 BASES NITROGENADAS

Las bases nitrogenadas son las que contienen la información genética. Una base nitrogenada
es cualquiera de los compuestos químicos nitrogenados que constituyen los ácidos nucleicos,
se conoce dos tipos:
Purinas: Cualquiera de las sustancias nitrogenadas derivadas de la purina que componen de
los ácidos nucleicos
Pirimidinas: Cualquiera de las sustancias nitrogenadas derivadas de la pririmidina, que
componen los ácidos nucleicos. Las principales son citosina, uracilo y la timina

Las principales purinas del ADN y del ARN son la guanina y la adenina. Las principales
pirimidinas del ADN son la timina y la citosina, mientras que en el ARN son el uracilo y la
citosina; la timina es exclusiva del ADN y el uracilo lo es del ARN. Cuando las bases
nitrogenadas se combinan con un azúcar de cinco carbonos, se conocen como nucleósidos.
Cuando los nucleósidos se fosforilan, los compuestos se denominan entonces nucleótidos. El
fosfato puede unirse a la posición 5 ’ o a la posición 3 ’ de la ribosa, Las bases púricas y
pirimídicas tienen formas tautómeras; es decir, experimentan desviaciones espontáneas de las
posiciones relativas de un átomo de hidrógeno y un doble enlace en una secuencia de tres
átomos que implica heteroátomos. Esta propiedad es muy importante porque la localización
precisa de los átomos de hidrógeno en los átomos de oxígeno y de nitrógeno afecta las
interacciones de las bases en las moléculas de ácidos nucleicos. La adenina y la citosina
tienen ambas formas amino e imino; la guanina, la timina y el uracilo tienen ambas formas
ceto y enol. Cuando una base púrica o pirimídica está ligada por un enlace β-N-glucosídico
al C-1 de un azúcar pentosa, la molécula se denomina nucleósido y contiene uno de los dos
tipos de azúcar: ribosa o desoxirribosa. Por otro lado, los nucleósidos que contienen ribosa
con adenina, guanina, citosina y uracilo se denominan adenosina, guanosina, citidina y
uridina. (REF: 2,3)

 ACIDOS NUCLEICOS
Los ácidos nucleicos, son macromoléculas compuestas de unidades llamadas nucleótidos,
existen de manera natural en dos variedades: ácido desoxirribonucleico (ADN) y ácido
ribonucleico (ARN). El ADN es el material genético de los organismos vivos, desde las
bacterias unicelulares hasta los mamíferos multicelulares como nosotros los seres humanos.
Algunos virus usan ARN, no ADN, como su material genético, pero técnicamente no se
consideran vivos (ya que no pueden reproducirse sin la ayuda de un huesped)
ADN
El ADN está formado por dos cadenas polinucleotídicas enrolladas una alrededor de la otra
para formar una doble hélice dextrógira. Es el almacén de la información genética y la
molécula encargada
de transmitir a la descendencia las instrucciones necesarias para construir todas
las proteínas presentes en un ser vivo. Para ello, tiene la capacidad de realizar
copias de sí mismo mediante un mecanismo, la replicación, que se basa en la
complementariedad entre las bases nitrogenadas de las dos cadenas del ADN.

Debido a que se adapta a su función de almacenamiento genético en los procesos

vitales, el DNA es una molécula relativamente estable. Varios tipos de interacci-
ones no covalentes contribuyen con la estabilidad de su estructura helicoidal:
1. Interacciones hidrófobas. La nube de electrones del anillo de la base π entre
las bases púricas y pirimídicas apiladas es relativamente apolar. El agrupamiento de los
componentes de las bases de los nucleótidos dentro de la doble hélice es un
factor estabilizador porque disminuye sus interacciones con el agua, aumentando de esta
forma la entropía. 2. Enlaces de hidrógeno. Los pares de bases tan próximos forman un
conjunto preferido de enlaces de hidrógeno, tres entre los pares GC y dos entre los pares AT,
mantiene las cadenas en la orientación complementaria correcta. 3. Apilamiento de bases.
Una vez que las cadenas antiparalelas de polinucleótidos se unieron mediante el
emparejamiento de bases, el apilamiento de las bases heterocíclicas casi planas estabiliza la
molécula por el efecto acumulativo de las débiles fuerzas de van der Waals generadas por los
cambios en la nube conforme las bases se apilan. 4. Hidratación. Como en el caso de las
proteínas, el agua estabiliza la estructura tridimensional de los ácidos nucleicos.
La estructura del ADN es tan característica que con frecuencia a esta molécula se le
denomina la doble hélice. Cada monómero nucleotídico del DNA está formado por una base
nitrogenada un azúcar desoxiribosa y fosfato. (Bioquímica Médica 4ta ed).
Los mononucleótidos están unidos mediante enlaces 3′,5′-fosfodiéster. Estos enlaces unen el
grupo hidroxilo 5′ de la desoxirribosa de un nucleótido con el grupo hidroxilo 3′ del azúcar
de otro nucleótido mediante un grupo fosfato. La orientación antiparalela de las dos cadenas
polinucleo-tídicas permite que se formen enlaces de hidrógeno entre las bases nitrogenadas
que están orientadas hacia el interior de la hélice Existen dos clases de pares de bases en el
DNA: la adenina (una purina) se empareja con la timina (una pirimidina) y la purina guanina
se empareja con la pirimidina citosina. Debido a que cada par de bases es perpendicular al
eje largo de la hélice, la estructura global del ADN se parece a una escalera en espiral.
Aunque la estructura del DNA lo hace ideal para almacenar información, no es una molécula
estática. El ARN es vulnerable a varios tipos de fuerzas perturbadoras que pueden causar
mutaciones, cambios permanentes en la secuencia de la base estructural, esta mutación es la
materia prima de la evolución.
ARN
Además de sus funciones bien conocidas en la síntesis de proteína, los RNA son moléculas
con una gran versatilidad que realizan funciones antes consideradas exclusivas de las
proteínas. Son ejemplos la regulación de la expresión génica, la diferenciación celular y la
catálisis. Las propiedades funcionales de los RNA se deben a su estructura.
Las moléculas de RNA de transferencia (tRNA) transportan los aminoácidos a los
ribosomas para su ensamblaje en las proteínas,las células poseen al menos una clase de
tRNA para cada uno de los 20 aminoácidos estándar. La estructura tridimensional de las
moléculas de tRNA, es consecuencia en primera instancia de un gran emparejamiento de
bases intracatenario. Las moléculas de tRNA contienen diversas bases modificadas. Entre
ellas se encuentran la seudouridina, la 4-tiouridina, la 1-metilguanosina y la dihidrouridina:

La estructura del tRNA le permite realizar dos funciones esenciales en las que intervienen
el extremo 3′ y el lazo anticodón.

El RNA ribosómico (rRNA) es la forma más abundante de RNA en las células vivas, tiene
una estructura de complejidad extraordinaria. Aunque existen diferencias entre las especies
en las secuencias primarias de nucleótidos del rRNA, la estructura tridimensional global de
esta clase de moléculas está conservada. Como su nombre lo dice, el rRNA es un
componente de los ribosomas. El rRNA sirve como una plataforma para el auto ensamble de
proteínas para formar la subunidad ribosómica nativa. La peptidil transferasa, la actividad
enzimática que permite la formación del enlace peptídico, reside en el rRNA de ribosomas
eucariotas y procariotas.
El RNA mensajero (mRNA) es el transportador de la información genética desde el DNA
para la síntesis de proteínas. Las moléculas de mRNA contienen secuencias de tres bases,
llamadas codones, que dictan los aminoácidos específicos en la proteína que se sintetizará.
Los RNA no codificadores (ncRNA) son los que no codifican polipéptidos de manera directa
Entre los ncRNA más importantes están el microRNA, el RNA corto interferente y el RNA
nucleolar corto. Estos realizan sus funciones como componentes de complejos de
ribonucleoproteína. Los microRNA (miRNA), participan en la regulación de la expresión
génica. Después de unirse con varias proteínas para formar un complejo silenciador inducido
por ARN,cada tipo de miRNA se une con una secuencia de bases complementaria en los
mRNA blanco, lo que impide su traducción. Los RNA nucleolares cortos (snoRNA) facilitan
modificaciones químicas del rRNA dentro del nucléolo.

DIFERENCIAS
El azúcar del RNA es ribosa en lugar de la DNA desoxirribosa. La presencia del grupo 2′-
OH de la ribosa hace al RNA más reactivo que el DNA. Las bases nitrogenadas del RNA se
diferencian en cierta medida de las que se observan en el DNA. En lugar de timina, las
moléculas de RNA utilizan uracilo. Además, las bases de algunas moléculas de RNA son
modificadas por diversas enzimas. A diferencia de la doble hélice del DNA, el RNA es
monocatenario. Por tal razón, el RNA puede enrollarse sobre sí mismo y formar estructuras
tridimensionales singulares y con frecuencia bastante complejas. Las moléculas de RNA
tienen propiedades catalíticas debido a que pueden formar estructuras tridimensionales
complejas con hendiduras de unión. La mayoría de las moléculas de RNA catalítico, que se
conocen como ribozimas, catalizan autoescisión o la rotura de otros RNA. (

(REF: 1)

