Diversidad genética en razas tunecinas de caballos

Abstracto. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética y la

diferenciación en cuatro razas de caballos Túnez, Barb, árabe-Barb, árabe, y las razas
inglesas del pura sangre. Un total de 200 muestras de sangre (50 Cada raza) se
recogieron de las venas yugulares de los animales, y el ADN genómico fue extraído. El
análisis De la estructura genética se llevó a cabo utilizando un panel de 16 loci
microsatélites. Los resultados mostraron que todos los estudiados Los marcadores de
microsatélites fueron altamente polimórficos en todas las razas. En total, un total de
147 alelos fueron detectados usando Los 16 loci de microsatélites. El número medio
de alelos por locus fue de 7,52 (0,49), 7,35 (0,54), 6,3 (0,44), Y 6 (0,38) para las razas
Arab-Barb, Barb, Arabian e Inglés Thoroughbred, respectivamente. El observado
Heterocigosis varió de 0.63 (0.03) en el pura sangre inglesa a 0.72 en las razas Árabe-
Barb, mientras que Las heterozigosidades esperadas se encontraban entre 0,68 (0,02)
en el inglés Thoroughbred y 0,73 en las razas Barb. Todos los valores FST calculados
por parejas de raza combinaciones fueron significativamente diferentes de cero (p
<0,05) y Se reveló una importante diferenciación genética entre razas. Las distancias
genéticas, la correspondencia factorial, Y los análisis de coordenadas principales
mostraron que la cantidad importante de variación genética estaba dentro de la
población.Estos resultados pueden facilitar programas de conservación para las razas
estudiadas y mejorar la preservación de su genética diversidad.

Introducción

La diversidad biológica o la biodiversidad se refiere a la variabilidad Características

hereditarias en una especie. La mayor diversidad genética Nivel, para una especie o
una población, ofrece la oportunidad Para que los animales desafíen las duras
condiciones ambientales Y lidiar con el cambio climático y el calentamiento global. los
Las razas o tamaños de las poblaciones en todo el mundo Fluctuaciones que reflejan
la variación ambiental y Crecimiento poblacional demográfico (Willi et al., 2006; Et al.,
2011).

Estadísticas recientes de la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y

la Alimentación (FAO) informó que las poblaciones de numerosos Animales,
especialmente caballos, están en constante declive, Algunos ya extinguidos, afectando
En el número real de razas equinas) y Intra-raza (disminución en el número de
individuos) diversidad (FAO, 2011). El tamaño de la población de caballos Las razas
representan alrededor de 26 000 cabezas, de las cuales 14 000, 6000, 5000 y 1000
son Arab-Barb, Barb, Arabian, y Inglés razas de pura sangre, respectivamente.
También hay 40 000 machos y hembras (FNARC, 2015). Estos animales Se utilizan
generalmente en la fantasía (exposición tradicional De la equitación realizada durante
los festivales culturales), como Así como en los deportes ecuestres. Conservación
apropiada y Programas de gestión sostenible para los equinos tunecinos Las razas
necesitan información completa sobre sus Diversidad y estructuras de las poblaciones.
Al mismo tiempo, La diversidad genética puede indicar un punto caliente de diversidad
genética, Una herramienta para focalizar los esfuerzos de conservación en especies
ganaderas
Las razas nativas de caballos en Túnez han jugado papeles clave A través de la
historia en la agricultura, el transporte y las actividades de ocio.

Estas razas se enfrentan actualmente a importantes y duras condiciones climáticas y a

las malas prácticas de manejo.

