldehido y de la dihidroxiacetona, respectivamente, con grupos quirales H — C — OH insertados entre el carbono carbonilico y el alcohol primario o “carbono de la cola”.CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 50 La numeracién de los atomos de carbono se hace a partir del carbono aldehidico, al cual se le asigna el nimero 1. Por convencién, se dice que los azicares tienen la configuracién D, cuando la configuracién del carbono quiral con el nimero mas alto, es decir (el carbono quiral mas distante del carbono carbonilico) es D. Asi, no existe una asociacion predecible entre la nomenclatura D y L de un aziicar y que el compuesto es dextrogiro 0 levogiro. E| acomodamiento de los dtomos de carbono asimétricos es {inico para cada monosacarido y da al azticar sus propiedades caracteristicas. Se debe tener en cuenta que los pares de enantiémeros son imagenes en espejo en cada uno de los carbonos quirales, en otras palabras, la configuracién en cada carbono quiral es la opuesta.”* Las aldosas de cinco carbonos tienen tres centros de asimetria, lo que origina ocho (2°) estereois6meros, 4.de la serie D. A este grupo pertenece la D-ribosa (figura 4.7). Las aldosas de seis carbonos tienen cuatro centros de asimetria, y asi habré 16 (2*) estereoisémeros, 8 de la serie D. La D-glucosa, D-manosa y la D-galactosa son las aldosas de seis carbonos muy abundantes. Se debe advertir que la D-glucosa y la D-manosa s6lo difieren en la configuracién de C-2. Los aziicares que se diferencian en la configuracién de un solo carbono asimétrico son epimeros. De esta manera, la D-glucosa y la D-manosa son epimeros en C-2; la D-glucosa y D-galactosa son epimeros en C-4,7 Las cetosas de cadena mas larga estdn relacionadas con la dihidroxiacetona, en la misma forma que las aldosas de cadena mas larga estan relacionadas con el gliceraldehido. Una cetosa tiene un dtomo de carbono quiral menos que la aldosa de igual formula empirica, por ejemplo, hay solamente dos estereoisémeros de una cetotetrosa (D- y L-eritrulosa), y cuatro estereoisémeros para una cetopentosa (D- y L-xilulosa y D- y L-ribulosa). Las cetotriosas y las cetopentosas reciben nombres insertindoles “-ul” en el nombre de la aldosa correspondiente, es decir, la que tenia el OH ala derecha. En el caso de las cetosas (figura 4.8) estas son de cadena mas larga y estén relacionadas con la dihidroxiacetona, en la misma forma que las aldosas de cadena mas larga estin relacionadas con el gliceraldehido. Por ejemplo, la cetosa xilulosa, esta relacionada con la aldosa xilosa; no obstante, este esquema de nombres no se aplica a las cetohexosas (tagatosa, sorbosa, psicosa, fructosa), las cuales Hevan nombres triviales no relacionados con los nombres de las aldohexosas correspondientes.”* Reacciones de los monosacaridos Los monosacaridos experimentan numerosas reacciones cuando se les adhieren distintos monéme- ros. Estas reacciones corresponden a los grupos alcohol, aldehido y cetona. Los alcoholes se pueden oxidar y deshidratar. También pueden reaccionar con acidos carboxilicos, acidos fosforicos, acidos nitricos, Acido sulfiirico y ciertamente con otros Acidos para formar ésteres. Los ésteres fosfato son particularmente importantes en el metabolismo debido a que fosforila a los monosacaridos, siendo esta la forma activa. Los aldehidos y algunas hidroxicetonas se encuentran listas para oxidarse 0 reducirse segiin los reactivos que se les apliquen. Los derivados de triosas se forman en el curso de la degradacién metabélica de la glucosa por la via de la glucélisis, en tanto que los derivados de triosas, tetrosas, pentosas a partir del azicar de siete carbonos (sedoheptulosa), se forman en la degradacion de la glucosa por la via alterna de las pentosas fosfato.51 CLASIFICACION BASICA DE LOS MONOSACARIDOS: HO \A H-G-OH ALDOTRIOSAS HOH D -gliceraldehido a , N\A HO-G-H H- § ~OH ALDOTETROSAS CH,OH D- tetrosa \A \A H-b-on Ho-b-H “aicden Both H-G-0H H-G-0H H-G-OH ! buon duo ALDOPENTOSAS D-ribosa O0-arabinosa D -xilosa D-lixosa TH Ol H oo o NF i NF 1 NF 1 NG é-4 | a-d-onlho-d-w | H-d-on!Ho-b-n u-b-ont H-d-oMton-d-H ton-d-w 1 H-d-ont H-d-ontHo- bw Hobo n-d-on, H-d-on H-E-0n H-G-on}HO-d-H HOG JHO-d-H JHO- oH 4 g-on! nd on H-C-oH! 4-0! H-d-on! 40H! 4-6-on! H-G-0H dont aon — dom = dxont dont = dont Gon HOH D-alosa! D~altrosa ! D~ glucosa! D-manosa! D-gulosa ! O-idosa !D-galactosa 0 -talose ALDOHEXOSAS Figura 4 Estructura de las aldosas de cuatro, cinco y seis carbonos relacionadas con el D-gliceraldehido.a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.53 DeRWaoos DE LOS MONOSACARIOOS Gu ane M lee ory Constituye el azicar del organismo. Es el azticar que transporta la sangre y que principaimente usan los. D-Giucosa D-Fructosa | Jugo de frutas, miel, hidrdisis del ‘azicar de cafa y de la inulina SNe 1 bee eee re Aor fen esta forma la usa el EI higado puede convertiia en glucosa y en esta forma ta metaboliza el organismo Tabla 4.2. Hexosas de importancia fisiolégica. De las hexosas, las fisiolégicamente mas importantes son la glucosa, galactosa, fructosa y ‘manosa (tabla 4.2). En lo tinico que difieren los monosacéridos es en la configuracién, 0 acomodamiento espacial de sus carbonos, La galactosa y la manosa son epimeros de la glucosa.' DERIVADOS DE LOS MONOSACARIDOS Se habra observado que los monosacaridos llevan cada uno varios grupos hidroxilo a los que pueden unirse sustituyentes o que pueden sustituirse por otros grupos funcionales. De hecho hay un enorme niimero de azticares modificados de esta manera; aqui se describira tan solo un reducido niimero de ellos, principalmente los que desempefian papeles biolégicamente importantes. 1. Esteres fosfato mmm Los ésteres fosfato de los monosacéridos participan de manera importante en muchas rutas metabolicas, son bastante dicidos, con valores de pKa para las dos fases de la ionizacién del fosfato de alrededor de 1-2 a 6-7, respectivamente. Por consiguiente, en condiciones fisiolégicas, estos compuestos se encuentran como una mezcla de monoaniones y dianiones.CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 2. Acidos y 1ACtONAS mmm a La oxidacién de los monosacaridos puede producirse de diversas formas, segiin el agente oxidante utilizado. La oxidacién suave de una aldosa con Cu (II) alcalino (solucién de Fehling), produce los Acidos aldénicos. La produccién de un precipitado rojo de Cu,O es una prueba clisica de deteccion de aziicar y se utiliz6 antiguamente para analizar el exceso de aziicar en la orina de las personas que se pensaba que tenian diabetes. Los acidos aldénicos libres, como el acido glucénico, estén en equilibrio con las lactonas en disolucién. 6 CH.OH CH.OH oH ° Wa p Wt \ 0+0H . ne OHH HO! Hol HOH HOH Acido ~ D - glucénico 6 ~ D~ gluconolactona 3. AlditoleS mmamammucssemenmemencescssantes La reduccién del grupo carbonilo de un azicar da lugar a la clase de compuestos polihidroxilicos denominados alditoles. HOH CH,OH HoH H-G-OH HO-C-H. H-C-OH H-C-OH Ho-¢-on Ho-¢-o8 CHOH n-d-on H-G-08 HC OH n—d-on cHon oHoH Erititot D —manitol D — glucito! (sorbitol) De entre los que se encuentran en la naturaleza, son importantes el eritritol, el D-manitol y el D-glucitol, al que a menudo se denomina sorbitol. 4. Aminoazicares = Hay dos derivados amino de azicares simples que se encuentran con una amplia distribucién en los polisacaridos naturales: la glucosamina y la galactosamina.55 Denivapos DE LOS MONOSACARIDOS B-D-Glucosamina -D ~ Galactosamina Son frecuentes también las modificaciones de estos aminoazticares. Asf, por ejemplo, los siguientes compuestos proceden de la B-D-glucosamina: CHOH CH.OH i HG- coo én, cH, B-D~-N~Acetilglucosamina ‘Acido murémico Acido - N - acetilmuramico Los azticares modificados, especialmente los aminoaziicares, se encuentran la mayor parte de las veces como residuos monoméricas en oligosaciridos y polisacdridos complejos. Para facilitar la escritura de las estructuras de estas moléculas, resulta ttil disponer de una forma de anotacién breve, como la que se utiliza para describir la estructura de los dcidos nucleicos y las protefnas. 