 SINTESIS Y DEGRADACION DE PURINAS Y PIRIMIDINAS

Las biosíntesis de purinas y pirimidinas son procesos que consumen mucha energía y que están
sometidos a mecanismos intracelulares que detectan y regulan eficazmente las concentraciones
intracelulares de intermediarios y productos finales.
Las materias primas para la síntesis de las purinas son: C02, aminoácidos no esenciales y
derivados del ácido fólico, que actúan como donadores de un átomo de carbono. Se necesitan
cinco moléculas de ATP para sintetizar IMP, el primer producto de las purinas y el precursor
común de AMP y GMP. El material de partida para sintetizar IMP es la ribosa 5-fosfato, un
producto de la vía de las pentosas fosfato.El primer paso, catalizado por la ribosa fosfato
pirofosfocinasa ,genera la forma activada de la pentosa fosfato por transferencia de un grupo
pirofosfato a partir del ATP para formar 5-fosforribosil-pirofosfato. En una serie de 10
reacciones, el PRPP se convierte en IMP. La deficiencia de folato puede alterar la síntesis de
las purinas, lo que puede causar una enfermedad o explotarse clínicamente para destruir células
en rápida división, que tienen una alta demanda de biosíntesis de purinas.Las purinas proceden
de tres fuentes en el ser humano: síntesis de novo, vías de recuperación y dieta.
Catabolismo de los nucleótidos de pirimidinas: A diferencia de la degradación de las purinas
a ácido úrico, las pirimidinas se degradan a compuestos fácilmente solubles, que se eliminan
fácilmente por la orina y no son una causa frecuente de patología. Pueden haber acidurias
oróticas cuando las enzimas de las vías catabólicas de las pirimidinas son pocas. Los
nucleótidos y nucleósidos de las pirimidinas se convierten en las bases libres y el anillo
heterocíclico se rompe, dando lugar a f3-aminoisobutirato como el principal producto de
excreción, además de amoníaco y C02.

Las purinas de la dieta representan alrededor del 20% del urato excretado. Por tanto, la
restricción de las purinas en la dieta. Al igual que las purinas, las pirimidinas (uracilo, citosina
y timina) también se sintetizan mediante una serie compleja de reacciones que utilizan materias
primas fácilmente disponibles en las células. Una diferencia importante es que primero se crea
la base de pirimidina y después se agrega el azúcar,mientras que las purinas se ensamblan
sobre un andamiaje de ribosa-5-P.El monofosfato de uridina (UMP) es el precursor de los
nucleótidos de las pirimidinas. La vía de novo produce UMP, que luego se convierte en
trifosfato de citidina (CTP) y trifosfato de timidina (TTP). Las vías de recuperación también
recuperan las pirimidinas preformadas.
Vía de novo: El primer paso, catalizado por la carbamoil fosfato sintetasa II ,utiliza
bicarbonato, glutamina y dos moles de ATP para formar carbamoil fosfato (la CPS I se utiliza
en la síntesis de arginina en el ciclo de la urea.La mayor parte de los átomos necesarios para
formar el anillo pirimidínico proceden del aspartato, que es añadido en un solo paso por una
aspartato transcarbamoilasa.
Vías de recuperación de las pirimidinas: Al igual que las purinas, las bases pirimidínieas
libres, que provienen de la dieta o de la escisión de los ácidos nucleicos, pueden recuperarse
mediante varias enzimas de recuperación.

La uracilo fosforribosil transferasa (UPRTasa) es similar a las enzimas de las vías de

recuperación de las purinas. Esta enzima se necesita para activar algunos antineoplásicos como
5-fluorouracilo (FU) o 5-fluorocitosina (FC). Una uridina-citidina cinasa y una timidina cinasa
más específica catalizan la fosforilación de estos nucleósidos; las nucleótido cinasas y la
difosfocinasa completan el proceso de recuperación.
La timina se sintetiza mediante una vía de reacciones complejas, lo que proporciona
oportunidades para la quimioterapia. El nucleótido, es sintetizado por una vía especial que
comporta la metilación de la forma desoxirribosa del uridilato.La vía biosintética del TMP
lleva de UMP a UDP y, después, a través de la ribonucleótido reductasa, a dUDP. La ADN
polimerasa no distingue eficazmente los dos desoxirribonucleótidos,por tanto, las células
limitan la concentración de dUTP mediante hidrólisis rápida de dUTP a dUMP con la
dUTPasa.
Esta enzima rompe un enlace de alta energía y libera pirofosfato, que se hidroliza rápidamente
a fosfato, desplazando aún más el equilibrio hacia la formación de dUMP. El dUMP se
convierte en TMP; el dihidrofolato es reciclado por acción de la dihidrofolato reductasa. Dos
rondas de fosforilación del TMP producen TTP para la síntesis de ADN. La síntesis de TTP es
una vía indirecta, pero brinda oportunidades a la quimioterapia a través de la inhibición de la
biosíntesis de TMP.Sólo hay una reacción en la síntesis de las pirimidinas que requiere un
derivado del THF: la conversión de dUMP en TMP, catalizada por la timidilato sintasa. Esta
reacción con frecuencia es limitante de la velocidad en la división celular, la inhibición de la
timidilato sintasa, directamente o por inhibición del reciclado de THF, brinda una oportunidad
especial a la quimioterapia, centrada en la síntesis de precursores de ADN en células
neoplásicas de rápida división.

(REF: 1, 2,3)

REFERNCIAS BIBLIOGRAFICAS
 1. Bioquímica Médica 4ta ed.
John W. Baynes
Cap.31: Biosíntesis y degradación de nudeótidos p.407

 2. Bioquímica; las bases moleculares de la vida 5ta ed.

Trudy McKee y James R. McKee
Cap. 14: Metabolismo del nitrógeno I: síntesis p.460
Cap. 17: Ácidos nucleicos p.553

o 3. Métodos fisicoquímicos en biotecnología: Secuenciación de ácidos nucleicos

Instituto de biotecnología-UNAM
Juan Carlos Canul
Cuernavaca, Mor. 2014