La desnitrificacin (o denitrificacin) es la reduccin bioqumica del ion nitrato
(NO3 ), presente en el suelo o el agua, a xido de nitrgeno (N 2O) o como nitrgeno molecular o diatmico (N2) que es la sustancia ms abundante en la composicin del aire, as el nitrgeno regresa a la atmosfera. Por su lugar en el ciclo del nitrgeno este proceso es el opuesto a la fijacin del nitrgeno. Este proceso se consigue bajo condiciones anxicas o anaerobias (sin oxgeno). Es fundamental para que el nitrgeno vuelva a la atmosfera y comience el ciclo nuevamente. La desnitrificacin requiere un sustrato oxidable ya sea orgnico o inorgnico que acte como fuente de energa, por lo que la desnitrificacin puede llevarse a cabo tanto por bacterias hetertrofas como auttrofas. La eliminacin de los nitratos es esencial debido a que los excesos en sus niveles estn vinculados a una variedad de problemas de salud que tienen lugar cuando el cuerpo convierte nitrato en nitrito, dando como resultado bajos niveles de oxgeno. La presencia de nitratos en las aguas subterrneas es uno de los problemas ambientales ms graves de todo el mundo. El uso excesivo de fertilizantes agrarios, el vertido de residuos de origen orgnico en el territorio y el mal mantenimiento de las redes de alcantarillado son las causas ms comunes de contaminacin de aguas subterrneas por nitratos. El proceso de tratamiento de aguas residuales depende en gran medida de las bacterias que puedan utilizar el nitrgeno oxidado. Cuando estas bacterias descomponen el NO3 para metabolizar oxgeno, se libera gas nitrgeno. Cuando hay poco o ningn oxgeno restante luego de los procesos de desnitrificacin, la siguiente etapa de tratamiento de aguas residuales es el agregado de oxgeno al agua por medio de la aireacin. Otra importante razn para eliminar nitratos es su efecto sobre el medioambiente. Los nitratos naturalmente presentes en depsitos subterrneos pueden filtrarse hacia las aguas subterrneas, y tambin ingresar en el agua de los pozos desde tanques spticos que presenten fugas o vertidos de aguas residuales.