5. Glucésidos (azticares acetales) _— a La eliminaci6n de una molécula de agua entre el hidroxilo anoméricos de un monosacérido ciclico y el grupo hidroxilo de otro compuesto da lugar a un O-glucdsido (la O indica la unién de un hidroxilo). Un ejemplo sencillo es la formacién de metil-a-D-glucopirandsido: CH,OHCARBOHIORATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 56 A diferencia de los anémeros de los propios aziares, los glucésidos anoméricos (es decir el metil-a-D-glucopiranésido y el metil-B-D-glucopiranésido) no se interconvierten mediante muta- rrotacién en ausencia de un catalizador acido, propiedad que los hace ttiles en la determinacién de las configuraciones de los aziicares. II. Oligosacaridos De la misma forma que los monosacaridos pueden formar enlaces glucosidicos con otros tipos de ‘compuestos que contienen hidroxilo, pueden hacerlo también entre si. Estos enlaces dan lugar a los polisacdridos. Los oligosacaridos mas sencillos y de mayor importancia biolégica son los disacéri- dos, formados por dos residuos.*” 1. Disacaridos Los disacdridos son aziicares compuestos de dos residuos de monosacaridos unidos por un enlace glucosidico.® Esta unién entre los residuos de monosacaridos se da por covalencia, y se forma cuando un grupo hidroxilo de uno de los azticares reacciona con el carbono del segundo azitcar, Los enlaces glucosidicos se hidrolizan con facilidad por acidos para dar dos moléculas de monosacaridos libres, pero resisten a la accién hidrolitica de las bases. La unin entre los monosacdridos se forma entre el carbono anomérico de un aziicar y el grupo hidroxilo de la otra. Si dos monosacéridos estén unidos de esta manera, el resultado es una molécula de disacarido.* Estabilidad y formacién del enlace glucosidico La formacién del enlace glucosidico entre dos monémeros de un oligosacirido produce la eli- minaci6n de una molécula de agua. Asi, la sintesis de la lactosa se lleva a cabo de la siguiente forma: CH.OH CH.OH CHOH HO CHOH B-D —Galactosa B-D-Glucosa Lactosa Esta reaccién es andloga a la eliminacién de agua que se produce entre aminodcidos en la formacién de los acidos nucleicos.*” Todos los disacdridos son glucésidos formados desde la unidad hemiacetal ciclica de un azicar y el grupo alcohol de otra. Un oxigeno acetal es un puente que puede enlazar dos unidades monosacaridas para formar disacaridos.”’ En términos de estructura quimica, los enlaces glucosidicos son enlaces acetal en los que interviene la condensacién del carbono anomérico de un monosa- cérido con el hidroxilo de otros.87 DeRivabos DE LOS MONOSACARIOOS A diferencia de la formacién del enlace peptidico entre los grupos a-amino y a-carboxilo que definen la estructura primaria de una proteina, las uniones glucosidicas que enlazan los residuos de monosacaridos pueden ser con cualquiera de los diferentes grupos hidroxilo, ademas del grupo hidroxilo sobre el étomo de carbono anomérico. Asi, al considerar la estructura de un oligosacarido, es importante hacer notar no s6lo que residuos de monosacarido participan, sino también cuales de sus atomos estén unidos por enlaces glucosidicos.”* Los disacridos son abundantes en la naturaleza, los mas corrientes son la sacarosa, la lactosa y la maltosa.™' Los disacaridos lactosa, maltosa e isomaltosa contienen grupos aldehido libres, convir- tiéndolos en azticares reductores. En contraste, la sacarosa no es un azticar reductor,** debido a que los carbonos anoméricos de sus unidades monosacaridcas constituyentes se hallan unidos entre si. Invariablemente un simple disacarido formado por dos residuos de glucosa, puede existir en once variedades diferentes (figura 4.9). Anotacién de la estructura de los disacéridos Se ha disefiado una forma cémoda de describir las estructuras de estos oligosacaridos y otros mis complejos. Las reglas utilizadas son las siguientes: 1. La secuencia se escribe empezando por el extremo no reductor en el lado izquierdo, y utilizando las abreviaturas (Ara, Fru, Fuc, Gal, Gle, Lyx, Man, Rib y Xyl). 2. Las formas anoméricas y enantioméricas se designan mediante prefijos a- 0 D-. 3. La configuracién del anillo se indica mediante un sufijo (p para piranosa y f para furanosa), (CH,OH Jai CH, CH,OH CH,OH OH Oo O ‘0 BI-6 pi--2 aiat CH,OH ‘CH,OH ‘CH,OH ‘CHOH ‘CH,OH Hn Bios Bt-»pt at2 ‘CH,OH CH. em (CH,OH OH ; CH.OH CH,OH 64-0 %- Figura 4.9 Once variedades diferentes que puede presentar un disacérido formado por dos unidades de glucosa. A ser distintas las formas en cdmo se encuentran unidos espacialmente las unidades de glucosa, quimicamente estos disacdridos son distintos.!(CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 58 4, Los étomos entre los cuales se forman los enlaces glucosidicos se indican mediante niimeros entre paréntesis, entre las designaciones de los residuos (por ejemplo (1 —> 4) indica un enlace entre el carbono | del residuo de la izquierda y el carbono 4 del residuo de la derecha)..” La sacarosa (el aziicar de mesa) se obtiene comercialmente a partir de la cafia o la remolacha; lo forman muchas plantas, pero no aparece en los animales superiores.™* Se trata pues, de un producto granulado que se obtiene mediante el procesamiento de la caiia de azucar, la remolacha y el jarabe de arce, siendo el producto final el azicar de mesa.® Es un disacdrido compuesto por glucosa y fructosa.* Cuando el carbono hemiacetal (C1, carbono anomérico) de una a-D-glucosa reacciona con el carbono hemiacetal de B-D-fructosa (C2), la unién glucosidica que se da en el enlace a-[(1 — 2) glucosidico forma a la sacarosa.? Como en la sacarosa los carbonos anoméricos de la glucosa y la fructosa estén unidos mediante un enlace glucosidico que es a para la glucosa y f para la fructosa, esta sacarosa carece de grupos reductores (aldehidos o cetonas libres), a diferencia de la mayoria de los otros azticares. La hidréli- sis de la sacarosa a glucosa y fructosa, est catalizada por la enzima sacarasa, llamada también invertasa, porque la hidrolisis produce un cambio del poder rotatorio de dextrogiro a levogiro.”! Ho-cH H oO if 4 on Hn /\* on H OHO HO-CH, i 4 6 H 'CH,OH OH H Sacarosa (a.-D —glucopiranosil - (1 ——» 2) ~B - D = fructofuranésido La ventaja de la sacarosa sobre la D-glucosa como forma de transporte del aziicar puede radi- ccar en que sus étomos de carbono anoméricos se hallan unidos, con lo que la sacarosa esta protegida de la oxidacién o del ataque hidrolitico por las enzimas de las plantas hasta que alcanza su destino final en la planta.* Una vez sintetizada en las hojas verdes, la sacarosa es transportada a otras partes de la planta, principalmente para su almacenamiento. Cuando se necesita una fuente de carbono y de energia, la sacarosa se hidroliza a glucosa y fructosa, las cuales ingresan en la via metabélica principal. La misma degradacién hidrolitica tiene lugar durante la digestidn en los animales herbivoros. Ademés, cuenta con propiedades edulcorantes y saborizantes, aunque su consumo excesivo puede ser daiino.*59 Derivabos DE LOS MONOSACARIOOS La maltosa es el disacérido mas sencillo.* Esta maltosa 0 azticar de malta no aparece en forma abundante en la naturaleza, aunque est4 presente en algunos granos que han germinado, como por ejemplo en el maiz dulce.”’ Este azicar se obtiene como intermediario en la hidrdlisis del almidén por las enzimas conocidas como amilasas.'