Haddad (2015) informó que el primer libro genealógico para Raza equina se estableció
el 20 de junio de 1896 Algunos estudios sobre la diversidad genética en el caballo
tunecino Razas: El primer estudio tuvo como objetivo evaluar La diversidad genética
del caballo tunecino y se publicó en 2014(Haddad et al., 2014, Jemmali et al., 2015).
Estos autores Intentan caracterizar las relaciones genéticas dentro de las razas
locales (Barb, Arab-Barb y Mogod Pony). Se reveló una pobre diversidad genética. En
la actualidad, Hay intentos de iniciar programas de cría para caballos. Árbol
genealógico Y la grabación del funcionamiento están en curso. Inseminación artificial
Es una práctica común en HARAS de FNARC en El norte de Túnez. La cría cruzada
también se utiliza para mejorar Y satisfacer la demanda de los criadores. Hoy, sin
embargo, No hay programas de conservación para razas equinas. Los marcadores de
microsatélites han sido ampliamente la Variabilidad genética para diferentes razas de
caballos (Karima et al.,2011). Estudios de diversidad genética dentro y entre caballos
han sido analizadas utilizando microsatélites, se han realizado Sobre razas francesas
(Moureaux et al., 1995), razas polacas

(Zabek et al., 2005), razas austriacas (Druml et al., 2007), Americanas (Tryon et al.,
2009) y razas argelinas (Berber et al., 2014). El objetivo del estudio fue caracterizar la
Estructura, polimorfismo de microsatélites y distancias genéticas Entre razas y dibujar
el árbol filogénico para caballos que se reproduce en Túnez.

2. Materiales y métodos

2.1 Muestras de población

Se tomaron y probaron un total de 200 muestras de sangre de las Cuatro razas de

caballos tunecinos (Barb: BA, Arab-Barb: AB, Arabian: ARKANSAS; Y Puro Sangre
Inglés: PS). Para asegurar eso Cada muestra era representativa de la población
respectiva, Se empleó una estricta estrategia de muestreo y Consultando Los orígenes
y las relaciones familiares de los individuos Se consideraron animales y se tomaron 50
muestras para Cada raza. Los animales analizados fueron elegidos de acuerdo a la
información genealógica Y la relación familiar. Sólo los individuos con Diferentes
ascendencia ancestral fueron muestreados. A fin de Elegir la mayoría de los
contribuyentes a la variabilidad genética, para cada raza, Macho y hembra fueron
representados igualmente aleatoriamente. El ADN genómico se amplificó utilizando 16
microsatélites Loci (Tabla 1). Todos los individuos analizados fueron registrados En el
libro genealógico de la raza tunecina. Aproximadamente 5 ml de Sangre de las venas
por animal se recogió asépticamente en tubos Que contiene ácido
etilendiaminotetraacético (EDTA, 0,5 mM,

PH 8,0).
2.2 Aislamiento del ADN y selección de microsatélites

El ADN genómico se extrajo de la sangre total usando PurelinkTM Genomic DNA Mini
Kit (Invitrogen) El protocolo del fabricante Un total de 17 microsatélites Se utilizaron
marcadores (Tabla 1) específicos de Equus caballus en este estudio Todos los
marcadores de microsatélites están Recomendado por la Sociedad Internacional de
Genética para estudios de diversidad y verificación de parentesco Alfabético la
Nomenclatura se utilizó para la designación del tamaño del alelo De acuerdo con la
Sociedad Internacional de Genética Animal.

2.3 Condiciones de PCR y registro de datos

La amplificación de los microsatélites usados incluía una desnaturalización inicial A

95ºC durante 15 min, seguido por 30 ciclos de 30 s A 94ºC, 90 s a 58ºC de
temperatura de hibridación, y 1 min a 72ºC. Se llevó a cabo una etapa de elongación
final a 60ºC para 30 minutos. Los productos amplificados se desnaturalizaron con
formamida (8,3 μl), y Gene Scan-500LIZ (0,3 μL) y PCR Productos (2 μl) fueron
detectados por electroforesis capilar Utilizando un analizador genético ABI Prism 3130
DNA (Applied Biosystems, EE.UU.). Los análisis de tamaño de los fragmentos de ADN
separados Fueron realizadas con el software Gene Mapper (Applied Biosystems, Ver.
4.0). Los ensayos de genotipificación de microsatélites Fueron realizados en el
laboratorio de Genética Animal Análisis del Instituto Nacional de Investigación
Veterinaria en Túnez, Túnez.

