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Curso de Gromacs

Dr. J. Guillermo Mndez Bermdez

Estancia Posdoctoral
IIM-UNAM
Conceptos fundamentales de dinmica
molecular

Qu es Gromacs?

Plan de Trabajo
Modelos Atomistas

Molecula completa (octanol) tomo unido (AU)

carbono

AU - M. G. Martin, J. I. Siepmann, J. Phys. Chem. B, 102, 2569 2577 (1998).


Dinmica molecular

o Ecuaciones de movimiento traslacional

Algoritmo de Leap-Frog (posiciones)

M. P. Allen, D. J. Tildesley, computer simulation of liquids, (Clarendon, Oxford, 1987).


Por qu dinmica molecular
Se utiliza dinmica molecular (DM) porque permite obtener tanto
propiedades termodinmicas y estructurales (estticas y dinmicas).

Donde se implementa Dinmica Molecular?

fortran, C, C++, etc.

Paquetes de simulacin grfico como: Mathlab,


Maple, Phytn, Gaussian.

Paquete libres de dinmica molcular como:

DLPOLY
Gromacs (dinmica de Langevin)
NAMD
LAMMPS (reacciones qumicas)
Potenciales de interaccin

Intermoleculares: Interaccines entre molculas

Potencial de Lennard-Jones

Potencial de Buckinham

Potencial de Coulomb
La interacciones intramoleculaes son:

Enlaces

Angular

Dihedro
Qu es Gromacs?

http://www.gromacs.org/

Online manual, source code

Manual en pdf: http://www.gromacs.org/


Documentation/Manual?highlight=manual
Qu se necesita para hacer una
dinmica molecular en Gromacs?

Archivos de entrada

conf.gro topol.top grompp.mdp

Paso de tiempo,
nmero de pasos,
Ensambles:NVT,NPT

Archivos de salida

confout.gro traj.trr traj.xtc

ener.edr posiciones,velocidades posiciones en


y fuerzas en doble presicin precin sencilla
PLAN DE TRABAJO
Nivel intermedio/avanzado Nivel bsico


Mezcla ternaria
Agua SPC/E

Agua TIP4P/e
Protena-ligando

minimizacin de la energa
Metanol

Metanol LV
Ligando-agua

minimizacin de la energa
NaCl
GRACIAS POR SU ATENCIN