* Contiene dos residuos de D-glucosa, unidos por un enlace glucosidico a través del grupo hidroxilo del étomo de carbono | (el carbono anoméri- co) del primer residuo de glucosa y el tomo de carbono 4 de la segunda glucosa. El enlace glucosidico que se forma entre los dos residuos de glucosa se designa como a(1 > 4) para especificar que el carbono anomérico que interviene en el enlace glucosidico tiene la configu- raci6n ot y que esta unido a la posicién 4 de la segunda molécula de glucosa. Esta segunda fraccidn de glucosa posee un hidroxilo anomérico libre que puede existir ya sea en la configuracién ot 0 ; este hidroxilo anomérico libre le confiere asi la caracteristica de mutarro- tacién a la maltosa, y este disacérido es un azticar reductor.' CHOH CH,OH 4 On H on JP 4 H OH (0 -a~ D~ glucopiranosil - (1 —+ 4)- 8 -D - glucopiranosa La maltosa es un disacarido homogéneo, que esti formado exclusivamente por D-glucosa. La configuracién del atomo de carbono anomérico en el enlace glucosidico entre los dos residuos de D- glucosa, es a, y el enlace se representa por a(1 > 4). La unidad monosacaridica portadora del tomo de carbono anomérico se designa por el primer niimero o Jocalizante. La maltosa es un aziicar reductor, ya que posee un grupo carbonilo libre, que potencialmente puede oxidarse. El disacérido lactosa que rinde D-galactosa y D-glucosa por hidrélisis, aparece solamente en la leche. Es un disacérido que se origina en los mamiferos y que se sintetiza s6lo en las glandulas mamarias en la lactancia.”* Posee un enlace (1 — 4), es un azticar con poder reduetor y puede experimentar mutarrota- cidn. Durante la digestion, la lactosa experimenta hidrélisis enzimatica por la Jactasa de las células de la mucosa intestinal. Esta enzima es muy activa en los lactantes, pero solamente los europeos y nérdi- cos y algunas tribus africanas tienden a retener actividad lactasa intestinal al alcanzar la edad adulta. HOH (la forma B) (O ~ B - D — galactopiranosil ~- (1 _—» 4) - a ~ D - glucopiranosaCARBOHIORATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 60 La lactosa tiene un grupo aldchido hemiacetal con poder reductor.** La mayor parte de los adultos, entre ellos los orientales, arabes y judios, asi como los pueblos mediterraneos, poseen poca actividad lactasa intestinal y muchos de ellos muestran intolerancia a la lactosa. Como la propia lactosa no puede ser absorbida del intestino a la corriente sanguinea a menos que haya experimen- tado primero la hidrdlisis en sus unidades monosacaridicas, la lactosa permanece sin ser absorbida en el tubo digestivo de los individuos intolerantes a la lactosa.* Caracteristicas distintivas de los diferentes disacéridos 1, Los dos monémeros de azticar especificos que lo forman y sus configuraciones espa- ciales. ‘Los monémeros pueden ser del mismo tipo, como los dos residuos de D-glucopiranosa.en la maltosa, o pueden ser diferentes, como los residuos de D-glucopiranosa y D- fructofuranosa de la sacarosa, 2. Los carbonos que interviene en la unién. Aunque existen muchas posibilidades al Tespecto, los enlaces mas frecuentes son los | -> 1 (como la trehalosa), 1 > 2 (como. en la sacarosa), 1 — 4 (como en la lactosa) y 1 —> 6 (como en la gentibiosa). Es de resaltar que en todos los disacaridos interviene el hidroxilo anomérico de al menos un azicar como participante en el enlace. 3. Elorden de las dos unidades monoméricas, en el caso de que sean de tipos distintos. En el enlace glucosidico interviene el carbono anomérico de un azticar, pero en la mayor parte de los casos el otro esté libre. En consecuencia, los dos extremos de la molécula pueden diferenciarse en funcidn de su reactividad quimica. En la sacarosa, ninguno de los dos residuos tiene un posible grupo aldehido libre, en consecuencia la sacarosa es un azticar no reductor. 4. Laconfiguracién anomérica del grupo hidroxilo del carbono | de cada residuo. Esta caracteristica es especialmente importante para el carbono 0 carbonos anoméricos que participan en el enlace glucosidico. La configuracién puede ser ot 0 B. Esta diferencia parece ser pequeiia, pero tiene un efecto importante sobre la forma de la mo- lécula, y la diferencia de forma es facilmente identificable por las enzimas.*” III, Oligosacarinas Recientemente se descubrié una nueva e importante funcién de los carbohidratos en las plantas: Ciertos oligosacaridos, llamados oligosacarinas, actiian como hormonas vegetales con funciones regulatorias en el control de los principales procesos de la planta; crecimiento, desarrollo, reproduc- cién y defensa contra enfermedades. La primera oligosacarina descubierta fue un heptaglucésido formado por una cadena penta- glucosidica con todos los enlaces tipo B(1 —> 6), a nivel del segundo y cuarto residuos de glucosa, la cadena tiene una ramificacién formada por un solo residuo de glucosa unido mediante un enlace B(1 > 3). Estas oligosacarinas se producen como fragmentos a partir de diversos polisacéridos complejos que integran las estructuras de la pared celular de las plantas.61 DERIvaDOS DE LOS MONOSACARIDOS La formacién de una oligosacarina puede tener lugar en respuesta a la presencia de hormonas vegetales conocidas, las cuales pueden estimular enzimas especificas que degradan ciertos polisacridos de la pared celular para formar determinados fragmentos. IV. Polisacéridos Cuando 12 o mas monosacéridos se encuentran unidos de manera directa mediante puentes acetales, el producto que resulta de esta unién se clasifica como polisacérido, siendo mas grande que un oligosacarido. Los polisacaridos, llamados también glucanos, sirven como elementos estructurales y de almacenaje de energia y carbono tanto en plantas como en animales.” Se pueden mencionar tres elementos estructurales que definen un polisacérido, estos son: 1)/a identidad de los monémeros glucosidicos constituyentes, 2) la naturaleza de los enlaces glucosidicos entre ellos y 3) cuando es pertinente, la secuencia de residuos glucosidicos. En lo que respec taal primer punto, puede hacerse una clasificacién de los polisacéridos en funcién de la identidad 0 naturaleza de los monémeros glucosidicos, pudiendo ser: homopolisacdridos (todos los residuos glucosidicos idénticos), como el almidén y el glucdgeno, 0 heteropolisacéridos (residuos glucosidicos diferentes), como otros ejemplos la heparina y el dermatan sulfato. Como los hetero- polisacdridos suelen estar formados por s6lo dos monémeros glucosidicos diferentes, en una secuencia repetitiva se trata de moléculas que no encierran informacién. Los polisacéridos de origen natural tienen grandes variaciones de tamaiio, pues llegan a tener varios miles de residuos glucosidicos. Ademés, el niimero de tales residuos suele fluctuar de una muestra a otra del mismo material; es por eso, que el peso molecular de los polisacéridos tiene escaso valor fisicoquimico. Las siguientes abreviaturas se usan para identificar los residuos glucosidicos de los oligosacé- ridos y los polisacdridos:* Gle para D-glucosa Gic Nac para N-aceitl-D-glucosamina Estos polisacaridos consisten de un largo nimero de monosacaridos los cuales estén unidos por enlaces glucosidicos, estos tienen una estructura andloga a la de los oligosacdridos. Algunos polisacdridos contienen desde 30 monosacéridos, sin embargo, otros de ellos que se encuentran en Ja naturaleza, tiene un peso molecular muy elevado, debido a que pueden contener desde algunos cientos hasta miles de unidades monosacaridicas.’a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.63 DeRWa00S DE LOS MONOSACARIDOS Quimicamente, se sugiere, que esta amilosa es soluble en disoluciones acuosas.”” La enzima a-amilasa, presente en el tubo digestivo de los animales (en la saliva y jugo pan- creatico) hidroliza la cadena lineal atacando los enlaces «(1 —> 4) al azar a lo largo de la cadena para producir una mezcla de maltosa y glucosa. La B-amilasa que es una enzima encontrada en las plantas, ataca al extremo no reductor de la amilosa para producir unidades sucesivas de maltosa. Los prefijos ay B utilizados con las amilasas no se refieren a la forma anomérica de la glucosa, sino que simplemente designan estas dos enzimas." Tanto la c-amilasa como la f-amilasa; ambas atacan la fraccién de amilosa del almidén en los enlaces «(1 —> 4), pero lo hacen en una forma diferente, la ruptura con a-amilasa es aleatoria, de modo que ocurre en diferentes puntos dando por resultado una mezcla de glucosa y maltosa. La accién de la B-amilasa es mas ordenada, se caracteriza por la eliminacién exclusiva y sucesiva de unidades de maltosa comenzando por un extremo no reductor.