2.4 Análisis estadístico

Se recopilaron datos moleculares recopilados para posible genotipificación y los

Errores debidos a alelos nulos, dominancia alelo corto, tipografía Errores y la
puntuación de los picos de tartamudeo: Diversidad genética Dentro de las razas, la
variación genética y las relaciones, Las razas se evaluaron utilizando diferentes
softwares. GenAlex 6.2 Se utilizó para calcular índices de diversidad genética para
cada razas de la Población (Khanshour et al., 2013). Software Genetix (versión 4.04)
se utilizó para la detección de frecuencias alélicas y el Número de alelos por locus.
Observada heterocigosidad (Ho), Heterozigosidad esperada (He), y la heterocigosidad
esperada imparcial (UHe) se calcularon a través de loci y las poblaciones (Berber et
al., 2014) y el número efectivo de migrantes Por generación (Nm; Wright, 1969).
Estadísticas F de Wright (FST, FIS y FIT, Wright, 1965, 1978) en la forma
propuestaPor Weir y Cockerham (1984) se calcularon usando El software Genetix. Las
diferentes estadísticas F miran Diferentes niveles de estructura de la población. FIT,
FIS y FST Son el coeficiente de endogamia de un individuo con respecto a la
Población total, el coeficiente de endogamia de un individuo Relativo a la
subpoblación, y el efecto de subpoblaciones En comparación con la población total,
respectivamente. Todos los coeficientesSe ajustan a la siguiente ecuación:

(1􀀀FIS) (1􀀀FST) D (1􀀀FIT) :

Tabla 1: Tabla 1. Secuencias de microsatélites y tamaño de la longitud.

Loci Secuencias de microsatélites Longitud Referencias

Tamaño (pb)
La representación de las relaciones genéticas entre las Poblaciones se realizó
utilizando el componente principal (PCA) Y los análisis de la correspondencia factorial
(FCA) implementados Por GenAlex 6.2 y Genetix 4.04. El dendrograma Se construyó
usando el método del grupo de pares no ponderado promedios (UPGMA) basado en
las distancias genéticas de Nei (1972). Se utilizó el software de estructura (Pritchard et
al., 2000) para analizar La estructura genética del animal muestreado. El mejor valor k
Correspondiente al número de subpoblaciones Basado en el método de Evanno et al.
(2005).

3. Resultados y discusión

3.1 Marcadores de microsatélites

Todos los loci microsatélites utilizados en este estudio fueron amplificados con éxito
En los individuos analizados para las cuatro razas (árabe- Barb, Barb, árabe e Inglés
de pura sangre). Recogido Los datos no mostraron evidencia de alelos nulos o
puntuación

error considerando todas las muestras seleccionadas, aunque hubo diferencias Entre
las muestras probadas con respecto a la presencia o ausencia De los alelos y sus
frecuencias. Todos los microsatélites probados Fueron polimórficos en todas las
poblaciones. Un número total De 147 alelos diferentes se encontraron a través de los
16 amplificado Loci La frecuencia de los alelos para los datos analizados varió de 0,00
A 0,77 La frecuencia alélica más alta se observó para HTG7 (127 pb) con 0,77 y 0,72
para la Barb y Arab- Barb, respectivamente. Purasangre árabe e inglés Las razas
tenían las frecuencias más altas para HMS1 (177 pb) Y HMS2 (226 pb) con 0,58 y
0,64, respectivamente (Figura 1). El número de alelos efectivos por locus indica baja O
alta polimorfismo genético riqueza de los marcadores utilizados. Este último número
osciló entre 3,20 y 3,78. Este parámetro Fue de 3,78 (0,31), 3,78 (0,30), 3,41 (0,25) y
3,20 (0,22)( esto es muy complicado pero recuerda que te quiero mucho) En el árabe-
Barb, Barb, árabe e inglés purasangre, respectivamente. Aunque los valores del
número de alelos eficaces En razas estudiadas se encontraban en rangos
comparables, hay Variabilidad morfológica (hocico, nariz, cola, melena, Etc.) que
pueden ser detectados por otros parámetros como la media Número de alelos por
locus, heterocigosidad observada, esperada Heterocigosidad y estadística F.