® 2. AmIOpeCtin xcmccenrneemen sc 25 ORM RE RELL Se trata de un polisacarido ramificado, estas ramificaciones se dan con unidades de maltosa (glucosa-glucosa con puentes en a(1 — 4)), unidas a través de puentes isomaltosa.'? En esta molécula existen cadenas cortas (de aproximadamente 30 unidades) (figura 4.11) de glucosa las cuales se encuentran unidas por enlaces «(1 > 4) se unen también entre si por enlaces a(1 —> 6) (de las que puede obtenerse la isomaltosa). El peso molecular de la amilopectina de la patata varia ampliamente y puede ser de 500,000 0 atin mayor. La amilopectina es atacada por la a-amilasa y la B-amilasa, pero los enlaces glucosidicos (1 > 4) proximos al punto de ramificacién de la amilopectina y el mismo enlace a(1 —> 6) no son hidrolizados por elas. Una enzima desramificante particular, la a(1 — 6) glucosidasa, hidroliza el enlace en el punto de ramificacién. En consecuencia, la accién combinada de la a-amilasa y la «(1 > 6) glucosidasa hidrolizaré finalmente a la amilopectina hasta una mezcla de glucosa y maltosa.! CH,OH Figura 4.11 Amilopectina, estructura detallada de un punto de ramificacion.CCARBOMIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 64 3. Almidén El almidén, como se mencioné anteriormente, consta de dos polisacridos, la amilosa y la amilo- Pectina; cada uno de estos polimeros de glucosa tiene diferente su arquitectura molecular (figura 4.12): Es un homopolisacdrido de reserva producido por las plantas, mientras que todas las plantas verdes producen almidén, como producto final de la fotosintesis, los cereales (trigo, arroz, maiz y sorgo) destacan por el alto contenido de almidén en sus semillas. Estos cereales junto con otros cultivos como, la patata y la yuca almacenan el almid6n en un tubérculo subterraneo y proporcionan la mayor parte de las calorias que gran parte de la humanidad consume. 4. Dextrano El dextrano, un polisacarido de reserva de las levaduras y bacterias, también contiene tinicamente residuos de glucosa, pero se diferencia del glucdgeno y del almidén en que estos residuos estin unidos por enlaces a(1 —+ 6) de forma casi exclusiva. Seguin las especies de seres vivos se forman ramificaciones ocasionales con enlaces a(1-2), (1-3) 0 a(1-4).? ‘CH,OH HOH HOH HOH HOH Figura 4.12 Representaciones esqueméticas de los componentes del almidén. Se indica la accién de las. enzimas framilasa y a-amilasa.65 DERIADOS DE LOS MONOSACARIDOS 5. Glucdgeno El glucdgeno es el polisacérido de reserva de los animales, se halla presente en todas las células pero su presencia es mas predominante en el misculo esquelético y en el higado, en donde aparece en forma de grinulos citoplasmiticos. Su estructura primaria se parece a la de la amilopectina, pero el glucégeno se halla mucho mas ramificado, con puntos de ramificacién que aparecen cada 8 a 12 restos de glucosa (figura 4.13).*' La mayoria de los residuos de glucosa del glucégeno estin unidos por enlaces glucosidicos (1 —> 4). Las ramificaciones se forman por enlaces glucosidicos «(1 —> 6), los cuales se presentan con una frecuencia aproximada de | por cada 10 residuos. La sintesis y degradacién del glucégeno en los mamiferos se debe considerar en detalle por varias razones. En primer lugar, estos procesos son importantes por que regulan ef nivel de la glucosa en sangre y suministran un depésito de glucosa para la actividad muscular vigorosa. En segundo lugar, la sintesis y degradacién del glueégeno, se produce por vias metabélicas diferentes, Jo que ilustra un principio importante en la bioquimica. En tercer lugar, la regulacién hormonal del metabolismo del glucégeno esta mediada por mecanismos importantes. El papel del AMP ciclico en el control coordinado de sintesis y degradacion del glucégeno es bien conocido y ofrece una visién clara sobre la accién de muchas hormonas.” Para finaiizar el andlisis de los polisacéridos, se puede decir que los polisacdridos de almacenamiento tienen un disefio admirablemente adaptado a la funcién que realizan. La glucosa, ¢ inclu- so la maltosa, son moléculas pequefias que se difunden répidamente y son dificiles de almacenar, Si en la célula hubiera una gran cantidad de moléculas pequefias de este tipo, se producirfa un aumento muy importante de la presién osmética celular, que resultarfa nocivo en la mayor parte de los casos. En consecuencia, la mayoria de las células combinan la glucosa en polimeros largos, de manera que puedan almacenarse grandes cantidades en un estado semiinsoluble. Enlace a(1 —>6) entre ay a; dos unidades de glucosa Enlace a(1 —+4) entre dos unidades de glucosa CH.OH Figura 4.13 Estructura del glucégeno mostrando sus dos ramas exteriores. Los residuos en los extremos no reductores se muestran dentro de un cuadrado continuo, el residuo que inicia una rama se muestra dentro de un cuadrado segmentado.(CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION 8IOLOGICA 66 Siempre que se necesite glucosa puede obtenerse mediante la degradacién selectiva de los polimeros por enzimas especificas. La mayor parte de las enzimas utilizadas atacan a las cadenas en sus extremos no reductores y liberan un residuo de glucosa cada vez. Este “mordisquear en el extremo” (frente a la ruptura interna), impide la fragmentacién continua de los polimeros largos. La estructura ramificada de la amilopectina y del glucégeno, por ejemplo, es tal, que cada molécula posee muchos extremos no reductores, lo cual permite la ripida movilizacion de la glucosa cuando sea necesaria, La cadena lineal de amilosa con su tinico extremo no reductor, se utiliza en cambio principalmente para el almacenamiento de la glucosa a largo plazo.” Polisacaridos estructurales Muchos polisacaridos desempefian el papel de elementos estructurales en las paredes celulares de los microorganismos unicelulares y en plantas superiores, asi como en las superficies exteriores de las células animales. Otros polisacaridos son componentes del tejido conjuntivo de los vertebrados y del exoesqueleto de los artropodos. Los polisacaridos estructurales proporcionan proteccidn, forma y soporte a las células, a los tejidos y a los 6rganos.* Existen muchos polisacaridos estructurales diferentes, a continuacién se examinaran algunos de ellos, 1. Celulosa La celulosa es el compuesto orginico de origen natural ms abundante en la corteza terrestre. Existe en todo el reino vegetal como parte estructural de la pared celular. De hecho, cada afio en la tierra se sintetizan y degradan unos 10'° kg de celulosa.*“° A diferencia de los polisacaridos de reserva, la celulosa y otros polisaciridos estructurales son moléculas extracelulares extruidas por las células que las sintetizan. Como la amilosa, la celulosa es un homopolisacérido lineal de residuos de glucosa, pero en la celulosa los residuos estin conec- tados por enlaces glucosidicos B(1 —» 4) en lugar de enlaces «(1 — 4).°* A través de los enlaces BC — 4) se encuentran unidas las unidades B-D-glucopiranosa, asi, se forman cadenas rectas reforzadas, ademas, por enlaces cruzados de puentes de hidrogeno (figura 4.14).”° Por ser la celulosa un polimero lineal muy grande, se encuentra constituida hasta por 15,000 restos de D-glucosa (un glucano).5! Estas moléculas de celulosa no cuentan con ramificaciones como en el caso de la amilopectina.*” No obstante, se puede decir, que la diferencia aparentemente pequeiia en cuanto a estructura que existe entre este polisacarido y la amilosa, le confiere propiedades muy distintas ¢ importantes. En lugar de formar una hélice enrollada, la celulosa forma una estructura de cadenas paralelas unidas transversalmente por puentes de hidrdgeno.'> Generalmente los polisacaridos grandes no poseen tamaiio definido, la celulosa no lo tiene ya que, en contraste con lo que ocurre con las proteinas, no existe una matriz o patron genético que dirija su sintesis. Del estudio de la estructura de fa celulosa, mediante la técnica de los rayos X, se deduce una estructura muy cohesionada, unida por puentes de hidrégeno; esto confiere a las fibras de la celulosa una fuerza excepcional y la hace insoluble en el agua a pesar de su cardcter hidrofilico.67 Derivaos DE LOS MONOSACARIDOS CH.OH b) Figura 4.14 Estructura de la celulosa. a) se muestra la cadena de celulosa, las unidades de D - glucosa se unen mediante un enlace f-(1 —> 4). b) representacién esquematica que muestra como las cadenas de celulosa paralelas se mantienen reunidas mediante enlaces transversales de hidrogeno, indicados con lineas verticales gruesas. La celulosa puede encontrarse en forma de cadenas totalmente extendidas, de tal manera que cada residuo de glucosa presenta un giro de 180° respecto al residuo de al lado, de este modo las cadenas pueden formar cintas que se empaquetan una al lado de otra con una red de enlaces de hidrégeno dentro de ellas y entre ellas.>” Esta estructura de la celulosa es ideal para su funcién biologica. La capacidad de formacién de puentes de hidrégeno entre las cadenas individuales es muy elevada, pues cada residuo tiene tres grupos OH que pueden participar. Esta peculiaridad confiere un alto grado de firmeza a la fibra intacta y es causa de su insolubilidad en el agua. En las paredes celulares de las plantas, estas fibras de celulosa estan densamente empaquetadas, formando capas reforzadas por la presencia de otras sustancias, como por ejemplo, hemicelulosa, pectina y lignina. La hemicelulosa es un polisacérido formado principalmente por D-xilosa; la pectina consta sobre todo de D-galacturonato y la lignina es una sustancia polifendlica compleja.* En contraste con el almidén, los enlaces [i(1 +> 4) de la celulosa son altamente resistentes a la hidrolisis 4cida; se requiere un acido mineral fuerte para producir D-glucosa; la hidrélisis parcial origina el disacdrido reductor celobiosa.'* Debido a que el hombre carece de una enzima que hidrolice los enlaces [i(1 > 4) glucosidicos de los polisacaridos, la celulosa no puede ser digerida y absorbida.** De esta forma, aunque los propios vertebrados no poseen una enzima capaz de hidrolizar los enlaces B(1 -> 4) de la celulosa, el tubo digestivo de los herbivoros contiene organismos simbidti- cos que segregan una serie de enzimas, conocidas colectivamente como celulasas que son capaces de hacerlo. No obstante, la degradacién de la celulosa es un proceso lento debido a que se halla muy empaquetada y las cadenas de glucano unidas mediante enlaces de hidrégeno no son facilmente accesibles a la celulasa y no se separan pronto, aiin después de que se hayan hidrolizado muchos de sus enlaces glucosidicos.*!CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA Debido a su elevada resistencia, la celulosa se utiliza en una variedad de aplicaciones comer- ciales y es un componente de numerosos materiales sintéticos, entre ellos el celofiin y el rayén28 2. Quitina La quitina es un homopolisacdrido lineal formado exclusivamente por residuos de N-acetil-D- glucosamina (GlcNAc) ligados por enlaces B(1 — 4) (figura 4.15).* Los residuos de N-acetil-D- glucosamina aparecen en lugar de los residuos de glucosa. Sélo se diferencia quimicamente de la celulosa en que cada grupo OH-C-(2) se halla sustitui- do por una funcién acetamida, El andlisis por rayos X indica que la quitina y la celulosa poseen estructuras semejantes.‘' La quitina esta considerablemente repartida en los diversos reinos de los organismos vivos. Constituye un componente menor en la mayoria de los hongos y algunas algas, en los que sustituye con frecuencia a la celulosa u otros glucanos. En las células de levadura en fase de divisién, la quitina se encuentra en el tabique que se forma entre las células que se estan separando. Sin embargo, la funcién mejor conocida de la quitina es la que posee en los animales invertebrados, donde constituye una sustancia estructural importante del exoesqueleto de muchos invertebrados ¢ insectos. En muchos de estos exoesqueletos la quitina forma una matriz sobre la cual se produce la mineralizaci6n, de manera muy parecida a como actiia el colégeno como matriz para el depésito de! mineral en los huesos de los vertebrados. CH.OH 0 n/t 5 4 ° Ho HN-GCH, ° Figura 4.15 Quitina, homopolisacérido que consta de unidades repetitivas de residuos de N-acetilglu- cosa-mina con enlaces (1 -> 4). Ve Glucosaminoglucanos Existe un grupo de polisacdridos que tiene una gran importancia estructural en los animales vertebrados, los glucosaminoglucanos, anteriormente denominados mucopolisacdridos.”” Se trata de sustancias heteropolisacaridicas que estan ampliamente distribuidas en el reino animal. El nombre se debe a la presencia de aminoazticares, por lo general, las formas N-acetilicas de la D-glucosami-69 DeRwao0s DE LOS MONOSACARIDOS nay la D-galactosamina. Otra caracteristica comin es la presencia de muchos grupos carboxilato (— COO) y sulfato (-OSO5) negativamente cargados.* Muchos glucosaminoglucanos estin constituidos por unidades repetitivas de un disacérido que contiene un derivado de aminoazitcar.’ Su conformacién es no ramificada constituida por restos de un dcido urénico y de hexosamina que se alternan. Las disoluciones de los glucosaminoglucanos poseen una consistencia pegajosa, mucosa, que es consecuencia de su viscosidad y su elasticidad elevadas.*' Estos glucosaminoglucanos no existen en estado libre, sino que se encuentran asociados con otras sustancias, en particular proteinas y agregados de proteinas y lipidos. Cuando habitualmente se encuentran unidos a proteinas se les llama proteoglucanos, nombre reservado a las moléculas hibridas de polisacaridos y proteina. Ejemplos importantes son: 1) dcido hialurénico, 2) sulfatos de condroitina y 3) sulfato de queratano.* 1. Acido hialurénico Estn constituidos por unidades disacaridicas que se repiten, cada una de ellas contiene un derivado de una aminohexosa, habitualmente D-glucosamina o D-galactosamina (figura 4.16). Las moléculas de dcido hialurénico, de estructura lineal, estan compuestas por 250 a 25,000 unidades disacaridicas unidas por enlace [i(1 > 4), los disacdridos se hallan constituidos por cido D-glucurénico y N-acetil-D-glucosamina unidos por un enlace (\(1 -> 3). La elevada viscosidad del 4cido hialurdnico se debe en parte a su cardcter polianidnico a pH fisiolégico (debido a la abundancia de grupos (~COO>) con carga negativa), el cual favorece una hidratacién masiva y la formacién de puentes de hidrdgeno. El caricter aniénico de sus restos de dcido glucurénico determina que el acido hialurénico se una a cationes tales como K*, Na” y Ca", Su masa molecular elevada y sus numerosos grupos B=>3) Gic Nac a4) Gic UA 3) Gic Nac Bawa) Gic UA i>) CHOH coo CH.OH coo Q 4 fa uJ u/s Q 9 ir 4 of x NOH Bf \, ‘OH ny 1» 4) 194) B(1>3) - B(1-+3) aie t-*3) Hoon HOH HONK HO O=CCH, 0-CCH, disacarido repetitive del acido hialurénico Figura 4.16 Acido hialurénico. La estructura es un copolimero alternante de acido D-glucurénico y N- acetil D-glucosamina. Como se indica, la composicién de un copolimero alternante puede describirse en términos de un disacdrido repetitivo con enlaces especificos intraglucosidi- cos e interglucosidicos.CCARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA, 70 aniénicos, que se repiten periédicamente, convierten al hialuronato en una entidad rigida y muy hidratada que en disolucién ocupa un volumen 1,000 veces mayor que en estado seco. Este dcido hialurénico, asi como otros glucosaminoglucanos, son degradados por la hialuronidasa, enzima que hidroliza sus enlaces B(1 — 4). La hialuronidasa aparece en gran cantidad de tejidos animales, en bacterias y en toxinas de reptiles ¢ insectos, El dcido hialurdnico es un glucosaminoglucano que es componente importante de la sustancia basica, del fluido sinovial (fluido que lubrica las articulaciones) y del humor vitreo del ojo. Tam- én se encuentra en las capsulas que rodean a algunas bacterias, habitualmente patgenas.