Diversidad genética dentro y entre razas

El número de alelos por locus (Na) varió entre 6 (HTG6, AHT6 y HMS1) y 13 (ASB23 y
ASB17)

Con una media de 9,31 (2,40) alelos. En Barb y árabe- Barb, se encontraron valores
medios comparables para Heterozigosis, heterozigosidad esperada, e imparcialidad
Heterocigosidad esperada. Estos valores fueron 0,7 (0,03), 0,73 (0,03) y 0,73 (0,03),
respectivamente. Para los árabes y Inglés Razas de pura sangre, los valores
respectivos de Ho Fueron respectivamente 0,65 (0,04) y 0,64 (0,03), ya que Fueron
0.69 (0.02) y 0.68 (0.02), y para UHe fueron 0,68 (0,02) y 0,68 (0,01). En todas las
razas analizadas encontramos Ho Inferior a Él. Cuando la heterocigosidad observada
es menor De lo esperado, es porque el apareamiento se ha desviado de Aleatorias
relacionadas con el apareamiento. Los resultados de este estudio son Similares a los
reportados por Solis et al. (2005), Khanshour Et al. (2013) y Berber et al. (2014).
Además, Canon Et al. (2000), Tozaki et al. (2003), Behl et al. (2007) y Kusza et al.
(2013) informaron 6, 5,8, 5,2 y 6,6 como números medios De alelos por locus. Sin
embargo, Haddad et al. (2014) obtenido 4,23 como valor medio en Barb y Mogod
tunecino Razas de caballos de potro. la media del coeficiente de endogamia (FST)
(Wright, 1969) fue de alrededor de 4,9 (0,02) para todas las razas analizadas. Este
resultado Indica una variación genética significativa entre las Razas de caballos. La
diferenciación genética entre razas fue significativa (P <0,03) para todos los loci. Los
resultados obtenidos son comparables A los reportados por Berber et al. (2014) y
Haddad (2015). Estos últimos autores confirmaron la ocurrencia de Diferenciación
genética entre las comunidades autóctonas Razas de caballos. En el presente estudio
32 alelos privados se encontró El número de alelos raros (Np) fue de 10, 7, 7 y 8 para
las razas BA, AB, AR y PS, respectivamente (Tabla 2). Nuestros resultados confirman
los hallazgos de Berber et al. (2014) y Haddad (2015), especialmente para la raza
Barb de África del Norte. La media de FIS varió de 􀀀0.207 a 0.469 para AR, 􀀀0.205 A
0,565 para PS, ≤0,156 a 0,197 para AB y ≤0,15 a 0,112 para caballos BA. Este índice
refleja el índice de Hardy-Weinberg Desequilibrio especialmente para el purasangre
árabe e inglés Razas Una frecuencia importante de los loci analizados (62,5%)
mostraron valores positivos (positivo como mi love for u) para FIS. Este resultado
confirma Que había apareamiento entre parientes. Khanshour et Alabama. (2013)
reportaron resultados de desequilibrio similares para los países árabes Razas Las
estadísticas F y las estimaciones del número de migrantes efectivos Sobre todas las
poblaciones se dan en la Tabla 3 para Cuatro razas del estudio. El FIS individual varió
de 􀀀0,078 (AHT5 y HMS1) a 0,142 (HMS3). El índice FIS Fue significativamente
diferente de cero (p <0.05) sólo para Las razas puras de árabe e inglés debido a una
falta De la heterocigosidad. Wright (1978) informó que la FST indica una moderada
Diferenciación para valores entre 0,05 y 0,15, una gran Diferenciación para valores
entre 0,15 y 0,25, y una importante Diferenciación genética para valores superiores a
0,25. En general, FST valores en este estudio sugieren baja diferenciación genética En
todas las razas. La FST, en nuestro caso, varió de 2,6 a 8.5% con un promedio de
5.5% (0.4). Estos niveles para la FST En las razas tunecinas de caballos son más
pequeñas que las Encontrados en razas argelinas (FST D8.6%, Berber et al., 2014),

Tabla 2. Frecuencia de alelos y heterocigosidad para razas tunecinas analizadas.

tabla 3. Estadística F y estimaciones de las poblaciones globales FIS, FIT, FST y Nm

de las razas tunecinas de caballos (AB, BA, AR y PS).