*! En el tejido conjuntivo es el principal componente de la sustancia basal (una matriz gelatinosa reforzada con fibrillas de colageno que rellena los espacios extracelulares del tejido). El cordén umbilical es también rico en acido hialurénico.® 2. Sulfato de condroitina Es el polisacdrido principal de los proteoglucanos del cartilago™ se encuentra asociado con el su/~ fato de queratano en el tejido conjuntivo (figura 4.18).* Contiene unidades alternativas de dcido D-glucurénico (3), y de 4-sulfato de N-acetil-D-ga- Jactosamina en lugar de los restos de N-acetil-D-glucosamina del hialuronato (figura 4.17)! Estas unidades alternativas estin unidas como (1 —> 3). Los grupos sulfato estin insertos en las posiciones C4 0 C6 de los residuos GalNac. La presencia de grupos 4—O —[SO*],6-O-[SO*] y—COO™ contribuye a que la estructura sea decisivamente polianiénica. La longitud de una cadena de sulfato de condroitina puede variar de modo considerable, pues fluctiia entre 15 y 150 unidades de disacirido en diferentes tejidos. La extensién de la cadena y el grado de sulfatacion pueden ser afectados por la edad del tejido y quiza se relacionan también con algunas situaciones patolé- gicas. -O-s 4-0-8 psthas Gal Nac Rees). Gic UA BIS) Gal Nac Bi 4) GIcUA BS) os CHOH 9 (1-4) e 1-4) B13) we a o. o=6cn, 7 disacarido repetitivo de los sulfatos de condroitina Figura 4.17 Sulfato de condroitinaa You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.CARBOHIDRATOS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA, 72 H oso SH.OH 4 /c00 OH OH HOH fh NHCOCH, L- irudonato 4 sulfato deH - acetil ~D~glucosamina Figura 4.19 Sulfato de dermatan, Biosintesis La adicién de unidades de carbohidratos a una cadena polipeptidica constituye uno de los primeros pasos de la biosintesis de una glucoproteina. Este proceso se realiza en el reticulo endoplismico de la célula y esta catalizado por un grupo de enzimas conocido como glucosiltranferasas, las cuales transfieren, de manera especifica, ciertos carbohidratos activados hacia un aceptor?* La porcién de carbohidrato de una glucoproteina puede llegar a constituir desde menos del 1 hasta més del 30 por ciento. Algunas glucoproteinas poseen solamente uno 0 unos pocos grupos de carbohidrato, otras poseen numerosas cadenas laterales oligosacaridicas, que pueden ser lineales 0 ramificadas (figura 4.20). Casi todas las proteinas de la superficie externa de las células animales son glucoproteinas. Estas glucoproteinas aparecen en todas las formas de vida y desempefian funciones que abarcan el espectro entero de las actividades de las proteinas, entre ellas las de enzimas, proteinas de transporte, receptores, hormonas y proteinas estructurales. Las cadenas polipeptidicas de las glucoproteinas, como las de todas las proteinas, se sintetizan bajo control genético, las de carbohidratos, por el contrario, se generan enzimaticamente y se unen por covalencia al polipéptido sin la rigida guia de los patrones de dcido nucleico. Ademds, las glucoproteinas, poseen composiciones variables de carbohidratos, fenémeno que se conoce con el nombre de microheterogeneidad, lo que justfica las dificultades en su purificacién y caracteri- zacion. M Monosacérido uo Oligosacarido linea —! Oligosacarido a) (—__11 ramificado Proteina Proteina Proteina Figura 4.20 Tres tipos de glucoproteinas que se diferencian en tamafio y en la composicién de sus cadenas laterales de carbohidratos.a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.Capitulo PROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA UNIDADES ESTRUCTURALES DE LAS PROTEINAS Propiedades generales de los aminodcidos de las proteinas Estereoquimica de los a-aminodcidos PUENTES DE HIDROGENO EN LOS AMINOACIDOS DIVERSAS CLASIFICACIONES DE LOS AMINOACIDOS ENLACES PEPTIDICOS Y ESTRUCTURA DE LOS PEPTIDOS Segmentos de conformacion de las cadenas polipeptidicas NIVELES DE ESTRUCTURA EN LAS PROTEINAS 1. Estructura primaria 2. Estructura secundaria 3. Estructura terciaria 4. Estructura cuaternaria 5. Quinto nivel estructural en las proteinas IDESNATURALIZACION DE LAS PROTEINAS IMPORTANCIA DE LAS PROTEINAS7 PROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA Las proteinas, cuyo nombre significa “el primero” o “en primer lugar”, son las macromoléculas més abundantes de las células y constituyen casi la mitad del peso seco de la mayor parte de los organismos. Otra particularidad es que aparecen en una gran variedad; en una célula se encuentran centenares de clases diferentes. Las proteinas desempefian muchos papeles biol6gicos diferentes y son los instrumentos moleculares mediante los que se expresa la informacién genética.4 A principios del siglo XIX, el quimico holandés Gerardus Johannes Mulder investigaba las propiedades de las albiminas, sustancias que se encuentran en la leche y en los huevos y que coagu- lan por calentamiento, Mulder encontré que las albiiminas contenian carbono, oxigeno, nitrogeno € hidrogeno. En 1938, el cientifico sueco Jons Jacob Berzelius sugirié a Mulder que estas sustancias debian denominarse proteinas, nombre que se deriva del griego proteios que significa lo primero lo primario, porque é1 sospechaba que estos compuestos debian ser las sustancias bioldgicas mas importantes, La siguiente lista, aunque no es exhaustiva, da una idea de los limites tan amplios de las funciones biolégicas en las cuales se sabe que intervienen las proteinas: . Funcionan como catalizadores bioquimicos que se conocen como enzimas. Las enzimas catalizan casi todas las reacciones que se efectiian en los organismos vivos. Se pueden fijara otras moléculas a fin de participar en su almacenamiento y su transporte. Por ejemplo, la mioglobina fija oxfgeno y lo transporta hacia las células del miisculo esquelético y cardiaco, y la hemoglobina fija y transporta el oxigeno y el didxido de carbono en los glébulos rojos de la sangre. 3. Proporcionan a las células soporte mecénico y por consiguiente dan forma a los tejidos y a los organismos. 4, Ensambladas realizan trabajo mecénico, por ejemplo, el movimiento de los flagelos, la separacién de los cromosomas en la mitosis y la contraccién de los mtisculos. 5. Desempeiian algin papel en la descodificacién de la informacién en las células. Al- gunas, por ejemplo, las protefnas de los ribosomas, son necesarias para la traduccién, en tanto que otras desempefian algtin papel en la regulacién de la expresién de los genes, para lo cual se fijan a los dcidos nucleicos. 6. Son hormonas, las cuales regulan las actividades bioquimicas en las células o tejidos, que son su blanco; otras protefnas sirven como receptores de las hormonas. . Las inmunoglobulinas, una de las clases de protefnas dentro del sistema inmunolé- givo de Jos vertebrados, defienden al organismo contra las infecciones bacterianas y viricas.’ 8. Las protefnas ejecutan priicticamente todas las actividades de la célula, son las molé- culas encargadas de que las cosas ocurran. Se estima que una célula tipica de un mamifero puede tener hasta 10,000 protefnas diferentes en diversas disposiciones y funciones.