Las razas polacas (FST D10%, Zabek et al., 2005), brasileñas (FST D11.7%, Lippi y
Mortari, 2003). Sin embargo, Son ligeramente inferiores al 6,5% informado por Behl et
Alabama. (2007) para cinco razas de caballos indias. El número de migrantes efectivos
(Nm) intercambiados por todas las razas se presentan en la Tabla 3. Muestra Que los
valores de Nm para todas las muestras analizadas variaron de 2,68 A 9,46. Ese
número de migrantes efectivos era muy importante Especialmente para las razas Barb
y Arab-Barb (Tabe 3). En total, 147 alelos fueron probados para el Hardy-Weinberg
Equilibrio (HWE) para todas las razas. Desviaciones significativas (p <0,05) De HWE
se observaron durante 16 (23,5%) de Las 68 combinaciones Sólo purasangre árabe e
inglés Caballos exhibieron una desviación significativa del HWE (P <0,04). La raza
árabe mostró el número máximo De loci en desequilibrio (10 loci).

3.2 Análisis de componentes principales y análisis espacial

Interpolación de los resultados: Los tres primeros ejes realizados en frecuencias

alélicas explican 63,48% de la inercia total. Estos tres primeros ejes explican 25,45,
23,39 y 14,64%, respectivamente. El especial Distribución indica altas similitudes entre
Barb y Raíces de árabe-Barb. Se observó una diferencia significativa entre Las razas
puras de árabe e inglés (Fig. 2).

3.3 Análisis de correspondencia factorial para análisis

Razas de caballos

El análisis factorial factorial como se muestra en la Fig. 3 Diferencia claramente el

Barb, árabe, e inglés Thoroughbred Las razas Barb y Arab-Barb se agruparon juntas.
Las razas árabe y árabe-Barb También agrupados en otro grupo con semejanzas
menores En comparación con el primer grupo. Berber et al. (2014) informó Genética
de las razas Barb y Arab-Barb.

Los resultados corroboran los avanzados por Ouragh et al. (1994). El enfoque de
agrupación de vecinos y el factorial Análisis de correspondencia se utilizaron como
herramientas eficientes que Información precisa sobre las relaciones entre razas
(Figuras 3 y 4). Las distancias genéticas, la correspondencia factorial y la Los análisis
de coordenadas mostraron que la cantidad significativa De la variación genética está
dentro de la población.

3.4 Análisis de estructuras

Proporciones individuales estimadas de membresía en cada Raza están

representados por un color de racimo. El árabe- Las razas Barb (AB) y Barb (BA) se
agrupan. Los La raza inglesa de pura sangre (PS) se separó de la Resto de
poblaciones. Hay similitudes relativas entre La raza Arab-Barb (AB) y la raza Arab
(AR).
Figura 2. Análisis de componentes principales para las razas tunecinas de caballos.

Figura 3. Análisis de correspondencia factorial para las razas tunecinas de caballos.

Figura 4. El dendrograma de unión con vecinos, incluyendo los cuatro

Estudiaron razas tunecinas. AB: Arab-Barb (pop 1); BA: Barb (pop2);

AR: Arabian (pop3); Y PS: Inglés Thoroughbred (pop4).

Figura 5. Representación gráfica de la membresía de 200 individuos de AB: Arab-Barb
(1); BA: Barb (2); AR: Árabe (3); Y PS: Inglés

Pura sangre (4).

4. Conclusión

Este documento destaca la estructura genética de la Razas de caballos. Existe una

diferenciación genética entre Tunecina Barb y Arab-Barb caballos y otras razas. Los
Barb y Arab-Barb parecían ser genéticamente similares y Considerado como el mismo
grupo. Esto se puede explicar por El flujo genético continuo entre ambas razas.
Además, La cantidad significativa de variación genética se encontraba dentro de las
poblaciones. Estos resultados pueden contribuir a la Programas de conservación de
razas de caballos tunecinos y Esfuerzos para mejorar la preservación de la diversidad
genética revelada.