*! v ~ Quimicamente las proteinas son enlazados polimeros de aminodcidos que van eslabonados de la cabeza a la cola, desde un grupo carboxilo a otro amino mediante la formacién de enlaces cova-a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.81 LUNIDADES ESTRUCTURALES DE LAS PROTEINAS. amino ~ a Figura 5.2 _ Representacién de un aminoacido a a pH neutro en forma tridimensional, con la ayuda de esferas y varilas, de la serina, en la cual, -R es ~CH,OH. Notese la numeracién como la alternativa a la designacién con letras «, para los carbonos. Debido a que los aminodcidos exhiben el cardcter de zwiteriones poseen propiedades fisicas que son caracteristicas de los compuestos idnicos. Estereoquimica de los a-aminodcidos En estos aminoacidos, los enlaces alrededor del carbono son tetraédricos, por lo que es conveniente representar a los aminoacidos de forma tridimensional. Siempre que un dtomo de carbono tiene cuatro sustituyentes distintos fijados a él, formando una molécula asimétrica, se dice que es un carbono quiral, un centro de quiralidad 0 un estéreocen- tro; también se suele llamar simplemente carbono asimétrico (figura 5.3). Si una molécula contiene un carbono asimétrico, existen entonces dos estereoisémeros distin- guibles, se trata de imagenes especulares que no se pueden superponer una a la otra o enantiémeros. Figura 5.3 Estereoisémeros de los a-aminodcidos en donde se muestra a la L-alanina y su enantiéme- ro la D-alanina, presentandose en modelos de esferas y varillas. La cadena lateral de la alanina es ~CH, los dos modelos son imagenes especulares que no pueden superponerse.PROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 82 En las formas de la alanina, figura que se expone mas adelante, los enantimeros L y D pueden distinguirse entre si experimentalmente debido a que sus disoluciones rotan el plano de luz polarizada en direcciones opuestas: los enantiémeros son Ilamados a veces isémeros épticos. Todos los aminodcidos, excepto la glicina, pueden existir en las formas D y L, ya que en todos los casos el carbono es quiral; la tinica excepeién es la glicina, dado que dos de los grupos unidos al carbono a: son iguales (H), con lo que se elimina la quiralidad. Un hecho muy importante es que todos los aminodcidos incorporados por los organismos a las. proteinas son de la forma L. No esta claro porque debe ser asi, ya que los aminodcidos L no presentan ninguna supe- rioridad intrinseca obvia sobre sus ismeros D en lo que se refiere a la funcién biolégica. De hecho Jos aminodcidos D existen en la naturaleza y algunos desempefian funciones bioquimicas importantes. Los 20 aminodcidos estindar se agrupan en cuatro familias principales, segin que posean: 1) grupos R no polares o hidrofébicos, 2) grupos R polares, pero sin carga, 3) grupos R con carga negativa y 4) grupos R con carga positiva. Dentro de cada familia existen gradaciones de polaridad, de tamaiio y de forma de los grupos R (figura 5.4).** Es indispensable considerar que, a pesar de que los aminoicidos son iones dipolares (zwiteriones), solubles en agua, una vez que estos aminodcidos se combinan por polimerizacién para formar péptidos y proteinas, las cargas iénicas sobre los grupos a-amino y a-carboxilo, que forman los enlaces, se han perdido. Como resultado, las caracteristicas iénicas, las polares o no polares de las cadenas laterales son las que influyen en gran medida a nivel general en la forma tridimensional, o la conformacién de una proteina. Por ejemplo, las proteinas globulares, solubles en agua, contienen por lo regular cientos de residuos de aminodcidos en una conformacién compleja, La mayor parte de las cadenas laterales hidrofilicas de una determinada proteina, estén en Ja superficie de la macromolécula y, por tanto, expuestas al agua, mientras que muchas de las cadenas laterales hidrofébicas se encuentran en el interior de la proteina y asi quedan protegidas del agua, PUENTES DE HIDROGENO EN LOS AMINOACIDOS Asociados a los atomos de la cadena lateral de aminoacids encontramos “encajados” algunos protones que pueden servir como donadores de hidrogeno o pueden ser formadores de puentes de hidrogeno. Existen en la naturaleza otros aminodcidos que pueden participar directamente en los puentes de hidrégeno aceptando pares de electrones en sus cadenas laterales; estos pueden formarse entre las cadenas laterales de los aminoacidos y sus atomos ligados (sustratos, productos, inhibidores, ete.); y pueden contribuir para completar la energia necesaria para su actuacion como enzima (figura 5.5). Las cadenas laterales que son capaces de actuar como donadores en los puentes de hidrogeno son: tirosina (~O-H), serina (-O-H), treonina (-O-H), triptéfano (=N-H), histidina (=N-H), y cisteina (-S-H).'*a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.85 DIVERSAS CLASIFICACIONES DE LOS AMINOACIDOS eed En el caso de la cisteina (aminoacido no esencial), su dtomo de azufre proviene de la metionina (aminoacido esencial) a través de la cistationina, un intermediario que se forma durante la degra- dacién de la metionina.” 2. Aminodcidos neutros, dcidos y basicos Como ya se detallé al principio de este apartado, los grupos R pueden ser ionizables o no y pueden funcionar éstos como dcidos o como bases (ya sea con carga positiva o negativa). 3. Aminodcidos con grupos R polares y apolares Las reacciones biolégicas en la célula tienen lugar a temperaturas moderadas, asi como a un pH neutro.” En este punto se puede revisar mas en detalle, que un grupo R es hidrofilico (afin al agua) lo que significa que se solvata (se forman enlaces fuertes con iones disueltos)™ con facilidad por las moléculas polares del agua. La polaridad puede deberse a la presencia, a pH 7.00 (pH fisiolégico), de una carga positiva o negativa completa en un grupo R ionizable (polar, cargado), o bien a la presencia de cargas parciales en los enlaces tipo dipolo permanente de grupos R no ionizables (polares, no cargados). Un grupo R apolar es hidrofébico (repelente al agua), lo que significa que el agua no lo solvata con facilidad. La apolaridad se debe a la ausencia de las caracteristicas de polaridad antes mencionadas © a.una contribucién minima de ellas, y a la presencia de muchos enlaces apolares C-C y C-H® fered Basicos eres Cl to) Cr eto) Cargado ene odPROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 86 4, Aminodcidos con cadenas laterales aliféticas La glicina, alanina, valina, leucina e isoleucina poseen cadenas laterales alifaticas 0 alquilicas. En el caso de la leucina, por ejemplo, tiene una tendencia mucho mayor a pasar desde el agua a un disolvente de hidrocarburos, que la glicina. Los aminoacidos mas hidr6fobos, como Ia isoleucina, se encuentran normalmente en el interior de las moléculas proteicas, donde estan aislados del agua. La prolina, que es dificil encajar en alguna categoria, comparte muchas propiedades con los aminodcidos alifaticos. 5. Aminodcidos con cadenas laterales que contienen hidroxilo o azufre En esta categoria se puede situar a la serina, cisteina, treonina y metionina. Estos aminoacidos, debido a que sus cadenas laterales son débilmente polares, son en general mas hidréfilos que sus anilogos alifaticos, a pesar de que la metionina es bastante hidréfoba. En este grupo puede destacar- se la cisteina en dos aspectos: en primer lugar, la cadena lateral puede ionizarse a pH elevado, y en segundo lugar, puede producirse una oxidacién entre pares de cadenas laterales de cisteina para formar un enlace disulfuro. El producto de esta oxidacién recibe el nombre de cisteina. 6. Aminodcidos aromiaticos Existen tres aminoacidos fenilalanina, tirosina y triptéfano que representan cadenas laterales aro- miticas. Estos aminoacidos aromiticos, como la mayoria de los compuestos que llevan anillos conjugados, presentan una fuerte adsorcién de luz en la region del espectro ultravioleta cercano.” ENLACES PEPTIDICOS Y ESTRUCTURA DE LOS PEPTIDOS Las proteinas son macromoléculas de importancia biol6gica fundamental, constituidas por cadenas de aminodcidos unidos entre si por enlaces peptidicos; sus pesos moleculares son usualmente elevados, oscilando entre 10* y 10°. Por tratamientos hidroliticos adecuados las proteinas se pueden degradar a péptidos mas pequeiios y, finalmente, a los aminodcidos que los constituyen? Los aminocidos se van ensamblando durante la sintesis de protefnas mediante la formacién de enlaces peptidicos (figura 5.6). El grupo a carboxilo del primer aminodcido se condensa con el grupo 0 amino del siguiente para eliminar agua y producir un enlace peptidico.” La unién de estas moléculas de aminoacidos se hace covalentemente y el enlace que se origina, que es un enlace peptidico amino, origina un dipéptido™ tres aminodcidos forman un tripéptido y asi si ' cada aminoscido unido en esta cadena se le llama “residuo de aminodcido”. Una cadena que cuenta con mas de 100 aminodcidos unidos uno tras otro se llama polipéptido> De este modo, las cadenas que s6lo contienen unos pocos residuos de aminodcidos (como un tetrapéptido) se denominan oligopéptidos.*”87 ENLACES PEPTIOICOS ¥ ESTRUCTURA DE LOS PEPTIDOS. Figura 5.6 Estructura del enlace peptidico. Se presentan los valores aceptados actualmente para las longitudes y angulos de enlace las longitudes de enlace estan en nm (namémetros) de un aminoacido a otro aminoacido. La reaccién puede considerarse una simple eliminacién de una molécula de agua entre el grupo carboxilo de un aminodcido y el grupo amino de otro, mediante la accién de agentes de condensacién enérgicos.** Generalmente un extremo de esta cadena de residuos de aminodcidos posee un grupo amino libre y el otro extremo posee un grupo carboxilo libre. Por acuerdo general, las secuencias peptidicas se escriben con el NH;-terminal a la izquierda. La abreviatura de cada aminodcido es un simbolo de tres letras, generalmente las tres primeras letras de su nombre en inglés. Los simbolos de una letra se utilizan a menudo para abreviar las secuencias de los polipép- tidos grandes, y para manejar las secuencias en ordenador.” En términos de la composicién de monémeros, hay tres elementos estructurales importantes en los polipéptidos: 1) la identidad de los aminodcidos presentes, 2) las cantidades relativas de cada uno de ellos y 3) la secuencia segin la cual se conectan los residuos. Existen algunas caracteristicas (tipicas) en la formacién de los polipéptidos que es convenien- ‘te mencionar: 1, La unién simultinea de los aminodcidos produce cadenas peptidicas (figura 5.7) Mamadas también polipéptidos si son varios los aminodicidos que se unen. 2. La formacién de enlaces peptidicos es altamente endergdnica (requiere energia) ademis de que requiere la combinacién de hidrolisis de alta energia por puentes fosfato. MNININGR N | HO 7 Estructura genérica de una cadena polipeptidica que muestra la union de los residuos de aminodcidos adyacentes a través de enlaces peptidicos. Figura 5.a You have either reached 2 page thts unevalale fer vowing or reached your ievina tit for his book.89 ENLACES PEPTIOICOS Y ESTRUCTURA DE LOS PEPTIDOS Eie de helice dextrogira Unidad plana det enlace peptidico Figura 5.8 — Conformacién de la hélice a de! péptido. a hélice es la aparicién de 3.6 residuos aminoacidos por cada vuelta de 360°, el enlace peptidico en esta formacién se encuentra paralelo al eje de la hélice.'” En teoria una hélice a puede ser dextro 0 levégira, pero, para los residuos de L-aminoacidos, la conformacién levdgira se desestabiliza por interferencia estérica entre los oxigenos carbonilicos y las cadenas laterales. Por tanto, las hélices a que se encuentran en las estructuras de las proteinas son casi siempre dextrégiras. Algunos residuos, por lo comin glicinas, se han encontrado en conformaciones heli- coidales a levégiras pero sélo en tramos no mayores de cuatro residuos.”* Estos puentes de hidrégeno intracatenarios son una consecuencia directa de ta orientacion trans del enlace peptidico coplanar. En la hélice « (figura 5,9) se puede encontrar que posee una media de 3.6 residuos aminoacidos por cada vuelta de la hélice (vuelta de 360°), con puentes de hidrdgeno entre los aminodcidos cada cuatro posiciones.”” El paso de la hélice (la distancia cubierta por cada vuelta) es de 5.4 A, el dipolo N-H del residuo n esta unido por puentes de hidrégeno al dolante de la hélice Figura 5.9 Estructura de la hélice que caracteriza la estructura secundaria de las proteinas. Con las lineas gruesas se muestran los puentes de hidrogeno.PROTEINAS: ESTRUCTURA Y FUNCION BIOLOGICA 90 dipolo C=O del residuo n + 4.5 Cada oxigeno del carboxilo est unido por un puente de hidrégeno al prot6n del amino del cuarto residuo més adelante de la hélice, por consiguiente, si se incluye el puente de hidrégeno, se forma un bucle de 13 atomos. Aste mimero de dtomos se le Ilamara N, entonces, un modo rapido de describir una hélice a es mediante la abreviatura ny, donde n es el mimero de residuos por vuelta. Por ejemplo, la hélice 3,y encaja en esta descripcién, presenta exactamente 3 residuos por vuelta y un bucle de 10 elementos. La hélice a también podria Hamarse hélice 3.6,,.°” Aunque la hélice ct se caracteriza por la posici6n de los dtomos de la cadena polipeptidica, las cadenas laterales de aminodcidos afectan a la probabilidad de que se encuentre una secuencia dada de residuos de aminodcidos en una hélice 0. Dado que el étomo de carbono @ es el punto de rotacién de la cadena, los grupos R asociados con dicho dtomo afectan estéricamente los planos de las aminas adyacentes. Los residuos de glicina no favorecen la formacién de la hélice a debido a que la cadena lateral con un solo étomo de hidrégeno, es demasiado pequetia para restringir los angulos x y @ de aquellos apropiados para una hélice o. Los puentes de hidrégeno son los encargados de dar la estabilidad a la hélice, estos puentes se extienden desde el dtomo de H de la unidad NH polar en cada monémero peptidico hasta el étomo de oxigeno de la unidad carboxilo polar. De forma individual, cada enlace de hidrgeno sencillo, genera fuerzas de atracciGn débiles, aunque éstas se agregan después a las fuerzas individuales mas fuertes.”7 2. Estructura en ldmina B Esta representa a la estructura secundaria, propuesta por Pauling y Corey. Esta lamina B consiste de cadenas polipeptidicas extendidas (que se llaman cadenas ) estabilizadas por puentes de hidrége- no entre oxfgenos carboxilo e hidrégenos amino y pueden unir a dos o més cadenas adyacentes 0 a segmentos diferentes de la misma cadena; los cuales son casi perpendiculares a las cadenas polipeptidicas extendidas, y pueden ser paralelas (que corren en la misma direccin N a C terminal), 0 antiparalelas (que cuando una cadena corre en la direccién opuesta C a N terminal).2* En realidad, las estructuras de la Limina B plegada que se han observado en las proteinas y se han predicho teéricamente no tienen sus dtomos restringidos exactamente al mismo plano. En las /éminas B plegadas paralelas, las cadenas polipeptidicas estén ordenadas con sus extremos terminales carboxilo en la misma direccién. Cada enlace peptidico participa en la formacién de un puente de hidrdgeno con un enlace peptidico adyacente de la otra cadena. Este tipo de confor- macién sittéa a los grupos R a ambos lados de Ia imina, punto importante a tener en cuenta cuando se considera la estratificacién de una limina polimolecular sobre otra. En las dminas B plegadas antiparalelas, este tipo de conformacién se produce cuando dos cadenas polipeptidicas adyacentes se extienden en direcciones opuestas. Tal circunstancia es menos comiin en las proteinas humanas; algunos ejemplos presentes en la naturaleza son la fibroina de la seda y el amiloide, una proteina existente en la amiloidosis y en la enfermedad de Alzheimer.” Los atoms se sittian en un plano plegado y las cadenas laterales de residuos sucesivos a fo largo de la cadena polipeptidica sobresalen alternadamente por arriba y por debajo del plano general de la estructura. Las estructuras de la Limina i plegada (figura 5.10) al igual que la hélice «#, permiten la formacién del maximo ntimero de puentes de hidrégeno entre los grupos carboxilo y

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